Name: Single Nucleotide Polymorfisme-gevoelige FISH-detectie van Locus-specifieke ribosomale RNA-transcriptie in Drosophila melanogaster (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-03-28T14:50:00.000+00:00
Duration: 4 min 59 s
Description: Leer SNP-FISH-detectie van locus-specifieke ribosomale RNA-transcriptie in Drosophila melanogaster. Deze methode onderscheidt X- en Y-chromosoom rDNA-loci en onthult mechanismen van cellulaire rDNA-regulatie.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Baßler, J., Hurt, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Eurokaryotic+ribosome+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Rev+Biochem%22%5BJournal%5D)">Eurokaryotic ribosome assembly.</a> Ann Rev Biochem. 88 (1), 1-26 (2018).</li>
<li>Hall, A. N., Morton, E., Queitsch, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((First+discovered%2C+long+out+of+sight%2C+finally+visible%3A+ribosomal+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Trend+Genet%22%5BJournal%5D)">First discovered, long out of sight, finally visible: ribosomal DNA.</a> Trend Genet. 38 (6), 587-597 (2022).</li>
<li>Srivastava, R., Srivastava, R., Ahn, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+epigenetic+pathways+to+ribosomal+DNA+silencing%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Mol+Biol+Rev%22%5BJournal%5D)">The epigenetic pathways to ribosomal DNA silencing.</a> Microbiol Mol Biol Rev. 80 (3), 545-563 (2016).</li>
<li>Kuo, B. A., Gonzalez, I. L., Gillespie, D. A., Sylvester, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+ribosomal+RNA+variants+from+a+single+individual+and+their+expression+in+different+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nucl+Acid+Res%22%5BJournal%5D)">Human ribosomal RNA variants from a single individual and their expression in different tissues.</a> Nucl Acid Res. 24 (23), 4817-4824 (1996).</li>
<li>Tseng, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mouse+ribosomal+RNA+genes+contain+multiple+differentially+regulated+variants%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Mouse ribosomal RNA genes contain multiple differentially regulated variants.</a> PLoS ONE. 3 (3), e1843(2008).</li>
<li>Locati, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+of+distinct+maternal+and+somatic+5.8S%2C+18S%2C+and+28S+rRNA+types+during+zebrafish+development%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Expression of distinct maternal and somatic 5.8S, 18S, and 28S rRNA types during zebrafish development.</a> RNA. 23 (8), 1188-1199 (2017).</li>
<li>Roussel, P., André, C., Comai, L., Hernandez-Verdun, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+rDNA+transcription+machinery+is+assembled+during+mitosis+in+active+NORs+and+absent+in+inactive+NORs%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">The rDNA transcription machinery is assembled during mitosis in active NORs and absent in inactive NORs.</a> J Cell Biol. 133 (2), 235-246 (1996).</li>
<li>Pontes, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Postembryonic+establishment+of+megabase-scale+gene+silencing+in+nucleolar+dominance%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Postembryonic establishment of megabase-scale gene silencing in nucleolar dominance.</a> PLoS ONE. 2 (11), e1157(2007).</li>
<li>Earley, K. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+of+HDA6-mediated+rRNA+gene+silencing%3A+suppression+of+intergenic+Pol+II+transcription+and+differential+effects+on+maintenance+versus+siRNA-directed+cytosine+methylation%5BTitle%5D)+AND+%22Gene+Dev%22%5BJournal%5D)">Mechanisms of HDA6-mediated rRNA gene silencing: suppression of intergenic Pol II transcription and differential effects on maintenance versus siRNA-directed cytosine methylation.</a> Gene Dev. 24 (11), 1119-1132 (2010).</li>
<li>Greil, F., Ahmad, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nucleolar+dominance+of+the+Y+chromosome+in+Drosophila+melanogaster%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">Nucleolar dominance of the Y chromosome in Drosophila melanogaster.</a> Genetics. 191 (4), 1119-1128 (2012).</li>
<li>Preuss, S., Pikaard, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((rRNA+gene+silencing+and+nucleolar+dominance%3A+Insights+into+a+chromosome-scale+epigenetic+on%2Foff+switch%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">rRNA gene silencing and nucleolar dominance: Insights into a chromosome-scale epigenetic on/off switch.</a> Biochim Biophys Acta. 1769 (5-6), 383-392 (2007).</li>
