Name: Mining Spatial Transcriptomics-datasets met behulp van DeepSpaceDB (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-09-05T14:20:00.000+00:00
Duration: 10 min 16 s
Description: Verken DeepSpaceDB voor ruimtelijke transcriptomics-analyse van weefselorganisatie en ziektegerelateerde genexpressie. Deze database maakt complexe datasets toegankelijk voor biologen zonder programmeerkennis.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Tian, L., Chen, F., Macosko, E. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+expanding+vistas+of+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">The expanding vistas of spatial transcriptomics.</a> Nat Biotechnol. 41 (6), 773-782 (2023).</li>
<li>Moses, L., Pachter, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Museum+of+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Museum of spatial transcriptomics.</a> Nat Methods. 19 (5), 534-546 (2022).</li>
<li>Fan, Z., Chen, R., Chen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SpatialDB%3A+A+database+for+spatially+resolved+transcriptomes%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">SpatialDB: A database for spatially resolved transcriptomes.</a> Nucleic Acids Res. 48 (D1), D233-D237 (2020).</li>
<li>Yuan, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SODB+facilitates+comprehensive+exploration+of+spatial+omics+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">SODB facilitates comprehensive exploration of spatial omics data.</a> Nat Methods. 20 (3), 387-399 (2023).</li>
<li>Xu, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((STOmicsDB%3A+A+comprehensive+database+for+spatial+transcriptomics+data+sharing%2C+analysis+and+visualization%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">STOmicsDB: A comprehensive database for spatial transcriptomics data sharing, analysis and visualization.</a> Nucleic Acids Res. 52 (D1), 1053-1061 (2024).</li>
<li>Li, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SOAR+elucidates+biological+insights+and+empowers+drug+discovery+through+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">SOAR elucidates biological insights and empowers drug discovery through spatial transcriptomics.</a> Sci Adv. 11 (24), 7450(2025).</li>
<li>Honcharuk, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DeepSpaceDB%3A+A+spatial+transcriptomics+atlas+for+interactive+in-depth+analysis+of+tissues+and+tissue+microenvironments%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">DeepSpaceDB: A spatial transcriptomics atlas for interactive in-depth analysis of tissues and tissue microenvironments.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>GPT-4 technical report. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22arXiv%22">arXiv</a>. , OpenAI. http://arxiv.org/abs/2303.08774 (2023).</li>
<li>Vandenbon, A., Diez, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+clustering-independent+method+for+finding+differentially+expressed+genes+in+single-cell+transcriptome+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">A clustering-independent method for finding differentially expressed genes in single-cell transcriptome data.</a> Nat Commun. 11 (1), 1-10 (2020).</li>
<li>Vandenbon, A., Diez, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+universal+tool+for+predicting+differentially+active+features+in+single-cell+and+spatial+genomics+data%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">A universal tool for predicting differentially active features in single-cell and spatial genomics data.</a> Sci Rep. 13 (1), 1-14 (2023).</li>
<li>Hao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dictionary+learning+for+integrative%2C+multimodal%2C+and+scalable+single-cell+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Dictionary learning for integrative, multimodal, and scalable single-cell analysis.</a> Nat Biotechnol. 42 (2), 293-304 (2024).</li>
<li>Ritchie, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Limma+powers+differential+expression+analyses+for+RNA-sequencing+and+microarray+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies.</a> Nucleic Acids Res. 43 (7), e47(2015).</li>
<li>Yu, G., Wang, L. G., Han, Y., He, Q. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ClusterProfiler%3A+An+R+package+for+comparing+biological+themes+among+gene+clusters%5BTitle%5D)+AND+%22OMICS%22%5BJournal%5D)">ClusterProfiler: An R package for comparing biological themes among gene clusters.</a> OMICS. 16 (5), 284-287 (2012).</li>
<li>Kanehisa, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((KEGG+for+taxonomy-based+analysis+of+pathways+and+genomes%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">KEGG for taxonomy-based analysis of pathways and genomes.</a> Nucleic Acids Res. 51 (D1), D587-D592 (2023).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Association+between+NRGN+gene+polymorphism+and+resting-state+hippocampal+functional+connectivity+in+schizophrenia%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Psychiatry%22%5BJournal%5D)">Association between NRGN gene polymorphism and resting-state hippocampal functional connectivity in schizophrenia.</a> BMC Psychiatry. 19 (1), 108(2019).</li>
<li>Sreedharan, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glutamate%2C+aspartate+and+nucleotide+transporters+in+the+SLC17+family+form+four+main+phylogenetic+clusters%3A+evolution+and+tissue+expression%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Glutamate, aspartate and nucleotide transporters in the SLC17 family form four main phylogenetic clusters: evolution and tissue expression.</a> BMC Genomics. 11, 17(2010).</li>
