의 종 특이 검출을위한 루프 - 매개 등온 증폭 (LAMP) 분석 실험

Immunology and Infection
 

Cite this Article

Copy Citation | Download Citations

Barkway, C. P., Pocock, R. L., Vrba, V., Blake, D. P. Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) Assays for the Species-specific Detection of Eimeria that Infect Chickens. J. Vis. Exp. (96), e52552, doi:10.3791/52552 (2015).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

Introduction

글로벌 닭고기 생산은 개발 도상국이 선진국에서 목격 거의 4 배 확장 호스팅으로 10 배 이상 지난 50 년간 증가했다 (www.faostat.org을) . 세계 식량 안보에 닭 생산의 관련성이 성장함에 따라 너무 너무 닭에 심각한 질병을 일으킬 수있는 병원체의 프로필을 가지고있다. 하나의 좋은 예는 장 질환 콕시듐증 일이 발생할 수 있습니다 에이 메리아 종, 유비쿼터스 원생 동물 기생충이다. 닭이 사육되는 곳마다 하나 이상의 에이 메리아 종은 2-4 일반적인 될 가능성이 있습니다. 선진국 에이 메리아 주로 저항 (5)의 영향을 최소화하기 위해 셔틀을 회전하거나 프로그램을 이용, 화학 요법에 의해 제어된다. 라이브 백신은 또한 새 값 비용을 정당화하기에 충분한 시스템에 사용된다 (예를 들면, 사진, 층 및 일부 육계 사육 5). resu으로임상 콕시듐증은 종종 잘 제어 이러한 조치의 LT, 준 임상 적 감염이 5 일반적인 않는다. 개발 도상국의 예방 접종에 드문 약물 응용 프로그램은 자주 덜 알렸다. 결과적으로 서브 임상 및 임상 콕시듐증은 더 일반적이고 중요한 경제적 영향 (3)을 발휘한다.

가장 널리 사용되는 채점 시스템의 경우에도 저자가 어떤 종은 "이 같은 절차는 어떤하지만 중등도 감염을 시도할지 여부를 의심 보인다"고 댓글을 달았하지만 eimerian 감염의 진단은 전통적으로 사후 득점 병변에 의존하고있다 (6). 형태 겹치는 전문가 6,7 제외한 모든 혼동 할 수 있지만 보충 증거, 배설물이나 쓰레기 샘플 환경에 강한 oocyst 수명주기 단계의 미세한 감지를 통해 수집 할 수 있습니다. 중합 효소 연쇄 반응을 이용하여 분자 대안 (PCR), 랜덤 amplificatio다형성 DNA PCR (RAPD-PCR) 및 정량 PCR 기술의 n은 최대 20 년 8 ~ 10 사용할 수 있었지만, 지금까지 그들은 인기를 끌고 못했다. 상대 비용과 전문 실험실 장비 또는 처리에 대한 요구 사항은 종종 주관적이고 기술적으로 까다로운 이전 pathology-의 자연과 현미경 기반이 10,11 접근에도 불구하고, 자신의 흡수를 제한했다. 이러한 제한은 빈곤에 콕시듐증의 영향 (12) 비례 적으로 더 클 수있다 등 동남 아시아 등 세계의 가난한 지역의 많은 과장 될 수있다. 응답하여, 에이 메리아 종 특이 진단법 및 신규 간단 민감하지만, 비용 효과에 대한 명백한 요구되고있다.

루프 - 매개 등온 증폭 (LAMP)는 다량의 DNA를 증폭 할 수있는 DNA 폴리머 라 구동 기술을 조제 쉽다. 가장 중요한 것은, LAMP는 BST의 DNA 폴리머 a를 사용SE 대신 13,14 열 사이클에 대한 요구없이 단일의 일정한 온도에서 DNA 증폭을 용이하게 통상적으로 사용 된 PCR의 Taq DNA 중합 효소. LAMP는 가장 기본적인 실험실에서 또는 현장에서 적용 할 의무가있다. 많은 PCR 억제제, 높은 감도 및 특이성에 대하여 저항 특징 인, LAMP 세이 감염성 점액낭 질환 바이러스, 및 클로스 트리 디움 퍼프 린 젠스 15-17 포자충 병원균의 광범위한 개발되었다. 응답에서 닭을 감염 일곱 에이 메리아 종의 각 특정 LAMP 분석의 패널 (18)을 개발 한 새로운 비용 효율적인 에이 메리아 종 별 진단 요구하는. 새로운 분석을위한 응용 프로그램은 가난한 경제 PE와 에이 메리아의 최대 또는 메리아의 necatrix으로 종의 관계를 주어진 특정 값의 모니터링 기생충 발생을 포함3,4 rformance. 다른 응용 프로그램은 농장의 항 콕시듐 전략, 준 임상 적 감염이나 임상 적 질환과 농장에 메리아로 인한 위험의 평가 진단의 효능을 평가하는 것을 포함한다.

