Name: Bakteriyel Konjugasyon ilgilendim Transferi Proteinlerin Dizi özgü Analiz konjugatif Çiftleşme Tahliller (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-01-04T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 41 s
Description: Öğrenin bakteriyel konjugasyonda gen fonksiyonunu analiz etmek için homolog rekombinasyon ve çiftleşme testleri yöntemlerini. Bu protokol plazmid transfer verimliliğini değerlendirmeye yardımcı olur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu araştırma Kanada Doğa Bilimleri ve Mühendislik Konseyi Discovery Grant (NSERC) tarafından desteklenmiştir.

<ol><li>Dobrindt, U., Hochhut, B., Hentschel, U., Hacker, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+islands+in+pathogenic+and+environmental+microorganisms%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Genomic islands in pathogenic and environmental microorganisms.</a> Nat Rev Microbiol. 2 (5), 414-424 (2004).</li>
<li>Furuya, E. Y., Lowy, F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antimicrobial-resistant+bacteria+in+the+community+setting%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Antimicrobial-resistant bacteria in the community setting.</a> Nat Rev Microbiol. 4 (1), 36-45 (2006).</li>
<li>Griffiths, A., Miller, J., Suzuki, D., Lewontin, R., Gelbart, W. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGriffiths%2C+A+%22An+Introduction+to+Genetic+Analysis%2C+7th+Edition%22">An Introduction to Genetic Analysis, 7th Edition</a>. , W.H. Freeman. San Fransisco. (2000).</li>
<li>Cooper, T. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recombination+Speeds+Adaptation+by+Reducing+Competition+between+Beneficial+Mutations+in+Populations+of+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">Recombination Speeds Adaptation by Reducing Competition between Beneficial Mutations in Populations of Escherichia coli.</a> PLoS Biol. Barton, N. H. 5 (9), 225(2007).</li>
<li>Lujan, S. A., Guogas, L. M., Ragonese, H., Matson, S. W., Redinbo, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Disrupting+antibiotic+resistance+propagation+by+inhibiting+the+conjugative+DNA+relaxase%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Disrupting antibiotic resistance propagation by inhibiting the conjugative DNA relaxase.</a> Proc Natl Acad Sci. 104 (30), 12282-12287 (2007).</li>
<li>Carattoli, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plasmids+and+the+spread+of+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Med+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Plasmids and the spread of resistance.</a> Int J Med Microbiol. 303 (6-7), 298-304 (2013).</li>
<li>Shala, A., Ferraro, M., Audette, G. F. Bacterial Secretion Systems: Nanomachines for Infection and Genetic Diversity. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aShala%2C+A+%22Handbook+of+Clinical+Nanomedicine%3A+Nanoparticles%2C+Imaging%2C+Therapy+and+Clinical+Applications%22">Handbook of Clinical Nanomedicine: Nanoparticles, Imaging, Therapy and Clinical Applications</a>. Bawa, R., Audette, G. F., Rubenstein, I. , Pan Sanford Publishing. Singapore. 657-686 (2016).</li>
<li>Tseng, T. T., Tyler, B. M., Setubal, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein+secretion+systems+in+bacterial-host+associations%2C+and+their+description+in+the+Gene+Ontology%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Protein secretion systems in bacterial-host associations, and their description in the Gene Ontology.</a> BMC Microbiol. 9 (1), Suppl 1 2(2009).</li>
<li>Alvarez-Martinez, C. E., Christie, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biological+diversity+of+prokaryotic+type+IV+secretion+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Mol+Biol+Rev%22%5BJournal%5D)">Biological diversity of prokaryotic type IV secretion systems.</a> Microbiol Mol Biol Rev. 73 (4), 775-808 (2009).</li>
<li>Lawley, T. D., Klimke, W. A., Gubbins, M. J., Frost, L. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((F+factor+conjugation+is+a+true+type+IV+secretion+system%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Lett%22%5BJournal%5D)">F factor conjugation is a true type IV secretion system.</a> FEMS Microbiol Lett. 224 (1), 1-15 (2003).</li>
<li>Lederberg, J., Tatum, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gene+Recombination+in+Escherichia+Coli%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Gene Recombination in Escherichia Coli.</a> Nature. 158 (4016), 558-558 (1946).</li>
<li>Smillie, C., Garcillan-Barcia, M. P., Francia, M. V., Rocha, E. P. C., de la Cruz, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mobility+of+Plasmids%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Mol+Biol+Rev%22%5BJournal%5D)">Mobility of Plasmids.</a> Microbiol Mol Biol Rev. 74 (3), 434-452 (2010).</li>
<li>Willetts, N., Skurray, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Conjugation+System+of+F-Like+Plasmids%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">The Conjugation System of F-Like Plasmids.</a> Annu Rev Genet. 14 (1), 41-76 (1980).</li>
<li>Frost, L. S., Ippen-Ihler, K., Skurray, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+the+sequence+and+gene+products+of+the+transfer+region+of+the+F+sex+factor%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Rev%22%5BJournal%5D)">Analysis of the sequence and gene products of the transfer region of the F sex factor.</a> Microbiol Rev. 58 (2), 162-210 (1994).</li>
