Summary
本文介绍了用质谱法进行序列分析的 peptoids 的人工合成的一种协议。
Abstract
Peptoids 是由 n-烷基化甘氨酸单元组成的序列控制的多肽模仿寡聚物。在许多潜在的应用中, peptoids 被认为是一种分子信息存储类型。质谱分析已被认为是测序 peptoids 的选择方法。Peptoids 可以通过固体相化学合成, 使用重复的两步反应循环。本文提出了一种人工合成寡 peptoids 的方法, 并用串联质谱 (ms) 技术对 peptoids 序列进行了分析。样品 peptoid 是一个 nonamer 由交替 n-(2-methyloxyethyl) 甘氨酸 (Nme) 和 n-(2-苯) 甘氨酸 (北角), 以及 n-(2-氨基乙基) 甘氨酸 (Nae) 在 n 终点。peptoid 的序列公式为 ac Nae-(Nme)4-NH2, 其中 Ac 为乙酰基组。综合发生在一个商业上可利用的固相反应容器。溜冰场酰胺树脂作为固体支持, 以产生 peptoid 与酰胺组在 C 总站。所产生的 peptoid 产品是使用三极质谱仪耦合到电喷雾电离源进行序列分析。ms 和 ms 的测量产生了一系列的片段离子产生的分离的带电 peptoid。片段离子根据其质量-电荷比 (m-/z) 的值进行排序。根据 peptoid 碎片的方案, 将片段离子的 m-/z 值与理论上预测的片段离子的标称质量进行比较。分析生成带电 peptoid 的碎片模式。分裂模式与中性 peptoid 单体序列相关。在这方面, MS 分析宣读了 peptoids 的序列信息。
Introduction
Peptoids 是一类序列控制聚合物, 其骨干结构模仿肽的结构。Peptoids 可以从不同的胺合成, 这使 Peptoids 能够表现出高度可调谐的属性1,2。Peptoids 已被用作生物物理研究的分子模型, 被认为是治疗剂, 并被设计为蛋白质的配体3,4,5,6。Peptoids 已发展成为各种生物活性化合物, 如防污和抗体模拟材料, 抗菌剂, 和酶抑制剂7,8,9。具有高度有序和可调谐的性质, peptoids 也被认为是一种类型的分子信息存储10。这些不同应用的发现要求开发有效的分析方法来描述 peptoids 的序列和结构。串联质谱技术已表明, 作为分析序列控制聚合物序列特性的选择方法, 包括 peptoids11、12、13、 14,15。然而, 系统研究相关的 peptoid 离子碎片模式产生的质谱研究和结构信息的 peptoids 是非常有限的。
Peptoids 可以很容易地合成使用固相方法。成熟的方法包括两步单体加法循环的迭代16,17。在每个加法周期中, 树脂束缚胺是由卤乙酸酸 (通常溴乙酸酸, 乙酰), 这是其次是与主胺的位移反应。尽管自动合成协议已被例行地应用于 peptoid 合成, 但在标准化学实验室中, peptoids 可以人工合成, 并具有优异的产量16,18,19,20。
本实验室采用人工 peptoid 合成方法, 简化了现有方法中使用的仪器。我们以前研究了一系列 peptoids 的碎片模式, 使用 ms/ms 技术21,22,23。我们的结果表明, 当它们受到碰撞诱导的离解 (CID)21,23或电子捕获离解 (peptoids)22实验时, 产生特征碎裂。在本文中, 我们展示了如何在标准化学实验室中合成寡 peptoids, 如何使用三重四极质谱仪进行 CID 实验, 以及如何分析光谱数据。合成的 peptoid 和特征是 nonamer 与 n-末端乙酰化和 C 末端酰, Ac Nae-(北角 Nme)4-NH2。peptoid 的结构显示在图 1中。
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Protocol
1. Peptoid 的合成
注: 合成始于激活树脂, 通过肿胀树脂和去除保护组。接着, 通过重复单体加法循环将 peptoid 链添加到树脂上。第一个与树脂耦合的单体是 C 端残渣。peptoid 从 C 总站拉长到 N 终点。一旦达到所需的 peptoid 序列, 树脂就会脱落, peptoid 产品被提纯。
- 试剂的制备
注: 用微测量液体试剂, 用分析天平测量固体试剂。- 混合6.2 毫升的 n, n-'-diisopropylcarbodiimide (DIC) 和43.8 毫升的 n, n-甲基酰胺 (dmf), 以准备一个0.8 米的 DIC/DMF 溶液。
- 将5.56 克的50.0 毫升的 dmf 分解为0.8 米/dmf 溶液。
- 混合2毫升哌啶 (Pip) 和8毫升的 dmf, 以达到 20% Pip/dmf 解决方案。
- 将1.9 毫升的北角溶解为13.1 毫升的 dmf, 以达到1.0 米北角/dmf。
