Summary
이 연구는 지하 수문, 지구 화학 및 토양 모형 매립의 미생물 학적 이질성을 조사하기위한 굴착 방법을 제시한다. 모형 매립은 균일 한 상태에서 처음이었고, 18 개월 기간에 관개의 팔 사이클을 통해 물을 약 5,000mm에 실시한 인공 hillslope을 시뮬레이션합니다.
Introduction
토양과 풍경 역학은 물리, 화학 물질의 복잡한 상호 작용 및 생물학적 과정 (1)에 의해 형성된다. 물 흐름, 화학적 풍화 및 생물학적 활성은 안정된 생태계 2,3에 풍경의 전반적인 개발을 형성. 표면 변화가 풍경 (4)의 가장 눈에 띄는 기능, 수문, 지구 화학의 이해 누적 효과 및 미생물 학적 프로세스가 지하 영역에있는 동안 풍경이 모양 기본 힘을 이해하는 데 매우 중요합니다. 미래 기후 교란 시나리오는 더 풍경의 진화 (5)의 예측 및 패턴을 혼동. 이는 따라서 프리 스케일 (6) 상에 자신의 대규모 발현을 소규모 공정을 연결하는 도전된다. 전통적인 단기 실험실 실험 또는 일을 캡처 짧은 가을을 강제 알 수없는 초기 조건과 시간 변수와 자연 경관의 실험풍경 진화의 전자 고유의 이질성. 또한 의한 강한 비선형 결합, 이종 시스템 7 수문 모델링로부터 생화학 변화를 예측하는 것은 곤란하다. 여기, 우리는 알려진 초기 조건을 완벽하게 제어 및 모니터링 토양 hillslope을 발굴 할 수있는 새로운 실험 방법을 설명합니다. 우리의 발굴 및 샘플링 절차는 하이드로 생물 지구 화학적 상호 작용과 토양의 형성 과정에 미치는 영향을 조사하기 위해 포괄적 인 데이터 집합을 제공하는 것을 목표로, 길이와 깊이를 따라 hillslope의 개발 이질성을 캡처 대상으로합니다.
자연에서 발견 수문 시스템은 공간 및 시간 스케일 (3)의 넓은 범위에 걸쳐 일어나는 수문 응답의 변화, 시간의 정적 인 거리가 멀다. 풍경을 따라 흐름 경로의 공간 구조는 속도, 범위 및 드라이브 화학적 반응과 생물학적 식민지의 분포를 결정한다풍화, 전송 및 용질 및 퇴적물의 침전, 토양 구조의 발전. 따라서, 이론과 수문 예측을 문학적 과정을 평가하고 개선하기위한 실험 설계에 소아 학, 지구 물리학, 생태학에서 지식을 통합은 8,9를 제안하고있다. 가로 진화는 물 역학, 토양 개발 과정 원소 마이그레이션과 함께 미네랄 공기, 물 표면 미생물 (10)의 반응에 의해 초래 광물 변환에 의해 지하 생지 화학적 과정에 의해 영향을받습니다. 결과적으로, 진화하는 풍경 내에서 화학적 핫스팟의 개발을 연구하는 것이 중요하다. 또한, 복잡한 프리 개발의 역학을 이해하기 위해 초기 토양 형성시 수문 프로세스 및 미생물에 화학적 풍화 서명 패턴과 관련된 중요하다. 토양 기원의 특정 프로세스의 적용을받습니다특정 모재에 대한 기후, 생물 입력, 구호 및 시간의 결합 된 영향에 의해. 이 실험 조건 곳에서 (기울기 깊이 포함) 기복과 관련된 수문 및 화학적 변형에 의해 지배 모재의 풍화의 불균질성 및 환경 구배 (즉, 산화 환원 전위)에 의해 구동되는 미생물의 활동에 관련된 다양성을 해결하기 위해 설계되었다 부모 소재, 기후와 시간은 일정하게 유지된다. 미생물의 활동과 관련하여, 토양 미생물은 중요한 구성 요소이며 풍경의 안정성 (11)에 지대한 영향을 미친다. 이들은 토양 구조, 영양 생화학 순환하고 식물의 성장에 중요한 역할을한다. 따라서, 동시에 수문 흐름 경로와의 화학적 상호 우리의 효과를 확인하면서, 풍화 드라이버 토양 기원 및 프리 형성 공정 이들 유기체의 의미를 이해하는 것이 필요하다미생물 군집 구조 및 다양성에 athering. 이것은 누구의 수문 및 지구 화학적 특성 병렬로 연구되고있다 진화하는 풍경을 통해 미생물 군집의 다양성의 공간 이질성을 연구함으로써 달성 될 수있다.
여기서 우리는 바이오 스피어 2 (애리조나 대학)에 수납 된 풍경 진화 전망대 (LEO)의 대규모 제로 순서 유역 모델을 모방하기 위해 디자인 된 토양 모형 매립, 운영 체제라는 miniLEO의 발굴 절차를 제시한다. miniLEO 누적 이종 하이드로 생물 지구 화학 공정에서 발생하는 작은 규모의 풍경 진화 패턴을 파악하기 위해 개발되었다. 그것은 모형 매립 길이 2 m, 폭 0.5 m, 높이 1 m, 10 °의 경사 (그림 1)입니다. 또한 모형 매립의 벽은 절연 및 비 생분해 두 파트 에폭시 프라이머 및 잠재적 오염이나 용출을 방지하는 전체 충전 지방족 우레탄 코팅으로 코팅토양에 모형 매립 프레임에서 금속. 모형 매립 북부 애리조나 메리 엄 분화구와 관련된 후기 홍적세 테프라의 보증금에서 추출 짓 눌린 현무암 바위로 가득 차 있었다. 로드 된 현무암 재료는 더 큰 LEO 실험에서 사용되는 물질과 동일했다. 미네랄 성분, 입자 크기 분포, 및 유압 특성은 Pangle 등. (12)에 의해 설명되어 있습니다. 다운 슬로프 누출 얼굴이 뚫린 플라스틱 화면 (0.002-m 직경의 구멍, 14 % 다공성) 늘어서 있었다. 이 시스템은 물 테이블의 높이를 결정하기 위해 수분 함량 및 온도 센서가 물 전위 센서의 두 종류, 토양 수분 샘플러 유압 중량 밸런스, 도전성 프로브, 및 압력 센서와 같은 센서가 장착되어있다. 모형 매립은 발굴에 앞서 18 개월입니다 관개했다.
