Name: Stereo-seq 를 통한 종에 구애받지 않는 전사체의 포괄적인 공간 프로파일링 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-31T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 22 s
Description: 배우세요 Stereo-seq를 이용한 FFPE 조직의 고해상도 공간 전사체 프로파일링 방법입니다. 이 기술은 종양 미세환경 분석과 바이오마커 발굴에 활용됩니다.

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<ol><li>Ferri-Borgogno, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((metabolic%2C+and+subcellular+mapping+of+the+tumor+immune+microenvironment+via+3D+targeted+and+non-targeted+multiplex+multi-omics+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">metabolic, and subcellular mapping of the tumor immune microenvironment via 3D targeted and non-targeted multiplex multi-omics analyses.</a> Cancers (Basel). 16 (5), 846(2024).</li>
<li>Lähnemann, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Eleven+grand+challenges+in+single-cell+data+science%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Eleven grand challenges in single-cell data science.</a> Genome Biol. 21 (1), 31(2020).</li>
<li>Molla Desta, G., Birhanu, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advancements+in+single-cell+RNA+sequencing+and+spatial+transcriptomics%3A+transforming+biomedical+research%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Biochim+Pol%22%5BJournal%5D)">Advancements in single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics: transforming biomedical research.</a> Acta Biochim Pol. 72, 1-12 (2025).</li>
<li>Fang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computational+approaches+and+challenges+in+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Genomics+Proteomics+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Computational approaches and challenges in spatial transcriptomics.</a> Genomics Proteomics Bioinformatics. 21 (1), 24-47 (2023).</li>
<li>Chen, G., Ning, B., Shi, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+technologies+and+related+computational+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Genet%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq technologies and related computational data analysis.</a> Front Genet. 10, 317(2019).</li>
<li>Burja, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+optimized+tissue+dissociation+protocol+for+single-cell+RNA+sequencing+analysis+of+fresh+and+cultured+human+skin+biopsies%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">An optimized tissue dissociation protocol for single-cell RNA sequencing analysis of fresh and cultured human skin biopsies.</a> Front Cell Dev Biol. 10, 882114(2022).</li>
<li>Yu, X., Abbas-Aghababazadeh, F., Chen, Y. A., Fridley, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Statistical+and+bioinformatics+analysis+of+data+from+bulk+and+single-cell+RNA+sequencing+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Statistical and bioinformatics analysis of data from bulk and single-cell RNA sequencing experiments.</a> Methods Mol Biol. 2194, 143-175 (2021).</li>
<li>Ma, Y., Zhou, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+informed+cell-type+deconvolution+for+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Spatially informed cell-type deconvolution for spatial transcriptomics.</a> Nat Biotechnol. 40 (9), 1349-1359 (2022).</li>
