Swarming motility is influenced by physical and environmental factors. We describe a two-phase protocol and guidelines to circumvent the challenges commonly associated with swarm assay preparation and data collection. A macroscopic imaging technique is employed to obtain detailed information on swarm behavior that is not provided by current analysis techniques.
बैक्टीरियल सतह गतिशीलता, ऐसे रेंगनेवाले के रूप में, आमतौर पर विशिष्ट अगर की सांद्रता और मध्यम विकास में विशिष्ट पोषक तत्वों की कभी कभी शामिल किए जाने की जरूरत है कि थाली assays का उपयोग प्रयोगशाला में जांच की है। इस तरह स्पष्ट मीडिया और सतह के विकास की स्थिति की तैयारी बैक्टीरियल वृद्धि लेकिन पतली तरल फिल्मों के भीतर इन सतहों पर बैक्टीरिया के समन्वित गतिशीलता न सिर्फ अनुमति है कि अनुकूल परिस्थितियों प्रदान करने के लिए कार्य करता है। झुंड की थाली और अन्य सतह गतिशीलता थाली assays के reproducibility एक बड़ी चुनौती हो सकती है। विशेष रूप से केवल 0.4% की अगर पर्वतमाला -0.8% (WT / खंड), बहुत झुंड परख परिणाम को प्रभावित कर सकते प्रोटोकॉल या प्रयोगशाला वातावरण में मामूली बदलाव के भीतर गतिशीलता है कि प्रदर्शन में अधिक "समशीतोष्ण swarmers" के लिए। इन थाली assays के तरल ठोस हवा इंटरफेस में "wettability", या पानी की सामग्री, अक्सर नियंत्रित किया जा करने के लिए एक महत्वपूर्ण चर है। रेंगनेवाले आकलन करने में एक अतिरिक्त चुनौती ओ यों तो कैसे हैकिसी भी दो (या अधिक) के प्रयोगों के बीच bserved मतभेद। यहाँ तैयार करने और छवि झुंड assays के लिए विस्तार से एक बहुमुखी दो चरण प्रोटोकॉल हम। हम आमतौर पर झुंड परख मीडिया तैयारी और इन assays से डेटा की मात्रा का ठहराव के साथ जुड़े चुनौतियों नाकाम करने के लिए दिशा-निर्देशों में शामिल हैं। हम विशेष रूप से समय व्यतीत ऑप्टिकल इमेजिंग सक्षम करने के लिए हरी फ्लोरोसेंट प्रोटीन (GFP), luciferase (लक्स ओपेरोन) जैसे फ्लोरोसेंट या bioluminescent आनुवंशिक संवाददाताओं से व्यक्त कि बैक्टीरिया, या सेलुलर दाग का उपयोग कर हमारे विधि प्रदर्शित करता है। हम आगे ही प्रयोग में रेंगनेवाले प्रजातियों प्रतिस्पर्धा ट्रैक करने के लिए हमारे विधि की क्षमता को प्रदर्शित करता है।
कई बैक्टीरिया आत्म प्रणोदन के विभिन्न साधनों का उपयोग सतहों पर चलते हैं। कुछ गतिशीलता phenotypes के अर्द्ध ठोस थाली परख रचना के साथ जुड़े तरल वातावरण से प्रभावित हैं कि थाली assays का उपयोग प्रयोगशाला में शोध किया जा सकता है। उपयोगी सतह गतिशीलता थाली assays के एक सबसेट आगे एक गैस चरण आम तौर पर कमरे में हवा को शामिल करना। स्थानीय पर्यावरण ठोस सतह, तरल पर्यावरण, और गैस वातावरण गुण: तदनुसार, किसी विशेष सतह गतिशीलता परख के परिणाम, तीन चरणों के इंटरफ़ेस से सावधान नियंत्रण की मांग।
