Name: Computer vision-bibliotheken gebruiken om de kwantificering van kernen te stroomlijnen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-06T13:50:00.000+00:00
Duration: 6 min 25 s
Description: Leer een geautomatiseerde methode voor kernkwantificering in skeletspieronderzoek met behulp van open-source computer vision. Deze techniek verbetert de normalisatie van metabole gegevens en vermindert waarnemersbias.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Chacko, B. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+bioenergetic+health+index%3A+A+new+concept+in+mitochondrial+translational+research%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Sci%22%5BJournal%5D)">The bioenergetic health index: A new concept in mitochondrial translational research.</a> Clin Sci. 127 (6), 367-373 (2014).</li>
<li>Desousa, B. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Calculation+of+ATP+production+rates+using+the+Seahorse+XF+Analyzer%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Rep%22%5BJournal%5D)">Calculation of ATP production rates using the Seahorse XF Analyzer.</a> EMBO Rep. 24 (10), e56380(2023).</li>
<li>Rayamajhi, M., Zhang, Y., Miao, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((detection+of+pyroptosis+by+measuring+released+lactate+dehydrogenase+activity%5BTitle%5D)+AND+%22Inflammasome%22%5BJournal%5D)">detection of pyroptosis by measuring released lactate dehydrogenase activity.</a> Inflammasome. 1040, 85-90 (2013).</li>
<li>Baskic, D., Popovic, S., Ristic, P., Arsenijevic, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+cycloheximide-induced+apoptosis+in+human+leukocytes%3A+Fluorescence+microscopy+using+annexin+V%2Fpropidium+iodide+versus+acridin+orange%2Fethidium+bromide%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Biol+Int%22%5BJournal%5D)">Analysis of cycloheximide-induced apoptosis in human leukocytes: Fluorescence microscopy using annexin V/propidium iodide versus acridin orange/ethidium bromide.</a> Cell Biol Int. 30 (11), 924-932 (2006).</li>
<li>Duplanty, A. A., Siggins, R. W., Allerton, T., Simon, L., Molina, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Myoblast+mitochondrial+respiration+is+decreased+in+chronic+binge+alcohol+administered+simian+immunodeficiency+virus-infected+antiretroviral-treated+rhesus+macaques%5BTitle%5D)+AND+%22Physiol+Reps%22%5BJournal%5D)">Myoblast mitochondrial respiration is decreased in chronic binge alcohol administered simian immunodeficiency virus-infected antiretroviral-treated rhesus macaques.</a> Physiol Reps. 6 (5), e13625(2018).</li>
<li>Levitt, D. E., Bourgeois, B. L., Rodríguez-Graciani, K. M., Molina, P. E., Simon, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alcohol+impairs+bioenergetics+and+differentiation+capacity+of+myoblasts+from+Simian+immunodeficiency+virus-infected+female+Macaques%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Alcohol impairs bioenergetics and differentiation capacity of myoblasts from Simian immunodeficiency virus-infected female Macaques.</a> Int J Mol Sci. 25 (4), 2448(2024).</li>
<li>Larsen, T. A., Goodsell, D. S., Cascio, D., Grzeskowiak, K., Dickerson, R. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+structure+of+DAPI+bound+to+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomol+Str+Dyn%22%5BJournal%5D)">The structure of DAPI bound to DNA.</a> J Biomol Str Dyn. 7 (3), 477-491 (1989).</li>
<li>Bazhulina, N. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Binding+of+Hoechst+33258+and+its+derivatives+to+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomol+Str+Dyn%22%5BJournal%5D)">Binding of Hoechst 33258 and its derivatives to DNA.</a> J Biomol Str Dyn. 26 (6), 701-718 (2009).</li>
<li>Njoh, K. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spectral+analysis+of+the+DNA+targeting+bisalkylaminoanthraquinone+DRAQ5+in+intact+living+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cytomet+A%22%5BJournal%5D)">Spectral analysis of the DNA targeting bisalkylaminoanthraquinone DRAQ5 in intact living cells.</a> Cytomet A. 69A (8), 805-814 (2006).</li>
<li>Hamada, S., Fujita, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DAPI+staining+improved+for+quantitative+cytofluorometry%5BTitle%5D)+AND+%22Histochemistry%22%5BJournal%5D)">DAPI staining improved for quantitative cytofluorometry.</a> Histochemistry. 79 (2), 219-226 (1983).</li>
<li>Levitt, D. E., Chalapati, N., Prendergast, M. J., Simon, L., Molina, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ethanol-impaired+myogenic+differentiation+is+associated+with+decreased+myoblast+glycolytic+function%5BTitle%5D)+AND+%22Alcohol+Clin+Exp+Res%22%5BJournal%5D)">Ethanol-impaired myogenic differentiation is associated with decreased myoblast glycolytic function.</a> Alcohol Clin Exp Res. 44 (11), 2166-2176 (2020).</li>