<li>Zhou, Z., Zhong, Y., Zhang, Z., Ren, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomics+deconvolution+at+single-cell+resolution+using+Redeconve%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomics deconvolution at single-cell resolution using Redeconve.</a> Nat Commun. 14 (1), 428(2023).</li>
<li>Wei, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+charting+of+single-cell+transcriptomes+in+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Spatial charting of single-cell transcriptomes in tissues.</a> Nat Biotechnol. 40 (8), 1190-1199 (2022).</li>
<li>Cheng, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+resolved+transcriptomics%3A+a+comprehensive+review+of+their+technological+advances%2C+applications%2C+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22J+Genet+Genomics%22%5BJournal%5D)">Spatially resolved transcriptomics: a comprehensive review of their technological advances, applications, and challenges.</a> J Genet Genomics. 50 (9), 625-640 (2023).</li>
<li>To, A., Yu, Z., Sugimura, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+advancement+in+the+spatial+immuno-oncology%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Recent advancement in the spatial immuno-oncology.</a> Semin Cell Dev Biol. 166, 22-28 (2025).</li>
<li>Chen, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatiotemporal+transcriptomic+atlas+of+mouse+organogenesis+using+DNA+nanoball-patterned+arrays%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays.</a> Cell. 185 (10), 1777-1792.e21 (2022).</li>
<li>McKellar, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+mapping+of+the+total+transcriptome+by+in+situ+polyadenylation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Spatial mapping of the total transcriptome by in situ polyadenylation.</a> Nat Biotechnol. 41 (4), 513-520 (2023).</li>
<li>Kuemmerle, L. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probe+set+selection+for+targeted+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Probe set selection for targeted spatial transcriptomics.</a> Nat Methods. 21 (12), 2260-2270 (2024).</li>
<li>Gong, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((an+efficient+and+accurate+data+analysis+workflow+for+stereo-seq+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Gigabyte%22%5BJournal%5D)">an efficient and accurate data analysis workflow for stereo-seq spatial transcriptomics.</a> Gigabyte. 2024, 1-12 (2024).</li>
<li>Zhou, Y., Jia, E., Pan, M., Zhao, X., Ge, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Encoding+method+of+single-cell+spatial+transcriptomics+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Encoding method of single-cell spatial transcriptomics sequencing.</a> Int J Biol Sci. 16 (14), 2663-2674 (2020).</li>
<li>Patel, P. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reliability+and+performance+of+commercial+RNA+and+DNA+extraction+kits+for+FFPE+tissue+cores%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Reliability and performance of commercial RNA and DNA extraction kits for FFPE tissue cores.</a> PLoS One. 12 (6), e0179732(2017).</li>
