Waiting
Login processing...

Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove
Click here for the English version

Bioengineering

Baculum diseksiyonu, mikroBT Tarama ve Morfometrik Analizleri

Published: March 19, 2017 doi: 10.3791/55342

Summary

Birçok biyolojik yapılar zor, modern morfometrik yöntemleri uygulamak için yapım, kolayca tanımlanabilir yerlerinden yoksundur. İşte biz boyutunu ölçmek ve varyasyonu şekillendirmek için kullanılan yarı işaretlerini belirlemek için hesaplama yöntemleri takip diseksiyon ve MikroBT'lerin tarama dahil fare baculum (penis bir kemik), çalışma yöntemleri göstermektedir.

Abstract

Modern Morfometri boyutu ve şekli varyasyonu ölçmek için güçlü bir yöntem sağlar. Bir temel gereksinimi yerlerinden tanımlayan koordinatların bir listesi; ancak bu tür koordinatlar örneklerin arasında homolog yapılar temsil etmelidir. Birçok biyolojik nesneler homoloji varsayımı karşılamak için kolayca tespit yerlerinden oluşan ederken, birçok tür yapıları yoksundur. Bir potansiyel çözüm örneklerinin arasında aynı morfolojik bölgeyi temsil bir nesne üzerinde yer yarı işaretlerini matematiksel olarak etmektir. Burada, matematiksel fare baculum (penis kemiği) yarı-işaretlerini tanımlamak için yeni geliştirilmiş bir boru hattı göstermektedir. Bizim yöntemler nesnelerin geniş bir geçerli olmalıdır.

Introduction

Morfometrik alan boyutu ve biyolojik formunun biçimine, bilimsel araştırma, 1, 2, 3, 4, 5, 6 temel bir adım ölçmek için yöntemler çeşitlilik bulunmaktadır. Geleneksel olarak, boyut ve şekil istatistiksel analizi, bir biyolojik yapısına işaretlerini belirlenmesi ve daha sonra, bir çok değişkenli çerçevesinde analiz edilebilir, doğrusal uzaklık, açı ve oranları ölçülerek başlar. Landmark tabanlı Geometrik Morfometri analizi ve görselleştirme 5 üzerinden veri toplama geometrik bilgiler koruyarak yerlerinden uzaysal konumunu koruyan bir yaklaşımdır. Genelleştirilmiş Procrust Analizi (GPA) m numuneler arasında bir uyum üretmek için konum, ölçek ve yerlerinden rotasyon farklılıkları ortadan kaldırmak için uygulanabilironların kare farklılıkları inimizes - ne kalır şekil farklılık 7'dir.

Herhangi bir morfometrik analizi önemli bir kavram benzerliği veya bir güvenilir örneklerin ya da yapılar arasında uygun biyolojik olarak anlamlı ve ayrık özellikler gösteren yerler belirleyebilir fikirdir. Örneğin, insan kafatasları morfometrik analizleri etkinleştirebilirsiniz homolog süreçleri, foraminanın, sütürler ve kanalları var. Ne yazık ki, karşılık gelen noktalara tanımlanması düz yüzeyler veya eğri 8, 9, 10, özellikle de, bir çok biyolojik yapılar arasında zordur.

Biz hesaplamalı geometri kullanarak aşağıda bu sorunu yaklaşım. genel iş akışı hepsi bu böylece nokta bulutu noktaları bir bulut olarak temsil edilebilir nesnenin üç boyutlu tarama oluşturmak ve sonra döndürmek ve dönüştürmektirpecimens ortak bir koordinat sistemi üzerinde odaklı. Sonra matematiksel nesnenin belirli bölgelerde yarı-işaretlerini tanımlar. Bu tür bölgelere yerleştirilen ayrık yarı görülecek 11 biyolojik keyfi vardır. Keyfi yerleştirilen görülecek biyolojik homolog olmayabilir çünkü not ortalamasına ve sonraki istatistiksel analizler yürütülmesi istenmeyen eserler 8, 12 üretebilir. Bu nedenle, biz bu yarı-görülecek matematiksel "slayt" için izin verir. Bu prosedür, yapılar arasında potansiyel farkı en aza indirir. Başka bir yerde açıklandığı gibi burada kullanılan kayar algoritması yoksun içindeki anatomik bölge ölçmek için uygun olan, kolayca görülecek 3, 6, 8, 10, 11, 12 karşılık gelen tespit edilmiştir. Bu yöntemler kendi li varmitations 13 fakat farklı bir boyut ve şekle sahip nesnelere uyarlanabilir olmalıdır.

