Summary
El perfil de madre humanas pluripotentes inducidas (iPS), el epitelio pigmentario de la retina (RPE) derivadas de células (iPS) (iPS-RPE) inducido por el hombre-madre pluripotentes, y RPE fetal microRNA (miRNA), fueron comparados.
Abstract
El objetivo de este informe es describir los protocolos para la comparación de los perfiles de las células (iPS), el epitelio pigmentario de la retina (EPR) inducido por el hombre-pluripotentes madre derivadas de células iPS humanas (iPS-RPE), y RPE fetal microRNA (miRNA). Los protocolos incluyen la entrega de ARN para el análisis de microarrays y el análisis de datos de microarrays para identificar miRNAs que son expresados diferencialmente entre los tres tipos de células. Se explican los métodos de cultivo de células iPS y RPE fetal. El protocolo utilizado para la diferenciación de RPE de iPS humanas también se describe. La técnica de extracción de ARN se describe fue seleccionada para permitir la recuperación máxima de muy pequeño ARN para su uso en un microarray de miARN. Por último, se explica vía celular y el análisis de redes de datos de microarrays. Estas técnicas facilitar la comparación de los perfiles de miARN de tres tipos de células diferentes.
Introduction
Las células madre tienen la capacidad de replicarse sin límite y el potencial de diferenciarse en cualquier tipo de célula somática. El desarrollo de técnicas para reprogramar células somáticas en células madre pluripotentes ha despertado gran expectación en la comunidad científica y entre los médicos, ya que el advenimiento de la regeneración del tejido personalizado está en el horizonte 1. Las células madre pluripotentes inducidas por el (iPS) presentan las mismas características del potencial de replicación ilimitado y pluripotencia como las células madre embrionarias (ES) eludiendo los dilemas éticos asociados con los CES. Además, las células madre derivadas de paciente no estimular una respuesta inmune, incrementando en gran medida la probabilidad de aplicaciones terapéuticas exitosas 2-3. Bajo condiciones de cultivo específicas, las células iPS se ha demostrado que se diferencian en varios tipos de células diferentes in vitro, incluyendo los cardiomiocitos, neuronas, células beta pancreáticas, hepatocitos, y en el epitelio pigmentario de la retina (RPE) 4-12.
El RPE es una capa especializada de células epiteliales pigmentadas situados en la parte posterior de la retina que realiza varias funciones que son esenciales para la salud visual y función tal como la absorción de luz parásita, la fagocitosis de los segmentos externos de los fotorreceptores, y el procesamiento de los retinoides para la producción de cromóforo visual. La disfunción del EPR debido al daño o la enfermedad afecta profundamente la salud de los fotorreceptores y la función visual como lo demuestran las enfermedades que causan ceguera que son el resultado de la patología EPR subyacente, como la degeneración macular senil (AMD), la enfermedad de Stargardt y la retinitis pigmentosa (RP) 13. Tratamientos verdaderamente eficaces que pueden restaurar la visión no se han alcanzado, y la sustitución de RPE enferma con RPE saludable puede ser la mejor opción para evitar la pérdida de la visión 14-15. RPE derivadas de iPS (IPS-RPE) es una posible fuente de células para reemplazar el EPR dañado. iPS-RPE expresa caracproteínas RPE tic LRAT, CRALBP, PEDF y RPE65; muestra la alta pigmentación morfología RPE hexagonal clásica; y lleva a cabo las funciones del EPR como la fagocitosis, procesamiento de retinoides, y la secreción de 11 - 5,16 retinal cis. Sin embargo, antes iPS-RPE puede ser utilizado terapéuticamente, el IPS-RPE se debe caracterizar a fondo. La comprensión de los factores que gobiernan la diferenciación de RPE es necesario mejorar el rendimiento y la pureza de las células para ser utilizado para aplicaciones clínicas.