<li>Zhao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stereo-seq+V2%3A+Spatial+mapping+of+total+RNA+on+FFPE+sections+with+high+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Stereo-seq V2: Spatial mapping of total RNA on FFPE sections with high resolution.</a> Cell. , (2025).</li>
<li>Russell, A. J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Slide-tags+enables+single-nucleus+barcoding+for+multimodal+spatial+genomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Slide-tags enables single-nucleus barcoding for multimodal spatial genomics.</a> Nature. 625 (7993), 101-109 (2024).</li>
<li>Stenbeck, L., Taborsak-Lines, F., Giacomello, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enabling+automated+and+reproducible+spatially+resolved+transcriptomics+at+scale%5BTitle%5D)+AND+%22Heliyon%22%5BJournal%5D)">Enabling automated and reproducible spatially resolved transcriptomics at scale.</a> Heliyon. 8 (6), e09651(2022).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Vol.+Rev+A%22">Vol. Rev A</a>. , 10X Genomics. Pleasanton, CA. (2022).</li>
<li>Su, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+multi-omics+sequencing+for+fixed+tissue+via+DBiT-seq%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Spatial multi-omics sequencing for fixed tissue via DBiT-seq.</a> STAR Protoc. 2 (2), 100532(2021).</li>
<li>Stickels, R. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+sensitive+spatial+transcriptomics+at+near-cellular+resolution+with+Slide-seqV2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Highly sensitive spatial transcriptomics at near-cellular resolution with Slide-seqV2.</a> Nat Biotechnol. 39 (3), 313-319 (2021).</li>
<li>Groelz, D., Viertler, C., Pabst, D., Dettmann, N., Zatloukal, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Impact+of+storage+conditions+on+the+quality+of+nucleic+acids+in+paraffin+embedded+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Impact of storage conditions on the quality of nucleic acids in paraffin embedded tissues.</a> PLoS One. 13 (9), e0203608(2018).</li>
<li>Yi, Q. Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+preservation+time+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissues+on+extractable+DNA+and+RNA+quantity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Int+Med+Res%22%5BJournal%5D)">Effect of preservation time of formalin-fixed paraffin-embedded tissues on extractable DNA and RNA quantity.</a> J Int Med Res. 48 (6), 030006052093125(2020).</li>
<li>Eccher, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pathology+laboratory+archives%3A+Conservation+quality+of+nucleic+acids+and+proteins+for+NSCLC+molecular+testing%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pers+Med%22%5BJournal%5D)">Pathology laboratory archives: Conservation quality of nucleic acids and proteins for NSCLC molecular testing.</a> J Pers Med. 14 (4), 333(2024).</li>
<li>Chen, T. Y., You, L., Hardillo, J. A. U., Chien, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomic+technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Cells%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomic technologies.</a> Cells. 12 (16), 2042(2023).</li>
