Name: RNA関連クロマチンDNA-DNA相互作用法 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-30T13:10:00.000+00:00
Duration: 11 min 1 s
Description: 学ぼう、RNA関連クロマチンDNA-DNA相互作用法（RDD）を用いて、特定のRNAに結合したゲノム領域と長距離DNA-DNA接触を同時に同定する手法。この方法はエンハンサー・プロモーター相互作用や長距離遺伝子制御の研究に応用可能です。

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<ol><li>Rao, S. S. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+3D+map+of+the+human+genome+at+kilobase+resolution+reveals+principles+of+chromatin+looping%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping.</a> Cell. 159 (7), 1665-1680 (2014).</li>
<li>Fullwood, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+oestrogen-receptor-%CE%B1-bound+human+chromatin+interactome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An oestrogen-receptor-α-bound human chromatin interactome.</a> Nature. 462 (7269), 58-64 (2009).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GRID-seq+reveals+the+global+RNA-chromatin+interactome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">GRID-seq reveals the global RNA-chromatin interactome.</a> Nat Biotechnol. 35 (10), 940-950 (2017).</li>
<li>Tian, S. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D+chromatin+structures+associated+with+ncRNA+roX2+for+hyperactivation+and+coactivation+across+the+entire+X+chromosome%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">3D chromatin structures associated with ncRNA roX2 for hyperactivation and coactivation across the entire X chromosome.</a> Sci Adv. 10 (30), eado5716(2024).</li>
<li>Rinn, J., Guttman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+and+dynamic+nuclear+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">RNA and dynamic nuclear organization.</a> Science. 345 (6202), 1240-1241 (2014).</li>
<li>Chu, C., Qu, K., Zhong, F. L., Artandi, S. E., Chang, H. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+Maps+of+Long+Noncoding+RNA+Occupancy+Reveal+Principles+of+RNA-Chromatin+Interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Genomic Maps of Long Noncoding RNA Occupancy Reveal Principles of RNA-Chromatin Interactions.</a> Mol Cell. 44 (4), 667-678 (2011).</li>
<li>Simon, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+genomic+binding+sites+of+a+noncoding+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">The genomic binding sites of a noncoding RNA.</a> Proc Natl Acad Sci. 108 (51), 20497-20502 (2011).</li>
<li>Yan, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+colocalization+of+RNA-DNA+interactions+and+fusion+RNA+pairs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Genome-wide colocalization of RNA-DNA interactions and fusion RNA pairs.</a> Proc Natl Acad Sci. 116 (8), 3328-3337 (2019).</li>
<li>Quinodoz, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+promotes+the+formation+of+spatial+compartments+in+the+nucleus%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">RNA promotes the formation of spatial compartments in the nucleus.</a> Cell. 184 (23), 5775-5790 (2021).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-read+ChIA-PET+for+base-pair-resolution+mapping+of+haplotype-specific+chromatin+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Long-read ChIA-PET for base-pair-resolution mapping of haplotype-specific chromatin interactions.</a> Nat Protoc. 12 (5), 899-915 (2017).</li>
<li>Fang, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+of+long-range+chromatin+interactions+by+proximity+ligation-assisted+ChIP-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Mapping of long-range chromatin interactions by proximity ligation-assisted ChIP-seq.</a> Cell Res. 26 (12), 1345-1348 (2016).</li>
<li>Mumbach, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HiChIP%3A+efficient+and+sensitive+analysis+of+protein-directed+genome+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">HiChIP: efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture.</a> Nat Meth. 13 (11), 919-922 (2016).</li>