<li>Twine, N. A., Janitz, C., Wilkins, M. R., Janitz, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sequencing+of+hippocampal+and+cerebellar+transcriptomes+provides+new+insights+into+the+complexity+of+gene+regulation+in+the+human+brain%5BTitle%5D)+AND+%22Neurosci+Lett%22%5BJournal%5D)">Sequencing of hippocampal and cerebellar transcriptomes provides new insights into the complexity of gene regulation in the human brain.</a> Neurosci Lett. 541, 263-268 (2013).</li>
<li>Thomsen, M. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+of+the+Ly-6+family+proteins+Lynx1+and+Ly6H+in+the+rat+brain+is+compartmentalized%2C+cell-type+specific%2C+and+developmentally+regulated%5BTitle%5D)+AND+%22Brain+Struct+Funct%22%5BJournal%5D)">Expression of the Ly-6 family proteins Lynx1 and Ly6H in the rat brain is compartmentalized, cell-type specific, and developmentally regulated.</a> Brain Struct Funct. 219 (6), 1923-1934 (2014).</li>
<li>Li, N., Nattie, E., Li, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+melanin+concentrating+hormone+%28MCH%29+in+the+central+chemoreflex%3A+A+knockdown+study+by+siRNA+in+the+lateral+hypothalamus+in+rats%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">The role of melanin concentrating hormone (MCH) in the central chemoreflex: A knockdown study by siRNA in the lateral hypothalamus in rats.</a> PLoS ONE. 9 (8), e103585(2014).</li>
<li>Iqbal, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transthyretin-a+key+gene+involved+in+regulating+learning+and+memory+in+brain%2C+and+providing+neuroprotection+in+Alzheimer+disease+via+neuronal+synthesis+of+transthyretin+protein%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Behav.+Brain+Sci%22%5BJournal%5D)">Transthyretin-a key gene involved in regulating learning and memory in brain, and providing neuroprotection in Alzheimer disease via neuronal synthesis of transthyretin protein.</a> J. Behav. Brain Sci. 8 (2), 77-92 (2018).</li>
<li>Cable, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Robust+decomposition+of+cell+type+mixtures+in+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Robust decomposition of cell type mixtures in spatial transcriptomics.</a> Nat Biotechnol. 40 (4), 517-526 (2021).</li>
<li>Li, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+spatial+and+single-cell+transcriptomics+integration+methods+for+transcript+distribution+prediction+and+cell+type+deconvolution%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Benchmarking spatial and single-cell transcriptomics integration methods for transcript distribution prediction and cell type deconvolution.</a> Nat Methods. 19 (6), 662-670 (2022).</li>
<li>Vandenbon, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Murine+breast+cancers+disorganize+the+liver+transcriptome+in+a+zonated+manner%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Murine breast cancers disorganize the liver transcriptome in a zonated manner.</a> Commun Biol. 6 (1), 1-12 (2023).</li>
<li>Ivich, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Missing+cell+types+in+single-cell+references+impact+deconvolution+of+bulk+data+but+are+detectable%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Missing cell types in single-cell references impact deconvolution of bulk data but are detectable.</a> Genome Biol. 26 (1), 86(2025).</li>
<li>Xia, B., Yanai, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+periodic+table+of+cell+types%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">A periodic table of cell types.</a> Development. 146 (12), dev169854(2019).</li>
<li>Dong, K., Zhang, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deciphering+spatial+domains+from+spatially+resolved+transcriptomics+with+an+adaptive+graph+attention+auto-encoder%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Deciphering spatial domains from spatially resolved transcriptomics with an adaptive graph attention auto-encoder.</a> Nat Commun. 13 (1), 1739(2022).</li>
<li>Zhu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+cellular+interactions+from+spatially+resolved+transcriptomics+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Mapping cellular interactions from spatially resolved transcriptomics data.</a> Nat Methods. 21, 1830-1842 (2024).</li>
<li>Dries, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Giotto%3A+A+toolbox+for+integrative+analysis+and+visualization+of+spatial+expression+data%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Giotto: A toolbox for integrative analysis and visualization of spatial expression data.</a> Genome Biol. 22 (1), 1-31 (2021).</li>
<li>Yuan, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+spatial+clustering+methods+with+spatially+resolved+transcriptomics+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Benchmarking spatial clustering methods with spatially resolved transcriptomics data.</a> Nat Methods. 21 (4), 712-722 (2024).</li>
<li>Chen, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+algorithms+for+spatially+variable+gene+identification+in+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Benchmarking algorithms for spatially variable gene identification in spatial transcriptomics.</a> Bioinformatics. 41 (4), btaf131(2025).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>clusterProfiler</td><td></td><td>R package - versie 4.14.6</td><td></td></tr><tr><td>DeepSpaceDB</td><td></td><td>versie > 1.0</td><td>Een link naar de database: www.deepspacedb.com</td></tr><tr><td>limma</td><td></td><td>R package - versie 3.62.2</td><td></td></tr><tr><td>R</td><td></td><td>versie 4.4.2</td><td></td></tr><tr><td>RStudio</td><td>Posit</td><td>versie 2024.12</td><td></td></tr></tbody></table>