- 将1.3 毫升的 Nme 分解为13.7 毫升 dmf, 以达到1.0 米 Nme/dmf。
- 将0.32 毫升的 Nae 分解为2毫升的 dmf, 以达到1.0 米 Nae/dmf。
注意: 合成中使用的大多数化学物质都是有害的。三氟乙酸酸 (TFA)、DIC、Pip 和医学会对皮肤、眼睛和呼吸道都有危害。DMF 和二氯甲烷 (DCM) 是可疑的致癌物质。所有反应都应在通风罩中进行, 并应使用适当的个人防护设备。请检查合成中使用的所有化学品的材料安全数据表 (MSDS)。
- 树脂活化
- 测量出84毫克的溜冰场酰胺树脂 (树脂, 0.047 毫摩尔, 装载0.56 毫摩尔/克), 并将其添加到10毫升聚丙烯固相反应容器。将柱塞插入容器中。
- 在反应容器中加入2毫升 DMF, 并将容器盖上压力帽。将容器放在振动筛上, 在室温下以大约12度和385振荡/分钟的运动角度搅动容器, 30 分钟. 通过去除瓶盖并推送反应容器的柱塞, 将溶液排出废物容器。
- 将2毫升的 20% Pip/DMF 溶液添加到容器中, 并盖上容器。在振动筛上搅动2分钟, 然后将溶液排出废物容器。
- 将2毫升的 20% Pip/DMF 溶液添加到容器中, 将容器盖上, 并在室温下搅动12分钟. 卸下瓶盖, 将溶液排出废物容器。
- 通过加入1毫升的 DMF, 将容器盖上, 并将该容器搅拌1分钟, 将树脂洗净. 卸下瓶盖, 然后通过推送活塞来排出溶液。用 DMF 清洗树脂4次。
- 单体添加和 n-端乙酰化
注: 每个单体添加周期涉及两个反应步骤, bromoacetylation 和位移。- 进行第一单体添加周期, 形成 Nme 树脂。
- 执行 bromoacetylation 反应。在烧杯中混合1毫升0.8 米/dmf 溶液和1毫升0.8 米 DIC/dmf 溶液。将混合物转移到含有树脂的反应容器上, 并盖上容器。将容器放在振动筛上, 在室温下搅动20分钟. 卸下瓶盖并将解决方案排放到废物容器。
- 通过加入1毫升的 DMF, 将容器盖上, 搅拌1分钟, 并通过推柱塞来排出溶液, 以洗涤树脂。通过加入1毫升的 DCM 来洗涤树脂, 将容器搅拌1分钟, 并排出溶液。再用 DCM 洗涤树脂, 然后用 DMF 洗两次。
- 执行位移反应。加入1毫升的1.0 米 Nme/DMF 溶液, 盖上容器, 在室温下搅动容器60分钟. 卸下瓶盖, 然后按下活塞排出溶液。
- 通过添加1毫升 DMF, 将该容器搅拌1分钟, 并通过推柱塞来排出溶液, 从而清洗树脂。用1毫升的 DCM 来洗涤树脂, 搅拌1分钟, 并排出溶液。再洗一次, 然后用 DMF 洗两次。
- 重复单体添加周期从步骤1.3.2 到1.3.5 形成 Nae-(北 Nme)4-树脂。重复位移反应步骤 (1.3.4) 时, 应根据 peptoid 序列使用特定的胺溶液。
注: peptoid 链从 c 终点延伸至 N 端, 并与树脂的 c 末端残留物结合。 - 进行 n-端乙酰化, 形成交 Nae-(Nme)4-树脂。
- 将92µL 醋酸酐, 43.5 µL 的 n, diisopropylethylamine (DIPEA), 和2毫升的 DMF 在烧杯中, 使约2毫升乙酰化鸡尾酒。
- 在含有树脂的容器中加入2毫升乙酰化鸡尾酒, 将容器盖上, 并在室温下搅动60分钟. 卸下瓶盖, 并通过推送活塞来排出溶液。
- 通过加入1毫升的 DMF 来洗涤树脂, 搅拌容器1分钟, 并通过推柱塞来排出溶液。通过加入1毫升的 DCM 来洗涤树脂, 将容器搅拌1分钟, 并排出溶液。再次用 DCM 再次洗涤树脂, 再用 DMF 清洗两次。
- 通过加入1毫升的 DCM 来洗涤树脂, 将容器搅拌1分钟, 并通过推柱塞来排出溶液。用 DCM 重复清洗两次。取下瓶盖, 让树脂在反应釜内风干10分钟。
- 裂解纯化
- 混合3.8 毫升的 TFA, 100 µL 的 triisopropylsilane (提示), 100 µL 的 HPLC 级 H2O 在烧杯中, 使4毫升的裂解鸡尾酒。
- 在装有树脂的容器中加入 4 毫升新鲜的鸡尾酒 , 将容器盖上 , 并在室温下搅动 2 小时。
- 取下瓶盖, 将滤液溶液收集到50毫升聚丙烯离心管中。在船上加1毫升的 TFA, 盖上, 搅拌1分钟. 将滤液溶液收集到同一离心管中。
- 在氮气气流中轻轻吹 TFA 蒸发, 直到大约1毫升粘性溶液被留下。
- 将15毫升乙醚添加到剩余溶液中, 将离心管盖上, 并将其孵化在-20 摄氏度冷藏柜中, 2 小时至一夜。粗 peptoid 沉淀成白色固体。
- 用离心机在 4427 x g 10 分钟内将固体颗粒取出. 在不失去固体的情况下, 将离心管的瓶盖和醒酒乙醚放入烧杯中。
