Biology

वीडियो मानव भ्रूण स्टेम सेल कॉलोनी विकास के विश्लेषण बायोइनफॉरमैटिक्स

Published: May 20, 2010 doi: 10.3791/1933

Sabrina Lin^1,2,3, Shawn Fonteno¹, Shruthi Satish^1,3, Bir Bhanu⁴, Prue Talbot^1,2

¹UCR Stem Cell Center, University of California, ²Department of Cell Biology and Neuroscience, University of California, ³Cell, Molecular, and Developmental Biology Graduate Program, University of California, ⁴Center for Research in Intelligent Systems, University of California

Summary

वीडियो जैव सूचना विज्ञान स्वचालित प्रसंस्करण, विश्लेषण, समझ, और जैविक spatio-अस्थायी सूक्ष्म वीडियो से निकाले डेटा का डाटा खनन है. इस अनुच्छेद के प्रयोजन के लिए एक वीडियो जैव सूचना विज्ञान पद्धति का उपयोग करके मानव भ्रूण स्टेम सेल कॉलोनी विकास को मापने के लिए एक विधि का प्रदर्शन है.

Abstract

क्योंकि वीडियो डेटा जटिल कर रहे हैं और कई छवियों, वीडियो सामग्री से खनन जानकारी के शामिल मुश्किल है कंप्यूटर सॉफ्टवेयर की सहायता के बिना नहीं है. वीडियो जैव सूचना विज्ञान कंप्यूटर सॉफ्टवेयर का उपयोग करने के लिए डेटिंग खनन और विश्लेषण प्रदर्शन वीडियो छवियों से spatio-अस्थायी डेटा को निकालने के लिए एक शक्तिशाली मात्रात्मक दृष्टिकोण है. इस अनुच्छेद में, हम समय चूक वीडियो Nikon BioStation सीटी वीडियो इमेजिंग के लिए एक कैमरा के साथ सुसज्जित इनक्यूबेटर में एकत्र का विश्लेषण करके मानव भ्रूण स्टेम कोशिकाओं (hESC) के विकास को बढ़ाता करने के लिए एक वीडियो जैव सूचना विज्ञान विधि का परिचय. हमारे प्रयोगों में, hESC कालोनियों कि Matrigel से जुड़े थे BioStation सीटी में 48 घंटे के लिए फिल्माया गया. इन कालोनियों के विकास की दर निर्धारित करने के लिए, व्यंजनों सीएल-क्वांट सॉफ्टवेयर है जो उपयोगकर्ताओं को वीडियो छवियों से डेटा के विभिन्न प्रकार को निकालने के लिए सक्षम बनाता का उपयोग कर विकसित किया गया. सही कॉलोनी विकास का मूल्यांकन करने के लिए, तीन व्यंजनों बनाया गया. पहले कॉलोनी और पृष्ठभूमि, दूसरा बढ़ाया छवि वीडियो अनुक्रम भर कालोनियों सही परिभाषित, और तीसरे में खंडों छवि पिक्सेल की संख्या समय के साथ कॉलोनी में मापा. तीन व्यंजनों वीडियो व्यक्तिगत hESC कालोनियों के 48 घंटे से अधिक विकास की दर का विश्लेषण करने के लिए एक BioStation सीटी में एकत्र आंकड़ों पर अनुक्रम में चलाए जा रहे थे. सी.एल. क्वांट व्यंजनों की सत्यवादिता की पुष्टि करने के लिए, एक ही डेटा मैन्युअल रूप से विश्लेषण किया गया Adobe Photoshop सॉफ्टवेयर का उपयोग कर. जब डेटा प्राप्त सीएल - बल्ली से ढकेलना व्यंजनों का उपयोग कर और Photoshop की तुलना में थे, परिणाम लगभग समान थे, यह दर्शाता है सीएल - बल्ली से ढकेलना व्यंजनों सच्चा थे. विधि यहाँ वर्णित किसी भी वीडियो डेटा hESC या अन्य कोशिकाओं है कि कालोनियों में बढ़ने की विकास दर को मापने के लिए लागू किया जा सकता है. इसके अलावा, अन्य वीडियो जैव सूचना विज्ञान व्यंजनों अन्य प्रक्रियाओं के लिए सेल प्रवास, apoptosis, और कोशिका आसंजन के रूप में भविष्य में विकसित किया जा सकता है.

