حجم صغير (1 - 3L) الترشيح للعينات مياه البحر الساحلية

Biology

Your institution must subscribe to JoVE's Biology section to access this content.

Fill out the form below to receive a free trial or learn more about access:

Welcome!

Enter your email below to get your free 10 minute trial to JoVE!





We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.

If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.

 

Summary

هذا الكتاب وثائق فيديو صغيرة (~ 1 L) ترشيح الكتلة الحيوية الميكروبية من عمود الماء.

Cite this Article

Copy Citation | Download Citations

Walsh, D. A., Zaikova, E., Hallam, S. J. Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples. J. Vis. Exp. (28), e1163, doi:10.3791/1163 (2009).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

يبدأ سير العمل في جمع المياه البحرية الساحلية للمجتمع الميكروبية المصب ، ويحلل الغاز المغذيات والتتبع. مظاهرة اليوم للحصول على عينات ليالي جمعت من على متن سفينتى التشغيل جون ستريكلاند في مدخل Saanich. هذا الكتاب وثائق فيديو صغيرة (~ 1 L) ترشيح الكتلة الحيوية الميكروبية من عمود الماء. البروتوكول هو امتداد لأخذ العينات حجم كبير بروتوكول صفت في وقت سابق ، مع فارق واحد رئيسي : هنا ، لا يوجد أي خطوة قبل الترشيح ، بحيث يتم جمع كل الفئات حجم الكتلة الحيوية وصولا الى 0.22 ميكرون تصفية الوقف. جمع عينات من هذه الطريقة مثالية لتحليل الحمض النووي. خطوات انشاء ، والترشيح ، وتنظيف كل يستغرق حوالي 20-30 دقيقة. إذا به قد مضختين تمعجية وقت واحد ، لتتم تصفيته حتى 8 عينات في نفس الوقت. لمنع تشكيل بيوفيلم رحلات بين أخذ العينات ، يجب شطف جميع المعدات الترشيح مع حمض الهيدروكلوريك المخفف والمياه وتعقيمها منزوع الأيونات بعد الاستعمال مباشرة.

Protocol

  1. مجموعة تتكون من أجهزة الترشيح
    1. قبل الترشيح ، ويمسح الأولى بعيدا من أي التكثيف الزجاجات كاملة وتزن لهم
    2. وضع علامة بن الأوتوكلاف على جانب واحد من المضخة ، وقارورة النفايات من جهة أخرى.
    3. ثم ضع زجاجة عينة كاملة في بن الأوتوكلاف ، ومع ذلك ، لا تقم بإزالة الغطاء من القمقم بعد.
    4. تمرير أنابيب من خلال مضخة تمعجية بحيث نهاية luer من الأنابيب في القارورة.
    5. باستخدام الملقط ، إزالة القطن من ماصة معقمة 25 مل ، وإرفاق ماصة إلى الطرف الآخر من الأنبوب.
  2. ترشيح مياه البحر
    1. لتبدأ تصفية مياه البحر ، وفتح زجاجة وإدراج ماصة. تشغيل المضخة وضبط سرعة تدفق إلى 1. رايتس ووتش إلى ضمان أن المياه التي يتم ضخها في الاتجاه الصحيح.
    2. سماح ~ 100 مليلتر من الماء بالمرور عبر الأنابيب بأكمله.
    3. إيقاف ضخ وتصفية إرفاق Sterivex لتركيب luer الذكور في نهاية الحرة للأنابيب.
    4. يستمر الترشيح حتى لا يترك الماء في زجاجات.
  3. تخزين الفلاتر
    1. لتخزين المرشحات ، وطرد الأولى أي المياه المتبقية مع حقنة مل 30-60.
    2. ختم الجزء السفلي من تصفية Sterivex مع Parafilm. باستخدام ماصة ، إضافة 1.8ml العازلة تحلل إلى تصفية ، وحفظ ~ 200 UL الفضاء في تصفية بالإضافة إلى وقت لاحق من الكواشف.
    3. ثم ختم الجزء العلوي من تصفية Sterivex مع قطعة صغيرة من Parafilm ، وتسمية المرشحات مع التاريخ وتحديد العينة.
    4. تخزين المرشحات في مرحلة ما قبل المسمى أنابيب الصقر 50 مل في -80 درجة مئوية
  4. تنظيف
    1. إدراج ماصة 25 مل في القارورة التي تحتوي على حمض الهيدروكلوريك 0.1 ٪ ، والتبديل في المضخة.
    2. بعد غسل حمض الهيدروكلوريك ، شطف الأنابيب بالماء تعقيمها.

