साइटोफास्ट एक दृश्य उपकरण है जिसका उपयोग क्लस्टरिंग से आउटपुट का विश्लेषण करने के लिए किया जाता है। फ्लोसोम और साइटोप्लर: साइटोफास्ट का उपयोग दो क्लस्टरिंग तरीकों की तुलना करने के लिए किया जा सकता है। साइटोफास्ट तेजी से बड़े पैमाने पर साइटोमेट्री डेटा का मात्रात्मक और गुणात्मक सिंहावलोकन उत्पन्न कर सकता है और विभिन्न क्लस्टरिंग एल्गोरिदम के बीच मुख्य मतभेदों को उजागर कर सकता है।
मास साइटोमेट्री द्वारा उत्पन्न डेटा की जटिलता ने विश्लेषणात्मक परिणामों की तेजी से कल्पना करने के लिए नए उपकरणों की आवश्यकता की है। साइटोप्लर या फ्लोसोम जैसे क्लस्टरिंग तरीकों का उपयोग कोशिका समूहों के दृश्य और पहचान के लिए किया जाता है। डाउनस्ट्रीम विश्लेषण के लिए, एक नया विकसित आर पैकेज, साइटोफास्ट,क्लस्टरिंग विधियों से परिणामों का तेजी से दृश्य उत्पन्न कर सकता है। साइटोफास्ट सेल क्लस्टर के फेनोटाइपिक लक्षण वर्णन को ध्यान में रखता है, सेल क्लस्टर बहुतायत की गणना करता है, फिर मात्रात्मक रूप से समूहों की तुलना करता है। यह प्रोटोकॉल ट्यूमर माइक्रोएनवायरमेंट (यानी, प्राकृतिक हत्यारा [एनके] सेल प्रतिक्रिया) में प्रतिरक्षा चिकित्सा (पीडी-एल 1 नाकाबंदी) के बाद ट्यूमर चैलेंज पर बड़े पैमाने पर साइटोमेट्री डेटा के उपयोग के लिए साइटोफास्ट के अनुप्रयोगों को बताता है। फ्लोसोम और साइटोप्लर के साथ साइटोफास्ट की उपयोगिता का प्रदर्शन दिखाया गया है। साइटोफास्ट तेजी से समूह से संबंधित प्रतिरक्षा कोशिका समूहों और प्रतिरक्षा प्रणाली संरचना के साथ सहसंबंधों के दृश्य अभ्यावेदन उत्पन्न करता है। क्लस्टरिंग विश्लेषण में मतभेद देखे जाते हैं, लेकिन समूहों के बीच अलगाव दोनों क्लस्टरिंग तरीकों के साथ दिखाई देता है। साइटोफास्ट नेत्रहीन पीडी-एल1 उपचार द्वारा प्रेरित पैटर्न दिखाता है जिसमें सक्रिय एनके सेल सबसेट की उच्च बहुतायत शामिल है, जो सक्रियण मार्कर (यानी, सीडी54 या सीडी11सी) की उच्च तीव्रता को व्यक्त करता है।
मास साइटोमेट्री (समय-उड़ान या साइटोफ द्वारा साइटोमेट्री) लाखों एकल कोशिकाओं में इंट्रासेलर या एक्स्ट्रासेलुलर बायोमार्कर की एक विस्तृत श्रृंखला का पता लगाने की अनुमति देता है। मास साइटोमेट्री डेटा की उच्च-आयामी प्रकृति में कुछ विश्लेषण उपकरणों की आवश्यकता होती है, जैसे कुदाल1, फ्लोमैप्स2, फ्लोसोम3, फेनोग्राफ4, वोर्टेक्स5और पाड़ मानचित्र6। इसके अलावा, विभिन्न आयामीता में कमी आधारित तकनीकों को विकसित किया गया है (यानी, प्रमुख घटक विश्लेषण [पीसीए]7,टी-वितरित स्टोचस्टिक पड़ोसी एम्बेडिंग [टी-स्ने]8,पदानुक्रमित स्टोचस्टिक पड़ोसी एम्बेडिंग [एचएसएनई]9,समान कई गुना सन्निकटन और प्रक्षेपण [यूमैप]10,और प्रसार मानचित्र11)उच्च-आयामी डेटासेट की गति, व्याख्या और दृश्यमें सुधार करने के लिए।
उच्च आयामी प्रवाह और मास साइटोमेट्रिक डेटा के डाउनस्ट्रीम विश्लेषण में अक्सर क्लस्टर आवृत्ति और नैदानिक परिणामों के साथ लिंक पर सांख्यिकीय परीक्षण करने के लिए स्वचालित प्रक्रियाओं का अभाव होता है। इससे पहले, हमने साइटोफास्ट12के नाम से जाना जाने वाला आर-आधारित कार्यप्रवाह विकसित किया, जो साइटोप्लर या फ्लोसोमद्वारा क्लस्टरिंग तकनीकों के दृश्य और मात्रात्मक डाउनस्ट्रीम विश्लेषणों के लिए अनुमति देता है।
