Summary
סרט הווידאו הזה מתעד שיטות לאיסוף דגימות מים חוף הים ועיבוד אותם במורד הזרם עבור יישומים שונים, כולל ריכוז ביומסה, טיהור חומצות גרעין, שפע תאים, מזין ומנתח גז עקבות.
Abstract
סרט הווידאו הזה מתעד שיטות לאיסוף דגימות מים חוף הים ועיבוד אותם במורד הזרם עבור יישומים שונים, כולל ריכוז ביומסה, טיהור חומצות גרעין, שפע תאים, מזין ומנתח גז עקבות. לקבלת דוגמיות הפגנה של היום נאספו סיפון ההפעלה ג'ון סטריקלנד HMS ב Inlet Saanich. מסגרת A-עגורן, כננת עם רב תכליתי מערכת הכבלים, משמש בשילוב עם Niskin או Go-פלו הדגימה בקבוקי מים. מוליכות, טמפרטורה, ואת עומק (CTD) חיישנים משמשים גם כדי לדגום את מסת המים הבסיסית. כדי למזער outgassing, דגימות גז עקבות נאספים הראשון. לאחר מכן, מזינים, כימיה מים, ספירת תאים נחושים. לבסוף, המים נאספים לסינון ביומסה. בפעם הגדרת אוסף של השחקנים יחיד ~ 1.5 שעות בעומק מרבי של 215 מטרים. לכן, סכום כולל של 6 שעות יש צורך בדרך כלל כדי להשלים את סדרת אוסף המתואר כאן.
Protocol
חלק 1: איסוף מים
- ממעמקים מוקצים להפיל כל אחד.
- ממעמקים להיות שנדגמו ואת הנפח הכולל להיות שנאספו עבור השחקנים הנוכחי נחושים.
- היא הבטיחה כי Go-פלו ובקבוקים Niskin פתוחים, וכי השסתומים שלהם הברזים סגורים.
- CTD הוא הועמסו על התחתונה השורה התחתונה לתוך המים.
- בקבוק עבור עומק העמוק ביותר שנדגמו בגבס הראשון הוא הועמסו על הקו לאחר CTD, היא הבטיחה כי קו מצויד כהלכה לתוך סוגר את הברגים הם הידקו.
- שליח מצורף בקבוק אחד (למעט אחד העמוקים ביותר) לפני הורדת.
- הקו הוא הוריד את המרחק בין עומק הראשונה הבאה; עוד בקבוק נטען אז. יצוין כי שם במעמקי 20L נאספים לסינון, סך של 2 בקבוקים 12L נטענים ברציפות על 0.75 מ 'זה מזה.
- לאחר כל הבקבוקים הם על הקו, קו יורד לעומק הרצוי 2 דקות מורשים לעבור.
- שליח נשלח למטה כמה דקות מותר לעבור על מנת להבטיח כי כל קרוב בקבוקים.
- הקו הוא התנודד פנימה את הבקבוקים הם פרקו כפי שהם באים לעלות על המדפים.
- עבור במעמקי הדורשים דגימות 20L עבור DNA ו-RNA, שני בקבוקי Niskin נאספים. אחת הבקבוק משמש המדגם פרמטרים כימיים (ראה להלן), ואילו השני הוא מרוקן לתוך בקבוק. RNA נאסף מיד Niskin השני. יתר הראשון הוא מרוקן גם לתוך בקבוק לתת ~ הנפח הסופי 20L. עבור ברזולוציה נמוכה דגימות 1 ליטר רק מים היא להפריש עבור סינון סטרילי בתוך בקבוקי Nalgene.
חלק 2: מדגם אוסף גז
- אם דגימות חמצן יש צורך, הם נאספים הראשון.
- לצינור דק המחובר Niskin / Go-פלו ברז ואת הקצה השני של הצינור ממוקם במקום לתוך בקבוקי זכוכית בסרום.
- בקבוק סרום הוא שטף 3 פעמים עם מים המדגם, מלא עד אפס מקום כזה אין בועות אוויר נוכחים.
- 50μl כלוריד כספית (HgCl 2) מתווספים הבקבוק בסרום באופן לא להכניס בועות אוויר לתוך המדגם.
- הבקבוק סגור עם פקק גומי crimped עם מכסה אלומיניום, מאוחסן אז על קרח בצידנית.
חלק 3: אוסף מדגם מזין
- מזרק 60 סמ"ק היא שטפה עם מים המדגם, (0.2 מיקרומטר) מחוברת בקו, וכמה מים נדחף דרך acrodisc.
- בקבוק פוליאתילן היא שטפה עם מים מסוננים 10 ~ מ"ל 3 פעמים (לנער בקבוק כאשר שטיפה).
- מים מסוננים מדגם מתווסף הבקבוקים, על ¾ מלא.
- מדגם מאוחסן על קרח במקרר.