注意: 乙醚是一种易燃的有机溶剂。请使用乙基醚安全离心机。 - 将10毫升的冰冷二乙基醚放入含有固体的离心管中, 将管盖上, 并将其置于离心机中, 以洗涤固体。进行离心 4427 x g 10 分钟. 将离心机管从离心机中取出, 并将二乙基醚醒酒到烧杯中, 而不会失去固体。
- 在氮气流中轻轻吹干固体。
- 添加10毫升的 HPLC 级 H2O 溶解干固体。通过尼龙注射器过滤器, 其孔径为0.45 µm, 并将滤液收集到预加权50毫升聚丙烯离心管中。
- 壳体通过放置和旋转含有 peptoid 溶液的离心管在12盎司, 双层膨胀聚苯乙烯杯1/3 填充液态氮气, 冻结溶液。Lyophilize 冻结溶液过夜, 以产生固体 peptoid。
- 重复冻干一次, 将固体 peptoid 溶解成10毫升的 HPLC 级 H2O, 在液氮中冻结壳, 冻干过夜。结果 peptoid 是足够纯的序列分析的质谱。
2. MS 测量和序列分析
注: ms/毫秒实验是在三极质谱仪上进行的, 耦合到电喷雾电离 (ESI) 源。数据收集是通过使用数据采集软件与仪器相结合来控制的。一般程序包括 1) 进行全扫描质谱实验, 记录质谱, 2) 执行 CID ms/ms 实验, 记录 ms/ms 频谱, 3) 比较 ms/ms 谱数据与理论基于 peptoid 的结构特征, 对破碎方案进行了预测。
- 样品溶液的制备
- 在 3-5 毫升玻璃瓶中称量出 1.0-2.0 毫克固体 peptoid。加入1毫升的乙腈和水混合溶剂 (ACN/H2O, 1:1, v/v) 以溶解 peptoid。这给出了一个集中约 10-3 m 的股票样本解决方案。
- 将20µL 的库存溶液转移到1.5 毫升离心管中, 加入1毫升混合溶剂 ACN/H2O, 以产生约 10-5 m 的稀释样溶液。
- 在稀释样品溶液中去除任何可能不溶的微粒, 在 4427 x g 处进行离心处理3分钟. 将溶液顶部的700µL 转移到另1.5 毫升离心管中, 使 peptoid MS 工作溶液与浓度约 10-5 m。
- 在质谱测量中, 根据观察到的信号强度调整 MS 工作溶液的浓度。
- 在稀释样品溶液中去除任何可能不溶性微粒的另一种方法是通过0.20 µm 注射器过滤器通过样品溶液, 并将滤液收集到1.5 毫升离心管中, 使 peptoid MS 工作溶液约 10-5m。
- 记录质谱
- 运行 ACN/H 的混合溶剂2O (1:1, v/v) 通过电喷雾电离 (ESI) 源, 并建立了一个标准的正离子, 全扫描质谱模式与质量-电荷比 (m/z) 范围 100-1500 的仪器。
注意:
典型操作参数:
ESI 针电压, 5 伏
毛细管电压, 40 V
干燥气体 (氮气) 温度, 200 °c。 - 将大约300µL peptoid MS 工作溶液 (约 10-5 M) 添加到500µL 或1毫升注射器中, 并使用毛细管聚醚醚酮 (PEEK) 油管将注射器连接到 ESI 入口。将注射器放在注射器泵上, 并将流速设置为10µL/分钟, 将样品溶液注入到 ESI 入口。
- 打开 esi 针电压激活 esi 过程, 然后打开探测器。设置在配置文件模式下的显示和 m/z 范围的 100-1500。查看在配置文件窗口中显示的质量频谱配置文件。在 m/z 1265 (显示为 m/z 1264.6) 的峰值对应于 peptoid 离子或质子 peptoid。
- 记录 MS 频谱2分钟。在 "方法窗口" 中, 使用2分钟作为 "运行时间"。打开录制窗口并填写正确的文件名, 并开始记录频谱。
注意: 生成的质量频谱显示在图 3中。 - 在1265的 m/z 处优化峰值强度。将 m-/z 范围设置为 1150-1350, 并在查看配置窗口中显示的 mV 峰值强度时调整毛细管电压。例如, 将毛细管电压增加到50伏或更高, 并查看峰值强度的变化。最佳峰值强度约为 150-200 mV。
注: 调节毛细管电压可显著改变某些离子的丰度。增加毛细管电压可以提高 peptoid 离子的强度。然而, 高毛细管电压也可能导致离子源中 peptoid 离子的离解, 降低观测强度。调整干燥气体的温度可以提高1265米/z 峰值的强度, 但比调节毛细管电压效果低。如果峰值在 m/z 1265 不达到最佳强度, 调整样品浓度 (或例子, 加倍的浓度的 MS 工作溶液)。 - 将仪器切换到 ms/ms 模式。将前体离子设置为 m/z 1265 和 ms/毫秒质量范围在 m/z 100-1400。在 "方法窗口" 中, 使用 m/z 1265 作为 "Q1 第一质量", 并保留 "Q1 最后一个质量" 空白。使用 m/z 100 作为 "Q3 第一质量" 和 m/z 1400 作为 "Q3 最后马萨诸塞州"