<li>Levitt, D. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Skeletal+muscle+bioenergetic+health+and+function+in+people+living+with+HIV%3A+association+with+glucose+tolerance+and+alcohol+use%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Regul%2C+Integ+Comp+Physiol%22%5BJournal%5D)">Skeletal muscle bioenergetic health and function in people living with HIV: association with glucose tolerance and alcohol use.</a> Am J Physiol Regul, Integ Comp Physiol. 321 (5), R781-R790 (2021).</li>
<li>Levitt, D. E., Adler, K. A., Simon, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HEMA+3+staining%3A+A+simple+alternative+for+the+assessment+of+myoblast+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Prot+Stem+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">HEMA 3 staining: A simple alternative for the assessment of myoblast differentiation.</a> Curr Prot Stem Cell Biol. 51 (1), e101(2019).</li>
<li>Solem, J. E. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSolem%2C+JE+%22Programming+computer+vision+with+Python%22">Programming computer vision with Python</a>. , O'Reilly. Sebastopol, CA. (2012).</li>
<li>Delery, E. C., Levitt, D. E., Amedee, A. M., Molina, P. E., Simon, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+fat%2C+high+sucrose+diet+promotes+increased+expression+of+ACE2+receptor+in+the+SIV-infected+host%3A+implications+for+SARS-CoV-2+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Nutrition%22%5BJournal%5D)">High fat, high sucrose diet promotes increased expression of ACE2 receptor in the SIV-infected host: implications for SARS-CoV-2 infection.</a> Front Nutrition. 11, 1458106(2024).</li>
<li>Corrà, M. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advantages+of+an+automated+method+compared+with+manual+methods+for+the+quantification+of+intraepidermal+nerve+fiber+in+skin+biopsy%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neuropathol+Exp+Neurol%22%5BJournal%5D)">Advantages of an automated method compared with manual methods for the quantification of intraepidermal nerve fiber in skin biopsy.</a> J Neuropathol Exp Neurol. 80 (7), 685-694 (2021).</li>
<li>Neves, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+reliability+of+the+isotropic+fractionator+method+for+counting+total+cells+and+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci+Meth%22%5BJournal%5D)">The reliability of the isotropic fractionator method for counting total cells and neurons.</a> J Neurosci Meth. 326, 108392(2019).</li>
<li>Tiong, K. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QuickCount%3A+a+novel+automated+software+for+rapid+cell+detection+and+quantification%5BTitle%5D)+AND+%22BioTechniques%22%5BJournal%5D)">QuickCount: a novel automated software for rapid cell detection and quantification.</a> BioTechniques. 65 (6), 322-330 (2018).</li>
<li>Koo, T. K., Li, M. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+guideline+of+selecting+and+reporting+intraclass+correlation+coefficients+for+reliability+research%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chiropractic+Med%22%5BJournal%5D)">A guideline of selecting and reporting intraclass correlation coefficients for reliability research.</a> J Chiropractic Med. 15 (2), 155-163 (2016).</li>
<li>Kam, Y., Jastromb, N., Clayton, J., Held, P., Dranka, B. P. Normalization of Agilent Seahorse XF Data by in situ. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKam%2C+Y+%22cell+counting+using+a+BioTek+Cytation+5%22">cell counting using a BioTek Cytation 5</a>. , https://www.agilent.com/cs/library/applications/5991-7908EN.pdf 5991-7908 (2017).</li>
<li>Schneider, C. A., Rasband, W. S., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NIH+image+to+imageJ%3A+25+years+of+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">NIH image to imageJ: 25 years of image analysis.</a> Nat Meth. 9 (7), 671-675 (2012).</li>
<li>O'Brien, J., Hayder, H., Peng, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated+quantification+and+analysis+of+cell+counting+procedures+using+ImageJ+plugins%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Automated quantification and analysis of cell counting procedures using ImageJ plugins.</a> J Vis Exp. (117), e54719(2016).</li>
<li>Grishagin, I. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automatic+cell+counting+with+ImageJ%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Automatic cell counting with ImageJ.</a> Anal Biochem. 473, 63-65 (2015).</li>