इस तरह के एक तीन चरण परख में सबसे अधिक अध्ययन गतिशीलता मोड रेंगनेवाले के रूप में जाना जाता है। गतिशीलता रेंगनेवाले सतहों एक पर पतली तरल फिल्मों के माध्यम से अपने flagella द्वारा प्रेरित कर रहे हैं कि बैक्टीरियल कोशिकाओं के समन्वित समूह आंदोलन है। यह आमतौर पर 0.4% -0.8% से युक्त अर्द्ध ठोस थाली assays के (WT / खंड) का उपयोग प्रयोगशालाओं में अध्ययन किया है अगर एक। की सरणीमानव रोगज़नक़ों का पता लगाने और मानव मेजबान उपनिवेश स्थापित करने के लिए इस गतिशीलता व्यवहार शोषण। उदाहरण के लिए, प्राणी मिराबिलिस, मूत्रमार्ग को स्थानांतरित करने के लिए गतिशीलता रेंगनेवाले पहुंचने और मूत्राशय और गुर्दे दो बस्तियां उपयोग करता है। रेंगनेवाले गतिशीलता आम तौर पर गठन biofilm लिए एक अग्रदूत साबित कदम, कई मानव रोगज़नक़ों 3 में रोगजनन का प्रमुख कारण माना जाता है।
रेंगनेवाले फेनोटाइप बैक्टीरियल प्रजातियों के बीच अत्यधिक विविध है; प्रयोगात्मक सफलता और reproducibility दृढ़ता से इस तरह दूसरों को 3-5 के बीच में पोषक तत्वों की रचना, अगर प्रकार और संरचना, नसबंदी प्रोटोकॉल (जैसे, वाष्पदावी), अर्द्ध ठोस मीडिया इलाज, और परिवेश नमी (जैसे, मौसमी परिवर्तन), जैसे कारकों पर निर्भर हैं। सतह गतिशीलता प्रतिक्रियाओं की परिवर्तनशीलता इन अध्ययनों और महत्वपूर्ण प्रभाव मीडिया और लागू कर सकते हैं वातावरण में आई चुनौतियों पर जोर दिया। ऐसे स्यूडोमोनास के रूप में कुछ रेंगनेवाले प्रजातियों, रेंगनेवाले चुटकुला लिएमनाया फेनोटाइप और साथ झुंड विस्तार की दर काफी तीन अलग अलग होंगे, हालांकि ility, मीडिया रचनाओं की एक किस्म पर हो सकता है। संयुक्त, इन कारकों सतह गतिशीलता पढ़ाई बेहद चुनौतीपूर्ण बना सकते हैं। एक प्रयोगशाला के भीतर मौसमी परिवर्तनशीलता इन तीन चरण assays के प्रभावित कर सकते हैं: assays के सर्दियों के शुष्क हवा में गर्मियों की नम हवा में बेहतर और बदतर ढंग से काम कर सकते हैं। यहाँ हम सतह गतिशीलता थाली पढ़ाई जब प्रदर्शन सबसे उल्लेखनीय चुनौतियों में से कुछ को नाकाम करने के लिए सामान्य दिशा निर्देशों प्रस्तुत करते हैं।
कुछ सतह गतिशीलता के अध्ययन के लिए, विशिष्ट phenotypes के विकास के महान ब्याज की है। अधिकांश, लेकिन सभी नहीं, प्रकाशित अध्ययन पी के रेंगनेवाले जांच करने के लिए aeruginosa एक टीका केंद्र 3-9 से radiating tendrils या भग्न के गठन दिखा। पी के बीच मतभेद aeruginosa उपभेदों 5,8 प्रलेखित किया गया है, लेकिन उपस्थिति या tendrils के अभाव के बहुत specifi के लिए जिम्मेदार ठहराया जा सकता हैसी मध्यम और प्रोटोकॉल इन झुंड गतिशीलता थाली assays के लिए इस्तेमाल किया। यहाँ हम पी के लिए ज़ुल्फ़ के गठन swarms को बढ़ावा देने के लिए कैसे पर विवरण शामिल aeruginosa। पी क्योंकि aeruginosa अभी कई रेंगनेवाले बैक्टीरिया की है, हम भी बेसिलस subtilis के रेंगनेवाले और Myxococcus ज़ेंथस की ग्लाइडिंग जांच करने के लिए हमारे विधि के लिए विवरण शामिल हैं। पी की तरह aeruginosa, बी पर वर्तमान शोध subtilis और एम ज़ेंथस शोधकर्ताओं के रूप में विषयों की एक सरणी sporulation, गतिशीलता, तनाव प्रतिक्रिया, और संक्रमणकालीन व्यवहार 1,10 के पहलुओं को विचार करने के लिए काम कर रहे हैं पर फैला होता है। रेंगनेवाले समूहों में इन कोशिकाओं के लिए विशिष्ट व्यवहार (एस) के पैटर्न और गतिशीलता यों के लिए एक आवश्यकता है।