注: 在 ms/毫秒模式中, 第一四极单元 (Q1) 作为一种质量过滤器, 用于将 peptoid 离子分离为前体离子, 第二四极单元 (Q2) 为碰撞单元, 第三四极单元 (Q3) 作为质量分析仪。 - 设置碰撞能量在 40 eV 和碰撞气体 (在这种情况下, 氩) 压力在 1.5 mTorr。
- 查看在配置文件窗口中显示的质量频谱配置文件。在1265的 m/z 的峰值对应于 peptoid 离子, 而具有较低 m-/z 值的峰代表 peptoid 离子的碎片。
- 调整碰撞能量, 优化碎片谱的显示。例如, 将碰撞能量增加到 45 eV, 并查看频谱剖面的变化。
注: 一般情况下, 增加碰撞能量会提高碎片离子的丰度, 减少 peptoid 离子的丰度。增加碰撞气体压力也会增加碎片离子的丰度。
注意: 不要增加 2 mTorr 以上的碰撞气体压力。 - 记录毫秒/ms 频谱2分钟。在 "方法窗口" 中, 使用2分钟作为 "运行时间"。打开录制窗口并填写正确的文件名, 并开始记录频谱。
- 重复录制 1-2 次。
- 运行 ACN/H 的混合溶剂2O (1:1, v/v) 通过电喷雾电离 (ESI) 源, 并建立了一个标准的正离子, 全扫描质谱模式与质量-电荷比 (m/z) 范围 100-1500 的仪器。
- Peptoid 序列分析
注: 在 CID 条件下, peptoid 离子会在 peptoid 主干上的酰胺键上碎裂, 产生一系列称为 B 离子的 N 端片段, 以及一系列称为 Y 离子的 C 末端片段。- 绘制出乙酰 peptoid 的化学结构, 方法是将 N 终点放在左侧和右侧的 C 总站上, 并在每个酰胺键上画一条虚线, 以生成一个碎片方案, 如图 2a所示。用虚圆画一个质子来指示电荷载体。从结构的左侧开始, 将标签放在虚线上, 以指示 N 个终端片段为 b1, b2, 到 b8。从右侧开始, 将标签放在虚线上, 以指示 C 终端片段为 y1、y2、y8。
注: 可利用化学绘图软件绘制 peptoid 结构。 - 设想从左侧的 4th酰胺键中进行碎片, 然后用适当的正式电荷绘制 N 端片段和 C 终端片段的结构, 如图 2b所示。将 B4的标签放在 N 终端片段上, 然后将 Y5的标签放在 C 终端片段上。计算 B4的 m-/z 值, 通过汇总结构中元素的标称质量以产生580的值, 并将 m/z 580 放在 N 终端片段上。计算 Y5的 m-/z 值, 并将 m/z 685 放在 C 终端片段上。
- 计算所有八 B 离子和所有八个 Y 离子的 m-/z 值, 并将它们组合在一个表中, 如表 1所示。
注意: 碎片的 m-/z 值可以使用化学绘图软件计算。 - 使用数据审阅软件与仪器一起打开 peptoid 记录的 ms/ms 频谱。将标签首选项设置为 "显示离子标签" 和标签阈值为3%。这将生成一个在峰值上标有 m/z 值的 ms/毫秒频谱。
- 将 ms/ms 光谱数据导出为 CSV 格式的文本文件, 并使用数据处理软件重建频谱。将 m/z 值放在峰值上。生成的 ms/ms 频谱显示在图 4中。
注: 一些质谱仪配备了能够生成 ms/ms 频谱的数据处理软件。在这种情况下, 不需要导出 ms/ms 光谱数据。 - 将 ms/MS 频谱上显示的 m-/z 值分配给表 1中显示的数据, 以标识相应的 B 和 Y 离子。例如, m/z 580 的峰值被标识为 B4-离子和 m/z 685 被标识为 Y5-离子。在频谱上用相应的 B 和 Y 符号标记峰值, 如图 4所示。
- 绘制出乙酰 peptoid 的化学结构, 方法是将 N 终点放在左侧和右侧的 C 总站上, 并在每个酰胺键上画一条虚线, 以生成一个碎片方案, 如图 2a所示。用虚圆画一个质子来指示电荷载体。从结构的左侧开始, 将标签放在虚线上, 以指示 N 个终端片段为 b1, b2, 到 b8。从右侧开始, 将标签放在虚线上, 以指示 C 终端片段为 y1、y2、y8。
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Representative Results