발굴은 접근 방식에 세심한이었고, 두 가지 질문에 대답을 목표로했다 : (1) 수문 무엇 화학적 및 미생물 서명 모의 강우 조건에 대하여 슬로프의 길이 및 깊이에 걸쳐 관찰 될 수있다 (2) hillslope 발생하는 하이드로 생물 화학적 프로세스 간의 관계 및 되먹임이 추론 될 수 있는지 개별 서명. 실험 설정 및 발굴 과정과 함께, 우리는 결합 된 지구 시스템 역학 및 / 또는 토양 개발 프로세스를 공부에 관심이 연구자 비슷한 발굴 프로토콜을 적용하는 방법에 대한 대표적인 데이터 및 제안을 제시한다.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
1. 모형 매립의 체계적이고 포괄적 인 샘플링을 확인하기 위해 샘플링 매트릭스를 고안
- 고정 길이, 폭, 깊이의 복셀로 모형 매립 나눈다.
- 좌표계 유클리드 공간을 사용하여 등 간격의 적절한 수에 각 방향 (X, Y 및 Z)을 따른 전체 거리를 나눈다. 경계 효과를 피하기 위해 모형 매립의 벽 근처에있는 토양을 폐기 고려한다.
주 : 수집 된 토양의 부피가 충분하다는 것을 보장하면서 4 개의 벽을 따라 5cm의 버퍼는, 경계 효과를 피하기 위해 본 실험에 채용된다. - 각 샘플에 고유 한 XYZ 위치를 지정하고 복셀로 식별합니다.
주 : Z 경사면의 깊이를 따라 위치를 나타내고,이 상태에서 굴착, X는 슬로프의 폭을 따라 위치를 나타내고,는 Y는 경사면의 길이를 따라 위치를 나타낸다. 각각의 차원 내에서 간격의 크기는 복셀의 폭, 길이 및 깊이를 결정한다. F를igure 2는 XYZ 시스템을위한 선택 원산지와 함께 간격 간격을 결정 후 모형 매립의 분할을 보여줍니다. 현재 굴착 방식의 사업부는 10cm X 20cm X 10cm 크기 (그림 3)의 324 복셀의 총 생산, 모두 Y 및 Z 방향을 따라 9 간격과 X 방향을 따라 4 간격이있다.
주 : 선택된 샘플링 전략은 시스템 전체에 균일하게 센서가 최소한의 손상으로 샘플링되는 것을 보장한다. 각 복셀 (1-2cm)의 경계는 이웃 복셀에서 교차 오염을 제한하기 위해 삭제됩니다. 또한, 복셀의 크기는 충분한 토양 재료는 각 복셀의 미생물 학적, 지구 화학적 및 수문 샘플 수집에 사용할 수 있도록.
- 좌표계 유클리드 공간을 사용하여 등 간격의 적절한 수에 각 방향 (X, Y 및 Z)을 따른 전체 거리를 나눈다. 경계 효과를 피하기 위해 모형 매립의 벽 근처에있는 토양을 폐기 고려한다.
모형 매립 그림 1. 사이드보기. 삼출 FA에서 모형 매립보기가전. 또한 볼 수는 네 모서리의 기울기와 스프링클러 시스템에 따라 3 개의 센서 영역 (흰색 PVC 튜브)입니다.
Y가 20cm에 길이를 분할하는 동안 그림 2. 샘플링 계획. XYZ. 답 X 차원에 따른 모형 매립의 샘플링 방식은 4 섹션 10cm의 각각에 폭을 분할한다. B에 Z 치수는 깊이를 표시하고 9 층으로 분할되었다 10cm 깊이의. 모든 모형 매립의 가장자리를 따라 5cm의 경계가 잠재적 경계 효과를 나타낼 수 샘플 수집을 방지하기 위해 확인되었다. 이 파일을 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.
그림 3. 3 D복셀의 imensional 표현입니다. 모형 매립의 XYZ 평면을 따라 복셀의 시각적 개략적. 전체 기울기가 하나의 샘플링 장치를 묘사 각 복셀로, 324 등의 복셀로 분할되었다. 이 파일을 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.
2. 경사에서 트랙 물 침투에 브릴리언트 블루 FCF 염료를 추가
- Y 방향을 따라 상부면의 105cm를 커버하기에 충분한 토양의 표면에 브릴리언트 블루 염색을 적용한다. 플라스틱 시트와 나머지 땅을 커버.
- 검은 현무암 토양에 대한 대비를 보장하기 위해 농도 (여기 10g / L)을 선택합니다. 관개 시스템 탱크에 염료를 추가하고 원하는 농도로 물과 희석.
- 침투 앞의 원하는 깊이 및 관개 시스템에 의해 공급되는 속도에 기초하여, 수리의 지속 시간을 결정한다.