<li>Wang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNAscope%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Diagn%22%5BJournal%5D)">RNAscope.</a> J Mol Diagn. 14 (1), 22-29 (2012).</li>
<li>Merritt, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+digital+spatial+profiling+of+proteins+and+RNA+in+fixed+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Multiplex digital spatial profiling of proteins and RNA in fixed tissue.</a> Nat Biotechnol. 38 (5), 586-599 (2020).</li>
<li>Janesick, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+resolution+mapping+of+the+tumor+microenvironment+using+integrated+single-cell%2C+spatial+and+in+situ+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">High resolution mapping of the tumor microenvironment using integrated single-cell, spatial and in situ analysis.</a> Nat Commun. 14 (1), 3602(2023).</li>
<li>You, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+comparison+of+sequencing-based+spatial+transcriptomic+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods.</a> Nat Methods. 21 (9), 1743-1754 (2024).</li>
<li>Chen, K. H., Boettiger, A. N., Moffitt, J. R., Wang, S., Zhuang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+resolved%2C+highly+multiplexed+RNA+profiling+in+single+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Spatially resolved, highly multiplexed RNA profiling in single cells.</a> Science. 348 (6233), aaa6090(2015).</li>
<li>Wang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-dimensional+intact-tissue+sequencing+of+single-cell+transcriptional+states%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Three-dimensional intact-tissue sequencing of single-cell transcriptional states.</a> Science. 361 (6400), eaat5691(2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1.5 mL 원심분리관 일반 DNAse/RNAse</td><td>써모피셔 사이언티픽 / 인비트로젠</td><td>3456</td><td>시약을 섞으려면(다른 밴드도 괜찮습니다)&nbsp;</td></tr><tr><td>100% 에탄올</td><td>시그마-올드리치</td><td>E7023</td><td>분자등급</td></tr><tr><td>15mL 원뿔형 멸균 폴리프로필렌 원심분리관</td><td>써모피셔 사이언티픽 / 인비트로젠</td><td>339650</td><td>알리코트와 nbsp에 사용;</td></tr><tr><td>20배 농축액 &nbsp; 식염수 시트산나트륨(SSC) 버퍼(SSC)</td><td>시그마-올드리치</td><td>S6639-1L</td><td>스테인용 SSC 5배, 세척 단계와 커버슬립 제거용 SSC 1배를 만들었어요.</td></tr><tr><td>2100 바이오분석기</td><td>애질런트</td><td>할인</td><td>장비: 바이오분석기</td></tr><tr><td>3 웰 챔버, 분리 가능</td><td>이비디</td><td>80381</td><td>실리콘 챔버는 재수화 및 메탄올 고정 시 부피를 줄이기 위한 것입니다.</td></tr><tr><td>405nm 자외선 광원</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>UV 수지 경화를 위해</td></tr><tr><td>50mL 원뿔형 멸균 폴리프로필렌 원심분리관</td><td>써모피셔 사이언티픽 / 인비트로젠</td><td>339652</td><td>알리코트와 탈파라핀화에 사용되며, nbsp;</td></tr><tr><td>멸균 이소프로판올 알코올 70%</td><td>텍스와이프&nbsp;</td><td>TX3270</td><td>표면 오염 제거를 위해...</td></tr><tr><td>애질런트 고감도 DNA 키트</td><td>애질런트</td><td>5067-4626</td><td>cDNA 및 라이브러리의 바이오분석기 특성 분석</td></tr><tr><td>애질런트 RNA 6000 피코 키트</td><td>애질런트</td><td>5067-1513</td><td>RNA의 바이오분석기 특성 분석</td></tr><tr><td>알루미늄 호일</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>SSD 염색 시 슬라이드를 덮기 위해서요.