Summary
このビデオでは、文書の沿岸海洋水のサンプルを収集し、バイオマス濃度、核酸精製、細胞の豊富さ、栄養および微量ガス分析を含む様々なダウンストリームアプリケーションのためにそれらを処理するための方法を。
Abstract
このビデオでは、文書の沿岸海洋水のサンプルを収集し、バイオマス濃度、核酸精製、細胞の豊富さ、栄養および微量ガス分析を含む様々なダウンストリームアプリケーションのためにそれらを処理するための方法を。今日のデモのサンプルについてはサーニッチのインレットでHMSジョンストリックランドの動作のデッキから採取された。多目的ウインチとケーブルシステムとフレームデリックは、、ニスキンまたは移動 - FLO採水ボトルと組み合わせて使用されています。導電率、温度、および奥行き（CTD）のセンサーはまた、基礎となる水塊をサンプリングするために使用されます。アウトガス最小限に抑えるために、微量のガス試料が最初に収集されます。次に、栄養素、水の化学、および細胞数が決定されます。最後に、水がバイオマスのろ過のために収集されます。シングルキャストのセットアップおよび収集時間は、215メートルの最大深さで〜1.5時間です。したがって、6時間の合計は、一般的にここで説明するコレクションのシリーズを完了するために必要です。
Protocol
パート1：水コレクション
- 深さは、各キャストに割り当てられます。
- サンプリングすると、総容積は現在のキャストのために収集される深さが決定されます。
- それは、Go - FloとLニスキンボトルが開いていること、およびそれらのバルブと水栓が閉じていることを保証されます。
- CTDは、水へのラインと下側の底部上にロードされます。
- 最初のキャストでサンプリングした最も深い深度のボトルは、CTDの後の行にロードされます、それはラインが正しくブラケットに装着されており、ネジが締められていることを保証されます。
- メッセンジャーが低下する前に（最深のものを除く）の各ボトルに添付されます。
- ラインは、まず深さと横の間の距離を下げて、別の瓶がロードされます。それは、20Lのろ過のために収集される深さのために、2 12Lボトルの合計が離れて0.75メートル程度連続してロードされていることに留意すべきである。
- 一度、すべてのボトルがライン上にある、ラインは所望の深さまで低下し、2分、通過が許可されています。
- メッセンジャーはダウン送信され、数分は、近くにすべてのボトルを確実に渡すことが許可されています。
- ラインがで目前されており、彼らはラックの上に出てくるようにボトルがアンロードされます。
- DNAとRNAの20Lのサンプルを必要とする深さには、2つのニスキンボトルが収集されます。他のカーボイに排水されている間一瓶は、（下記参照）の化学パラメータをサンプリングするために使用されます。 RNAは、第二ニスキンから即座に収集されます。最初の残りの部分は、また〜20L、最終的なボリュームを与えるためにカーボイに排出される。水ののみ1L低解像度のサンプルについては滅菌Nalgeneのボトルにろ過のために確保されています。
第2部：ガスサンプルの収集
- 酸素のサンプルが必要な場合は、それらが最初に収集されます。
- 細いチューブの部分は、Lニスキンに添付されます/移動- floの栓とチューブのもう一方の端はガラス血清ボトルに場所に置かれます。
- 血清ボトルは、試料を水で3回リンスし、そしてに気泡が存在しないことなどがオーバーフローに満ちている。
- 50μlの塩化水銀（HgCl 2）サンプル中に気泡を導入していない方法で、血清ボトルに追加されます。
- 瓶は、ゴム栓とアルミキャップを使用して圧着してシールされる、としてクーラーに氷の上に格納されています。
パート3：栄養のサンプルコレクション
- 60 ccシリンジは、試料水でリンスされ、（0.2μm）と、いくつかの水ラインに接続されているアクロディスクによってプッシュされます。
- ポリエチレン瓶は、（すすぎ時にボトルを振る）〜10ミリリットルろ過された水で3回リンスする。
- ろ過した試料水は、約、ボトルに追加されます¾いっぱい。
- サンプルは、クーラーに氷の上に格納されています。
パート4：アンモニアのサンプルコレクション
- サンプルチューブは、サンプル水で洗浄されています。
- サンプルチューブは、サンプル水で完全に充填されています。
- サンプル水を5mlのは、10mlのピペットを使用して取り出され、チューブ内の水の残りは破棄され、ピペットチップで5ミリリットルのサンプルチューブに置き換えられます。
- 全ての深さからサンプルが収集された後アンモニウム作業試薬の7.5ミリリットルを各チューブに添加される。
パート5：セルの列挙のサンプルコレクション
- 5.4ミリリットルの37％ホルムアルデヒドを含む事前に標識した50mlファルコンチューブは4％の最終濃度のために先頭に入力されます。ケアは、こぼさないように取られます。
パート6：硫化水素測定用のサンプルコレクション
- 20％の酢酸亜鉛（亜鉛（O 2 CCH 3）2）を含む事前に標識した50mlファルコンチューブは、上部に充填されている。ケアは、こぼさないように取られます。
パート7：バイオマス濃度のため少量コレクション