Burada, bu yöntemin fare baculum 14 son çalışmada uygulanan nasıl göstermek, kazanmış ve memeli evrimi 15 sırasında birden çok bağımsız kez kesildi penis bir kemik. Diseksiyon ve belirli bir kemik hazırlanmasını baculum (Protokol 1), MikroBT'lerin görüntülerin üretimi (Protokol 2) ve tüm alt hesaplama geometri sağlayan bir biçime, bu görüntülerin dönüşüm ele (Protokoller 3 ve 4). ~ 100K xyz koordinatları bu adımlardan sonra, her numune temsil edilir. Biz o zaman etkili bir şekilde ortak yönelim içine tüm örnekler (Protokol 5) hizalamak dönüşümün bir dizi yürümek, sonra hizalanmış numunelerden yarı işaretlerini (Protokol 6) tanımlar. Protokoller 1-4 bakılmaksızın nesne analiz edilen benzer olmalıdır. Protokol 5 ve Protokol 6 SPE vardırkabinini bir baculum için tasarlanmış, ancak bu adımları ayrıntılı tarafından, araştırmacılar kendi ilgi nesnesi için uygun olacağını değişiklikler hayal edebiliyorum bizim umudumuz. Örneğin, bu yöntemlerin değişiklikler balina pelvik kemikleri ve kaburga kemikleri 16 çalışma uygulandı.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Protocol

Tüm prosedürler ve personel Hayvan Bakımı ve Kullanımı Komitesi Güney Kaliforniya Enstitüsü Üniversitesi (IACUC), protokol # 11394 tarafından onaylanmıştır.

1. baculum Diseksiyon ve Hazırlık

  1. İlgili Kurumsal Hayvan Bakım ve Kullanım Komitesi (IACUC) tarafından belirlenen protokollere göre, aşırı maruz kalma karbondioksit yoluyla cinsel olgun erkek fare Euthanize.
  2. yatar pozisyonda hayvan Lay ve başparmak prepusyal açılması yanal ile basınç uygulayarak penis uzatmak.
  3. Penis uzamış sonra, mümkün olduğu kadar üstderi ile doku genişletmek.
  4. makasla, baculum bulunduğu peniste penil vücut proksimal kesti.
  5. 1.7 ml tüp disseke penis aktarın ve 200 ul musluk suyunu ekleyin. Penis tamamen sıvıya olduğundan emin olun.
  6. 3-5 gün için 50 ° C sıcaklıkta su içinde doku inkübe edin.
  7. Açık bir kap ile, yeni bir mikrosantrifüj tüpü içine parçalara baculum yerleştirin. Açık O kap bırakın / N kemik kurumaya.

2. mikroBT Tarama

  1. çiçekçi köpük bir silindir oluşturmak için çiçekçi köpük tuğla içine MikroBT'lerin tarama silindirik tutucu basın.
  2. çiçekçi köpük silindir Özü ve 2-5 cm kalınlığında ~ dilimleri kesti.
  3. tarama sırasında girişimi en aza indirmek için tek bir dilimin çevresi etrafında, çiçekçi bir köpük halinde kurutuldu bacula itin. Kemiklerin kesin oryantasyon Protokolde 4 bireysel örneklerin uygun şekilde tanımlanması için izin söylediği edilmelidir.
  4. Yavaşça MikroBT'lerin tutucu içine gömülü kemikler dilimler yerleştirin.
  5. MikroBT'lerin taramaları kazanır. Fare Bacula 14 halinde

3. mikroBT İşleme: Tek .xyz Dosyaya bir .DCM Stack dönüştürme

NOT: Her MikroBT'lerin taraması .DCM destesini, ya da "DICOM", nesnesi üzerinden alınan görüntü dilimleri temsil eden dosyalar oluşturur. x, y, ve her bir pikselin z koordinatlarını ve -5.000 (siyah) dan +5,000 arasında değişen pikselin yoğunluğu, - tüm alt hesaplamalı geometri dört sütun içeren bir metin dosyası sadece olan düz .xyz dosyaları gerektirir (beyaz). 3000 üzerinde bir piksel eşik genellikle kemikleri tanımlamak için bir eşik olarak çalışır.