Protocol

1. 템플릿 준비

주 : 닭 감염 일곱 에이 메리아 종 중 하나로부터 유도 된 DNA를 포함하는 것으로 의심 상관 게놈 DNA 템플릿 LAMP 기반 에이 메리아 종 식별을위한 주형으로 사용될 수있다. 여기에 설명 된대로 필드 진단 분석을위한 장 조직 샘플 일상 사후 동안 수집해야합니다.

  1. 소장의 부분 (또는 섹션)을 선택 테스트 할 수 있습니다. 샘플 사이트 선택에 대한 안내 및 샘플링 사이트의 분포와 위치의 종 - 특정 범위의 18 현재와 그림 1이 될 가능성이 가장 높은 에이 메리아 종은 표 1을 참조하십시오.
    참고 : 에이 메리아는 특히 호스트 사이트 특정 때문에이 키 중요하다. 닭을 감염 각각의 종은 (19)을 대상으로 장 지역에 따라 정의된다. 결정은 하나 미주리 이전 농장의 경험, 관심에 의해 영향을받을 수있다특정 에이 메리아 종 또는 다른 진단 지표 (6) 재.
  2. 소비세 5cm 또는 메리아 멸균 가위 또는 메스를 사용하여 테스트하기 위해 선택한 장 섹션 (들)의 긴 길이. 선택적으로, 이러한 RNAlater 18 또는 95 % 에탄올 예를 들어 같은 고정액 후속 분석을 위해 샘플을 저장합니다.
    참고 : 에탄올에 샘플을 저장하는 것은 멸균 트리스 에틸렌 디아민 테트라 아세트산 철저하게 세척 할 필요가있는 경우 (TE)를 사용하기 전에 버퍼.
  3. , 길이 방향으로 열려있는 샘플을 잘라 무료 멸균 유리 현미경 슬라이드의 가장자리 또는 에탄올 / 화염 멸균 가위 블레이드를 사용하여 점막층에서 세포를 가장 장 내용을 제거 (있는 경우) 및 긁어. 선택적으로 풀링 된 샘플에 대한 단일 관에서 종 특이 장 사이트의 네에서 세포를 포함한다.
  4. (1) 100 ㎕를 포함한 무균 TE 완충액을 함유하는 멸균 1.5 ㎖의 스크류 - 탑 마이크로 원심 분리 튜브로 긁어 담을0 % (W / V) 100 Chelex 수지.
  5. 1 분 동안 격렬하게 각각의 샘플을 흔들어. 상부 덮개가 단단히 닫혀 있는지 확인하고 10 분간 끓는 물에 목욕에 품어.
  6. 끓는 후 각각의 샘플 1 ~ 2 분 동안 상온에서 냉각 할 수 있습니다.
  7. 원심 분리기 1 분 최고 속도 (예를 들어, ~ 10,000 XG)에서 마이크로 원심을 사용하여 각 샘플.
  8. 각 LAMP 분석에서 템플릿을 수행 할 수 상층 액 2 μl를 수집합니다. 선택적으로, 다중 사이트 분석을 제공하기 위해 하나의 튜브에 두 개 이상의 사이트를 장내 수영장.