<li>Lee, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ChIA-PIPE%3A+A+Fully+Automated+Pipeline+for+Comprehensive+ChIA-PET+Data+Analysis+and+Visualization%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">ChIA-PIPE: A Fully Automated Pipeline for Comprehensive ChIA-PET Data Analysis and Visualization.</a> Sci Adv. 6 (28), eaay2078(2020).</li>
<li>Meller, V. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ordered+Assembly+of+roX+RNAs+into+MSL+Complexes+on+the+Dosage-Compensated+X+Chromosome+in+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">Ordered Assembly of roX RNAs into MSL Complexes on the Dosage-Compensated X Chromosome in Drosophila.</a> Curr Biol. 10 (3), 136-143 (2000).</li>
<li>Egloff, S., Studniarek, C., Kiss, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((7SK+small+nuclear+RNA%2C+a+multifunctional+transcriptional+regulatory+RNA+with+gene-specific+features%5BTitle%5D)+AND+%22Transcription%22%5BJournal%5D)">7SK small nuclear RNA, a multifunctional transcriptional regulatory RNA with gene-specific features.</a> Transcription. 9 (2), 95-101 (2018).</li>
<li>Tian, S. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Landscape+of+the+Epstein-Barr+virus-host+chromatin+interactome+and+gene+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Landscape of the Epstein-Barr virus-host chromatin interactome and gene regulation.</a> EMBO J. 44 (13), 3872-3915 (2025).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0.5 M EDTA</td><td>インビトロジェン</td><td>AM9260G</td><td></td></tr><tr><td>1 M マグネシウムアセテート</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>63052-100ML</td><td></td></tr><tr><td>1 M トリス-HCl、pH 7.0</td><td>インビトロジェン</td><td>AM9851</td><td></td></tr><tr><td>1 M トリス-HCl、pH 8.0</td><td>インビトロジェン</td><td>AM9856</td><td></td></tr><tr><td>1.5mLチューブ</td><td>エッペンドルフ</td><td>30108051</td><td></td></tr><tr><td>10 mM dATP</td><td>インビトロジェン</td><td>18252015</td><td></td></tr><tr><td>10% SDS(ウット/ボリューム)</td><td>インビトロジェン</td><td>AM9822</td><td></td></tr><tr><td>10回以上;Aテールバッファ</td><td>NEB</td><td>B7002S</td><td></td></tr><tr><td>10回以上;エンドリペアバッファ</td><td>NEB</td><td>B6002S</td><td></td></tr><tr><td>10回以上;T4 DNAリガーゼバッファー</td><td>NEB</td><td>B0202S</td><td></td></tr><tr><td>10回以上;TBEバッファ</td><td>インビトロジェン</td><td>AM9863</td><td></td></tr><tr><td>14mL丸底試験管</td><td>コーニング</td><td>352057</td><td></td></tr><tr><td>2&times;PCRマスターミックス</td><td>NEB</td><td>M0541</td><td></td></tr><tr><td>20回以上;SSCバッファ</td><td>インビトロジェン</td><td>AM9770</td><td></td></tr><tr><td>200-&mu;L型PCRチューブ</td><td>サンゴン・バイオテック</td><td>F611541-0010</td><td></td></tr><tr><td>250mLの正方形PET保存ボトル</td><td>コーニング</td><td>431531</td><td></td></tr><tr><td>2-メルカプトエタノール(&β;-ME)</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>M6250-100mL</td><td>!注意 & ベータ;-私が有害です;フムフードには必ず使ってください。</td></tr><tr><td>2mLチューブ</td><td>エッペンドルフ</td><td>22431048</td><td></td></tr><tr><td>3 M 酢酸ナトリウム pH 5.5</td><td>インビトロジェン</td><td>AM9740</td><td></td></tr><tr><td>5 M NaCl&nbsp;</td><td>インビトロジェン</td><td>AM9759</td><td></td></tr><tr><td>5 M 酢酸カリウム</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>95843-100ML-F</td><td></td></tr><tr><td>500mLスクエアPET保存ボトル</td><td>コーニング</td><td>431532</td><td></td></tr><tr><td>分析的均衡</td><td>サルトリウス</td><td>BP211D</td><td></td></tr><tr><td>自動セルカウンター</td><td>カウンタースター</td><td>IC1000</td><td></td></tr><tr><td>自動毛細管電気泳動システム</td><td>生視</td><td>C100100</td><td></td></tr><tr><td>ビオチン化プローブ</td><td>ジェネウィズ</td><td></td><td>表1</strongを参照></td></tr><tr><td>ブロッキングパウダー</td><td>インビトロジェン</td><td>T2015</td><td></td></tr><tr><td>ブリッジリンカーオリゴ</td><td>ジェネウィズ</td><td></td><td>表1</strongを参照></td></tr><tr><td>CO2インキュベーター</td><td>サーモ・サイエンティフィック</td><td>51033549</td><td></td></tr><tr><td>ジメチルスルホキシド(DMSO)</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>D2650-100mL</td><td></td></tr><tr><td>イルミナ用DNAライブラリー調製キットV2</td><td>ヴァイジーム</td><td>TD501</td><td></td></tr><tr><td>DNA精製キット</td><td>ザイモ</td><td>D4013</td><td></td></tr><tr><td>ダルベッコリン酸塩緩衝生塩水(DPBS)(1&times;)</td><td>ギブコ</td><td>14190250</td><td></td></tr><tr><td>EDTAフリープロテアーゼ阻害剤カクテル</td><td>ロッシュ</td><td>11836170001</td><td></td></tr><tr><td>EGS(エチレングリコールビス[succiniMidylsuccinate])</td><td>サーモ・サイエンティフィック</td><td>21565</td><td></td></tr><tr><td>洗脱バッファ</td><td>キアゲン</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>エチルアルコール、純粋</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>E7023-500mL</td><td></td></tr><tr><td>ホルムアルデヒド溶液</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>47608-250mL-F</td><td>!