Использование трубопровода MALDI TOF-MS IDBac с открытым исходным кодом для анализа микробного белка и специализированных метаболитных данных

IDBac пары массового спецификации данных из белка и специализированных метаболита регионов неизвестных бактериальных изолятов быстро различать изоляты на основе их идентичности и их потенциальной экологической функции. Наше программное обеспечение для источников в офисе расширяет возможности существующих стратегий идентификации микробов на основе MALDI TOF. Это расширение включает в себя анализ специализированного метаболизма в качестве дополнительного способа дифференцировать между колониями с аналогичными фенотипами.

Одной из основных проблем в характеристике неизвестных микроорганизмов является различие тесно связанных изолятов. IDBac предоставляет исследователям простой и быстрый способ характеристики изолятов через белок и небольшое профилирование молекул. IDBac обеспечивает визуальное сравнение специализированного производства метаболита в бактериальной выборке и может дать представление о широком спектре тем исследований от экологических исследований до открытия свинца препарата.

Существует множество способов, с помощью которых данные MALDI могут быть сохранены между инструментами и между ними. Если у вас возникли проблемы с получением файлов для работы с IDBac, отправьте вопрос на GitHub IDBac. Используя стерильную зубочистку, перенесите небольшую часть бактериальной колонии в соответствующее место на чистой пластине MALDI.

Распространение бактериальной колонии равномерно над пятном, чтобы пятно появляется как плоский, как это возможно. Наложить один микролитер 70%массы спектрометрии класса formic кислоты на образец и матрицы контрольных точек и позволяют кислоты высохнуть в химическом капоте дыма. Далее добавьте один микролитер ранее подготовленного матричного решения MALDI в выборку и матричные точки управления мультимедиа и дайте воздуху высохнуть полностью.

После установки масс-спектрометра MALDI TOF приобретем спектры. Сохраните белковые спектры в одной папке и специализированные метаболитные спектры во второй отдельной папке. Чтобы начать эту процедуру, загрузите программное обеспечение IDBac.

Дважды щелкните загруженный install_idbac чтобы инициировать установку. Следующий двойной щелчок IDBac ярлык рабочего стола для запуска IDBac, который откроется на вкладке введения по умолчанию. Нажмите на вкладку «Начиная с необработанных данных» и выберите из меню эксперимента IDBac тип данных, которые будут использоваться с IDBac.

При настройке преобразования и обработки файлов данных ввемите описательное имя для эксперимента, где предложено и нажмите на папку необработанных данных и выберите соответствующую папку. Затем нажмите на process Data. После преобразования файлов и обработки их с ПОМОЩЬю IDBac перейдите на страницу работы с предыдущими экспериментами и выберите эксперимент для работы.

Добавьте информацию о образцах, использующих меню, нажмите здесь, чтобы изменить выбранный эксперимент. Ввод информации в аутопопулярную электронную таблицу и нажмите Сохранить. Когда готовы начать анализ, убедитесь, что эксперимент для работы с выбран.

Затем выберите анализ данных о белках. На странице анализа данных белка выберите пиковые параметры пика и оцените белковые спектры образцов с помощью отображаемых зеркальных участков. Отрегулируйте процент репликаций, в которых должен присутствовать пик, чтобы он был включен для анализа.

Используя зеркальные участки в качестве визуального наведения, отрегулируйте сигнал к шумовому вырезу, который сохраняет самые подлинные пики и наименьшее количество шума, унося, что больше репликаций в более высоком процентном пиковом значении присутствия позволит получить более низкий сигнал для отсечения шума. После этого укажите нижнюю и верхнюю массу для зарядки отсечения, диктуя диапазон массовых значений в каждом спектре, который будет использоваться в дальнейшем анализе IDBac. На странице анализа данных белка выберите вкладку Dendrogram для группирования образцов в дендрограмму в соответствии с выбранными пользователем мерами расстояния и алгоритмами кластеризации.

Нажмите на отдельные образцы в меню и следуйте инструкциям по выбору образцов для включения в анализ. Только образцы, содержащие белковые спектры, будут отображаться в доступной коробке образцов. Используйте значения по умолчанию для алгоритмов расстояния и кластеризации и выберите интенсивности в качестве ввода.