图 1中显示了一个 9 peptoid 的结构, 具有 n-端乙酰化、交 Nae (Nme)4-NH2。peptoid 是通过固相法在烧结聚丙烯反应容器中人工合成的。溜冰场酰胺树脂 (0.047 毫摩尔, 84 毫克与装载0.56 毫摩尔/克) 被用来作为坚实的支持, 以产生 peptoid 与酰胺化的 C 总站。peptoid 链是由单体加法的多个循环所建立的。每个单体加法循环包括两个反应步骤, bromoacetylation 和位移。bromoacetylation 是通过添加0.8 米的0.8 米 DIC 溶液和20分钟的反应来实现的。通过加入 1.0 M 胺溶液对乙酰化产物进行置换, 反应为 1 h, 通过加入含有92µL 醋酸酐、43.5 µL DIPEA 和2毫升 DMF 的鸡尾酒溶液, 进行了 n-端乙酰基化。peptoid 通过加入含有3.8 毫升 TFA 的鸡尾酒溶液, 从树脂中脱落, 100 µL 的提示, 100 µL 的 HPLC 级 H2O, 反应采取 2 H. TFA 在气瓶中通过吹入氮气流, 直到约1毫升粘性解决方案将被保留。peptoid 产品沉淀在乙醚中, 通过离心分离, 其次是冻干两个迭代。得到的 peptoid 是足够纯的 ms/ms 分析。
peptoid 的预测碎片方案显示在图 2a中, 其中, 虚圆中的质子表示 "移动质子", 在 CID 实验过程中会诱发 peptoid 碎片。peptoid 离子片段在酰胺键沿 peptoid 骨干, 碎片站点由虚线指示。N 末端片段被标记作为 B 类型离子, 并且 C 末端片断被标记作为 Y 类型离子。如果在所有可用的酰胺键上发生碎片, 则总计八个 N 个终端片段, b1到 b8, 总计八个 C 终端片段, y1到 Y8, 将形成。每个片段都有一个对应的 m-/z 值, 通过对片段中所有元素的标称质量求和来计算。例如, B4-离子和 Y5-离子的结构和相应的 m-/z 值 (标称质量) 显示在图 2b中。B4离子的化学公式为 C31H42N5O6+, 标称质量由等式 (31 x 12) + (42 x 1) + (5 x 14) + (6 x 16) = 580 计算。由于 B4是单个带电的离子, 因此 m-/z 值为 580/1 = 580。在图 2b中, B4-离子的结构是一个简化的窗体 (有关详细信息, 请参阅讨论部分)。在表 1中给出来自 b1-b8和 Y1-y8的所有片段离子的计算的 m-/z 值 (标称质量)。
质量分析包括两个过程。第一个过程是对 peptoid 样品进行全扫描质谱分析。此结果指示样品是否包含可测量的 peptoid 量, 以及样品的相对纯度。peptoid 离子的完整扫描质量谱显示在图 3中, 其中 m-/z 值四舍五入为最接近的整数。在 m/z 1265 的峰值对应于质子 peptoid, 在 m/z 1287 的峰值对应于 peptoid 的钠离子加合物。在 m/z 633 和 m/z 644 的两个峰值分别对应于双质子和混合质子-sodiated peptoids。这些结果表明, peptoid 样品是足够纯净的进行 ms/ms 分析。
质量分析的第二个过程是在质子 peptoid 的 m/z 1265 上执行 ms/毫秒实验。这一过程包括先将前四极单元隔离前驱体 peptoid 离子, 在 CID 中分割 peptoid 离子, 并根据第三四极单元的 m-/z 值对片段离子进行分类。结果频谱显示在图 4中, 其中 m-/z 值四舍五入为最接近的整数。在 m/z 1265 的峰值对应于质子 peptoid。其他峰值在较低的 m-/z 值对应于片段离子从 peptoid 离子。片段离子被指定为 B 离子或 Y 离子, 方法是将它们的 m-/z 值与根据 peptoid 碎片方案 (如图 2中所示的表 1中所示) 进行比较。七个 y 离子 (y2到 y8) 和七 B-离子 (b1到 B7) 形成与可观察的丰度。注意, Y 离子的丰度远远高于大多数 B 离子。
图 1: peptoid Ac Nae 的化学结构-(Nme)4-NH2.peptoid 是通过固相法人工合成的。请单击此处查看此图的较大版本.
图 2: 质子 peptoid 交流 Nae 的碎片方案 (北角-Nme)4-NH2。在 peptoid 主干上的酰胺键上的 peptoid 离子片段, 产生一系列称为 B 离子的 N 末端片段和一系列称为 Y 离子的 C 端片段。a) 预测的质子 peptoid 交流 Nae (北 Nme)4-NH2的碎片方案。虚线指示碎片站点, 符号 b1到 B8指示 N 个终端片段, 符号 Y1到 Y8表示 C 终端碎片;b) 带有示意图结构的碎片样本。这些结构分别显示 B4-离子和 Y5-离子和相应的 m-/z 值。m-/z 值是通过对结构中元素的标称质量的求和来计算的。请单击此处查看此图的较大版本.
图 3: peptoid Ac Nae 的完整扫描质量谱 (Nme)4-NH2, 其中 m-/z 值四舍五入为最接近的整数。m/z 1265 的峰值对应于 peptoid 离子、[p + H]+, 而 m/z 1287 的峰值对应于 peptoid 的钠离子加合, [p + Na]+。m/z 633 和 m/z 644 的两个峰值分别对应于双充电 peptoid、[P+2H]2 +和 [P + Na]2 +。请单击此处查看此图的较大版本.