  1. Install Python (www.python.org) ve PYTHON modülleri KOMUTLARI, DICOM, PyLab, SYS ve numpy.
  2. Aç "01_process_dicom.py "herhangi bir metin editörü ile {Figshare}. Gerekirse Değişkenler bölümünde, değişim yolunda, piksel eşikleri ve dizin adları altında.
  3. "Python 01_process_dicom.py" çalıştırın. İlerleme ekrana basılacaktır. Adım 3.2 adlı her dizin içinde, yeni bir dosya adı imal edilmektedir; örneğin, PT3000 piksel eşiğini gösterir directory_name.PT3000.xyz aşama 3.2'de gösterilen.

4. mikroBT işleme: segmentlere-out Bireysel Numune Files .xyz

  1. Kütüphane RGL'nin ile Ar (https://www.r-project.org/) yükleyin.
  2. herhangi bir metin editörü ile dosya '02_segment_dicoms.r' {Figshare} açın. Değişkenler bölümünde, yukarıda Protokolde 3 oluşturulan .xyz dosyaya işaret yolu adını değiştirin.
  3. R içinden, (çift tırnak işaretleri olmadan) komutu "kaynak ( '02_segment_dicoms.r')" çalıştırın.
  4. Protokol 3'te oluşturulan .xyz dosyasının üç boyutlu görüntü sonra görünür numbe giringenel .xyz dosyasında örneklerin R. Sonra etiket ve kaydırma ve yakınlaştırma işlevleri kullanarak her örnekten noktalarını seçin.
    NOT: Arka planda, ayrı .xyz dosyalar her numune için yapılacaktır. Bunlar PT3000 kullanılan piksel eşiğini gösterir, örneğin, XYZ_FILES_PT3000 için, adlı bir dizinde görünür.

"Hizalama" 5. Numune Ortak Koordinatlar Dosyaları .xyz.

  1. ek modül mattdean_modules.py {Figshare} yanı sıra, iki kendi başına ayakta durabilen uygulama gerektirir Python komut "03_transform.py" {Figshare} açın "rotate_translate_cylindrical" (https://github.com/timydaley/dean_cylindrical_tranform) ve "qconvex" (www.qhull.org/html/qconvex.htm) Bu komut dosyası tarafından kullanılan.
  2. Değişkenler bölümünün altında, rotate_path ve qconvex_dir mattdean_modules.py tam yol adları tespit. Buna ek olarak, bireysel .xy içeren dizinin tam yolunu belirlemek4. adımda oluşturduğunuz z dosyalar.
  3. soneki .TRANSFORMED.xyz ile örnek başına yeni bir dosya oluşturur çalıştırın 03_transform.py.

Dosyalar .xyz 6. "Dilimleme" Bağlantısızlar Numune Yarı işaretlerini tanımak.

  1. Açık ve Python komut "04_identify_landmarks.py" run {Figshare}. Değişkenler bölümünde, .TRANSFORMED.xyz dosyalarını içeren dizinin tam yol adlarını belirlemek. Bu komut yapısının boyutu ve şekli ölçmek için kullanılabilir 802 yarı işaretlerini tanımlar.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

Protokolde 6 üretilen yarı yerlerinden xyz koordinatlar doğrudan herhangi bir dönüm noktası tabanlı geometrik morfometrik analizi 17 içine alınabilir. Hesaplamalı boru hattı üzerinde fare Bacula 14, yanı sıra balina pelvik ve kaburga kemikleri 16 incelemek için uygulanmıştır. Yarı yerlerinden hesaplama tanımı ile ilgili daha fazla detay araştırmacıların ilgi kendi özel nesne karşılamak için modifiye edilebilir adımları görselleştirmek yardımcı olmak için bir girişim, burada sunulmuştur. baculum belli dönüşümleri otomatikleştirmek için istismar edildi çeşitli benzersiz özellikler içerir. Örneğin, hesaplama, bir proksimal-distal ekseni boyunca ikiye kemik kestikten sonra, biz sadece nokta sayısı (proksimal daha vardır) karşılaştırarak yakın yarısını belirledi. Sürece bu gibi benzersiz özellikleri var varoldukça, bizim yöntemleri herhangi uyarlanabilir olmalıdırnesne. Buna ek olarak, biz ampirik böyle bizim baculum çalışmalarda iyi bir performans "% 10 proksimal" gibi belirli eşikleri tespit vurguladı, ancak kesinlikle diğer nesneler için yeniden değerlendirilmesi gerekir olmalıdır.