La diferenciación celular es el resultado de la expresión génica altamente regulado. Remodelación epigenética del genoma y la coordinación de factores de transcripción se requiere para las decisiones del destino celular que se producen durante la diferenciación y el desarrollo 17. Reglamento de ARN mensajero (ARNm) Traducción por microRNA (miRNA) presenta otro nivel de regulación que afecta el destino celular 1. MiRNAs son cortos, ~ 22 nt, longitudes de nucleótidos que, o bien la traducción de supresión porla unión a la 3 'UTR del ARNm diana o el ARNm de la degradación. MiRNAs se han detectado en prácticamente todos los tejidos y hasta la fecha más de 2.000 microARNs humanos únicos se han registrado en la base de datos miRBase. Desde miRNAs requieren complementariedad parcial para unirse al ARNm diana, un solo miARN potencialmente puede obligar a decenas o cientos de objetivos, y viceversa, es decir, un único mRNA puede ser objetivo de varios miRNAs diferentes. Esta característica de unión promiscua aumenta dramáticamente el nivel de complejidad de la regulación, así como el nivel de dificultad de determinar las funciones de miRNAs individuales y el papel que desempeña cada uno en las funciones celulares 18-21. Sin embargo, los estudios han demostrado que los miRNA refina la expresión génica durante la diferenciación, al afectar el estado de metilación del ADN 17. En un estudio más específico de la RPE, miR-204/211 ha demostrado promover el fenotipo epitelial de la RPE 22. Otro grupo analizó el perfil de miARNde RPE durante la diferenciación de células madre embrionarias y reveló distintos conjuntos de miRNA se expresan durante el proceso de diferenciación 23. De hecho, los perfiles de miARN sin ambigüedades pueden distinguir tipos de células, incluyendo células madre embrionarias, células precursoras, y células diferenciadas terminalmente 24,25. Más de 250 miRNAs se expresan en la retina. Sobre la base de estos estudios, la hipótesis de que los miRNAs juegan un papel importante durante la diferenciación de RPE de iPS.
El objetivo de este informe es describir los protocolos para la diferenciación de RPE de IMR90-4 células iPS, colección de ARN para el análisis de microarrays y el análisis de datos de microarrays para identificar miRNAs que son expresados diferencialmente entre los tres tipos de células, las células iPS , iPS-EPR y EPR fetal. El ARN total se extrajo a partir de cultivos de cada tipo de célula y se hibridó a un microarray miARN, que contiene sondas específicas para 1205 miRNAs humanos y 144 miRNAs virales. Los resultados de microarrays se comparand para determinar qué miRNAs fueron expresados diferencialmente entre los diferentes tipos de células. miRNAs con 2 veces o más veces el cambio en la expresión fueron seleccionados para su posterior análisis. Un programa de software de análisis de miRNA se utilizó para identificar los posibles objetivos de los miRNAs expresados diferencialmente y generar redes celulares reguladas por los miRNAs seleccionados.
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Protocol
1. Preparación de Cultura Reactivos y Placas de cultivo
- medios mTeSR1: Preparar medios mTeSR1 acuerdo a las instrucciones del fabricante. Descongelar 100 ml de suplemento mTeSR1 5x noche a 4 ° C. Añadir los 100 ml de suplemento mTeSR1 5x 400 ml de mTeSR1 medios basales y mezclar bien. Este medio es estable a 4 ° C durante hasta 2 semanas y a -20 ° C durante 6 meses.
- Medio de diferenciación: Preparar medio de diferenciación en DMEM/F12 para producir 0,1 mM β-mercaptoetanol, 0,1 mM de aminoácidos no esenciales, 2,0 mM de L-glutamina, 10% de suero de nocaut, y 10 mg / ml de gentamicina.
- medios IPS-RPE: Preparar medios IPS-RPE en MEM para producir suplemento N1 1x, 0,1 mM de aminoácidos no esenciales, 250 mg / ml de taurina, sal de sodio triyodo-L-tironina 13 ng / ml, 20 ng / ml de hidrocortisona, 5 g / ml de gentamicina, y 15% de FBS 26.