참고 :이 연구를 들면, 내가20 분 (그림 4) 사전 발굴을위한 30mm / hr의 rrigation 속도는 처음 몇 센티미터 동안 물 침투의 이종 패턴을 식별하기 위해 충분한 것으로 간주됩니다. - 염료 신청 후, 침투 중지하고 모형 매립 내 수분 상태는 평형을위한 시간을 제공합니다. 이 연구를 위해, 염료 응용 프로그램과 발굴 사이에 10 시간 (야간)의 기간은 적절했다.
복셀 3. 분계선
- 복셀 경계 동안 안내 원위치 참조 시스템을 제공하기 위해 경사면의 길이를 따라 측정 테이프 부착.
- 측정 테이프의 도움으로 각 토양 복셀의 크기를 표시합니다. 알루미늄 블레이드 방패와 플라스틱 퍼티 나이프 (그림 4)를 사용하여 각 층에 대한 그리드 선을 그립니다. 경계 재료 (각 벽에서 5cm 경계 효과를 방지하기 위해) 폐기하십시오.
모형 매립 그림 4. 상위 뷰.이보기는 층 (2)의 염색 표면 (10cm 깊이)을 보여줍니다. 샘플링을 돕기 위해 토양 표면에 그려진 그리드는 미생물 시료 채취 후, 각 복셀에서 코어 홀 영역들과 함께, 또한 표시된다.
4. 미생물 샘플 컬렉션
- 각 복셀의 사전 문학과 화학적으로 무균 미생물 샘플을 수집 샘플의 교차 오염을 방지하기 위해 분석한다. 새 장갑이 사람의 피부에서 오염을 줄이기 위해 발굴을 수행하는 모든 회원이 착용되어 있는지 확인합니다.
- 1cm 직경 20cm의 높이 및 미생물 학적 샘플 수집을위한 얇은 주걱의 토양 corer를 사용합니다. 의 corer과 증류수로 주걱을 청소 깨끗한 물티슈로 닦아 건조 및 75 % 에탄올 스프레이 병을 사용하여 씻어. 공기 건조에 corer과 주걱을 허용합니다.
- 참고 C각 샘플의 ollection 시간. 사전 멸균 비닐 봉지 (그림 5)에 토양 샘플을 비우 각 복셀 위치에서 10cm의 깊이, 그리고 주걱으로 코어에 corer를 사용합니다. 샘플을 증착 직전에 가방을 열고주의하십시오. 손으로 샘플 파우치 균질화.
- 샘플링 동안 얼음 쿨러의 샘플 가방을 보관하고, C의 냉동고 °에 -80 가능한 한 빨리 전송할 수 있습니다.
그림 5. 미생물학 샘플 수집. 20cm X 1cm, 멸균 가방, 주걱의 작은 휴대용 corer는 미생물 샘플링 동안 여기에 표시됩니다. 이 파일을 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.
5. 지구 화학 및 수 문학 샘플 컬렉션
- X와 Y (PL)의 사진 염색 지역염료가 관찰 깊이에 대한 발굴 동안 anes. 색상 관찰 (그림 6)에 대한 참조를 제공하기 위해 컬러 카드를 사용하십시오. 적절한 자연 채광을 확인 올바르게 색상 강도를 문서화 존재한다.
- 측정을 시작하기 전에 매일 휴대용 형광 X 선 분석 장치 (pXRF)를 보정한다. 교정 및 측정 자세한 내용은 제조업체의 지침 (13) (그림 7)을 참조하십시오. 간단히, 홀더에 기기를 배치하고 공장 금속 구슬에 직접 빔 창을 가리 킵니다. '칼'을 선택하고 보정이 완료 될 수 있도록 30 초 동안 기다립니다.
- 모든 측정을 복용하기 전에 빔 창을 청소합니다. 세 개의 서로 다른 위치에서 삼중 각 복셀의 표면을 측정한다. 토양 표면에 pXRF 수단을 배치하고, 측정이 완료 될 수 있도록 90 초 동안 기다린다.
주 : X 선 빔의 방향으로 긴 거리를 관통 할 수있다. 따라서, ensu오직 숙련 된 기술자가 장비를 처리하고 적절한 안전 프로토콜을 유지 재.
- 모든 측정을 복용하기 전에 빔 창을 청소합니다. 세 개의 서로 다른 위치에서 삼중 각 복셀의 표면을 측정한다. 토양 표면에 pXRF 수단을 배치하고, 측정이 완료 될 수 있도록 90 초 동안 기다린다.
그림 6. 색상 카드 침투 염색 따르십시오. 눈에 보이는 염료 침투와 각각의 위치는 기준이되는 색 카드와 함께 촬영했다. 이 파일을 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.
그림 7. 휴대용 X-ray 형광 분광계. 휴대용 pXRF는 복셀의 표면에 위치. 측정은 각 복셀의 표면에 세 가지 사항을 기록하고 평균화 하였다.
- 청소 금속 코어 (높이 = 3 cm, 직경. = 5.7 cm) 및 폴리 카보네이트 공동입술 (높이 = 6 cm, 직경. = 5.7 cm) 벌크 밀도 (BD) 원하는 복셀, 각각 (그림 8)의 유압 전도도 측정 (수능)합니다.
- 수직 센서 또는 센서 배선이 손상되지 않도록주의하면서 원하는 복셀에 금속 코어와 폴리 카보네이트 코어 (수직 수능)을 삽입합니다. 부드럽게 토양 교란을 최소화하기 위해 코어와 해머 사이의 나무 블록과 같은 평평한 표면을 사용하여주의하면서 토양에 코어 망치질함으로써 이것을한다. 코어가 토양에 반 일단 부가 상기 제 1 코어의 상부에 제 2 코어를 배치했다. 제 2 코어의 상단에있는 나무 블록을 배치하고, 제 1 코어가 계속 표시 핵심 테두리와 토양에 포함 될 때까지 조심스럽게 블록을 망치.