<li>Audette, G. F., Manchak, J., Beatty, P., Klimke, W. A., Frost, L. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Entry+exclusion+in+F-like+plasmids+requires+intact+TraG+in+the+donor+that+recognizes+its+cognate+TraS+in+the+recipient%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Entry exclusion in F-like plasmids requires intact TraG in the donor that recognizes its cognate TraS in the recipient.</a> Microbiology. 153, Pt 2 442-451 (2007).</li>
<li>Christie, P. J., Atmakuri, K., Krishnamoorthy, V., Jakubowski, S., Cascales, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biogenesis%2C+Architecture%2C+and+Function+of+Bacterial+Type+Iv+Secretion+Systems%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Biogenesis, Architecture, and Function of Bacterial Type Iv Secretion Systems.</a> Annu Rev Microbiol. 59 (1), 451-485 (2005).</li>
<li>Christie, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Type+IV+secretion%3A+the+Agrobacterium+VirB%2FD4+and+related+conjugation+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta+-+Mol+Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Type IV secretion: the Agrobacterium VirB/D4 and related conjugation systems.</a> Biochim Biophys Acta - Mol Cell Res. 1694 (1-3), 219-234 (2004).</li>
<li>Bhatty, M., Laverde Gomez, J. a, Christie, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+expanding+bacterial+type+IV+secretion+lexicon%5BTitle%5D)+AND+%22Res+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The expanding bacterial type IV secretion lexicon.</a> Res Microbiol. 164 (6), 620-639 (2013).</li>
<li>Christie, P. J., Cascales, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+and+dynamic+properties+of+bacterial+Type+IV+secretion+systems+%28Review%29%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Membr+Biol%22%5BJournal%5D)">Structural and dynamic properties of bacterial Type IV secretion systems (Review).</a> Mol Membr Biol. 22 (1-2), 51-61 (2005).</li>
<li>Christie, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Type+IV+secretion%3A+Intercellular+transfer+of+macromolecules+by+systems+ancestrally+related+to+conjugation+machines%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Type IV secretion: Intercellular transfer of macromolecules by systems ancestrally related to conjugation machines.</a> Mol Microbiol. 40 (2), 294-305 (2001).</li>
<li>Christie, P. J., Whitaker, N., González-Rivera, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanism+and+structure+of+the+bacterial+type+IV+secretion+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">Mechanism and structure of the bacterial type IV secretion systems.</a> Biochim Biophys Acta. 1843 (8), 1578-1591 (2014).</li>
<li>Cascales, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+type+VI+secretion+toolkit%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Rep%22%5BJournal%5D)">The type VI secretion toolkit.</a> EMBO Rep. 9, 735(2008).</li>
<li>Silverman, J. M., Brunet, Y. R., Cascales, E., Mougous, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+and+Regulation+of+the+Type+VI+Secretion+System%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Structure and Regulation of the Type VI Secretion System.</a> Annu Rev Microbiol. 66 (1), 453-472 (2012).</li>
<li>Chandran, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+of+the+outer+membrane+complex+of+a+type+IV+secretion+system%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Structure of the outer membrane complex of a type IV secretion system.</a> Nature. 462 (7276), 1011-1015 (2009).</li>
<li>Rivera-Calzada, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+of+a+bacterial+type+IV+secretion+core+complex+at+subnanometre+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Structure of a bacterial type IV secretion core complex at subnanometre resolution.</a> EMBO J. 32 (8), 1195-1204 (2013).</li>
<li>Waksman, G., Fronzes, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+architecture+of+bacterial+type+IV+secretion+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">Molecular architecture of bacterial type IV secretion systems.</a> Trends Biochem Sci. 35, 691(2010).</li>
<li>Fronzes, R., Christie, P. J., Waksman, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+structural+biology+of+type+IV+secretion+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The structural biology of type IV secretion systems.</a> Nat Rev Microbiol. 7 (10), 703-714 (2009).</li>
<li>Kaplan, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probing+a+cell-embedded+megadalton+protein+complex+by+DNP-supported+solid-state+NMR%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Probing a cell-embedded megadalton protein complex by DNP-supported solid-state NMR.</a> Nat Methods. 12 (7), 5-9 (2015).</li>
<li>Guyer, M. S., Reed, R. R., Steitz, J. A., Low, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+sex-factor-affinity+site+in+E.+coli+as+gamma+delta%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harb+Symp+Quant+Biol%22%5BJournal%5D)">Identification of a sex-factor-affinity site in E. coli as gamma delta.</a> Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 45, Pt 1 135-140 (1981).</li>
<li>Anthony, K. G., Sherburne, C., Sherburne, R., Frost, L. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+the+pilus+in+recipient+cell+recognition+during+bacterial+conjugation+mediated+by+F-like+plasmids%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The role of the pilus in recipient cell recognition during bacterial conjugation mediated by F-like plasmids.</a> Mol Microbiol. 13 (6), 939-953 (1994).</li>
