Summary
Cette vidéo documente les méthodes de collecte des échantillons d'eau côtiers marins et à leur traitement pour diverses applications en aval y compris la concentration de la biomasse, la purification d'acides nucléiques, l'abondance des cellules, des nutriments et des analyses de gaz de trace.
Abstract
Cette vidéo documente les méthodes de collecte des échantillons d'eau côtiers marins et à leur traitement pour diverses applications en aval y compris la concentration de la biomasse, la purification d'acides nucléiques, l'abondance des cellules, des nutriments et des analyses de gaz de trace. Pour les échantillons de la manifestation d'aujourd'hui ont été recueillies à partir du pont de l'exploitation du HMS John Strickland dans l'inlet Saanich. Un cadre A-derrick, un treuil multi-usage et le système de câble, est utilisé en combinaison avec Niskin ou Go-Flo bouteilles de prélèvement d'eau. Conductivité, température et profondeur (CTP) capteurs sont également utilisés pour échantillonner la masse d'eau sous-jacente. Afin de minimiser le dégazage, des échantillons de gaz de traçage sont collectées en premier. Ensuite, les nutriments, la chimie de l'eau, et numération des cellules sont déterminées. Enfin, les eaux sont collectées pour la filtration de la biomasse. Le temps de mise en place et la collecte d'une fonte unique est ~ 1,5 heures à une profondeur maximale de 215 mètres. Par conséquent, un total de 6 heures est généralement nécessaire pour compléter la série de collecte décrites ici.
Protocol
Partie 1: Collecte des eaux
- Les profondeurs sont assignés à chaque lancer.
- Profondeurs à échantillonner et le volume total à percevoir pour le casting en cours sont déterminés.
- Il est assuré que les Go-Flo et bouteilles Niskin sont ouvertes, et que leurs vannes et robinets sont fermés.
- Le CTD est chargé sur fond de la ligne et inférieure dans l'eau.
- Une bouteille pour la profondeur maximale échantillonnée en fonte est d'abord chargé sur la ligne après le CTD, il est assuré que la ligne est correctement monté dans le support et les vis sont bien serrées.
- Un messager est attaché à chaque bouteille (sauf le plus profond) avant de baisser.
- La ligne est abaissé la distance entre la première profondeur et la suivante, une autre bouteille est alors chargé. Il convient de noter que pour les profondeurs où 20L sont collectées pour la filtration, un total de 2 bouteilles 12L sont chargés consécutivement à propos 0,75 m de distance.
- Une fois toutes les bouteilles sont sur la ligne, la ligne est descendu à la profondeur désirée et 2 minutes sont autorisés à passer.
- Un messager est envoyé vers le bas et quelques minutes sont autorisés à passer afin de s'assurer que tous les proches de bouteilles.
- La ligne est enroulé à l'intérieur et les bouteilles sont déchargés comme ils viennent de monter sur les étagères.
- Pour des profondeurs qui nécessitent des échantillons de 20L pour les ADN et ARN, deux bouteilles Niskin sont collectées. Une bouteille est utilisée pour les paramètres chimiques de l'échantillon (voir ci-dessous), tandis que l'autre est drainée dans la tourie. L'ARN est prélevé immédiatement de la Niskin seconde. Le reste de la première est aussi drainé dans la tourie pour donner du volume ~ 20L finale. Pour les échantillons à faible résolution que 1L d'eau est mis de côté pour la filtration dans des bouteilles Nalgene stérile.
Partie 2: collecte d'échantillons de gaz
- Si les échantillons d'oxygène sont nécessaires, elles sont collectées en premier.
- Un morceau de tuyau mince est attaché à la Niskin / Go-Flo robinet et l'autre extrémité du tuyau est placé lieu dans les bouteilles de sérum de verre.
- La bouteille de sérum est rincé 3 fois avec l'échantillon d'eau, et remplis à ras bord tels que les bulles d'air sont présents.
- 50 pl chlorure de mercure (HgCl 2) sont ajoutés à la bouteille de sérum d'une manière qui ne présente pas de bulles d'air dans l'échantillon.
- La bouteille est fermée par un bouchon de caoutchouc et sertis avec une capsule en aluminium, et est ensuite stocké sur de la glace dans une glacière.
Partie 3: prélèvement des nutriments
- Une seringue de 60 cc est rincée avec de l'eau de l'échantillon, une (0,2 um) est jointe en ligne et un peu d'eau est poussée à travers l'Acrodisc.
- Une bouteille en polyéthylène est rincée avec de l'eau filtrée ~ 10 ml 3 fois (agiter la bouteille lors du rinçage).
- L'échantillon d'eau filtrée est ajoutée à la bouteille, soit environ ¾.
- L'échantillon est stocké sur la glace dans la glacière.