<li>Carpenter, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CellProfiler%3A+image+analysis+software+for+identifying+and+quantifying+cell+phenotypes%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">CellProfiler: image analysis software for identifying and quantifying cell phenotypes.</a> Genome Biol. 7 (10), R100(2006).</li>
<li>Tollemar, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+chromogenic+immunohistochemical+image+analysis+in+cellprofiler+software%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+A%22%5BJournal%5D)">Quantitative chromogenic immunohistochemical image analysis in cellprofiler software.</a> Cytometry A. 93 (10), 1051-1059 (2018).</li>
<li>Chazotte, B. Labeling nuclear DNA using DAPI. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aChazotte%2C+B+%22Cold+Spring+Harbor%22">Cold Spring Harbor</a>. 2011 (1), (2011).</li>
<li>Cole, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Live-cell+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Adhesion+Migrat%22%5BJournal%5D)">Live-cell imaging.</a> Cell Adhesion Migrat. 8 (5), 452-459 (2014).</li>
<li>Rieger, A. M., Nelson, K. L., Konowalchuk, J. D., Barreda, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modified+Annexin+V%2FPropidium+Iodide+apoptosis+assay+for+accurate+assessment+of+cell+death%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Modified Annexin V/Propidium Iodide apoptosis assay for accurate assessment of cell death.</a> J Vis Exp. (50), e2597(2011).</li>
<li>Hernandez, J. J., Beaty, D. E., Fruhwirth, L. L., Lopes Chaves, A. P., Riordan, N. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dodging+COVID-19+infection%3A+low+expression+and+localization+of+ACE2+and+TMPRSS2+in+multiple+donor-derived+lines+of+human+umbilical+cord-derived+mesenchymal+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22J+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Dodging COVID-19 infection: low expression and localization of ACE2 and TMPRSS2 in multiple donor-derived lines of human umbilical cord-derived mesenchymal stem cells.</a> J Transl Med. 19 (1), 149(2021).</li>
<li>Bourgeois, B. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extracellular+vesicle+miR-206+improves+chronic+binge+alcohol-mediated+decreased+myoblast+differentiation+in+SIV-infected+female+macaques%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Extracellular vesicle miR-206 improves chronic binge alcohol-mediated decreased myoblast differentiation in SIV-infected female macaques.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 327 (6), C1626-C1637 (2024).</li>
<li>Kumar, P., Nagarajan, A., Uchil, P. D. Analysis of cell viability by the lactate dehydrogenase assay. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKumar%2C+P+%22Cold+Spring+Harbor%22">Cold Spring Harbor</a>. 2018 (6), (2018).</li>
<li>Hsu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+everolimus+on+macrophage-derived+foam+cell+behavior%5BTitle%5D)+AND+%22Cardiovasc+Revasc+Med+Including+Mol+Intervent%22%5BJournal%5D)">Effects of everolimus on macrophage-derived foam cell behavior.</a> Cardiovasc Revasc Med Including Mol Intervent. 15 (5), 269-277 (2014).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Computer met toegang tot resultatenbestand van methode 2 of 3</td><td>-</td><td>-</td><td>Zie stap 2.6 (voor Methode 2) of stap 3.3.9 of 3.4.9 (voor Methode 3)</td></tr><tr><td>Computer met internettoegang, moderne browser</td><td>-</td><td>-</td><td>bijv. Google Chrome</td></tr><tr><td>Computer met internettoegang, moderne browser en Windows OS</td><td>Varies</td><td>Varies</td><td>Voor Mac, Linux of andere OS, gebruik Methode 3</td></tr><tr><td>Computer met software voor beeldvastlegging</td><td>Zeiss</td><td>AxioVision</td><td>Andere software is acceptabel; moet compatibel zijn met de fluorescentiemicroscoop</td></tr><tr><td>Locatie van het bestand voor output (resultatenspreadsheet en beeldcontouren)</td><td>-</td><td>-</td><td>Kan een nieuwe, lege map zijn</td></tr><tr><td>Fluorescentiemicroscoop</td><td>Zeiss</td><td>Axiovert 200M</td><td>Andere fluorescentiemicroscopen zijn acceptabel; moet zijn uitgerust met geschikte filter cubes, gewenste objectief en camera&nbsp;</td></tr><tr><td>Map met alle afbeeldingen die gequantificeerd moeten worden</td><td>-</td><td>-</td><td>Zie stap 1.12</td></tr><tr><td>Python versie 3.10 of hoger</td><td>Python</td><td>-</td><td>Beschikbaar voor gratis download en installatie op https://www.python.org/downloads/&nbsp;</td></tr><tr><td>Monsters om te beeldvormen</td><td>-</td><td>-</td><td>Gefixeerd of levend, gekleurd of contragekleurd met fluorescente DNA-kleurstof</td></tr><tr><td>Spreadsheetsoftware</td><td>Microsoft</td><td>Excel</td><td>Vergelijkbare spreadsheetsoftware is ook acceptabel</td></tr></tbody></table>