<li>Jobling, M. G., Holmes, R. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Construction+of+vectors+with+the+pl5a+replicon%2C+kanamycin+resistance%2C+inducible+lacZ%CE%B1+and+pUC18+or+pUC19+multiple+cloning+sites%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Construction of vectors with the pl5a replicon, kanamycin resistance, inducible lacZα and pUC18 or pUC19 multiple cloning sites.</a> Nucleic Acids Res. 18 (17), 5315(1990).</li>
<li>Guzman, L. M., Belin, D., Carson, M. J., Beckwith, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tight+regulation%2C+modulation%2C+and+high-level+expression+by+vectors+containing+the+arabinose+P%28BAD%29+promoter%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Tight regulation, modulation, and high-level expression by vectors containing the arabinose P(BAD) promoter.</a> J Bacteriol. 177 (14), 4121-4130 (1995).</li>
<li>Yu, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+efficient+recombination+system+for+chromosome+engineering+in+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">An efficient recombination system for chromosome engineering in Escherichia coli.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 97 (11), 5978-5983 (2009).</li>
<li>Lawley, T. D., Gilmour, M. W., Gunton, J. E., Standeven, L. J., Taylor, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+and+Mutational+Analysis+of+Conjugative+Transfer+Region+1+%28Tra1%29+from+the+IncHI1+Plasmid+R27%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Functional and Mutational Analysis of Conjugative Transfer Region 1 (Tra1) from the IncHI1 Plasmid R27.</a> J Bacteriol. 184 (8), 2173-2180 (2002).</li>
<li>Elton, T. C., Holland, S. J., Frost, L. S., Hazes, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((F-Like+Type+IV+Secretion+Systems+Encode+Proteins+with+Thioredoxin+Folds+That+Are+Putative+DsbC+Homologues%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">F-Like Type IV Secretion Systems Encode Proteins with Thioredoxin Folds That Are Putative DsbC Homologues.</a> J Bacteriol. 187 (24), 8267-8277 (2005).</li>
<li>Hazes, B., Frost, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+a+systems+biology+approach+to+study+type+II%2FIV+secretion+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">Towards a systems biology approach to study type II/IV secretion systems.</a> Biochim Biophys Acta. 1778, 1839-1850 (2008).</li>
<li>Lento, C., Ferraro, M., Wilson, D., Audette, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HDX-MS+and+deletion+analysis+of+the+type+4+secretion+system+protein+TraF+from+the+Escherichia+coli+F+plasmid%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Lett%22%5BJournal%5D)">HDX-MS and deletion analysis of the type 4 secretion system protein TraF from the Escherichia coli F plasmid.</a> FEBS Lett. Tsolis, R. 590 (3), 376-386 (2016).</li>
<li>Audette, G. F., Van Schaik, E. J., Hazes, B., Irvin, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA-binding+protein+nanotubes%3A+Learning+from+nature%27s+nanotech+examples%5BTitle%5D)+AND+%22Nano+Lett%22%5BJournal%5D)">DNA-binding protein nanotubes: Learning from nature's nanotech examples.</a> Nano Lett. 4, 1897-1902 (2004).</li>
<li>Harris, R. L., Silverman, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tra+proteins+characteristic+of+F-like+type+IV+secretion+systems+constitute+an+interaction+group+by+yeast+two-hybrid+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Tra proteins characteristic of F-like type IV secretion systems constitute an interaction group by yeast two-hybrid analysis.</a> J Bacteriol. 186 (16), 5480-5485 (2004).</li>
<li>Moore, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+the+F-Plasmid+Conjugative+Transfer+Gene+traU%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Characterization of the F-Plasmid Conjugative Transfer Gene traU.</a> J Bacteriol. 172 (8), 4263-4270 (1990).</li>
<li>Anthony, K. G., Sherburne, C., Sherburne, R., Frost, L. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+the+pilus+in+recipient+cell+recognition+during+bacterial+conjugation+mediated+by+F-like+plasmids%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The role of the pilus in recipient cell recognition during bacterial conjugation mediated by F-like plasmids.</a> Mol Microbiol. 13 (6), 939-953 (1994).</li>
<li>Klimke, W. A., Frost, L. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+analysis+of+the+role+of+the+transfer+gene%2C+traN%2C+of+the+F+and+R100-1+plasmids+in+mating+pair+stabilization+during+conjugation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Genetic analysis of the role of the transfer gene, traN, of the F and R100-1 plasmids in mating pair stabilization during conjugation.</a> J Bacteriol. 180 (16), 4036-4043 (1998).</li>
<li>Jiang, W., Marraffini, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CRISPR-Cas%3A+New+Tools+for+Genetic+Manipulations+from+Bacterial+Immunity+Systems%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">CRISPR-Cas: New Tools for Genetic Manipulations from Bacterial Immunity Systems.</a> Annu Rev Microbiol. 69 (1), 209-228 (2015).</li>
<li>Dahlberg, C., Bergstrom, M., Andreasen, M., Christensen, B. B., Molin, S., Hermansson, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interspecies+bacterial+conjugation+by+plasmids+from+marine+environments+visualized+by+gfp+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Evol%22%5BJournal%5D)">Interspecies bacterial conjugation by plasmids from marine environments visualized by gfp expression.</a> Mol Biol Evol. 15 (4), 385-390 (1998).</li>
</ol>