- Triyodo-L-tironina sal sódica solución madre. Para preparar la solución madre se disuelven 1,0 mg de triyodo-L-tironinasal de sodio de 1 N de hidróxido de sodio girando suavemente. A continuación añadimos 49,0 ml de medio de base para hacer 50,0 ml de 20 mg / ml de sal de sodio triyodo-L-tironina. Preparar alícuotas y congelar a -20 ° C hasta que se necesite. Utilice volumen apropiado para alcanzar la concentración deseada en medios de cultivo final.
- La hidrocortisona solución madre: Para preparar una solución de hidrocortisona, solubilizar 1 mg de hidrocortisona en 1 ml de etanol absoluto por agitación suave. A continuación añadimos 19,0 ml de medio de base de 20 ml de hidrocortisona solución madre de 50 mg / ml. alícuota y congelar a -20 ° C hasta que se necesite. Utilice volumen adecuado para conseguir la concentración deseada en los medios de cultivo final.
- Medio de crecimiento EPR fetal. Preparar el medio de crecimiento mediante la mezcla de todos los reactivos en el kit RTEGM en el medio basal, de acuerdo con las instrucciones del fabricante, excepto para el FBS.
- Medio de siembra RPE Fetal. Preparar los medios de recubrimiento mediante la transferencia de una pequeña cantidad de medio de crecimiento a un recipiente estéril y unFBS dd para una concentración final de 2%.
- Dispasa: Preparar la solución de trabajo de dispasa de 1 mg / ml en DMEM/F12.
- Matrigel recubierto de placas: Preparar Matrigel en DMEM/F12 a 0,08 mg / ml.
- Cubra cada pocillo de una placa de 6 pocillos con 1,0 ml de la solución de matrigel.
- Incubar las placas recubiertas a temperatura ambiente durante 1,0 h.
- Después de la incubación de 1,0 horas, aspirar el exceso de DMEM/F12.
- Añadir 0,5 ml de medio mTeSR1 para evitar la desecación. Las placas Matrigel recubiertos ya están listos para su uso.
2. IPS Cultura
- Antes de la siembra de células iPS tienen todos los tubos, cálida medios mTESR1 a temperatura ambiente, y las placas Matrigel recubierto listos.
- Descongelar rápidamente las células iPS IMR90-4 en un 37 ° C baño de agua. A continuación, retire el vial del baño de agua y esterilizar utilizando etanol al 70%.
- Transferir las células a un tubo cónico de 15 ml usando una pipeta de 2 ml para minimizar la rotura de los agregados de células.
- Añadir gota a gota 5 ml de warm medios mTeSR1 a las células y mezclar suavemente. Centrifugar las células a 300 xg durante 5 min a temperatura ambiente y eliminar el sobrenadante.
- Resuspender cuidadosamente los agregados de células en 2 ml de medio mTeSR1 y sembrar las células en un pocillo de una placa de seis pocillos.
- Colocar la placa en una incubadora a 37 ° y la cultura con 5% de CO 2, 95% de humedad.
- Cambie el medio de cultivo de células iPS a diario. Colonias indiferenciadas aparecerán 5-7 días después de la siembra. Compruebe si hay colonias indiferenciadas que están listos para el paso (colonias con un centro denso).
3. Pases de células iPS
- Antes de principio a paso las células iPS, han todos los tubos, la solución de dispasa, medio DMEM/F12 y mTERS1 calentó a temperatura ambiente, y el matrigel recubierto de placas listo.
- Antes de pases de células iPS, quitar cualquier áreas de diferenciación mediante el raspado de la zona y la aspiración de los medios de comunicación. Diferenciación debe permanecer por debajo de 20% del pozo para altaculturas calidad. Enjuagar cuidadosamente el bien con 2 ml de DMEM/F12 que contiene células iPS y añadir 1 ml de 1 mg / ml de dispasa a cada pocillo.
- Incubar a 37 ° C durante 7 min. Aspirar el dispasa y enjuagar suavemente las colonias de células con 2 ml de DMEM/F12 dos veces.
