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Biochemistry

gP2S, क्रायोईएम प्रयोगों के लिए एक सूचना प्रबंधन प्रणाली

Published: June 10, 2021 doi: 10.3791/62377
Automatic Translation
1, 1, 1, 2
1Roche Polska Sp. z o.o., 2Department of Structural Biology, Genentech

Summary

gP2S क्रायोईएम प्रयोगों की ट्रैकिंग के लिए एक वेब एप्लिकेशन है। इसकी मुख्य विशेषताओं का वर्णन किया गया है, जैसा कि एप्लिकेशन को स्थापित करने और कॉन्फ़िगर करने के लिए आवश्यक कदम हैं। एक बार कॉन्फ़िगर किए जाने के बाद, एप्लिकेशन किसी को नकारात्मक दाग और क्रायोईएम प्रयोगों से जुड़े मेटाडेटा को सटीक रूप से रिकॉर्ड करने की अनुमति देता है।

Abstract

क्रायोजेनिक इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी (क्रायोईएम) कई दवा-खोज परियोजनाओं का एक अभिन्न हिस्सा बन गया है क्योंकि प्रोटीन लक्ष्य की क्रिस्टलोग्राफी हमेशा प्राप्त नहीं होती है और क्रायोईएम संरचना आधारित लिगांड डिजाइन का समर्थन करने के लिए एक वैकल्पिक साधन प्रदान करता है। बड़ी संख्या में अलग-अलग परियोजनाओं से निपटते समय, और प्रत्येक परियोजना के भीतर संभावित रूप से बड़ी संख्या में लिगांड-प्रोटीन सह-संरचनाएं, सटीक रिकॉर्ड रखते हुए तेजी से चुनौतीपूर्ण हो जाता है। नमूना तैयार करने, ग्रिड तैयार करने और माइक्रोस्कोपी चरणों सहित प्रत्येक लक्ष्य के लिए कई प्रयोगात्मक पैरामीटर देखते हैं। इसलिए, दीर्घकालिक प्रजनन क्षमता को सक्षम करने और कुशल टीम वर्क को सुविधाजनक बनाने के लिए सटीक रिकॉर्ड कीपिंग महत्वपूर्ण रूप से महत्वपूर्ण हो सकती है, खासकर जब विभिन्न ऑपरेटरों द्वारा क्रायोईएम वर्कफ्लो के कदम किए जाते हैं। इस चुनौती से निपटने में मदद करने के लिए, हमने क्रायोईएम के लिए एक वेब-आधारित सूचना प्रबंधन प्रणाली विकसित की, जिसे gP2S कहा जाता है।

आवेदन प्रत्येक प्रयोग का ट्रैक रखता है, नमूना से अंतिम परमाणु मॉडल के लिए, परियोजनाओं के संदर्भ में, जिनमें से एक सूची आवेदन में बनाए रखा है, या बाहरी रूप से एक अलग प्रणाली में । उपभोग्य सामग्री, उपकरण, प्रोटोकॉल और सॉफ्टवेयर की उपयोगकर्ता-परिभाषित नियंत्रित शब्दावली एक संरचित तरीके से क्रायोईएम वर्कफ्लो के प्रत्येक चरण का वर्णन करने में मदद करती है। gP2S व्यापक रूप से विन्यास योग्य है और, टीम की जरूरतों के आधार पर, एक स्टैंडअलोन उत्पाद के रूप में मौजूद हो सकता है या वैज्ञानिक अनुप्रयोगों के व्यापक पारिस्थितिकी तंत्र का हिस्सा हो सकता है, परियोजना प्रबंधन उपकरणों के साथ रेस्ट एपीआई के माध्यम से एकीकृत हो सकता है, प्रोटीन के उत्पादन या छोटे अणुओं लिगामेंट्स, या डेटा संग्रह और भंडारण को स्वचालित करने वाले अनुप्रयोगों के साथ एकीकृत हो सकता है। उपयोगकर्ता प्रत्येक ग्रिड और माइक्रोस्कोपी सत्र का विवरण दर्ज कर सकते हैं जिसमें प्रमुख प्रयोगात्मक मेटाडेटा और पैरामीटर मूल्य शामिल हैं, और प्रत्येक प्रयोगात्मक विरूपण साक्ष्य (नमूना, ग्रिड, माइक्रोस्कोपी सत्र, मानचित्र, आदि) की वंशावली दर्ज की गई है। gP2S एक क्रायोईएम प्रयोगात्मक कार्यप्रवाह आयोजक के रूप में कार्य करता है जो टीमों के लिए सटीक रिकॉर्ड रखने में सक्षम बनाता है, और एक ओपन-सोर्स लाइसेंस के तहत उपलब्ध है।

Introduction

क्रायोईएम सुविधाओं पर सूचना प्रबंधन
2014 में शुरू लगभग, क्रायोजेनिक इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी (क्रायोईएम)1 सुविधाओं की संख्या विस्फोटक रूप से बढ़ी है, जिसमें दुनिया भर में कम से कम 300 उच्च अंत प्रणालियां स्थापित की गईहैं,जिनमें दवा कंपनियों में एक संख्या शामिल है, जो दवा खोज 3 में क्रायोम के लिए बढ़ती भूमिका कोदर्शातीहै। इन सुविधाओं के मिशन, और डेटा ट्रैकिंग और प्रबंधन के लिए उनकी आवश्यकताओं4अलग है । कुछ, उदाहरण के लिए राष्ट्रीय क्रायोईएम केंद्रों पर ईएम ग्रिड प्राप्त करने, डेटासेट एकत्र करने और संरचना निर्धारण के लिए उपयोगकर्ताओं को डेटा लौटाने, शायद कुछ स्वचालित छवि प्रसंस्करण के बाद आरोप लगाया जाता है। ऐसी सुविधाओं में, ग्रिड के उद्गम पर नज़र रखने, एक उपयोगकर्ता प्रस्ताव या अनुदान के साथ अपने सहयोग, और ग्रिड से डेटासेट के लिए वंश महत्वपूर्ण है, लेकिन इस तरह के प्रोटीन नमूना या अंतिम संरचना निर्धारण प्रक्रिया के शुद्धिकरण की विधि के रूप में अंय कारकों, कम कर रहे हैं, या बिल्कुल नहीं, प्रासंगिक । स्थानीय अकादमिक सुविधाओं जैसी अन्य सुविधाओं में, प्रत्येक अंतिम उपयोगकर्ता अपने स्वयं के नमूने और ग्रिड तैयार करने, माइक्रोस्कोपी का संचालन करने, कच्चे डेटा और इसके प्रसंस्करण का प्रबंधन करने और परिणामों को प्रकाशित करने के लिए जिम्मेदार है। ऐसी सुविधा की ओर से मेटाडेटा ट्रैकिंग की कोई सख्त आवश्यकता नहीं है क्योंकि यह भूमिका अंतिम उपयोगकर्ता या उनके प्रमुख अन्वेषक द्वारा पूरी की जाती है।

हमारी क्रायोईएम सुविधा में, नमूनों, ग्रिड, डेटा संग्रह और प्रसंस्करण प्रोटोकॉल, और परिणामों (नक्शे, मॉडल) की हैंडलिंग और अनुकूलन चिकित्सकों के एक छोटे समूह पर कई परियोजनाओं में केंद्रीकृत है। यह प्रायोगिक (मेटा) डेटा प्रबंधन में चुनौतियां प्रस्तुत करता है। संरचनाओं के प्रयोगात्मक वंश, परमाणु मॉडल से सभी तरह वापस प्रोटीन और ligands की सटीक पहचान के लिए, ग्रिड तैयारी मापदंडों और डेटा संग्रह प्रोटोकॉल के माध्यम से, सही कब्जा कर लिया और संरक्षित किया जाना चाहिए । इन मेटाडेटा को कई मानव ऑपरेटरों को उपलब्ध कराया जाना चाहिए । उदाहरण के लिए, छवि प्रसंस्करण करने वाले व्यक्ति को यह जानने की आवश्यकता हो सकती है कि प्रोटीन का निर्माण किस प्रकार किया गया था और इमेजिंग पैरामीटर क्या थे, भले ही उन्होंने न तो प्रोटीन को शुद्ध किया और न ही क्रायोम डेटा एकत्र किया; स्वचालित डेटा प्रबंधन डेमंस जैसे सूचना प्रणालियों को उस परियोजना की पहचान करने की आवश्यकता है जिसके लिए एक माइक्रोस्कोप वर्तमान में निर्देशिका नामों को सही ढंग से और व्यवस्थित रूप से आवंटित करने के लिए डेटा एकत्र कर रहा है।

क्रायोईएम सुविधाओं का समर्थन करने के लिए कई सूचना प्रबंधन प्रणालियां उपलब्ध हैं। शायद उनमें से सबसे पूरा EMEN25है, जो एक इलेक्ट्रॉनिक लैब नोटबुक, एक सूचना प्रबंधन प्रणाली, और एक व्यापार प्रक्रिया प्रबंधन उपकरण के कुछ तत्वों की सुविधाओं को जोड़ती है । क्रिस्टलोग्राफी के लिए एक्स-रे बीमलाइन का समर्थन करने के लिए मूल रूप से निर्मित कई सिंक्रोट्रॉन, आईएसपीबी6में उपयोग किया जाता है, अब क्रायोम डेटा संग्रह का भी समर्थन करता है। स्किपियन7 इमेज प्रोसेसिंग पैकेज के चारों ओर एक समृद्ध और शक्तिशाली रैपर है, जो उपयोगकर्ताओं को छवि प्रसंस्करण कार्यप्रवाह रिकॉर्ड करने और उन्हें साझा करने की अनुमति देता है, उदाहरण के लिए सार्वजनिक भंडार EMPIAR8, 9के माध्यम से, और ऑन-द-फ्लाई क्रायोईएम डेटा प्रोसेसिंग को सक्षम करने के लिए आईएसपीबी के साथ भी एकीकृत किया गया है।