Yazarlar hiçbir rakip mali çıkarları olduğunu beyan ederim.

Bakteriyel konjugasyon işlemi bakterileri gibi antibiyotik direnç belirteçlerin yayılması gibi zorlu ortamlarda büyümesi için evrimsel bir avantaj sağlayan genleri yayılabilir hangi bir araç sağlar. Konjugatif plazmid çok çok büyük olduğundan, konjugatif plazmid kendisini hedef genlerin mutasyon yoluyla transferi cihazının montajı katılan proteinler üzerinde 12 fonksiyonel çalışmalar hantal vardır. Bu tarifnamede ayrıntılı protokolleri, bir daha kolaylıkla daha küçük, daha idare edilebilir sentezleme plazmid ...

Mikro-organizma düzeyinde genler ve proteinlerin transferi bakteriyel hayatta kalma ve evrim yanı sıra enfeksiyon süreçlerinde önemli bir rol oynar. bakteriler arasında ya da bir bakteri, bir hücre arasındaki DNA değişimi dönüşümü, konjugasyon veya vektör iletimi yoluyla elde edilebilir. 1,2 Konjugasyon Escherichia coli gibi gram negatif bakteriler arasında konjugasyon sırasında dönüşüm ve transdüksiyon kıyasla benzersizdir, DNA transferi kompleks makromoleküler sistemi, verici ve alıcı hücrelerin birbirine bağlayan ve böylece bir verici-kontrollü bir şekilde meydana gelir. Konjugasyon ayrıca bakteri hücrelerinin ana bilgisayar sistemleri için genler, proteinler veya kimyasal enjekte konak hücreleri ile etkileşim içinde en doğrudan yoludur. 3 Oldukça sık, bu tür maddelerin transferi evrimini ve adaptasyon barındırmak için patogenez ve karsinogenez arasında değişen ana bilgisayarda olağanüstü etkileri vardır. O konjugatif recombinatio gösterilmiştirn çevresel stres koşullarında yüksek mutasyon oranları ile bakterilerde adaptasyon 3 kat oranını artırır. 4 Dahası, konjugasyon bakteri türleri antibiyotik direnç genleri yayılır, üzerinden kadar en yaygın yol kullanılarak verilir. 5,6 Mikroorganizmalar hücre zarları arasında makromoleküllerin transferini desteklemek için özel salgı sistemlerinin geliştiğini; tarif edilmiştir de gram negatif bakterilere salgılama sistemleri (TSSler) 9 tip şu anda: T1SS, T2SS, T3SS, T4SS, T5SS, T6SS, T7SS, hem de SEC (sekresyon) ve Tat (iki arginin translokasyon) yollar. Salgı sistemi 7,8 Her tür daha farklı bakteri suşları nedeniyle protein çeşitliliği ve ilgili yolların ayırt edicilik için, farklı alt tipe bir zorunluluk ayrılmıştır. Örneğin, tip IV sekresyon sistemi (T4SS) &#39;de, Ti ve Çağ sistemleri F-plazmid ise efektör taşımacılığının kolaylaştırılması, R27 and pKM101 T4SSs bir konjugatif plazmid transferini kolaylaştırmak. Organizmaların bir alıcı ya da çevresindeki çevre ile hücresel içeriği kendi bileşen proteinlerden kendi salgı sistemlerini monte ve paylaşmak hangi mekanizmaların 7,9,10 ayrıntılı bir anlayış patojen mikroorganizmaları ve süreçlerini mücadele etmek için hedeflenen stratejilerin geliştirilmesinde önemli bir faktördür hücresel enfeksiyon. Lederberg ve Tatum, 11 E. coli içinde, ilk kimlik bakteriyel konjugasyon aşağıdaki mobil ve birleştirici plazmit, çok sayıda belirlenmiş ve karakterize edilmiştir. 12 Bu tür mobil plazmidler ancak tüm mobil plazmidler transferi (oriT) böylece plazmid aktarımını sağlayan kökenini tanıyan bir relaxase içeren, kayda değer aralığı (1 200&#39;den fazla kilobaz (kb) için) boyutu olduğunu gösteriyor. Konjügatif fonksiyonel T4SS montajı için plazmidler daha kodlayan genler aynı zamanda bir türIV birleştirme proteini. 12 Örneğin, E. coli 100 kb F plazmid bir 33.3 kB transferi (tra) bölgedeki tüm konjugatif genleri kodlar. 13 çifti oluşumu (Mpf), DNA transferi ve dışlama fonksiyonlarını çiftleşme pilus oluşumunu kolaylaştırmak tüm proteinler, konjugatif plazmid transferi sırasında F plazmid kodlamak tra bölgesinde genler. 10,14,15 bilginin önemli bir vücut konjugatif T4SSs için kullanılabilir, ancak sadece son zamanlarda kullanılabilir hale gelmektedir konjugatif protein ve komplekslerinin yapısal çalışmalar detaylı. 16-28 konjugatif işlem kapsamlı bir görünümünü monte etmek için, eş transfer proteinlerinin analiz mutasyon için, ayrıntılı yapısal çalışmaların bir bağlantı gereklidir. Bu konjugatif çiftleşme deneyleri ile elde edilebilir. F plazmid için tra bölge içinde kodlanan her protein F aracılı co bir rol oynarnjugation; Bu nedenle, bir transfer geninin nakavt / silme hücre (Şekil 1) konjugatif kapasitesini ortadan kaldıracaktır. küçük mobil plazmidler, F gibi daha büyük konjugatif plasmidler için, standart silme işlemleri için elverişli iken hedef gen, bir farklı antibiyotik dirençli bir gen taşıyıcı ile değiştirilmiş olduğu, bir gen nakavt daha kolay homolog rekombinasyon yoluyla elde edilir. Geçerli protokol, 55 kb F plazmid türevi pOX38-Tc kloramfenikol asetiltransferaz (CAT) ile ilgi bir transfer geni yerine homolog rekombinasyon istihdam; 29,30 Elde edilen nakavt plasmid pOX38-Tc Δgene :: Cm büyüme ortamında kloramfenikol varlığında (cm) karşı direnç kolaylaştırır. pOX38-Tc Δgene :: Cm barındıran donör hücreleri bir çiftleşme testinin kullanımı yoluyla gözlemlenen konjugatif DNA transferi / çiftleşme etkileyecek edemiyoruz; Bir pOX38-Tc Δgene :: Cm donör hücre çiftleşme verimliliği ve normal bir tilki kuyruğusağ- lasa daha sık, kaldırılmasını, azaltmak veya edecektir. pOX38-Tc Δgene :: Cm plazmid konjugatif transferi hedeflenen transferi genini barındıran küçük bir iyileşme plazmid aracılığıyla restore edilebilir. Bu kurtarma plazmid gibi plazmid pK184 (pK184-gen), 31 ya da çok uzun plazmid düzgün hücre (sitoplazma veya periplasmasında) içinde doğru konuma geni hedef olarak uyarılabilir ifade sağlayan biri olarak, kurucu ifade sağlar biri olabilir. Sonuç olarak, bu yeni verici arasındaki birleşme deneylerinde (pOX38-Tc Δgene :: Cm + pK184-geni plazmidler) ve bir alıcı hücre, çiftleşme verimi neredeyse o normal bir alıcı ve verici arasındaki çiftleşme testinin geri yüklemek için bekleniyor. Bu sistem, pK184-gen yapılarına (silme ya da nokta mutasyon) bir dizi nesil boyunca elendikçe genin işlevini prob ve pOX38-Tc Δgene :: Cm barındıran birleşme kapasitesini yeniden kazandırmak için, her yapı yeteneğini test edilmesine imkan verici hücres.