भूतल गतिशीलता डाटा अधिग्रहण, विश्लेषण और व्याख्या बोझिल और गुणात्मक हो सकता है। हम क्षेत्र आकृति विज्ञान और एस झुंड के अलावा प्रदान करता है कि बैक्टीरियल swarms की विस्तृत स्थूल विश्लेषण के लिए एक प्रोटोकॉल विकसित किया हैize (जैसे, व्यास), झुंड विस्तार दर और बैक्टीरियल या bioproduct घनत्व वितरण 7 के बारे में मात्रात्मक गतिशील जानकारी। इसके अलावा, इस विधि बैक्टीरियल बातचीत 8 के लिए एक व्यापक दृश्य प्राप्त करने के लिए उपलब्ध फ्लोरोसेंट प्रोटीन, luminescence, और रंगों का लाभ ले सकते हैं, साथ ही एक झुंड भीतर bioproducts के संश्लेषण (जैसे, पी aeruginosa 7,8 rhamnolipid) ट्रैक करने के लिए।
झुंड assays के ऐसे नमी और उपलब्ध पोषक तत्वों के रूप में पर्यावरणीय कारकों, के लिए अत्यधिक संवेदनशील होते हैं के रूप में एक प्रयोगशाला में प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य रेंगनेवाले हासिल करने, चुनौतीपूर्ण हो सकता है। एक सतह गतिशीलता थाली परख का सबसे महत्वपूर्ण पहलू अगर सतह पर नमी है। पहले टीका करने के लिए, झुंड मीडिया गतिशीलता 5 रेंगनेवाले को बाधित करने के रूप में सतह तरल भर में तैराकी से बैक्टीरियल कोशिकाओं को रोकने के लिए पर्याप्त सूखा, लेकिन ऐसा सूखा नहीं होना चाहिए। ऊष्मायन एक पर्याप्त आर्द्र वातावरण में जगह ले जाना चाहिए: बहुत ज्यादा नमी कृत्रिम या artifactual सतह प्रसार करने के लिए नेतृत्व कर सकते हैं, जबकि बहुत कम नमी, ऊष्मायन के दौरान परख बाहर सुखाने में परिणाम कर सकते हैं। एक आर्द्रता नियंत्रित इनक्यूबेटर के हाथ में है, जब तक कि इनक्यूबेटर और प्रयोगशाला आर्द्रता नाटकीय रूप से भिन्न हो सकते हैं। नतीजतन, इनक्यूबेटर के भीतर एक अतिरिक्त पानी जलाशय, एक humidifier, या एक dehumidifier relat रखते हुए सुखाने या अधिक नमी के संचय पर रोकने के लिए आवश्यक हो सकता है80% के पास Ive आर्द्रता। मौसमी नमी परिवर्तन महत्वपूर्ण हैं, तो यह आदर्श नमी बनाए रखने के चुनौतीपूर्ण साबित हो सकता है। यदि यह मामला है, झुंड परख प्रोटोकॉल आर्द्रता में मौसमी बदलाव के लिए खाते में कुछ समायोजन की आवश्यकता होगी। हम झुंड मीडिया सुखाने समय संशोधित मौसमी आर्द्रता में परिवर्तन के लिए समायोजित करने के लिए सबसे आसान तरीका यह है कि मिल गया है। निरंतर नमी की निगरानी, दोनों के अंदर और इनक्यूबेटर के बाहर की सिफारिश की है। इसके अलावा, यह शोधकर्ताओं ने इन assays के reproducibility प्रभावित कर सकता है उनके उपकरणों, इन्क्यूबेटरों, आदि तराजू, तापमान, मात्रा के रूप में मामूली त्रुटियों या मीडिया घटकों की मात्रा जांचना और मान्य की सिफारिश की है।