注意:ホルムアルデヒドは有毒です。フムフードには必ず使ってください。</td></tr><tr><td>ホルマミド</td><td>インビトロジェン</td><td>AM9342</td><td></td></tr><tr><td>ゲルイメージングシステム</td><td>タノン</td><td>3500R</td><td></td></tr><tr><td>グリシン</td><td>インビトロジェン</td><td>50046-1kg</td><td></td></tr><tr><td>青色染料を用いたグリコーゲン</td><td>インビトロジェン</td><td>AM9516</td><td></td></tr><tr><td>高感度カートリッジ</td><td>生視</td><td>C105105</td><td></td></tr><tr><td>高密度位相ロック管(1.5 mL)</td><td>キアゲン</td><td>129046</td><td></td></tr><tr><td>高感度dsDNA蛍光測定キット</td><td>インビトロジェン</td><td>Q32851</td><td></td></tr><tr><td>Illumina用インデックスキットV2</td><td>ヴァイジーム</td><td>TD202</td><td></td></tr><tr><td>ヨードアセチル-PEG2-ビオチン(IPB)</td><td>サーモ・サイエンティフィック</td><td>21334</td><td></td></tr><tr><td>イソプロピルアルコール</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>I9030</td><td>!注意:イソプロピルアルコールは有毒です。フムフードには必ず使ってください。</td></tr><tr><td>キロベースカートリッジ</td><td>生視</td><td>C105106</td><td></td></tr><tr><td>クレノウ断片(3'&rarr;5' エクソ-)&nbsp;</td><td>NEB</td><td>M0212L</td><td></td></tr><tr><td>磁気ビーズ</td><td>ベックマン</td><td>A63881</td><td></td></tr><tr><td>磁気分離ラック&nbsp;15 mLチューブの場合</td><td>インビトロジェン</td><td>12301D</td><td></td></tr><tr><td>磁気分離ラック&nbsp;2mLチューブの場合</td><td>インビトロジェン</td><td>12321D</td><td></td></tr><tr><td>PCRチューブ用の磁気分離ラック</td><td>NEB</td><td>S1515S</td><td></td></tr><tr><td>微生物インキュベーター</td><td>サーモ・サイエンティフィック</td><td>IMH180</td><td></td></tr><tr><td>顕微鏡</td><td>ニコン</td><td>エクリプス TS2</td><td></td></tr><tr><td>ミキサー</td><td>エルミ</td><td>RM-2L</td><td></td></tr><tr><td>N,N-ジメチルホルムアミド(DMF)</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>227056-100ML</td><td>!注意:DMFは有害です。フムフードには必ず使ってください。</td></tr><tr><td>非冷蔵マイクロ遠心分離機</td><td>エッペンドルフ</td><td>5405000204</td><td></td></tr><tr><td>ヌクレアーゼフリーの水(DEPC処理されていない、1000 mL)</td><td>インビトロジェン</td><td>AM9932</td><td></td></tr><tr><td>ヌクレアーゼフリー水(DEPC処理なし、50mL)</td><td>インビトロジェン</td><td>AM9937</td><td></td></tr><tr><td>核酸量化子</td><td>インビトロジェン</td><td>Q33226</td><td></td></tr><tr><td>軌道シェーカー</td><td>クリスタル</td><td>SYC-2102</td><td></td></tr><tr><td>フェノール:クロロホルム:IAA</td><td>ソーラービオ</td><td>P1012-100mL</td><td></td></tr><tr><td>プロテイナーゼK溶液</td><td>インビトロジェン</td><td>AM2548</td><td></td></tr><tr><td>冷蔵遠心分離機</td><td>エッペンドルフ</td><td>22628180</td><td></td></tr><tr><td>冷蔵インキュベーター</td><td>サーモ・サイエンティフィック</td><td>IMP180</td><td></td></tr><tr><td>冷蔵マイクロ遠心分離機</td><td>エッペンドルフ</td><td>5404F1621754</td><td></td></tr><tr><td>冷蔵庫</td><td>ハイアール</td><td>DW-25L262</td><td></td></tr><tr><td>RNase阻害剤</td><td>アンビオン</td><td>AM2696</td><td></td></tr><tr><td>RNaseフリーの15mLチューブ</td><td>インビトロジェン</td><td>AM12500</td><td></td></tr><tr><td>RNaseフリーの50mLチューブ</td><td>インビトロジェン</td><td>AM12502</td><td></td></tr><tr><td>ソニケーター</td><td>ソニックス&材料</td><td>VCX130</td><td></td></tr><tr><td>ストレプタビジン被覆磁性ビーズC1</td><td>インビトロジェン</td><td>65001</td><td></td></tr><tr><td>ストレプタビジン被覆磁性ビーズ M-280&nbsp;</td><td>インビトロジェン</td><td>11205D</td><td></td></tr><tr><td>T4 DNAリガーゼ&nbsp;</td><td>NEB</td><td>M0202S</td><td></td></tr><tr><td>T4 DNAポリメラーゼ</td><td>NEB</td><td>M0203S</td><td></td></tr><tr><td>TEバッファーpH 8.0</td><td>インビトロジェン</td><td>AM9849</td><td></td></tr><tr><td>サーマルサイクラー</td><td>バイオ・ラッド</td><td>1851148</td><td></td></tr><tr><td>サーモミキサー</td><td>エッペンドルフ</td><td>5382000023</td><td></td></tr><tr><td>トライトン X-100</td><td>アクロス・オーガニクス</td><td>327371000-100mL</td><td></td></tr><tr><td>超低温冷凍庫</td><td>サーモ・サイエンティフィック</td><td>995</td><td></td></tr><tr><td>真空濃縮器</td><td>トミー</td><td>MV-100</td><td></td></tr></tbody></table>

