Name: 하여 HIV - 1 V3 루프 크라운 R2 시퀀스 Immunologically 관련 동적 차 구조 기능의 평가 순이 론적 접는 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2010-09-15T17:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 50 s
Description: 배우세요 HIV-1 R2 균주 V3 루프 크라운 펩타이드의 ab initio 단백질 폴딩 시뮬레이션을 통해 동적 구조적 선호도를 평가하고 중화 민감도와의 상관관계를 분석하는 방법을.

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작품은 DP2 OD004631와 R01 AI084119 포함한 빌 앤드 멜린다 게이츠 재단 (# 38631)와 NIH에서 교부금에 의해 지원되었다.

1. 방법론 <ol><li> 프로토콜의 첫 번째 단계는 silico에 접어하고자하는 V3 왕관 시퀀스를 선택합니다. R2 스트레인 들어,이 조각에 대한 시퀀스 KSIPMGPGRAFYT입니다. </li><li> 이 순서에 해당하는 펩타이드의 3D 원자 구조는 컴퓨터의 가상 공간에 건설되어야합니다. 이에 대한 ICM 명령은 다음과 같습니다 : buildpep "KSIPMGPGRAFYT" 또는 파일 : 새 : 펩타이드는 풀다운 메뉴에 따라 선택할 수 있습니다 </li><li> 절차의 몇 가지 매개 변수는 다음 검색 단계의 번호 (검색 길이), 시뮬레이션 온도, 바이어스 합리적인 지역 에너지 용어, 다른 에너지 계산 방법의 선택으로 검색을하기 위해 변수의 구속을 포함하여 검색 전략 매개 변수를 포함하여, 설정 그리고 검색이 같은 동영상을 기록 여부로 기록하고 얼마나 많은 중간 점수 conformations되는 방법을 나타내는 매개 변수가 기록되어야합니다. 이러한 모든 매개 변수는 이전의 출판물 (www.molsoft.com 참조)에 의해 최적화되었습니다. </li><li> 접지는 다음 명령으로 시작됩니다 : 몬테 칼 또는 파일 : 새 : 펩타이드는 메뉴 분자 역학 풀다운에 따라 선택할 수 있습니다 : 최소화 : 글로벌 전자의 경우에는 3 단계의 매개 변수가 명령줄에 하나씩 설정해야합니다. 명령이 실행되기 전에 후자의 경우, 가장 일반적으로 선택한 매개 변수에 대한 확인란이 패널에 제공됩니다. 편의를 위해,이 실험 이전에 출판 실험 활용 같은 접이식 ICM 스크립트는 여기에 나와 있습니다 : <img src="/files/ftp_upload/2118/2118output.jpg" alt="출력" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="출력"> 이 스크립트는 텍스트 파일에 저장하고 빠르게 명령을 사용하여 컴퓨터의 운영 체제 커맨드 라인 (일반적으로 리눅스)에서 실행할 수 있습니다 : ICM _foldingscript </li></ol> 2. 성공의 비밀 <ol><li> V3 루프는 거의 모든 알려진 변종의 길이는 상수 35 아미노산이며, 아미노산 위치가 1 시스틴 보세 원래 이황화 시작하여 35 시스틴 보세 해당 이황화과 종료 1에서 35 번호되도록. 그것이 루프의 일부이기 때문에, V3의 왕관의 경계를 신중하게 선택하여야한다. 너무 큰 조각을 선택한 경우는 무료 펩타이드 것처럼, 그것이 자유롭게 유연한 세그먼트로 동작하지 않을 수 있습니다, 접는 시뮬레이션이 제대로 구조를 평가되지 않습니다. 너무 작은 조각이 선택되면, 정보를 차 구조는 시뮬레이션에서 양식하지 않을 수 있습니다. 우리의 이전 연구는 위치 22 위치 10 조각은 항체 바운드 crystallographic conformations와 상관 것으로 나타났다, 그래서 이것은 접는 위해 선택되어야하는 V3 루프의 조각이다. </li><li> 그래픽 사용자 인터페이스를 사용하고 풀다운 메뉴는 사용자 친화이지만, 특히 ICM과 V3 루프 왕관 접는를 사용하여 일반적으로 펩타이드 접는에 이전 성공적인 작품은 단순히 buildpep 라인의 순서를 수정하고 실행 위의 스크립트를 사용하여 커맨드 라인에서 위의 스크립트를 권장합니다. </li></ol> 3. 대표 결과 R2의 접는에 대한 결과는 V3 루프에 대한 결과의 대표입니다. 결과를 평가하기 위해, 프로젝트 파일 (이것은 위의 스크립트에서 "newProject1.icb"라는 것입니다) 선택 "을 분자 역학, 스택,보기"개설하고 있어야합니다. 스택 conformations의 테이블이 나타납니다. 스택 conformations는 플롯 / 히스토그램 아이콘을 클릭하여 그래픽 시각하실 수 있습니다. "분자 역학, 스택, 재생"시각 접는에 의해 밝혀 conformational 환경 설정을 감사하는 스택의 영화를 만들 것입니다. R2 시퀀스의 경우 형태는 V3 루프 2 예상 베타 헤어핀 같은 것입니다 - 특히 위치에있는 조각에 12 깨끗한 β - 스트랜드 환경 설정이 스택에 걸쳐 볼 수 있으며 거의 알파 - 나선형 conformations입니다 14 볼 수 있습니다. 또한, 거의 3 단위의 에너지 격차가 가장 낮은 에너지 형태와 두 번째 낮은 에너지 형태 사이에서 볼 수 있습니다. 보기 활기 넘치는 관점에서,이 의미 낮은 에너지 형태의 구조는 깜박임 아웃 시간 미만 퍼센트 : 접는 결과는 따라서 R2 V3 왕관이 단단한보다는 유연한 구조로되어하는 것이 좋습니다. 이 conformations의 앙상블에 추가 중요한 구조적 기능을 수 있지만 그들은 체계적으로 감사하기가 어렵습니다 수 있습니다. <table border="1"><tbody><tr><td></td><td> JRFL </td><td> SF162_V3JRFL </td><td> SF162_V3R2 </td></tr><tr><td> 447 - 52D 그리니치 표준시 50 </td><td> 15 </td><td> 0.00061 </td><td> 0.00078 </td></tr></tbody></table> 표 1 : JRFL 및 R2 V3의 상대 중화가 가면과 가면 설정에서 루프. 데이터는 이전에 다음 ID로 카도조 T., 외. ARHR (200에서보고되었다8)와 핀터, A., 동부 표준시. 알 J. Virol (2004). SF162_V3JRFL 포함된 JRFL : 간단히, 중화 활동은 환경을 - 결함 루시페라제 - 표현 JRFL 환경을하거나 위에서 설명한 SF162 V3 변종과 함께 pseudotyped pNL4 - 3.Luc.RE - 플라스미드와 생성된 psVs을 사용하여 단일 사이클 감염 분석과 결정했습니다 SF162 V3 루프 시퀀스 대신에 V3 루프 시퀀스. SF162_V3R2는 SF162 V3 루프 시퀀스 대신에 R2의 V3 루프 시퀀스를 포함하고 있습니다. psVs는 37 1.5 H에 대한 447 - 52D mAb 일련 dilutions와 incubated했다 polybrene (10 MG = ML)의 면전에서 96 - 웰 플레이트에 도금 ° C, 그리고 CD4에 추가 + CCR5 + U87 대상 세포. 24 시간 후, 세포가 배양의 추가 24-48 H 다음 10% FBS 및 10 MG = ML polybrene을 포함하는 RPMI 매체와 refed되었습니다. 루시페라제 활동이 447 - 52D 50 %의 중화 (GMT50)에 대한 Promega (주) 기하 평균의 titers에서 분석 시약을 사용하여 microtiter 플레이트 luminometer (HARTA 주식 회사)와 48-72 H의 postinfection 결정되었고 중화 곡선의 보간에 의해 결정하고 있었다 적어도 세 독립 assays의 평균입니다.