यह भी परख में इस्तेमाल की थाली के आकार और प्रकार की थाली नमी प्रभावित है, और इस प्रकार रेंगनेवाले कर सकते हैं कि ध्यान दिया जाना चाहिए। वायुरोधी प्लेटें अधिक नमी है, इस प्रकार उत्साहजनक तैराकी गतिशीलता बंद वेंट नहीं है। इसके विपरीत, खुला का सामना करना पड़ा प्लेटें बहुत अधिक नमी से बचने के लिए अनुमति देते हैं। एक पेट्री डिशयह तरल का निर्माण रोकने के लिए पर्याप्त अतिरिक्त नमी बंद vents क्योंकि एक आदर्श वातावरण प्रदान करता है, लेकिन बाहर सुखाने से मीडिया को रोकने के लिए पर्याप्त नमी बरकरार रखती है। इस विधि को उच्च गुणवत्ता इमेजिंग के लिए अनुमति देता है कि एक सतह गतिशीलता परख प्रोटोकॉल का विवरण। अगर मीडिया के 7.5 मिलीलीटर के साथ भर रहे हैं इमेजिंग 60 मिमी व्यास व्यंजनों के लिए स्पष्ट अगर रखने के लिए। विस्तृत इमेजिंग की आवश्यकता नहीं है, तो 20 मिलीलीटर अप करने के लिए संस्करणों भी प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य परिणाम दे सकता है।
रेंगनेवाले गतिशीलता अगर सांद्रता की एक विस्तृत सरणी पर प्राप्त किया जा सकता है, रेंगनेवाले के लिए आवश्यक अगर की इष्टतम रेंज प्रजातियों पर निर्भर करता है। कुल मिलाकर, उच्चतर अगर सांद्रता गतिशीलता रेंगनेवाले रोकना, और फलस्वरूप आवश्यक समय एक छवि तैयार झुंड बढ़ जाती है निर्माण करने के लिए पी। , लेकिन हम इष्टतम रेंगनेवाले एक बहुत संकरा रेंज (0.4-0.5%) में होता है कि लगता है% 1 0.4-0.7 के बीच aeruginosa आम तौर पर अगर सांद्रता पर swarms। ऐसे बी के रूप में दूसरों को, subtilis और एस आंतों का1.5% अगर 10 पर एक 0.6% अगर में झुंड, और विब्रियो parahaemolyticus। आवश्यक अगर एकाग्रता भी अगर के प्रकार और ब्रांड द्वारा निर्धारित किया जाता है। उच्च शुद्धता agars, नोबल अगर पसंद है, दृढ़ता से पी में रेंगनेवाले बढ़ाने 13,14 अगर दानेदार अधिक aeruginosa और पसंद कर रहे हैं। हालांकि, अगर की इन शुद्ध संस्करण भी आटोक्लेव नसबंदी चक्र के दौरान caramelization से ग्रस्त हैं; साधन पर निर्भर करता है, एक छोटा / संशोधित नसबंदी अनुक्रम नोबल अगर का उपयोग कर झुंड मीडिया तैयार करने के लिए आवश्यक हो सकता है (शायद लंबे समय तक गर्मी प्रदर्शन को रोकने के निकास चक्र में परिवर्तन करने के लिए)।
मीडिया रचना भी मनाया झुंड phenotype के तीन में एक भूमिका निभाता है। पी aeruginosa रेंगनेवाले गतिशीलता पढ़ाई आम तौर पर कम से कम पोषक तत्व मीडिया का उपयोग किया जाता है। हम फैब पसंद करते मध्यम 4,8 (सामग्री तालिका), लेकिन इस तरह के M9, पौंड, या इन आम मीडिया को मामूली बदलाव के रूप में अन्य मीडिया,सफलतापूर्वक 9,15,16 इस्तेमाल किया गया है। ज़ुल्फ़ गठन सबसे अच्छा कार्बन स्रोत और casamino एसिड (सीएए) के रूप में ग्लूकोज के साथ पूरक फैब कम से कम मध्यम पर हासिल की है, लेकिन एक अतिरिक्त नाइट्रोजन स्रोत (यानी, (एनएच 4) 2 अतः 4) 6,13 बिना। ज़ुल्फ़ गठन या आकृति विज्ञान के अध्ययन का मुख्य फोकस नहीं है, तो फैब कम से कम मध्यम (सामग्री तालिका, तालिका 1) विशिष्ट कार्बन स्रोतों और / या अतिरिक्त पोषक तत्वों के प्रभाव में विस्तार से अध्ययन किया जा सकता है, ताकि CAA से रहित सिफारिश की है। ऐसे बी के रूप में