2. 에이 메리아 LAMP 프라이머 준비 (사전 분석)

  1. (100) 분석에 적합한 에이 메리아 LAMP 프라이머 주식을 준비합니다
    1. (제조자에 의해 지정) 100 μM의 농도로 분자 수준의 물을 첨가하여 각 동결 건조 에이 메리아 LAMP 프라이머를 복원합니다. 지정되지 않은 경우, 분자 수준의 물 날기 필요한 부피를 계산g 각 프라이머의 물리적 및 분자량.
    2. 에이 메리아 종에 대해 별도의 0.5 ml의 플립 - 탑 마이크로 원심 튜브에 피펫 60 μL 분자 수준의 물을 분석한다.
    3. 추가 FIP 프라이머, BIP, F3, B3, 일곱 종 특이 프라이머 믹스를 만드는 일련의 표 2에 나타내는 양을 사용하여 물에 대한 목표 에이 메리아 종 특정 LF 및 LB.
    4. 간단히 와동 후, 프라이머 용액을 혼합하고 미세 원심 펄스 필요까지 동결.
  2. 에이 메리아 종을 분석 할 수 있도록 LAMP 반응 mastermix를 준비합니다. 샘플의 개수에 의해 표 3에 나타낸 양을 곱하고 양성 대조군과 음성 대조군 피펫 스페어 세 추가. 0.5 또는 1.5 ml의 피펫 플립 탑 microcentrifuge 관을.

3. 에이 메리아 LAMP 분석

  1. 피펫 23 μL 에이 메리아 종BST DNA 중합 효소 / LAMP는 0으로 mastermix.5 ml의 microcentrifuge 관.
  2. 25 μL의 최종 반응 볼륨을 만들고, (섹션 1에서 제조) 2 μL의 DNA 템플릿을 추가합니다.
  3. 하나의 반응 (양성 대조군)에 2 μL 에이 메리아 종 고유의 게놈 DNA를 추가합니다. 반응 (대조군)에 2 μL를 분자 수준의 물을 추가합니다.
    주 : 종 특이 게놈 DNA를 사용할 수없는 경우 또는 이전의 긍정적 LAMP 표준 PCR 산물 대신 사용될 수있다.
  4. 30 분 동안 62 O C 수조 또는 열차 단 부화. 반응이 즉시 판독하지 않을 경우에 선택적으로 10 분 동안 80 O C로 가온하여 BST DNA 중합 효소를 탈 활성화.

4. LAMP 분석 판독

  1. 배양의 결론에 실내 조명 아래 눈에 의해 각 반응의 색상을 평가합니다. 부정적인 결과, 긍정적 인 결과는 하늘 (20) 청색으로 색에 보라색 분홍색으로 나타납니다.
  2. 선택적으로, LABORAT의 LAMP 분석 결과를 확인1 X 트리스 / 붕산염 / EDTA (TBE) 버퍼에 2 % 아가 로스 겔을 이용하여 아가 로스 겔 전기 영동 한 μL DNA 겔 로딩 완충액으로 5 μL LAMP 반응 생성물을 혼합하여 모리 (5 μL 당 핵산 염색을 이용 중고 묻은 50 ㎖ 아가로 오스). 단편 크기 계산을 할 수 있도록 겔의 1 차선 1KB 분자 크기의 DNA 사다리의 5 μl를 추가합니다.

Representative Results

분석 검증

검증 동안 각 에이 메리아 종 특이 LAMP 분석은 호스트 제어로서 닭뿐만 아니라, 닭 게놈 DNA를 감염 일곱 에이 메리아 종을 나타내는 순수한 DNA 샘플의 패널을 사용하여 시험 하였다. 아가로 오스 겔 전기 영동은 각각의 분석을 해결하는 데 사용없이 호스트 교차 반응 (18)와 절대 종 특이성을 입증했다. 다음에, 10 배 일련 희석 시리즈 게놈 DNA는 하나 내지 열 게놈 사본 (18)의 분석 감도 한계를 공개 정제 에이 메리아 tenella를 사용하여 제조. 상한은 최고 농도 (100,000 게놈 부) (18)를 포함한 포지티브까지 달성 결과로 결정되지 않았다.