Partie 4: prélèvement ammoniac
- Tubes échantillons sont rincés à l'eau de l'échantillon.
- Tubes échantillons sont complètement rempli avec de l'eau de l'échantillon.
- 5ml d'eau de l'échantillon sont prises à l'aide d'une pipette de 10ml, le reste de l'eau dans le tube est écarté et le 5ml dans l'embout de la pipette sont remplacés dans le tube échantillon.
- 7,5 ml de réactif d'ammonium de travail est ajouté à chaque tube une fois des échantillons provenant de toutes les profondeurs ont été recueillies.
Partie 5: prélèvement d'échantillons pour le dénombrement des cellules
- Un pré-étiquetées du tube Falcon de 50 ml contenant 5,4 ml de formaldéhyde 37% est rempli jusqu'en haut pour une concentration finale de 4%. Il est pris soin de ne pas renverser.
Partie 6: prélèvement d'échantillons pour les mesures de sulfure d'hydrogène
- Un pré-étiquetés Falcon de 50 ml tube contenant l'acétate de zinc de 20% (Zn (O 2 CCH 3) 2) est rempli jusqu'en haut. Il est pris soin de ne pas renverser.
Partie 7: collecte de petit volume pour la concentration de la biomasse
- 1 litre, flacons sont remplis à la partie supérieure.
Partie 8: collecte de grand volume pour la concentration de la biomasse
- De 20 litres bonbonnes sont remplies.
Partie 9: Résultats Représentant
Le résultat final de l'eau de mer d'échantillonnage des résultats dans environ 12 échantillons d'oxygène dissous, de 32 à 48 échantillons de gaz, 16 échantillons de nutriments, 32 échantillons d'ammonium, 16 échantillons de sulfure d'hydrogène, 16 échantillons pour les comptages cellulaires, 6 bonbonnes de 20 litres, 16 bouteilles de 1 litre et 4 Sterivex 0.22μm des filtres contenant de la biomasse microbienne préservé avec de l'ARN tard.
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Discussion
Globalement, il ya beaucoup de préparation et de planification nécessaires à ce type d'échantillonnage, de sorte budget de 2 jours avant le voyage pour obtenir les choses en ordre et un jour après, pour le nettoyage tout en place. En règle générale, ne laissez pas l'eau salée d'entrer en contact avec la pompe péristaltique ou en aluminium Zarges la boîte utilisée pour transporter l'équipement sur le terrain. Traiter le matériel avec respect et ce sera bien performer pendant une longue période à venir.
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Acknowledgments
Nous tenons à remercier la Fondation canadienne pour l'innovation, le Fonds de développement des connaissances en Colombie-Britannique et les sciences naturelles et en génie (CRSNG) du Canada pour soutenir les études en cours sur les régions pauvres en oxygène des eaux côtières et océaniques ouverts. De plus, DAW a été soutenu par des bourses du CRSNG, la Fondation Killam et TULA Centre a financé pour la diversité microbienne et évolution.
Materials
| Name | Type | Company | Catalog Number | Comments |
| 20L Carboys | Fisher Scientific | 02-960-15 | ||
| 3/8" Tygon | Cole-Parmer | 06429-36 | ||
| Sterivex filters | Fisher Scientific | SVG010RS | ||
| Prefilter Housing Unit | AMD | 501200 | ||
| Luer Fitting | Cole-Parmer | 31507-27 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 50ml Plastic tubes | ||||
| Glass Serum Bottles | Glass Sample Collection | |||
| Septa and aluminum caps for glass serum bottles | ||||
| Hand Crimper | ||||
| 20-200ul Pipette and Tips | ||||
| Glass Tubes | Ammonium Sample Collection | |||
| 30ml Plastic Bottles | Nutrient Collection | |||
| Acrodisc Filters | EMD Millipore | |||
| 5 ml Tubes | Nitrite Sample Collection | |||
| 37% Formaldehyde | Reagent | For cell count samples | ||
| 20% Zinc Acetate | Reagent | For sulfide samples | ||
| Mercuric Chloride | Reagent | For gas samples | ||
| milliQ water | Reagent | |||
| Ammonium Working Reagent | Reagent | Borate buffer, sodium sulfite, orthophaladialdehyde | ||
| Sulfanilamide | Reagent | 5g into 450ml water and 50ml HCl | ||
| N-(1-naphthy)-ethylenediamine dihydrochloride solution | Reagent | 0.5g into 500ml water |
References
- Cline, J. D. Spectrophotometric determination of hydrogen sulfide in natural waters. Limnology & Oceanography. 14, 454-458 (1969).
- Holmes, R. M., Aminot, A., Kerouel, R., Hooker, B. A., Peterson, B. J. A simple and precise method for measuring ammonium in marine and freshwater ecosystems. Canadian Journal of fisheries and Aquatic Science. 56, 1801-1808 (1999).
