Summary
Прямой и надежный метод для выявления потенциальных нормативных мотивы совместно регулируемых генов представлена. СФЕРА не требует каких-либо параметров пользователя и возвращает мотивы, которые представляют собой превосходные кандидаты для регуляторных сигналов. Выявление таких регуляторных сигналов помогает понять основные биологии.
Protocol
Discussion
СФЕРА предоставляет исследователю мощный инструмент, используемый для идентификации потенциальных нормативных мотивы в наборах согласованно регулируемых генов. Пользователь не обязан догадываться о размере мотив или количество вхождений мотив как и многие другие мотив поиска сайтов требует. Эти параметры в основном непознаваем до мотив выявлено. Интерфейс программы очень простой, как для ввода последовательности или гена имена и для просмотра продукции.
СФЕРА выход предоставляет подробную информацию обо всех мотивов, которые определены, используя три различных способа мотива представления. Каждый экземпляр мотив во всех генов в списке с позиции и "нить" информации. Графический результаты в виде мотива карты обеспечивают визуальное отображение, что легко понять, и предоставляет интуитивно понятный способ увидеть закономерности в мотивах, которые присутствуют.
СФЕРА очень устойчивы к присутствии шума в данных. Как правило, это осуществляется в форме дополнительных генов, присутствующих в стартовый набор, который не может быть фактически совместно регулируется с остальными генами. Это часто происходит, когда, начиная с генами, которые являются со-выражается в микрочипов экспериментов. Иногда эксперимент шумно, или их может быть несколько факторов транскрипции активируется в экспериментальных условиях использовали для эксперимента микрочипов. Эти различные транскрипционные факторы, скорее всего, имеют различные сайты мишени на ДНК. Даже в присутствии 4-кратный посторонних генов (шума: сигнал соотношение 4:1), СФЕРА-прежнему сохраняет 50% своей точности в предсказании сайты 1.
Хотя СФЕРА содержит более 2 миллионов синонимы названий генов, она иногда не в состоянии идентифицировать некоторые гены имена. Мы постоянно обновляем наши списки синонимов, но иногда находят, что различные синонимы относятся к одному гену. В этих случаях, мы не включаем синонимы из-за двусмысленности. если у вас есть ген имя, не найдено СФЕРА ПРИМЕНЕНИЯ, рекомендуется, чтобы вы ссылаетесь на геном конкретного сайта, чтобы найти альтернативное имя ген использовать по своему масштабу. Примеры соответствующих названий генов для каждого вида предоставляются SCOPE.
СФЕРА в настоящее время содержит 72 видов, новых видов добавляются все время. Веб-сайт содержит видео помощи, а также часто задаваемые вопросы. Исходный код находится в свободном доступе для академических пользователей, написав по адресу RHG.
Disclosures
Нет конфликта интересов объявлены.
Acknowledgments
Это исследование было поддержано грантом для RHG от Национального научного фонда, DBI-0445967.
References
- Chakravarty, A., Carlson, J. M., Khetani, R. S., Gross, R. H. A novel ensemble learning method for de novo computational identification of DNA binding sites. BMC Bioinformatics. 8, 249-249 (2007).
- Carlson, J. M., Chakravarty, A., DeZiel, C. E., Gross, R. H. SCOPE: a web server for practical de novo motif discovery. Nucleic Acids Res. 35, 259-264 (2007).
- Blom, E. J., Roerdink, J. B., Kuipers, O. P., Hijum, S. A. van MOTIFATOR: detection and characterization of regulatory motifs using prokaryote transcriptome data. Bioinformatics. 25, 550-551 (2009).
- Blom, E. J. DISCLOSE : DISsection of CLusters Obtained by SEries of transcriptome data using functional annotations and putative transcription factor binding sites. BMC Bioinformatics. 9, 535-535 (2008).
- Bushey, A. M., Ramos, E., Corces, V. G. Three subclasses of a Drosophila insulator show distinct and cell type-specific genomic distributions. Genes Dev. 23, 1338-1350 (2009).
- Znaidi, S. Identification of the Candida albicans Cap1p regulon. Eukaryot Cell. 8, 806-820 (2009).
- Sharma, D., Mohanty, D., Surolia, A. RegAnalyst: a web interface for the analysis of regulatory motifs, networks and pathways. Nucleic Acids Res. 37, W193-W201 (2009).
- Znaidi, S. Genomewide location analysis of Candida albicans Upc2p, a regulator of sterol metabolism and azole drug resistance. Eukaryot Cell. 7, 836-847 (2008).
- Carlson, J., Chakravarty, A., Gross, R. B. E. A. M. A beam search algorithm for the identification of cis-regulatory elements in groups of genes. J Comput Biol. 13, 686-701 (2006).
- Carlson, J., Chakravarty, A., Khetani, R., Gross, R. Bounded search for de novo identification of degenerate cis-regulatory elements. BMC Bioinformatics. 7, 254-254 (2006).
- Chakravarty, A., Carlson, J. M., Khetani, R. S., DeZiel, C. E., Gross, R. H. SPACER: identification of cis-regulatory elements with non-contiguous critical residues. Bioinformatics. 23, 1029-1031 (2007).
