Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing is a method for the preparation of sequencing libraries for DNA methylation analysis based on restriction enzyme digestion combined with cytosine bisulfite conversion. This protocol requires 50 ng of starting material and yields base pair resolution data at GC-rich genomic regions.
מיפוי תבנית המתילציה של הדנ"א הוא למד בכבדות ברקמות בריאות וחולות. מגוון רחב של שיטות הוקמו כדי לחקור את דפוסי מתילציה ציטוזין בתאים. ייצוג מופחת של רצף הגנום כולו bisulfite פותח כדי לזהות דפוסי מתילציה ציטוזין הרזולוציה זוג בסיס הכמותי בלוקוסים הגנומי GC-עשיר. המטרה זו מושגת על ידי שילוב של השימוש באנזים הגבלה ואחרי המרת bisulfite. משופר ייצוג מופחת Bisulfite רצף (ERRBS) מגדיל את הלוקוסים הגנומי רלוונטיים מבחינה ביולוגית המכוסים ומאז משמש לפרופיל מתילציה ציטוזין בDNA מאדם, עכבר ואורגניזמים אחרים. ERRBS יוזם עם עיכול אנזים הגבלה של DNA כדי ליצור שברי משקל מולקולריים נמוכים לשימוש בהכנת ספרייה. שברים אלה נתונים לבניית ספרייה סטנדרטית עבור סידור הדור הבא. המרת Bisulfite של cytosines unmethylated לפני amplificati הסופיבצעד מאפשר רזולוציה בסיס כמותי של רמות מתילציה ציטוזין בלוקוסים הגנומי מכוסים. הפרוטוקול ניתן להשלים בתוך ארבעה ימים. למרות מורכבות נמוכות בשלושת הבסיסים הראשונים רצף, ספריות ERRBS להניב נתונים באיכות גבוהה בעת שימוש בנתיב שליטת רצף מיועד. ניתוח מיפוי וביואינפורמטיקה מתבצע לאחר מכן ונתוני תשואות שניתן לשלב בקלות עם מגוון רחב של פלטפורמות הגנום. ERRBS יכול לנצל כמויות חומר הזנה קטנות שהופך אותו אפשרי על מנת לעבד דגימות קליניות בבני אדם וישימים במגוון רחב של יישומי מחקר. הסרטון שהופק מדגים שלבים קריטיים של פרוטוקול ERRBS.
מתילציה DNA בציטוזין (5-methylcytosine) היא סימן אפיגנטיים קריטי בתאי יונקים עבור מגוון רחב של תהליכים ביולוגיים, כולל אך לא מוגבל להחתמה, איון כרומוזום X, פיתוח, ורגולציה של ביטוי גני 1-8. המחקר של דפוסי מתילציה DNA בממאירים ואחרות הפרעות קבע דפוסים מסוימים מחלה ותרם להבנה של היווצרות מחלה ותגליות סמן ביולוגי פוטנציאליות 9-17. יש פרוטוקולים רבים שחקרו את epigenome למעמד מתילציה DNA. אלה יכולים להיות מחולקים הלמבוססים על זיקה, המבוסס אנזים הגבלה, ומבחנים מבוססי המרת bisulfite לנצל פלטפורמות microarray או רצף במורד הזרם. יתר על כן, יש כמה פרוטוקולים שלגשר קטגוריות הכלליות אלה כוללים, אך לא מוגבלים ל, ניתוח הגבלת Bisulfite משולב 18 וצמצום ייצוג Bisulfite רצף (RRBS 19). </p>
RRBS תואר במקור על ידי et al מייסנר. 19,20. הפרוטוקול הציג צעד להעשיר אזורים הגנומי GC-העשיר ואחריו רצף bisulfite, שהביא לנתונים ברזולוציה בסיס-זוג כמותי שהוא עלות אפקטיבית 21,22. אזורי GC העשיר ממוקדים על ידי אנזים הגבלת MspI (C ^ CGG), ומתילציה ציטוזין נפתרה על ידי המרת bisulfite של cytosines (דיאמינציה של cytosines ללא שינוי לאורציל), ואחריו תגובת השרשרת של פולימראז הגברה (PCR). RRBS כיסה את רוב יזמי גן ואיי CPG בשבריר של הרצף הדרוש לגנום שלם; היה לי עם זאת RRBS כיסוי מוגבל של חופי CPG ואזורים חוץ-אחרים רלוונטיים ביולוגי. כמה קבוצות פרסמו מעודכנות פרוטוקולי RRBS מאז הדוח המקורי שלשפר את המתודולוגיה וכיסוי כתוצאה של אזורים הגנומי אלה 23-25. משופר ייצוג מופחת Bisulfite Sequencing (ERRBS) כולל שינויי ספריית הכנה ויישור נתונים חלופי גישה 26 בהשוואה לRRBS. ERRBS הביא מספר גבוה יותר של CpGs המיוצג בנתונים שנוצרו וגדל כיסוי של כל האזורים הגנומי נחקר 26. שיטה זו נעשתה שימוש כדי לפתור דפוסי מתילציה DNA במטופל אדם ודגימות בעלי חיים אחרים 26-30.