यहां हम gP2S (Genentech प्रोटीन से संरचना के लिए) का वर्णन करते हैं, एक आधुनिक और हल्के क्रायोम सूचना प्रबंधन प्रणाली जो शुद्ध प्रोटीन और छोटे अणु लिगामेंट से अंतिम परमाणु मॉडल के माध्यम से कार्यप्रवाह का समर्थन करने के लिए बनाई गई है।

gP2S का अवलोकन
gP2S एक उपयोगकर्ता के अनुकूल वेब-आधारित क्रायोम सूचना प्रबंधन प्रणाली है जो क्रायोईएम प्रयोगशालाओं और बहु-उपयोगकर्ता, बहु-परियोजना सुविधाओं के लिए सटीक रिकॉर्ड रखने की सुविधा प्रदान करती है। निम्नलिखित संस्थाओं, उनके संबंधों और संबद्ध मेटाडेटा को ट्रैक किया जाता है: परियोजनाएं, उपकरण, उपभोग्य सामग्री, प्रोटोकॉल, नमूने, ग्रिड, माइक्रोस्कोपी सत्र, छवि प्रसंस्करण सत्र, नक्शे और परमाणु मॉडल। उपयोगकर्ता वैकल्पिक रूप से फ़ाइल अटैचमेंट सहित मुफ्त-टेक्स्ट टिप्पणियां भी जोड़ सकते हैं, जिससे gP2S में पंजीकृत किसी भी इकाई के समृद्ध एनोटेशन की अनुमति मिल सकती है। फ्रंट-एंड को टचस्क्रीन उपकरणों के साथ उपयोग की सुविधा प्रदान करने के लिए डिज़ाइन किया गया है और 12.9 "आईपैड पेशेवरों पर बड़े पैमाने पर परीक्षण किया गया है, जिससे नमूने और ग्रिड(चित्रा 1)तैयार करते समय प्रयोगशाला बेंच पर gP2S का उपयोग करना संभव हो गया है, साथ ही माइक्रोस्कोप, प्रसंस्करण छवियों या जमा मॉडलों को संचालित करते समय कंप्यूटर पर भी। फ्रंट एंड में प्रत्येक पृष्ठ का उद्देश्य संभव होने पर समझदार डिफ़ॉल्ट मूल्यों के लिए मापदंडों को पूर्व-सेट करके मैनुअल डेटा प्रविष्टि को कम करना है।

GP2S के बैकएंड में कई रेस्ट एपीआई (आरईपीरेमेंटल स्टेट ट्रांसफर एप्लीकेशन प्रोग्रामिंग इंटरफ़ेस) एंडपॉइंट्स हैं, जिससे मौजूदा वर्कफ्लो और स्क्रिप्ट में gP2S को एकीकृत करना संभव हो जाता है। डेटा मॉडल को नकारात्मक दाग और क्रायोम वर्कफ्लो के सटीक कैप्चर की अनुमति देने के लिए डिज़ाइन किया गया था, जिसमें ब्रांचिंग शामिल है, उदाहरण के लिए कई ग्रिडों पर उपयोग किए जाने वाले एक नमूने के साथ, कई माइक्रोस्कोपी सत्रों से डेटा को एक ही डेटा प्रोसेसिंग सत्र में मिलाया जा रहा है, या एक डेटा प्रोसेसिंग सत्र कई नक्शे उपज।

सिस्टम आर्किटेक्चर
gP2S एक क्लासिक तीन स्तरीय आवेदन(चित्रा 2)है । इस मॉड्यूलर वास्तुकला में, सिस्टम को तीन अलग-अलग परतों में तोड़ दिया गया है, प्रत्येक अलग-अलग कर्तव्यों के निर्वहन के लिए जिम्मेदार है, और प्रत्येक दूसरों से स्वतंत्र रूप से बदली या संशोधित है। (1) प्रस्तुति परत (या फ्रंटएंड) वेब ब्राउज़र (क्रोम और सफारी के साथ बड़े पैमाने पर परीक्षण) के माध्यम से उपयोगकर्ता का उपयोग प्रदान करती है, वर्कफ़्लो तत्वों (डेटा सत्यापन सहित) बनाने और संशोधित करने की अनुमति देती है, और प्रयोगात्मक डेटा को व्यक्तिगत संस्थाओं, परियोजना-आधारित सूचियों और पूर्ण कार्यप्रवाह रिपोर्ट के रूप में प्रदर्शित करती है। (2) सेवा परत (या बैकएंड) यूजर इंटरफेस और स्टोरेज सिस्टम के बीच एक मध्यस्थ परत के रूप में कार्य करती है - यह मुख्य व्यवसाय तर्क रखती है, फ्रंटएंड द्वारा उपयोग की जाने वाली सेवा एपीआई को उजागर करती है, उपयोगकर्ता प्रमाणीकरण के लिए डेटा स्टोरेज और एलडीएपी (लाइटवेट डायरेक्टरी एक्सेस प्रोटोकॉल) प्रणाली के साथ एकीकृत होती है, और बाहरी प्रणालियों के साथ अतिरिक्त एकीकरण का आधार प्रदान करती है। (3) दृढ़ता परत (डेटा एक्सेस) प्रायोगिक डेटा, उपयोगकर्ता टिप्पणियों और फ़ाइल अनुलग्नकों के भंडारण के लिए जिम्मेदार है।

प्रमुख प्रौद्योगिकियां और चौखटे
जीपी 2एस आवेदन के विकास, भवन और रखरखाव को सुगम बनाने के लिए परियोजना में कई प्रौद्योगिकियों और ढांचे का उपयोग किया गया था। सबसे महत्वपूर्ण हैं: Vue.js 2.4.210 फ्रंटएंड के लिए और स्प्रिंगबूट1.3 11 बैकएंड के लिए एम्बेडेड टॉमकैट 8 सर्वर के साथ। आवेदन MySQL 5.7 और मोंगोडीबी 4.0.6 डेटाबेस भंडारण के लिए और LDAP12 प्रमाणीकरण के लिए उपयोग करता है। डिफ़ॉल्ट रूप से, इन सभी घटक भागों को एक आवेदन के रूप में भेज दिया जाता है और तैनात किया जाता है।

कुल मिलाकर आवेदन प्रत्यक्ष या अप्रत्यक्ष रूप से सैकड़ों विभिन्न पुस्तकालयों का उपयोग करता है। सबसे प्रमुख तालिका 1में सूचीबद्ध हैं।

डेटा मॉडल
तीन प्रकार की संस्थाओं को जीपी 2एस डेटा मॉडल(चित्रा 3):प्रयोगों के दौरान एकत्र किए गए डेटा से संबंधित कार्यप्रवाह संस्थाओं (जैसे, नमूने या माइक्रोस्कोपी सत्र) में प्रतिष्ठित किया जा सकता है; उपकरण और प्रोटोकॉल संस्थाएं जो उन डेटा का वर्णन करती हैं जो सभी परियोजनाओं में आम हैं (उदाहरण के लिए, माइक्रोस्कोप या विट्रीफिकेशन प्रोटोकॉल); अन्य संस्थाएं जो सिस्टम में सहायक या तकनीकी भूमिकाएं निभाती हैं (उदाहरण के लिए, टिप्पणियां या डिफ़ॉल्ट मूल्य)।

वर्कफ़्लो डेटा ट्री की जड़ परियोजना इकाई है। प्रत्येक परियोजना में कई प्रोटीन और/या लिगांड होते हैं जो नमूना संस्थाओं को बनाने के लिए ब्लॉक बना रहे हैं । प्रत्येक नमूने का उपयोग कई ग्रिड बनाने के लिए किया जा सकता है जिसका उपयोग माइक्रोस्कोपी सत्र (एक ग्रिड प्रति माइक्रोस्कोपी सत्र) में किया जाता है। उत्तरार्द्ध को प्रोसेसिंग सत्रों को सौंपा जाता है जो एक या अधिक नक्शे प्राप्त कर सकते हैं। पेड़ में अंतिम इकाई परमाणु मॉडल है, जो एक या कई मानचित्रों का उपयोग करके बनाया गया है। परिणाम में हर कार्यप्रवाह से संबंधित इकाई, प्रोटीन से मॉडल के लिए, हमेशा अपने पूर्वजों के माध्यम से एक विशेष परियोजना के लिए बाध्य है । इस तरह के डिजाइन डेटा समुच्चय बनाता है जो या तो फ्रंटएंड मॉड्यूल द्वारा या एपीआई का उपयोग करके बाहरी प्रणालियों द्वारा संसाधित करना आसान है।

वर्कफ़्लो डेटा के अलावा ऐसी संस्थाएं हैं जो ग्रिड तैयार करते समय अपनाई जाने वाली प्रयोगों या प्रोटोकॉल में उपयोग किए जाने वाले उपकरणों का वर्णन करती हैं। इन संस्थाओं को परिभाषित करना ग्रिड, माइक्रोस्कोपी और प्रोसेसिंग सेशन जैसी प्रयोगात्मक कार्यप्रवाह संस्थाओं को बनाने के लिए एक शर्त है।

अंतिम प्रकार की डेटा इकाई, जिसे सामूहिक रूप से "अन्य" के नाम से जाना जाता है, का उपयोग तकनीकी उद्देश्यों (जैसे, फाइल अटैचमेंट या डिफ़ॉल्ट मूल्य) के लिए किया जाता है। इस श्रेणी में टिप्पणी संस्थाएं शामिल हैं जिन्हें किसी भी कार्यप्रवाह या उपकरण/प्रोटोकॉल संस्थाओं से जोड़ा जा सकता है।