- 복셀의 측면 순차적 발굴과 함께 열릴 때 수평 수능을위한 코어를 삽입합니다. 압축을 최소화하기 위해 단계 5.4에서 언급 한 바와 같이 나무 블록과 제 2 코어를 사용합니다.
- 복셀 않도록주의하십시오지구 화학적 샘플 수집하기 전에 경계와 인접 복셀에서 격리 샘플링된다. 코어가 용이하게 제거 될 수있을 때까지 표지 화학적 (GC) 샘플 백에 금속 또는 폴리 프로필렌 코어 주변 토양의 샘플을 수집하기 위해 휴대용 흙손 다음에이 목적을 위해 플라스틱 퍼티 나이프를 사용하여 (예를 들면,도 9a, b).
도 8 벌크 밀도 및 수리 전도도 코어. 폴리 프로필렌 코어 (왼쪽)의 금속 코어 (오른쪽) 벌크 밀도 샘플을 수집하기 위해 사용되는 동안 수직 및 수평 수리 전도도 샘플을 수집 하였다.
그림 9. 복셀 경계. 플라스틱 퍼티 나이프는 분리 (A)에 사용되었다(B) 지구 화학, 벌크 밀도 및 수리 전도도 코어 컬렉션에 앞서 복셀의 경계. 이 파일을 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.
- , 금속 코어를 제거 양쪽 끝에서 여분의 재료를 브러시 및 표시 BD 샘플 가방에 코어에서 샘플을 전송합니다. 시료와 각 샘플 백을 달아 총 중량을 기록한다.
- 폴리 프로필렌 코어를 제거합니다. 빨간색 플라스틱 캡 양쪽을 커버하고 "V"와 샘플 ID 다음에 "H"와 같은 수평 폴리 프로필렌 핵심으로 수직 폴리 프로필렌 코어 레이블을 붙입니다.
- 다음 복셀로 교차 오염을 방지하기 위해 네 가지 측면에서 토양의 센티미터 몇 뒤에 남겨두고 GC 샘플 가방에 복셀에서 남은 재료를 수집합니다.
- 한 층의 복셀의 나머지 단계에서 5.9-5.1를 반복합니다.
- 일단 하나의 층에서 모든 복셀이되었습니다완료, 후속 층에 5.10에 3.2 단계를 반복합니다.
참고 : 5.1 필요한 단계 만 볼 수 염료가 복셀 수행합니다. 각 복셀에서 수집 한 모든 샘플을 강조 복셀의 대표도를 시각화하기 위해 그림 10을 참조하십시오.
그림 10. 대표 복셀. 빨간 줄이 핵심 미생물학 샘플 수집 나타냅니다 점선은 녹색 점선은 수평 유압 전도도 코어를 나타내고, 노란색 점선 수직 유압 전도도 코어를 나타내고, 보라색 점선은 벌크 밀도 코어 및 파란색 타원형의 경계를 나타냅니다 복셀에서 샘플을 남아있는 화학적 분석에 사용되는 나타냅니다. 이 파일을 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오. </ P>
6. 샘플 분석
- 미생물 수집을 사용하여 샘플 분자 (토양 미생물 DNA 추출) 14 배양 (종속 영양 플레이트 카운트) 15 분석을 분석합니다. 정량적 중합 효소 연쇄 반응 (qPCR에) (16), 및 높은 처리량 유전자 시퀀싱 실험 (17, 18)에 대한 추출 된 DNA를 사용합니다.
- 화학적 수집을 사용하여 샘플의 pH (US EPA 방법 150.2), 전기 전도도 (EC) (US EPA 방법 120.1), 탄소와 질소 함량 (US EPA 방법 415.3, 요소 (19)의 연속 추출 등의 화학적 특성의 다수를 측정하는 분석 및 X 선 회절 (XRD)와 스탠포드 방사광 연구소의 사양에 따라, 확장 된 X 선 흡수 미세 구조 (EXAFS) 분광법, 미네랄 변형을 조사하기 위해.
- 벌크 밀도 20 실험실 실험에 대한 수문 분석을 위해 수집 코어 샘플을 사용하여유압 전도도 21.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
복셀의 크기는 수 문학, 지구 화학적 및 미생물 학적 측정을위한 샘플 수집을 보장. 발굴 과정은 미생물 분석을위한 324 코어, 972 pXRF 데이터 포인트, 324 지구 화학적 샘플 가방, 180 수능 샘플 (세로 128, 52 수평), 311 벌크 밀도 샘플을 얻었다. 브릴리언트 블루 염색 우선적 흐름은 표면 아래로 30cm 깊이까지 관찰 하였다. 모형 매립의 단일 수직 조각 81 샘플의 대표적인 세트는 예비 분석을 위해 선택되었다. Y 및 Z의 복셀은 0-8에서 원거리 동안 선택된 샘플은 슬로프에 X = 2 위치에서 있었다. DNA 농도, 부피 밀도 및 pXRF의 Fe (철) 및 Mn (망간) 측정에서 예비 결과는 2-D 플롯 (그림 11)에 isopleth 히트 맵 여기에 표시됩니다.