图 4: 质子 peptoid 交流 Nae-(北 Nme)4-NH2标记有指定片段的 ms/ms 频谱。m/z 1265 的峰值对应于质子 peptoid、[P + H]+, 而具有较低 m-/z 值的峰值对应于片段离子。B 和 Y 离子的分配是通过比较它们的 m-/z 值与那些基于 peptoid 离子碎片方案计算出来的。请单击此处查看此图的较大版本.
| B 离子 | m/z 值 (标称质量) | Y 型离子 | m/z 值 (标称质量) |
| B1 | 143 | Y1 | 133 |
| B2 | 304 | Y2 | 294 |
| B3 | 419 | Y3 | 409 |
| B4 | 580 | Y4 | 570 |
| B5 | 695 | Y5 | 685 |
| B6 | 856 | Y6 | 846 |
| B7 | 971 | Y7 | 961 |
| B8 | 1132 | Y8 | 1122 |
表 1:基于质子 peptoid 交流 Nae 的预测碎片方案计算的理论 m-/z 值 (北角 Nme)4-NH2. B 离子和 Y 离子分别表示 N 终点和 C 终点对应的片段离子。每个 m-/z 值 (标称质量) 是通过对该片段离子中元素的标称质量进行求和计算得出的。
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Discussion
使用所介绍的协议合成了一个 nonamer peptoid、交流 Nae (北 Nme)4-NH2。该合成装置涉及一种类似于注射器的聚丙烯固相反应容器和机械振动筛。反应容器是商业上可利用和低成本。机械振动筛是化学实验室中常见的仪器。使用类似于注射器的反应容器, 可以通过手动移动柱塞将溶液抽出并推出容器。该技术允许单体添加和树脂裂解反应发生在一个单一的反应容器中, 并消除了将树脂绑定中间体产品转移到另一容器进行裂解的步骤。这种技术也消除了真空提取装置的需要, 以消除反应容器的解决方案。真空提取通常用于手动 peptoid 合成, 这已被其他研究人员演示19,20。在反应步骤之间彻底洗涤树脂是获得高纯度产品的关键。一个潜在的问题是在几个循环的单体加法后, 反应容器中的熔块堵塞。解决这个问题的方法是将树脂转移到新的反应容器中, 并继续合成过程。这种合成技术很好地适用于 peptoids 10-12 的残留物。对于较长的 peptoids, 通过推柱塞来去除反应容器中的溶液变得困难。在这种情况下, 可以利用真空萃取装置从反应容器中去除溶液 (活塞应用塞子代替)。在合成协议中, 通过沉淀二乙基醚中的 peptoid, 提纯了原油产品。在乙醚中, 一些短而高极性的 peptoids 可能不会形成沉淀。在这种情况下, peptoid 可以通过溶解10% 醋酸中的原油, 并多次洗涤溶液, 然后再冻干而分离出来。一些高疏水性 peptoids 也可能不会形成沉淀的乙醚。在这种情况下, 蒸发二乙基醚, 并使用反相高效的 HPLC 纯化 peptoid 产品。
在本研究中, peptoid 离子是由 ESI 产生的, ms/毫秒实验是在三极质谱仪中进行的。由于第一四极单元的离子隔离能力, 样品直接注入到 ESI 源中, 从而消除了对液相色谱 (LC) 的需要。利用基质辅助激光解吸-电离 (MALDI) 技术, 单质子 peptoids 也可以很容易地产生。ms 和 ms 实验可以使用其他类型的质谱仪, 如离子阱光谱仪。虽然片段离子的相对丰度可能出现不同, 如果 ms 或 ms 光谱使用不同的仪器记录, 定性光谱特征应该是相似的。一般情况下, 不同片段离子的相对丰度对仪器参数的敏感性很高。改变碰撞能量和碰撞气体压力可以显著地改变碎片离子的相对丰度。例如, 增加碰撞能量或增加碰撞气体压力会促进破碎, 因此, peptoid 前驱体离子的丰度会减少, 碎片离子的丰度会增加。这项研究集中在单独充电 peptoids。使用此协议研究的 peptoids 的长度受质谱仪的 m-/z 范围的限制。对于质量范围达 m/z 2000 的质谱仪, 带电 peptoids 的 m-/z 值应低于上限。如果 peptoids 的分子质量高于质谱仪的极限, 则可以使用双质子 peptoid 作为前驱体离子。双重带电的 peptoid 将有一个 m/z 值, 这是大约一半的单一被控之一。
在这项工作中提出的 peptoid 包含一个基本的残留物作为一个主胺作为侧链组。基本残留物作为一个质子的站点, 这将提高质谱仪的 ESI 源的电离效率。低极性 (更疏水性) peptoids 在 ESI 源中的电离效率较差。在这种情况下, 可以利用大气压力化学电离 (电离) 源来 peptoids。在 CID 条件下, peptoid 离子主要是在酰胺键上的片段, 产生一系列 N 端片段和一系列的 C 末端碎片。如果电荷载体, 质子, 驻留在 N 末端碎片, B 离子形成。否则, Y 离子形成。图 2显示了 B4-离子的结构。这是一个简化的结构, 它有助于计算 m-/z 值。实际的 B 离子很可能形成于循环结构中, 如五-元恶唑酮环23。并非所有的预测片段离子都是在质谱仪中形成的, 并且在质量光谱中观察到。形成正电荷片段离子的效率很大程度上取决于碎片的气相碱度 (或质子亲和性)。高度基本的片段有很高的机会形成正电荷的离子和被观察在质谱。一般而言, 观察至少70% 的预测片段离子为预测 peptoid 的序列提供了相当高的可信度。在设计 peptoids 进行序列分析时, 重要的是在 peptoid 链的不同部位, 将残留物与极性侧链组 (如烷群) 放置在一起。
对于大多数单电荷 peptoids 与 n-端乙酰化, Y 离子显示的丰度比 B 离子21,23高得多。如图 3所示, 除了 b1-离子, 与 b 离子对应的峰值强度远低于 Y 离子。对于具有游离 n-末端氨基的 peptoids, 在 B 离子上的 Y 离子的丰度也被观察到了21。对 Y 离子的偏爱表明电荷载流子质子更倾向于驻留在 c 末端碎片上, 这是由于 c 末端碎片的质子亲和性23。在质子 peptoids 中, 除了形成 B 和 Y 离子外, 还经常观察到与水分损失或不稳定的侧链群损失相关的次生片段离子。这些次要片段离子经常出现作为一系列伴生的峰顶在主要片断离子 (特别是 Y 离子) 的高峰旁边, 并且可以通过减去不稳定的侧链群的质量从相应的主要片段的质量被辨认片段离子。
该协议说明了如何用串联质谱法对 peptoid 的 peptoid 进行人工合成, 并对其单体序列进行分析。该综合协议可以很容易地应用到化学教学实验室中, 培养新的 peptoid 合成研究人员。该质谱协议作为一种有效的工具, 不仅可以确认 peptoid 的身份, 还能表征 peptoid 的结构特征与所观察到的碎片模式的关系。未来的应用可能涉及发展一个相关的地图连接 peptoid 结构和碎片模式, 通过综合和质谱分析的一个不同的 peptoids 图书馆。
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Disclosures