</td></tr><tr><td>벡만 쿨터 SPRI셀렉트</td><td>벡만 쿨터 생명과학 &nbsp;</td><td>B23317/B23318/B23319</td><td>SPRI 비즈 cDNA 및 라이브러리 정화</td></tr><tr><td>표백제</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>마이크로바이옴 오염 제거 작업 공간 청소</td></tr><tr><td>CONSTIX 밀봉 폼 스왑</td><td>콘텍</td><td>19161023</td><td>정밀 수지 세척을 위해</td></tr><tr><td>커버슬립</td><td>시그마-올드리치</td><td>BR470045-2000EA</td><td></td></tr><tr><td>건조제 팩</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>RNase 없고 먼지 없는 건조제 팩.</td></tr><tr><td>일회용 마스크</td><td>써모피셔 사이언티픽 / 인비트로젠</td><td>12-888-001</td><td>보호, RNAase 오염 및 및 불임성&nbsp;</td></tr><tr><td>DNA 지우기 와이프</td><td>시그마-올드리치</td><td>L9060-250EA</td><td>표면을 닦아내는 오염 제거(물티슈)</td></tr><tr><td>DNA LoBind 튜브 1.5mL</td><td>에펜도르프와 nbsp;</td><td>22431021</td><td>cDNA 채집 및 라이브러리 포스트 증폭에 사용됩니다.</td></tr><tr><td>DNA LoBind 튜브 2mL</td><td>에펜도르프와 nbsp;</td><td>22431048</td><td>증폭 전에 cDNA 수집에 사용됩니다.</td></tr><tr><td>DNBSEQ 원스텝 DNB 시약 제조 키트</td><td>완전 유전체학</td><td>940-001891-00</td><td>DNA 나노볼(DNB) 제조 및 증폭을 위한 시약</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS 청소 시약 키트</td><td>완전 유전체학</td><td>940-001903-00</td><td>시퀀싱 완료 후 세척용 카트리지</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS DNB 부하 시약 키트</td><td>완전 유전체학</td><td>940-001894-00</td><td>DNB를 플로우셀에 적재하는 시약과 플레이트</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS 시퀀싱 플로우 셀</td><td>완전 유전체학</td><td>940-001902-00</td><td>1레인/플로우셀</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS 스테레오-시퀀스 시각화 시약 키트</td><td>완전 유전체학</td><td>940-001893-00</td><td>시퀀싱을 위한 카트리지와 시약들.</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS 시스템</td><td>완전 유전체학</td><td></td><td>이 스테레오-시퀀스 시각화 세트는 DNBSEQ 기술을 활용합니다. 시퀀싱 작업은 DNA 앵커의 하이브리드다이제이션으로 시작되고, 조합 프로브 앵커 시퀀싱(cPAS) 화학을 사용하여 형광 프로브를 DNA 나노볼(DNB)에 부착합니다. 마지막으로, 고해상도 영상 시스템은 형광 신호를 포착합니다. 광학 신호를 디지털 처리한 후, 시퀀서는 고품질이자 정확한 시퀀싱 정보를 생성합니다.</td></tr><tr><td>먼지 제거 압축 공기</td><td>아침 기도</td><td>M-6318</td><td>이 브랜드나 유사한 추진제를 사용하는 것이 중요합니다.</td></tr><tr><td>엣지-라이트 미크토름 블레이드</td><td>써모피셔 사이언티픽 / 인비트로젠</td><td>4280L</td><td>조직학 - 샘플 절획 시 사용</td></tr><tr><td>방폭 냉동고</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>메탄올 고정 단계와 그 전후에 메탄올을 냉각하는 것입니다.</td></tr><tr><td>조직학 브러시</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>조직학 - 샘플 절획 시 사용</td></tr><tr><td>염산</td><td>시그마-올드리치</td><td>2104-50ML</td><td>0.01 N HCl(pH 2)에서 전단계 희석하는 효소를 위해. HCl 용액의 표준 스톡 농도는 0.1 N입니다. </td></tr><tr><td>영상 시스템</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>GC 스토믹스 이미저, 레시아, 에보 레볼루션</td></tr><tr><td>인비트로젠 RNaseZap RNase 오염 제거 솔루션</td><td>써모피셔 사이언티픽 / 인비트로젠</td><td>AM9780</td><td>RNAse 오염 제거 작업 공간 청소</td></tr><tr><td>킴텍 섬세한 작업 와이퍼s&nbsp;</td><td>킴텍</td><td>34155</td><td>작업대, 장비, 피펫 등을 건조하는 데 사용했습니다.</td></tr><tr><td>실험복</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>개인 보호 장비(PPE)</td></tr><tr><td>렌즈 페이퍼</td><td>써모피셔 사이언티픽 / 인비트로젠</td><td>11-997</td><td>슬라이드를 머리 없이 건조하는 다양한 작품</td></tr><tr><td>룩아웃 DNA 지우기 물티슈</td><td>시그마-올드리치</td><td>L9060</td><td>PCR 오염 제거 작업 공간 청소</td></tr><tr><td>마젠틱 분리 랙 5uL - 0.2 & nbsp;</td><td>Permagen Labware</td><td>MSRLV08</td><td>PCR 튜브 내 구슬 분리를 위해</td></tr><tr><td>매그젯 럭 12x1.5 mL</td><td>써모피셔 사이언티픽 / 인비트로젠</td><td>MR02</td><td>1.5 mL 튜브에서 구슬 분리를 위해</td></tr><tr><td>수동 회전 