Summary
Bu video belgeleri kıyı deniz suyu örneklerinin toplanması ve biyokütle konsantrasyonu, nükleik asit saflaştırma, hücrenin bolluk, besin ve iz gaz analizleri de dahil olmak üzere çeşitli alt uygulamalar için işleme yöntemleri.
Abstract
Bu video belgeleri kıyı deniz suyu örneklerinin toplanması ve biyokütle konsantrasyonu, nükleik asit saflaştırma, hücrenin bolluk, besin ve iz gaz analizleri de dahil olmak üzere çeşitli alt uygulamalar için işleme yöntemleri. Saanich'dan Giriş HMS John Strickland işletim güverte bugünkü gösteri örnekleri için toplanmıştır. Niskin ile birlikte kullanılır ya da çok amaçlı vinç ve kablo sistemi ile derrick A-çerçevesi, Go-Flo su örnekleme şişeleri. , İletkenlik, Sıcaklık, ve Derinlik (BDH) sensörleri, aynı zamanda temel su kütlesi örnek kullanılır. Outgassing en aza indirmek için, iz gaz örnekleri toplanır. Sonra, besinler, su kimyası ve hücre sayıları belirlenir. Son olarak, sular biyokütle filtrasyon için toplanır. Tek bir döküm için set-up ve tahsilat süresi en fazla 215 metre derinlikte ~ 1.5 saat. Bu nedenle, toplam 6 saat, genellikle burada açıklanan koleksiyon serisi tamamlamak için gerekli.
Protocol
Bölüm 1: Su Toplama
- Derinlikleri her döküm atanır.
- Derinlikleri numune alınacak ve mevcut döküm için tahsil edilecek toplam hacmi belirlenir.
- Go-Flo ve Niskin şişe açıktır ve vanalar ve uçlar kapalı olduğunu sağlanır.
- CTD hattı alt yüklenir ve suya daha düşüktür.
- Döküm örneklenmiş derin derinlik için bir şişe ilk CTD sonra çizgi üzerine yüklenir; satır dirsek içine doğru takılı olduğunu sağlanır ve vidaları sıkılır.
- Bir haberci indirilmesinden önce (en derin hariç) her bir şişe bağlı.
- Hattı ilk derinliği ve gelecek arasındaki mesafe düşürdü; başka bir şişe daha sonra yüklenir. 20L filtrasyon için toplanan derinlikleri için, toplam 2 12L şişelerin dışında .75 m hakkında art arda yüklü olduğu unutulmamalıdır.
- Tüm şişeler on line sonra, çizgi istenilen derinliğe kadar indirilir ve 2 dakika geçmesine izin verir.
- Bir haberci indirdik ve tüm şişe yakın sağlamak geçmek için birkaç dakika izin verilir.
- Doğrultusunda reeled ve rafları üzerine gelip şişe boşaltılır.
- DNA ve RNA için 20L örnekleri gerektiren derinlikler için, iki Niskin şişe toplanır. Bir şişe, damacana diğer boşaltılması ise, kimyasal parametreler (aşağıya bakın) örnek kullanılır. RNA ikinci Niskin hemen toplanır. ~ 20L son hacim vermek için damacana ilk kalanı da içine boşaltılır. Düşük çözünürlüklü örnekleri için sadece su 1L steril Nalgene şişe filtrasyon için bir kenara koyun.
Bölüm 2: Gaz örnek toplama
- Eğer oksijen örnekleri ihtiyaç vardır, onlar ilk toplanır.
- Bir parça ince boru Niskin bağlı / Go-Flo tertibatı ve hortumun diğer ucunu cam serum şişeleri içine yerleştirilir.
- Serum şişe 3 kez numune su ile durulanır ve hiçbir hava kabarcığı mevcut olduğunu tıklım dolu.
- 50μl civa klorür (HgCl 2) örnek içine hava kabarcıkları tanıtmak olmayan bir şekilde serum şişesine eklenir.
- Şişe, bir lastik tıpa ve alüminyum bir kap ile oturtulmuş ile kapatılan ve daha sonra bir soğutucu buz saklanır.
Bölüm 3: Besin örnek toplama
- 60 cc şırınga numune su ile durulanır, in-line (0.2 mikron) eklenir ve biraz su acrodisc ile itilir.
- Polietilen şişe (durulama sırasında şişe sallamak) ~ 10 ml filtrelenmiş su ile 3 kez yıkanır.
- Filtreli örnek su hakkında, şişe eklenir ¾ dolu.
- Numune soğutucu buz üzerinde saklanır.
Bölüm 4: Amonyak örnek toplama
- Örnek tüpleri, numune su ile durulanır.
- Örnek tüpleri, numune su ile tamamen doldurulur.