सॉफ्टवेयर उपलब्धता
gP2S का ओपन-सोर्स संस्करण https://github.com/arohou/gP2S से अपाचे लाइसेंस संस्करण2.0 26के तहत उपलब्ध है। gP2S चलाने के लिए एक डॉकर छवि https://hub.docker.com/r/arohou/gp2s से उपलब्ध है। रोशे और जेनेटेक में जीपी2एस की एक बंद स्रोत शाखा निरंतर विकास के तहत है ।

gP2S आवेदन चल रहा है
gP2S चलाने के दो तरीके हैं: एक डॉकर कंटेनर के रूप में या स्टैंडअलोन जावा एप्लिकेशन के रूप में। इष्टतम विकल्प लक्ष्य तैनाती पर्यावरण पर निर्भर करेगा। उदाहरण के लिए, यदि उपयोगकर्ताओं की विशिष्ट आवश्यकताओं के अनुरूप कोड को अनुकूलित करने या बढ़ाने की क्षमता वांछित है, तो पूरे एप्लिकेशन को पहले फिर से बनाया जाना चाहिए। इस मामले में, स्टैंडअलोन एप्लिकेशन के रूप में gP2S चलाने की सिफारिश की जा सकती है।

डॉकर कंटेनर
GP2S एप्लिकेशन के साथ काम करना शुरू करने का सबसे आसान तरीका इसे डॉकर सेवा के रूप में चलाना है। इस उद्देश्य के लिए, एक समर्पित डॉकर छवि तैयार की गई है और डॉकर हब भंडार ("https://hub.docker.com/r/arohou/gp2s") में प्रकाशित की गई है। gP2S छवि चलाना MySQL और मोंगोडीबी डेटाबेस तक पहुंच और एलडीएपी सर्वर पर निर्भर करता है। गैर-उत्पादन वातावरण के लिए, इन सभी निर्भरताओं को जीपी 2एस आवेदन के साथ बहु-कंटेनर डॉकर अनुप्रयोगों के रूप में चलाने की सिफारिश की जाती है। इस निर्बाध बनाने के लिए, एक डॉकर-कंपोज फ़ाइल (https://github.com/arohou/gP2S/blob/master/docker-compose.yml) जिसमें अंतिम वातावरण के सभी आवश्यक विन्यास शामिल हैं, तैयार किया गया है और gP2S GitHub भंडार (https://github.com/arohou/gP2S) में प्रदान किया गया है। निम्नलिखित डॉकर छवियां निर्भरता हैं: माईस्कल27,मोंगोड्ब28,अपाच29।

डिफ़ॉल्ट विन्यास में, सभी संग्रहीत डेटा, दोनों संस्थाओं और फ़ाइल अनुलग्नकों डॉकर कंटेनरों को हटाने पर हटा दिया जाएगा । डेटा को बनाए रखने के लिए, या तो डॉकर वॉल्यूम का उपयोग किया जाना चाहिए, या gP2S एप्लिकेशन को समर्पित डेटाबेस उदाहरणों (MySQL और मोंगोडीबी) से जोड़ा जाना चाहिए। अपाचेडीएस एलडीएपी सर्वर कंटेनर एक प्रीकॉन्फिगर एडमिन यूजर (पासवर्ड: सीक्रेट) के साथ आता है। इन साख का उपयोग डॉकर सेवा के रूप में चलाए जाने पर gP2S एप्लिकेशन में लॉग इन करने के लिए किया जाना चाहिए। उत्पादन वातावरण के लिए एक ही डॉकर-कंपोज फ़ाइल का उपयोग एक डॉकर झुंड कंटेनर आर्केस्ट्रा प्लेटफॉर्म के लिए सेवाओं के रूप में gP2S (और अन्य कंटेनरों यदि आवश्यक हो तो) तैनात करने के लिए किया जा सकता है।

एक डॉकर कंटेनर के रूप में gP2S चलाने की पूरी प्रक्रिया, उचित विन्यास के बारे में सभी विवरण सहित gP2S GitHub भंडार में वर्णित है और निम्नलिखित विषयों को शामिल किया गया है:

• सभी निर्भरताओं के साथ डॉकराइज्ड जीपी 2एस एप्लिकेशन चलाना।
• gP2S आवेदन, डेटाबेस और एलडीएपी तक पहुंचना।
• एक नए संस्करण के साथ gP2S सेवा को अपडेट करना।
• gP2S आवेदन को हटाना।
• डेटा हठ को कॉन्फ़िगर करना।
• समर्पित डेटाबेस या एलडीएपी सर्वर से डॉकराइज्ड जीपी 2एस एप्लिकेशन को जोड़ना।
• विन्यास विवरण

स्टैंडअलोन जावा आवेदन
gP2S एप्लिकेशन को चलाने के लिए एक और विकल्प एक स्व-निहित जावा पैकेज बनाना है। यदि डॉकर कंटेनर चलाना संभव नहीं है तो यह दृष्टिकोण अपनाया जाना चाहिए । जीपी 2एस एप्लिकेशन का निर्माण करने के लिए जावा डेवलपमेंट किट संस्करण 8 या उससे ऊपर स्थापित करने की आवश्यकता है। पूरी बिल्ड प्रक्रिया का प्रबंधन मावेन टूल द्वारा किया जाता है, जो गिटहब भंडार में कोडबेस में प्रदान किया जाता है। विन्यास का निर्माण पहले फ्रंटएंड भाग बनाने के लिए तैयार है, फिर इसे बैकएंड स्रोतों में कॉपी करें, और फिर इसे अंतिम आवेदन के रूप में बनाएं। इस तरह, पूरी तरह से कार्य करने वाले gP2S पैकेज तैयार करने के लिए किसी अन्य उपकरण या पुस्तकालयों को स्थापित करने की कोई आवश्यकता नहीं है। डिफ़ॉल्ट रूप से, निर्माण का परिणाम एक जार पैकेज (स्थानीय रूप से संग्रहीत) और डॉकर छवि (मावेन पोम.xml फ़ाइल में विन्यास भंडार में धकेल दिया गया है)। यह याद रखना महत्वपूर्ण है कि पैकेज बनाने से पहले बाहरी सिस्टम (डेटाबेस और एलडीएपी सर्वर) से कनेक्ट करने के लिए आवश्यक जानकारी एक उचित विन्यास फ़ाइल में प्रदान की जानी चाहिए।

एक बार gP2S जार पैकेज बनाया गया है, इसमें आवेदन चलाने के लिए आवश्यक सभी निर्भरताएं और विन्यास जानकारी शामिल है, जिसमें टॉमकैट एप्लिकेशन सर्वर शामिल है जो सिस्टम को होस्ट करता है। यदि पैकेज कई विन्यास फ़ाइलों के साथ बनाया गया था तो इसे पुनर्निर्माण के बिना विभिन्न मोड में चलाया जा सकता है।

gP2S गिटहब भंडार में स्टैंडअलोन एप्लिकेशन के रूप में जीपी 2एस के निर्माण और संचालन की प्रक्रिया का पूरा विवरण शामिल है और इसमें निम्नलिखित विषयों को शामिल किया गया है:

• मावेन टूल का उपयोग करके gP2S का निर्माण
• एम्बेडेड डेटाबेस के साथ बिल्डिंग और रनिंग
• डॉकर कंटेनर के रूप में तैनात निर्भरताओं के साथ भवन और संचालन
• निर्माण और समर्पित डेटाबेस के साथ चल रहा है
• कॉन्फ़िगरिंग प्रमाणीकरण

Protocol

1. काम के लिए gP2S की स्थापना

  1. gP2S पर लॉग ऑन करें। सफल लॉगिन पर, मुख्य स्क्रीन दिखाई जाती है।
    नोट: शीर्ष दाएं कोने में, उपयोगकर्ता नाम दिखाया गया है - लॉग आउट करने के लिए इस पर क्लिक करें। बाएं हाथ की ओर नेविगेशन बार में एक परियोजना चयनकर्ता (शीर्ष), प्रयोगात्मक इकाई प्रकारों को सूचीबद्ध करने वाले नेविगेशन आइटम का एक सेट होता है जो क्रायोईएम वर्कफ्लो (नमूने, ग्रिड, माइक्रोस्कोपी सत्र, प्रसंस्करण सत्र, मानचित्र और मॉडल) को परिभाषित करता है, और आवेदन के सेटिंग अनुभाग का लिंक होता है।
  2. किसी भी प्रयोग को लॉग इन करने से पहले, क्रायोईएम सुविधा में उपयोग में आने वाली परियोजनाओं, उपकरणों, उपभोग्य सामग्रियों, सॉफ्टवेयर और प्रोटोकॉल के बारे में जानकारी के साथ सेटिंग्स अनुभाग को पॉप्युलेट करें। सेटिंग्स को किसी भी समय नए टूल और प्रोजेक्ट जोड़कर और मौजूदा प्रविष्टियों को संपादित करके अपडेट किया जा सकता है; हालांकि, gP2S में सभी संस्थाओं की तरह, सेटिंग संस्थाओं को एक बार बनाए जाने के बाद हटाया नहीं जा सकता है।

2. कम से कम एक परियोजना को कॉन्फ़िगर करें

  1. सेटिंग्स > प्रोजेक्ट्स परनेविगेट करें ।
  2. नई परियोजना बनानेपर क्लिक करें ।
  3. प्रोजेक्ट लेबल में टाइप करें।
  4. क्लिक करें सेव।

3. कम से कम एक सतह उपचार मशीन को कॉन्फ़िगर करें।

नोट: सतह उपचार मशीनों का उपयोग ईएम ग्रिड के सतह गुणों को संशोधित करने के लिए किया जाता है - सबसे अधिक वे ग्लो डिस्चार्जर या प्लाज्मा क्लीनर होते हैं।

  1. उपकरण अनुभाग से, सतह उपचार मशीनचुनें।
  2. क्लिक करें नई मशीन बनाएं।
  3. एक लेबल दर्ज करें, जो बाद में मशीन की पहचान करने के लिए काम करेगा।
  4. इसके निर्माता, मॉडल और स्थान प्रदान करें।
  5. क्लिक करें सेव।