Protokolde 5 yılından itibaren, ilk hesaplama adım uzak birbirinden ayrı iki noktalarını tespit etmek dışbükey tekne (bir örnekteki tüm diğer noktaları içeren noktaları en küçük set) hesaplamaktır. Bu iki nokta (kırmızı küreler, Şekil 1C) kemiğin içinden proksimal-distal çalışan yeni bir z-eksenini (kırmızı çizgi, Şekil 1C) tanımlamak başlar. baculum durumunda, daha fazla puan içeren nokta bulutu yarısı proksimal ucuna olarak tanımlanır.

İkincisi, tüm nokta bulutu proksimal noktası 0,0,0 z koordinatları ve distal nokta t, x, y alır ve böylece dönüşür+ Z kemik büyüklüğüne bağlıdır bazı olumlu değer 0,0, + z, x, y, z koordinatları üzerinde akes. Bu aşamanın sonunda, bir z-ekseni kemiğin uzunluğu boyunca geçer. Aşağıdaki işlemler için, en z koordinatlarına en az uzunluk Zlength şu şekilde de ifade edilecektir.

Üçüncü olarak, yukarıda tanımlanan yakın ve uzak noktaların tam yerleştirme,% 10 en yakın ve en uzak noktaları ayrı ayrı örneklenir% 10 ile ilişkili varyans düzeltmek için (Şekil 1D), kendi sentroidler tespit (kırmızı küreler, Şekil 1E) ve nokta bulutu proksimal ağırlık merkezi 0,0,0, ve distal ağırlık merkezi numunenin ortasından geçen yeni bir z-ekseni ile, 0,0, + z olacak şekilde dönüştürülmüş (kırmızı çizgi, Şekil 1E) .

Dördüncü olarak, nokta bulutu ilk dilim ve alarak z ekseni etrafında döndürülürproksimal 15 15.25 ila% yapısının Zlength (mavi nokta, Şekil 1E) noktaların e. Puan Bu dilim, dışbükey alınan (z koordinatları basitçe göz ardı edilir, yani) z boyutunda basık, ve minimum sınırlayıcı dikdörtgen hesaplanan (diğer tüm noktaları içeren en küçük dikdörtgen). Bu minimum sınırlayıcı dikdörtgenin her iki kısa yanlarının orta noktalarını bağlayan bir çizgi düşünün. Bu iki orta noktaları -x, 0, + z ve + x, 0, + z, sırasıyla, böylece bu hat, yeni bir x-ekseni haline haline gelene kadar nokta bulutu döndürün. Transformasyondan sonra, maksimal ve minimal X değerleri arasındaki mesafe Xlength olarak adlandırılır. Yeni bir dosya specimen.TRANSFORMED.xyz için specimen.xyz oluşturulur.

Beşinci olarak, içinde işaret z ekseni bu merkezi sl tanımlandı (mavi noktalar, Şekil 1F) ve en uzak en tek proksimal ve tek nokta dışarı dilimlenmiş Xlength% 1sırasıyla buz ve etiketli uzak ve yakın. Bu tespit ilk iki yarı görülecek vardır.

Altıncısı, puan 50 eşit aralıklı dilim z ekseni (kırmızı noktalar, Şekil 1G) boyunca örneklenir. Her bir dilim,% 1 Zlength bir kalınlığıdır. Her dilim sonra z boyutunda basık, ve 7 dikey çizgiler (kırmızı çizgiler, Şekil 1H) tarafından eşit olarak paylaştırılır. Her satırın% 2 Xlength içinde Noktaları (kırmızı noktalar, Şekil 1H) tutulur, daha sonra maksimum ile noktalar muhafaza ilgili her satırında yansıtılan ve sırasıyla Dorsal ve ventral, etiketli y-koordinatı az. Buna ek olarak, etiketler P15_VENTRAL4 15. dilim 4. dikey çizgi örneklenmiş ventral nokta örneğin dilim numarası ve satır numarası içerir. Önemlisi, etiketli her nokta, örneğin, P15_VENTRAL4, Corres koruyarak, tüm örneklerin arasında yalnızca bir kez ortaya çıkarpondence. 7 hatları (14 yarı görülecek toplam) her ventral ve dorsal noktalara ek olarak, maksimum ve minimum x değeri noktaları örneklenmiş ve sırasıyla sol ve sağ, etiketli. SOL ve SAĞ y ve z koordinatları baculum için R. lowess işlevini kullanarak düzeltti, 16 yarı yerlerinden toplam (Şekil 1H kırmızı küreler) dilim başına tanımlanır; 50 dilim artı proksimal ve yukarıda tanımlanan DİSTAL yarı yerler ile, 802 yarı görülecek örnek başına (yeşil küreler, Şekil 1I) örneklenir. Orijinal MikroBT'lerin taraması diğer tüm noktalar atılır.

ventral / dorsal ve proksimal / distal kutupluluk matematiksel tespit edilmiştir rağmen, tüm numune hizalamalar görsel olarak teyit edildi ve gerektiği gibi manuel olarak ayarlanabilir olduğu not edilmelidir. 369 Bacula bizim örneğinde, yaklaşık 10 manuel olarak ayarlanabilir olması gerekiyordu.