<table><tbody><tr><td>GeneJet Plazmid Mini Hazırlık Kiti</td><td>Fisher Scientific</td><td>K0503</td><td></td></tr><tr><td>GeneJet Jel Ekstraksiyon Kiti</td><td>Fisher Scientific</td><td>K0692</td><td></td></tr><tr><td>GeneJet PCR Saflaştırma Kiti</td><td>Fisher Scientific</td><td>K0702</td><td></td></tr><tr><td>Q5 Sahaya Yönelik Mutajenez Kiti</td><td>New England Biolabs</td><td>E0554S</td><td></td></tr><tr><td>Geniş Aralıklı DNA Merdiveni</td><td>New England Biolabs</td><td>N0303A</td><td></td></tr><tr><td>Petri Kapları</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB0875713</td><td></td></tr><tr><td>Elektroporatör</td><td>Eppendorf</td><td>4309000027</td><td></td></tr><tr><td>Elektroporasyon küvetleri</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB101</td><td>Küvetler 1 mm boşluğa sahiptir.</td></tr><tr><td><güçlü>Enzimler</güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AvaI</td><td>New England Biolabs</td><td>R0152S</td><td></td></tr><tr><td>EcoRI</td><td>New England Biolabs</td><td>R0101S</td><td></td></tr><tr><td>HindIII</td><td>New England Biolabs</td><td>R0104L</td><td></td></tr><tr><td>NdeI</td><td>New England Biolabs</td><td>R0111S</td><td></td></tr><tr><td>Phusion DNA Polimeraz</td><td>New England Biolabs</td><td>M0530L</td><td></td></tr><tr><td>T4 DNA Ligaz</td><td>New England Biolabs</td><td>M0202S</td><td></td></tr><tr><td>DpnI</td><td>New England Biolabs</td><td>R0176S</td><td></td></tr> <tr><td>< güçlü > Antibiyotikler< / güçlü ></td><td></td><td></td> <td>< güçlü > Nihai Konsantrasyonlar< / güçlü ></td></tr> <tr><td>Kloramfenikol (Cm)</td> <td>Fisher Scientific</td><td>BP904-100</td><td>20 &mikro; g / mL</td></tr><tr><td>Kanamisin (Km) BioBasic</td> <td>Inc.</td><td>DB0286</td><td>50 ve mikro; g / mL</td></tr><tr><td>Nalidiksik asit (Nal)</td> <td>Sigma-Aldrich</td><td>N8878-25G</td><td>10 ve mikro; g / mL</td></tr><tr><td>Rifampisin (Rif)</td> <td>Calbiochem</td><td>557303</td><td>20 ve mikro; g / mL</td></tr><tr><td>Tetrasiklin (Tc)</td> <td>Fisher Scientific</td><td>BP912-100</td><td>10 ve mikro; g / mL</td></tr><tr><td>Streptomisin (Sm)</td> <td>Fisher Scientific</td><td>BP910-50</td><td>50 ve mikro; g/mL</td></tr></tbody></table>

bakteriyel konjugasyon ilgilendim transferi proteinlerin dizi özgü analiz konjugatif Çiftleşme tahliller

Conjugative Mating Assays for Sequence-specific Analysis of Transfer Proteins Involved in Bacterial Conjugation

Genetik materyalin bakteriyel konjugasyon yoluyla transferi, spesifik transfer proteinleri tarafından oluşturulan kompleksler aracılığıyla gerçekleşen bir süreçtir. Escherichia coli'de, bu transfer proteinleri, konjugatif plazmit transferini kolaylaştıran, çiftleşme çifti oluşumu veya DNA transfer kompleksi olarak bilinen bir DNA transfer mekanizması oluşturur. Bu makalenin amacı, çiftleşme tahlilleri ile kombinasyon halinde bir dizi delesyon ve/veya nokta mutasyonu kullanarak konjugasyonda yer alan spesifik bir transfer proteininin rolünü belirlemek için kullanılabilecek bir yöntem sağlamaktır. Hedef gen, konjugatif plazmit üzerinde devre dışı bırakılır ve daha sonra hedef geni barındıran küçük bir geri kazanım plazmidinin kullanılması yoluyla trans olarak sağlanır. Geri kazanım plazmidinde hedef geni etkileyen mutasyonlar, mutasyona uğramış geni barındıran donör hücrelerin çiftleşme verimliliğinin değişmesine neden olan hedef proteinin fonksiyonel yönleri hakkında bilgi ortaya çıkarabilir. Çiftleşme verimliliğindeki değişiklikler, konjugatif DNA transferini kolaylaştırmada belirli transfer proteininin veya içindeki bir bölgenin rolü ve önemi hakkında fikir verir. Bu çiftleşme testinin ayrıntılı üç boyutlu yapısal çalışmalarla birleştirilmesi, konjugatif transfer proteininin işlevinin kapsamlı bir şekilde anlaşılmasını sağlamanın yanı sıra, protein-protein etkileşiminin bölgelerini tanımlamak ve karakterize etmek için bir araç sağlayacaktır.