벌크 밀도 측정 예비 분석 (
미생물 DNA는 대표적인 코어로부터 추출 하였다. 회수 된 DNA의 농도가 불균일 하였다 건조 토양의 30 겨 / g의 높은을 검출 한계 이하 것들이었다. 최고 평균 농도편도 ANOVA이 계층에서 상당히 높은 농도를 보여주는 층 Z = 3 (20-30cm)에서 지역화 된 (P = 0.013, α = 0.05). (모형 매립의 길이를 따라 1백60~1백80cm 나타내는 삼출 얼굴 영역) Y 스케일 Y = 8 따라 평균 농도의 최대 값을 기록했다. 그러나, 일방향 ANOVA는 길이 방향 (α = 0.05)으로 유의하지 않았다. 층 Z = 6 (50-60cm)에서 단일 복셀은 레이어 Z 평균 = 6이 낮은 DNA 농도를했다하더라도 높은 농도를 기록했다. 다른 지역의 대부분은 2-10 NG / 토양 g (도 11B)의 범위 내에서 농도를 기록 하였다. 따라서 미생물의 존재는 슬로프의 길이를 따라보다 모형 매립의 깊이에서 더 이질적인 것으로 나타납니다. 예비 분석에서, 층 Z = 3 이상 미생물의 존재를 지시 하였다. 간헐적 유산소 - 무산소 포켓 잠재적 인 산화 환원 경계 영역이 존재에 도움이되는 환경 조건을 산출,이 레이어에 있는지 그것은 가능성이 높습니다모두 통성 호기성 및 혐기성 미생물의. DNA의 복구 패턴은 깊은 층의 높고 낮은 농도의 패치를 보였다. 비교적 높은 농도가 일시적으로 가능성으로 인해이 지역의 입자의 증착, 발가락 슬로프에서 관찰되었다. 검출 한계 이하의 농도로 DNA 영역은 연구중인 시스템이 높은 빈 영양 사실에 기인 할 수있는 낮은 매스 주머니를 보여준다. 전체 미생물 군집의 명확한 이해는 qPCR에의 세균, 고세균의 정량 및 곰팡이 인구 및 높은 처리량 유전자 염기 서열 분석을 포함하여 추가 실험을 달성 할 것입니다.
정성 총 원소 철과 망간 농도는 유사한 패턴을 보였다 (11 C 피규어와 D 각각). 두 요소의 경우, 높은 농도 중순 경사, 발가락 사면의 표면에 관찰되었다. 티그의 가능성 소자 용해 상부 경사면에 발생하는 것을 의미한다. 용존 이온과 미세 입자는 잠재적으로 경사면 아래로 흘러 낮은 슬로프에서 침전 또는 예금 할 수 있습니다. 그러나, 철의 농도는 망간의 농도보다 큰 변화를 나타내었다. Mn을 1.12에서 밀리그램 kg 1.28였다 동안 철은 80-94 mg을 kg -1에서 원거리 -1. 모재는 일반적으로 균질하기 때문에, 복셀마다의 Fe 농도의 큰 변화는 공기와 물과의 Fe 반응 풍화 동원 및 보조상의 석출에 기인한다. 높은 바이오 매스 값에 의해 제안으로 전체 사면에 걸쳐 표면에서 관찰 낮은 DNA 농도는 보조 미네랄 축적과 상관 관계 수있는 하위 계층과 누출 얼굴에서 관찰 된 높은 바이오 매스 패치 반면 주요 광물 (현무암)을 활용하는 chemoautotrophs의 낮은 성능을 나타낼 수있다 (Z = 3, Y = 8) 증가 된 벌크 밀도 및 Mn의 농도에 상당한다. 이패턴은 독립 영양 미생물에 의해 이차 광물 (예를 들어, 철 수산화물)의 잠재적 인 침전을 제안한다. 미생물 다양성의 미래 프로파일이 추가로 관찰 된 관계를 명료하게됩니다. 사실, 문학은 풍화에 의한 감소 기판 미생물 (22) 대사 및 성장 입력으로 작용하여, 빈 영양 테프라 현무암 미디어에 제한 미생물의 성장을보고합니다. 중간 경사 구간의 중간 계층에서 관찰 높은 원소 응답은 또한이 영역에서 환원 경계의 형성을 반영 할 수있다.
11. 두 차원 isopleth 히트 맵 그림. (A) 벌크 밀도 벌크. 밀도 값이 105 ° C에서 48 시간 동안 건조 오븐을 요리 계량 알루미늄 샘플을 전사에 의해 얻어졌다. 샘플 수집이 페이지 아니었다 경우 빈에 남아있는 세포는 복셀을 나타냅니다센서들의 존재 및 공간 부족 벌크 밀도 코어를 수용하기 때문 ossible. (B) DNA 농도. 미생물 코어의 토양 2g을 미생물 DNA, 각 복셀의 대표를 추출 서브 샘플링 하였다. (C) 원소 Fe 및 (D를 ) 원소는 Mn이.의 Fe 및 Mn의 원소 분석을 위해, 81 개의 샘플에 대한 pXRF 데이터를 3 회 반복 측정 하였다. 각 복셀의 각 요소의 평균을 계산하고 그려졌다. 이 파일을 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
가로 진화는 문학, 화학적 및 생물학적 과정 (12)의 누적 효과입니다. 이러한 프로세스는 풍경을 진화의 흐름과 물과 요소의 수송 및 생지 화학적 반응을 제어 할 수 있습니다. 그러나, 상호 작용을 캡처하는 동시에 정밀하게 조정 된 실험 설계 및 표본 추출이 필요합니다. 또한, 초기 풍경 진화를 연구하는 것은 "시간 제로"상태를 식별하기 위해 제한된 기능으로, 자연 시스템에 어렵다. 문학 관개 및 발굴의 필드 기반의 접근 방식은 그레이엄 등. (24)와 앤더슨 등에 의해보고되는 동안 식물의 뿌리 밀도 (23)을 측정하기 위해 실시 된 한 파괴적인 모형 매립 연구를보고합니다. (25) 그러나, 연구 것도 문학 공부하는 방법을 포함하지 시뮬레이션 풍경 -geochemical - 미생물 학적 이질성. 본 연구의 주요 구성 요소는 확인했다 그 규모 웨스턴 오스트 레일 리아실험과 선택된 규모의 이질성을 보장하기 위해 선택 샘플링 절차에 대해 정의의 효율적 체포됐다. 지구 시스템 프로세스를 공부하고 문학 (26), 지구 화학 (27), 및 미생물학 (28)의 각 분야의 연구자들에 의해 지적 된 경우 규모의 문제는 특히 중요하다. 본 연구에 제시된 방법은 동시에 개별 연구 질문 형태의 프로토콜을 수정할 수있는 유연성을 제공하면서, 우리의 연구의 중요한 질문 하이드로 geochem-미생물 처리의 범위를 연구 대상으로한다.