필드 샘플 응용 프로그램

에이 메리아 시험용 샘플을 수집 (p)의 결과로서 추려, 죽은 닭으로부터 유래 될 가능성OOR 건강 또는 하나 사이에 세 가지의 가능성이 표본의 크기를 나타내는, 감시 건강 감시 학살 할 때 루틴의 일부. 감시 프로그램의 일환으로 미국의 육계 농장에서 수집 한 세 마리의 새를 테스트하는 것은 장 샘플 3 세트 얻었다. 각 에이 메리아 종 (표 1)에 대한 선호 장 사이트를 우선 순위, 종 특이 LAMP 분석의 응용 프로그램을 대상으로 한 지표로 블루 hydroxynaphthol (그림 2A)를 사용하여 테스트 한 모든 조류에 eimerian 감염의 시각적 식별을 허용했다. hydroxynaphthol 블루를 사용하는 경우 음의 LAMP 반응을 달성 색상은 핑크 보라색에 이르기까지 다양하지만, 항상 긍정적 인 결과에 의해 달성 푸른 구별된다 할 수 있습니다. 아가로 오스 겔 전기 영동으로 확인이 비교 결과 (그림 2B)를 제공했다. 현장 적용시 사용자는 일곱 종에 대해 전체 화면을 적용하도록 선택하거나 같은 우선 순위 만 종을 대상으로 할 수있다중요하거나 알려진 농장에서 순환 또는 주변 지역합니다.

에이 메리아의 발생이 새로운 테스트의 편의를 위해 요구 사항을 강조위한 PCR 기반 접근 방식의 고장 진단으로 설립 될 수 있습니다. LAMP는 PCR보다 간단 준비와 처리를 제공하지만, 조류 당 여러 장 사이트를 테스트 할 수있는 요구 사항은 실망 남아있다. 하나 이상의 LAMP 분석법으로 테스트 할 수있는 조류 당 단일 풀링 된 DNA 시료의 생산은 더 매력적이 될 가능성이 높다. 각 장 사이트가 개별적으로 처리했을 때와 동일한 결과 (도 2 일곱 LAMP 분석법으로 시험을 위해, 표 1에 기재된 DNA 준비 전에 풀링 특정 장내 사이트들 각각으로부터 수집 된 물질을 나타내는 조류 하나씩 풀링 된 샘플을 제공 처리 ) 그림 3과 비교.

그림 1 닭을 감염 에이 메리아 종 기생충의 LAMP 감지 그림 1. 장내 샘플링 사이트는.에이 메리아 종의 대상이 장 영역은 E. (점선 검은 선 사이의 숫자로 표시 샘플링 선호하는 사이트와, 색 선으로 강조 acervulina : 노랑 / 1, E.의 브루 네티 : 핑크 / 2, E. 최대 값 : 블루 / 3, E. mitis가 각각 1 주 씩으로 : 레드 / 5, E.의 praecox : 오렌지 / 4, E.의 necatrix 녹색 / 6 E. tenella를 : 회색 / 7). 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 2
eimerian 감염의 그림 2. 램프 진단 이리저리푸른 하늘 반응은 긍정적이었다 핑크 반응에 보라색이 부정적이고, (B) 아가로 오스 겔 전기 영동 경우 m 세 상업 육계. LAMP 반응은, (A)를 사용하여 블루 hydroxynaphthol 해결. 샘플링 사이트는 장내 기생충 각 종 표 1에 나타내었다. A = E. acervulina, B = E. 브루 네티, 엄마 = E. 최대, 미 = E. mitis가 각각 1 주 씩으로, N = E. necatrix, P = E. praecox 및 T = E. 돌 가사리. 레인 1 GeneRuler 1KB DNA 사다리가 포함되어 있습니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 3
eimerian 감염의 그림 3. 램프 진단은 세 개의 분리 된 상업 육계에서 샘플을 풀링 사용. 램프 REAC을TIONS는 하늘색 반응은 긍정적이었다 핑크 반응에 보라색이 부정적 hydroxynaphthol 파란색을 사용하여 해결. A = E. acervulina, B = E. 브루 네티, 엄마 = E. 최대, 미 = E. mitis가 각각 1 주 씩으로, N = E. necatrix, P = E. praecox 및 T = E. 돌 가사리. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

샘플 사이트 에이 메리아 종 분석 (대부분)
십이지장 (D) E.의 acervulina, E.의 praecox
공장 / 회장의 * (J / I) E. 최대, E.의 necatrix
Caeca (C) E.의 necatrix, E. tenella를
터미널 회장 (TI) E.의 브루 네티, E. mitis가 각각 1 주 씩으로 풀링 된 샘플 (P) E.의 acervulina, E.의 브루 네티, E. 최대, E. mitis가 각각 1 주 씩으로, E.의 necatrix, E.의 praecox, E. tenella를

후보 에이 메리아 종 분석 표 1. 장내 영역 별 선택. 지역의 선택은 그림 1에 도시 된 바와 같이 각각의 에이 메리아 종에 따라 다릅니다 샘플링합니다. 풀링 된 샘플은 다음 DNA의 준비를 위해 결합 된 네 개의 특정 사이트에서 수집 된 자료를 포함한다.