<ol><li>Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Zolla-Pazner, S. &amp, Cardozo, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+characterization+of+the+V3+loop+crown%5BTitle%5D)+AND+%22Antiviral+Therapy%22%5BJournal%5D)">Dynamic characterization of the V3 loop crown.</a> Antiviral Therapy. 12, 13-31 (2007).</li>
<li>Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Swetnam, J., Zolla-Pazner, S., Cardozo, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+conservation+predominates+over+sequence+variability+in+the+crown+of+HIV+type+1%27s+V3+loop%5BTitle%5D)+AND+%22AIDS+Res+Hum+Retroviruses%22%5BJournal%5D)">Structural conservation predominates over sequence variability in the crown of HIV type 1's V3 loop.</a> AIDS Res Hum Retroviruses. 26, (2010).</li>
<li>Abagyan, R., Totrov, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biased+probability+Monte+Carlo+conformational+searches+and+electrostatic+calculations+for+peptides+and+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Biased probability Monte Carlo conformational searches and electrostatic calculations for peptides and proteins.</a> J Mol Biol. 235, 983-1002 (1994).</li>
<li>Quinnan, G. V., Zhang, P. F., Fu, D. W., Dong, M., Alter, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+and+characterization+of+HIV+type+1+envelope+protein+associated+with+a+broadly+reactive+neutralizing+antibody+response%5BTitle%5D)+AND+%22AIDS+Res+Hum+Retroviruses%22%5BJournal%5D)">Expression and characterization of HIV type 1 envelope protein associated with a broadly reactive neutralizing antibody response.</a> AIDS Res Hum Retroviruses. 15, 561-5670 (1999).</li>
<li>Zhang, P. F., Bouma, P., Park, E. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+variable+region+3+%28V3%29+mutation+determines+a+global+neutralization+phenotype+and+CD4-independent+infectivity+of+a+human+immunodeficiency+virus+type+1+envelope+associated+with+a+broadly+cross-reactive%2C+primary+virus-neutralizing+antibody+response%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">A variable region 3 (V3) mutation determines a global neutralization phenotype and CD4-independent infectivity of a human immunodeficiency virus type 1 envelope associated with a broadly cross-reactive, primary virus-neutralizing antibody response.</a> J Virol. 76, 644-655 (2002).</li>
</ol>