Şekil 1: Hesaplamalı Workflow (Protokol 4-6) Görsel Temsil. (A) Bireysel örneklerinden farklı nokta bulutlarının atama gösteren 02_segment_dicoms.r komut (Protokol 4), gelen bir ekran görüntüsü. ~ 100K xyz noktaları bulutu tarafından temsil (B) bir baculum Genişletilmiş görünümü. Kemik (kırmızı çizgi) ile proksimal-distal çalışan yeni bir z-eksenini tanımlamak için kullanılan uzak birbirinden (kırmızı küreler) iki nokta (C) Kimlik. (D) proksimal-en% 10 örnekleme ve puan (kırmızı nokta) uzak-en% 10 z ekseni tam yerleştirme hafif varyans ayarlamak için bir araç sağlar. (E) proksimal-en% 10 ve distal-en% 10 (kırmızı küreler) centroids yeni bir z-eksenini (kırmızı çizgi) tanımlamak için kullanılır. Sonra, puan dilim 1 arasında düşenBu yeni z ekseni (mavi puan) 5,00-15,25% asgari sınırlayıcı dikdörtgen hesaplamak için alınır. nokta bulutu minimum sınırlayıcı dikdörtgenin uzun kenarı yeni X-eksenine paralel olana kadar döndürülür. F) orta hat (mavi noktaları boyunca uzanan noktaları bir dilim) örneklenir ve proksimal-en ve uzak-en noktası yarı dönüm noktası olarak tanımlanır. G) puan 50 eşit aralıklı dilim böyle bir dilim gösteren H (kırmızı noktalar),) örneklenir. 16 puan (kırmızı daireler) her dilim hatlarını yakalamak için tanımlanmıştır. Tüm dilimleri boyunca tekrar zaman), 802 yarı Merkezi (yeşil küre toplam) yapısını tanımlamak ve alt morfometrik uygulamalarda kullanılır. Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

Yukarıdaki protokol kritik adımlar 1) Bacula diseksiyon vardır, 2) MikroBT'lerin görüntüleri toplama, 3) xyz düz bir dosyaya MikroBT'lerin çıktı dönüştürme, 4) Her numune en nokta bulutu dışarı segmentlere koordinatları, 5) Her numune dönüştürülmesi standart koordinat sistemi, ve 6) yarı yerler tanımlayan. Bu adımlar kolayca farklı nesneleri yerleştirmek için modifiye edilmiştir.

Bu yöntemler, olasılıkla çok kavisli en azından esas olarak "çubuk biçimli" ya da herhangi bir nesneye uygulanır. Bu geri kendilerini eğri nesneleri (Şekil 1G) dilimleme nesnenin farklı bölgelerinden gelen puan dönecekti çünkü "u şeklindeki" Şu anda, analiz edilemez olmak. Bu tür nesneler hesaplama öncesinde dilimleme nesneyi düzleştirme ileride ağırladı olabilir.

Biz s eksikliği şekillerden matematiksel tanımlamaya yarı yerlerinden için genel bir yöntem sundukolid görülecek. Bu genel yöntemler çok farklı şekillere sahip balina pelvik ve kaburga kemikleri 16, evrimini incelemek için modifiye edilmiştir. tanımlayan simge için hesaplama yöntemleri xyz koordinatlarına herhangi bir dizi için geçerli olmalıdır. Biz fare Bacula 14 küçük boyutu göz önüne alındığında, burada MikroBT'lerin tarama kullandı. Böyle balina pelvis ve kaburga kemikleri gibi büyük kemikler, için, kemiklerin 16 yüzeyini yeniden bir lazer tarayıcı istihdam. Görsel yöntemin kalitesini doğrulamak için yarı yerlerinden tüm setleri kontrol etmek önemlidir. Bizim hesaplama yöntemleri temel avantajı, tam boyutunu ölçmek ve varyasyon şekil ve nesnenin farklı bölgeleri arasındaki yazışma korumak olduğunu.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Acknowledgments