프라이머 * 주식 농도 (μM) 볼륨 (μL)
- (60)
앞으로 내부 프라이머 (FIP) (100) (40)
이전 버전과의 내부 PRI의메르 (BIP) (100) (40)
앞으로 외부 프라이머 (F3) (100) (10)
이전 버전과의 외부 프라이머 (B3) (100) (10)
루프 전달 (LF) (100) (20)
이전 버전과의 루프 (LB) (100) (20)
합계 (200)

LAMP 프라이머 프리믹스 표 2. 준비. LAMP의 프라이머 프리믹스를 준비하는 데 필요한 구성 요소와 비율. 표시된 볼륨은 100 LAMP 반응에 대한 것입니다. * 자료에 도시 된 바와 같이 프라이머의 정체성 Barkway (2011) 18.

주식 진한 없음 최종 반응 진한 없음 반응 당 볼륨 (μL)
DDW - - 10.1
ThermoPol 버퍼 10 × 1 개 2.5
황산 100 mM의 2 mM의 0.5
프라이머 믹스 * 표 2 2.5
의 dNTPs 25 mM의 400 μM의 0.4
베타 5 M 1 M (5)
Hydroxynaphthol 블루 3 mM의 120 μM (1)
BST DNA 중합 효소 8000 U / ㎖ 8 U (1)
합계 (23)