<li>Sharifi, S., Bierhoff, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+RNA+pPolymerase+I+transcription+in+development%2C+disease%2C+and+aging%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Rev+Biochem%22%5BJournal%5D)">Regulation of RNA pPolymerase I transcription in development, disease, and aging.</a> Ann Rev Biochem. 87 (1), 1-23 (2018).</li>
<li>Lu, K. L., Nelson, J. O., Watase, G. J., Warsinger-Pepe, N., Yamashita, Y. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transgenerational+dynamics+of+rDNA+copy+number+in+Drosophila+male+germline+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">Transgenerational dynamics of rDNA copy number in Drosophila male germline stem cells.</a> eLife. 7, e32421(2018).</li>
<li>Nurk, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+complete+sequence+of+a+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">The complete sequence of a human genome.</a> Science. 376 (6588), 44-53 (2022).</li>
<li>Ritossa, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unstable+redundancy+of+genes+for+ribosomal+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Unstable redundancy of genes for ribosomal RNA.</a> Proc Natl Acad Sci. 60 (2), 509-516 (1968).</li>
<li>Nelson, J. O., Slicko, A., Yamashita, Y. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+retrotransposon+R2+maintains+Drosophila+ribosomal+DNA+repeats%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">The retrotransposon R2 maintains Drosophila ribosomal DNA repeats.</a> Proc Natl Acad Sci. 120 (23), e2221613120(2023).</li>
<li>Warsinger-Pepe, N., Li, D., Yamashita, Y. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+nucleolar+dominance+in+Drosophila+melanogaster%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">Regulation of nucleolar dominance in Drosophila melanogaster.</a> Genetics. 214 (4), (2020).</li>
<li>Levesque, M. J., Ginart, P., Wei, Y., Raj, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualizing+SNVs+to+quantify+allele-specific+expression+in+single+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">Visualizing SNVs to quantify allele-specific expression in single cells.</a> Nat Meth. 10 (9), 865-867 (2013).</li>
<li>Davis, M. W., Jorgensen, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ApE%2C+a+plasmid+editor%3A+A+freely+available+DNA+manipulation+and+visualization+program%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Bioinfo%22%5BJournal%5D)">ApE, a plasmid editor: A freely available DNA manipulation and visualization program.</a> Front Bioinfo. 2, 818619(2022).</li>
<li>Qazi, M. C. B., Heifetz, Y., Wolfner, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+developments+between+gametogenesis+and+fertilization%3A+ovulation+and+female+sperm+storage+in+Drosophila+melanogaster%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">The developments between gametogenesis and fertilization: ovulation and female sperm storage in Drosophila melanogaster.</a> Dev Biol. 256 (2), 195-211 (2003).</li>
<li>Rogers, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+features+of+the+large+subunit+rRNA+expressed+in+Plasmodium+falciparum+sporozoites+that+distinguish+it+from+the+asexually+expressed+subunit+rRNA%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Structural features of the large subunit rRNA expressed in Plasmodium falciparum sporozoites that distinguish it from the asexually expressed subunit rRNA.</a> RNA. 2 (2), 134-145 (1996).</li>
<li>Potapova, T., et al. Epigenetic control and inheritance of rDNA arrays. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aPotapova%2C+T+%22bioRxiv%22">bioRxiv</a>. , (2024).</li>
<li>Tang, Y. Z., Gin, K. Y. H., Lim, T. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-temperature+fluorescent+in+situ+hybridization+for+detecting+Escherichia+coli+in+seawater+samples%2C+using+rRNA-targeted+oligonucleotide+probes+and+flow+cytometry%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">High-temperature fluorescent in situ hybridization for detecting Escherichia coli in seawater samples, using rRNA-targeted oligonucleotide probes and flow cytometry.</a> Appl Environ Microbiol. 71 (12), 8157-8164 (2005).