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Biochemistry

L’extraction des molécules de glycogène hépatique pour la détermination de la structure du glycogène

Published: February 8, 2022 doi: 10.3791/63088
Automatic Translation
1,2, 3,4, 3,5, 1,2,6, 7
1School of Chemistry and Molecular Biosciences, The University of Queensland, 2Centre for Nutrition and Food Sciences, Queensland Alliance for Agriculture and Food Innovation, The University of Queensland, 3Jiangsu Provincial Key Laboratory of New Drug Research and Clinical Pharmacy, School of Pharmacy, Xuzhou Medical University, 4Department of Pharmaceutical Analysis, School of Pharmacy, Xuzhou Medical University, 5Department of Bioinformatics, School of Medical Informatics and Engineering, Xuzhou Medical University, 6Joint International Research Laboratory of Agriculture and Agri-Product Safety, College of Agriculture, Yangzhou University, 7Glycation and Diabetes Group, Mater Research Institute-The University of Queensland, Translational Research Institute

Summary

Une concentration optimale de saccharose a été déterminée pour l’extraction du glycogène hépatique à l’aide d’une centrifugation à gradient de densité de saccharose. L’ajout d’une étape d’ébullition de 10 minutes pour inhiber les enzymes dégradant le glycogène s’est avéré bénéfique.

Abstract

Le glycogène hépatique est un polymère de glucose hyperramifié qui est impliqué dans le maintien du taux de sucre dans le sang chez les animaux. Les propriétés du glycogène sont influencées par sa structure. Par conséquent, une méthode d’extraction appropriée qui isole des échantillons représentatifs de glycogène est cruciale pour l’étude de cette macromolécule. Par rapport à d’autres méthodes d’extraction, une méthode qui utilise une étape de centrifugation à gradient de densité de saccharose peut minimiser les dommages moléculaires. Sur la base de cette méthode, une publication récente décrit comment la densité de la solution de saccharose utilisée lors de la centrifugation a été modifiée (30%, 50%, 72,5%) pour trouver la concentration la plus appropriée pour extraire des particules de glycogène de tailles très variées, limitant ainsi la perte de particules plus petites. Une étape d’ébullition de 10 minutes a été introduite pour tester sa capacité à dénaturer les enzymes dégradant le glycogène, préservant ainsi le glycogène. Il a été démontré que la concentration de saccharose la plus faible (30 %) et l’ajout de l’étape d’ébullition permettent d’extraire les échantillons de glycogène les plus représentatifs.

Introduction

Le glycogène est un polymère complexe et hyperramifié de glucose présent chez les animaux, les champignons et les bactéries1. Chez les mammifères, le glycogène hépatique fonctionne comme un tampon de glucose sanguin, préservant l’homéostasie, tandis que le glycogène musculaire agit comme un réservoir de glucose à court terme pour fournir directement de l’énergie2. La structure du glycogène est souvent décrite par trois niveaux (illustrés à la figure 1) : 1. Les chaînes linéaires sont formées par des monomères de glucose via des liaisons glycosidiques (1→4)-α, les points de ramification étant connectés via des liaisons glycosidiques (1→6)-α ; 2. particules de β hautement ramifiées (~20 nm de diamètre) qui, en particulier dans les tissus tels que le muscle squelettique, agissent comme des molécules de glycogène indépendantes 3,4 ; 3. Particules de glycogène α plus grosses (jusqu’à 300 nm de diamètre) constituées d’unités de glycogène β plus petites, que l’on trouve dans le foie5, le cœur6 et chez certaines espèces non mammifères7. Les particules de α hépatique des souris diabétiques sont moléculairement fragiles, avec une propension à se dégrader en β-particules lorsqu’elles sont dissoutes dans le diméthylsulfoxyde (DMSO), tandis que les particules de α des témoins non diabétiques restent généralement inchangées. L’une des hypothèses est que cette fragilité peut exacerber le mauvais équilibre glycémique observé dans le diabète, les particules de α fragiles pouvant entraîner des proportions plus élevées de particules de βplus rapidement dégradées 8,9,10,11.