- Después de aclarar, añadir 2 ml de mTSER1 a cada pocillo.
- Con una pipeta 5 ml raspar suavemente las colonias de la placa para formar agregados.
- Transferencia de las colonias separadas a un tubo cónico de 15 ml. Añadir suficientes medios mTeSR1 para sembrar el siguiente paso de las células.
4. La diferenciación de las células iPS para iPS-RPE
- Placa de las células iPS en un plato recién revestido en medios mTESR1.
- Permitir a las colonias de células iPS para expandir durante 4-5 días en cultivo.
- Soportes de sustitución mTeSR1 con medios 4 ml diferenciación. Cambiar la mitad de los medios cada 3 días.
- Permitir focos pigmentadas crezcan lo suficientemente grandes como para ser disecados manualmente fuera de la cultura (40-50 días).
- Utilice un200 l punta de la pipeta para cortar alrededor y levantar las colonias pigmentadas.
- Recopilar y poner en común las colonias disecados en un tubo cónico de 15 ml.
- Añadir a continuación 5 ml de DMEM/F12 a las células del EPR agrupados y centrifugar a 300 xg durante 5 minutos dos veces.
- Prepare una solución de una sola célula incubando el combinado iPS-RPE con 0,25% de tripsina EDTA.
- Enjuague las células iPS-RPE con medios iPS-RPE y placa las células recogidas en un Matrigel recubierto bien en 4 ml de medio iPS-RPE fresco.
- Cultivar las células durante 3 semanas antes de la aprobación. Cambie los medios de comunicación cada 3 días. Para el experimento, placa iPS-RPE a 100.000 células / cm 2. Recoger las células en el día 17. Contar el día de la siembra, como el Día 0.
5. Toma de Muestras
- iPS celular Collection
- Cultura de las células iPS hasta que se observaron colonias indiferenciadas a ser denso en el centro.
- Enjuague las colonias en DMEM/F12.
- Disociarse en células individuales utilizando accutas e. Recoger las células en un tubo cónico de 15 ml y centrifugar a 300 xg durante 5 min. Aspirar el sobrenadante. Volver a suspender en 2 ml de DMEM/F12.
- Fetal RPE Collection
- Enjuague cultivos de células fetales de RPE con DMEM/F12 y disociarse en células individuales utilizando 0,25% tripsina EDTA.
- Recoger las células en un tubo cónico de 15 ml. Centrifugar a 300 xg durante 5 min. Aspirar el sobrenadante. Volver a suspender en 2 ml de DMEM/F12.
- iPS-RPE celular Collection
- Cuando el IPS-RPE llegar paso 3 y el paso 5, recoger las células en el día 17 después de la aprobación. Enjuague IPS-RPE dos veces en PBS y preparar una suspensión de células individuales por incubación con 1,0 ml de 0,25% de tripsina.
- Neutralizar la tripsina con 2 ml de hielo fría los medios iPS-RPE.
- Recoger las células en un tubo cónico de 15 ml y centrifugar a 300 xg durante 5 min. Aspirar el sobrenadante.
- Resuspender la suspensión de células en 3 ml de tampón de tinción de kit de microperlas.
- Mantenga todos los reactivos a 4 ° C hasta su uso, pero no funcionan en el hielo. Centrifugar la suspensión celular de la etapa 5.3.4 a 300 xg durante 5 min. Aspirar el sobrenadante.
- Resuspender las células en 100 l de tampón de tinción de kit microbead por 2 x 10 6 células.
- Añadir 10 l de anticuerpo anti-TRA-1-60-PE por 2 x 10 6 células.
- Mezclar bien e incubar a 4 ° C durante 10 min.
- Lavar las células en 1-2 ml de tampón por 2 x 10 6 células. Centrifugar durante 10 min a 300 x g. Aspirar el sobrenadante.