F plazmid odaklı bakteriyel konjugasyon bir işlem pilus sentezi ve karşılıklı DNA transferi kolaylaştırmak için bir T4SS araya F-plazmidinin tra bölgesi içinde transfer proteinleri içeren koordineli bir süreçtir. Protein TRAF (GenBank erişim # BAA97961, UniProt İD P14497) konjugatif F pilus oluşumu için gereklidir. 10,14,35 - katalitik CXXC motifi olmayan da 37 proteini, bir C-terminali tioredoksin-benzeri domain içerir. Bu N-terminal alanı ile T...

Burada, plazmit konjugasyonunda yer alan bir geni nakavt etmek için bir protokol sunuyoruz ve ardından çiftleşme tahlilleri kullanarak yokluğunun etkisini analiz ediyoruz. Genin işlevi, delesyon veya nokta mutasyonları kullanılarak dizisinin belirli bir bölgesine daha fazla araştırılır.

Bakteriyel Konjugasyon ilgilendim Transferi Proteinlerin Dizi özgü Analiz konjugatif Çiftleşme Tahliller

The transfer of genetic material by bacterial conjugation is a process that takes place via complexes formed by specific transfer proteins. In Escherichia ...

Bu çiftleşme testinin genel amacı, konjugatif transfer geni içindeki mutasyonların, fonksiyonel bir tip dört sekresyon kompleksi bağlamında plazmit transferini etkileme yeteneği üzerindeki etkilerini değerlendirmektir. Bu yöntem, bakteriyel konjugasyonda fonksiyonel bir tip dört salgılama sistemini bir araya getirirken transfer proteinleri arasında meydana gelen protein-protein etkileşimlerinin bölgelerinin belirlenmesi gibi proteine özgü soruların sorulmasına izin verir. Bu teknikte, büyük konjugatif plazmitler üzerindeki genler homolog rekombinasyon ile nakavt edilir.Gen fonksiyonu, hedef genin daha küçük bir plazmit üzerindeki nakavtlara sağlanmasıyla değerlendirilir. Genel olarak, bu yönteme yeni olan kişiler mücadele edeceklerdir çünkü organizasyon ve kurulum bu prosedürü başarılı bir şekilde yürütmenin anahtarıdır. Yorumlanabilir sonuçlar elde etmek için uygun deneysel hazırlık gereklidir.Bu protokole, metin protokolünde açıklandığı gibi sindirilmiş pBAD33 plazmidinin hazırlanmasıyla başlayın. Her sindirimi bir agaroz jeli üzerinde çalıştırın. Bir UV kabini ve steril bir tıraş bıçağı kullanarak, kateter dizisine karşılık gelen 2,8 kiloluk taban bandını jelden kesin.DNA'nın UV maruziyetini en aza indirmek için hızlı çalışın. Üreticinin protokolüne göre bir jel ekstraksiyon kiti kullanarak kesilmiş jel diliminden DNA'yı çıkarın. Ekstrakte edilen kedi kasetini polimeraz zincir reaksiyonu veya PCR ile amplifiye etmek için.Reaksiyon karışımını steril bir PCR tüpünde hazırlayın. Homolog rekombinasyon için hedef gen dizisine homolog olan çıkıntılar içeren primerler kullanın. Şablon DNA'yı çift damıtılmış su ile değiştirmek dışında, aynı bileşenleri taşıyan negatif bir kontrol ayarlayın.Ayrıca, bir PCR reaksiyonunda çalıştığı kanıtlanmış şablon DNA ve primerler kullanarak pozitif bir kontrol oluşturun. Tüm reaksiyon içeriğini pipetleme ile nazikçe karıştırın. Ardından, metin protokolünde listelenen PCR parametrelerini kullanarak çıkarılan kedi kasetini yükseltin.Agaroz jel elektroforezi yoluyla doğru amplifikasyon boyutunu doğrulamak için her reaksiyondan sadece beş mikrolitre kullanın. Üreticinin protokolüne sahip bir PCR saflaştırma kiti kullanarak PCR ampliconunu saflaştırın. 300 nanogram güçlendirilmiş kedi kasetini, pOX38-Tc plazmidini buz üzerinde barındıran 50 mikrolitre elektroyetkin DY330R hücresine ekleyin.Karıştırmak için hafifçe yukarı ve aşağı pipetleyin. Pozitif kontrol olarak değiştirilmemiş pBAD33 plazmidi kullanarak bu adımı tekrarlayın. Ardından, hücreleri önceden soğutulmuş bir milimetre elektroporasyon küvetine aktarın.Bir elektroporatör kullanarak hücreleri 5,5 milisaniyelik bir zaman sabiti ile 1,8 kilovoltta elektropoze edin. Hemen, nabzı uyguladıktan sonra, hücreleri bir mililitre SOC ortamı ile seyreltin ve yeni bir mikrofüj tüpüne aktarın. Hücreleri iki saat boyunca 32 santigrat derecede inkübe edin.Daha sonra, her numunenin 100 mikrolitresini, mililitre tetrasiklin başına 10 mikrogram ve mililitre kloramfenikol başına 20 mikrogram içeren agar plakalarına ayırın. Alikotu steril bir yayıcı kullanarak plakanın üzerine yayın. Plakayı gece boyunca 32 santigrat derecede baş aşağı inkübe edin.Ertesi gün, başarılı rekombinantlar için seçim yapın. Hücreye sokulan kedi kaseti, ilgilenilen gen ile homolog rekombinasyona uğrayacak ve pOX38-Tc kloramfenikol nakavt klonunu oluşturacaktır. Elektroporat 300 nanogram pK184 geni veya pK184 gen mutant plazmitini, daha önce olduğu gibi pOX38-Tc kloramfenikol nakavt plazmidini barındıran 50 mikrolitre elektrokompotent DY330R hücresine ayırın.XK1200 donör hücrelerini oluşturmak için, konjugatif çiftleşme gerçekleştirin ve ardından XK1200 hücreleri oluşturmak için elektroporasyon gerçekleştirin, metin protokolünde açıklandığı gibi hem kloramfenikol nakavtını