computer vision-bibliotheken gebruiken om de kwantificering van kernen te stroomlijnen

Using Computer Vision Libraries to Streamline Nuclei Quantification

Computer vision-bibliotheken gebruiken om de kwantificering van kernen te stroomlijnen

Live cell assays and image-based cell analyses require data normalization for accurate interpretation. A commonly used method is to stain and quantify ...

using-computer-vision-libraries-to-streamline-nuclei-quantification

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Gepresenteerd is een flexibele informatica workflow waardoor multiplex-image-based analyse van fluorescent gelabelde cellen. De workflow kwantificeert nucleaire en cytoplasmatische markers en berekent marker translocatie tussen deze compartimenten. Procedures zijn voorzien verstoring van cellen met siRNA en betrouwbare methode voor het merkerdetectie door indirecte immunofluorescentie in 96-well formaat.

Workflow voor High-inhoud, individuele cel Kwantificering van fluorescente merkers van Universal Microscoop gegevens, Ondersteund door Open Source Software

Morfologie, grootte en locatie van intracellulaire organellen zijn evolutionair geconserveerd en lijken hun functie direct te beïnvloeden. Het begrijpen van de moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan deze processen is een belangrijk doel geworden van de moderne biologie. Hier laten we zien hoe deze studies kunnen worden vergemakkelijkt door de toepassing van kwantitatieve technieken.

Waarom kwantificering Matters: karakterisering van fenotypes bij de<em&gt; Drosophila</em&gt; Larvale Neuromusculaire Junction

Immunohistochemmie is een krachtige laboratoriumtechniek voor het evalueren van eiwitlokalisatie en -expressie in weefsels. Huidige semi-automatische methoden voor kwantificering introduceren subjectiviteit en leiden vaak tot onherhaalbare resultaten. Hier beschrijven we methoden voor multiplexte immunohistochemmie en objectieve kwantificering van eiwitexpressie en co-lokalisatie met behulp van multispectrale beeldvorming.

Kwantificering van eiwitexpressie en Co-localisatie behulp multiplexverzending Immuno-histochemische kleuring en multispectrale

Om celdeling te onderscheiden van variaties in de celcyclus in cardiomyocyten, presenteren we protocollen met behulp van twee transgene muislijnen: Myh6-H2B-mCh transgene muizen, voor de ondubbelzinnige identificatie van cardiomyocytenkernen, en CAG-eGFP-anillin muizen, voor het onderscheid tussen celdeling en variaties in de celcyclus.