관심 없음 충돌 선언하지 않습니다.

순이 론적 접힘은 차 구조 특성, 순차적으로 각각의 아미노산을 공부에서 뚜렷하지 않을 수있는 효과를 나타낸다. R2 V3 루프 왕관 몇 가지 이전에 애매한 구조 특성은 접는 시뮬레이션에 의해 공개됩니다. 이러한 관찰 구조적 환경 즉 R2 스트레인, 중화 및 hyperinfectivity 5 감도의 관찰 기능 특성과 상관 관계 수 있습니다. 첫째, 위치 12-14에서 R2의 V3 크라운의 N - 터미널의 절반은 분명 β - 스트랜드 경향이 관찰됩니다. 이것은 R2 변형의 특이한 이소 류신 - 프롤린 - 메티오닌 (IPM) 순서의 위치입니다. V3 루프 펩티드, 위치 바운드 때 V3 루프의 12-14는이 항체에 의해 바운드, 그리고에 바인딩 crystallographic 447 - 52D의 구조, 2219, Be48, 2557, 2558 및 537 - D 백신 V3 루프 항체에서 세그먼트는 로컬 β - 스트랜드 형태를 채택. 접지 시뮬레이션 따...

<table><tbody><tr><td>ICM-Pro</td><td>Molsoft LLC</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

하여 hiv - 1 v3 루프 크라운 r2 시퀀스 immunologically 관련 동적 차 구조 기능의 평가 순이 론적 접는

Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding

HIV - 1의 antigenic 다양성 길이 백신 설계에 장애물을하고 있으며,이 변화는 특히 바이러스 &#39;표면 봉투 당단백질의 V3 루프의 발음입니다. 우리는 이전에 V3 루프의 왕관,하지만 역동적이고 순서 변수, immunologically 관련 β - 헤어핀 차 구조 HIV - 1 바이러스의 인구에 걸쳐 제약이 있다고 제안했습니다. 중요한 것은, 다른 V3 루프 왕관 시퀀스 수천 crystallography 나 NMR에 의해 어렵거나 불가능 바이러스의 다양성에 걸쳐 트렌드의 3D 구조 특성 만들기, HIV - 1 바이러스를 순환에 있습니다. V3 왕관 1, 2 접는과 함께 이전의 성공적인 연구 ICM - PRO 분자 모델링 소프트웨어 패키지 (Molsoft LLC, 라 호야, CA)에 접근 순이 론적 알고리즘 3 사용하고 제안하는 V3 루프의 왕관, 구체적으로부터 위치 10-22 충분한 유연성과 자유롭게 솔루션 접는 거리낌없는 펩타이드 것처럼 큰 정도로 동작하기 위해 측면 줄기의 길이에서 혜택을 제공합니다. 60000의 개별 변형의 V3 루프의 그냥이 부분 등, 빠른 순이 론적 접는로 + 순환 HIV - 1 계통 정보를 수 있습니다. 여기, 우리는 독특한 속성의 구조적 기초에 대한 통찰력을 얻으려면 R2 변형의 V3 루프를 접어. R2는 환자와 단클론 항체 세라 4 5 중화이 변형의 아름다운 감성에 대한 책임 것으로 생각 드문 V3 루프 시퀀스를 맺는다. 변형 CD4 독립 감염 mediates하고 널리 중화 항체를 이끌어내는 것으로 나타났습니다. 우리는 접는의 결과 평가가 R2에 대한 관찰 면역 활동과 접는에서 관찰 구조와 연결에 대한 정보를 수있는 방법을 보여줍니다.

