SIVQ-LCM é uma abordagem inovadora que utiliza um algoritmo de computador, espacialmente invariantes Quantização Vetorial (SIVQ), para conduzir o processo a laser microdissection captura (LCM). O fluxo de trabalho SIVQ-LCM melhora a velocidade e precisão da microdissecção, com aplicações tanto na pesquisa e na clínica.
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Artigo de método
Protocolo SIVQ-LCM para o Instrumento ArcturusXT
* These authors contributed equally
Neste artigo
Resumo
Resumo
SIVQ-LCM é uma nova metodologia que automatiza e simplifica o, o processo de dissecação de laser mais tradicional dependente do usuário. O objetivo é criar uma, rapidamente personalizável tecnologia laser avançada plataforma de dissecção. Neste relatório, nós descrevemos a integração do software de análise de imagem e espacialmente invariantes Quantização Vetorial (SIVQ) sobre o instrumento ArcturusXT. O sistema contém um ArcturusXT infravermelho (IV) e ultravioleta (UV) de laser, permitindo celular específico ou grandes dissecações da área. O objetivo principal é melhorar a velocidade, precisão e reprodutibilidade da dissecção de laser para aumentar a produtividade de amostras. Esta nova abordagem facilita microdissection de animais e tecidos humanos em investigação e fluxos de trabalho clínicos.
Introdução
Originalmente desenvolvido em meados dos anos 1990, a captura a laser microdissecção (LCM), permite ao usuário capturar com precisão células específicas ou regiões celulares de uma secção de tecido histológico via visualização microscópica 1, 2. Muitos estudos comparando a análise molecular de LCM contra arranhões tecido ilustrar o valor do método 3-12. Além disso, há três publicações de protocolo de vídeo sobre a tecnologia que está disponível para visualização 13, 14. No entanto, apesar de seu valor comprovado, LCM pode ser tedioso e trabalhoso quando o alvo de interesse é uma população de células dispersas em uma seção de tecido he....
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Protocolo
O protocolo descrito foi utilizado em conformidade com as normas do NIH sobre a utilização de amostras de tecidos humanos.
1. Preparação de Tecidos
- Antes do início, obter amostras de tecidos humanos de acordo com a Institutional Review Board (IRB) protocolos.
- Escolha o tipo de bloco de tecido / célula e correspondente método de processamento [fixadas em formalina embebido em parafina (FFPE), congelados ou fixo-etanol (EFPE) incluído em parafina]. Fixação formalina fornece histologia ideal, com fixação de etanol e flash congelado. No entanto, métodos de transformação e de fixação do tecido podem afectar o ADN, ARN, e a....
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Resultados
A secção de tecido FFPE materno foi histoquímica para citoqueratina AE1/AE3 usando um protocolo padrão IHC 23. Após a coloração, o tecido foi colocado deslizante na fase ArcturusXT e o protocolo SIVQ-LCM foi iniciado como descrito acima. Uma vez que o tecido não pode ser lamínulas por microdissecção, as células coradas + IHC pode ser difícil de discernir visualmente (Figura 1A). Assim, para proporcionar um melhor índice correspondente e uma melhoria da imagem, xilenos foram adicionados à secç.......
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Discussão
Nós apresentamos um protocolo para a aplicação de SIVQ-LCM para microdissect células epiteliais imunoistoquímica de FFPE tecido mamário humano. O uso de um algoritmo de análise de imagem, tal como SIVQ, reduz a quantidade de mão-de tempo necessário para o processo de microdissecção. Este é um avanço potencialmente importante para o campo de tempo e uma vez que o esforço do operador é tipicamente o passo limitante da velocidade para a dissecção precisa das células de interesse. No presente protocolo, especificamente adap.......
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Divulgações
Michael R. Emmert-Buck é um inventor de patentes NIH-realizadas cobrindo captura de microdissecção a laser e recebe pagamentos baseados em direitos autorais por meio do Programa de Transferência de Tecnologia NIH.
Agradecimentos
O estudo foi financiado em parte pelo Programa de Pesquisa Intramural dos Institutos Nacionais de Saúde, Instituto Nacional do Câncer, Centro de Pesquisa do Câncer.
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Materiais
| Nome | Empresa | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| Lâminas de Vidro Carregadas Positivas | Thermo Scientific | 4951Plus-001 | |
| Xilenos, reagente ACS, ≥ 98,5% xilenos + etilbenzeno à base | Sigma Aldrich | 247642 | CUIDADO: USE OS PROCEDIMENTOS DE SEGURANÇA ADEQUADOS. |
| Álcool etílico, prova de U.S.P. 200, anidro | The Warner-Graham Company | 6.505E+12 | CUIDADO: USE OS PROCEDIMENTOS DE SEGURANÇA ADEQUADOS. |
| Arcturus CapSure Macro LCM Caps | Life Technologies | LCM0211 | |
| ArcturusXT Laser Microdissection Instrument | Life Technologies | Software ARCTURUSXT | |
| AutoScanXT | Life Technologies | Um programa opcional de análise de imagem para o dispositivo de microdissecação a laser ArcturusXT. Este software é necessário para o SIVQ-LCM. | |
| Quantização de vetores espacialmente invariantes (SIVQ) | Universidade de Michigan | Este conjunto de ferramentas está disponível publicamente para colaborações acadêmicas. Para acessar o algoritmo SIVQ, entre em contato com o Dr. Ulysses Balis [Ulysses@med.umich.edu] |
Referências
- Bonner, R. F., et al. Laser capture microdissection: molecular analysis of tissue. Science. 278, 1481-1483 (1997).
- Emmert-Buck, M. R., et al. Laser capture microdissection. Science. 274, 998-1001 (1996).
- Edwards, R. A.
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Reimpressões e permissões
