פרוטוקול זה מתאר את תהליך הפתרון של בעיית תנועה מיקרוסקופית עם הדמיה. התהליך כולו מכיל תיאור מפורט של איסוף נתונים, ניתוח נתונים, בניית מודל הדמיה, כיול סימולציה וניתוח רגיש. גם שינויים ופתרון בעיות של השיטה נדונים.