Protocol

भाग 1: प्रायोगिक प्रक्रिया

वीडियो डेटा जानकारी के एक बहुतायत होते हैं. हालांकि, इस जानकारी को अक्सर निकालने के लिए मुश्किल है और जब मनुष्य द्वारा मैन्युअल रूप से किया है और कर्मियों समय के कई घंटे की आवश्यकता को पूरा कर सकते हैं. मनुष्यों द्वारा मैनुअल विश्लेषण भी व्याख्या और त्रुटि में भिन्नता के अधीन है. वीडियो जैव सूचना विज्ञान कंप्यूटर सॉफ्टवेयर का उपयोग करने के लिए वीडियो छवियों से विशिष्ट डेटा खदान शामिल है. विश्लेषण की यह विधि तेजी से है और त्रुटि है कि तब होता है जब विश्लेषण मैन्युअल रूप से मनुष्यों द्वारा किया जाता है समाप्त कर सकते हैं. इस अनुच्छेद के प्रयोजन के लिए मानव भ्रूण स्टेम सेल कॉलोनी विकास को बढ़ाता एक वीडियो जैव सूचना विज्ञान विधि का उपयोग करने के लिए एक विधि का प्रदर्शन है.

इस पत्र में, समय व्यतीत हो वीडियो छवियों Nikon BioStation सीटी ऊष्मायन इकाई है कि कोशिकाओं के कई क्षेत्रों के समय पर हो imaged (छवि 1) की अनुमति देता का उपयोग कर एकत्र किए गए थे. इस रिपोर्ट में वर्णित विधियों वीडियो किसी भी सूक्ष्म वीडियो सेट अप के द्वारा एकत्र आंकड़ों को लागू कर रहे हैं.

हमारे प्रयोगात्मक डिजाइन में, हम 48 घंटे के लिए 12-अच्छी तरह से टिशू कल्चर प्लेटों में H9 hESC मढ़वाया. इस अंतराल के दौरान, कालोनियों के लिए पूरी तरह से देते हैं और Matrigel पर फैल करने के लिए अनुमति दी गई. फिर, संलग्न hESC कालोनियों के साथ प्लेटें BioStation सीटी स्थानांतरित कर दिया गया और एक अतिरिक्त 48 घंटे के लिए incubated. जबकि BioStation में, कालोनियों की छवियों 7 मिनट के अंतराल पर एकत्र किए गए थे और बाद में समय चूक वीडियो दृश्यों बनाने के लिए इस्तेमाल किया. प्रत्येक कॉलोनी के लिए वीडियो तो कॉलोनी वीडियो जैव सूचना विज्ञान सीएल-क्वांट सॉफ्टवेयर के साथ विकसित व्यंजनों का उपयोग कर विकास यों विश्लेषण किया गया. विश्लेषण बनाया सीएल-बल्ली से ढकेलना के साथ सॉफ्टवेयर सत्यवादिता के लिए जाँच किए गए मैन्युअल रूप से Adobe Photoshop का उपयोग व्यंजनों का उपयोग किया.