פרוטוקול ERRBS תאר פרטי הצעות על כל צורך להשלמה ולנתונים שנוצרו באמצעות DNA האנושי נציג הצעדים (דגימות נלקחו מדגימות שדווחו בעבר, מזוהה de חולה 31, ודגימת מוח CD34 + עצם מתורם אנושי נורמלי). הפרוטוקול כולל תהליך אוטומטי גודל בחירה, אשר מפחית את זמן עיבוד לדגימה ומאפשר לדיוק מוגבר בבחירת גודל ספרייה. הפרוטוקול משלב סדרה של טכניקות ביולוגיה מולקולריות הוקמו. DNA משקל המולקולרי הגבוה מתעכל wה- i-אנזים הגבלת מתילציה רגישה (MspI) ואחריו הסוף-תיקון, A-עוקב, וקשירה של מתאמים מפוגלים. בחירת גודל של שברי GC-העשיר ואחריו המרה bisulfite והגברת PCR לפני הריצוף. המרת Bisulfite כבר בעבר תיארה 32 וסקירה מפורטת של ניתוח נתונים ויישומים היא מעבר להיקף של מאמר זה, עם זאת המלצות והפניות כלולות לשימושם של הקוראים. הפרוטוקול יכול להתבצע על פני ארבעה ימים, והוא ניתן לקלט קטן (50 ng או פחות) בסכומים מהותיים. הפרוטוקול כנתונים תשואות מתוארות עם כיסוי גבוה לאתר CPG מספיק לא רק לקביעות אתר מתילציה ואזור ההפרש אלא גם לזיהוי פולימורפיזם אפיגנטיים כפי שתואר על ידי לנדן, et al. 33.
נתונים שהוצג בפרוטוקול החלטת תשואות בסיס-זוג מתילציה ציטוזין באזורים הגנומי ביולוגי-רלוונטיים. הפרוטוקול כפי שנכתב הוא מותאם עבור 50 ng של חומר מוצא, לעומת זאת, זה יכול להיות מותאם לטיפול במגוון רחב של חומר הזנה (ng 5 או יותר) 26. זה ידרוש התאמות של חלק מצעדי הפרוטוקול כפי שניתן לראות בטבלה 6. ספריות ERRBS נוחות לסידור הסוף לזווג וכיסוי הגנומי נוסף יכול גם להתבצע על ידי רצף קוראת יותר מ 51 מחזורים. רצף ריבוב יציע פרוטוקול עלות נמוך יותר לדגימה, לעומת זאת, זה יגרום לכיסוי מופחת לאתר CPG המיוצג בנתונים (איור 5 ולוח 8), ולא יניב עומק מספק של כיסוי לביצוע ניתוחים אשר דורשים כיסוי גבוה ל אתר CPG (למשל כפי שתואר על ידי הנדן et al. 33). לבסוף, פרוטוקול זה (או כל protoco מבוסס bisulfiteיב) לא יכול להבחין בין מתיל-ציטוזין וhydroxymethyl-ציטוזין 46,47. עם זאת, הנתונים שנוצרו יכול להיות משולב עם פרוטוקול אחר תוצאות 48,49 להתוות שינויים השונים, ושינויי ציטוזין אחרים דיווחו לאחרונה 50, הם צריכים להיות עניין.
