Summary
Protokollen presenterer en ikke-invasiv metode for rask diagnose av Helicobacter pylori mageinfeksjoner gjennom strengtesten og bestemmer dens antibiotikaresistens mot klaritromycin og levofloksacin ved bruk av kvantitativ polymerasekjedereaksjon (qPCR).
Abstract
Helicobacter pylori er et stort menneskelig patogen som infiserer omtrent halvparten av den globale befolkningen og blir en alvorlig helsetrussel på grunn av sin økende antibiotikaresistens. Det er årsaken til kronisk aktiv gastritt, magesårssykdom og magekreft og har blitt klassifisert som et gruppe I kreftfremkallende middel av International Agency for Research on Cancer. Derfor er den raske og nøyaktige diagnosen H. pylori og bestemmelsen av dens antibiotikaresistens viktig for effektiv utryddelse av dette bakterielle patogenet. For tiden inkluderer H. pylori-diagnosemetoder hovedsakelig urea-pustetesten (UBT), antigentesten, serumantistofftesten, gastroskopi, rask ureasetest (RUT) og bakteriekultur. Blant dem er de tre første deteksjonsmetodene ikke-invasive, noe som betyr at de er enkle tester å utføre. Bakterier kan imidlertid ikke hentes gjennom disse teknikkene; Dermed kan ikke resistenstesting utføres. De tre siste er invasive undersøkelser, men de er kostbare, krever høy kompetanse og har potensial til å skade pasienter. Derfor er en ikke-invasiv, rask og samtidig metode for H. pylori-deteksjon og resistenstesting svært viktig for effektivt å utrydde H. pylori i klinisk praksis. Denne protokollen tar sikte på å presentere en spesifikk prosedyre som involverer strengtesten i kombinasjon med kvantitativ polymerasekjedereaksjon (qPCR) for rask påvisning av H. pylori-infeksjon og antibiotikaresistens. I motsetning til bakteriekulturer, tillater denne metoden enkel, rask, ikke-invasiv diagnose av H. pylori-infeksjonsstatus og stoffresistens. Spesielt brukte vi qPCR for å oppdage rea for H. pylori-infeksjon og mutasjoner i 23S rRNA- og gyrA-gener, som koder for motstand mot henholdsvis klaritromycin og levofloksacin. Sammenlignet med rutinemessig brukte dyrkingsteknikker, gir denne protokollen en ikke-invasiv, billig og tidsbesparende teknikk for å oppdage H. pylori-infeksjon og bestemme dens antibiotikaresistens ved hjelp av qPCR.
Introduction
H. pylori er en spiralformet, svært bevegelig, gramnegativ bakterie som hovedsakelig lever i pylorusområdet i magen1. Det er et vanlig patogen som infiserer nesten 50% av den globale befolkningen2. De fleste med H. pylori-infeksjon har ingen kliniske manifestasjoner, og de fleste utvikler forskjellige sykdommer etter flere års infeksjon, inkludert kronisk gastritt, magesår, magesår og magekreft3. I flere studier basert på forskjellige populasjoner har effekten av å eliminere H. pylori for å forebygge magekreft og forstadier til kreft blitt vist 4,5. Derfor har Verdens helseorganisasjon (WHO) International Agency for Research on Cancer anbefalt H. pylori-utryddelse som et forebyggende tiltak6.
Bruk av ikke-invasive metoder for å identifisere H. pylori-infeksjon er en nøkkelkomponent i behandlingen for de fleste personer med asymptomatisk dyspepsi. Urea pustetest (UBT), H. pylori fekal antigen test (SAT), og serologisk testing er populære ikke-invasive teknikker. Blant disse er UBT den minst påtrengende og mest nøyaktige prosedyren som er tilgjengelig. UBT bruker urease, rikelig tilstede i H. pylori, for å hydrolysere isotopisk merket urea til ammoniakk og karbondioksid (13C eller 14C). I motsetning til dette er immunokromatografisk analyse (ICA) 7 praktisk, enkel og ikke-invasiv for prøvetaking. Nøyaktigheten av testen påvirkes imidlertid av flere faktorer, for eksempel kvaliteten på avføringsprøven, temperaturen og intervallet mellom prøveinnsamlingen og testingen. En annen test basert på immunresponsen er serum H. pylori-antistofftesten , som oppdager antistoffer i pasientens serum. Denne testen er imidlertid ikke egnet for etterbehandlingsanalyse siden antistoffene forblir lenge etter at bakteriene er ryddet8. En annen stor ulempe er at disse metodene bare diagnostiserer H. pylori-infeksjon og ikke tillater resistenstesting for å veilede følsomhetsbasert behandling.