우리의 예비 대표적인 결과는 균일 시작 환경이 이질적인 특성을 개발하는 것이 좋습니다. 벌크 밀도의 결과로 인해 t 내의 흐름 프로세스 미립자의 축적의 결과를 나타낼 수있는 침투면에 가까운 깊은 계층에서 더 높은 값을 갖는 영역의 존재를 표시그 모형 매립뿐만 아니라 습윤 토양의 중량 중첩으로 인한 압축. 이 두 가설은 추가 매개 변수를 조사하여 설명 될 수 있습니다. 예를 들어, 복셀의 입자 크기 분석을 수행함으로써, 거친 입자에 비해 미세한의 실제 비율을 얻을 수있다. 예비 전체의 Fe 및 Mn 농도는 굴착 전에 모형 매립 여러 물주기를인가하는 결과로서 원소 용해 및 재 침전의 발생을 나타낸다. 이러한 결과는 두 가지 방법으로 설명 될 수있다 : (1) 물 Fe 및 Mn이 풍부한 점토 미세한 크기의 입자를,으로 전위가이 실제 움직임 화학보다 더 중요한 것으로 간주 (하부 경사면 (29)에 축적 될 수 경사 아래 반응); (2) 물은 철과 망간 등의 미세 입자와 수용성 추적 이온을 용해, 낮은 기울기에 침전 (이 시나리오는 화학 반응이 주 원동력이다 가정). 다하기 위해 원소의 불안정성 메커니즘 onfirm 더 많은 증거가 필요하다. DNA의 농도 측정은 모형 매립 미생물 생명의 불균일 분포를 확인한다. 현무암 hillslope의 저 영양 상태에도 불구하고, 수명이 미생물의 존재를 검출하는 능력이 빈 영양 조건 하에서 미생물 군체 가능 나타낸다. 이 발견은 관련된 가설을 해결하기 위해 필요 현무암 호스팅 미생물 지역 사회와 화산 토양 (30), 바다의 바닥 (31), 열대 유역 각 복셀에 존재하는 미생물 다양성의 32 허점 분석 등 다양한 환경에서 동시 생물학적 매개 풍화의 보고서와 일치 프로세스를 풍화에 미생물의 잠재적 기여. 우리의 샘플 및 결과의 완전한 분석하면, 우리는 초기 가로 진화하는 동안 발생하는, 수문 화학적 및 미생물 학적 상호 작용을 해석 할 수있을 것이다.
ntent는 ">이 문서에 제시된 방법은 더 많은 단계의 제안보다는 문학과 생지 화학적 상호 작용을 탐구하는 토양 모형 매립을 발굴하기위한 엄격한 방식이다. 일부 단계가 더 많거나 적은 연구의 목적에 따라 관련 될 수있다. 그것은이다 또한 발굴을 수행하는 데 필요한 시간을 중요한 강조합니다. 우리의 발굴 작업의 일부 일 동안 1 또는 2 다른 사람의 최종 또한 모든 시간에서 3 명으로 구성된 팀이 필요합니다. 발굴 매일 작업으로 10 일 동안 지속 시간 제약이 고려 될 때 신중 의도 단계를 선택 그러므로. 8 ~ 10 시간 사이에 이르는 시간은 매우 중요하다. 또한, 프로토콜에서 설명한 일부 단계. 중에 요구되는 굴착 조사 질문의 성공에 중요 염료 응용 프로그램, 특별한주의가 흠없는 남아 표시 한 영역 leaki에서 염료를 방지하기 위해 제대로 적용되도록주의해야한다흠없는 영역으로 ng를. 복셀 사이즈의 양호한 추정이 실험의 성공에 중요하다. 복셀 크기는 시료 채취의 규모를 결정 복셀 큰 수가 복셀 적은 개수 및 거친 샘플 해상도 반대로 신중 각 복셀 굴착에 소요 시간이 증가의 비용으로 미세 샘플 해상도를 의미한다. 휴대용 trowels 및 플라스틱 퍼티 나이프를 사용하여 샘플의 교차 오염을 방지하는 미생물 학적 및 지구 화학적 샘플 수집 및 분석을 위해 모두도 중요하다.프로토콜 수정의 수많은 연구 질문을 기반으로 수행 될 수있다. 첫째, 규모의 질문에 언급, 하나는 준마 규모 여기 또는 선택 설명 프로토콜보다 미세한입니다 표본 추출 방법을 개발하기 위해 선택할 수 있습니다; 그러나이 실험을 위해 선택된 규모는 우리가 상당한 물리적, 화학적 및 hillslope 생물학적 이질성을 캡처 한 것을 확인합니다. 이 choicES 연구 질문 요청 받고에 기초 할 필요는 hillslope 또는 모형 매립의 크기로 구성 될 수 있고, 물류 분석을 수행 할 수있다. 둘째, 이러한 많은 미니 lysimeters은 토양 개발 프로세스를 연구하도록 설정할 수 있습니다. 같은 부모 물질을 가지고 있지만 경사, 강수, 온도 등에 대해 다르게 취급된다 사면 경사지에 다양한 침전 정권, 또는 토양 프로파일의 개발을받을 때 예를 들어, 연구자들은 서로 다른 토양 재료의 풍화를보고 할 수 있습니다 또한, 연구 기간은 시간적으로 각 모형 매립의 파괴적인 발굴 다음에 동일한 lysimeters을 구성 할 수 있습니다 연구 질문과 연구에 따라 변경 될 수 있습니다.