Чтобы отобразить значения загрузки на дендрограмме, введите число от двух до 1000 под загрузок. Чтобы начать настройку дендрограммы, откройте меню дендрограммы. Чтобы раскрасить линии дендрограммы, выберите нажмите, чтобы изменить линии и выбрать нужные варианты.

Для построения информации из электронной таблицы рядом с дендрограммой, выберите кнопку включить информацию о образцах. Это откроет панель, где категория будет самостоятельной заполнения на основе введенных значений. Чтобы вставить образцы из другого эксперимента, выберите кнопку меню вставки образцов из другого эксперимента и следуйте указаниям в недавно открытой панели.

Перейти к небольшой странице анализа данных молекулы, чтобы визуализация данных по принципу анализа компонентов и метаболических сетей ассоциации, которые используют двухпартийные сети для отображения корреляции малой массы молекулы для зарядки значений с образцами. Нажмите и перетащите дендрограмму, чтобы выделить отдельные образцы, представляющие интерес для анализа. Если не выделены образцы или не было создано протеиновой дендрограммы, то появится сеть метаболита либо случайного подмножества, либо всех образцов соответственно.

Чтобы вычесть матричный пробел в сети ассоциации метаболита, откройте меню, выберите образец для вычитания и выберите подходящий образец для использования в качестве пробела. Откройте настройки меню show/hide MAN, чтобы выбрать нужные значения для процента пикового присутствия и репликации, сигнала к шуму и верхних и нижних отрубов массы. Используйте небольшие зеркальные участки молекулы, чтобы направлять выбор этих параметров.

Для получения результатов отчетности скопировать текст в предложениях по представлению пункта анализа MAN для предоставления пользователям определенных настроек, используемых для создания созданной сети метаболических ассоциаций. Шесть штаммов Micromonospora chokoriensis и два пятна Bacillus subtilis были проанализированы с использованием данных в программном обеспечении IDBac. Следуя указаниям в начале вкладки необработанных данных, была выбрана опция нажмите здесь, чтобы преобразовать файлы Bruker, и IDBac предоставил инструкции для каждого набора данных.

Для автоматизированной конверсии и предварительной обработки пиковых этапов был создан комбинированный эксперимент IDBac путем переноса образцов Bacillus и Micromonospora из двух экспериментов в один эксперимент. Полученный анализ включает сравнение белковых спектров с использованием зеркальных участков, которые были полезны для оценки качества спектра и корректировки пиковых пиковых параметров. Скриншот результатов кластеризации белка с выбранными настройками по умолчанию показан здесь.

Дендрограмма была окрашена путем корректировки порога на участке. Следует отметить четкое разделение между родами с M.chokoriensis и B.subtilis изолирует кластеризации отдельно. Нажав и перетащив белок дендрограммы, можно было быстро создать метаболические сети ассоциации, чтобы сравнить только штаммы B.subtilis, только штаммы M.chokoriensis, и все штаммы одновременно.

Основная функция этих сетей заключается в том, чтобы предоставить исследователям широкий обзор степени специализированного метаболита перекрытия между бактериями. Работая с новыми данными, используйте зеркальные графики IDBac, чтобы убедиться, что ваши данные имеют смысл и спектры высокого качества. Критически оцените свой экспериментальный дизайн и результаты на каждом шагу.

IDBac позволяет исследователям создавать небольшие и разнообразные библиотеки микроорганизмов для дальнейшего исследования. Это значительно снижает затраты, связанные с традиционно крупными и избыточными микробными библиотеками. Поскольку IDBac позволяет визуализировать специализированное метаболитное перекрытие в очень похожих филогенетических группах, он может быть использован для генерации исследовательских вопросов и гипотез, которые связывают два обычно отключенных поля.

Formic кислота является едким и должны быть обработаны в химическом капоте дыма. Некоторые экологические изоляты могут представлять потенциальную опасность для здоровья, и все штаммы следует рассматривать как уровень биобезопасности два.