For invasive testmetoder må gastrisk biopsivev tas ved endoskopi og deretter underkastes histologi, urease-hurtigtesten og bakteriekultur. Disse testmetodene er også svært begrensede på grunn av flere faktorer. For tiden er disse teknikkene begrenset til eldre pasienter, pasienter med høy risiko for forstadier eller ondartet sykdom, og pasienter som har mislyktes førstelinjebehandling for gastroøsofageal reflukssykdom eller H. pylori-infeksjon 9. For det andre, på grunn av de unike vekstegenskapene til H. pylori, når suksessraten for bakteriekultur bare 50%10. Dermed gir molekylære deteksjonsmetoder nytt håp for å overvinne de høye kravene til invasive deteksjonsmetoder og veilede følsomhetsbasert behandling. Blant molekylære deteksjonsmetoder har kvantitativ PCR utviklet seg enormt de siste årene. qPCR, i motsetning til tradisjonell PCR, krever ikke gelelektroforese og kvantifiserer nøyaktig DNA / RNA i prøver ved å legge til primere og sonder på glødningsstadiet. qPCR-sett for påvisning av H. pylori-infeksjon og stoffresistens er nå kommersielt tilgjengelige. Likevel har hver metode sine begrensninger; Derfor bør pasientens kliniske diagnose og behandling vurderes i sammenheng med pasientens symptomer, tegn, historie, andre laboratorietester og respons på behandlingen.
For tiden er den primære metoden for behandling av H.pylori-infeksjoner å ta antibiotika, men i det siste blir det stadig vanskeligere å behandle disse infeksjonene på grunn av økningen i antibiotikaresistens. Deretter har en signifikant nedgang i H. pylori-behandlingseffekten blitt observert globalt, noe som gjør H. pylori-utryddelse til et stort folkehelseproblem11.
Klaritromycin og levofloksacin er de to bredspektrede antibiotika som brukes til å behandle infeksjoner forårsaket av H.pylori, men flere studier har rapportert utbredt motstand mot disse to legemidlene i H.pylori-isolater. A2143G, A2142G og A2142C er tre av de mange punktmutasjonene som finnes i 2.9 kb 23S rRNA-genet som resulterer i klaritromycinresistens ved å hindre makrolidet i å binde seg. Samtidig er mutasjonsloci av levofloksacinresistensgenet hovedsakelig lokalisert i de seks mutasjonsstedene (A260T, C261A, T261G, G271A, G271T, A272G) av gyrA-genet 12. Oppdagelsen av disse resistensmekanismene basert på genetiske mutasjoner har ført til et gradvis skifte i påvisning av H. pylori gjennom kulturbaserte studier til molekylær testing.
Samlet sett er det et presserende klinisk behov for en ikke-invasiv, effektiv og samtidig diagnostisk metode for påvisning av H. pylori-infeksjoner og stoffresistens. Vi vedtok en kombinert strengtest og qPCR-metode for å overvinne vanskelighetene med prøvetaking og oppnå målet om samtidig påvisning av H. pylori-infeksjon og medikamentresistens ved hjelp av forskjellige primerprober.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
Denne studien ble utført i samsvar med etiske hensyn etablert av den etiske komiteen ved Guangdong Provincial People's Hospital, Southern Medical University, Guangzhou, Kina (godkjenningsnummer: KY-Q-2022-384-02). Pasienter i alderen 18-60 år ble inkludert i denne studien. Pasienter som tok antibiotika, antibakterielle kinesiske legemidler, legemidler som protonpumpehemmere (PPI) eller H2-reseptorantagonister, etc., innen 2 uker før testing, ble ikke inkludert i denne studien. De pasientene som hadde fått behandling mot H.pylori i løpet av de siste 3 månedene ble også ekskludert fra denne studien. De med alvorlige hjerte-, lever-, nyreproblemer, alvorlig nevropati eller psykisk lidelse fikk heller ikke delta i denne studien. Det var ingen gravide og ammende mødre inkludert i denne studien. Detaljer om forsyningene (reagenser, kjemikalier, utstyr og programvare) som brukes i denne studien er gitt i materialfortegnelsen.