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>PTC Tempo 96 Thermal Cycler</td><td>Bio Rad</td><td>12015382</td><td>Elke thermische cycler kan worden gebruikt</td></tr><tr><td>0.2 mL 8 strip flatcap PCR tubes</td><td>VWR</td><td>89133-912</td><td>Elke compatibele buisjes kunnen worden gebruikt</td></tr><tr><td>1 kb DNA ladder</td><td>NEB</td><td>N3232S</td><td>Te gebruiken bij het controleren van de grootte van de sequencing PCR amplicon door gelelektroforese</td></tr><tr><td>1.5 mL graduated microcentrifuge tubes</td><td>USA Scientific</td><td>1615-5510</td><td>Elke gecertificeerde RNase-vrije buisjes zullen doen</td></tr><tr><td>2 mM dNTP Mix</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>R0241</td><td></td></tr><tr><td>50x TAE Buffer</td><td>Bio Rad</td><td>1610743</td><td>Gebaat voor gelelektroforese. Elke TAE buffer kan worden gebruikt.</td></tr><tr><td>5M NaCl</td><td></td><td></td><td>Elke NaCl kan worden gebruikt of bereid uit elke bron</td></tr><tr><td>Agarose</td><td>VWR</td><td>97064-250</td><td>Elke Agarose kan worden gebruikt</td></tr><tr><td>ApE - A plasmid Editor software</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>https://jorgensen.biology.utah.edu/wayned/ape/</td></tr><tr><td>Clear nail polish</td><td></td><td></td><td>Elke nagellak van elke retailer kan worden gebruikt</td></tr><tr><td>Cover glass, No. 1 Thickness</td><td>Thomas Scientific</td><td>6672A38</td><td></td></tr><tr><td>Deionized Formamide</td><td>Fisher Scientific</td><td>NC9569627</td><td></td></tr><tr><td>Dextran Sulfate Sodium</td><td>Sigma Aldrich</td><td>D8906-10G</td><td></td></tr><tr><td>DreamTaq Green PCR Master Mix</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>K1081</td><td></td></tr><tr><td>Dumont #5 forceps</td><td>Fine Science Tools</td><td>11252-20</td><td>Gebaat voor het dissekeren van monsters</td></tr><tr><td>EDTA (0.5M), Ph 8.0</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>R1021</td><td>Elk vergelijkbaar product kan worden gebruikt</td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>VWR</td><td>89125-172</td><td>Elke 200 proof Ethanol kan worden gebruikt. Gebaat voor verdunning tot 70% ethanol voor permeabilisatie en reiniging voor Rnase-vrije omstandigheden</td></tr><tr><td>Ethidium Bromide</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>15585011</td><td></td></tr><tr><td>Horizontal Mini Gel Electrophoresis System</td><td>Fisher Scientific</td><td>14-955-170</td><td>Elk gelelektroforese systeem kan worden gebruikt</td></tr><tr><td>Kimwipes</td><td>Fisher Scientific</td><td>06-666</td><td></td></tr><tr><td>Micro-Test Staining Dish</td><td>Electron Microscopy Sciences</td><td>71564</td><td>Gebaat voor het dissekeren van monsters</td></tr><tr><td>Nutating shaker</td><td>Sigma Aldrich</td><td>BMSB3D1020</td><td>Elke nutating shaker kan worden gebruikt</td></tr><tr><td>Parafilm</td><td>USA Scientific</td><td>3023-4526</td><td></td></tr><tr><td>Phosphate-Buffered Saline (10X) pH 7.4, RNase-free</td><td>Life Technologies</td><td>AM9624</td><td></td></tr><tr><td>Pierce 16% Formaldehyde (w/v), Methanol-free</td><td>Life Technologies</td><td>28908</td><td></td></tr><tr><td>Precision General Purpose Water Bath</td><td>Life Technologies</td><td>TSGP02</td><td>Elke waterbad kan worden gebruikt</td></tr><tr><td>QIAquick Gel Extraction Kit</td><td>Qiagen</td><td>28704</td><td>Elk gel extractie kit kan worden gebruikt</td></tr><tr><td>Recombinant Proteinase K Solution (20 mg/mL)</td><td>Invitrogen</td><td>AM2546</td><td>Elk vergelijkbaar product kan worden gebruikt</td></tr><tr><td>Rnase-free UltraPure BSA</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AM2618</td><td></td></tr><tr><td>S. cerevisiae tRNA</td><td>Sigma Aldrich</td><td>R8759</td><td></td></tr><tr><td>SSC (20X), RNase-free</td><td>Fisher Scientific</td><td>AM9763</td><td></td></tr><tr><td>Triton-X 100</td><td>Life Technologies</td><td>A16046.AE</td><td></td></tr><tr><td>UltaPure 1M Tris-HCl Buffer, pH 7.5</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>15567027</td><td>Elk vergelijkbaar product kan worden gebruikt</td></tr><tr><td>UltraPure DNase/RNase-Free Distilled Water</td><td>Life Technologies</td><td>10977023</td><td></td></tr><tr><td>Vanadyl ribonucleoside complex</td><td>NEB</td><td>S1402S</td><td></td></tr><tr><td>VECTASHIELD mounting media with DAPI</td><td>Vector Laboratories</td><td>H-1200-10</td><td></td></tr><tr><td>VWR Superfrost Microscope Slide</td><td>VWR</td><td>48311-601</td><td></td></tr><tr><td>y[1]w[1] Drosophila melanogaster line</td><td>Bloomington Drosophila Stock Center</td><td>1495</td><td></td></tr><tr><td>Zeiss LSM 980 confocal microscope</td><td>Zeiss microscopy</td><td></td><td>Elke confocale microscoop met compatibele emissie en detectie kan worden gebruikt</td></tr><tr><td>Zeiss Stemi 2000-C Stereo Microscope and light source</td><td>Microscope Central</td><td>455053</td><td>Elke steromicroscoop kan worden gebruikt</td></tr></tbody></table>