作者没有什么可透露的。
Acknowledgments
作者要感谢 Zuckermann 先生和罗纳德博士 (分子铸造, 劳伦斯伯克利国家实验室) 在 peptoid 合成技术支持。我们感谢国家科学基金会 (CHE-1301505) 的支持。所有质谱实验都是在太平洋大学化学质谱仪的实验室进行的。
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| ESI-triple quadrupole mass spectrometer, Varian 320L | Agilent Technologies Inc. | The mass spectrometer was acquired from Varian, Inc. | |
| Varian MS workstation, Version 6.9.2, a data acquisition and data review software | Varian Inc. | The software is a part of the Varian 320L package | |
| Burrell Scientific Wrist-action shaker, Model 75 DD | Fisher Scientific International Inc. | 14-400-126 | |
| Hermle Centrifuge, Model Z 206 A | Hermle Labortechnik GmbH | ||
| Solid phase reaction vessel, 10 mL | Torviq | SF-1000 | |
| Pressure caps for reaction vessels | Torviq | PC-SF | |
| Syringe filters, pore size 0.2 μm | Fisher Scientific Inc. | 03-391-3B | |
| Syringe filters, pore size 0.45 μm | Fisher Scientific Inc. | 03-391-3A | |
| Polypropylene centrifuge tuges, 50 mL | VWR International, LLC. | 490001-626 | |
| Polypropylene centrifuge tuges, 15 mL | VWR International, LLC. | 490001-620 | |
| ChemBioDraw, Ultra, Version 12.0 | CambridgeSoft Corporation | CambridgeSoft is now part of PerkinElmer Inc. | |
| Styrofoam cup, 12 Oz | Common Supermarket | ||
| Rink amide resin | Chem-Impex International, Inc. | 10619 | |
| Piperidine | Chem-Impex International, Inc. | 02351 | Highly toxic |
| N, N’-diisopropylcarbodiimide | Chem-Impex International, Inc. | 00110 | Highly toxic |
| Bromoacetic acid | Chem-Impex International, Inc. | 26843 | Highly toxic |
| 2-Phenylethylamine | VWR International, LLC. | EM8.07334.0250 | |
| 2-Methyoxyethylamine | Sigma-Aldrich Co. LLC. | 241067 | |
| N-Boc-ethylenediamine | VWR International, LLC. | AAAL19947-06 | |
| Acetic anhydride | Sigma-Aldrich Co. LLC. | 252845 | |
| N, N-dimethylformamide | VWR International, LLC. | BDH1117-4LG | Further distillation before use |
| N, N-diisopropylethylamine | Chem-Impex International, Inc. | 00141 | |
| Triisopropylsilane | Chem-Impex International, Inc. | 01966 | |
| Trifluoroacetic acid | Chem-Impex International, Inc. | 00289 | Highly toxic |
| Millipore MILLI-Q Academic Water Purification System | Millipore Corporation | ZMQP60001 | For generating HPLC grade water |
| HPLC-grade Water | Produced from Millipore MILLI-Q® Academic Water Purification System | ||
| Methanol | Pharmco-Aaper | 339USP/NF | HPLC grade |
| Acetonitrile | Fisher Scientific International, Inc. | A998-4 | HPLC grade |
| Diethyl ether | VWR International, LLC. | BDH1121-19L | Further distillation before use |
| Dichloromethane | VWR International, LLC. | BDH1113-19L | Further distillation before use |
| Nitrogen gas | Fresno Oxygen/Barnes Supply | NIT 50-C-F | Ultra high purity, 99.9995% |
| Argon gas | Fresno Oxygen/Barnes Supply | ARG 50-C-F | Ultra high purity, 99.9995% |
References
- Sun, J., Zuckermann, R. N. Peptoid Polymers: A Highly Designable Bioinspired Material. ACS Nano. 7 (6), 4715-4732 (2013).