셋째, 식물은 수문 흐름 경로, 화학적 풍화 및 미생물 지역 사회 개발에 식물 성장의 효과를 연구하기 위해 도입 될 수있다.
또한, 다시대신 발달 단계에 초점을 맞추고의 기존 프로세스와 풍경의 기능을 공부하고자하는 수색자는 자연 속에서 토양 모노리스에 우리의 방법을 적용 할 수 있습니다. 전통적인 토양 장착 절차가 관심 명확하게 정의 된 영역으로 모노리스의 분할 한 후, 토양 모노리스를 얻었다 수있다. 이 방법은 필드에서의 강렬한 lysimeters 파괴 샘플링을 수행과 관련된 한계를 극복 할 수있다. 다음 유사한 방식으로 발굴 할 수 선택된 섹션은 기둥에 특정 문학, 화학적 및 미생물 학적 특성을 관찰합니다.
이 방법의 한계는 센서 근처에 위치했다 복셀에서 모든 샘플 세트를 얻을 수있다. hillslope의 일부 지역에서 미리 내장 된 센서는 수문 샘플 수집을 방지. 또한 인해 센서들의 존재, 이러한 위치에서 일부 샘플을 우선 유로의 영향을 부정폐기되었다. 또한, 굴삭이 상 사이 3 일 간격으로 10 일간에 걸쳐 두 단계로 수행 하였다. 치료가 굴삭 상 사이의 노출 된 표면을 덮도록 촬영할 때 노출 된 층은 잠재적으로 인해 변화 증기압 산화 조건 변경된 미생물 활성을 나타낼 수있다. 이 길이의 발굴 따라서 차례로 추가 시간에 민감한 변화를 소개 할 수 있습니다 시간 소모입니다.
, 수문 지구 화학적 및 미생물 학적 과정에 의해 영향으로 가로 이질성을 캡처 도전이다. 각각 이러한 공정의 상승 효과는 복잡 화합물. 이 규모와 강도에서 발표 시뮬레이션 풍경의 발굴은 소설이다. 두 샘플의 무결성을 손상시키지 않고, 수문 지구 화학적 및 미생물 학적 샘플 수집을 조정하는 기능은 다양한 분야의를 수행하기위한 훌륭한 방법을 제공합니다지구 시스템 프로세스의 tudies. 설명 된 기술하여 다른 실험적인 디자인의 구현을 허용, 여러 연구 질문을 수용, 단순 반복하고 유연합니다. 이 방법의 미래 결과는 잠재적으로 지구 시스템 역학의 복잡한 질문에 대한 답변을 이론적 프레임 워크와 풍경 진화의 모델을 개발 포함 할 수있다.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Measuring tape | Any | Any | Preventing cross-contamination of samples is crucial. Therefore, it is helpful to have multiple putty knives to isolate voxel boundary. |
| Brilliant Blue dye | Waldeck GmBH &Co | B0770 | Rulers can be used to draw grids. The sampling strategy can be modified based on individual experiments. |
| Soil Corer | AMS | 56975 | Any commercially manufactured Brilliant Blue dye can be used. |
| 75% Ethanol | Any | Any | A Nikon D90 camera and 50 mm lens were used for photography. Any high resolution camera and lens can be used for this purpose. |
| Spray Bottle | Any | Any | Use of dye and color card is subjective to individual experiments and/or research questions. |
| Spatula | Any | Any | Gardening gloves may be used if handling of corer becomes tedious. |
| Gloves | Any | Any | Ensure microbiology samples are kept in ice during sampling and frozen as soon as possible. |
| KimWipes | KimTech Science | Any | Water can be used to wash soil corer, prior to sanitizing with ethanol. |
| Sterile Sample bags | Fisher Scientific | Whirl-Pak 4 OZ. 24 OZ | Keep buckets and dustpans handy to facilitate removal of waste soil. |
| Color Card | Any | Any | The original design of miniLEO has various sensors embedded in the lysimeter. Such sensors may or may not be necessary based on the scope of individual experimental design. |
| X-ray Fluoresce Spectrophotmeter | XRF, OLYMPUS | DS-2000 Delta XRF | |
| Polypropylene cores | Any | Any | |
| Metal cores | Any | Any | |
| Caps for polypropylene cores | Any | Any | |
| Hammer | Any | Any | |
| Plastic putty knives | Any | Any | |
| Face masks | Any | Any |
References
- Brady, N. C., Weil, R. R. The nature and properties of soils. , Pearson Prentice Hall. (2008).
- Chorover, J., Kretzschmar, R., Garica-Pichel, F., Sparks, D. L. Soil biogeochemicial processes within the critical zone. Elements. 3, 321-326 (2007).
- Troch, P. A., et al. Catchment coevolution: A useful framework for improving predictions of hydrological change? Water Resour. Res. 6, 1-20 (2015).
- Sharp, R. P. Landscape evolution (A Review). Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 79, 4477-4486 (1982).
- Temme, A. Predicting the effect of changing climate on landscapes with computer based landscape evolution models. Key Concepts in Geomorphology. Montgomery, D. R., Bierman, P. R. , Macmillan Publishers Limited. http://serc.carleton.edu/vignettes/collection/37800.html (2013).