यहां वर्णित प्रोटोकॉल आर में साइटोफास्ट के उपयोग को स्पष्ट करता है और यह दर्शाता है कि मात्रात्मक और गुणात्मक हीटमैप और ग्राफ कैसे उत्पन्न किया जाए। इसके अलावा, यह मनाया प्रतिरक्षा फेनोटाइप और नैदानिक परिणामों के बीच कनेक्शन के निर्धारण की सुविधा । इस रिपोर्ट में दो अलग-अलग क्लस्टरिंग प्रक्रियाओं का उपयोग करके एक विशिष्ट मास साइटोमेट्री डेटासेट के विश्लेषण का भी वर्णन किया गया है: फ्लोसोम और साइटोप्लर। दोनों क्लस्टरिंग तरीकों के साथ साइटोफास्ट का उपयोग करके, यह तदनुसार दिखाया गया है कि एनके कोशिकाओं की सक्रियता फेनोटाइप पीडी-एल1 प्रतिरक्षा चेकपॉइंट नाकाबंदी से प्रभावित होती है।
साइटोफास्ट एक रैपिड कम्प्यूटेशनल टूल है जो उपचार-विशिष्ट सेलुलर सबसेट को हाइलाइट और मात्रा प्रदान करके साइटोमेट्रिक डेटा की त्वरित और वैश्विक खोज प्रदान करता है। वर्णित प्रोटोकॉल का उद्देश्य साइटोप्लर या फ्लोसोमके साथ विश्लेषण को आगे बढ़ाना है । अन्य क्लस्टरिंग विश्लेषण उपकरण साइटोफास्टके लिए उपयुक्त हैं, लेकिन इसके लिए प्रत्येक सेल को सबसेट में आवंटित करने के लिए साइटोफास्ट के उपयोग की आवश्यकता होती है। साइटोफास्ट,हालांकि, एक क्लस्टरिंग विधि नहीं है, और इसलिए उपयोग से पहले क्लस्टरिंग प्रक्रियाओं की आवश्यकता होती है।
यहां किए गए विश्लेषण से पता चला है कि ट्यूमर माइक्रोएनवायरमेंट में कुछ सीडी 161+ एनके सेल सबसेट पीडी-एल1 नाकाबंदी के प्रति संवेदनशील थे। यह उनके फेनोटाइप और बहुतायत में परिवर्तन से प्रमाणित था, जो साइटोप्लर और फ्लोसोम दोनों को क्लस्टरिंग विधियों के रूप में उपयोग करके देखा गया था। दोनों तरीकों ने मुख्य एनके सेल क्लस्टर (CD11b+ NKG2A+ +)को थोड़ा अलग आवृत्तियों (साइटोप्लरके लिए 15%-20%, FlowSOMके लिए 30%-40%) के साथ प्रतिष्ठित किया। बहुतायत में अंतर और इस सन्निकटन वैश्विक पैटर्न को प्रभावित नहीं किया, क्योंकि दोनों Dendrograms चित्रा 2 और चित्रा 3 के सही पैनलों में प्रदर्शित इसी तरह के परिणाम दिखाया । साइटोफास्टका उपयोग करके, एनके सेल क्लस्टर फेनोटाइप और बहुतायत के विश्लेषण के आधार पर पीडी-एल1-इलाज और अनुपचारित चूहों को अलग करने के लिए इस प्रकार (चुना गया क्लस्टरिंग विधि से स्वतंत्र) संभव है।
दर्ज मापदंडों के आधार पर, प्रोटोकॉल में संशोधन ों की आवश्यकता है। विशेष रूप से, क्लस्टरिंग विश्लेषण करते समय समय और पृष्ठभूमि जैसे कुछ मापदंडों को हटा दिया जाना चाहिए। इसके अलावा, यह महत्वपूर्ण है कि प्रत्येक कोशिका को एक सबसेट को सौंपा गया है। सीएफडेटा फ़ंक्शन बस प्रति क्लस्टर प्रति क्लस्टर कच्चे सेल को सीएफलिस्ट में जोड़ेगा। इस स्टेप से सेक्शन 3 में बताए गए अनुसार साइटोहीटिंगमैप बनाया जा सकता है।
साइटोफास्ट को विभिन्न क्लस्टरिंग विधियों की तुलना करने के लिए एक दृश्य और क्वांटिफिकेशन टूल के रूप में सफलतापूर्वक उपयोग किया गयाहै। यह आर पैकेज उन्नत सुविधाओं के साथ भी संगत है, जैसे ग्लोबलटेस्ट14,जो नैदानिक चर ों का उपयोग करके समूहों के समूहों के बीच संघों का परीक्षण कर सकता है। भविष्य में, ग्लोबलटेस्ट टूल और अन्य एल्गोरिदम को अधिक गहराई से दृश्य और मात्राकरण के लिए साइटोफास्ट के साथ एकीकृत किया जा सकता है।
The authors have nothing to disclose.
हम प्रस्ताव संख्या ६७५७४३ (ISPIC) के तहत एक H2020 MSCA पुरस्कार के यूरोपीय आयोग से धन स्वीकार करते हैं । हम प्रोटोकॉल का परीक्षण करने के लिए टेटे वैन डेर स्लुइस और आइरिस पैराडिक का शुक्रिया अदा करते हैं ।