mining spatial transcriptomics-datasets met behulp van deepspacedb

Mining Spatial Transcriptomics Datasets using DeepSpaceDB

Mining Spatial Transcriptomics-datasets met behulp van DeepSpaceDB

Spatial transcriptomics is a rapidly evolving technology that enables the capture of gene expression patterns in tissue samples while preserving ...

mining-spatial-transcriptomics-datasets-using-deepspacedb

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Dit protocol schetst een vergelijkende de novo transcriptoomsamenstelling en annotatiestroom voor beginnende bioinformatici. De workflow is volledig gratis beschikbaar via CyVerse en verbonden door de Data Store. Er worden opdrachtregel- en grafische gebruikersinterfaces gebruikt, maar alle benodigde code is beschikbaar om te kopiëren en te plakken.

CyVerse Resources gebruiken voor<em&gt; De Novo</em&gt; Vergelijkende transcriptomics van onderverdiende (niet-model) organismen

Diepe sequentiebepaling van gist bevolking geselecteerd voor positieve gist 2-hybrid interacties mogelijk levert een schat aan informatie over interacterende eiwitten van de partner. Hier beschrijven we de werking van specifieke bioinformatica tools en bijgewerkte software voor het analyseren van de reeks gegevens uit dergelijke schermen op maat.

Informatic analyse van sequencedata van Batch gist 2-Hybrid schermen

Dit protocol worden de algemene procedures beschreven en kwaliteitscontrole controles nodig voor gezonde volwassen één zoogdiercellen voorbereiden druppel gebaseerde, hoge doorvoer eencellige RNA-Seq preparaten. Sequencing parameters, worden Lees uitlijning en downstream eencellige bioinformatic analyse ook geleverd.

Druppel Barcoding gebaseerde eencellige Transcriptomics van volwassen zoogdieren weefsels

Hier beschrijven we een protocol voor het verfijnen van interessante regio's (ROI's) voor Spatial Omics-technologieën om de micro-omgeving van de tumor beter te karakteriseren en specifieke celpopulaties te identificeren. Voor proteomics-assays kunnen geautomatiseerde aangepaste protocollen de ROI-selectie begeleiden, terwijl transcriptomics-assays kunnen worden verfijnd met behulp van ROI's zo klein als 50 μm.