Les méthodes traditionnelles d’extraction du glycogène utilisent les conditions relativement difficiles d’exposition du tissu hépatique à une solution alcaline chaude12 ou à des solutions acides telles que l’acide trichloracétique (TCA)13 ou l’acide perchlorique (PCA)14. Bien qu’efficaces pour séparer le glycogène des autres composants du tissu hépatique, ces méthodes dégradent inévitablement la structure du glycogène dans une certaine mesure15,16. Bien que ces méthodes soient adaptées à la mesure quantitative de la teneur en glycogène, elles ne sont pas idéales pour les études axées sur l’obtention d’informations structurelles sur le glycogène en raison de ces dommages structurels. Depuis la mise au point de ces méthodes, une procédure d’extraction plus douce a été mise au point qui utilise un tampon Tris froid (dont il a été démontré qu’il inhibe la dégradation de la glucosidase) avec une ultracentrifugation à gradient de densité de saccharose 17,18,19. Avec un pH contrôlé à ~8, cette méthode ne soumet pas le glycogène à l’hydrolyse acide ou alcaline observée dans les procédures précédentes.

L’ultracentrifugation par gradient de densité de saccharose du tissu hépatique homogénéisé peut séparer les particules de glycogène de la majorité du matériel cellulaire. Si nécessaire, une purification supplémentaire peut être effectuée par chromatographie préparative d’exclusion de taille, ce qui permet de collecter du glycogène purifié avec des protéines associées au glycogène20. Bien que cette méthode, dans des conditions plus douces, soit plus susceptible de préserver la structure du glycogène, il est difficile d’empêcher la perte d’une partie du glycogène dans le surnageant, en particulier les particules de glycogène plus petites qui sont moins denses15. Une autre cause potentielle de perte de glycogène est que les conditions plus douces permettent une certaine dégradation enzymatique, ce qui entraîne des rendements en glycogène inférieurs à ceux des méthodes d’extraction plus dures. Des recherches récentes ont fait état d’une optimisation de la méthode d’extraction du glycogène hépatique pour préserver la structure du glycogène21. Ici, diverses concentrations de saccharose (30 %, 50 %, 72,5 %) ont été testées pour déterminer si des concentrations plus faibles de saccharose minimisaient la perte de particules de glycogène plus petites. La raison en était que la densité plus faible permettrait à des particules plus petites et moins denses de pénétrer dans la couche de saccharose et de s’agréger dans la pastille avec le reste du glycogène.

Dans cette étude, les méthodes d’extraction avec et sans étape d’ébullition de 10 minutes ont été comparées pour tester si les enzymes de dégradation du glycogène pouvaient être dénaturées, ce qui a permis d’extraire plus de glycogène qui était également exempt de dégradation partielle. Les distributions de taille de la molécule entière et les distributions de longueur de la chaîne de glycogène ont été utilisées pour déterminer la structure du glycogène extrait, similaire à une optimisation de l’extraction de l’amidon publiée précédemment22. La chromatographie d’exclusion de taille (SEC) avec détection de l’indice de réfraction différentielle (DRI) a été utilisée pour obtenir les distributions granulométriques du glycogène, qui décrivent le poids moléculaire total en fonction de la taille moléculaire. L’électrophorèse glucidique assistée par fluorophore (FACE) a été utilisée pour analyser les distributions de longueur de chaîne, qui décrivent le nombre relatif de chaînes glucosides de chaque taille donnée (ou degré de polymérisation). Cet article décrit la méthodologie d’extraction du glycogène des tissus hépatiques basée sur l’étude d’optimisation précédente21. Les données suggèrent que la méthode la plus adaptée pour préserver la structure du glycogène est une concentration de saccharose de 30% avec un pas d’ébullition de 10 minutes.

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Protocol

Les foies de souris utilisés pour optimiser cette procédure21 provenaient de 12 souris mâles de fond BKS-DB/Nju (âgées de 7,2 semaines, voir le tableau des matériaux). L’utilisation d’animaux a été approuvée par le Comité d’éthique et de protection des animaux de l’hôpital Renmin de l’Université de Wuhan, IACUC Issue No. WDRM 20181113.

1 Mouchoirs en papier

  1. Peser le foie de souris (1 à 1,8 g de foie entier de chaque souris).
  2. Congelez rapidement le foie de souris dans de l’azote liquide et conservez-le à -80 °C.