- Fowler, S. A., Blackwell, H. E. Structure-function relationships in peptoids: Recent advances toward deciphering the structural requirements for biological function. Org. Biomol. Chem. 7 (8), 1508-1524 (2009).
- Chongsiriwatana, N. P., Patch, J. A., Czyzewski, A. M., Dohm, M. T., Ivankin, A., Gidalevitz, D., Zuckermann, R. N., Barron, A. E. Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 105 (8), 2794-2799 (2008).
- Kruijtzer, J. A., Nijenhuis, W. A., Wanders, N., Gispen, W. H., Liskamp, R. M., Adan, R. A. Peptoid-Peptide Hybrids as Potent Novel Melanocortin Receptor. J. Med. Chem. 48 (13), 4224-4230 (2005).
- Liu, B., Alluri, P. G., Yu, P., Kodadek, T. A Potent Transactivation Domain Mimic with Activity in Living Cells. J. Am. Chem. Soc. 127 (23), 8254-8255 (2005).
- Patch, J. A., Barron, A. E. Helical Peptoid Mimics of Magainin-2 Amide. J. Am. Chem. Soc. 125 (40), 12092-12093 (2003).
- Ham, H. O., Park, S. H., Kurutz, J. W., Szleifer, I. G., Messersmith, P. B. Antifouling Glycocalyx-Mimetic Peptoids. J. Am. Chem. Soc. 135 (35), 13015-13022 (2013).
- Olivier, G. K., Cho, A., Sanii, B., Connolly, M. D., Tran, H., Zuckermann, R. N. Antibody-Mimetic Peptoid Nanosheets for Molecular Recognition. ACS Nano. 7 (10), 9276-9286 (2013).
- Olsen, C. A., Ziegler, H. L., Nielsen, H. M., Frimodt-Moeller, N., Jaroszewski, J. W., Franzyk, H. Antimicrobial, Hemolytic, and Cytotoxic Activities of β-Peptoid-Peptide Hybrid Oligomers: Improved Properties Compared to Natural AMPs. ChemBioChem. 11 (10), 1356-1360 (2010).
- Lutz, J. -F., Ouchi, M., Liu, D. R., Sawamoto, M. Sequence-Controlled Polymers. Science. 341 (6146), Washington, DC. 628 (2013).
- Altuntas, E., Schubert, U. S. "Polymeromics": Mass spectrometry based strategies in polymer science toward complete sequencing approaches: A review. Anal. Chim. Acta. 808, 56-69 (2014).
- Paulick, M. G., Hart, K. M., Brinner, K. M., Tjandra, M., Charych, D. H., Zuckermann, R. N. Cleavable Hydrophilic Linker for One-Bead-One-Compound Sequencing of Oligomer Libraries by Tandem Mass Spectrometry. J. Comb. Chem. 8 (3), 417-426 (2006).
- Thakkar, A., Cohen, A. S., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N., Pei, D. High-Throughput Sequencing of Peptoids and Peptide-Peptoid Hybrids by Partial Edman Degradation and Mass Spectrometry. J. Comb. Chem. 11 (2), 294-302 (2009).
- Sarma, B. K., Kodadek, T. Submonomer Synthesis of A Hybrid Peptoid-Azapeptoid Library. ACS Comb Sci. 14 (10), 558-564 (2012).
- Li, X., Guo, L., Casiano-Maldonado, M., Zhang, D., Wesdemiotis, C. Top-Down Multidimensional Mass Spectrometry Methods for Synthetic Polymer Analysis. Macromolecules. 44 (12), 4555-4564 (2011).
- Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries. Methods Enzymol. 267, 437-447 (1996).
- Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis. J. Am. Chem. Soc. 114 (26), 10646-10647 (1992).
- Utku, Y., Rohatgi, A., Yoo, B., Kirshenbaum, K., Zuckermann, R. N., Pohl, N. L. Rapid Multistep Synthesis of a Bioactive Peptidomimetic Oligomer for the Undergraduate Laboratory. J. Chem. Educ. 87 (6), 637-639 (2010).
- Tran, H., Gael, S. L., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N. Solid-phase submonomer synthesis of peptoid Polymers and their self-assembly into highly-ordered nanosheets. J. Visualized Exp. (57), e3373 (2011).
- Bolt, H. L., Cobb, S. L., Denny, P. W. An Efficient Method for the Synthesis of Peptoids with Mixed Lysine-type/Arginine-type Monomers and Evaluation of Their Anti-leishmanial Activity. J Vis Exp. (117), (2016).
- Morishetti, K. K., Russell, S. C., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. Tandem mass spectrometry studies of protonated and alkali metalated peptoids: Enhanced sequence coverage by metal cation addition. Int. J. Mass Spectrom. 308 (1), 98-108 (2011).
- Bogdanov, B., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. Electron Capture Dissociation Studies of the Fragmentation Patterns of Doubly Protonated and Mixed Protonated-Sodiated Peptoids. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 25 (7), 1202-1216 (2014).
- Ren, J., Tian, Y., Hossain, E., Connolly, M. D. Fragmentation Patterns and Mechanisms of Singly and Doubly Protonated Peptoids Studied by Collision Induced Dissociation. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 27 (4), 646-661 (2016).