4. कम से कम एक ग्रिड प्रकार रजिस्टर करें।

नोट: ग्रिड प्रकार ग्रिड के मॉडल की पहचान करने के लिए होते हैं (उदाहरण के लिए, "300-जाल तांबा ग्रिड पर 2-μm छेद कार्बन फिल्म"), विशिष्ट बैच या ग्रिड के बहुत सारे नहीं

  1. उपभोग्य सामग्री अनुभाग से ग्रिड प्रकारका चयन करें ।
  2. नए ग्रिड प्रकार बनानेपर क्लिक करें ।
  3. ग्रिड टाइप लेबल, निर्माता और विवरण दर्ज करें।
  4. क्लिक करें सेव।

5. कम से कम एक विट्रीफिकेशन मशीन पंजीकृत करें

  1. उपकरण अनुभाग से, विट्रीफिकेशन मशीनका चयन करें।
  2. नई मशीन बनानेपर क्लिक करें ।
  3. इसके निर्माता, मॉडल और स्थान प्रदान करें।
  4. क्लिक करें सेव।

6. कम से कम एक ब्लॉटिंग पेपर रजिस्टर करें

  1. उपभोग्य वर्ग से ब्लॉटिंग पेपर काचयन करें।
  2. नए ब्लॉटिंग पेपर बनानेपर क्लिक करें ।
  3. एक ब्लॉटिंग पेपर लेबल, निर्माता और मॉडल में टाइप करें।
  4. क्लिक करें सेव।

7. कम से कम एक क्रायो स्टोरेज डिवाइस रजिस्टर करें

  1. उपकरण अनुभाग से, क्रायो स्टोरेज डिवाइसका चयन करें।
  2. नए स्टोरेज डिवाइस बनानेपर क्लिक करें ।
  3. डिवाइस के निर्माता, मॉडल और स्थान दर्ज करें।
  4. टॉगल स्विच सेट करने के लिए निर्दिष्ट है कि जोड़ा भंडारण डिवाइस सिलेंडर, ट्यूब और/
    नोट: यदि ऐसा होता है, तो gP2S उपयोगकर्ताओं को प्रासंगिक सिलेंडर, ट्यूब और/या बॉक्स पहचानकर्ताओं को बाद में निर्दिष्ट करने देगा जब उपयोगकर्ता व्यक्तिगत ग्रिड के लिए भंडारण स्थानों को लॉग इन करते हैं । उपकरण और उपभोग्य सामग्री स्थापित करने के उपरोक्त टुकड़ों के साथ, तीन प्रकार के प्रोटोकॉल बनाना संभव है - सतह उपचार, नकारात्मक दाग और विट्रीफिकेशन।

8. कम से कम एक सतह उपचार प्रोटोकॉल रजिस्टर करें

  1. प्रोटोकॉल अनुभाग से, सतह उपचार का चयन करें।
  2. नए प्रोटोकॉल बनानेपर क्लिक करें ।
  3. प्रोटोकॉल की पहचान करने के लिए एक लेबल दर्ज करें।
  4. सतह उपचार मशीनों में से एक का चयन करें।
  5. इस प्रोटोकॉल के दौरान उपयोग की जाने वाली सेटिंग्स को निर्दिष्ट करें: निर्वहन की अवधि, वर्तमान और ध्रुवता, और दबाव के साथ-साथ वातावरण में कोई भी योजक।
  6. क्लिक करें सेव।

9. कम से कम एक नकारात्मक दाग प्रोटोकॉल बनाएं

  1. प्रोटोकॉल अनुभाग से, नकारात्मक दागका चयन करें।
  2. नए प्रोटोकॉल बनानेपर क्लिक करें ।
  3. एक प्रोटोकॉल लेबल दर्ज करें।
  4. अपने नाम, पीएच, और भारी धातु नमक की एकाग्रता के लिए मूल्यों देकर दाग का वर्णन करें ।
  5. दाग से पहले दाग के इनक्यूबेशन समय निर्दिष्ट करें।
  6. प्रोटोकॉल का मुफ्त-पाठ विवरण दर्ज करें।
  7. क्लिक करें सेव।

10. कम से कम एक ग्रिड-फ्रीजिंग प्रोटोकॉल पंजीकृत करें

  1. प्रोटोकॉल अनुभाग से, विट्रीफिकेशनका चयन करें।
  2. नए प्रोटोकॉल बनानेपर क्लिक करें ।
  3. एक प्रोटोकॉल लेबल दर्ज करें।
  4. ड्रॉप-डाउन सूची से संबंधित विट्रीफिकेशन मशीन चुनें।
  5. इस प्रोटोकॉल में इस्तेमाल होने वाले ब्लॉटिंग पेपर को चुनें।
  6. फिर, शेष प्रायोगिक जानकारी प्रदान करें: सापेक्ष आर्द्रता, तापमान, दाग बल, दाग की संख्या, दाग समय, प्रतीक्षा समय, नाली समय, नमूना अनुप्रयोगों की संख्या।
  7. एक मुफ्त-पाठ विवरण दर्ज करें।
  8. क्लिक करें सेव।
    नोट: प्रोटोकॉल को कॉन्फ़िगर करने के बाद, क्रायो और नकारात्मक-दाग ग्रिड दोनों बनाना संभव है। माइक्रोस्कोपी सत्रों से शुरू करने वाले वर्कफ़्लो में अगले चरणों को रिकॉर्ड करने के लिए gP2S का उपयोग करने के लिए, माइक्रोस्कोप, एक इलेक्ट्रॉन डिटेक्टर और एक नमूना धारक को कॉन्फ़िगर करना आवश्यक है।

11. कम से कम एक माइक्रोस्कोप रजिस्टर करें

  1. उपकरण अनुभाग से, माइक्रोस्कोपका चयन करें।
  2. क्लिक करें नया माइक्रोस्कोप बनाएं।
  3. माइक्रोस्कोप लेबल में टाइप करें।
  4. इसके निर्माता, मॉडल और स्थान प्रदान करें।
  5. 80, 120, 200 और 300 केवी की पूर्व निर्धारित सूची में से इस माइक्रोस्कोप पर कौन से त्वरण वोल्टेज कॉन्फ़िगर और इस् सफ़ेद हैं।
  6. कंडेनसर ("C2") और स्थापित उद्देश्य एपर्चर की सूची निर्दिष्ट करें। नोट: प्रत्येक प्रकार के लिए, 4 अपर्चर स्लॉट तक कॉन्फ़िगर किया जा सकता है, जिनमें से एक को इस माइक्रोस्कोप के लिए डिफ़ॉल्ट अपर्चर के रूप में नामित किया गया है। उद्देश्य एपर्चर के मामले में, इंगित करें कि एक या अधिक स्लॉट एक चरण प्लेट द्वारा उठाए जाते हैं, जिस स्थिति में व्यास पैरामीटर अक्षम होता है।
  7. यह संकेत दें कि क्या यह माइक्रोस्कोप ऑटोलोडर से लैस है या साइड-एंट्री होल्डर की आवश्यकता है।
  8. बता दें कि माइक्रोस्कोप में एनर्जी फिल्टर लगे हैं या नहीं।
  9. निष्कर्षण वोल्टेज, बंदूक लेंस सेटिंग, स्पॉट आकार, और ऊर्जा फिल्टर भट्ठा चौड़ाई (यदि प्रासंगिक) के लिए डिफ़ॉल्ट मान प्रदान करते हैं। जब उपयोगकर्ता माइक्रोस्कोपी सत्र बनाते हैं तो प्रदान किए गए मानों का उपयोग किया जाएगा।

12. कम से कम एक इलेक्ट्रॉन डिटेक्टर रजिस्टर करें

  1. उपकरण अनुभाग से, इलेक्ट्रॉन डिटेक्टर का चयन करें।
  2. नए इलेक्ट्रॉन डिटेक्टर बनानेपर क्लिक करें ।
  3. एक लेबल, निर्माता और मॉडल दर्ज करें।
  4. एक ड्रॉप-डाउन सूची से चुनें माइक्रोस्कोप जिस पर यह डिटेक्टर घुड़सवार है।
  5. इस माइक्रोस्कोप-डिटेक्टर संयोजन के लिए कैलिब्रेटेड कम से कम एक आवर्धन जोड़ें:
    1. आवर्धन के तहत, नए जोड़ें।
    2. नाममात्र और अंशांकित आवर्धन मूल्य दोनों प्रदान करें।
    3. अपेक्षित सभी आवर्धन सेटिंग्स के लिए इन चरणों को दोहराएं। ये आवर्धन सेटिंग्स बाद में माइक्रोस्कोपी सेशन लॉगिंग करने वाले उपयोगकर्ताओं के लिए ड्रॉप-डाउन चयनकर्ता में उपलब्ध होंगी ।
  6. यह निर्दिष्ट करने के लिए चेकबॉक्स का उपयोग करें कि डिटेक्टर इलेक्ट्रॉन गिनती, खुराक अंश और सुपर रिज़ॉल्यूशन में सक्षम है या नहीं।
  7. अंत में, डिटेक्टर के अतिरिक्त विनिर्देश प्रदान करें: गिनती-प्रति-इलेक्ट्रॉन कारक (घटना इलेक्ट्रॉन द्वारा पंजीकृत गिनती की औसत संख्या), प्रत्येक पिक्सेल का रैखिक आयाम (μm में), और पंक्तियों की संख्या और पिक्सेल के कॉलम।
  8. क्लिक करें सेव

13. यदि एक या अधिक माइक्रोस्कोप हैं जिन्हें साइड-एंट्री नमूना धारकों की आवश्यकता होती है, तो जीपी 2एस में उपलब्ध नमूना धारकों को पंजीकृत करें।