अन्य प्रजातियों, subtilis (यहाँ प्रस्तुत), पौंड और दानेदार अगर पर रेंगनेवाले में सक्षम बहुमुखी swarmers, कर रहे हैं। इन प्रजातियों में एक पूर्ण झुंड विकसित करने के लिए केवल ~ 10 घंटा की आवश्यकता होती है, आसानी से झुंड। इस व्रत रेंगनेवाले दर संभावित मुश्किल झुंड की प्रगति निम्नलिखित बनाता है, लेकिन हमारे प्रोटोकॉल बहुत संभव पर नज़र रखने के लिए इस तरह बना देता है। झुंड समय चूक इमेजिंग प्रदर्शन करने की क्षमता एक substan प्रदान करता हैTiAl विशेष रूप से इस तरह के शौकीन चावला swarmers से, झुंड डाटा अधिग्रहण में आसानी।
हम निष्पादन और बैक्टीरियल सतह गतिशीलता अनुसंधान के reproducibility बढ़ाने के उद्देश्य से एक मजबूत, व्यापक, दो चरण प्रोटोकॉल और दिशा निर्देशों को लागू करने और मुख्य रूप से कशाभ की मध्यस्थता रेंगनेवाले जांच करने के लिए महत्वपूर्ण पहलुओं पर जोर दिया है। इस झुंड परख प्रोटोकॉल के भीतर और अनुसंधान समूहों के बीच अधिक से अधिक स्थिरता और reproducibility के लिए प्रदान करने के लिए मीडिया संरचना और सतह गतिशीलता प्लेटों की हैंडलिंग के महत्वपूर्ण पहलुओं का विवरण। यह अलग शोध अध्ययनों के बीच तुलना के आधार में सुधार होगा। इसके अलावा, प्रस्तुत दृष्टिकोण और प्रोटोकॉल जैसे कारकों अपने काम और उदाहरण के लिए, अगर में छोटे परिवर्तन को प्रभावित कैसे 4,5 रेंगनेवाले (संभव समाधान उपलब्ध कराने को प्रभावित पता है कि शोधकर्ताओं बनाकर पर्यावरण बदलाव के लिए रेंगनेवाले और सतह गतिशीलता पर शोध कम अतिसंवेदनशील बनाने के लिए साधन प्रदान करता है )। इसके अलावा, प्रोटोकॉल के लिए प्रदान कीपहले से unquantifiable थे कि बैक्टीरियल सतह विकास के कई विशेषताओं को मापने के लिए एक अवसर प्रदान करता है, रेंगनेवाले के macroscopic पहलुओं यों।
हम इस प्रोटोकॉल के विकास में सभी सतह गतिशील बैक्टीरिया की जांच नहीं की है। जैसे, यह प्रोटोकॉल संशोधनों यहाँ प्रस्तुत नहीं प्रजातियों के लिए आवश्यक हो जाएगा कि उम्मीद है। इस प्रोटोकॉल की दक्षता में कार्यरत उपकरण और सामग्री के निहित सीमाओं के द्वारा ही सीमित है। तापमान नियंत्रण उपकरणों की सुविधा नहीं है क्योंकि उदाहरण के लिए, तापमान संबंधित अध्ययन, के रूप में अभी तक Bruker इमेजिंग स्टेशन के साथ संभव नहीं हैं। इसके अलावा, (rhamnolipids दाग ऐसे नील लाल के रूप में) रंगों के उपयोग की गतिज और एकाग्रता सीमाओं 8 हो सकता है। इस तकनीक को दृढ़ता से प्रोसेसिंग और डिजिटल छवियों के विश्लेषण पर निर्भर करता है; डेटा विश्लेषण के सुधार स्वचालन (जैसे, अतिरिक्त मैक्रो ImageJ में स्क्रिप्ट समारोह का उपयोग) के विश्लेषण के लिए आवश्यक समय को कम करेगाऔर डेटा की उपयोगिता का विस्तार करें। अंत में, इमेजिंग प्रोटोकॉल की मजबूती की वजह से, भविष्य के अनुप्रयोगों पर्यावरण और रोगजनक बैक्टीरिया द्वारा उपनिवेश सतहों के लिए और अधिक प्रासंगिक हैं कि कम वर्दी विकास सतहों की जांच करने के लिए इस तकनीक के विस्तार के उद्देश्य होना चाहिए।
The authors have nothing to disclose.