single nucleotide polymorfisme-gevoelige fish-detectie van locus-specifieke ribosomale rna-transcriptie in drosophila melanogaster

Single Nucleotide Polymorphism-sensitive FISH Detection of Locus-specific Ribosomal RNA Transcription in Drosophila melanogaster

Single Nucleotide Polymorfisme-gevoelige FISH-detectie van Locus-specifieke ribosomale RNA-transcriptie in Drosophila melanogaster

In order to ensure sufficient ribosomal RNA (rRNA) is transcribed for ribosome function, genomes contain hundreds of tandem duplications of the sequences ...

single-nucleotide-polymorphism-sensitive-fish-detection-locus

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetica

Hier beschrijven we een geheel gemonteerde...

Hele Mount RNA TL<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisatie van<em&gt; Drosophila</em&gt; Embryo&#39;s

We beschrijven een robuuste en veelzijdige protocol voor de analyse nucleaire architectuur door 3D DNA FISH met direct gelabelde fluorescerende probes.

Robuuste 3D DNA FISH behulp direct gemerkt Probes

PCR in combinatie met hoge-resolutie smelt analyse (HRMA) wordt aangetoond als een snelle en efficiënte methode om zebravis genotype.

Snelle en efficiënte zebravis Genotyping Met behulp van PCR met een hoge resolutie Melt Analyse

Het doel van deze publicatie is om te visualiseren en te discussiëren over de operatieve stappen van een Enhanced Northern Blot protocol op RNA geëxtraheerd uit Drosophila melanogaster embryo's, cellen en weefsels. Dit protocol is bijzonder bruikbaar voor de efficiënte detectie van kleine RNA species.