hem de PK184 plazmidini takip edin. Bu XK1200 donör hücrelerinin kloramfenikol ve kanamisin ile 20 mililitre steril LB'de gece boyunca kültürünün hazırlanması. Ayrıca, bir gliserol stoğundan veya ang agar plakasındaki tek bir koloniden alınan hücreleri kullanarak, mililitre başına 50 mikrogram streptomisin ile 50 mililitre LB içinde MC4100 alıcı hücrelerini hazırlayın.Kültürleri 37 santigrat derecede, 200 rpm'de çalkalayarak büyütün. Tüm donör hücrelere 100 milimolar nihai konsantrasyona glikoz ekleyin. Ertesi gün, aynı antibiyotiklerle iki mililitre steril LB'de ayrı ayrı her gece kültüründen 70'te 1 seyreltme yapın.Hücreleri 200 rpm'de çalkalayarak 37 santigrat derecede orta log fazına büyütün. Hücreleri peletlemek için hücre kültürünü santrifüjleyin ve süpernatanı atın. Ardından, antibiyotikleri çıkarmak için hücre peletini soğuk steril LB ile bir kez yıkayın.Daha önce olduğu gibi ikinci kez santrifüjledikten sonra, hücreleri iki mililitre soğuk steril LB.In kopya halinde askıya alıyoruz, 100 mikrolitre donör hücre ve 100 mikrolitre alıcı hücreyi bir mililitre toplam hacim için 800 mikrolitre steril LB ortamına alıyoruz. Hücrelerin sallanmadan bir saat boyunca 37 santigrat derecede çiftleşmesine izin verin. Bir saat sonra, çiftleşme çiftlerini bozmak için hücreleri 30 saniye boyunca girdaplayın.Ardından, daha fazla çiftleşmeyi önlemek için hücreleri 10 dakika boyunca buzun üzerine yerleştirin. Mid log kültürlerini ve taze steril LB'yi kullanarak, verici ve alıcı hücrelerin 1 ve 100'den 1 ve 10 milyona kadar altı seri dilüsyonunu hazırlayın. Naladixic asit, kloramfenikol ve kanamisin içeren bir agar plakasının iki yarısının her birinde, XK1200 donör hücrelerinin her bir seyreltilmesinden 10 mikrolitre alikot tespit edin.Streptomisin içeren agar plakaları üzerinde alıcı MC4100 hücrelerinin seyreltmeleri için lekelenmeyi tekrarlayın. Ardından, plakaları gece boyunca 37 santigrat derecede inkübe edin. Daha sonra, girdap karışımını ve taze steril LB'yi kullanarak, transkonjugantların altı seyreltmesini hazırlayın.Streptomisin ve kloramfenikol içeren agar plakalarının her yarısında her seyreltmenin on mikrolitrelik alikotunu tespit eden pOX38-Tc kloramfenikol nakavtını barındıran transkonjugan MC4100 hücrelerini seçin. Her iki yinelenen karışım için de tekrarlayın. Ardından, plakaları gece boyunca 37 santigrat derecede inkübe edin.İlgili plakalarındaki her donör, alıcı ve transkonjugan hücre için aynı seyreltme lekelenmesinden koloni sayısını sayarak çiftleşme verimliliğini hesaplayın. Ayrıca, söz konusu seyreltmede alıcılardan daha fazla sayıda transkonjugandan kaynaklanan herhangi bir yanlılığı test etmek için alıcı kolonilerini sayın. Çiftleşme verimliliğini, 100 donör hücre başına verimlilik değerini elde etmek için transkonjugan koloni sayısının donör koloni sayısına bölünmesi ve 100 ile çarpılması olarak hesaplayın.Tip dört salgı sistemi gen-tra-F, pOX38-Tc plazmidinden çıkarıldığında, pOX38-Tc traF kloramfenikol nakavt plazmidinin konjugatif transferinin kaybına neden olur. Bununla birlikte, traF geni, PK184 traF plazmidi ve donör hücreler tarafından trans olarak sağlandığında, pOX38-Tc traF kloramfenikol nakavt plazmidinin konjugatif transferinde bir geri kazanım gözlenir. Donör hücrelerde traF ve PK184 plazmidinin seyreltme mutantları ile sağlandığında, pOX38-Tc traF kloramfenikol nakavt plazmitinin konjugatif transfer kaybı gözlenebilir.Konjugatif transfer kaybı, konjugatif tip dört sekresyon sistemi içindeki protein-protein etkileşimleri için önemli olan protein bölgesini gösterir. Bu bölge daha sonra transfer verimliliğini etkileyen nokta mutasyonları ile daha ayrıntılı olarak incelenebilir. Bir kez ustalaştıktan sonra, bu teknik beklenen büyüme süreleri ile tek bir iş gününde gerçekleştirilebilir.Bu protokol, burada gösterilenler dışındaki hücreler üzerinde de yapılabilir. Bu noktada kritik olan şey, donör ve alıcı hücrelerin ilgilenilen plazmidi barındırmamasıdır. Böylece nakavt plazmidi eklediğinizde çelişkili sonuçlar elde etmezsiniz.Bu prosedürü denerken, donör, alıcı ve transkonjuge hücreler için farklı büyüme koşulları ve antibiyotikler olduğundan çok organize olmak önemlidir. Bu prosedürü takiben, ilgilenilen proteinin ayrıntılı bir yapısal ve fonksiyonel resmini elde etmek için kristalografi, NMR veya kütle spektrometresi gibi diğer yöntemler gerçekleştirilebilir.

conjugative-mating-assays-for-sequence-specific-analysis-transfer

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetik

Önceden hazırlanmış alıcı suşlar olarak adlandırılan iniş takımı suşları, içine faiz yabancı DNA entegre hızlı ve verimli bir yöntem tarif edilmiştir. Metodu ΦC31 integraz konjugasyonu ve ifadesi ile, belirli bir lamine suşun iniş pedi odağına içine bir DNA kasetinin site-specific entegrasyon sağlar.