- 1リットルのボトルは、上部に満ちている。
パート8：バイオマス濃度のための大ボリュームのコレクション
- 20リットルその他これらに満ちている。
パート9：代表的な結果
約12溶存酸素のサンプルを、32から48までガス試料、16栄養素のサンプル、32アンモニウムのサンプル、16硫化水素のサンプル、細胞数の16試料、6 20リットルその他これら、16 1リットルボトルで結果をサンプリング海水の最終結果以降RNAで保存微生物バイオマスを含む4 Sterivex0.22μmフィルター。
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Discussion
全体的に、サンプリングのこのタイプに必要な準備と計画には大量の順番とすべてをクリーンアップするため、その後、一日で事を得るために2日間の旅行の前に予算がそう、そこです。一般的には、海水が蠕動ポンプとか、フィールド機器を輸送するために使用されるアルミニウムZargesボックスに接触させてはいけない。尊敬して機器を扱い、それが来るのに長い時間のためにも実行されます。
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Acknowledgments
我々は、沿岸と外洋水の低酸素領域で進行中の研究を支援するためのイノベーション、ブリティッシュコロンビア州の知識開発基金と国立科学およびカナダの工学研究審議会（NSERC）のためのカナダの財団に感謝の意を表します。さらに、DAWはNSERC、キラムとトゥーラ基礎微生物の多様性と進化のための資金を供給センターからの奨学金によって支えられている。
Materials
| Name | Type | Company | Catalog Number | Comments |
| 20L Carboys | Fisher Scientific | 02-960-15 | ||
| 3/8" Tygon | Cole-Parmer | 06429-36 | ||
| Sterivex filters | Fisher Scientific | SVG010RS | ||
| Prefilter Housing Unit | AMD | 501200 | ||
| Luer Fitting | Cole-Parmer | 31507-27 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 50ml Plastic tubes | ||||
| Glass Serum Bottles | Glass Sample Collection | |||
| Septa and aluminum caps for glass serum bottles | ||||
| Hand Crimper | ||||
| 20-200ul Pipette and Tips | ||||
| Glass Tubes | Ammonium Sample Collection | |||
| 30ml Plastic Bottles | Nutrient Collection | |||
| Acrodisc Filters | EMD Millipore | |||
| 5 ml Tubes | Nitrite Sample Collection | |||
| 37% Formaldehyde | Reagent | For cell count samples | ||
| 20% Zinc Acetate | Reagent | For sulfide samples | ||
| Mercuric Chloride | Reagent | For gas samples | ||
| milliQ water | Reagent | |||
| Ammonium Working Reagent | Reagent | Borate buffer, sodium sulfite, orthophaladialdehyde | ||
| Sulfanilamide | Reagent | 5g into 450ml water and 50ml HCl | ||
| N-(1-naphthy)-ethylenediamine dihydrochloride solution | Reagent | 0.5g into 500ml water |
References
- Cline, J. D. Spectrophotometric determination of hydrogen sulfide in natural waters. Limnology & Oceanography. 14, 454-458 (1969).
- Holmes, R. M., Aminot, A., Kerouel, R., Hooker, B. A., Peterson, B. J. A simple and precise method for measuring ammonium in marine and freshwater ecosystems. Canadian Journal of fisheries and Aquatic Science. 56, 1801-1808 (1999).