- Resuspender las células en 80 l de tampón de tinción por 2 x 10 6 células. Añadir 20 l de microperlas anti-PE etiquetados (del kit) por 2 x 10 6 células. Mezclar bien. Incubar durante 15 min a 4 ° C.
- Añadir 1-2 ml de tampón de tinción por 2 x 10 6 células. Centrifugar durante 10 min a 300 x g. Aspirar el sobrenadante.
- Resuspender las células en 500 y #956; l de tampón de tinción.
- Separación celular magnética:
- Colocar la columna en clasificador de células magnético. Enjuaga la columna con 3 ml de tampón de tinción.
- Aplicar la suspensión de células de 6,8 en la columna.
- Colocar un tubo en el puerto negativo para recoger las células negativas TRA-1-60.
7. ARN total Extracción
- Lyse las células mediante la ejecución de las muestras a través de una columna de mini homogeneizador microcentrífuga giro comercial, diseñado para minipreps ácidos nucleicos.
- Extraer el ARN total de las células iPS, iPS-EPR y EPR fetal con el kit de extracción de ARN disponible comercialmente diseñado para preservar las pequeñas moléculas de ARN 27.
- Determinar las concentraciones de ARN total utilizando un espectrofotómetro Nanodrop.
8. Bioanalyzer y microarrays de ensayo
- Compruebe la integridad del ARN con Bioanalyzer junto con el kit de ARN de calidad disponible en el mercado.
- Incubar 100 ng deARN total con fosfatasa intestinal de ternero a 37 º C durante 30 min
- Desnaturalizar el ARN usando 100% de DMSO a 100 ° C durante 5 min.
- Etiquetar las muestras con PCP-Cy3 usando ligasa T4 de incubación a 16 ° C durante 1 hora.
- Hibridar en un formato 8_x_15K array miRNA humano.
- Lavar las matrices de acuerdo con las instrucciones del fabricante y escanear a una resolución de 5 micras utilizando un escáner.
- Adquiera datos utilizando la función de microarray software de extracción compatible con el microarray miRNA.
- Procesar las señales de miARN para determinar el nivel relativo de expresión en cada muestra.
- Comparar los niveles de expresión de cada uno de los genes miARN entre los grupos de la muestra. Seleccionar miRNAs con la expresión diferencial de al menos dos veces para su posterior análisis.
- El uso de software disponible en el mercado para el análisis de datos, siga las instrucciones para generar mapas de calor para la visualización de miRNAs expresados diferencialmente 28.
9. Pathway Analysis
- Guarde los datos de los miRNAs seleccionados en 8.9 en formato Excel.
- Inicie sesión en el programa de análisis de vías de ARN en línea. Sube el archivo de Excel. Seleccione "Formato flexible" para el formato de archivo y seleccione "Agilent" de la lista desplegable de tipo de identificador.
- En la sección de datos en bruto, asigne "ID" para sondear la columna ID y asignar "Observación 1" y "log relación" a la columna de la ración de registro. Seleccione "ignorar" para el resto de las columnas.
- Seleccione los parámetros para el análisis de la siguiente manera: Confianza: sólo experimentalmente observada; incluir relaciones directas e indirectas; e incluir productos químicos endógenos; Seleccione la base de conocimiento de Ingenuity como el conjunto de referencia. Elige la base de datos de moléculas de referencia que incluye los datos de todas las especies, todas las líneas de células y tejidos, y todas las mutaciones.
- Red Ejecutar y vía de análisis.
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Representative Results
Las células iPS (Figura 1A) se cultivaron en condiciones de diferenciación para inducir la diferenciación en células iPS-RPE. El IPS-RPE RPE exhibió fenotipo clásico de la morfología de las células pigmentadas hexagonal (Figura 1B) similar al EPR fetal (Figura 1C).