ספריות באיכות גבוהות תופיע כפי שמוצג באיור 3 א-C, וברגע שאסף עבור סידור מניב עקבות כפי שמוצג באיור 3G (זכר אדום) המייצג את התרומות טוחנות שווה משני השברים הספרייה. כישלון הכנת ספרייה יכול לנבוע מכל צעד במהלך ההליך. אם DNA המושפל מעובד זה יגרום לספריות שאינם מועשרים שבברי MspI ומכאן בכיסוי CPG הנמוך באמצעות פרמטרי הרצף המתוארים בפרוטוקול זה. אם אנזים הוא שאינם פונקציונלי או לא נכלל בטעות מאחד מהתגובות, הפרוטוקול לא יניב הספרייה הצפויה. אם המחשבה קשירהction אינו יעיל, המתאמים נמצאים בריכוז גבוה מהצפוי, ו / או ריכוז פריימרים המשמש הוא מגיב להגבלת צעדי ההגברה הסופיות, כישלון ספרייה יכול להתרחש. מתאמים עודפים (נתפסו כפסגות בנ"ב ~ 150 בתוצאות bioanalyzer; איור 3D-F) בספרייה גם תפריע רצף בשל האשכולות חסרי הבחנה של שתי הספרייה ומתאמים עודפים. בעוד ספרייה כזו עשויה רצף כנראה בדרך כלל, חלק משמעותי מקורא יהיו רצפים רק מתאם. אם מתאמים עודפים הם נצפו בספרייה, דרך טובה ביותר הוא לחזור על הכנת הספרייה אם חומר נגיש באמצעות חומר הזנה אופטימלי למתאם יחס כמויות. לבסוף, על מנת להבטיח הגברה PCR יעילה של הספריות, השברים ספרייה הנמוכים וגבוהים נשמרים כדגימות נפרדות ברחבי המרת bisulfite וצעדי העשרת PCR. אם לא יעשה זאת מניבה יעילות ההפרש של הגברה בPתגובת CR של שברים גבוהים יותר ונמוכים יותר (כפי שניתן לראות באיור עקבות כחולות 3G) והפוטנציאל לייצוג שוויוני של הלוקוסים הגנומי בהתאמה מכוסות בכל שבריר ספרייה במהלך רצף. המשתמש יכול לבחור לכלול צעד PCR כמותי מייד לאחר המרת bisulfite לטיטרציה נוספת של מחזורי PCR אופטימליים הנחוצים כדי להגביר את הספריות שנוצרו.
יש פרוטוקול הכנת ספריית ERRBS כמה שלבים עיקריים שבי חומרים כימיים מסוימים מומלצים. בשלב הסוף-תיקון, השימוש בתערובת dNTP ארבעה נוקליאוטידים מאפשרת לקצה תיקון של כל מוצרים שאינו מכילים את הסככה CG, כגון אלה הנובעים מפעילות האנזימטית כוכב MspI ושברי DNA טעון בדגימת DNA המקורית. התוצאה היא ייצוג CPG שיפור בתוצאות. בשלב קשירה זה קריטי להשתמש האנזים ריכוז גבוה (2,000,000 יחידות / מיליליטר) ומתאמים מפוגלים כדי להבטיח שReacti קשירהבהוא יעיל ושמרת bisulfite אינה משפיעה על רצפי המתאם חיוניים ליישור נתונים מדויק. בצעד PCR, באמצעות פולימראז מסוגל הגברת שברי DNA GC-עשיר שטופל bisulfite הוא הכרחי עבור סגוליות גבוהה. לבסוף, כדי להבטיח חיסול מתאמים ופריימרים עודפים, טיהור SPRI חרוז (לדוגמא: Agencourt AMPure XP) מומלצת ולא מבוססים מבחני טור לקשירה ובידודי מוצר ה- PCR.
על מנת להפיק נתונים באיכות גבוהה, חשוב להבטיח המרת bisulfite יעילה. השליטה מוצגת מציעה למשתמש את היכולת לקבוע את יעילות המרה לפני הרצף. כחלופה, DNA שאינו בני אדם כמו למבדה DNA יכול לשמש כבקרה פנימית (ספייק-ב). בשל ההבדלים במין, זה סוג של שליטה יכול להיכלל ישירות ברצף במורד הזרם (למשל כפי שYu, et al. 34). עם זאת, אם אני ספייק-בs מנוצל, זה לא יכול לשמש כדי לקבוע את יעילות המרה לפני רצף ספרייה, אלא אם כן מוגבר באופן ייחודי ועצמאי רצף לפני רצף ספרייה. שיעורי ההמרה נקבעו מבוססים על מעמד מתילציה באתרים לא CPG. זה לא יכול להיות מתאים לשימוש בהקשר של מתילציה ציטוזין הגבוהה שבאינו CPG הקשר (למשל בתאי גזע עובריים) ודוגמאות מקבילות או באמצעים אחרים של הערכה ליעילות המרה יכולה להיות מנוצל למטרה זו.