Visualisatie van celcyclus Variaties en Bepaling van Nucleatie in Postnatale Cardiomyocytes

Skeletspieren differentiatie is een uiterst dynamisch proces, die met name gebaseerd op nucleaire positionering is. Hier beschrijven we een methode voor het bijhouden van de bewegingen van de kernen door levende cel imaging tijdens myoblast differentiatie en myotube vorming en voor het uitvoeren van een kwantitatieve karakterisering van de dynamiek van de kernen door het extraheren van informatie van automatisch bijhouden.

Exploitatie van de levende Imaging te Track kernen tijdens Myoblast differentiatie en Fusion

Deze studie schetst kwantitatieve metingen van synaptische grootte en lokalisatie, spier morfologie, en mitochondriale vorm in C. elegans met behulp van vrij beschikbare beeldverwerkings hulpmiddelen. Deze aanpak maakt het mogelijk toekomstige studies in C. elegans te kwantificatief vergelijken de omvang van weefsel en organel structurele veranderingen als gevolg van genetische mutaties.

Kwantitatieve benaderingen voor de studie van cellulaire structuren en organelle morfologie in Caenorhabditis elegans

We presenteren een vrij beschikbare workflow gebouwd voor snelle verkenning en nauwkeurige analyse van cellulaire lichamen in specifieke celcompartimenten in fluorescentiemicroscopie beelden. Deze gebruiksvriendelijke workflow is ontworpen op de open-source software Icy en maakt ook gebruik van ImageJ functionaliteiten. De pijplijn is betaalbaar zonder kennis van beeldanalyse.

Substructuur Analyzer: Een gebruiksvriendelijke workflow voor snelle verkenning en nauwkeurige analyse van cellulaire lichamen in fluorescentiemicroscopie beelden

We beschrijven de productie van gemengde culturen van astrocyten en oligodendrocytenvoorlopercellen afgeleid van foetale of volwassen neurale stamcellen die differentiëren in volwassen oligodendrocyten, en in vitro modellering van schadelijke stimuli. De koppeling met een celgebaseerde high-content screeningtechniek bouwt een betrouwbaar en robuust screeningsysteem voor geneesmiddelen op.

High-Content Screening Differentiatie en Rijpingsanalyse van foetale en volwassen neurale stamcel-afgeleide oligodendrocyten precursor celculturen

Deze methode beschrijft een immunofluorescentieprotocol en kwantificeringspijplijn voor het evalueren van eiwitdistributie met gevarieerde nucleaire organisatiepatronen in menselijke T-lymfocyten. Dit protocol biedt stapsgewijze begeleiding, beginnend bij de monstervoorbereiding en doorlopend door de uitvoering van semi-geautomatiseerde analyse in Fiji, eindigend met gegevensverwerking door een Google Colab-notebook.

Een veelzijdige pijplijn voor het analyseren van dynamische veranderingen in kernlichamen in verschillende celtypen

Nauwkeurige analyse van multidimensionale microscopiegegevens vereist complexe workflows. In dit artikel wordt gedemonstreerd hoe u de software Cell-ACDC kunt gebruiken. Het maakt gebruik van state-of-the-art AI-gestuurde modellen voor segmentatie, tracking, celstamboomanalyse en kwantificering van microscopiegegevens. Cruciaal is dat het deze modellen aanvult met een innovatief raamwerk voor semi-geautomatiseerde correctie van de output van de modellen.

Analyse van multidimensionale microscopiegegevens met behulp van Cell-ACDC

Leer een geautomatiseerde methode voor kernkwantificering in skeletspieronderzoek met behulp van open-source computer vision. Deze techniek verbetert de normalisatie van metabole gegevens en vermindert waarnemersbias.

Computer vision-bibliotheken gebruiken om de kwantificering van kernen te stroomlijnen

Meer video's verkennen