1. Strengtest for magevæskeprøvetaking
- Be pasienten om å faste over natten før prøvesamlingen.
- Neste dag åpner du strengtestsettet, tar kapselen og holder løkken på enden av strengen.
- Teip snoren på pasientens kinn, og be dem om å plassere kapselen på tungen nær baksiden av halsen og svelge den med en slurk vann.
- La kapselen løses opp i pasientens mage, og utsett dermed strengen i kapselen for å absorbere mageslim.
- Be en erfaren assistent om å trekke forsiktig ut strengen 1 time etter at pasienten har svelget kapselen.
- Klipp av den nedre enden av strengen (40 cm) dynket i magevæsken, plasser den i TSE (Tris / saltvann / EDTA) prøvekonserveringsløsning, og send den deretter til det kliniske laboratoriet ved romtemperatur (RT) for påfølgende påvisning av H. pylori og bestemmelse av antibiotikaresistensprofilene ved bruk av qPCR.
2. DNA-ekstraksjon
- Plasser de prøvebærende oppsamlingsrørene på et reagensrørstativ, riktig merket, og virvel dem i 10 s.
- Vri 32-brønnsplaten (nukleinsyreekstraksjon eller rensingssett) opp ned flere ganger for å resuspendere magnetkulene. Etter en kort virvel i 10 s, fjern forsiktig aluminiumsfolieforseglingen fra platen.
- Overfør 200 μL magevæske fra hver prøve og H. pylori DNA som en positiv kontroll til de separate brønnene.
- Plasser 32-brønnplaten i det tilsvarende prøvesporet til nukleinsyreekstraktormaskinen for automatisk DNA-ekstraksjon.
- Etter DNA-ekstraksjon og bekreftelse, start antibiotikaresistenstesting for klaritromycin og levofloksacin gjennom qPCR på de positive prøvene.
- Plasser overflødig magevæske og ekstraherte DNA-prøver ved -20 ° C for langvarig lagring og fremtidig bruk.
- Utfør alle disse trinnene i et biosikkerhetsskap for å unngå forurensning.
3. qPCR for påvisning av H. pylori og resistens mot antibiotika (klaritromycin og levofloksacin)
- Utføre qPCR for påvisning av H. pylori og de mistenkte antibiotikaresistensmutasjonene i genomet.
- Tine qPCR-reaksjonsblandingen (H. pylori nukleinsyredeteksjonssett) på is, og bland den ved å flikke og spinne for å forhindre tap av reagens.
- For hver prøve på en 32-brønnsplate, bland 20 μL PCR-reaksjonsblanding (premix av genotypingsreaksjon [inneholdende Taq-enzymet, deoksyribonukleosidtrifosfat, reaksjonsbuffer og magnesiumklorid], med ureA fremover og bakover primere, og en ureA-sonde) og 5 μL av det ekstraherte DNA.
- Kjør 32-brønns qPCR-platen på qPCR-maskinen. Programmer termosyklisten: reaksjonsblandingen vil først reageres sekvensielt ved 42 °C og 95 °C (begge i en syklus) i 2 minutter hver; deretter, 40 sykluser ved 95 °C, denaturering i 10 s, og glødning og forlengelse ved 58 °C i 45 s.
- Sett fluorescenssignaloppkjøpet til FAM (H. pylori) og datainnsamlingen til forsterkningsforlengelsesperioden. Etter at reaksjonen er fullført, lagre dataene for fremtidig resultatanalyse.
- Analyser dataene ved hjelp av spesifikk programvare for qPCR, da instrumentet automatisk velger baselineterskler.
- Hvis testresultatet for H. pylori er positivt, vil maskinen automatisk starte stoffresistenstesting på prøven. Bytt ut reagenssettet med deteksjonsreagenser for 23S rRNA-genet og gyrA-genmutasjoner i H. Pylori-settet (qPCR).