(; एमए और जेडीएस को R01GM100470 और 1R01GM095959-01A1) और एनआईएच अनुदान # UL1 TR000006 द्वारा वित्त पोषित में भाग इंडियाना नैदानिक और translational विज्ञान संस्थान से एक कोर सुविधा अनुदान (; इस काम के लिए आंशिक समर्थन स्वास्थ्य के राष्ट्रीय संस्थान द्वारा प्रदान किया गया था करने के लिए जेडीएस)।
Materials table | ||||
Company | Catalog Number | Amount | Comments | |
Reagentsa: | ||||
FAB Minimal Media: | Prepare every ~4 weeks. Top to 1 L with nanopure H2O. | |||
(NH4)2SO4 | Sigma | A4418 | 2 g | Not used in P. aeruginosa tendril formation studies. |
Na2HPO4 x 7H2O | Sigma-Aldrich | S9390 | 9 g | |
KH2PO4 | Sigma | P5655 | 3 g | |
NaCl | BDH | BDH8014 | 3 g | |
MgCl2 x 6H2O solution (198 g/L) | Fisher Scientific | M33 | 1 ml | |
CaCl2 x 2H2O solution (14 g/L) | Fisher Scientific | C79 | 1 ml | |
Trace metal solution (see below) | n/a | n/a | 1 ml | |
Trace Metal Solution: | Top to 1 L with nanopure H2O. Maintain in a glass bottle, stirring and covered with foil. | |||
CaSO4 x 2H2O | Sigma-Aldrich | 255548 | 200 mg | |
MnSO4 x H2O | Sigma-Aldrich | M7634 | 20 mg | |
CuSO4 x 5H2O | Fisher Scientific | C493 | 20 mg | |
ZnSO4 x 7H2O | Sigma-Aldrich | Z4750 | 20 mg | |
CoSO4 x 7H2O | Sigma-Aldrich | C6768 | 10 mg | |
NaMoO4 x 2H2O | Sigma | S6646 | 10 mg | |
H3BO3 | Fisher Scientific | A74 | 5 mg | |
FeSO4 x 7H2O | Sigma-Aldrich | F7002 | 200 mg | |
CTT Media: | Prepare as needed. Top to 100 ml with nanopure H2O. | |||
Tris-HCl, 1 M solution (adjust to pH 8.0) | Amresco | 0234 | 1 ml | Prepare a 1 M stock solution in nano pure H2O. Adjust pH to 8.0 and filter sterilize (0.2 μm pore). |
K2HPO4, 1 M solution (adjust to pH 7.6) | Sigma-Aldrich | P3786 | 0.1 ml | Prepare a 1 M stock solution in nano pure H2O. Adjust pH to 7.6 and filter sterilize (0.2 μm pore). |
MgSO4 solution | Fisher Scientific | M65 | 0.8 ml | Prepare a 1 M stock solution in nano pure H2O. Filter sterilize (0.2 μm pore). |
Casitone | BD Diagnostics | 225930 | 1 g | |
Additional Reagents: | ||||
LB Broth, Lennox | BD Diagnostics | 240230 | 2 % (wt/vol) | |
D-(+)-Glucose | Sigma-Aldrich | G5767 | 30 mM for overnight broth cultures; 12 mM for swarm media | Prepare a 1.2 M filter sterilized stock solution in nano pure H2O. Add to media after autoclaving. |
Casamino acids (CAA) | Amresco | J851 | 0.10 % (wt/vol) | Recommended for P. aeruginosa tendril formation studies. Add to media prior to autoclaving. |
Agar, Noble | Sigma-Aldrich | A5431 | 0.45 % (wt/vol) | Preferred Noble agar for P. aeruginosa surface motility studies. Add to media prior to autoclaving. |
Agar, Noble | Affymetrix | 10907 | 1.50 % (wt/vol) | Used in M. xanthus surface motility studies. Not recommended for P. aeruginosa motility studies. Add to media prior to autoclaving. |
Agar, Granulated | Fisher Scientific | BP1423 | 0.60 % (wt/vol) | |
Higgins Waterproof Black India Ink | Higgins | HIG44201 | 0.50 % (vol/vol) | Mix ink with inoculum to test swarm media surface moisture. |
SYTO® 64 Red Fluorescent Nucleic Acid Stain | Invitrogen | S-11346 | Use 4 μl (for P. aeruginosa) or 8 µl (for M. xanthus) of SYTO® 64 per 100 ml of molten agar (added after autoclaving). | |
Relevant Materials and Equipment: | ||||
Petri dish, sterile, 150 mm x 15 mm (Dia.x H) | VWR | 25384-326 | ||
Petri dish, sterile, 100 mm x 15 mm (Dia.x H) | VWR | 25384-342 | ||
Petri dish, sterile, 60 mm x 15 mm (Dia.x H) | VWR | 25384-092 | ||
In-Vivo Xtream | Bruker | Use for the macroscopic imaging of surface motility studies. http://www.bruker.com/products/preclinical-imaging/opticalx-ray-imaging/in-vivo-xtreme/overview.html | ||
Bruker MI software | Bruker | http://www.bruker.com/fileadmin/user_upload/8-PDF-Docs/PreclinicalImaging/Brochures/MI-software-brochure.pdf | ||
ImageJ software | NIH | http://imagej.nih.gov/ij/ | ||
aSee MSDS of reagents for handeling and disposal information. |