2. Préparation du tampon et des réactifs

  1. Préparez un tampon d’isolement du glycogène contenant 5 mM de Tris, 150 mM de NaCl, 2 mM d’EDTA, 50 mM de NaF et 5 mM de pyrophosphate de sodium avec de l’eau déminéralisée et ajustez le pH à 8.
  2. Préparer une solution de saccharose à 30 % (p/p) (qui s’est avérée la plus optimale pour le glycogène21 hépatique).
  3. Préparer un tampon d’acétate de sodium (1 M, pH 4,5), un tampon d’acide acétique (0,1 M, pH 3,5), une solution d’hydroxyde de sodium (0,1 M) et du cyanoborohydrure de sodium (1 M).
  4. Préparer une solution de 8-aminopyrène-1,3,6-trisulfonate (APTS) en ajoutant 5 mg d’APTS à 50 μL d’acide acétique glacial à 15 %.
  5. Préparer une solution de nitrate d’ammonium contenant 50 mM de nitrate d’ammonium avec 0,02 % d’azoture de sodium.

3. Extraction du glycogène (Figure 2)

  1. Transférez le tissu hépatique congelé (~1 g) dans un tube de 15 mL contenant 6 mL de tampon d’isolement du glycogène.
  2. En le gardant sur la glace, homogénéisez le tissu hépatique à l’aide d’un homogénéisateur de tissus.
  3. Transférer la moitié de la suspension (3 mL) dans un nouveau tube et faire bouillir pendant 10 min (ce qui s’est avéré optimal pour les études structurales du glycogène21). Conservez l’autre moitié de la suspension (3 ml) sur de la glace pour en extraire le glycogène contenant les protéines associées qui ne sont pas dénaturées.
    REMARQUE : Les échantillons non bouillis doivent toujours être conservés sur de la glace pendant les étapes d’extraction du glycogène. Si les protéines de glycogène ne sont pas importantes pour l’étude, l’échantillon entier peut subir l’étape d’ébullition de 10 minutes.
  4. Retirez une aliquote de 8 μL de chaque tube, conservez-la sur de la glace et utilisez-la pour déterminer la teneur en glycogène (voir rubrique 4).
  5. Centrifuger la suspension restante à 6 000 × g pendant 10 min à 4 °C.
  6. Transvaser les surnageants dans des tubes à ultracentrifuger et les centrifuger à 3,6 × 105 g pendant 90 min à 4 °C.
  7. Jeter les surnageants restants et remettre les pastilles en suspension dans 1,5 mL de tampon d’isolement du glycogène.
  8. Étalez les échantillons sur 1,5 mL de solution de saccharose à 30 % dans des tubes à ultracentrifuger de 4 mL et centrifugez à 3,6 ×10 5 g pendant 2 h à 4 °C.
  9. Jeter les surnageants restants et remettre les pastilles en suspension dans 200 μL d’eau déminéralisée.
  10. Ajouter 800 μL d’éthanol absolu aux suspensions et bien mélanger pour précipiter le glycogène23,24. Conserver les mélanges à -20 °C pendant au moins 1 h pour permettre les précipitations.
  11. Centrifuger les échantillons à 6 000 × g pendant 10 min à 4 °C. Jeter les surnageants et remettre les pastilles en suspension dans 200 μL d’eau déminéralisée.
  12. Répétez ce processus de précipitation de l’éthanol 3 fois et remettez en suspension la pastille de glycogène finale dans 200 μL d’eau déminéralisée.
  13. Prélever une aliquote de 8 μL de chaque tube pour déterminer la teneur en glycogène (voir rubrique 4).
  14. Congeler les surnageants restants dans de l’azote liquide et lyophiliser (lyophiliser) pendant la nuit. Conservez les échantillons de glycogène sec au congélateur à -20 °C.
    REMARQUE : Les échantillons de glycogène sec doivent être stables à -20 °C ; Cependant, il n’y a pas de données pour indiquer combien de temps ils durent sans aucun changement structurel.

4. Détermination de la teneur en glycogène (Figure 3)

  1. Ajouter 8 μL de surnageants de glycogène (voir rubriques 3.13 et 3.4), 5 μL d’amyloglucosidase (3269 U/mL) et 100 μL de tampon d’acétate de sodium (1 M, pH 4,5) dans un tube de microcentrifugation et remplir le tube jusqu’à 500 μL d’eau déminéralisée.
  2. Préparez des témoins qui utilisent de l’eau déminéralisée au lieu de l’amyloglucosidase.
  3. Incuber les échantillons à 50 °C pendant 30 min, tout en gardant les témoins sur glace.
  4. Centrifuger à 6 000 × g à 4 °C pendant 10 min et mélanger 300 μL de chaque surnageant obtenu avec 1 mL de réactif glucosidase oxydase/peroxydase (GOPOD).
  5. Construisez une courbe d’étalonnage en mélangeant 300 μL d’eau déminéralisée contenant 0, 10, 20, 30, 40 et 50 μg de D-glucose avec 1 mL de réactif GOPOD.
  6. Incuber les mélanges à 50 °C pendant 30 min supplémentaires.
  7. Lecture de l’absorbance (510 nm) de chaque échantillon à l’aide de plaques à 96 puits (150 μL par puits) à l’aide d’un spectrophotomètre UV-vis.
  8. Soustrayez les absorbances des échantillons témoins (sans amyloglucosidase) des absorbances des échantillons expérimentaux, puis calculez la teneur en glycogène en fonction de la courbe standard du D-glucose.