- Troch, P. A., et al. Dealing with Landscape Heterogeneity in Watershed Hydrology: A Review of Recent Progress toward New Hydrological Theory. Geogr. Compass. 3, 375-392 (2009).
- Wang, Y., et al. Dissecting the Hydrobiogeochemical Box. in Am. Geophys. Union Fall Meet. , (2015).
- Lin, H., et al. Hydropedology: Synergistic integration of pedology and hydrology. Water Resour. Res. 42 (5), W05301 (2006).
- Band, L. E., et al. Ecohydrological flow networks in the subsurface. Ecohydrology. 7, 1073-1078 (2014).
- Churchman, G. j, Lowe, D. Handbook of Soil Science Properties and Process. 1, CRC Press,Taylor & Francis. (2012).
- van der Heijden, M. G. A., Bardgett, R. D., van Straalen, N. M. The unseen majority: soil microbes as drivers of plant diversity and productivity in terrestrial ecosystems. Ecol. Lett. 11 (3), 296-310 (2008).
- Pangle, L. a, et al. The Landscape Evolution Observatory: A large-scale controllable infrastructure to study coupled Earth-surface processes. Geomorphology. 244, 190-203 (2015).
- User Manual: Delta Famiy Handheld XRF Analyzers. , Innov-X-Systems. http://usenvironmental.com/download/manuals/Olympus%20-%20Delta%20User%20Manual.pdf (2013).
- Valentìn-Vargas, A., Root, R. A., Neilson, J. W., Chorover, J., Maier, R. M. Environmental factors influencing the structural dynamics of soil microbial communities during assisted phytostabilization of acid-generating mine tailings: A mesocosm experiment. Sci Total Environ. 500-501, 314-324 (2014).
- JoVE Science Education Database. Essentials of Environmental Microbiology. Culturing and Enumerating Bacteria from Soil Samples. , JoVE. Cambridge, MA. (2016).
- JoVE Science Education Database. Essentials of Environmental Microbiology: Quantifying Environmental Microorganisms and Viruses Using qPCR. , JoVE. Cambridge, MA. (2016).
- Sengupta, A., Dick, W. A. Bacterial community diversity in soil under two tillage practices as determined by pyrosequencing. Microb. Ecol. 70, 853-859 (2015).
- Caporaso, J. G., et al. Correspondence - QIIME allows analysis of high- throughput community sequencing data. Nat. Publ. Gr. 7, 335-336 (2010).
- Hall, G. E. M., Vaive, J. E., Beer, R., Hoashi, M. Selective leaches revisited, with emphasis on the amorphous Fe oxyhydroxide phase extraction. J. Geochemical Explor. 56, 59-78 (1996).
- Grossman, R. B., Reinsch, T. G. Bulk density and linear extensibility. Methods of Soil Analysis. Part 4-Physical Methods. Dane, J. H., Topp, G. C. , Soil Science Society of America Book Series No. 5. ASA and SSSA. Madison, WI. 201-228 (2002).
- Reynolds, W. D., Elrick, D. E., Youngs, E. G., Amoozegar, A., Bootlink, H. W. G., Bouma, J. Saturated and field-saturated water flow parameters. Methods of Soil Analysis, Part 4-Physical Methods. Dane, J. H., Topp, G. C. , SSSA. Madison, WI. 802-816 (2002).
- King, G. M. Contributions of atmospheric CO and hydrogen uptake to microbial dynamics on recent Hawaiian volcanic deposits. Appl. Environ. Microbiol. 69 (7), 4067-4075 (2003).
- Meyer, W. S., Barrs, H. D. Roots in irrigated clay soils: Measurement techniques and responses to rootzone conditions. Irrig. Sci. 12 (3), 125-134 (1991).
- Graham, C. B., Woods, R. A., McDonnell, J. J. Hillslope threshold response to rainfall: (1) A field based forensic approach. J. Hydrol. 393 (1-2), 65-76 (2010).
- Anderson, A. E., Weiler, M., Alila, Y., Hudson, R. O. Dye staining and excavation of a lateral preferential flow network. Hydrol. Earth Syst. Sci. Discuss. 5 (2), 1043-1065 (2008).
- Gleeson, T., Paszkowski, D. Perceptions of scale in hydrology: what do you mean by regional scale? Hydrol. Sci. J. 00, 1-9 (2013).
- Molins, S., Trebotich, D., Steefel, C. I., Shen, C. An investigation of the effect of pore scale flow on average geochemical reaction rates using direct numerical simulation. Water Resour. Res. 48, W03527 (2012).
- Fierer, N., Lennon, J. T. The generation and maintenance of diversity in microbial communities. Am. J. Bot. 98 (3), 439-448 (2011).
- Niu, G. Y., Pasetto, D., Scudeler, C., Paniconi, C., Putti, M., Troch, P. A. Analysis of an extreme rainfall-runoff event at the Landscape Evolution Observatory by means of a three-dimensional physically-based hydrologic model. Hydrol. Earth Syst. Sci. Discuss. 10, 12615-12641 (2013).
- Marteinsson, V., et al. Microbial colonization in diverse surface soil types in Surtsey and diversity analysis of its subsurface microbiota. Biogeosciences. 12, 1191-1203 (2015).
- Orcutt, B. N., Sylvan, J. B., Rogers, D. R., Delaney, J., Lee, R. W., Girguis, P. R. Carbon fixation by basalt-hosted microbial communities. Front. Microbiol. 6, 00904 (2015).
- Wu, L., Jacobson, A. D., Chen, H. C., Hausner, M. Characterization of elemental release during microbe-basalt interactions at T=28°C. Geochim. Cosmochim. Acta. 71, 2224-2239 (2007).