      أخيرا ، وقياس وتسجيل كتلة من الزجاجات الفارغة في 1L الآن من أجل حساب حجم المياه تمر عبر الفلتر.

نتائج ممثل : كل المياه 1 لتر عينة غلة one Sterivix التصفية ، الذي يحتوي على الكتلة أكبر من 0.22 ميكرون. يتم تخزين هذه العازلة في تحلل لاستخراج الحمض النووي وتحليل لاحقة. النتيجة النهائية يتكون من مرشح واحد لكل Sterivix 1 ليتر المخزنة في زجاجة عازلة تحلل وعلى استعداد لاستخراج الحمض النووي. مرشح الكتلة الحيوية تحتوي أكبر من 0.22 ميكرون. ويمكن تخزين المرشحات في -80 درجة مئوية قبل EDNA الاستخراج.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

ومن الضروري أن يمسح أسفل المقاعد ومضخات بمنشفة مبللة بعد الاستخدام لإزالة أي آثار متبقية من المياه المالحة التي من شأنها أن خلاف ذلك تآكل المعدات. على الرغم من أن هذا الإجراء هو بسيط ، يمكن أن تكون واسعة شرط الوقت اعتمادا على تركيز الكتلة الحيوية أو الحطام في العينة التي تمت تصفيتها.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Acknowledgments

نود أن نشكر المؤسسة الكندية للإبداع ، ومعارف كولومبيا البريطانية وصندوق التنمية الوطنية للعلوم والهندسة مجلس البحوث (NSERC) من كندا لدعم الدراسات الجارية على المناطق المنخفضة من الأوكسجين مياه المحيطات والمناطق الساحلية المفتوحة. كان مدعوما من قبل شعبة النهوض بالمرأة من الزمالات NSERC ، Killam ومؤسسة التمويل مركز تولا للتنوع وتطور الميكروبية.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Peristaltic pump Masterflex (Cole Palmer) 77913-20, 77200-62, 77200-04
Tygon LFL tubing Masterflex (Cole Palmer) 06429-24 For filtration apparatus
Hose clamps Cole-Parmer 0683204 For filtration apparatus
1/4” x 3/16” pipe adaptors Cole-Parmer 31702-20 For filtration apparatus
Polypropylene prefilter housing ADVANTEC 501200 For filtration apparatus
Metal luer fitting (Hose end to Male luer lock) Cole-Parmer 31507-27 For filtration apparatus
2“ Magnets For filtration apparatus
3 port carboy caps For filtration apparatus
GV 0.22 μm STERIVIX filters EMD Millipore SVGV01R5
47 mm diameter 2.7 μm GF/D filters Whatman, GE Healthcare 1823047
Lysis buffer 0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)
0.1 % HCl For post-filtration rinse
Autoclaved water For post-filtration rinse

DOWNLOAD MATERIALS LIST

Comments

2 Comments

  1. I'm interested about the video but unfortunately our school dŒs not have subscription for the JoVE. Is there any other way I can access the video?

    Reply
    Posted by: Anonymous
    July 11, 2011 - 10:23 PM
  2. Dear Stephen, Please contact me at ward.parry@jove.com so that I can discuss your request with you. Best wishes,
    Ward Parry

    Reply
    Posted by: Anonymous
    July 12, 2011 - 4:46 PM

Post a Question / Comment / Request

You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

Usage Statistics