MERK: Reagenssettet (deteksjonsreagenser for 23S rRNA-genet og gyrA-genmutasjoner i Helicobacter pylori [qPCR]) inkluderer PCR-reaksjonsblandingen (premix av genotypingsreaksjon [som inneholder Taq-enzymet, deoksyribonukleosidtrifosfat, reaksjonsbuffer, magnesiumklorid], primere og sonder). Alle de negative kvalitetskontrollproduktene er sterilt, renset vann. Det positive kvalitetskontrollproduktet i H. pylori-nukleinsyredeteksjonssettet er inaktiverte H. pylori-standardperler (ATCC 43504). De sterke H. pylori-positive og svake positive kvalitetskontrollproduktene i settet (deteksjonsreagenser for 23S rRNA-genet og gyrA-genmutasjoner i H. pylori) er DNA fra den inaktiverte H. pylori-stammen som inneholder målgenet og det mutante genet. På samme måte, basert på den faktiske situasjonen, er alle diagnostiske standarder, inkludert tilstedeværelse av H. pylori-infeksjon eller stoffresistens, satt til CT ≤ 35 og har en typisk S-formet kurve. Konsentrasjonen av den svake kvalitetskontrollen er 1,0 x 103 kopier/ml, mens konsentrasjonen av den sterke kvalitetskontrollen er 1,0 x 108 kopier/ml.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
Påvisning av H. pylori-infeksjon og antibiotikaresistens i magevæske ved qPCR
Vi utførte qPCR for påvisning av H. pylori-infeksjon ved å amplifisere ureA-genet og bestemte dets antibiotikaresistensprofil ved å målrette punktmutasjoner i 23S rRNA-genet og gyrA-genet (tab 1). CT-verdiene for kvalitetskontroll i alle tre gruppene av qPCR-eksperimentene var innenfor det anbefalte området, noe som indikerte at prøvene alle var i normal tilstand på tidspunktet for forsøket og at testresultatene var pålitelige. I denne studien ble fem prøver med forskjellige testresultater (S1-S5) valgt for å karakterisere påliteligheten til den eksperimentelle protokollen. S1 representerer en representativ stamme av H. pylori uten infeksjon, mens S2-S5-prøvene er de infiserte med H. pylori med ulike resistensresultater (figur 1). Vi satte systemet til ikke å utføre ytterligere resistenstesting med prøvene som ikke var infisert med H. pylori, slik at S1-prøven ikke gikk inn i motstandstesten etter at systemtesten viste et negativt resultat for H. pylori. Når det gjaldt prøvene som var positive for H. pylori-infeksjon, var S2 CT-verdiene alle innenfor deteksjonsområdet, noe som indikerte at prøven var H. pylori-positiv og viste dobbel motstand mot klaritromycin og levofloksacin, og klinikere ble anbefalt å velge andre behandlingsmetoder etter eget skjønn. S3 CT-verdiene var innenfor deteksjonsområdet for H. pylori-infeksjon og levofloksacinresistenstest, mens det ikke ble påvist CT-verdier i klaritromycinresistenstesten, noe som indikerte at S3-prøven var fra en levofloksacinresistent pasient. Tilsvarende var CT-verdien av S4-prøven innenfor deteksjonsområdet for H. pylori-infeksjon og klaritromycinresistens, mens det ikke ble påvist CT-verdi for levofloksacinresistens, noe som indikerte at denne pasienten var resistent mot klaritromycin, og det ble anbefalt at de tok levofloksacin til behandling. Endelig viste S5-prøvetesten CT-verdier innenfor deteksjonsområdet bare for påvisning av H. pylori-infeksjon, noe som indikerer at denne pasienten var følsom overfor begge antibiotika og kunne behandles med et av de to legemidlene. Sammenlignet med bakteriekulturmetoden, som også oppdager H. pylori-infeksjon og stoffresistens, er denne metoden trygg og effektiv for å oppdage H. pylori-infeksjon og stoffresistens uten å forårsake skade på pasienten og kan brukes til å veilede legen i å formulere en passende behandlingsplan.
Figur 1: Påvisning av H. pylori og dets antibiotikaresistens i magevæske ved qPCR.