5. Détermination du rendement brut, du rendement en glycogène et de la pureté

  1. Pour le rendement brut, peser l’échantillon de glycogène lyophilisé et calculer le rendement en pourcentage du tissu hépatique humide.
    REMARQUE : Ce rendement doit être ajusté pour tenir compte des aliquotes prises à chaque étape de la teneur en glycogène.
  2. Pour la pureté du glycogène, déterminer la teneur en glycogène dans les pastilles finales, comme décrit à la section 4. Calculer la pureté en pourcentage de la teneur en glycogène déterminée par rapport au rendement brut (voir l’étape 5.1).
  3. Pour le rendement en glycogène, déterminer la teneur en glycogène des échantillons homogénéisés sans ébullition et avant toute centrifugation, comme décrit à la section 4. Calculer le rendement en glycogène en pourcentage de la teneur en glycogène des pastilles finales (voir étape 5.2) par rapport à celui de la teneur en glycogène déterminée dans l’homogénat initial.

6. Analyse des distributions de longueur de chaîne (Figure 4)

  1. Peser 0,5 mg de glycogène lyophilisé dans des tubes de 1,5 ml.
  2. Ajouter 90 μL d’eau déminéralisée et 1,5 μL d’azoture de sodium (0,04 g/mL) dans les tubes.
  3. Ajouter 5 μL de tampon d’acide acétique (0,1 M, pH 3,5) et 2 μL de solution d’isoamylase (180 U/mg) dans les tubes pour débrancher le glycogène.
  4. Incuber les échantillons à 37 °C pendant 3 h.
  5. Ajouter 5 μL de solution d’hydroxyde de sodium (0,1 M) aux échantillons pour augmenter le pH à 7,0.
  6. Congelez les échantillons dans de l’azote liquide et lyophilisez-les pendant la nuit.
  7. Ajouter 2 μL de solution d’APTS (5 mg d’APTS dans 50 μL d’acide acétique glacial à 15 %) et 2 μL de cyanoborohydrure de sodium (1 M) au glycogène ramifié lyophilisé.
  8. Centrifuger les échantillons à 4 000 × g pendant 2 min.
  9. Incuber les échantillons à 60 °C pendant 3 h dans l’obscurité.
    REMARQUE : Le tube peut être recouvert d’une feuille d’aluminium pour protéger le contenu de la lumière.
  10. Ajouter 200 μL d’eau déminéralisée aux échantillons et les faire tourbillonner jusqu’à ce que tout précipité soit dissous.
  11. Centrifuger les échantillons à 4 000 × g pendant 2 min.
  12. Transférez des aliquotes de 50 μL dans des microflacons d’électrophorèse glucidique assistée par fluorophore (FACE) pour analyse.
    NOTE : Les données sont représentées par l’abondance relative des chaînes (déramifiées) (Nde(X)) pour chaque degré de polymérisation (DP, symbole X).

7. Analyse des distributions granulométriques moléculaires (Figure 5)

  1. Dissoudre 0,5 mg de glycogène lyophilisé dans 50 mM de nitrate d’ammonium et 0,02 % d’azoture de sodium à 1 mg/mL.
  2. Incuber les échantillons dans un thermomélangeur à 80 °C pendant 3 h à 300 tr/min.
  3. Injecter les échantillons dans un système SEC à l’aide d’une pré-colonne et de colonnes de 1000 Å et 10 000 Å à 80 °C avec un débit de 0,3 mL/min (voir le tableau des matériaux). Utilisez un détecteur d’indice de réfraction pour déterminer le poids relatif des molécules à chaque volume d’élution.
  4. À l’aide d’étalons pullulans (PSS) avec des masses molaires allant de 342 à 1,22 × 106, tracez une courbe d’étalonnage universelle SEC pour convertir le temps d’élution en Rh (rayon hydrodynamique). Exprimez les données du détecteur d’indice de réfraction différentielle (DRI) sous la forme d’une distribution de poids SEC w (log Rh) en fonction de Rh.