भाग 2: संलग्न hESC कालोनियों की तैयारी

Matrigel पर hESC लेपित 6 अच्छी तरह प्लेटें आगे बढ़ें, और एक बार 70% confluency तक पहुँच जाता है, 12 अच्छी तरह से Matrigel लेपित थाली के कुओं में निम्नानुसार 5 6 अच्छी तरह से थाली की अच्छी तरह से एक replate.
और एक अच्छी तरह से युक्त hESC से मध्यम Aspirate.
अच्छी तरह कुल्ला पीबीएस की 1ml के साथ 2x.
37 पर और 1 मिनट के लिए Accutase सेते के 1ml जोड़ें डिग्री सेल्सियस और 5% सीओ _2.
कुएं में 10-12 ग्लास मनकों जोड़ें और जब तक कालोनियों को पूरी तरह से अच्छी तरह से नीचे से अलग थाली धीरे हिला.
MTeSR मध्यम या MEF वातानुकूलित माध्यम 1ml का उपयोग Accutase बेअसर.
200g पर 3 मिनट के लिए एक 15ml शंक्वाकार ट्यूब में सेल निलंबन अपकेंद्रित्र.
को तोड़ने और गोली सतह पर तैरनेवाला 500μl ताजा mTeSR माध्यम के साथ छानना.
प्लेट ड्रॉप एक कुएं में 12 अच्छी तरह से एक थाली में hESC निलंबन के वार 100μl.
रॉक थाली धीरे आगे और पीछे और एक रोशनी खुर्दबीन के तहत संस्कृतियों निरीक्षण. सुनिश्चित करें कि सेल clumps को समान रूप से थाली भर वितरित कर रहे हैं.
इनक्यूबेटर में 12 अच्छी तरह से थाली वापस रखें.
HESC देते हैं और 48 घंटे (एक कम समय में इस्तेमाल किया जा सकता है) के लिए विकसित करने की अनुमति दें.
48 घंटे के बाद, PBS की 500ul साथ छानना मध्यम और धोने कुओं स्वाधीन कोशिकाओं को दूर करने के लिए.
प्रत्येक अच्छी तरह से mTeSR माध्यम के 1ml जोड़ें.
टिप्पणी: तुरंत इनक्यूबेटर / वीडियो इमेजिंग के लिए माइक्रोस्कोप में थाली की जगह.
समय चूक छवियों का संग्रह शुरू करो. असतत एकल कालोनियों कि अन्य कालोनियों में बढ़ने की संभावना नहीं कर रहे हैं के साथ फ़ील्ड का चयन करें करने की कोशिश करो.
संवर्धन और hESC की स्थापना के लिए अन्य तरीकों के ऊपर प्रोटोकॉल की जगह में इस्तेमाल किया जा सकता है.

भाग 3: वीडियो बायोइनफॉरमैटिक्स

सीएल - बल्ली से ढकेलना सॉफ्टवेयर करने के लिए तीन "व्यंजनों कि जब अनुक्रम में चलाने के लिए पिक्सेल या समय पर प्रत्येक कॉलोनी के लिए माइक्रोन संख्या में क्षेत्र का निर्धारण करेगा बनाने के लिए इस्तेमाल किया गया था. तीन व्यंजनों अनुक्रम में और इस आवेदन के लिए बनाया जाता है विभाजन, वृद्धि, और माप शामिल हैं.

HESC सीएल-क्वांट सॉफ्टवेयर / नुस्खा विकास कॉलोनी का उपयोग विकास का विश्लेषण:

विभाजन नुस्खा पहले बनाया है.
पूरे वीडियो के लिए सुनिश्चित करें कि वीडियो प्रयोग करने योग्य है स्कैन. यकीन है कि पूरी कॉलोनी देखने के क्षेत्र में और अन्य कालोनियों के क्षेत्र में प्रवेश नहीं करते कि रहता है की जाँच करें.
विभाजन विज़ार्ड खोलें और "अगले" बटन पर क्लिक करें.
सही छवि चैनल (यानी, चरण, हरे, लाल, आदि) का चयन करें और "अगले" बटन पर क्लिक करें.
3 विकल्प के बाहर उठाओ "नरम मिलान" और "अगले" क्लिक करें.
आम तौर पर छवि कॉलोनी के केंद्रीय क्षेत्र के लिए कॉलोनी के बाहरी छोर पर चक्कर क्षेत्रों द्वारा "चाहते हैं" क्षेत्रों का चयन करें.
- इस क्षेत्र में जितना संभव हो छोटा हो सकता है, लेकिन पूरी कॉलोनी के प्रतिनिधि होना चाहिए.
- जब चरण विपरीत माइक्रोस्कोपी का उपयोग कर, सॉफ्टवेयर द्वारा सटीक कॉलोनी चयन के लिए कॉलोनी के आसपास प्रभामंडल को शामिल करना सुनिश्चित हो.
- ब्याज की एक या दो क्षेत्रों है कि अलग अलग दिखा सकते हैं उठाओकॉलोनी के भीतर पिक्सेल पैटर्न है, लेकिन बहुत सारे "चाहता है" जो गलत मुखौटा आवेदन में परिणाम हो सकता है लेने नहीं है.
"अगले" बटन पर क्लिक करें.
छवि पर क्षेत्रों है कि कॉलोनी का हिस्सा और नहीं पृष्ठभूमि का हिस्सा हैं चक्कर क्षेत्रों "नहीं करना चाहता" चुनें. इन क्षेत्रों है कि आप पैटर्न को दबाने और मलबे और मृत कोशिकाओं के रूप में ऐसी कलाकृतियों के पिक्सल में शामिल करना चाहते हैं कर रहे हैं. "अगले" क्लिक करें.
क्षेत्रों आप को दबाना चाहते हैं चक्कर द्वारा "पृष्ठभूमि" का चयन करें.
- "नहीं करना चाहता" और "पृष्ठभूमि" क्षेत्रों कि पृष्ठभूमि में अलग वर्दी और हर फ्रेम में दिखाने की संभावना किया जाना चाहिए.
- आमतौर पर हम कॉलोनी के आसपास ग्रे पृष्ठभूमि का चयन करें.
"अगले" बटन पर क्लिक करें.
एक रंग का मुखौटा ब्याज की अपने क्षेत्र (2A चित्र) पर प्रदर्शित किया जाना चाहिए.
यदि मुखौटा सही रुचि के क्षेत्र को कवर नहीं करता है, विभाजन दहलीज श्रेणी (सॉफ्टवेयर प्रदर्शन के नीचे दाएँ हाथ के कोने में स्थित) या बढ़ा हो सकता है की कमी हुई.
विभाजन विज़ार्ड आगे मुखौटा यदि आवश्यक क्षेत्र ठीक ट्यूनिंग के लिए प्रांप्ट करता है.
यदि आप अपना मुखौटा बदलना चाहते हैं, तो चुनें "नरम मिलान क्षेत्रों अद्यतन". यह आप को बदलने के लिए "चाहते हैं", "नहीं करना चाहते हैं" या "पृष्ठभूमि" क्षेत्रों की अनुमति देता है.
यदि मुखौटा संतोषजनक है, का चयन करें "लागू दहलीज और मेरे नकाब को बचाने" और "अगले" बटन पर क्लिक करें.
मुखौटा तो एक अलग रंग में प्रदर्शित किया जाएगा.
"खत्म" का चयन करें.
नुस्खा सॉफ्टवेयर के ऊपरी दाएँ कोने पर प्रदर्शित किया जाना चाहिए, और यह "विभाजन नुस्खा" बुलाया जाना चाहिए.
नुस्खा है अगर आप सही क्लिक और "नाम बदलने" इच्छा का नाम बदलें.
मौके की जाँच के लिए, ठीक क्लिक करें और पर नुस्खा लागू "माउस जगह है.
