בפרוטוקול זה, הגן ביטוי שמרים (<em> Saccharomyces cerevisiae</em>) משתנה לאחר חשיפה סטרס חמצוני הנגרם על ידי תוספת של מי חמצן (H<sub> 2</sub> O<sub> 2</sub>), סוכן חמצון.
בפרוטוקול זה, ביטוי גנים שמרים (Saccharomyces cerevisiae) משתנה לאחר חשיפה סטרס חמצוני הנגרם על ידי תוספת של מי חמצן (H 2 O 2), סוכן חמצון. בניסוי, שמרים הוא גדל במשך 48 שעות במרק YPD 1/2X המכילה גלוקוז 3X. התרבות מחולק שליטה וקבוצת טיפול. התרבות הניסוי שטופלו 0.5 מ"מ H 2 O 2 ב הנקס שנאגרו מלוחים (HBSS) במשך שעה 1. התרבות שליטה שטופלו HBSS בלבד. סך RNA מופק תרבויות והן מומר מוצר ביוטין שכותרתו Crna באמצעות תהליך רב שלבי. המוצר הסופי הוא סינתזה נלקח חזרה מתקן Core UVM microarray ו – הכלאה של GeneChips שמרים Affymetrix. הביטוי הנתונים וכתוצאה מכך גן מועלים לתוך תוכנת ניתוח הנתונים ביואינפורמטיקה.
The authors have nothing to disclose.
General Laboratory Equipment | Company | Product number |
Spetrophotometer | ||
Thermocyler | ||
Microcentrifuge | ||
Vortex | ||
Stir Plates (2) | ||
P-10s pipettors | ||
P-20’s pipettors: | ||
P-200’s pipettors: | ||
P-1000’s pipettors: | ||
Camera and transilluminator | ||
Supplies – recommended | ||
E-Gel Apparatus | Invitrogen | G6000-08 |
E-Gels | Invitrogen | G6018-02 |
Axygen 1.7 ml. Clear | Krackler | 383-MCT175C |
Axygen 0.5 ml clear tubes | Krackler | 383-MCT060C |
Axygen 2ml capture tubes | Krackler | 383-MCT200NC |
boxes of P-10 ART tips: | CLP | BT10XL |
Boxes of P-100 ART tips: | CLP | BT200 |
Boxes of P-20 ART Tips: | CLP | BT20 |
Boxes of P-1000 ART Tips: | CLP | BT1000 |
Yeast Chips | ||
General Laboratory Supplies | ||
25 ml sterile disposable pipets- | ||
5ml sterile disposable pipets- | ||
Microfuge tube racks | ||
KimWipes: | ||
Lab Coats | ||
Stir Bars | ||
Culture flasks | ||
Innoculating loops | ||
Sharpies | ||
Gloves | ||
Autoclave tape | ||
Stirrer bars | ||
Reagents | ||
30% Hydrogen Peroxide | EMD Millipore | 386790 |
HBSS without Ca, Mg, or dye | Sigma-Aldrich | H6648-100ml |
Qiagen Rneasy Mini Kit: | Qiagen | 74104 |
Qiagen DNase Kit: | Qiagen | 79254 |
Rnase Remover | Denville Scientific | D1180 |
Harleco Alcohol 100% | EMD Millipore | 65347 |
ENZO IVT Kit | ENZO | ENZ-42655-10 |
Lyticase: one bottle | VWR | IC19012310 |
Water, Cell Culture grade | EMD Millipore | 4.86505 |
Yeast culture: | ATCC | 18824 |
YPD broth powder | EMD Millipore | 4.8504 |
D(+) Glucose, Anhydrous | EMD Millipore | 346351 |
Sorbitol | EMD Millipore | 56755 |
EDTA | EMD Millipore | 4005 |
SDS solution, 20% | EMD Millipore | 7990-OP |
Pellet Paint | EMD Millipore | 69049 |
PCI RNase DNase free (7 aliquots): | Fisher | AC32711-500 |
7.5M NH4OAc | Fisher | ICN1987 5980 |
Fragmentation Buffer (200 mM Tris-Acetate, pH 8.1, 500 mM KOAc, 150 mM MgOA) | ||
Trizma Base | Fiaher | 50-899-90034 |
KOAc | Fisher | NC9757725 |
MgOA | Fisher | NC9681042 |
Loading Dye | Invitrogen | 10482055 |
PCR Markers | EMD Millipore | 69278-3 |
Phase Lock Gels | Fisher | FP2302820 |
One-Cycle cDNA Kit | Invitrogen | A10752-030 |
Includes; | ||
E. coli DNA Pol | ||
dNTP’s | ||
T4 DNA Pol. | ||
T-7 oligod(T) | ||
0.5ml EDTA pH 8.0 | ||
First Strand Buffer | ||
E. Coli RNaseH | ||
Second Strand Buffer | ||
E. Coli DNA ligase | ||
SuperScript II | ||
DTT |