미세토름</td><td>라이카</td><td>RM2235</td><td>조직학 - 샘플 절획 시 사용</td></tr><tr><td>메토날 & 지오; 99.9%, 면역형광 및 HPLC 적합</td><td>시그마-올드리치</td><td>34860</td><td>고정 용도(HPLC 등급 필요)</td></tr><tr><td>미세 해리 겸자</td><td>시그마-올드리치</td><td>F4142-1EA</td><td>조직학 - 샘플 절획 시 사용</td></tr><tr><td>마이크로피펫</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td></td></tr><tr><td>분자급 무핵효소수 비-DPEC 처리수</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>구슬의 희석과 용출</td></tr><tr><td>니트릴 장갑</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>개인 보호 장비</td></tr><tr><td>오븐</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>감자튀김 구우기 위해</td></tr><tr><td>캡이 부착된 PCR 0.2 mL 튜브</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>PCR 응용</td></tr><tr><td>PCR 표지 및 nbsp;</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>제공된 커버의 접착제가 약하면 교체</td></tr><tr><td>PCR 후드 & 워크스테이션</td><td>미스테어</td><td>MY-PCR24-010</td><td>사전 PCR(RNA에서 cDNA) 단계에 대해</td></tr><tr><td>pH 측정기</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>HCl pH를 확인하기 위해 pH 미터.</td></tr><tr><td>폴리-L-라이신 용액</td><td>시그마-올드리치</td><td>A005-C</td><td>칩에 대한 조직 접착을 높이기 위해 선택 사항입니다</td></tr><tr><td>큐비트 4 형광도계</td><td>써모피셔 사이언티픽 / 인비트로젠</td><td>Q33226</td><td>소술; DNA 양 측정</td></tr><tr><td>큐비트 dsDNA 정량 분석 키트</td><td>써모피셔 사이언티픽 / 인비트로젠</td><td>Q32851</td><td>cDNA 및 라이브러리 정량 측정을 위해</td></tr><tr><td>큐비트 ssDNA 분석키트</td><td>써모피셔 사이언티픽 / 인비트로젠</td><td>Q10212</td><td>ssDNA 염색 (유일한 염료 사용)</td></tr><tr><td>RNAse 없는 아이스 블록</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>조직학 - 샘플 절획 시 블록 수화를 위해 사용됨</td></tr><tr><td>RNaseZap RNase 오염 제거 용액</td><td>써모피셔 사이언티픽 / 인비트로젠</td><td>AM9782</td><td>RNAs를 파괴하는 표면 오염 제거 용액</td></tr><tr><td>RNeasy FFPE 키트</td><td>치아겐</td><td>73504 & 19093</td><td>RNA 추출 및 사용 DV200 측정값 & nbsp;</td></tr><tr><td>스컬프트 울트라 화이트 레진</td><td>시라야 테크</td><td>해당 없음</td><td>고온 저항성 자외선 경화 수지</td></tr><tr><td>스테레오-세이크 16 바코드 라이브러리 준비 키트</td><td>STOmics / 완전 유전체학</td><td>111KL160</td><td>스테레오-시퀀스 OMNI FFPE 라이브러리 구축을 위해</td></tr><tr><td>스테레오-시퀀스 FFPE 액세서리 키트</td><td>STOmics / 완전 유전체학</td><td>310AK002</td><td>211SN114 키트의 공간 OMNI 액세서리 부품</td></tr><tr><td>스테레오 시퀀스 N-칩 슬라이드 (1cm x 1cm)</td><td>STOmics / 완전 유전체학</td><td>210CN114</td><td>211SN114 키트의 공간 OMNI 칩 부품</td></tr><tr><td>스테레오-시퀀스 PCR 어댑터 &nbsp;</td><td>STOmics / 완전 유전체학</td><td>301AUX001</td><td>PCR 하이브리다이제이션 단계는 PCRmax와 유사한 세 가지 용도로 수정되었습니다.</td></tr><tr><td>스테레오-시퀀스 전사체학 N 키트</td><td>STOmics / 완전 유전체학</td><td>211KN114</td><td>211SN114 키트의 공간 OMNI 리젠트 부품</td></tr><tr><td>외과 설계 범용 산업용 면도날</td><td>써모피셔 사이언티픽 / 인비트로젠</td><td>13-812-236</td><td>조직학 - 샘플 절획 시 사용</td></tr><tr><td>TE 완충액 pH 8.0</td><td>시그마-올드리치</td><td>8890</td><td>cDNA 용출과 라이브러리</td></tr><tr><td>열 사이클러</td><td>바이오래드 / 기타</td><td>1861096 /12015392 / 여러 가지</td><td>수동 뚜껑 또는 딥웰 옵션(T100 열 사이클러 / PTC 템포, 딥웰 서멀 사이클러 등) 있는 PCR 머신</td></tr><tr><td>Thermo Scientific Orion 올인원 pH 버퍼 키트</td><td>써모피셔 사이언티픽 / 인비트로젠</td><td>13-624-500</td><td></td></tr><tr><td>조직 부상 목욕 - 디지털 XH-1003</td><td>초연</td><td>NC0779538</td><td>조직학 - 샘플 절획 시 사용</td></tr><tr><td>자외선 차단 안경</td><td>다양한</td><td>해당 없음</td><td>UV 경화 시 안전을 위해</td></tr><tr><td>자일렌</td><td>시그마-올드리치</td><td>247642</td><td>탈파라핀화를 위해</td></tr></tbody></table>