Siteye özgü Bakteriyel Kromozom Mühendislik: ΦC31 integraz Aracılı Kaset Borsası (IMCE)

Kaynak: Erdoğan, F., ve diğerleri, Bakteriyel Konjugasyonda Yer Alan Transfer Proteinlerinin Diziye Özgü Analizi için Konjugatif Çiftleşme Deneyleri. J. Vis. Uzm. (2017)Bu video, bir kurtarma plazmidi kullanarak bir F plazmitinin donörden alıcı E. coli hücrelerine aktarılması ve ikili antibiyotik direnci yoluyla transkonjuganların seçilmesi prosedürünü göstermektedir. İşlem, bakteri kültürlerinin karıştırılmasını, çalkalanmadan inkübasyonu, çiftleşme çiftlerinin bozulmasını ve başarılı plazmit...

E. coli'de F Plazmid Transferi ve İkili Antibiyotik Seçimi

Burada Staphylococcus aureus konjugasyon, transdüksiyon ve doğal dönüşümün, in vitro incelenmesi için, üç farklı protokoller açıklanmaktadır.

Yatay Gen Transferi Çalışmasında Metodolojisi<em&gt; Staphylococcus aureus</em

Bir amaçla çeşitli bakteri Konjügatif DNA öğeleri farklı koşullar altında davranışlarını anlamak için biz nasıl verimli bir şekilde tahmin etmek için yüksek çözünürlüklü konjugasyon frekans farklılıkları algılamak için bir protokol tarif donör bakteri konjugasyon başlatır.

Bakteriyel konjugasyon frekans yüksek çözünürlüklü karşılaştırma

Burada, i) CyanoGate modüler klonlama araç kiti kullanarak kendi kendini çoğaltan bir vektör monte etmek açıklayan bir protokol sokulması, ii) konjugasyon ile bir siyanobakteriyel konak içine vektör tanıtmak ve iii) transgenik siyanobakteri suşları karakterize bir plaka okuyucu veya akış sitometri.

CyanoGate Modüler Klonlama Araç Kiti Kullanılarak Konjugasyon ile Siyanobakterilerin Genetik Modifikasyonu

Gram-negatif bakterilerde doymak üzere transpozon mutant kütüphaneleri oluşturmak ve daha sonra yüksek işlemli sıralama için DNA amplicon kütüphanelerinin hazırlanmasını tanımlayan bir yöntem. Örnek olarak, biz ESKAPE patojen, Acinetobacter baumanniiodaklanmak , ama bu protokol Gram-negatif organizmaların geniş bir yelpazede için münasip olduğunu.

Yüksek İşlem Likör Sıralaması Için Gram-Negatif Bakterilerde Transposon Ekleme Kitaplıkları Oluşturma

Burada, Aeromonas'ın boş mutantlarının spesifik glikoziltransferazlarda veya glikoziltransferazlar içeren bölgelerde yapımını, motilitesi testlerini ve flagella saflaştırmasını, kodlanmış enzimlerinin bir glikanın biyosentezindeki katılımını ve işlevini ve bu glikanın bakteriyel patogenezdeki rolünü tanımlamaktayız.

Bakteriyel Glikoziltransferazların Bakteriyel Motilitedeki Rolünü Aydınlatmak için Boş Mutantların Üretilmesi

Konjugasyon, plazmid DNA'sını iki farklı hücre boyunca harekete geçirerek yatay gen transferine aracılık eder ve faydalı genlerin yayılmasını kolaylaştırır. Bu çalışma, konjugatif plazmid, donör ve alıcıda transkonjugasyonu tespit etmek için diferansiyel belirteçlerin kullanımına dayanan konjugatif plazmid transferinin etkili tespiti için yaygın olarak kullanılan bir yöntemi açıklamaktadır.

E. coli'de Doğal Konjugatif Plazmidlerin Aracılık Ettiği Yatay Gen Transferinin Saptanması

Bu yazıda, transkripsiyonu ve bakteriyel transkripsiyonu hedefleyen antibakteriyel ajanların inhibitör aktivitesini işlevsel olarak incelemek için bir protokol açıklıyoruz.

İn Vitro Transkripsiyon Tahliller ve İlaç Keşfi Onların Uygulama

Burada, nispeten kısa zaman dilimleri içinde ağaç ikincil kök dokusunda gen ve promotör yapılarının orta ila yüksek verimli fonksiyonel karakterizasyonunu kolaylaştıran bir protokol sunuyoruz. Verimlidir, kullanımı kolaydır ve çeşitli ağaç türlerine yaygın olarak uygulanabilir.

Ahşap Formasyonu ve İkincil Kök Gelişimi ile ilgilendim Genler ve Promoters incelenmesi için Kaynaklı Somatik Sektör Analizi (ISSA) Kullanımı

Öğrenin bakteriyel konjugasyonda gen fonksiyonunu analiz etmek için homolog rekombinasyon ve çiftleşme testleri yöntemlerini. Bu protokol plazmid transfer verimliliğini değerlendirmeye yardımcı olur.

Bakteriyel Konjugasyon ilgilendim Transferi Proteinlerin Dizi özgü Analiz konjugatif Çiftleşme Tahliller

Daha fazla video keşfet