Tim Daley ve Andrew Smith ilk günlerinde birçok yararlı hesaplama tartışmalar sağlanan; Tim Daley Hesaplamalı kaynakları Güney Kaliforniya Üniversitesi'nde Yüksek Başarımlı Hesaplama Cluster tarafından sağlanan Protokolün 5. için gerekli program rotate_translate_cylindrical yazdı. Bu çalışma NIH hibe # GM098536 (MDD) tarafından desteklenmiştir.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Dissecting scissors VWR 470106-338 Most sizes should work
Dissecting Forceps, Fine Tip, Curved VWR 82027-406
1.7 mL microcentrifuge tube VWR 87003-294
Absolute Ethanol Fisher Scientific CAS 64-17-5 To be diluted to 70% for dissections
Floral Foam Wholesale Floral 6002-48-07
uCT50 scanner  Scanco Medical AG, Bruttisellen, Switzerland

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Slice, D. E. Geometrics morphometrics. Annu. Rev. Anthropol. 36, 261-281 (2007).
  2. Slice, D. E. Modern morphometrics in physical anthropology. 6, Springer. (2005).
  3. Zelditch, M. L., Swiderski, D. L., Sheets, H. D. Geometric morphometrics for biologists: a primer. , 2nd, Elsevier. (2012).
  4. Bookstein, F. Morphometric tools for landmark data: geometry and biology. , Cambridge University Press. (1991).
  5. Rohlf, F. J., Marcus, L. F. A Revolution in Morphometrics. Trends. Ecol. Evol. 8 (4), 129-132 (1993).
  6. Zelditch, M. L., Swiderski, D. L., Sheets, H. D., Fink, W. L. Geometric morphometrics for biologists: a primer. , Elsevier. (2004).
  7. Rohlf, F. J., Slice, D. E. Extensions of the Procrustes method for the optimal superimposition of landmarks. Syst. Zool. 39 (1), 40-59 (1990).
  8. Gunz, P., Mitteroecker, P. Semilandmarks: a method for quantifying curves and surfaces. Hystrix. 24 (1), 103-109 (2013).
  9. Gunz, P., Ramsier, M., Kuhrig, M., Hublin, J. J., Spoor, F. The mammalian bony labyrinth reconsidered, introducing a comprehensive geometric morphometric approach. J. Anat. 220 (6), 529-543 (2012).
  10. Mitteroecker, P., Gunz, P. Advances in geometric morphometrics. Evol. Biol. 36 (2), 235-247 (2009).
  11. Bookstein, F. J. Landmark methods for forms without landmarks: morphometrics of group differences in outline shape. Med. Im. Anal. 1 (3), 225-243 (1997).
  12. Gunz, P., Mitteroecker, P., Bookstein, F. Modern morphometrics in physical anthropology. Slice, D. E. , Kluwer Press. 73-98 (2005).
  13. Oxnard, C., O'Higgins, P. Biology Clearly Needs Morphometrics. Does Morphometrics Need Biology? Biological Theory. 4 (1), 84-97 (2009).
  14. Schultz, N. G., et al. The genetic basis of baculum size and shape variation in mice. G3. 6 (5), 1141-1151 (2016).
  15. Schultz, N. G., Lough-Stevens, M., Abreu, E., Orr, T. J., Dean, M. D. The baculum was gained and lost multiple times during mammalian evolution. Integr Comp Biol. 56 (4), 644-656 (2016).
  16. Dines, J. P., et al. Sexual selection targets cetacean pelvic bones. Evolution. 68 (11), 3296-3306 (2014).
  17. Adams, D. C., Otárola-Castillo, E. geomorph: an R package for the collection and analysis of geometric morphometric shape data. Methods Ecol. Evol. 4 (4), 393-399 (2013).

Tags

Biyomühendislik Sayı 121 Morfometri yarı merkezi nokta 3d hesaplamalı geometri Genelleştirilmiş Procrust Analizi baculum
Baculum diseksiyonu, mikroBT Tarama ve Morfometrik Analizleri
Play Video
PDF DOI DOWNLOAD MATERIALS LIST

Cite this Article

Schultz, N. G.,More

Schultz, N. G., Otárola-Castillo, E., Dean, M. D. Dissection, MicroCT Scanning and Morphometric Analyses of the Baculum. J. Vis. Exp. (121), e55342, doi:10.3791/55342 (2017).

Less
Copy Citation Download Citation Reprints and Permissions
View Video

Get cutting-edge science videos from JoVE sent straight to your inbox every month.

Waiting X
Simple Hit Counter