stereo-seq 를 통한 종에 구애받지 않는 전사체의 포괄적인 공간 프로파일링

Comprehensive Spatial Profiling of Species-agnostic Transcriptomes via Stereo-seq

Stereo-seq 를 통한 종에 구애받지 않는 전사체의 포괄적인 공간 프로파일링

The spatial composition of cells within the host, as well as the bacteria or viral loads within the tissue, can impact the interaction of cell types and ...

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Research

연구

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암 연구

이 비디오는 in ovo electroporation으로 transfection 후 절개된 병아리 배아 척수 샘플에 대해 전체 전사체 분석을 수행하기 위한 기본 단계를 보여줍니다.

electroporation하여 병아리 배아 척수에서 차동 유전자 발현의 RNA-SEQ 분석

RNA 시퀀싱과 생물 정보학 분석은 마우스 EMLcells의 린-CD34 + 린-CD34- 부분 집단에서 유의 및 발현 된 전사 인자를 식별하는 데 사용되었다. 이들 전사 인자는 자기 갱신 린-CD34 +를 부분적으로 분화 된 린 - CD34- 세포 사이의 스위치를 결정하는데 중요한 역할을 할 수도있다.

RNA 시퀀싱 분석하여 EML 조혈 전구체 세포의자가 재생 (self-renewal)과 분화를 조절하는 중요한 요소의 식별

이 프로토콜은 초보 생물정보학자를 위한 comparative de novo transcriptome assembly and annotation workflow를 간략하게 설명합니다. 워크플로우는 CyVerse를 통해 완전히 무료로 사용할 수 있으며 데이터 스토어로 연결됩니다. 명령줄 및 그래픽 사용자 인터페이스가 사용되지만 필요한 모든 코드를 복사하여 붙여넣을 수 있습니다.

CyVerse 리소스 활용<em&gt; 드 노보</em&gt; 비포장 (비 모델) 생물의 비교 전이학

이 프로토콜 칩 seq, 4sU-seq, seq-총 RNA, 리보솜 세포 선 및 1 차 셀에 대 한 프로 파일링의 조합 사용을 설명 합니다. 전사-요소 바인딩, 드 노 보 전사, RNA 가공, 회전율 및 시간이 지남에, 번역 활성화 및 급변 셀에서 이벤트의 전체 과정을 표시 하 고 변경 내용을 추적을 수 있습니다.

바인딩, 전사, 번역, 및 회전율 세포 활성화 중 글로벌 이벤트를 표시 하는 녹음 방송 요인의 실시간 분석

여기에서 우리는 마우스 배아 조직에서 유전자 발현을 프로파일링하는 다중단일 세포 mRNA 염기서열 분석방법을 제시했다. 멀티플렉싱 전략과 결합된 액적 기반 단일 세포 mRNA 염기서열 분석(scRNA-Seq) 방법은 여러 샘플에서 단일 세포를 동시에 프로파일링할 수 있어 시약 비용을 크게 줄이고 실험 배치 효과를 최소화합니다.

마우스 배아 세포의 다중화 단세포 mRNA 염기서열 분석

여기에서, 저자들은 망막에서 전사체 및 크로마틴 접근성 프로파일을 특성화하는데 있어서 표현형 및 후속 쌍을 이룬 scRNA-seq 및 scATAC-seq 에 대한 MULTI-seq 의 유용성을 보여준다.

scRNA-Seq 및 scATAC-Seq 를 이용한 망막 유전자 발현 및 크로마틴 접근성의 다중화 분석

여기에 제시된 프로토콜은 고급 통계 분석 접근법에 품질 관리 및 전처리 단계를 포함하여 원시 읽기에서 기능 분석에 RNA-시퀀싱 전사 데이터를 분석하는 완전한 파이프라인을 설명합니다.

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여기에서는 종양 미세 환경을 더 잘 특성화하고 특정 세포 집단을 식별하기 위해 Spatial Omics 기술의 관심 영역(ROI)을 미세 조정하는 프로토콜을 설명합니다. 단백질체학 분석의 경우 자동화된 맞춤형 프로토콜이 ROI 선택을 안내할 수 있는 반면, 전사체학 분석은 50μm의 작은 ROI를 활용하여 미세 조정할 수 있습니다.

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본 프로토콜은 공간 전사체 데이터 분석을 위한 재현 가능한 워크플로우를 제시하며, 공개 데이터 획득 및 Seurat 기반의 품질 관리부터 통합, 공간적 특징 검출, 세포 유형 디콘볼루션(deconvolution), 관심 영역 주석 달기, 그리고 세포 간 통신 분석에 이르기까지의 과정을 안내하며, 투명한 실행을 지원하는 실질적인 체크포인트를 제공합니다.

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본 연구는 조직 절편의 직접 공간 바코딩과 단일 세포 다중옴 분석을 결합한 공간적 Trekker–CUT&amp;Tag 멀티옴 프로토콜을 제시합니다. 이 접근법은 유전자 발현과 히스톤 H3K27ac 변형의 공간적으로 분리된 단일 세포 프로파일링을 동시에 가능하게 하여, 조직 미세해부학 맥락에서 유전자 조절에 대한 기전적 통찰을 제공합니다.

냉동 조직 절편에서 전사체 및 후생유전체 표적의 공간적으로 분리된 단일 세포 통합 다중체체 프로파일링

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