יש כמה אזהרות לכתובת זו הנן ייחודיות לרצף של ספריות ERRBS. שלושה הבסיסים הראשונים של השברים ספריית רצף כמעט אחיד שאינו אקראי בשל אתר MspI הכרת החתך (C ^ CGG, ראו איור 4, C). תוצאות זה בפוטנציאל לאובדן נתונים משמעותי בשל איכות נמוכה קורא כתוצאה מלוקליזציה אשכול עני למרות צפיפות אשכול גבוהה לכאורה ברצף. כדי להתגבר על המכשול הזה,כולל ספריית מורכבות גבוהה בנתיב עצמאי (שליטת PhiX או סוג ספרייה אחר) כנתיב שליטה ייעודי. יש ספריות מורכבות גבוהות קצוות המכילים ייצוג מאוזן של A, C, T ו- G בארבעת הבסיסים הראשונים רצף. נתיבי בקרה נאותים כוללים ספריות כגון RNA-seq, שבב seq, רצף הגנום כולו, או שליטה המוצעת על ידי היצרן המכונה רצף (למשל PhiX בקרת v3). כאשר יועד כנתיב שליטה לריצת הרצף המתאים, היא יכולה לשמש כבסיס לדור המטריצה המנוצל בארבעת הבסיסים הראשונים של רצף כדי לזהות עמדות אשכול. האיכות גבוהה יותר קוראה נתפסה תעלה את ממוצע הכיסוי לכל אתר על ידי CPG 5.2 (n = 4). לחלופין, קושי טכני זה יכול להיות גם להתגבר באמצעות גישת רצף כהה כפי שתואר קודם לכן 23. קריטריונים לקביעת רצף אחרים בצעו נהלי עבודה לפרוטוקולים של היצרן. לבסוף, הכיסוי לCPG גחוסן לניתוח נתונים ותונחה על ידי המשתמש ובחלקו על ידי השאלות הביולוגיות של עניין. סף כיסוי 10x מאפשר גישת ניתוח כיסוי גבוה, אולם סף זה יכול להיות הוריד צריך שיהיה העניין.
דיון מלא בניתוח נתונים ERRBS הוא מעבר להיקף של מאמר זה, עם זאת, באופן דיפרנציאלי cytosines ואזורים מפוגלים ניתן לקבוע באמצעות כלים קוד פתוח 31,51-53. שיקולי ניתוח נוספים וגישות שתוארו היטב 54,55, והקורא מוזמן לחפש הספרות בכלים המתאימים ביותר לניתוח המתוכנן.
בהשוואה לשיטות אחרות שפורסמו, ERRBS מציע פרוטוקול בן ארבעה ימים שכאשר הופיע כתשואות מתוארות שיעור גבוה של שחזור. שיטה זו הוכחה בהשוואה לזהב הסטנדרטי MassARRAY EpiTYPER 26, הוא חסכוני לנתוני כיסויים גבוהים, וניתן להתאמה לחומר הזנה שונותכמויות (נוחים לסוגי עיבוד מדגם קליני ותאים אחרים של תדירות נמוכה) וגישות רצף. הוא מציע רזולוציה בסיסית-זוג בלוקוסים רלוונטיים מבחינה ביולוגית וניתן להשתמש בו באינטגרטיבית מנתח עם טכניקות אחרות פרופיל גורם הגנום שעתוק מחייב, שיפוץ הכרומטין, סימנים אפיגנטיים ושינויי ציטוזין אחרים בעלי עניין. שימוש בנתוני ERRBS במחקרים מסוג זה יכול לתרום לגישה מולקולרית מקיפה ולאפשר לממדים גבוהים ניתוחים במחקר של מודלים ביולוגיים ומחלות של בני אדם.
The authors have nothing to disclose.
We thank all the authors of the original ERRBS report. We thank Mame Fall for technical assistance. We acknowledge the Weill Cornell Medical College Epigenomics Core for technical services and assistance. The work was supported by a Sass Foundation Judah Folkman Fellowship, an NCI K08CA169055 and ASH-AMFDP12005 to FGB, NIH R01HG006798 and R01NS076465, funding from the Irma T. Hirschl and Monique Weill-Caulier Charitable Trusts and STARR Consortium (I7-A765) to CEM, and an LLS SCORE grant (7006-13) to AMM.