Ruimtelijke profilering van eiwit- en RNA-expressie in weefsel: een benadering om virtuele microdissectie te verfijnen

Dit analytische computationele platform biedt praktische richtlijnen voor microbiologen, ecologen en epidemiologen die geïnteresseerd zijn in bacteriële populatiegenomica. In het bijzonder demonstreerde het hier gepresenteerde werk hoe uit te voeren: i) fylogenie-geleide mapping van hiërarchische genotypen; ii) op frequentie gebaseerde analyse van genotypen; iii) verwantschaps- en klonaliteitsanalyses; iv) identificatie van afstammingsonderscheidende accessoire loci.

Heuristische mijnbouw van hiërarchische genotypen en accessoire genoom loci in bacteriële populaties

Hier beschrijven we een methode die het mogelijk maakt om vers verkregen botweefsel te ontkalken en RNA van hoge kwaliteit te behouden. Er wordt ook een methode geïllustreerd voor het in secties verdelen van Formaline Fixed Paraffine Embedded (FFPE) monsters van niet-gedemineraliseerde botten om resultaten van goede kwaliteit te verkrijgen als er geen vers weefsel beschikbaar is of niet kan worden verzameld.

Methoden om ruimtelijke transcriptomics van botweefsels mogelijk te maken

Dit artikel presenteert een protocol voor het uitvoeren van uitgebreide ruimtelijke transcriptomische profilering van gastheer-, viraal-, schimmel- en microbioom-RNA uit formaline-gefixeerde, in paraffine ingebedde weefselsecties met behulp van Stereo-seq, waarmee verschillende transcriptomen met hoge resolutie in kaart kunnen worden gebracht met behoud van weefselarchitectuur.

Uitgebreide ruimtelijke profilering van soortagnostische transcriptomen via stereo-seq

Dit protocol omvat een stapsgewijze workflow voor verkalkte vasculaire monsters: weefselbehandeling, decalcificatie, RNA-validatie, detectie van calcificatieniveaus en strategieën voor het selecteren van interessegebieden op de Nanostring GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP). Het doel is om een uitgebreide methode te presenteren voor het behouden van vasculaire weefselmorfologie en RNA voor betrouwbare ruimtelijke transcriptomische analyse.

Voorbereiding en verwerking van verkalkte slagader met geconserveerde morfologie en RNA voor digitale ruimtelijke profilering

Deze studie presenteert een ruimtelijk Trekker–CUT&amp;Tag multioomprotocol dat directe ruimtelijke streepjescoding van een weefselsectie combineert met enkelcel-multioomanalyse. Deze aanpak maakt ruimtelijk opgeloste enkelcelprofilering van genexpressie en de histon H3K27ac-modificatie mogelijk gelijktijdig, wat mechanistische inzichten biedt in genregulatie in de context van weefselmicroanatomie.

Ruimtelijk opgeloste, geïntegreerde single-cell multiomic profilering van het transcriptoom en epigenomische doelen in bevroren weefselsecties

We presenteren een methode voor het genereren van cDNA van milieu-mRNA. In het algemeen, totaal RNA eerste is verzameld uit de omgeving, is rRNA selectief verwijderd, mRNA wordt selectief versterkt, en cDNA gesynthetiseerd uit de verrijkte mRNA zwembad is gesequenced. Herstelde sequenties kunnen worden geannoteerd met behulp van standaard bioinformatica technieken om de uitdrukking genen te identificeren.

Het analyseren van genexpressie van Marine microbiële gemeenschappen met behulp van het milieu transcriptomics

Verken DeepSpaceDB voor ruimtelijke transcriptomics-analyse van weefselorganisatie en ziektegerelateerde genexpressie. Deze database maakt complexe datasets toegankelijk voor biologen zonder programmeerkennis.

Mining Spatial Transcriptomics-datasets met behulp van DeepSpaceDB

Meer video's verkennen