  1. उपकरण अनुभाग से, नमूना धारकका चयन करें।
  2. नए धारक बनानेपर क्लिक करें ।
  3. एक लेबल, निर्माता, मॉडल और स्थान दर्ज करें।
  4. नमूना धारक के लिए अधिकतम झुकाव (डिग्री में) निर्दिष्ट करें।
  5. यह निर्दिष्ट करने के लिए चेकबॉक्स का उपयोग करें कि क्या यह क्रायोजेनिक ईएम ग्रिड रखने में सक्षम है, और क्या यह दोहरी-अक्ष झुकाव में सक्षम है।
  6. ड्रॉप-डाउन सूची से, उन सभी माइक्रोस्कोप का चयन करें जिनके साथ इस धारक का उपयोग किया जा सकता है।
    नोट: यह सुनिश्चित करेगा कि जब उपयोगकर्ता साइड-एंट्री माइक्रोस्कोप का उपयोग करके माइक्रोस्कोपी सत्र पंजीकृत करते हैं तो केवल प्रासंगिक धारकों को सूचीबद्ध किया जाता है।
  7. क्लिक करें सेव।

14. प्रत्येक माइक्रोस्कोपी सत्र से जुड़े निर्देशिका नाम स्थापित करने में gP2S का पालन करेंगे कि पैटर्न निर्दिष्ट करें।

नोट: माइक्रोस्कोपी सत्र के दौरान दर्ज छवि डेटा के भंडारण के लिए gP2S स्वचालित रूप से एक निर्देशिका नाम उत्पन्न करना बहुत उपयोगी हो सकता है। यह भंडारण निर्देशिका के व्यवस्थित, सूचना-समृद्ध नामकरण सुनिश्चित करता है। प्रत्येक माइक्रोस्कोपी सत्र से जुड़े निर्देशिका नाम स्थापित करने में gP2S का पालन करेंगे कि पैटर्न निर्दिष्ट करें ।

  1. एडमिन सेक्शन से, सेटिंग्स का चयन करें।
  2. निर्देशिका नाम पैटर्न स्ट्रिंग संपादित करें।
    नोट: इस स्ट्रिंग में निम्नलिखित चर हो सकते हैं: प्रोजेक्ट लेबल, ग्रिड आईडी, ग्रिड लेबल, माइक्रोस्कोपी सत्र लेबल, माइक्रोस्कोपी सत्र आईडी, माइक्रोस्कोपी सत्र प्रारंभ तिथि, माइक्रोस्कोपी सत्र प्रारंभ समय, और माइक्रोस्कोप लेबल, $ {} द्वारा सीमित। इन चर के अलावा, निर्देशिका नाम पैटर्न में अधिकांश वर्ण हो सकते हैं। डिफ़ॉल्ट निर्देशिका नाम पैटर्न, उदाहरण के लिए, ${GridLabel}_${MicroscopyStartDate}_${ProjectLabel}_${माइक्रोस्कोपलाबेल}_grid_${GridID}_session_${MicroscopySessionID}। अब, माइक्रोस्कोपी सत्रों तक और सहित प्रायोगिक संस्थाओं के पंजीकरण को सक्षम करने के लिए पर्याप्त सेटिंग्स को कॉन्फ़िगर किया जाता है।

15. उपयोगकर्ताओं के लिए उपलब्ध इमेज प्रोसेसिंग सॉफ्टवेयर रजिस्टर करें।

नोट: इससे प्रोसेसिंग सेशन और बाद में एंटिटी टाइप्स (मैप्स और मॉडल) का रजिस्ट्रेशन हो सकेगा ।

  1. इमेज प्रोसेसिंगका चयन करें ।
  2. नई छवि प्रसंस्करण सॉफ्टवेयर बनानेपर क्लिक करें ।
  3. सॉफ्टवेयर के नाम पर टाइप करें
  4. उपयोगकर्ताओं के लिए उपलब्ध सभी संस्करणों की सूची:
    1. सॉफ्टवेयर संस्करण (एस) के तहत, नए जोड़ेंचुनें ।
    2. सॉफ्टवेयर संस्करण दर्ज करें।
      नोट: इससे उपयोगकर्ता यह निर्दिष्ट कर सकेंगे कि छवि प्रसंस्करण सत्र दर्ज करते समय वे अपने परिणामों तक पहुंचने के लिए किस सॉफ़्टवेयर का किस संस्करण का उपयोग करते थे। यह gP2S के आवश्यक विन्यास को पूरा करता है। उपयोगकर्ताओं को अब निम्नलिखित अनुभाग में वर्णित अपने इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी प्रयोगों का वर्णन करने वाले प्रमुख मेटाडेटा को सटीक रूप से कैप्चर करने में सक्षम होना चाहिए।

Representative Results

कुल मिलाकर डिजाइन और नेविगेशन पैटर्न
GP2S एप्लिकेशन परियोजना उन्मुख है, जैसे कि एक इकाई केवल एक परियोजना के संदर्भ में बनाया जा सकता है। संबंधित परियोजना को पहली बार आवेदन के शीर्ष बाएं कोने के पास स्थित ड्रॉपडाउन से चुना जाता है। सुविधा के लिए, परियोजनाओं की सूची फ़िल्टर करने योग्य है और इसे हाल ही में उपयोग की गई परियोजनाओं के साथ हल किया गया है जो शीर्ष पर दिखाए गए हैं। किसी परियोजना का चयन करते समय, प्रत्येक प्रकार की संस्थाओं की संख्या जो इस परियोजना से जुड़ी होती है, बाएं हाथ की ओर नेविगेशन बार के वर्कफ़्लो अनुभाग में प्रदर्शित होती है। इसके बाद उपयोगकर्ता चयनित परियोजना(चित्रा 4)के भीतर उन संस्थाओं की सूची प्रदर्शित करने के लिए किसी भी कार्यप्रवाह इकाई प्रकार (जैसे, माइक्रोस्कोपी सत्र) पर क्लिक कर सकता है। इस सूची में प्रत्येक इकाई के लिए, एक लेबल, तारीख और निर्माण के समय, इसे बनाने वाले उपयोगकर्ता का नाम, इस बात का संकेत है कि क्या इस इकाई के बारे में कोई टिप्पणी की गई है, और छह प्रमुख मेटाडेटा फ़ील्ड तक (उदाहरण के लिए, प्रत्येक माइक्रोस्कोपी सत्र के लिए: ग्रिड, छवियों की संख्या, शुरू और परिष्करण समय, और माइक्रोस्कोप और डिटेक्टर का उपयोग क्या किया गया था)। सूचीबद्ध संस्थाओं में से किसी एक का चयन इस मद के लिए उपलब्ध सभी जानकारी को सूचीबद्ध करने वाला विवरण पृष्ठ खोलता है, जिसमें सभी पूर्वज संस्थाओं की एक सारांश सूची शामिल है (उदाहरण के लिए, माइक्रोस्कोपी सत्र के लिए, इसके मूल ग्रिड और नमूना सूचीबद्ध हैं)। यह एक इकाई के "वंश" के माध्यम से बहुत जल्दी नेविगेशन के लिए अनुमति देता है, उदाहरण के लिए एक परमाणु मॉडल से नमूना(चित्रा 5)के विवरण के लिए एकल क्लिक नेविगेशन को सक्षम करने के लिए । इसके अलावा, gP2S में किसी भी इकाई पर टिप्पणी की जा सकती है, अपने विवरण पृष्ठ के ऊपरी दाएं हिस्से में "टिप्पणियां" का चयन करके, एक मुक्त पाठ टिप्पणी दर्ज करने, और वैकल्पिक रूप से एक या एक से अधिक फ़ाइलों को संलग्न करके।

नमूना तैयार करना
वर्कफ़्लो के पहले चरण में नमूना का वर्णन करें। ऐसा करने के लिए, पहले कम से कम एक घटक को परिभाषित करें: प्रोटीन या लिगांड।

एक नया प्रोटीन जोड़ने के लिए केवल एक प्रोटीन लेबल की आवश्यकता होती है, लेकिन प्रोटीन का बेहतर वर्णन करने में मदद करने के लिए एक PUR आईडी (शुद्धिकरण पहचानकर्ता के लिए) जोड़ें । यह फ़ील्ड किसी भी पाठ को स्वीकार करता है और उदाहरण के लिए बहुत/बैच नंबर हो सकता है या बारकोड लेबल के लिए एक जगह के रूप में काम कर सकता है। यदि gP2S को प्रोटीन पंजीकरण प्रणाली (चर्चा देखें) के साथ एकीकृत करने के लिए अनुकूलित किया गया है, तो PUR आईडी को स्वचालित रूप से मान्य किया जा सकता है और प्रोटीन की इस बहुत के बारे में विस्तृत जानकारी प्राप्त करने और प्रदर्शित करने के लिए उपयोग किया जा सकता है। लिगामेंट्स के लिए, एक लेबल और स्टॉक एकाग्रता अनिवार्य जानकारी है। अन्य सभी फ़ील्ड वैकल्पिक हैं, और इसमें शामिल हैं: अवधारणा (बारकोड, सामान्य नाम या अन्य लिगांड पहचानकर्ता) और बैच/लॉट पहचानकर्ता। फिर, यदि gP2S को एक लिगांड पंजीकरण प्रणाली के साथ एकीकृत करने के लिए कॉन्फ़िगर किया गया है, तो अवधारणा और बहुत पहचानकर्ताओं का उपयोग लिगांड (जैसे इसकी रासायनिक संरचना, परख परिणाम) का वर्णन करते हुए बाहरी रूप से संग्रहीत डेटा लाने और प्रदर्शित करने के लिए किया जा सकता है।