Name of Reagent/ Equipment | Company | Catalog Number | Comments/Description | URL |
MspI | New England Biolabs | R0106M | 100,000 units/ml | https://www.neb.com/products/r0106-mspi |
NEBuffer 2 | New England Biolabs | B7002S | Reaction buffer for MspI enzyme; protocol step 1.2 | https://www.neb.com/products/b7002-nebuffer-2 |
Phenol solution | Sigma-Aldrich | P4557 | Equilibrated with 10 mM Tris HCl, pH 8.0; see safety and handling instructions at http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sigma/p4557 | http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sigma/p4557 |
Chloroform | Sigma-Aldrich | C2432 | See safety and handling instructions at http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sial/c2432 | http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sial/c2432 |
Glycogen | Sigma-Aldrich | G1767 | 19-22 mg/ml | http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sigma/g1767 |
NaOAc | Sigma-Aldrich | S7899 | 3M pH 5.2 | http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sigma/s7899 |
Ethanol | Sigma-Aldrich | E7023 | 200 proof, for molecular biology | http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sial/e7023 |
Buffer EB | Qiagen | 19086 | 10 mM Tris-Cl, pH 8.5 | http://www.qiagen.com/products/catalog/lab-essentials-and-accessories/buffer-eb |
tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris) | Sigma-Aldrich | T1503 | prepare a 1M pH 8.5 solution | http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sigma/t1503 |
Tris- Ethylenediaminetetraacetic acid (TE) | Sigma-Aldrich | T9285 | Dilute to 1X buffer solution per manufacturer's recommendations | http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sigma/t9285 |
T4 DNA Ligase Reaction Buffer | New England Biolabs | B0202S | 10X concentration | https://www.neb.com/products/b0202-t4-dna-ligase-reaction-buffer |
Deoxynucleotide triphosphate (dNTP) Solution Mix | New England Biolabs | N0447L | 10 mM each nucleotide | https://www.neb.com/products/n0447-deoxynucleotide-dntp-solution-mix |
T4 DNA Polymerase | New England Biolabs | M0203L | 3,000 units/ml | https://www.neb.com/products/m0203-t4-dna-polymerase |
DNA Polymerase I, Large (Klenow) Fragment | New England Biolabs | M0210L | 5,000 units/ml | https://www.neb.com/products/m0210-dna-polymerase-i-large-klenow-fragment |
T4 Polynucleotide Kinase | New England Biolabs | M0201L | 10,000 units/ml | https://www.neb.com/products/m0201-t4-polynucleotide-kinase |
QIAquick PCR Purification Kit | Qiagen | 28104 | Used for DNA product purification in protocol step 2.3 | http://www.qiagen.com/products/catalog/sample-technologies/dna-sample-technologies/dna-cleanup/qiaquick-pcr-purification-kit |
2'-deoxyadenosine 5'-triphosphate (dATP) | Promega | U1201 | 100 mM | http://www.promega.com/products/pcr/routine-pcr/deoxynucleotide-triphosphates-_dntps_/ |
Klenow Fragment (3'→5' exo-) | New England Biolabs | M0212L | 5,000 units/ml | https://www.neb.com/products/m0212-klenow-fragment-3-5-exo |
MinElute PCR Purification Kit | Qiagen | 28004 | Used for DNA product purification in protocol step 3.3 | http://www.qiagen.com/products/catalog/sample-technologies/dna-sample-technologies/dna-cleanup/minelute-pcr-purification-kit |
T4 DNA Ligase | New England Biolabs | M0202M | 2,000,000 units/ml | https://www.neb.com/products/m0202-t4-dna-ligase |
Methylation Adapter Oligo Kit | Illumina | ME-100-0010 | ||
Agencourt AMPure XP | Beckman Coulter | A63881 | Used in protocol sections that implement magnetic bead purification steps (steps 4.3 and 8.2). Equilibrate to room temperature before use | https://www.beckmancoulter.com/wsrportal/wsrportal/wsr/research-and-discovery/products-and-services/nucleic-acid-sample-preparation/agencourt-ampure-xp-pcr-purification/index.htm?i=A63882#2/10//0/25/1/0/asc/2/A63882///0/1//0/ |