חלק 4: מדגם אוסף אמוניה
- צינורות לדוגמה הם שטופים במים המדגם.
- דוגמיות מלאים לחלוטין עם מים המדגם.
- 5 מ"ל מים מדגם נלקחים החוצה באמצעות pipet 10 מ"ל; את שאר המים בצינור נמחקת לבין 5 מ"ל בקצה pipet מוחלפים לתוך הצינור המדגם.
- 7.5ml של מגיב אמוניום עובד מתווסף צינור כל פעם דגימות מן המעמקים כל נאספו.
חלק 5: אוסף לדוגמה עבור ספירה תא
- טרום שכותרתו 50 מ"ל צינור פלקון המכיל 5.4 מ"ל 37% פורמלדהיד מלא לראש ריכוז סופי של 4%. הטיפול נלקח לא לשפוך.
חלק 6: אוסף דוגמאות למדידות מימן גפרתי
- טרום שכותרתו 50 מ"ל צינור פלקון המכיל אבץ אצטט 20% (Zn (O 2 CCH 3) 2) מלא למעלה. הטיפול נלקח לא לשפוך.
חלק 7: אוסף נפח קטן ריכוז ביומסה
- 1 ליטר ובקבוקים מלאים למעלה.
חלק 8: אוסף נפח גדול ריכוז ביומסה
- 20 ליטר carboys מלאים.
חלק 9: תוצאות נציג
התוצאה הסופית של מי ים הדגימה תוצאות כ -12 דגימות החמצן המומס, 32-48 דגימות גז, 16 דגימות חומר מזין, 32 דגימות אמוניום, 16 דגימות מימן גופרי, 16 דגימות ספירת תאים, 6 20 ליטר carboys, 1 16 בקבוקי ליטר ו 4 Sterivex 0.22μm מסננים המכיל חיידקים ביומסה נשמר עם RNA מאוחר יותר.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
בסך הכל, יש הרבה הכנה ותכנון הנדרש עבור סוג זה של הדגימה, כך 2 ימים בתקציב לפני הנסיעה כדי לקבל את הדברים כדי ויום אחד לאחר מכן לניקוי הכל. באופן כללי, לא נותנים מי מלח באים במגע עם המשאבה peristaltic או לתוך תיבת אלומיניום Zarges ששימש להובלת הציוד בתחום. פנקו את הציוד בכבוד זה יהיה ביצועים טובים הרבה זמן לבוא.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Acknowledgments
ברצוננו להודות לקרן קנדית עבור חדשנות, פיתוח קולומביה הבריטית קרן ידע מדעי הלאומי וההנדסה מועצת המחקר (NSERC) של קנדה לתמיכה מחקרים מתמשכים על אזורים חמצן נמוכה של מים חופי האוקיינוס הפתוח. בנוסף, דאו נתמכה על ידי מלגות של NSERC, Killam ויסוד טולה מרכז מימנה עבור גיוון התפתחות חיידקים.
Materials
| Name | Type | Company | Catalog Number | Comments |
| 20L Carboys | Fisher Scientific | 02-960-15 | ||
| 3/8" Tygon | Cole-Parmer | 06429-36 | ||
| Sterivex filters | Fisher Scientific | SVG010RS | ||
| Prefilter Housing Unit | AMD | 501200 | ||
| Luer Fitting | Cole-Parmer | 31507-27 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 50ml Plastic tubes | ||||
| Glass Serum Bottles | Glass Sample Collection | |||
| Septa and aluminum caps for glass serum bottles | ||||
| Hand Crimper | ||||
| 20-200ul Pipette and Tips | ||||
| Glass Tubes | Ammonium Sample Collection | |||
| 30ml Plastic Bottles | Nutrient Collection | |||
| Acrodisc Filters | EMD Millipore | |||
| 5 ml Tubes | Nitrite Sample Collection | |||
| 37% Formaldehyde | Reagent | For cell count samples | ||
| 20% Zinc Acetate | Reagent | For sulfide samples | ||
| Mercuric Chloride | Reagent | For gas samples | ||
| milliQ water | Reagent | |||
| Ammonium Working Reagent | Reagent | Borate buffer, sodium sulfite, orthophaladialdehyde | ||
| Sulfanilamide | Reagent | 5g into 450ml water and 50ml HCl | ||
| N-(1-naphthy)-ethylenediamine dihydrochloride solution | Reagent | 0.5g into 500ml water |
References
- Cline, J. D. Spectrophotometric determination of hydrogen sulfide in natural waters. Limnology & Oceanography. 14, 454-458 (1969).
- Holmes, R. M., Aminot, A., Kerouel, R., Hooker, B. A., Peterson, B. J. A simple and precise method for measuring ammonium in marine and freshwater ecosystems. Canadian Journal of fisheries and Aquatic Science. 56, 1801-1808 (1999).