एक मेनू दिखा देंगे कि आप फ्रेम तुम चाहो की संख्या का चयन करने के लिए उपयोग करें जब हाजिर नुस्खा जाँच की अनुमति देता है. भागो हर 10 फ्रेम के लिए मुखौटा नियुक्ति की सटीकता की जांच हाजिर नुस्खा.
यदि मुखौटा छोटे अवांछित क्षेत्रों या मलबे के कुछ हिस्सों उठाता है, तो आप एक "वृद्धि नुस्खा" हित के क्षेत्र मुखौटा की फिटिंग में सुधार बना सकते हैं.
एक वृद्धि नुस्खा बनाने के लिए, सही "वृद्धि नुस्खा" फ़ोल्डर क्लिक करें, और तब "नया "पर क्लिक करें. एक नया वृद्धि नुस्खा प्रदर्शित किया जाना चाहिए.
दृश्य (FOV) के मूल क्षेत्र से, "टॉगल वृद्धि मॉड्यूल" छवि के दाईं ओर स्थित बटन क्लिक करें. सही पहचान करने के लिए उपकरण पट्टी में आइकन पर माउस ले.
"लेबलिंग" ड्रॉपडाउन मेनू का चयन करें.
चुनें "लेबलिंग 4 जुड़ा".
चुनें "connected2 4 लेबलिंग".
एक नई कार्य पट्टी प्रदर्शित किया जाना चाहिए.
विभाजन नुस्खा से प्रारंभिक मुखौटा (mask0) ले लो और "इनपुट" बॉक्स करने के लिए खींचें.
पट्टी अब "इनपुट मुखौटा #" प्रदर्शित करना चाहिए.
आइकन के साथ "इनपुट मुखौटा #" खींचें मुखौटा 0 आइकन के लिए.
कार्य पट्टी में "मिनट" आकार का पता लगाएं और संख्या को समायोजित करें जब तक ब्याज की ही क्षेत्र प्रदर्शित होता है. सुनिश्चित करें कि आप प्रत्येक फिटिंग परीक्षण के माध्यम से "निष्पादित" पर क्लिक करें.
एक बार जब आप अपने न्यूनतम आकार के समायोजन के साथ संतुष्ट हैं, "वृद्धि नुस्खा" आपने पहले बनाया है पर क्लिक करें. (छवि 2B)
स्क्रीन के नीचे, चुनें "नुस्खा को बचाने".
सॉफ्टवेयर अब "चयनित नुस्खा अधिलेखित?", चुनें "हाँ" प्रांप्ट
स्पॉट वृद्धि हाजिर जाँच विभाजन के लिए एक ही प्रक्रियाओं का उपयोग कर के रूप में ऊपर नुस्खा की जांच.
यदि विभाजन और वृद्धि व्यंजनों के साथ संतुष्ट चयन करें, दाहिने हाथ उपकरण पट्टी पर माप टेम्पलेट बनाने ' .
अगर तुम चाहो तो टेम्पलेट का नाम बदलें.
माप टेम्पलेट विंडो में, क्लिपआर्ट सेल आंकड़ा अधिक कर्सर चाल. Ctrl कुंजी पकड़ो और कक्ष का चयन करें.
अनचेक करें 'डिफ़ॉल्ट पैरामीटर' और चेक 'आकारिकी' के अंतर्गत 'क्षेत्र पैरामीटर'.
बाहर निकलें खिड़की 'टेम्पलेट'.
माप नुस्खा में बनाया आइकन का चयन करें.
नुस्खा का नाम बदलें.
ले जाएँ और ऊपरी दाएँ कोने में 'टेम्पलेट' टैब का चयन करें.
माप खिड़की पर अपने पहले बनाया माप टेम्पलेट खींचें और ड्रॉप.
जारी रखें क्लिक करें 'हाँ'.
माप नुस्खा विंडो में, 'मैपिंग चैनल' का चयन करें, फिर 'पूरे सेल'.
'मैपिंग मास्क' चुनें.
फिर बढ़ाया मुखौटा के लिए विकल्प चुनें 'पूरे सेल.
मुख्य विंडो में नुस्खा टैब के अंतर्गत 'मापन नुस्खा' का चयन करें.
मापन नुस्खा खिड़की के भीतर 'सहेजें' चिह्न का चयन करें.
फिर खिड़की के पास.
अब बंद करें, और फिर से खोलना 'FOV'.
राइट 'नुस्खा' आइकन 'चुनें बंद नुस्खा सूची' पर क्लिक करें और व्यंजनों के अपने वीडियो डेटा पर क्रमिक रूप से चलाने के.