- Numune su 5ml, 10ml pipetlemeyin kullanarak dışarı alınır; tüp içindeki suyun geri kalanı atılır ve pipetlemeyin uç örnek tüpe 5ml değiştirilir.
- Tüm derinliklerinden örnekleri sonra amonyum çalışan reaktif 7.5ml her tüpe eklenir.
Bölüm 5: hücre sayımı için örnek toplama
- 5.4 ml% 37 formaldehit içeren bir ön etiketli 50 ml Falcon tüp final konsantrasyon% 4 üst doludur. Bakım dökmemeye alınır.
Bölüm 6: hidrojen sülfit ölçümler için örnek toplama
- % 20 çinko asetat (Zn (O 2 CCH 3) 2) içeren bir ön etiketli 50 ml Falcon tüp üst doludur. Bakım dökmemeye alınır.
Bölüm 7: biyokütle konsantrasyonu Küçük hacimli toplama
- 1 litrelik şişelerde üst doldurulur.
Bölüm 8: biyokütle konsantrasyonu Büyük hacimli toplama
- 20 litrelik bidonlarda doldurulur.
Bölüm 9: Temsilcilik Sonuçlar
Nihai sonucu yaklaşık 12 çözünmüş oksijen örnekleri, 32-48 gaz numunesi, 16 besin örnekleri, 32 amonyum örnekleri, 16 hidrojen sülfür örnekleri, hücre sayımı için 16 örnek, 6 20-litrelik bidonlarda, 16 adet 1 litrelik şişe deniz suyu numune sonuçları 4 Sterivex 0.22μm filtreleri içeren mikrobiyal biyokütle daha sonra RNA ile korunmuştur.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
Genel olarak, bu tip örnekleme için gerekli hazırlık ve planlama büyük bir anlaşma, bu nedenle gezisi sonrasında her şeyin temizlenmesi için sipariş ve bir gün şeyler almak için bütçe 2 gün önce. Genel olarak, tuzlu su veya saha ekipmanları taşımak için kullanılan alüminyum Zarges kutuya peristaltik pompa ile temas etmesine izin vermeyin. Saygılı davranın ve ekipman gelmek için uzun bir zaman için iyi bir performans sergileyecektir.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Acknowledgments
Yenilik, British Columbia Bilgi Kalkınma Fonu ve Ulusal Bilimler ve Mühendislik Araştırma Konseyi (NSERC) Kanada Kanada Vakfı Biz, kıyı ve açık okyanus sularında düşük oksijen bölgelerde devam eden çalışmalar destek için teşekkür etmek istiyorum. Buna ek olarak, DAW NSERC, Killam ve TULA vakıf Mikrobiyal Çeşitlilik ve Evrim finanse Merkezi burs tarafından desteklenmiştir.
Materials
| Name | Type | Company | Catalog Number | Comments |
| 20L Carboys | Fisher Scientific | 02-960-15 | ||
| 3/8" Tygon | Cole-Parmer | 06429-36 | ||
| Sterivex filters | Fisher Scientific | SVG010RS | ||
| Prefilter Housing Unit | AMD | 501200 | ||
| Luer Fitting | Cole-Parmer | 31507-27 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 50ml Plastic tubes | ||||
| Glass Serum Bottles | Glass Sample Collection | |||
| Septa and aluminum caps for glass serum bottles | ||||
| Hand Crimper | ||||
| 20-200ul Pipette and Tips | ||||
| Glass Tubes | Ammonium Sample Collection | |||
| 30ml Plastic Bottles | Nutrient Collection | |||
| Acrodisc Filters | EMD Millipore | |||
| 5 ml Tubes | Nitrite Sample Collection | |||
| 37% Formaldehyde | Reagent | For cell count samples | ||
| 20% Zinc Acetate | Reagent | For sulfide samples | ||
| Mercuric Chloride | Reagent | For gas samples | ||
| milliQ water | Reagent | |||
| Ammonium Working Reagent | Reagent | Borate buffer, sodium sulfite, orthophaladialdehyde | ||
| Sulfanilamide | Reagent | 5g into 450ml water and 50ml HCl | ||
| N-(1-naphthy)-ethylenediamine dihydrochloride solution | Reagent | 0.5g into 500ml water |
References
- Cline, J. D. Spectrophotometric determination of hydrogen sulfide in natural waters. Limnology & Oceanography. 14, 454-458 (1969).
- Holmes, R. M., Aminot, A., Kerouel, R., Hooker, B. A., Peterson, B. J. A simple and precise method for measuring ammonium in marine and freshwater ecosystems. Canadian Journal of fisheries and Aquatic Science. 56, 1801-1808 (1999).