Pippin Prep Gel Cassettes, 2% Agarose, dye-free | Sage Science | CDF2010 | with internal standards | http://store.sagescience.com/s.nl/it.A/id.1036/.f |
Certified Low Range Ultra Agarose | Bio-Rad | 161-3106 | http://www.bio-rad.com/en-us/sku/161-3106-certified-low-range-ultra-agarose | |
Tris-Borate-EDTA (TBE) buffer | Sigma-Aldrich | T4415 | http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sigma/t4415 | |
Ethidium bromide solution | Sigma-Aldrich | E1510 | 10 mg/ml | http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sigma/e1510 |
50 bp DNA Ladder | NEB | N3236S | https://www.neb.com/products/n3236-50-bp-dna-ladder | |
100 bp DNA Ladder | NEB | N3231S | https://www.neb.com/products/n3231-100-bp-dna-ladder | |
Gel Loading Dye, Orange (6X) | NEB | B7022S | https://www.neb.com/products/b7022-gel-loading-dye-orange-6x | |
Scalpel Blade No. 11 | Fisher Scientific | 3120030 | http://www.fishersci.com/ecomm/servlet/fsproductdetail?position=content&tab=Items&productId=11876776 | |
QIAquick Gel Extraction Kit | Qiagen | 28704 | http://www.qiagen.com/products/catalog/sample-technologies/dna-sample-technologies/dna-cleanup/qiaquick-gel-extraction-kit | |
EZ DNA Methylation Kit | Zymo Research | D5001 | Used in protocol step 6.2 | http://www.zymoresearch.com/epigenetics/dna-methylation/bisulfite-conversion/ez-dna-methylation-kits/ez-dna-methylation-kit |
EZ DNA Methylation-Lightning Kit | Zymo Research | D5030 | Alternative for step 6.2 | http://www.zymoresearch.com/epigenetics/dna-methylation/bisulfite-conversion/ez-dna-methylation-lightning-kit |
Universal Methylated Human DNA Standard | Zymo Research | D5011 | Used as bisulfite conversion control | http://www.zymoresearch.com/epigenetics/dna-methylation/methylated-dna-standards/universal-methylated-human-dna-standard |
FastStart High Fidelity PCR System | Roche | 03553426001 | http://lifescience.roche.com/shop/products/faststart-high-fidelity-pcr-system#tab-0 | |
Qubit dsDNA High Sensitivity Assay Kit | Life Technologies | Q32854 | A fluorescence-based DNA quantitation assay; used in protocol steps 1.1, 9.1 and 10.1 | http://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/Q32854 |
DynaMag-2 Magnet | Life Technologies | 12321D | https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/12321D | |
High Sensitivity DNA Kit | Agilent Technologies | 5067-4626 | http://www.genomics.agilent.com/en/Bioanalyzer-DNA-RNA-Kits/High-Sensitivity-DNA-Analysis-Kits/?cid=AG-PT-105&tabId=AG-PR-1069 | |
2100 Bioanalyzer | Agilent Technologies | http://www.genomics.agilent.com/en/Bioanalyzer-System/2100-Bioanalyzer-Instruments/?cid=AG-PT-106&tabId=AG-PR-1001 | ||
PhiX Control v3 | Illumina | FC-110-3001 | http://www.illumina.com/products/phix_control_v3.ilmn | |
HiSeq 2500 | Illumina | http://www.illumina.com/systems/hiseq_2500_1500.ilmn | ||
Pippin Prep | Sage Science | http://www.sagescience.com/products/pippin-prep/ | ||
Qubit 2.0 Fluorometer | Life Technologies | Q32872 | http://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/Q32872 | |
TruSeq SR Cluster Kit v3-cBot-HS | Illumina | GD-401-3001 | http://www.illumina.com/products/truseq_sr_cluster_kit_v3-cbot-hs.ilmn | |
TruSeq SBS Kit v3-HS | Illumina | FC-401-3002 | http://www.illumina.com/products/truseq_sbs_kit_v3-hs.ilmn | |
TruSeq RNA Sample prep | Illumina | RS-122-2001 | Barcoded adapters used for multiplexing libraries; See Supplemental file for multiplexing protocol | http:/http://www.illumina.com/products/truseq-rna-access-kit.ilmn |
Microcentrifuge | ||||
Vortex Mixer | ||||
Dry Block Heater | ||||
Thermal Cycler | ||||
Water Bath | ||||
Gel electrophoresis system | ||||
Electrophoresis power supply | ||||
Gel doc | ||||
UV or blue light transilluminator |