एक नमूना प्रोटीन और लिगांड और उनकी अंतिम सांद्रता के किसी भी संयोजन द्वारा परिभाषित किया गया है। वैकल्पिक रूप से, नमूने के अन्य प्रयोगात्मक विवरण जैसे इनक्यूबेशन समय और तापमान, बफर और एक मुक्त पाठ प्रोटोकॉल विवरण निर्दिष्ट करें।

ग्रिड की तैयारी
जब नमूना तैयार हो जाता है, तो ग्रिड पर नेविगेट करें। सूची में, प्रत्येक ग्रिड के लेबल के तहत एक या दो रंगीन टैग मिलते हैं जो ग्रिड प्रकार (क्रायो या दाग) को इंगित करते हैं और क्या वह ग्रिड उपयोग के लिए उपलब्ध है। एक नया ग्रिड बनाने के लिए, नए ग्रिड बनाएंचुनें। एक लेबल में टाइप करें, ग्रिड प्रकार और सतह उपचार प्रोटोकॉल (जैसे, चमक निर्वहन) का चयन करें। फिर, इंगित करें कि क्या क्रायो या नकारात्मक दाग ग्रिड तैयार करना, और ड्रॉपडाउन सूची से पूर्व-कॉन्फ़िगर किए गए तैयारी प्रोटोकॉल में से एक का चयन करें, जो पहले चुने गए ग्रिड तैयारी प्रकार के आधार पर नकारात्मक दाग प्रोटोकॉल या विट्रिफिकेशन प्रोटोकॉल के साथ आबादी है। इसके बाद, ड्रॉपडाउन सूची से उपयुक्त नमूना का चयन करें और यह इंगित करने के लिए टॉगल स्विच का उपयोग करें कि क्या नमूना उपलब्ध है (नीचे अधिक विस्तार से वर्णित)। यदि चयनित नमूने को पतला या केंद्रित करने के लिए चुनना है, तो "पतला/केंद्रित?" टॉगल का उपयोग करके और प्रासंगिक कमजोर पड़ने या एकाग्रता कारक निर्दिष्ट करें। ग्रिड पर लागू मात्रा निर्दिष्ट (μL में) और वैकल्पिक रूप से भी एक इनक्यूबेशन समय रिकॉर्ड कर सकते हैं । अंत में, ग्रिड के भंडारण स्थान को परिभाषित करें। नकारात्मक दाग ग्रिड के लिए, भंडारण बॉक्स लेबल/संख्या और बॉक्स के भीतर ग्रिड की स्थिति रिकॉर्ड । क्रायो ग्रिड के लिए, पहले सूची से एक भंडारण डिवाइस का चयन करें और फिर उपलब्ध और उपयुक्त फ़ील्ड (सिलेंडर, ट्यूब, और/या बॉक्स) के लिए जानकारी प्रदान करें, जो पहले सेटिंग्स में परिभाषित क्रायो स्टोरेज डिवाइस गुणों के आधार पर है।

ऊपर वर्णित कार्यप्रवाह के हिस्से, नमूने और ग्रिड, एक इन्वेंट्री प्रबंधन प्रणाली का हिस्सा हैं। यह सुविधा इस बात का ट्रैक रखती है कि क्या घटक अभी भी उपयोग के लिए उपलब्ध हैं।

  1. एक प्रोटीन या लिगांड नमूना स्तर से अनुपलब्ध किया जा सकता है। नमूना बनाते समय, उस नमूने के किसी भी घटक के लिए "अंतिम बूंद" का चयन भविष्य के उपयोग के लिए अनुपलब्ध के रूप में उन घटकों को चिह्नित करता है: वे अब नमूना बनाते समय ड्रॉप डाउन में उपलब्ध नहीं होंगे, और उन्हें सूची दृश्य में "उपलब्ध" टैग द्वारा चिह्नित नहीं किया जाएगा।
  2. एक चयनित नमूना दो टॉगल स्विच में से एक का उपयोग करके अनुपलब्ध के रूप में चिह्नित किया जा सकता है-"ग्रिड बनाने के लिए उपलब्ध है?" (नमूनों के तहत) या "नमूना आगे के उपयोग के लिए उपलब्ध है?" (ग्रिड के तहत)।
  3. ग्रिड की उपलब्धता का प्रबंधन करने के लिए, "ग्रिड भंडारण में लौट आया?" टॉगल (माइक्रोस्कोपी सत्र के तहत) का उपयोग करें। डिफ़ॉल्ट रूप से, यह मूल्य सभी नकारात्मक दाग ग्रिड के लिए और क्रायोईएम ग्रिड के लिए "नहीं" के लिए "हां" के लिए सेट किया गया है।

डेटा संग्रह
एक बार ग्रिड पंजीकृत होने के बाद, gP2S में माइक्रोस्कोपी सत्र बनाकर डेटा संग्रह प्रयोगों को पंजीकृत करें। माइक्रोस्कोपी सत्र आवेदन द्वारा ट्रैक की गई सबसे जटिल प्रयोगात्मक इकाई है और इसे चार वर्गों में व्यवस्थित किया जाता है: बुनियादी जानकारी, माइक्रोस्कोप सेटिंग्स, एक्सपोजर सेटिंग्स और माइक्रोस्कोप नियंत्रण।

पहले खंड में बुनियादी जानकारी शामिल है: एक माइक्रोस्कोपी सत्र लेबल, इसकी शुरुआत और खत्म तिथियां और समय, ग्रिड क्या छवि थी, जो माइक्रोस्कोप, डिटेक्टर और नमूना धारक (यदि लागू हो) का उपयोग किया गया था, और कितनी छवियों को एकत्र किया गया । नया माइक्रोस्कोपी सत्र बनाते समय, सिस्टम स्वचालित रूप से शुरुआती तिथि और समय में भर जाता है। फिनिशिंग डेट और समय वैकल्पिक हैं। इसका कारण यह है कि एक सत्र प्रणाली में पंजीकृत किया जा सकता है, जबकि प्रयोग अभी भी चल रहा है और इसलिए इसके अंत समय ठीक से ज्ञात नहीं होगा । यदि फिनिश तिथि और समय ज्ञात नहीं है, तो इसे मैन्युअल रूप से टाइप करें या वर्तमान तिथि और समय दर्ज करने के लिए "अब" बटन का उपयोग करें। एक और तरीका इस तथ्य का लाभ उठाना है कि gP2S किसी भी दिए गए माइक्रोस्कोप पर एक से अधिक अधूरे माइक्रोस्कोपी सत्रों की अनुमति नहीं देता है। एक ही माइक्रोस्कोप पर एक नया माइक्रोस्कोपी सत्र शुरू करने के रूप में समाप्त स्वचालित रूप से किसी भी पहले से शुरू सत्र के निशान ।

अगले चरण में, ग्रिड चुनें। ड्रॉपडाउन सूची में वर्तमान परियोजना में सभी उपलब्ध ग्रिड होंगे। ग्रिड चुनने के बाद, इसकी कुछ बुनियादी जानकारी देखी जाएगी: इसे किसने बनाया और कब, और इस पर क्या नमूना लागू किया गया था। ग्रिड किस प्रकार का चयन किया जाता है, इसके आधार पर, माइक्रोस्कोपी सत्र को सूची दृश्य पर "दाग" या "क्रायो" के रूप में चिह्नित किया जाएगा।

डिफ़ॉल्ट रूप से, वर्तमान परियोजना में सबसे हाल ही में उपयोग किया जाने वाला माइक्रोस्कोप पूर्व-चयनित है। यदि किसी विशेष माइक्रोस्कोप में एक नमूना प्रविष्टि तंत्र है जो ऑटोलोडर के रूप में परिभाषित किया गया है, तो यह नमूना धारक के रूप में प्रदर्शित जानकारी है। हालांकि, यदि चयनित माइक्रोस्कोप को साइड एंट्री धारकों के उपयोग की आवश्यकता होती है, तो इस माइक्रोस्कोप के साथ काम करने के लिए कॉन्फ़िगर किए गए नमूना धारकों की सूची से उपयोग किए गए धारक का चयन करें (यदि चयनित ग्रिड क्रायो ग्रिड है, तो केवल क्रायो-सक्षम धारक सूचीबद्ध हैं)।

माइक्रोस्कोपी सेशन फॉर्म के दूसरे सेक्शन में माइक्रोस्कोप सेटिंग्स जैसे एक्सट्रैकेशन और एक्सीलरेशन वोल्टेज, गन लेंस, सी2 अपर्चर का व्यास, ऑब्जेक्टिव अपर्चर और एनर्जी फिल्टर स्लिट चौड़ाई के बारे में जानकारी होती है । नियमित उपयोग के दौरान, इन सेटिंग्स को शायद ही कभी बदला जाता है क्योंकि उपयोगकर्ताओं को आमतौर पर डिफ़ॉल्ट मूल्यों से विचलित नहीं होना पड़ता है।

माइक्रोस्कोपी सत्र के तीसरे खंड में एक्सपोजर सेटिंग्स के बारे में जानकारी होती है। इस खंड में निम्नलिखित मेटाडेटा दर्ज किए गए हैं: आवर्धन (पिक्सेल आकार), स्पॉट आकार, प्रबुद्ध क्षेत्र का व्यास, एक्सपोजर अवधि, और क्या नैनोप्रोब, गिनती मोड, खुराक अंश और सुपर रिज़ॉल्यूशन का उपयोग किया गया था (गिनती मोड, खुराक अंश और सुपर रिज़ॉल्यूशन सेटिंग्स केवल तभी सक्षम हैं जब चयनित डिटेक्टर में ये विशेषताएं हैं)। यदि खुराक अंश का उपयोग किया गया था, तो फ्रेम और एक्सपोजर दर की संख्या भी दर्ज की जाती है।