भाग 4: फ़ोटोशॉप सॉफ्टवेयर का उपयोग नुस्खा सटीकता की जाँच हो रही है

आदेश में (softw सीएल - बल्ली से ढकेलना के साथ बनाई गई नुस्खा मान्य करने के लिए) कर रहे हैं, एक ही डेटा Adobe Photoshop के साथ मैन्युअल रूप से विश्लेषण कर सकते हैं. इस विश्लेषण के लिए, हर 10 फ्रेम (हर 70 मिनट का समय बिंदु) के लिए 48 घंटे से अधिक कॉलोनी आकार को मापने के लिए विश्लेषण किया गया था.

Adobe Photoshop में एक कॉलोनी छवि का एक फ्रेम खोलें.
उपकरण पट्टी में जादू की छड़ी उपकरण पर क्लिक करें.
कॉलोनी के आसपास के क्षेत्र पर क्लिक करें ताकि पूरे क्षेत्र कॉलोनी क्षेत्र को छोड़कर कवर किया जाता है.
क्लिक करें उपकरण पट्टी में 'त्वरित मुखौटा मोड में संपादित करें' और कॉलोनी पर क्लिक करें ताकि कॉलोनी चयनित है.
यकीन है कि कॉलोनी के आसपास बिंदीदार रेखा कॉलोनी की परिधि के चारों ओर सही फिट बैठता है और उसे अंदर नहीं. यदि परिधि के आसपास बिंदीदार रेखा नहीं है, ऊपरी उपकरण पट्टी में सहिष्णुता मूल्य के हिसाब से बदल.
'विंडो' जाओ डाउन मेनू पुल और 'हिस्टोग्राम' पर क्लिक करें.
पिक्सेल मूल्य नीचे लिखें जब कैश = 1. यदि कैश 2 है, 'पर क्लिक करें! 1 कैश करने के लिए बदलने के लिए, और तब पिक्सेल मूल्य नोट.
हर 10 फ्रेम के लिए उपरोक्त प्रक्रिया को दोहराएँ. कम कुल फ्रेम अगर वांछित इस्तेमाल किया जा सकता है.
डेटा का उपयोग कर Photoshop और सीएल - बल्ली से ढकेलना सॉफ्टवेयर एकत्र तो एक साथ प्लॉट किया जा सकता है. यदि सी.एल. क्वांट व्यंजनों को सच्चा हैं, Photoshop और सीएल-क्वांट विश्लेषण के लिए घटता बहुत इसी तरह की (3-5 Figs.) होना चाहिए.
यदि सीएल-क्वांट के साथ विकसित व्यंजनों सच्चा हैं, वे मज़बूती अन्य वीडियो डेटा के लिए लागू किया जा सकता है.
और इस विश्लेषण में वीडियो जैव सूचना विज्ञान का उपयोग करने में मूल्य है कि एक बार विभाजन, वृद्धि, और माप व्यंजनों को विकसित कर रहे हैं और मान्य है, वे विश्लेषण और अधिक तेजी से और अधिक सही फ़ोटोशॉप का उपयोग मानव की तुलना में प्रदर्शन करेंगे.

प्रतिनिधि परिणाम

चित्रा 1: एक hESC एक BioStation सीटी में विकास के 48 घंटे के दौरान विभिन्न समय पर फ्रेम दिखा कॉलोनी फिल्म पट्टी . फ्रेम्स 7 मिनट के अंतराल पर ले जाया गया.

चित्रा 2: (ए) विभाजन नुस्खा से एक कॉलोनी पर रखा मुखौटा के साथ एक hESC की छवि. मलबे और पृष्ठभूमि के क्षेत्रों में भी संकेत है कि एक वृद्धि नुस्खा करने के लिए मूल्यांकन की सटीकता में सुधार की जरूरत है नकाबपोश कर रहे हैं. (बी) एक ही कॉलोनी की छवि के रूप में वृद्धि के बाद 'ए' में दिखाया गया है प्रदर्शन किया गया है. मुखौटा अब केवल कॉलोनी का चयन और शोर चयन से समाप्त कर दिया गया.

चित्रा 3: 48 घंटे से अधिक कॉलोनी के आकार में वृद्धि (पिक्सेल में) दिखा ग्राफ़ के रूप में सीएल-क्वांट सॉफ्टवेयर और Photoshop का उपयोग करके निर्धारित है. यह ग्राफ कच्चे डेटा और पता चलता है कि कालोनियों के विभिन्न आकारों में शुरू भूखंडों. यह भी पता चलता है कि माप के दोनों तरीकों अच्छी समझौते में हैं.

चित्रा 4: ग्राफ़ कॉलोनी आकार में 48 घंटे से अधिक प्रतिशत की वृद्धि दिखाने के लिए सामान्य के बाद चित्रा 3 में के रूप में एक ही डेटा दिखा. इससे पता चलता है कि विकास दर के समान शुरू कॉलोनी आकार की परवाह किए बिना और दोनों उपायों के विश्लेषण के इसी तरह के परिणाम दे रहे हैं.

चित्रा 5: चित्रा 4 में सामान्यीकृत डेटा के लिए ग्राफ़ दिखाने का मतलब है . इस ग्राफ को स्पष्ट रूप से वीडियो (सी.एल. - क्वांट सॉफ्टवेयर) जैव सूचना विज्ञान और फ़ोटोशॉप का उपयोग करने और स्थापित किया है कि नुस्खा सच्चा है विश्लेषण के बीच अच्छे समझौते से पता चलता है. Photoshop 325 फ्रेम में डेटा के लिए क्षेत्र में मामूली गिरावट कई Photoshop विश्लेषण में शामिल नहीं किया जा रहा करने के लिए वीडियो कारण है.