rna関連クロマチンdna-dna相互作用法

RNA-Associated Chromatin DNA-DNA Interaction Method

RNA関連クロマチンDNA-DNA相互作用法

RNA-Associated Chromatin DNA-DNA Interaction Method (RDD) is a targeted strategy for mapping chromatin interactions anchored by a specific RNA. It ...

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ハイC：ゲノムの三次元構造を研究する方法。

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このビデオでは、タンパク質-DNA相互作用を実証する古典的な手法であるクロマチン免疫沈降(ChIP)アッセイのプロトコールについて説明しています。この技術は、ヒト慢性リンパ性白血病細胞の標的遺伝子を同定するために使用されます。...

クロマチン免疫沈降アッセイ:細胞内のタンパク質-DNA相互作用を研究する技術

ここでは、3D顕微鏡や分析（3D免疫DNA FISH）が続いたDNA...

3D原子力組織の変化を研究するために3D保存状態間期核に組み合わさ免疫やDNA FISH

クロマチン免疫沈降は、DNAは、インビボでのシロイヌナズナのタンパク質の結合部位を同定するための強力な技術です。この手順は、クロマチン架橋および断片化、目的のタンパク質に対する選択的な抗体を用いた免疫沈降、および結合したDNAの定量PCR分析を含みます。私たちは、シロイヌナズナ植物用に最適化され、単純なChIPアッセイを説明します。...

シロイヌナズナタンパク質-DNA相互作用の同定のための免疫沈降アッセイクロマチン<em&gt;インビボ</em

クロマチン結合タンパク質のシーケンシャル塩抽出は大きい蛋白質の複合体の結合特性を決定するための便利なツールです。このメソッドは、個々...

クロマチン複合体を変更するのプロパティをバインド一括クロマチンの分析の逐次塩抽出

このプロトコルは、スナップ凍結組織からのクロマチン調製に焦点を当てており、架橋クロマチン免疫沈降(X-ChIP)とそれに続く定量的PCR分析(X-ChIP-qPCR)または次世代シーケンシングアプローチ(X-ChIP-seq)のいずれかに適しています。...

クロマチン免疫沈降分析のための凍結キメラ肝臓組織からのクロマチン抽出

ATP依存クロマチンリモデラーとDNAリガンドとの相互作用は、CD分光法を用いて説明されている。生成されたピークによって分析された遺伝子プロモーター上の誘導された立体構造変化を使用して、転写調節のメカニズムを理解することができる。...

DNA-タンパク質相互作用を研究するためのCD分光法

DNAカーテンは、ハイスループットな1分子イメージング技術であり、多様なタンパク質-DNA相互作用をリアルタイムで可視化するためのプラットフォームを提供します。現在のプロトコルはAbo1の Schizosaccharomycesのpombe のbromodomain含んでいるAAA+...

DNAカーテン法によるヒストン集合の分子機構の解明

私たちは、ユークロマチン、ヘテロクロマチン、RNAP...

高密度核環境下のクロマチン調査のための多ラベル単分子局在顕微鏡プロトコル

学ぼう、RNA関連クロマチンDNA-DNA相互作用法（RDD）を用いて、特定のRNAに結合したゲノム領域と長距離DNA-DNA接触を同時に同定する手法。この方法はエンハンサー・プロモーター相互作用や長距離遺伝子制御の研究に応用可能です。

RNA関連クロマチンDNA-DNA相互作用法

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