Verbeterde Northern Blot detectie van kleine RNA Species in Drosophila melanogaster

Het vertalen van Ribosoom Afiniteitszuivering (TRAP) kan de celtype-specifieke translatie van mRNA vastleggen. Hier rapporteren we het eerste TRAP-protocol dat zich richt op de isolatie van mRNA in zeldzame celpopulaties van Drosophila-embryo's.

TRAP-rc, vertalen Ribosoom Affiniteitszuivering van Rare Cell Populaties van<em&gt; Drosophila</em&gt; Embryo

Het beschreven RNA in situ hybridisatie protocol staat toe de opsporing van RNA in hele Drosophila embryo's of ontleed weefsels. Met behulp van 96-wells microtiterplaat platen en tyramide signaal versterking, kunnen afschriften worden gedetecteerd op hoge resolutie, gevoeligheid en doorvoer, en tegen een relatief lage prijs.

Hoge resolutie fluorescentie In Situ hybridisatie in Drosophila embryo's en weefsels met behulp van Tyramide signaal versterking

Hier presenteren we een protocol voor de visualisatie, detectie, analyse en tracking van endogene mRNA-handel in levende Drosophila melanogaster Eier kamer met behulp van moleculaire bakens, draaiende schijf confocale microscopie en open-source analyse Software.

Visualisering en opvolging van endogene Mrna's in levende Drosophila melanogaster Eier kamers

Single molecule RNA fluorescentie in situ hybridisatie (smFISH) is een methode om niveaus en lokalisatie van specifieke RNA's op het niveau van één cel nauwkeurig te kwantificeren. Hier rapporteren we onze gevalideerde laboratoriumprotocollen voor natte-bench verwerking, beeldvorming en beeldanalyse voor eencellige kwantificering van specifieke RNA's.

Single cell analyse van transcriptioneel actieve allelen door single molecule FISH

Hier presenteren we een vereenvoudigd endogene gentagging-protocol voor Drosophila, dat gebruik maakt van een op PCR gebaseerde techniek voor markervrije identificatie van succesvolle genetische modificaties, waardoor de ontwikkeling van stabiele knock-in-lijnen wordt vergemakkelijkt.

Op CRISPR gebaseerde strategie in één stap voor endogene gentagging in Drosophila melanogaster

Drosophila is een gerenommeerd model voor het bestuderen van sleutelmoleculen die myogenese reguleren. De huidige methoden zijn echter onvoldoende om de mRNA-transcriptiedynamiek en ruimtelijke verdeling binnen syncytie te bepalen. Om deze beperking aan te pakken, optimaliseerden we een RNA-fluorescentie in situ hybridisatiemethode die de detectie en kwantificering van mRNA's op een schaal van één molecuul mogelijk maakt.

Studie van spiertranscriptionele dynamica op enkelvoudige molecuulschalen in Drosophila

Expansie-ondersteunde iteratieve fluorescentie in situ hybridisatie (EASI-FISH) is een robuuste techniek die expansiemicroscopie combineert met fluorescentie in situ hybridisatie (FISH) om de expressie van meerdere genen in dik weefsel te detecteren. Dit protocol schetst recente vorderingen in de methode en de aanpassing ervan voor het labelen van het intacte Drosophila centrale zenuwstelsel..

Multiplex detectie van genexpressie in de intacte Drosophila hersenen met behulp van expansie-ondersteunde iteratieve fluorescentie in situ hybridisatie

Leer SNP-FISH-detectie van locus-specifieke ribosomale RNA-transcriptie in Drosophila melanogaster. Deze methode onderscheidt X- en Y-chromosoom rDNA-loci en onthult mechanismen van cellulaire rDNA-regulatie.

Single Nucleotide Polymorfisme-gevoelige FISH-detectie van Locus-specifieke ribosomale RNA-transcriptie in Drosophila melanogaster (Video) | JoVE Journal

Single Nucleotide Polymorfisme-gevoelige FISH-detectie van Locus-specifieke ribosomale RNA-transcriptie in Drosophila melanogaster

Meer video's verkennen