La spettroscopia funzionale nel vicino infrarosso (fNIRS) è una metodologia di neuroimaging portatile, più robusta al movimento e più economica della risonanza magnetica funzionale (fMRI), il che la rende particolarmente adatta per condurre studi naturalistici sulla funzione cerebrale e per l'uso con popolazioni cliniche e in via di sviluppo. Entrambe le metodologie fNIRS e fMRI rilevano cambiamenti nell'ossigenazione del sangue cerebrale durante l'attivazione funzionale del cervello e studi precedenti hanno mostrato un'elevata corrispondenza spaziale e temporale tra i due segnali. Non esiste, tuttavia, un confronto quantitativo dei due segnali raccolti simultaneamente dagli stessi soggetti con copertura fNIRS a testa intera. Questo confronto è necessario per convalidare in modo completo le attivazioni a livello di area e la connettività funzionale rispetto al gold standard fMRI, che a sua volta ha il potenziale per facilitare il confronto dei due segnali nel corso della vita. Affrontiamo questa lacuna descrivendo un protocollo per la raccolta simultanea di dati di segnali fMRI e fNIRS che: i) fornisce una copertura fNIRS a testa intera; ii) include misurazioni a breve distanza per la regressione del segnale fisiologico sistemico non corticale; e iii) implementa due diversi metodi per la co-registrazione optode-cuoio capelluto delle misurazioni fNIRS. Vengono presentati i dati fMRI e fNIRS di tre soggetti e vengono discusse le raccomandazioni per adattare il protocollo alle popolazioni in via di sviluppo e cliniche. L'attuale configurazione con adulti consente sessioni di scansione per una media di circa 40 minuti, che includono sia scansioni funzionali che strutturali. Il protocollo delinea i passaggi necessari per adattare l'apparecchiatura fNIRS per l'uso nell'ambiente di risonanza magnetica (RM), fornisce raccomandazioni sia per la registrazione dei dati che per la co-registrazione optodo-cuoio capelluto e discute le potenziali modifiche del protocollo per adattarsi alle specifiche del sistema fNIRS sicuro per la risonanza magnetica disponibile. Le risposte rappresentative specifiche del soggetto da un compito a scacchiera lampeggiante illustrano la fattibilità del protocollo per misurare i segnali fNIRS dell'intera testa nell'ambiente RM. Questo protocollo sarà particolarmente rilevante per i ricercatori interessati a convalidare i segnali fNIRS rispetto alla fMRI per tutta la durata della vita.