SIVQ-LCM è un approccio innovativo che sfrutta un algoritmo informatico, spazialmente invarianti quantizzazione vettoriale (SIVQ), a guidare il processo di microdissezione laser (LCM). Il flusso di lavoro SIVQ-LCM migliora notevolmente la velocità e la precisione di microdissezione, con applicazioni sia nella ricerca e cliniche.
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Articolo metodologico
SIVQ-LCM protocollo per lo strumento ArcturusXT
* These authors contributed equally
In questo articolo
Sommario
Abstract
SIVQ-LCM è una nuova metodologia che automatizza e semplifica il più tradizionale, il processo di dissezione laser user-dipendente. Esso mira a creare un avanzato, la tecnologia della piattaforma dissezione laser rapidamente personalizzabile. In questo rapporto, descriviamo l'integrazione del software di analisi dell'immagine spazialmente invarianti quantizzazione vettoriale (SIVQ) sullo strumento ArcturusXT. Il sistema ArcturusXT contiene sia un infrarossi (IR) e ultravioletti (UV) laser, consentendo cella specifica o grandi dissezioni zona. Lo scopo principale è quello di migliorare la velocità, la precisione e la riproducibilità della dissezione laser per aumentare la produttività del campione. Questo nuovo approccio facilita la microdissezione sia di tessuti umani nella ricerca e flussi di lavoro clinici e animale.
Introduzione
Originariamente sviluppato a metà degli anni 1990, microdissezione laser (LCM) permette all'utente di catturare con precisione le cellule specifiche regioni o cellulari da una sezione di tessuto istologico via visualizzazione microscopica 1, 2. Molti studi confrontando analisi molecolare di LCM contro graffi tessuto illustrano il valore del metodo 3-12. In aggiunta, ci sono tre pubblicazioni protocollo video sulla tecnologia che sono disponibili per la visualizzazione 13, 14. Tuttavia, nonostante il suo valore dimostrato, LCM può essere noioso e laborioso quando il bersaglio di interesse è una popolazione cellulare dispersa in una....
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Protocollo
Il protocollo descritto è stato assunto alle norme NIH sull'uso di campioni di tessuto umano.
1. Tissue Preparazione
- Prima di iniziare, di ottenere campioni di tessuto umani secondo Institutional Review Board (IRB) protocolli.
- Scegliere il tipo di blocco tessuti / cellule e il corrispondente metodo di lavorazione [fissato in formalina e incluso in paraffina (FFPE), congelati, o etanolo-fisso incluso in paraffina (EFPE)]. Fissazione in formalina fornisce istologia ottimale, seguito da etanolo fissazione e flash congelati. Tuttavia, la fissazione e del tessuto metodi di lavorazione possono influenzare il DNA, RNA, e....
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Risultati
Una sezione di tessuto mammario umano FFPE è stato immunostained per citocheratina AE1/AE3 utilizzando un protocollo IHC standard 23. Dopo la colorazione, la diapositiva tessuto è stato posto sul piatto ArcturusXT e il protocollo SIVQ-LCM è stato avviato come descritto sopra. Poiché il tessuto non può essere coprioggetto per microdissezione, le cellule colorate + IHC possono essere difficili da distinguere visivamente (Figura 1A). Così, per fornire una migliore corrispondenza dell'indice .......
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Discussione
Vi presentiamo un protocollo per l'applicazione di SIVQ-LCM per microdissect cellule epiteliali immunostained da FFPE tessuto mammario umano. L'uso di un algoritmo di analisi di immagine, come SIVQ, riduce la quantità di hands-on tempo necessario per il processo di microdissezione. Questo è un avanzamento potenzialmente importante per il campo da tempo e fatica dell'operatore è tipicamente il fattore limitante per la dissezione precisa di cellule di interesse. Nel presente protocollo, abbiamo specificamente .......
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Dichiarazioni
Michael R. Emmert-Buck è un inventore sui brevetti NIH-detenuti che coprono cattura microdissezione laser e riceve pagamenti basati free attraverso il Programma di trasferimento NIH Technology.
Ringraziamenti
Lo studio è stato sostenuto in parte dal programma di ricerca intramurale del National Institutes of Health, National Cancer Institute, Center for Cancer Research.
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Materiali
| Nome | Azienda | Numero di catalogo | Commenti |
|---|---|---|---|
| Vetrini in vetro caricati positivi | Thermo Scientific | 4951Plus-001 | |
| xileni, reagente ACS, ≥ 98,5% xileni + etilbenzene base | Sigma Aldrich | 247642 | ATTENZIONE: SI PREGA DI UTILIZZARE LE CORRETTE PROCEDURE DI SICUREZZA. |
| Alcool etilico, U.S.P. 200 Proof, anidro | The Warner-Graham Company | 6.505E+12 | ATTENZIONE: SI PREGA DI UTILIZZARE ADEGUATE PROCEDURE DI SICUREZZA. |
| Arcturus CapSure Macro LCM Caps | Life Technologies | LCM0211 | |
| ArcturusXT Laser Microdissection Instrument | Life Technologies | Software ARCTURUSXT | |
| AutoScanXT | Life Technologies | Un programma opzionale di analisi delle immagini per il dispositivo di microdissezione laser ArcturusXT. Questo è il software necessario per SIVQ-LCM. | |
| Quantizzazione vettoriale spazialmente invariante (SIVQ) | Università del Michigan | Questa suite di strumenti è disponibile al pubblico per collaborazioni accademiche. Per accedere all'algoritmo SIVQ, si prega di contattare il Dr. Ulysses Balis [Ulysses@med.umich.edu] |
Riferimenti
- Bonner, R. F., et al. Laser capture microdissection: molecular analysis of tissue. Science. 278, 1481-1483 (1997).
- Emmert-Buck, M. R., et al. Laser capture microdissection. Science. 274, 998-1001 (1996).
- Edwards, R. A.
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Ristampe e permessi