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Representative Results

Bien que la procédure décrite ci-dessus soit la méthode la plus optimale (30 % de saccharose avec l’ajout d’une étape d’ébullition de 10 minutes), des données sont fournies ici pour le glycogène extrait par trois concentrations de saccharose (30 %, 50 %, 72,5 %), avec et sans étape d’ébullition, comme décrit précédemment21. Conformément au protocole, la pureté, le rendement brut et le rendement en glycogène du glycogène sec extrait par différentes conditions sont donnés dans le tableau 1, reproduit à partir dela section 21. Il n’y avait pas de différences significatives dans le rendement en brut et le rendement en glycogène entre les groupes extraits dans les diverses conditions. En revanche, la pureté du glycogène a été significativement influencée à la fois par les concentrations de saccharose (tableau 1, P < 0,001) et par l’ajout d’un degré d’ébullition (tableau 1, P < 0,0001). Le glycogène le plus pur a été extrait en utilisant la concentration de saccharose de 30 % avec une étape d’ébullition de 10 minutes, c’est pourquoi il a été déterminé qu’il était le plus optimal parmi les conditions testées.

Les distributions granulométriques moléculaires ont été utilisées pour évaluer les effets des différentes conditions sur la taille des molécules dans l’extrait final. Ceux-ci ont été obtenus à l’aide d’un système SEC aqueux, comme décrit précédemment25. La normalisation de chaque distribution à la même valeur maximale a permis de comparer la proportion relative de particules de α à β à partir de chaque méthode, illustrée à la figure 6, reproduite à partir de21. Le Rh auquel les maxima se produisent (Rh,max) et le Rh moyen (Equation 1) sont indiqués dans le tableau 2, reproduit à partir de21. Les molécules de glycogène avec Rh < 30 nm ont été définies comme β particules11. La teneur en particules β a été calculée comme l’aire sous la courbe (ASC) de (Rh < 30 nm)/ASC ( Rh total). Les échantillons bouillis présentaient des valeurs moyennes de Rh inférieures et une teneur en particules β plus élevée que les échantillons non bouillis (tableau 2, P < 0,05). Des concentrations plus faibles de saccharose ont entraîné des valeurs plus faibles Equation 1 et des teneurs en particules de β plus élevées (tableau 2, p <0,05). L’introduction d’une étape d’ébullition a également conduit à des valeurs Rh,max plus faibles (tableau 2, P<0,05), tandis que la concentration de saccharose n’a pas eu d’effet significatif.

Les distributions de longueur de chaîne (CLD) fournissent le nombre relatif de chaînes de chaque longueur donnée (nombre d’unités de glucose connectées, ou degré de polymérisation), obtenu à l’aide de FACE. Les CLD sont illustrés à la figure 7, reproduite à l’aide des données de21. La longueur moyenne de la chaîne (ACL) a été calculée comme suit : (ΣX X Nde(X))/ (ΣX Nde(X)) (Tableau 2). Les LCA des échantillons non bouillis étaient significativement plus petites et plus variées que celles des échantillons bouillis (tableau 2, P < 0,05). Cependant, la concentration de saccharose n’a pas eu d’effet significatif sur les LCA. Cela a soutenu l’hypothèse selon laquelle l’ébullition des échantillons pendant 10 minutes en tant qu’étape de pré-extraction préserverait la structure du glycogène. Le mécanisme proposé est la dénaturation des enzymes dégradant le glycogène.

