Комплексный анализ метилирования ДНК с использованием метода Methyl-CpG-связывающего домена для захвата у пациентов с хронической лимфоцитарной лейкемией

9.4K просмотров

Цитируется: 2

13:21 мин.

16 июня 2017 г.

10.3791/55773-v

16 июня 2017 г.

9.4K просмотров

Santhilal Subhash¹ , Meena Kanduri²

¹Department of Medical Genetics, Institute of Biomedicine, Gothenburg University, ²Department of Clinical Chemistry and Transfusion Medicine, Institute of Biomedicine, Gothenburg University

В этой работе описывается оптимизированный протокол секвенирования доменов с меченным CpG-связывающим доменом (MBD) и вычислительный конвейер для идентификации дифференцированных метилированных CpG-богатых областей у пациентов с хронической лимфоцитарной лейкемией (CLL).

Больше видео

Метод MBD-seq

захват метилированной ДНК

секвенирование следующего поколения

валидация методом пиросеквенирования

специфичные для ХЛЛ дифференциально метилированные гены

длинные некодирующие РНК

повторяющиеся элементы

белок-кодирующие гены

Chapters in this video

0:05

Название

11:26

Заключение

10:09

Результаты: Идентификация дифференциально метилированных CpG-богатых регионов в образцах хронического лимфолейкоза (ХЛЛ)

0:49

Экстракция и соникация геномной ДНК

2:06

Подготовка бусин перед связыванием с белком с метил-CpG-связывающим доменом (MBD)-биотином

3:35

Связывание белка MBD-биотина с промытыми бусинами

6:22

Удаление несвязанной ДНК и элюция метилированной ДНК с бусин

8:10

Осаждение этанолом и обогащение метилированной ДНК

4:59

Связывание бусин MBD-биотина с фрагментированной геномной ДНК