(A) Kvantitativ PCR-amplifisering av H. pylori-infeksjon , (B) påvisning av klaritromycinresistens og (C) påvisning av levofloksacinresistens. "S" står for prøve. "S1" er en prøve som kom tilbake negativ for H. pylori-infeksjon og ble også testet for antibiotikaresistens; "S2" er en H. pylori-infisert prøve med resistens mot både klaritromycin og levofloksacin; "S3" er også en H. pylori-positiv prøve, men er klaritromycinfølsom og levofloksacinresistent; "S4" er også en H. pylori-positiv prøve, men er klaritromycinresistent og levofloksacin-følsom; "S5" er en H. pylori-positiv prøve, men er utsatt for både klaritromycin og levofloksacin. Konsentrasjonen av den svake kvalitetskontrollen er 1,0 x 103 kopier/ml, mens konsentrasjonen av den sterke kvalitetskontrollen er 1,0 x 108 kopier/ml. Klikk her for å se en større versjon av denne figuren.
| Eksempel | H. pylori | klaritromycin | Levofloksacin | |||
| +/- | CT | +/- | CT | +/- | CT | |
| S1 | - | U | - | U | - | U |
| S2 | + | 22.61 | + | 22.77 | + | 23 |
| S3 | + | 28.32 | - | U | + | 30.18 |
| S4 | + | 28.76 | + | 27.67 | - | U |
| S5 | + | 31.59 | - | U | - | U |
Tabell 1: Tabell som viser qPCR-resultatene av påvisning av H. pylori-infeksjon og resistens mot klaritromycin og levofloksacin. Denne tabellen presenterer de kvalitative resultatene for H. pylori-infeksjon , påvisning av 23S rRNA-genmutasjoner som viser at isolatet er resistent mot klaritromycin, og påvisning av gyrA-genmutasjoner som viser at isolatet er resistent mot levofloksacin. +/−, kvalitativt resultat; +, positivt resultat; −, negativt resultat.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
H. pylori-deteksjon kan utføres ved bruk av både invasive og ikke-invasive metoder13. Vanlige invasive teknikker som histopatologi, rask ureasetest, polymerasekjedereaksjon (PCR) og bakteriell dyrking krever endoskopi og biopsi. Serologiske tester, urea-pustetester og enzymbundne immunosorbentanalyser (ELISA) anbefales blant de ikke-invasive prosedyrene14. Mens ikke-invasive metoder er enkle å utføre, økonomiske og mer komfortable for pasienter, krever isolering og dyrking av H. pylori for å utføre ytterligere analyser, for eksempel belastningsidentifikasjon og antibiotikafølsomhetstesting, invasive tester. Med den nåværende økningen i antibiotikaresistens blir tidligere brukte antibiotika ineffektive og unnlater dermed å behandle infeksjon forårsaket av stoffresistente H. pylori-isolater. I dette tilfellet kan det være nødvendig å hente H. pylori for å utføre antibiotikafølsomhetstesting for å velge antibiotika som mest sannsynlig vil eliminere de resistente bakteriene.
Rutinemessig utførte kulturbaserte følsomhetsanalyser som agarfortynningsmetoden og Epsilometer-testen (E-test) har flere begrensninger: de er tidkrevende, siden H. pylori er en sakte voksende bakterie, kostbar, ferdighetsbasert og krever invasive teknikker. Alternativt forskjellige molekylære baserte teknikker, som fluorescens in situ hybridisering (FISH) teknikker og qPCR, kan brukes til å identifisere flere mutasjoner, for eksempel i 23S rRNA-genet, som koder for motstand mot klaritromycin15,16. Trepunkts mutasjonssteder (A2142G, A2143G, A2142C) av 23S rRNA-resistensgenet til H. pylori og sekspunktsmutasjonssteder (A260T, C261A, T261G, G271A, G271T, A272G) av gyrA-resistensgenet av kinolonantibiotika ble valgt for å designe primere og prober for å bestemme resistens mot henholdsvis klaritromycin og levofloksacin.