Figure 1
Figure 1 : Les trois niveaux de structure du glycogène. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 2
Figure 2 : Processus d’extraction du glycogène. Étapes pour extraire et purifier le glycogène du foie de souris. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 3
Figure 3 : Détermination de la teneur en glycogène. Étapes pour déterminer la teneur en glycogène dans l’homogénat hépatique, le glycogène sec purifié ou la solution de glycogène. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 4
Figure 4 : Analyse des distributions de longueur de chaîne. Étapes d’analyse des distributions de longueur de chaîne par un système d’électrophorèse des glucides assisté par fluorophore. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 5
Figure 5 : Analyse des distributions granulométriques. Étapes d’analyse des distributions granulométriques moléculaires par un système de chromatographie aqueuse d’exclusion de taille. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 6
Figure 6 : Distributions de poids SEC du glycogène hépatique de souris entier (non ramifié). L’extraction a été réalisée dans des conditions différentes, normalisées pour avoir le même maximum en w(log Rh). Chaque homogénat hépatique a été divisé en six volumes égaux, et le glycogène a été extrait par 30 %, 50 % ou 72,5 % de saccharose, bouilli ou non bouilli. Les courbes représentent la moyenne à un Rh donné, l’écart-type étant fourni de part et d’autre de la ligne principale (n = 4-6, les échantillons n’ayant pas un rapport signal/bruit suffisant étant éliminés). (A) Glycogène extrait par 30% de saccharose, bouilli ou non bouilli ; (B) glycogène extrait par 50% de saccharose, bouilli ou non ; (C) glycogène extrait par 72,5 % de saccharose, bouilli ou non. Ce chiffre a été adapté de21. Abréviations : SEC = chromatographie d’exclusion granulométrique ; ET = écart-type ; Rh = rayon hydrodynamique ; w(log Rh) = Distribution de poids SEC. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 7
Figure 7 : Distributions de la longueur de la chaîne, Nde(X), du glycogène. L’analyse de la longueur de la chaîne a été effectuée sur six foies bouillis et non bouillis en utilisant des concentrations de saccharose de 30 %, 50 % et 72,5 % à l’étape d’ultracentrifugation. Les valeurs de chaque représentent la moyenne ±écart-type (N = 6). (A) Glycogène extrait par 30% de saccharose, bouilli ou non bouilli ; (B) glycogène extrait par 50% de saccharose, bouilli ou non ; (C) glycogène extrait par 72,5 % de saccharose, bouilli ou non. Ce chiffre a été adapté de21. Abréviation : Nde(X) = distribution de la longueur de la chaîne. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Rendement brut (%) Pureté (%) Rendement en glycogène (%)
30% Saccharose-c 2,1 ± 1,0A 13,1 ± 12,0milliards 10,7 ± 9,1A
50% saccharose-c 1,2 ± 0,7A 23,3 ± 20,1milliards 10,2 ± 8,1A
72,5 % de saccharose-c 1,9 ± 0,8A 9,8 ± 9,0 B 5,3 ± 2,4A
30% Saccharose-b 0,8 ± 0,4A 67,9 ± 16,8A 16,0 ± 5,1A
50% Saccharose-b 1,1 ± 0,6A 48,6 ± 16,9A 14,8 ± 7,6A
72,5 % de saccharose-b 2,0 ± 0,9A 14,7 ± 12,6milliards 6,9 ± 3,7A
ANOVA bidirectionnelle Saccharose : P = 0,053 Saccharose : P < 0,001 Saccharose : P = 0,034
Température : P = 0,108 Température : P < 0,0001 Température : P = 0,116
Interaction : P = 0,11 Interaction : P = 0,003 Interaction : P = 0,801

Tableau 1 : Pureté, rendement brut, rendement en glycogène. Rendement brut, pureté et rendement en glycogène pour les échantillons de glycogène hépatique extraits de 30 %, 50 % ou 72,5 % de saccharose, bouilli ou non. -c étaient des échantillons extraits par tampon à froid ; -b ont été des échantillons extraits par ébullition pendant 10 min. Les valeurs sont exprimées sous la forme de la moyenne ±écart-type (ET), n = 6. Les différences entre les valeurs avec des lettres en exposant différentes dans la même colonne sont statistiquement significatives (P < 0,05). Ce tableau a été reproduit avec l’autorisation de21.

Equation 1 Moyenne Rh,max β contenu ACL moyen
30% Saccharose-c 29,4 ± 1,5B 34,9 ± 0,6A 40,9 ± 6,2 %a,b 4,8 ± 0,5C
50% saccharose-c 32,0 ± 1,1a,b 36,1 ± 0,5A 28,5 ± 3,0 %B,C 5,6 ± 1,1b,c
72,5 % de saccharose-c 34,3 ± 1,8A 36,2 ± 0,4A 23,7 ± 3,5 %c 4,7 ± 0,9C
30% Saccharose-b 29,4 ± 1,2milliard 33,7 ± 3,1A 43,1 ± 5,1 %a 8,6 ± 1,8A
50% Saccharose-b 30,1 ± 1,2milliards 34,9 ± 0,7A 36,0 ± 7,2 %a,b,c 8,8 ± 1,7A
72,5 % de saccharose-b 30,9 ± 3,5a,b 33,6 ± 3,5A 34,0 ± 13,1 %a,b,c 7,6 ± 1,9a,b
ANOVA bidirectionnelle Saccharose : P = 0,002 Saccharose : P = 0,442 Saccharose : P < 0,001 Saccharose : P = 0,290
Température : P = 0,010 Température : P = 0,032 Température : P = 0,016 Température : P < 0,0001
Interaction : P = 0,431 Interaction : P = 0,640 Interaction : P = 0,441 Interaction : P = 0,750