Para entender mejor el papel que los miRNA puede jugar durante el proceso de diferenciación de iPS a iPS-RPE, se llevó a cabo el análisis de microarrays de expresión de miRNA. El ARN total se recogió a partir de células iPS, RPE fetal y iPS-RPE usando el kit de aislamiento mirVana miARN para asegurar la retención máxima de pequeños RNAs. El ARN se cuantificó y probado para la pureza antes de la hibridación de la micromatriz LabChip. Las sondas que representan 1.205 144 miRNAs virales humana y se utilizaron para analizar la expresión de miRNA de cada conjunto de muestras. Se analizaron las señales para determinar los niveles relativos de expresión de cada uno de los genes miARN de cada muestra. Los datos se utilizó para comparar los genes miARN e perfil xpression de iPS-RPE para iPS y RPE fetal. Los mapas de calor se generaron para permitir la visualización de la expresión diferencial de los genes miARN entre los grupos (Figura 2A). 83 miRNAs que fueron expresadas diferencialmente en las iPS en comparación con iPS-RPE, con 47 miRNAs sobreexpresados en las células iPS en comparación con iPS-RPE, y 36 downregulated en las iPS (Figura 2B). 110 miRNAs se expresan diferencialmente en RPE fetal en comparación con iPS-RPE, con 61 miRNAs upregulated en el fRPE y 49 downregulated en el fRPE comparación con iPS-EPR (Figura 2 C). Pathway análisis con el software de Ingenuity IPA indicó los expresados diferencialmente miRNAs objetivo transcripciones de genes implicados en el desarrollo celular, el crecimiento, la proliferación y la supervivencia, ciclo celular, y el movimiento celular. MiRNAs expresan en tejidos oculares in vivo se comprobó que estaban enriquecidos en iPS-EPR y EPR fetal en comparación con iPS (Figuras 3 y 4).
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Figura 1. Imágenes de campo claro iPS, RPE fetal y iPS-RPE. Imágenes campo claro (100X) de las células iPS antes de la diferenciación, RPE fetal, y RPE derivadas de iPS. Tanto el EPR fetal y iPS-EPR muestran clásica morfología RPE de forma hexagonal y la pigmentación. Por favor, haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 2. Perfil de expresión de miRNA de Ips-RPE en comparación con las iPS y RPE fetal. A) Los mapas de calor representan el grado relativo de la expresión diferencial de miRNAs. El colorescala representa los niveles de expresión del miRNA que el anterior (rojo), a continuación (verde), o en el nivel de expresión (negro) significa en todas las muestras. B) La comparación de los perfiles de miARN de iPS-RPE a las células iPS. C) Comparación de las perfiles de miARN de iPS-RPE a RPE fetal. Por favor, haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 3. A) El análisis de redes de los perfiles de expresión de miRNA de las células iPS de los padres frente a la RPE derivadas de iPS. Las 4 primeras cadenas se muestran por separado (izquierda) y se fusionaron (centro). B) Pathway análisis de miRNAs expresados diferencialmente. Please clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 4. A) El análisis de redes de los perfiles de expresión de miRNA de RPE fetal frente a la RPE derivadas de iPS. Los 7 principales redes se muestran por separado (izquierda) y se fusionaron (centro) el análisis. B) Camino de miRNAs expresados diferencialmente. Por favor haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
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Discussion
En conclusión, este informe se describen los métodos utilizados para cultivar las células iPS, iPS-EPR y EPR fetal. RPE derivadas de iPS son morfológicamente y funcionalmente similar al EPR fetal. El IPS-RPE también expresa los genes característicos de RPE incluyendo RPE65, CRALBP, PEDF y LRAT 16. Para caracterizar adicionalmente estas células, el ARN se extrae y se utiliza para realizar el análisis de microarrays para identificar diferencialmente expresado genes miARN. El análisis de las intensidades de señal reveló que se ha detectado el mayor número de miRNAs expresados diferencialmente en el EPR fetal frente comparaciones iPS-RPE, lo que sugiere la iPS-RPE puede ser más maduro. Se planean más estudios para validar estos resultados con la RT-PCR.