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Discussion

वीडियो जैव सूचना विज्ञान उपकरण तेजी से वीडियो छवियों से डेटा निकालने के लिए शक्तिशाली हैं. HESC कॉलोनी विकास बढ़ाता के लिए हमारी प्रोटोकॉल एक जैविक समस्या वीडियो जैव सूचना विज्ञान के एक आवेदन को दर्शाता है. इस विधि मात्रात्मक और व्यक्तिगत hESC कालोनियों से खुलासा डेटा के दिलचस्प सुविधा है. वीडियो जैव सूचना विज्ञान व्यंजनों के लिए प्रसार, प्रवास, apoptosis, और सेल सब्सट्रेट करने के लिए अनुलग्नक, और कक्ष सन्निकट कक्षों के लिए अनुलग्नक के रूप में अन्य सेलुलर प्रक्रियाओं पर नजर रखने के लिए विकसित किया जा सकता है. व्यंजनों की सटीकता था फ़ोटोशॉप का उपयोग कर पुष्टि सीएल-क्वांट सॉफ्टवेयर का उपयोग कर विकसित किया गया था और सच्चा हो पाया. एक बार उपयुक्त व्यंजनों को विकसित कर रहे हैं, बहुत जल्दी किसी भी स्रोत से वीडियो डेटा का विश्लेषण किया जा सकता है है. वीडियो वीडियो जैव सूचना विज्ञान उपकरण का उपयोग कर डेटा का विश्लेषण करने के लिए आवश्यक समय फ़ोटोशॉप का उपयोग कर हाथ के द्वारा प्रदर्शन के विश्लेषण के लिए आवश्यक समय की तुलना में काफी कम है. इसके अलावा, कंप्यूटर द्वारा किया विश्लेषण त्रुटि के लिए कम खतरा है, के रूप में कंप्यूटर डेटा उसी तरह हर बार का विश्लेषण होगा, जबकि एक मानव एक विश्लेषण प्रदर्शन त्रुटियों या थोड़ा अलग निर्णय हर बार एक छवि का विश्लेषण किया जाता है कर सकते हैं. हालांकि इस प्रोटोकॉल के हिस्से के रूप में चर्चा नहीं है, वीडियो भी कॉलोनी में morphological परिवर्तन के लिए जांच की जा सकता है. यह पैरामीटर मामलों में जहां उपचार समूहों को शामिल कर रहे हैं में उपयोगी होगा.

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Acknowledgments

कैलिफोर्निया तंबाकू से संबंधित रोग अनुसंधान कार्यक्रम, पुनर्योजी चिकित्सा के लिए कैलिफोर्निया इंस्टीट्यूट, और NSF IGERT अनुदान वीडियो बायोइनफॉरमैटिक्स पर (0903667 #) पर UCR (धन से इस पद्धति का विकास संभव बनाया गया था http://www.cris.ucr IGERT .edu / / index.php ). सबरीना लिन स्नातक डिवीजन से एक निबंध फैलोशिप द्वारा समर्थित है, शॉन Forteno एक NIH मार्क फैलोशिप द्वारा समर्थित है, और Shruthi सतीश एक स्नातक डिवीजन फैलोशिप द्वारा समर्थित है. हम उसकी मदद के लिए आंकड़े तैयारी अन्ना Trtchounian के लिए आभारी हैं. हम भी कैसे सी.एल. - बल्ली से ढकेलना सॉफ्टवेयर का उपयोग करने के लिए हमें शिक्षण के लिए सैम Alworth और नेड Jastromb धन्यवाद.

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
mTeSR1 Human Embryonic Stem Cell Maintenance Medium	Stem Cell Technologies	05850	or any suitable medium for hESC culture.
BD Matrigel	BD Biosciences	356234	or other suitable substrate.
DMEM/F12 Basal Medium	Invitrogen	11330-032
Phosphate Buffered Saline without Ca²⁺ and Mg²⁺
Accutase Enzyme Cell Detachment Medium	eBioscience	00-4555-56	or other suitable detachment enzyme.
3mm Glass beads	Fisher Scientific	11-312A	optional.
12-well Tissue Culture Plates	BD Biosciences	353043	or any other plate format.
Nikon BioStation CT/IM			or other incubator/microscope suitable for collecting video data.
CL-Quant software (Nikon) and/or Photoshop (Adobe).