Tableau 2 : Equation 1 et Rh auquel se produisent les maxima (Rh,max) et la longueur moyenne de la chaîne (ACL). Equation 1 et Rh auquel se produisent les maxima (Rh, max), la teneur en particules β et la longueur moyenne de la chaîne (LCA) du glycogène extrait de 30 %, 50 % ou 72,5 % de saccharose, bouilli ou non bouilli. -c non cuit ; -b impliquait une étape d’ébullition de 10 minutes. Les différences entre les valeurs avec des lettres en exposant différentes dans la même colonne sont statistiquement significatives (P < 0,05). Ce tableau a été reproduit avec l’autorisation de 21. Abréviations : Rh = rayon hydrodynamique ; Equation 1 = ; ACL = longueur moyenne de la chaîne ; Rh,max = Rh auquel les maxima se produisent.

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Discussion

Des études antérieures ont montré que la structure du glycogène est importante pour ses propriétés ; Par exemple, la taille moléculaire affecte le taux de dégradation du glycogène10 et la distribution de la longueur de la chaîne affecte sa solubilité26. Pour bien comprendre ces relations, il est important d’extraire le glycogène avec une procédure qui isole, autant que possible, un échantillon représentatif et non endommagé. Les méthodes traditionnelles d’extraction utilisaient soit des conditions alcalines chaudes, soit de l’acide froid. Bien qu’efficaces pour séparer le glycogène des autres composants tissulaires, ces méthodes sont chimiquement agressives et il a été démontré qu’elles dégradent la structure moléculaire du glycogène27.

Depuis, une méthode relativement douce a été mise au point qui utilise la centrifugation par gradient de densité de saccharose17,18, permettant au glycogène de se former dans la pastille tandis que la majeure partie du matériel cellulaire reste dans le surnageant. Cette méthode est particulièrement utile pour le tissu hépatique, les particules de α de glycogène étant sensibles à l’hydrolyse acide28. Cette méthode plus douce a cependant au moins deux mécanismes potentiels pour l’isolement du glycogène dont la structure diffère de celle observée in vivo : 1) les particules de glycogène plus petites et moins denses sont plus susceptibles d’être laissées dans le surnageant pendant la centrifugation par gradient de densité de saccharose17,18, car elles peuvent être incapables d’atteindre la pastille ; 2) Les conditions plus douces peuvent permettre aux enzymes de dégradation du glycogène, qui seraient dénaturées dans les conditions d’extraction alcalines/acides plus difficiles, de continuer à dégrader les particules de glycogène pendant l’extraction.

Une publication récente21 visait à aider à résoudre ces problèmes potentiels en testant une série de concentrations de saccharose (et donc de densités), constatant que l’utilisation d’une concentration de 30 %, par opposition aux 72,5 % traditionnellement utilisés, permettait de minimiser la perte de particules de glycogène plus petites. De futures expériences pourraient tester des concentrations encore plus faibles pour voir si certaines particules plus petites sont encore préférentiellement perdues dans le surnageant pendant la centrifugation. Cette publication a également testé l’efficacité de l’introduction d’une étape d’ébullition de 10 minutes directement après l’homogénéisation des tissus pour dénaturer les enzymes de dégradation du glycogène, préservant ainsi la structure du glycogène. Il a été démontré que cette étape aidait à inhiber la dégradation du glycogène, les longueurs des chaînes de glycogène étant significativement préservées. D’autres expériences dans cette étude ont fourni des preuves que cette étape d’ébullition de 10 minutes était peu susceptible de causer des dommages importants à la structure du glycogène. Cependant, cette étape d’ébullition peut influencer la structure des protéines associées au glycogène, entraînant potentiellement la dénaturation et la dissociation ultérieure des protéines du glycogène. Par conséquent, si la protéomique est intéressante, il peut être préférable d’utiliser la faible concentration de saccharose (30 %) sans ébullition (échantillons conservés sur glace), avec la mise en garde que le glycogène peut être légèrement dégradé.

