沿海海水样品的过滤体积小（1 - 3L）

Summary

此视频文件体积小（约1升）过滤的微生物生物量的水柱。

Abstract

工作流程开始与下游微生物群落的沿海海域，养分和微量气体分析的集合。对于今天的示范样本收集从甲板HMS施德Saanich入口经营。此视频文件体积小（约1升）过滤的微生物生物量的水柱。该协议是延长大体积取样协议如前所述，一个主要的区别：在这里，有没有预过滤步骤，让所有大小类生物质收集到0.22微米的过滤器切断。样品收集这种方式，是理想的核酸分析。设置，过滤和清理的每个步骤需时约20-30分钟。如果同时使用两个蠕动泵，最多8个样品，同时可过滤。为了防止生物膜之间的采样人次的形成，所有的过滤设备，必须用稀盐酸和去离子水冲洗，高压灭菌后立即使用。

Protocol

1. 设置过滤装置
   1. 过滤前，先擦去从满瓶凝露和权衡
   2. 将泵一侧的高压灭菌器斌，其他废物瓶。
   3. 然后将一个完整的样瓶，在蒸压斌;但是，不要删除瓶盖。
   4. 通过蠕动泵管，使油管露儿烧瓶中。
   5. 使用镊子，取出25毫升无菌吸管棉花，和吸管连接油管的另一端。
2. 海水过滤
   1. 要开始过滤海水，打开瓶盖，插入吸管。打开泵和流动速度设置为1。观察，以确保水是被抽在正确的方向。
   2. 允许〜100毫升的水，穿过整个油管。
   3. 关闭泵和一个Sterivex过滤器附着在油管的自由端男性露儿装修。
   4. 继续筛选，直到没有水在瓶左。
3. 储存过滤器
   1. 要存储的过滤器，首先驱逐任何剩余的水30-60毫升注射器。
   2. 用封口膜密封的Sterivex过滤器的底部。使用吸液管，添加1.8毫升裂解液过滤器，保持在后来试剂的过滤器〜200 UL空间。
   3. 然后，用小块的封口膜的Sterivex过滤器的顶部密封，标签的日期和样品标识过滤器。
   4. 商店标记的前50毫升猎鹰管过滤器在-80 ° C
4. 清理
   1. 25毫升吸管插入含有0.1％的盐酸瓶，泵的切换。
   2. 盐酸清洗后，用灭菌水冲洗管路。
      
      最后，测量和记录现在空1L瓶的质量，以计算体积的水通过过滤器。

代表性的成果：每1升的水样产生一个Sterivix过滤器，其中包含生物质能大于0.22微米。这是存储在随后的DNA提取和分析裂解缓冲液。最终结果由一个Sterivix过滤裂解缓冲液中，每存储1升的瓶子，并准备提取DNA。该过滤器包含生物质能大于0​​.22微米。过滤器可以储存在-80 ° C之前的eDNA提取。

Discussion

当务之急是盐水中删除任何挥之不去的痕迹，否则将腐蚀设备后，使用湿毛巾擦拭长椅和泵。虽然过程很简单，时间要求，可广泛取决于生物质的浓度或在被筛选的样本碎片。

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
Peristaltic pump	Masterflex (Cole Palmer)	77913-20, 77200-62, 77200-04
Tygon LFL tubing	Masterflex (Cole Palmer)	06429-24	For filtration apparatus
Hose clamps	Cole-Parmer	0683204	For filtration apparatus
1/4” x 3/16” pipe adaptors	Cole-Parmer	31702-20	For filtration apparatus
Polypropylene prefilter housing	ADVANTEC	501200	For filtration apparatus
Metal luer fitting (Hose end to Male luer lock)	Cole-Parmer	31507-27	For filtration apparatus
2“ Magnets			For filtration apparatus
3 port carboy caps			For filtration apparatus
GV 0.22 μm STERIVIX filters	EMD Millipore	SVGV01R5
47 mm diameter 2.7 μm GF/D filters	Whatman, GE Healthcare	1823047
Lysis buffer			0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)
0.1 % HCl			For post-filtration rinse
Autoclaved water			For post-filtration rinse