Automated Quantification and Analysis of Cell Counting Procedures Using ImageJ Plugins

Jacob O'Brien; Heyam Hayder; Chun Peng

doi:10.3791/54719

Автоматизированная Количественное и анализ процедур Cell подсчет с использованием ImageJ плагинов

JoVE Journal
Biology

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Biology

Automated Quantification and Analysis of Cell Counting Procedures Using ImageJ Plugins

Автоматизированная Количественное и анализ процедур Cell подсчет с использованием ImageJ плагинов

Full Text

49,269 Views

11:01 min

November 17, 2016

DOI: 10.3791/54719-v

Jacob O'Brien¹, Heyam Hayder¹, Chun Peng¹

¹Department of Biology,York University

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Overview

This paper presents new open-source ImageJ plugins, Cell Concentration Calculator and migration assay Counter, for quantifying hemocytometer and migration/invasion micrographs. It also details image acquisition and calibration protocols, along with the input requirements for the plugins.

Key Study Components

Area of Science

Neuroscience
Cell Biology
Image Analysis

Background

Cell counting is essential for various biological assays.
Accurate quantification aids in understanding cell behavior.
Digital analysis tools can enhance counting efficiency.
Open-source tools promote accessibility in research.

Purpose of Study

To provide a method for quick and accurate cell counts.
To facilitate quantification in in vitro motility assays.
To describe the use of ImageJ plugins for cell analysis.

Methods Used

Utilization of ImageJ plugins for cell counting.
Image acquisition using a microscope with phase contrast filters.
Calibration protocols for accurate measurements.
Setting default image capture settings in microscope software.

Main Results

Demonstrated effectiveness of the plugins in cell quantification.
Provided detailed protocols for image acquisition.
Highlighted the advantages of digital analysis tools.
Showed how to meet input requirements for the plugins.

Conclusions

The new plugins significantly improve cell counting accuracy.
They offer a user-friendly approach for researchers.
Digital tools can streamline experimental workflows.

Frequently Asked Questions

What are the main advantages of using the new plugins?

The plugins provide fast and accurate cell counts with multiple analysis tools.

How do I set up the microscope for image acquisition?

Set the illumination to maximum and use the 4x objective with phase contrast filters.

Are the plugins suitable for all types of cell assays?

Yes, they can be used for various in vitro assays, including migration and invasion assays.

Can I access the plugins for free?

Yes, the plugins are open-source and available for free.

What is the importance of calibration in this protocol?

Calibration ensures accurate measurements and reliable results in cell counting.

Is training required to use the plugins effectively?

Basic familiarity with ImageJ is helpful, but the plugins are designed to be user-friendly.

В этой статье описывается количественная оценка гемоцитометра и микрофотографий миграции/инвазии с помощью двух новых плагинов ImageJ с открытым исходным кодом: Калькулятор концентрации клеток и счетчик анализа миграции. Кроме того, в нем описываются протоколы получения изображений и калибровки, а также подробно обсуждаются требования к вводу плагинов.

Общая цель этого протокола заключается в использовании инструментов цифрового анализа для быстрого проведения точного подсчета клеток в суспензии или на миграции в мембране для инвазионного анализа. Этот протокол может помочь исследователям количественно определить количество клеток, необходимое для распространенных методов и анализов подвижности клеток in vitro. Основное преимущество этого метода заключается в том, что он обеспечивает быстрый и точный подсчет клеток, а также включает в себя несколько фильтров и инструментов анализа.

Для начала установите подсветку микроскопа на максимум. Переключитесь на объектив 4x и убедитесь, что фазово-контрастные фильтры используются. Затем в программном обеспечении микроскопа установите для настроек захвата изображений значения по умолчанию.

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos

Explore More Videos

Клеточная биология выпуск 117 изображение Количественное ImageJ подсчет клеток автоматизированный подсчет частиц вторжение миграция гемоцитометр ImageJ плагин ImageJ макрос