Lors de l’utilisation de la centrifugation par gradient de densité de saccharose sans autres expériences d’optimisation, la méthode la plus appropriée consiste à utiliser une concentration relativement faible de saccharose (30%) avec l’introduction d’une étape d’ébullition de 10 minutes directement après l’homogénéisation des tissus. Il y a quelques limites à cette technique. Tout d’abord, cela a été optimisé pour le glycogène hépatique, et il est important de noter qu’il peut ne pas être aussi approprié pour le glycogène d’autres tissus. Deuxièmement, comme nous l’avons mentionné plus haut, la concentration de saccharose la plus faible testée était de 30 %, et il est possible que des concentrations plus faibles soient préférables. Troisièmement, il n’existe pas encore de technique optimisée qui empêche la dégradation enzymatique du glycogène tout en préservant le protéome associé.

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Disclosures

Les auteurs n’ont aucun conflit d’intérêts à divulguer.

Acknowledgments

Les auteurs sont reconnaissants à M. Gaosheng Wu et Mlle Yunwen Zhu pour l’assistance technique avec FACE et à M. Zhenxia Hu et M. Dengbin pour l’assistance technique avec la SEC. MAS est soutenu par une bourse de recherche avancée de l’industrie du Queensland, la Fondation Mater, Equity Trustees et les fiducies L G McCallam Est et George Weaber. Ce travail a été soutenu par le programme académique prioritaire des établissements d’enseignement supérieur du Jiangsu, une subvention de la Fondation des sciences naturelles de Chine C1304013151101138 et le programme 2017 des talents d’innovation et d’entrepreneuriat du Jiangsu. Les figures 1 à 5 ont été créées à l’aide de BioRender.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
8-aminopyrene-1,3,6-trisulfonate (APTS) SIGMA Aldrich 9341 0.1 M solution
Acetic acid SIGMA Aldrich 695092 0.1 M, pH 3.5 solution
Agilent 1260 Infinity SEC system Agilent, Santa Clara, CA, USA Size-exclusion chromatography (SEC)
BKS-DB/Nju background mice Nanjing Biomedical Research Institution of Nanjing University
D-Glucose Assay Kit (GOPOD Format) Megazyme K-GLUC
Ethylenedinitrilotetraacetic acid (EDTA) SIGMA Aldrich 431788
Homogenizer IKA T 25
Hydrochloric acid SIGMA Aldrich 2104 0.1 M solution
Hydrochloric acid SIGMA Aldrich 2104 0.1 M solution
P/ACE MDQ plus system Ab Sciex, US Fluorophore-assisted carbohydrate electrophoresis (FACE)
Refractive index detector Optilab UT-rEX, Wyatt, Santa Barbara, CA, USA) Size-exclusion chromatography (SEC)
Sodium acetate SIGMA Aldrich 241245 1 M, pH 4.5 solution
Sodium azide SIGMA Aldrich S2002
Sodium chloride SIGMA Aldrich S9888
Sodium cyanoborohydride SIGMA Aldrich 156159 1 M solution
Sodium fluoride SIGMA Aldrich 201154
Sodium hydroxide SIGMA Aldrich 43617 0.1 M solution
Sodium nitrate SIGMA Aldrich NISTRM8569
Sodium pyrophosphate SIGMA Aldrich 221368
Sucrose SIGMA Aldrich V90016
SUPREMA pre-column, 1,000 and 10,000 columns Polymer Standards Services, Mainz, Germany Size-exclusion chromatography (SEC)
Trizma SIGMA Aldrich T 1503
Ultracentrifuge tubes Beckman 4 mL, Open-Top Thinwall Ultra-Clear Tube, 11 x 60 mm

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References

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Ce mois-ci dans JoVE numéro 180 Détermination de la structure du glycogène Polymère de glucose Niveaux de sucre dans le sang Propriétés du glycogène Méthode d’extraction Centrifugation du gradient de densité du saccharose Dommages moléculaires Densité de la solution de saccharose Taille des particules de glycogène Étape d’ébullition Dénature les enzymes de dégradation du glycogène
L’extraction des molécules de glycogène hépatique pour la détermination de la structure du glycogène
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Wang, Z., Liu, Q., Wang, L., Gilbert, R. G., Sullivan, M. A. The Extraction of Liver Glycogen Molecules for Glycogen Structure Determination. J. Vis. Exp. (180), e63088, doi:10.3791/63088 (2022).

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