HIV - 1의 표면 봉투 당단백질 (gp120)의 다른 V3 루프 시퀀스의 왕관 지역은 구조 위치의 silico 폴딩에 의해 대부분의 경우 특색 수있는 최첨단의를 사용하여 루프의 10-22<em&gt; 순이 론적</em&gt; 접는 알고리즘. 여기 우리는 HIV - 1의 R2 스트레인, 기괴 기능적 특성을 가진 독특한 중화 민감한 변형에서 V3 루프의이 지역의 접는 및 평가를 보여줍니다.

하여 HIV - 1 V3 루프 크라운 R2 시퀀스 Immunologically 관련 동적 차 구조 기능의 평가 순이 론적 접는

HIV-1의 항원 다양성은 오랫동안 백신 설계의 장애물이 되어 왔으며, 이러한 가변성은 바이러스의 V3 루프에서 특히 두드러지게 나타납니다...

다음 실험의 전반적인 목표는 AR folding을 통해 HIV R 2 균주의 V3 crown 펩타이드 서열의 동적 구조 선호도를 평가하고, 그 결과를 R 2 균주의 알려진 중화 민감도와 상관시키는 것입니다. 이는 R 2 V3 loop crown의 적절한 단편을 선택하여 AR bonni로 folding함으로써 달성됩니다. 두 번째 단계로 folding 시뮬레이션을 수행하여 R 2 crown 단편의 가능한 모든 컨포메이션을 탐색하고, 가장 가능성이 높은 컨포메이션들을 stack 파일에 기록합니다.다음으로, 기록된 컨포메이션들을 분석하여 중화 민감성을 설명할 수 있는 R2V3 크라운의 동적 구조적 선호도를 결정합니다. 2차 구조 선호도 및 탐색된 컨포메이션 스택의 에너지 분포를 바탕으로, V3 루프의 12번에서 14번 위치에 있는 강직한 베타 가닥에 대한 선호도를 공유하는 결과가 도출됩니다. 안녕하세요, 뉴욕 대학교 의과대학 약리학과 실험실의 Timothy Cardozo입니다.오늘은 GP120로 알려진 면역원성 HIV-1 바이러스 단백질의 유연한 루프(flexible loop)를 in vitro에서 단백질 접힘(protein folding)시키는 절차를 보여드리겠습니다. 이 유연한 루프는 HIV-1 바이러스의 표면 엔벨로프 당단백질의 V3 루프라고 알려져 있으며, 그 끝부분은 V3 루프의 크라운(crown)이라고 합니다. 이곳이 우리가 접힘을 유도할 영역입니다.저희 실험실에서는 성공적인 HIV 백신 설계를 위한 생산적 경로를 식별하기 위해 이 절차를 사용합니다. 이제 시작해 보겠습니다. 이 절차를 시작하려면, in silico로 폴딩할 V3 crown 서열을 선택하십시오.본 연구실의 이전 연구 결과에 따르면, 모든 V3 루프 서열의 10번에서 22번 위치가 가장 좋은 결과를 나타냅니다. ICM Pro 분자 모델링 소프트웨어의 그래픽 사용자 인터페이스(GUI)에 있는 사용자 친화적인 풀다운 메뉴를 사용하여 armenio 폴딩 실험을 수행하십시오. 먼저, 이 서열에 해당하는 펩타이드의 3차원 원자 구조를 컴퓨터의 가상 공간에 구축해야 합니다. 3차원 원자 구조를 구축하려면 파일 메뉴에서 '새로 만들기(new)'를 선택하십시오.그러면 여러 개의 탭이 있는 화면이 나타납니다. 펩타이드 탭을 선택하고 텍스트 상자에 서열을 붙여넣거나 입력하십시오. 확인을 클릭하여 펩타이드의 3차원 구조를 생성합니다.구조가 ICM 그래픽 창에

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Immunology and Infection

면역학 및 감염학

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인플루엔자 바이러스의 극저온 전자 단층 촬영에서 혈구응집소의 서브나노미터 분해능 구조 결정

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