Strengtesten, som stammer fra ENTEO-TEST, bruker en kapsel festet til en svært absorberende nylonstreng, som svelges for å samle magesekresjoner17. For tiden har strengtester blitt brukt til å diagnostisere tuberkulose18, for å skille svært virulent Klebsiella pneumoniae (hvKp) fra tradisjonell Klebsiella pneumoniae19, for å identifisere gram-positive og gramnegative bakterier og gjær, og for å diagnostisere H. pylori fra magevæske20. I denne studien kombinerte vi strengtesten, en minimalt invasiv teknikk, med qPCR for identifisering av H. pylori-infeksjoner i et klinisk oppsett og utførte følsomhetstesting ved å målrette tidligere rapporterte resistenskodende mutasjoner i H. pylori-genomet. Vi valgte ureA-genet fordi det er et housekeeping-gen unikt for H. pylori uten potensiell risiko for kryssreaksjon med andre organismer. Alle H. pylori-isolater må ha ureA-genet for å overleve i menneskets mage, og knock-out-eksperimenter har vist at H. pylori uten ureA-genet ikke har evnen til å kolonisere i magen.
For qPCR er kvalitetskontrollstandarder ekstremt viktige. I qPCR-deteksjonen av H. pylori er kravene i kvalitetskontrollstandardene som følger: et negativt kvalitetskontrollprodukt (ingen økning i fluorescenssignal i FAM-deteksjonsveien, ingen typisk S-type amplifikasjonskurve, CT-verdi > 35,00 eller ingen åpenbar signal); et positivt kvalitetskontrollprodukt (fluorescenssignalvekstkurve for FAM-deteksjonsveien som viser en S-formet kurve, CT-verdi ≤ 35,00), og kravene ovenfor må oppfylles samtidig; Ellers vil testen bli ansett som ugyldig og må gjennomføres på nytt. Videre, for qPCR-påvisning av H. pylori-resistens mot antibiotika (klaritromycin og levofloksacin), bortsett fra CT-verdien som skiller mellom positive og negative resultater, som endres til 30,00 for resistensdeteksjon, er de andre kravene de samme som ovenfor. Spesielt er sekvensinformasjonen om primere og sonder ikke tilgjengelig i dette papiret fordi det involverer kommersielle eiendomsrettigheter.
For å velge mer effektive antibiotika for hver pasient, er det avgjørende å kartlegge den lokale forekomsten av H. pylori og dens antibiotikaresistensprofil på grunn av økt antimikrobiell resistens globalt og i tillegg på grunn av variasjonen i resistensmønstre mellom ulike geografiske områder. Den største begrensningen i studien vår er at prøvestørrelsen var svært liten og ikke dekket forskjellige geografiske regioner i Kina for å vise forekomsten av H. pylori-infeksjon og dens komplette antibiotikaresistensprofil, men strengtestteknikken er godt utviklet, og ved å kombinere den med qPCR oppnådde vi en samtidig diagnose av H. pylori infeksjon og påvisning av stoffresistens. Disse resultatene tyder på at denne tilnærmingen kan brukes i større skala i forskjellige regioner i verden.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Ingen.
Acknowledgments
Dette arbeidet ble støttet av Sanming Project of Medicine i Shenzhen (Grant nr. SZSM201510050) og Guangdong Basic and Applied Basic Research Foundation (Grant No. 2022A1515220023). Forskningsstiftelsen for avanserte talenter ved Guandong Provincial People's Hospital (nr. KJ012021097), og National Natural Science Foundation of China (81871734, 82072380, 82272423). Finansiørene hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om publisering eller utarbeiding av manuskriptet.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| 23S rRNA and gyrA gene point mutations detection kit (PCR-Fluorescence Probing) | Hongmed Infagen | Detection of Helicobacter pylori resistance to clarithromycin and levofloxacin | |
| ABI 7500 fluorescence quantitative PCR machine | Thermo Fisher Scientific | SEDA 20163220767 | Fluorescent quantitative PCR amplification |
| ABI 7500 software | Thermo Fisher Scientific | Data Analysis | |
| BSC-1500IIA2-X | BIOBASE | SEDA 20143222263 | Biosafety cabinet |
| DNA extraction kit | Daan Gene | ||
| E-Centrifuge | WEALTEC | Centrifuge the residual liquid off the wall of the tube. | |
| H. Pylori DNA detection kit (PCR-Fluorescence Probing) | Hongmed Infagen | Testing for H. pylori infection | |
| Stream SP96 automated nucleic acid extractor | Daan Gene | SEDA 20140104 | For DNA extraction |
| String test kit | Hongmed Infagen | It contains a capsule attached to a string, scissors, cotton swab, and sample preservation tube | |
| Ultra-low temperature freezers (DW-YL450) | MELING | SEDA 20172220091 | -20 °C for storing reagents |
| Vortex-5 | Kylin-bell | For mixing reagent |
References
- Proença-Modena, J. L., Acrani, G. O., Brocchi, M. Helicobacter pylori: Phenotypes, genotypes and virulence genes. Future Microbiology. 4 (2), 223-240 (2009).
- Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Association between alcohol consumption, cigarette smoking, and Helicobacter pylori infection in Iraqi patients submitted to gastrointestinal endoscopy. Journal of Emergency Medicine, Trauma and Acute Care. 2022 (6), 12 (2022).
- Reshetnyak, V. I., Burmistrov, A. I., Maev, I. V. Helicobacter pylori: Commensal, symbiont or pathogen. World Journal of Gastroenterology. 27 (7), 545-560 (2021).
- Thrift, A. P., Wenker, T. N., El-Serag, H. B. Global burden of gastric cancer: Epidemiological trends, risk factors, screening and prevention. Nature Reviews Clinical Oncology. 20 (5), 338-349 (2023).
- Liou, J. M., et al. Screening and eradication of Helicobacter pylori for gastric cancer prevention: The Taipei global consensus. Gut. 69 (12), 2093-2112 (2020).
- IARC Helicobacter pylori Working Group. Helicobacter Pylori Eradication as A Strategy for Preventing Gastric Cancer. , International Agency for Research on Cancer. Lyon, France. (2014).
- Vaira, D., et al. The stool antigen test for detection of Helicobacter pylori after eradication therapy. Annals of Internal Medicine. 136 (4), 280-287 (2002).
- Laheij, R. J. F., Straatman, H., Jansen, J. B. M. J., Verbeek, A. L. M. Evaluation of commercially available Helicobacter pylori serology kits: A review. Journal of Clinical Microbiology. 36 (10), 2803-2809 (1998).
- Malfertheiner, P., et al. Management of Helicobacter pylori infection - The Maastricht IV/ Florence consensus report. Gut. 61 (5), 646-664 (2012).
- Peng, X., et al. Gastric juice-based real-time PCR for tailored Helicobacter Pylori treatment: A practical approach. International Journal of Medical Sciences. 14 (6), 595-601 (2017).
- Thung, I., et al. Review article: The global emergence of Helicobacter pylori antibiotic resistance. Alimentary Pharmacology and Therapeutics. 43 (4), 514-533 (2016).
- Zhang, Y., et al. Mutations in the antibiotic target genes related to clarithromycin, metronidazole and levofloxacin resistance in Helicobacter pylori strains from children in China. Infection and Drug Resistance. 13, 311-322 (2020).
- Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of Helicobacter pylori infection by invasive and noninvasive techniques in patients with gastrointestinal diseases from Iraq: A validation study. PLoS One. 16 (8), e0256393 (2021).
- Chen, Q., et al. Advanced sensing strategies based on different types of biomarkers toward early diagnosis of H. pylori. Critical Reviews in Analytical Chemistry. , (2023).
- Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of clarithromycin resistance and 23SrRNA point mutations in clinical isolates of Helicobacter pylori isolates: Phenotypic and molecular methods. Saudi Journal of Biological Sciences. 29 (1), 513-520 (2022).
- Xuan, S. H., Wu, L. P., Zhou, Y. G., Xiao, M. B. Detection of clarithromycin-resistant Helicobacter pylori in clinical specimens by molecular methods: A review. Journal of Global Antimicrobial Resistance. 4, 35-41 (2016).
- Perez-Trallero, E., Montes, M., Alcorta, M., Zubillaga, P., Telleria, E. Non-endoscopic method to obtain Helicobacter pylori for culture. Lancet. 345 (8950), 622-623 (1995).
- DiNardo, A. R., et al. Use of string test and stool specimens to diagnose pulmonary tuberculosis. International Journal of Infectious Diseases. 41, 50-52 (2015).
- Li, G., et al. Identification of hypervirulent Klebsiella pneumoniae isolates using the string test in combination with Galleria mellonella infectivity. European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. 39 (9), 1673-1679 (2020).
- Agbonlahor, D. E., Odugbemi, T. O., Udofia, P. O. Differentiation of gram-positive and gram-negative bacteria and yeasts using a modification of the "string" test. The American Journal of Medical Technology. 49 (3), 177-178 (1983).