सुविधा के लिए, प्रयोगात्मक रूप से महत्वपूर्ण मापदंडों की एक संख्या मक्खी पर गणना कर रहे है और फार्म के भीतर प्रदर्शित: अंतिम छवि पिक्सेल आकार (Å), जोखिम दर(इलेक्ट्रॉन/Å 2/s),कुल जोखिम (इलेक्ट्रॉन/Å2),फ्रेम अवधि (एस) और जोखिम प्रति फ्रेम (इलेक्ट्रॉन/Å2)।

माइक्रोस्कोपी सत्र के चौथे और अंतिम खंड का उपयोग न्यूनतम और अधिकतम लक्ष्य अंडरफोकस रिकॉर्ड करने के लिए किया जा सकता है, और प्रति होल एक्सपोजर की संख्या।

जबकि gP2S में माइक्रोस्कोपी सत्र का उपयोग किसी भी प्रकार के माइक्रोस्कोपी कार्य को पंजीकृत करने के लिए किया जा सकता है, चाहे वह स्क्रीनिंग या डेटा संग्रह उद्देश्यों के लिए हो, हमने पाया है कि उपयोगकर्ताओं को डेटा संग्रह सत्रों के पंजीकरण पर ध्यान केंद्रित करने के लिए कहना पर्याप्त और अधिक कुशल है, और स्क्रीनिंग सत्र, जिसमें एक ग्रिड केवल गुणवत्ता नियंत्रण के लिए संक्षेप में निरीक्षण किया जाता है, जरूरी नहीं कि माइक्रोस्कोपी सत्र के रूप में पंजीकृत किया जाना चाहिए ।

इमेज प्रोसेसिंग
इमेज प्रोसेसिंग काम gP2S में प्रोसेसिंग सेशन एंटिटीज के रूप में दर्ज किया जाता है। प्रत्येक प्रोसेसिंग सत्र एक या एक से अधिक माइक्रोस्कोपी सत्र से संबंधित है, जिसे ड्रॉपडाउन सूची से चुना जाना चाहिए। संकेत मिलता है जो सॉफ्टवेयर संकुल (कार्यक्रम और संस्करण) का इस्तेमाल किया गया, माइक्रोग्राफ की संख्या और कणों की संख्या उठाया । वैकल्पिक रूप से, प्रसंस्करण की निर्देशिका का नाम रिकॉर्ड करें।

नक्शा जमाव
एक बार एक या एक से अधिक त्रि-आयामी पुनर्निर्माण प्राप्त हो जाने के बाद, मानचित्र को gP2S में जमा किया जा सकता है। प्रत्येक मानचित्र एक प्रसंस्करण सत्र के साथ जुड़ा हुआ है, और वास्तविक नक्शा फ़ाइल के होते हैं (आमतौर पर एक MRC-स्वरूपित फ़ाइल, लेकिन gP2S किसी भी फ़ाइल प्रकार के लिए अनुमति देता है) और कुंजी मेटाडेटा: पिक्सेल (Å) का आकार, सतह प्रतिपादन के लिए अनुशंसित आइसोकॉनटूर स्तर, क्या समरूपता लागू की जाती है, नक्शा बनाने के लिए उपयोग की जाने वाली छवियों की संख्या, और अनुमानित संकल्प अनुमानित : अपने सबसे अच्छे और सबसे खराब भागों में के रूप में अच्छी तरह से औसत वैश्विक संकल्प । मानचित्र निम्नलिखित प्रकार के संबंधों का उपयोग करके एक-दूसरे से जुड़े हो सकते हैं: फ़िल्टर किए गए, नकाबपोश, पुनर्सैंण, या परिष्कृत संस्करण। इस तरह के एक संघ का पंजीकरण करते समय, रिश्ते के प्रकार का चयन करें (उदाहरण के लिए, "' का फ़िल्टर संस्करण है ' या "फ़िल्टर संस्करण") ।

मॉडल जमाव
एक बार एक परमाणु मॉडल प्राप्त हो जाने के बाद, इसे संबंधित परियोजना के लिए gP2S के मॉडल अनुभाग में जमा किया जा सकता है। GP2S की पहली रिलीज में मॉडल सुविधा नंगे हड्डियों है: वास्तविक मॉडल फ़ाइल (आमतौर पर एक पीडीबी या एमएमसीआईएफ फ़ाइल), केवल संकल्प (Å में) और मानचित्र (या मानचित्र की सूची) के अलावा, जिसमें से मॉडल प्राप्त किया गया था, आवश्यक हैं। इसके अतिरिक्त, यह इंगित करना संभव है कि एक मॉडल पहले से जमा मॉडल का एक परिष्कृत संस्करण है। मॉडल सत्यापन सहित अतिरिक्त सुविधाओं, विकास के तहत कर रहे हैं और भविष्य में gP2S के खुले स्रोत संस्करण में जोड़ा जा सकता है।

रिपोर्ट
सहयोगियों को वितरित किए जाने वाले संक्षिप्त दस्तावेज उत्पन्न करना आवश्यक हो सकता है, जिनके पास gP2S तक पहुंच नहीं हो सकती है, या किसी फाइलिस्टम पर संग्रहीत किया जा सकता है। gP2S इस उद्देश्य के लिए एक रिपोर्ट कार्यक्षमता प्रदान करता है, प्रत्येक इकाई विवरण दृश्य पृष्ठ के शीर्ष अधिकार पर एक प्रिंटर आइकन के माध्यम से उपलब्ध है । यह एक प्रिंट करने योग्य पीडीएफ फ़ाइल उत्पन्न करता है जिसमें सभी टिप्पणियों सहित इकाई और उसके पूर्वज संस्थाओं में से प्रत्येक का वर्णन करने वाले सभी मेटाडेटा शामिल हैं। यह सुविधा मॉडल जमाव के बाद विशेष रूप से मूल्यवान है, क्योंकि सभी डेटा और मेटाडेटा अंतिम परमाणु मॉडल के वंश का पता लगाने के लिए सभी तरह से वापस विशिष्ट प्रोटीन और छोटे अणु ligand लॉट के माध्यम से माइक्रोस्कोपी सत्र (एस) और ग्रिड (एस) एक ही दस्तावेज़ में उपलब्ध हो जाएगा ।

Figure 1
चित्रा 1। gP2S एक विट्रीफिकेशन लैब बेंच पर एक आईपैड पर चल रहा है। यूजर इंटरफेस को टच स्क्रीन का इस्तेमाल करते हुए ऑपरेशन के लिए डिजाइन किया गया है, जो इन-लैब यूज और सटीक मेटाडेटा एंट्री की सुविधा देता है । कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

Figure 2
चित्र 2:gP2S सिस्टम आर्किटेक्चर। gP2S एक क्लासिक तीन स्तरीय संगठन का पालन करता है और डेटा भंडारण के लिए दो डेटाबेस सर्वर और उपयोगकर्ता प्रमाणीकरण के लिए एलडीएपी सर्वर पर निर्भर करता है। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

Figure 3
चित्र 3:gP2S डेटा मॉडल। संस्थाओं को आयतों (कार्यप्रवाह संस्थाओं के लिए गहरा नारंगी, उपकरण और प्रोटोकॉल के लिए नारंगी, अन्य इकाई प्रकारों के लिए पीला) के रूप में चित्रित किया गया है, और उनके रिश्ते (एक-से-एक, एक-से-कई, कई-से-कई) निरंतर लाइनों द्वारा दर्शाए गए हैं। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

Figure 4
चित्रा 4। माइक्रोस्कोपी सत्र सूची देखें। इस दृश्य में, चयनित परियोजना के तहत पंजीकृत सभी माइक्रोस्कोपी सत्र (इस स्क्रीनशॉट में CARD9") सूचीबद्ध हैं । एक हरे या बैंगनी टैग कमरे के तापमान (नकारात्मक दाग) और क्रायोजेनिक माइक्रोस्कोपी सत्रों के बीच अंतर करता है, और प्रत्येक सत्र का वर्णन करने वाले कुछ प्रमुख मेटाडेटा सूचीबद्ध हैं (उदाहरण के लिए उपयोगकर्ता जिसने इसे पंजीकृत किया है, दूर दाईं ओर)। माइक्रोस्कोपी सत्र के नाम पर क्लिक करने से उस सत्र का विस्तृत दृश्य खुलता है (चित्र 5में एक मॉडल का विस्तृत दृश्य दिखाया गया है)। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

Figure 5
चित्रा 5। मॉडल विस्तार देखें। पृष्ठ का शीर्ष भाग चयनित मॉडल के लिए उपलब्ध मेटाडेटा दिखाता है। दाईं ओर टिप्पणी फलक पार (ऊपर सही) या "टिप्पणियां (1)) पर क्लिक करके छिपाया जा सकता है अपने बाईं ओर । नीचे, माउस का एक सेट पीडीएफ रिपोर्ट (प्रिंटर आइकन, मुख्य पाठ देखें), प्रवेश (पेंसिल आइकन) का संपादन, या इसे डुप्लिकेट (डबल आयत आइकन) की पीढ़ी को सक्षम बनाता है। पृष्ठ के निचले हिस्से में उन सभी संस्थाओं की संरचना सूची है जिनसे यह मॉडल उतरा हुआ है, नमूनों से लेकर मानचित्र तक। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

पुस्तकालय या ढांचे का नाम प्रकार विवरण
अपाचेड एलडीएपी सर्वर 0.7.0
बंदरगाह-मज़दूर विकास उपकरण n/a
मौसम पुस्तकालय 1.4.10
शीतनिद्रा पुस्तकालय 5.0.12
जावा प्रोग्रामिंग भाषा 1.8+
जावास्क्रिप्ट प्रोग्रामिंग भाषा एक्मास्क्रिप्ट 2017
जेयूनिट पुस्तकालय 4.12
कर्म पुस्तकालय 1.4.1
मावेन विकास उपकरण 3+
मोंगोडीबी डीबी सर्वर 4.0.6
MySQL डेटाबेस डीबी सर्वर 5.7
नोड.js ढांचा 6.9.1
SASS (नोड-सास) पुस्तकालय 4.5.3
स्प्रिंगबूट ढांचा 1.3
अफ़सर यूआई पुस्तकालय 2.6.1
बिलार आवेदन सर्वर 8.5.15
Vue.js ढांचा 2.4.2
वु-क्ली विकास उपकरण 2.6.12