Hay varios puntos críticos durante este experimento que deben realizarse con cuidado para asegurar el éxito del ensayo y adquisición de datos precisos. El primer paso clave se produce durante el cultivo de las células iPS. Las células iPS deben permanecer en una pluripotent estado para mantener su troncalidad. Las células deben ser cuidadosamente inspeccionados diariamente para detectar signos de diferenciación. Las células iPS no diferenciados crecen como colonias multicelulares compactos. Las células deben tener una alta relación entre núcleo y citoplasma y nucleolos prominentes. Las colonias iPS se caracterizan por una frontera clara, con varias capas de células en el centro. Los signos de diferenciación incluyen la pérdida de las fronteras definidas de colonias, la morfología celular no uniforme, y la aparición de tipos de células obvias, tales como neuronas y fibroblastos. Las células individuales que se han diferenciado se pueden eliminar por dispasa y aclarado, sin embargo, las colonias con estas características deben ser retirados manualmente a partir del cultivo 29.
Preparación de ARN para el análisis de microarrays es el siguiente paso crítico. ARN de calidad inconsistente es una fuente importante de variabilidad en los datos de microarrays. La extracción de RNA debe producir de alto peso molecular y el ARN mínimamente degradados para obtener mejores resultados. ExitosoLa extracción de RNA producirá ARN total con mínima degradación y libre de RNasas contaminantes. Después de la determinación de la concentración de ARN por espectrofotometría a 260 nm, la pureza de la muestra debe determinarse en 230 y 280 nm para detectar la contaminación con polisacáridos o proteínas. La relación 230:260:280 para el ARN debe ser 01:02:01 para indicar ARN de alta calidad sin contaminación 30.
Al planificar el experimento de microarrays, el paso más crítico es la inclusión de controles negativos para asegurar la hibridación de las sondas es específica, y para ejecutar cada muestra por triplicado para asegurar que las señales detectadas son válidos para ese conjunto de muestras. Durante el análisis de los resultados de los microarrays, un punto clave es la corrección de fondo, en la que el ruido de fondo se resta de la señal observada para dar la intensidad de la señal verdadera para cada sonda en particular. Este paso será eliminar los falsos positivos, además de destacar las verdaderas señales positivas. </ P>
Por último, durante la red y vía de análisis de los resultados de microarrays, el paso más importante es establecer los parámetros y filtros correctos antes de ejecutar el análisis. Este paso será determinar qué bases de datos se utilizará el software para generar las redes e identificar las vías celulares que se ven afectadas por los miRNAs demostrado ser expresadas diferencialmente en las comparaciones.
Después de la adquisición de datos mediante los métodos descritos en este informe, es necesario tener en cuenta las limitaciones de estos ensayos durante la interpretación de los resultados. Aunque es poco probable, sigue siendo posible que la cultura EPR no es una población homogénea de células de RPE. El proceso de clasificación anti-TRA-1-60 es un proceso de selección negativa que elimina las células que todavía expresan marcadores de células madre; sin embargo, no garantiza que las células restantes son células del EPR puros. Aunque morfológicamente las células presentan la morfología clásica RPE de la pigmentación de unND forma de células poligonales, es posible que no todas las células son RPE.
Microarray experimentos pueden producir falsos positivos para la expresión de ARN, en particular en el caso de microARN debido a las muy cortas secuencias. Aunque el sistema de microarrays utilizado para este experimento incluyó múltiples sondas para apuntar las diferentes regiones de cada objetivo, los resultados siempre debe ser validado por QRT-PCR.
Análisis de microarrays de datos por el ingenio IPA es dependiente de la cantidad y calidad de la información en la base de datos de Ingenuity. Gran parte de la información sobre la función de genes y las vías celulares se deriva de experimentos llevados a cabo en líneas celulares transformadas o en el contexto de la investigación del cáncer. Por lo tanto, los resultados de vía y análisis de redes que utilizan este programa no pueden siempre ser relevante para las células primarias o, en este caso, las células madre.