तालिका 1. gP2S द्वारा उपयोग किए जाने वाले पुस्तकालय और चौखटे

Discussion

जब ठीक से और लगातार इस्तेमाल किया जाता है, तो gP2S संरचित डेटा मॉडल और परिभाषित शब्दावली का उपयोग करके महत्वपूर्ण प्रयोगात्मक मेटाडेटा की रिकॉर्डिंग को लागू करके उच्च गुणवत्ता वाले मेटाडेटा को उचित रिकॉर्ड रखने में मदद करता है, लेकिन प्रयोगशाला में उच्च स्तर के अनुपालन को प्राप्त होने पर इसका अतिरिक्त मूल्य केवल पूरी तरह से महसूस किया जाता है। उपरोक्त प्रोटोकॉल में इसे कैसे प्राप्त किया जाए, इसे शामिल नहीं किया गया है। हमने पाया कि एक प्रभावी प्रवर्तन तकनीक के लिए माइक्रोस्कोप ऑपरेटरों को gP2S में पंजीकृत नहीं ग्रिड पर डेटा इकट्ठा करने से इनकार किया गया था । यह बहुत जल्दी अनुपालन दिया और उद्भव के लिए जमीन रखी, अगले महीनों में, विस्तृत और सटीक प्रयोगात्मक विवरण और कॉर्पोरेट स्मृति के एक बड़े शरीर की । उपयोग के कुछ महीनों के बाद, gP2S में संग्रहीत मेटाडेटा के कॉर्पस का मूल्य अधिकांश उपयोगकर्ताओं के लिए इतना स्पष्ट हो गया कि अनुपालन स्पष्ट हस्तक्षेप के बिना उच्च बना रहा।

पूरी तरह से इस सामूहिक स्मृति का लाभ उठाने के लिए आवश्यक है कि gP2S में संग्रहीत मेटाडेटा बाहरी प्रणालियों के लिए सुलभ हो और आसानी से प्रयोगात्मक डेटा (माइक्रोग्राफ) और परिणाम (नक्शे और मॉडल) के साथ जुड़ा हुआ है । उपरोक्त प्रोटोकॉल में अन्य सूचना और डेटा प्रसंस्करण प्रणालियों के साथ gP2S को एकीकृत करने का वर्णन नहीं है। सबसे सीधा gP2S के बैकएंड रेस्ट एपीआई के माध्यम से संभावित एकीकरण हैं, जिन्हें gP2S के किसी भी संशोधन की आवश्यकता नहीं है। उदाहरण के लिए, हमारे डेटा संग्रह डिटेक्टरों को नियंत्रित करने वाला प्रत्येक कंप्यूटर एक स्क्रिप्ट चलाता है जो समय-समय पर माइक्रोस्कोपी सत्र प्रबंधन रेस्ट कंट्रोलर के तहत gP2S के अंतिम बिंदु "getItemByMicroscope" प्रश्न करता है, यह जांचने के लिए कि क्या माइक्रोस्कोपी सत्र अपने माइक्रोस्कोप पर चल रहा है। यदि हां, तो स्क्रिप्ट GP2S से उपयुक्त डेटा स्टोरेज निर्देशिका नाम (जैसा कि सेटिंग पेज में कॉन्फ़िगर किया गया है, ऊपर देखें), और इस नाम का उपयोग करके स्थानीय डेटा स्टोरेज डिवाइस पर एक निर्देशिका बनाता है। यह डेटा स्टोरेज निर्देशिका का व्यवस्थित नामकरण सुनिश्चित करता है और टाइपो के कारण त्रुटि के जोखिम को कम करता है।

यद्यपि उन्हें gP2S के सार्वजनिक संस्करण के स्रोत में टिप्पणी की गई है, लेकिन gP2S उपभोक्ता बाहरी सिस्टम के डेटा को शामिल करते हुए आगे एकीकरण भी संभव है। हमारी प्रयोगशाला में, gP2S की हमारी तैनाती (i) एक परियोजना प्रबंधन प्रणाली के साथ एकीकृत करती है, ताकि gP2S में कॉन्फ़िगर की गई प्रत्येक परियोजना को कंपनी-व्यापी पोर्टफोलियो परियोजना से जोड़ा जा सके, और पोर्टफोलियो से मेटाडेटा को gP2S के भीतर प्रदर्शित किया जा सकता है; (ii) एक प्रोटीन पंजीकरण प्रणाली, ताकि gP2S में जोड़े गए प्रत्येक प्रोटीन को स्थानीय रूप से संग्रहीत एक पहचानकर्ता के माध्यम से प्रोटीन के उद्गम का ब्यौरा देने वाले अभिलेखों के एक पूर्ण सेट से जोड़ा जाए, जिसमें प्रासंगिक आणविक जीव विज्ञान, अभिव्यक्ति प्रणाली और शुद्धि का विवरण शामिल है; (iii) एक छोटा सा अणु यौगिक प्रबंधन प्रणाली, जिससे gP2S को प्रत्येक लिगामेंट के बारे में महत्वपूर्ण जानकारी प्रदर्शित करने की अनुमति मिलती है, जैसे कि इसकी रासायनिक संरचना । इन एकीकरणों को सक्षम करने के लिए आवश्यक कोड संशोधनों को gP2S भंडार (https://github.com/arohou/gP2S) से उपलब्ध README-BUILD.md दस्तावेज़ के "एकीकरण" अनुभाग में वर्णित किया गया है।

GP2S के वर्तमान संस्करण की सीमाएं हैं, जिनमें से पहले पीढ़ी सरलीकृत डेटा मॉडल और संरचना (मॉडल) जमाव के लिए फ्रंटएंड है। यह जानबूझकर gP2S के जारी संस्करण में एक "barebones" राज्य में छोड़ दिया गया था क्योंकि एक पूरी तरह से विकसित संरचना जमाव और सत्यापन सुविधा वर्तमान में एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी के लिए समर्थन के साथ एक साथ विकास के तहत है । एक और डिजाइन निर्णय किसी भी विशेषाधिकार या अनुमति प्रणाली को लागू नहीं करना था: gP2S में सभी उपयोगकर्ताओं को इसकी सुविधाओं और डेटा तक समान पहुंच है। यह उन सुविधाओं के लिए एक खराब विकल्प बना सकता है जो प्रतिस्पर्धी हितों और गोपनीयता आवश्यकताओं के साथ उपयोगकर्ता समूहों की सेवा करते हैं, लेकिन हमारी सुविधा के लिए चिंता का विषय नहीं था।

gP2S के हमारे इन-हाउस संस्करण का विकास चल रहा है और यह हमारी आशा है कि यहां वर्णित ओपन-सोर्स संस्करण अन्य क्रायोईएम समूहों के लिए उपयोगी होगा, और कुछ भविष्य में सुझाव, या कोड सुधार में योगदान दे सकते हैं। भविष्य के उच्च मूल्य के विकास उदाहरण के लिए प्रयोगशाला उपकरणों (vitrification रोबोट, इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप), सॉफ्टवेयर (जैसे फसल छवि प्रसंस्करण मेटाडेटा) और बाहरी सार्वजनिक भंडार (उदाहरण के लिए संरचना जमा की सुविधा के लिए) के साथ एकीकरण पर ध्यान केंद्रित कर सकते हैं ।

प्रयोगशाला और क्रायोईएम सुविधा में gP2S के नियमित उपयोग से सक्षम उच्च गुणवत्ता वाले मेटाडेटा के व्यवस्थित संग्रह का वर्षों की अवधि में समानांतर रूप से कई परियोजनाओं पर मुकदमा चलाने की क्षमता पर एक महत्वपूर्ण, सकारात्मक प्रभाव पड़ सकता है। चूंकि अधिक से अधिक साझा और केंद्रीकृत क्रायोईएम समूह और सुविधाएं स्थापित की जाती हैं, हम आशा करते हैं कि gP2S जैसे सूचना प्रबंधन प्रणालियों की आवश्यकता बढ़ती रहेगी।

Disclosures

सभी लेखकों के साथ या Roche या अपनी सहायक Genentech के कर्मचारियों के साथ ठेकेदार हैं ।

Acknowledgments

लेखक gP2S विकास टीम के अन्य सभी सदस्यों को धन्यवाद देते हैं जिन्होंने अपनी स्थापना के बाद से इस परियोजना पर काम किया है: राफेल उडज़िएला, सेज़री Krzyżanowski, प्रज़ेमाइस्वा स्टैनकोवस्की, जेसेक ज़िमस्की, पिओटर सुचिकी, कारोलिना Pająk, इवआउट वंडेडेन एडेन, डैमियन मिर्ज़िन्स्की, मिचेल वोजटकोवस्की, पिओटर पिकुसा, अन्ना सुरदाका, कामिल लसुज़क और आर्टुर कुसक। हम टीम को इकट्ठा करने और परियोजना को आकार देने में मदद करने के लिए रेमंड हा और क्लाउडियो सिफेरी को भी धन्यवाद देते हैं।

Materials

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References

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बायोकेमिस्ट्री अंक 172 क्रायोजेनिक इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी क्रायोईएम प्रयोगशाला सूचना प्रबंधन प्रणाली लिम्स
gP2S, क्रायोईएम प्रयोगों के लिए एक सूचना प्रबंधन प्रणाली
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Wypych, D., Kierecki, D., Golebiowski, F. M., Rohou, A. gP2S, an Information Management System for CryoEM Experiments. J. Vis. Exp. (172), e62377, doi:10.3791/62377 (2021).

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