A pesar de estas limitaciones, los métodos descritos en este informe pueden ser utilizados paracultivo de células iPS y RPE fetal, derivando RPE de células iPS, y la extracción de RNA microarrays para el análisis de miRNA. Los datos generados por estos ensayos pueden usarse para identificar miRNAs que participan en el proceso de diferenciación, así como aquellos que regulan las funciones de RPE.
Aunque no se encontraron más miRNAs expresadas diferencialmente en el EPR fetal vs comparación iPS-RPE que en las iPS vs comparación iPS-RPE, hay muchas razones posibles para esto. En primer lugar, en el momento se realizó este ensayo, la plataforma de microarrays miARN era capaz de detectar 1.205 144 miRNAs virales humana y. Desde entonces, la plataforma ha sido ampliada para incluir sondas para más de 2.000 miRNAs humanos. Ciertamente, es posible que los perfiles de expresión diferencial de genes miARN cambiarán si se detectan más miRNAs. De los 1349 miRNAs detectados por este ensayo, la mayoría de miRNAs mostraron ninguna diferencia en la expresión entre los tipos de células (Figuras 2B y 2C
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Disclosures
Los autores no tienen nada que revelar.
Acknowledgments
Las opiniones o afirmaciones contenidas en este documento son las opiniones privadas de los autores y no deben interpretarse como funcionario o como el reflejo de las opiniones del Departamento del Ejército o el Departamento de Defensa.
Esta investigación se lleva a cabo mientras los autores Whitney A. Greene, Alberto Muñiz, y Ramesh R. Kaini celebraron una Postdoctoral Research Associateship Consejo Nacional de Investigación en el USAISR.
Ensayos de microarrays se realizaron por la Infancia Greehey Instituto de Investigación del Cáncer Microarray Core Facilidad Departamento de Bioinformática en la UT Health Science Center de San Antonio.
Este trabajo fue apoyado por el Programa del Ejército de EE.UU. de Medicina Clínica de Rehabilitación de Investigación (CRMRP) y el Programa de Investigación de Medicina Militar Operacional (MOMRP).
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| mTeSR1 media + 5X supplement | Stem Cell Technologies | 5850 | |
| DMEM/F12 | Life Technologies | 11330-032 | |
| 2-β-mercaptoethanol | Sigma | M-7154 | |
| Non essential amino acids | Hyclone(Fisher) | SH30853.01 | |
| Knockout serum replacement | Life Technologies | 10828-028 | |
| Gentamicin | Life Technologies | 15750-060 | |
| MEM media | Life Technologies | 10370-021 | |
| N1 supplement | Sigma | N-6530-5ML | |
| Taurine | Sigma | T-8691-25G | |
| Hydrocortisone | Sigma | H0888-1G | |
| Fetal bovine serum | Hyclone(Fisher) | SH3008803HI | |
| Triiodo-l-thyronine sodium salt | Sigma | T6397 | |
| Sodium hydroxide | Sigma | S5881 | |
| Fetal RPE media RTEGM kit | Life Technologies | 195406 | |
| Dispase | Life Technologies | 17105-041 | |
| Matrigel | BD Biosciences | 354277 | |
| Phosphate buffered saline | Hyclone(Fisher) | 10010-023 | |
| Trypsin | Hyclone(Fisher) | 25200-072 | |
| Miltenyi Biotec washing buffer | StemGent | 130-092-987 | |
| Miltenyi Biotec rinsing buffer | StemGent | 130-092-222 | |
| Anti-TRA-1-60 microbead kit | StemGent | 130-095-816 | |
| Miltenyi Biotec cell sorter column | StemGent | 130-021-101 | |
| RNeasy micro kit | Qiagen | 74004 | |
| QIA shredder | Qiagen | 79654 | |
| RNA 6000 Pico LabChip kit | Agilent | G2938-90046 | |
| Human miRNA microarray v16 | Agilent | G4471A |
References
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- Romano, G., et al. A commentary on iPS cell biology: Potential applications in autologous tissue and cell transplantation, development of new models for the study of human pathological conditions and drug screening. J Cell Physiol. 229, 148-152 (2014).
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