LAM 표 3. 준비P 반응 mastermix. * 에이 메리아 종 특이.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
RNAlater Ambion AM7024
Ethanol VWR Chemicals 20821.321 Caution, highly flammable
100 x Tris-EDTA (TE) buffer concentrate Sigma-Aldrich T9285
Chelex 100 resin Bio-Rad 142-1253
Molecular grade water Invitrogen 10977035
E. acervulina F3 Sigma-Aldrich VC00021 *CCTAACATTTCGCTTCACGGAC
E. acervulina B3 Sigma-Aldrich VC00021 *ATGAGCAAGTGGAACACCTTG
E. acervulina FIP Sigma-Aldrich VC00021 *AGAGCACAGTGGCAGTGC-AGCAGACAGCATGGCTTACCT
E. acervulina BIP Sigma-Aldrich VC00021 *GAAGACCCTCTGAAGAACGGA-CCTTCTCACCGCTTACCGG
E. acervulina LB Sigma-Aldrich VC00021 *TAAGGTTACACCCGTGGAGG
E. acervulina LF Sigma-Aldrich VC00021 *GCCATGCACAAAGCGACTT
E. brunetti F3 Sigma-Aldrich VC00021 *GGCCATCAAGTTCCATGAGC
E. brunetti B3 Sigma-Aldrich VC00021 *TCAACCTCCTGAGTGTGGTT
E. brunetti FIP Sigma-Aldrich VC00021 *GAAAATGCCTTCGTAGCTGCT-GCTGGGTACGGAGCGTCTT
E. brunetti BIP Sigma-Aldrich VC00021 *TACTTCCTAGGATCCATCCTCGC-AGTTTCGCTGCCGCCTC
E. brunetti LB Sigma-Aldrich VC00021 *GAAACGCTCGAACATGGC
E. brunetti LF Sigma-Aldrich VC00021 *CTTCTCCACAGACCCAGAGGT
E. maxima F3 Sigma-Aldrich VC00021 *ACTACGGAAAAGTGCGTAGCT
E. maxima B3 Sigma-Aldrich VC00021 *CCTTCCTCCCTTCTGAAAACTG
E. maxima FIP Sigma-Aldrich VC00021 *GAGTCACTGCTGATGTACCAAA
AG-GAACTATGCCGCTTTCCCCTG
E. maxima BIP Sigma-Aldrich VC00021 *AGAATGCGGATTTGTTAGCAGC-AGCAAGTCCAAGGTGTGTGTA
E. maxima LB Sigma-Aldrich VC00021 *CAAGCCTACGCGGACATC
E. maxima LF Sigma-Aldrich VC00021 *TTATGCAGCTGGGTCAACG
E. mitis F3 Sigma-Aldrich VC00021 *ACGATAGCCAAGACACGTAAGG
E. mitis B3 Sigma-Aldrich VC00021 *CCCCGTGATAAGAGTAGGAACA
E. mitis FIP Sigma-Aldrich VC00021 *CGCGGGTCGTGAGATTTAAATT
AT-GGAAGATCAGGACGGGCACT
E. mitis BIP Sigma-Aldrich VC00021 *GTTTCAGTTGATGAACAAGCGA
GA-TGCGCCTCTAGAATCAAGACG
E. mitis LB Sigma-Aldrich VC00021 *TCCATGCATCCCCTTGTT
E. mitis LF Sigma-Aldrich VC00021 *CGTGGGCACAGATTGATTC
E. necatrix F3 Sigma-Aldrich VC00021 *TGGCTTTCCCGCGTACC
E. necatrix B3 Sigma-Aldrich VC00021 *CGGCCCAACACAAAGACTG
E. necatrix FIP Sigma-Aldrich VC00021 *CGCTTGAGTTTTAAGCTATGCA
CA-GACCCAAGCAGCTCACCAA
E. necatrix BIP Sigma-Aldrich VC00021 *CGCCATGCCATTCAATGAACG-*GAGGCATACCGGCGTTGTC
E. necatrix LB Sigma-Aldrich VC00021 *GTCTGTAACTTGGGACGTTGT
E. necatrix LF Sigma-Aldrich VC00021 *GAACAGCCGGAGCCTCTC
E. praecox F3 Sigma-Aldrich VC00021 *GCCCTTGTATGTTGCTGTTTCT
E. praecox B3 Sigma-Aldrich VC00021 *GCGCACGAATCTGAATCACAC
E. praecox FIP Sigma-Aldrich VC00021 *ATCTCCTCAAAGACTTTCGCGT
A-GCGCTTGGCTATATCCATAGG
E. praecox BIP Sigma-Aldrich VC00021 *GCTCTCGTGGCATACTTGC-GCCAGGAGCCACTGATTGT
E. praecox LB Sigma-Aldrich VC00021 *GAATAGCATTGCCAGGTGG
E. praecox LF Sigma-Aldrich VC00021 *GTCCACTGTCATTAATATTGC
TGC
E. tenella F3 Sigma-Aldrich VC00021 *GCTTGTGAAGGTCAGCGTG
E. tenella B3 Sigma-Aldrich VC00021 *GCTGAGTCCATACGTACTTCCT
E. tenella FIP Sigma-Aldrich VC00021 *GCCACTGCTATGGAAAGTCAC
AC-CATAACTGGCATGCAGGGGT
E. tenella BIP Sigma-Aldrich VC00021 *GTTTGGCCCGAAAGTTGTGAA
GA-CGTCAGAAATTGCTGCCCAAT
E. tenella LB Sigma-Aldrich VC00021 *CGCATGTGCAGTTGAAGACA
E. tenella LF Sigma-Aldrich VC00021 *CCAAATGTATCTGCTAGTTATA
TTAACAAG
10 x ThermoPol reaction buffer New England Biolabs B9004S
MgSO4 Sigma-Aldrich M7506
dNTPs Promega U1330
Betaine solution (5 M) Sigma-Aldrich B0300
Bst polymerase New England Biolabs M0275S
Hydroxynaphthol blue Sigma-Aldrich 33936 Dissolved in molecular grade water.
UltraPure agarose Invitrogen 16500-500
10 x Tris/Borate/EDTA (TBE) buffer Invitrogen AM9863
Blue/Orange DNA loading dye (x6) Promega G1881
GeneRuler 1Kb DNA ladder Thermo Scientific SM0313
SafeView nucleic acid stain NBS Biologicals NBS-SV

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Chapman, H. D., et al. A selective review of advances in coccidiosis research. Adv Parasitol. 83, 93-171 (2013).
  2. Shirley, M. W., Smith, A. L., Tomley, F. M. The biology of avian Eimeria with an emphasis on their control by vaccination. Adv Parasitol. 60, 285-330 (2005).
  3. Fornace, K. M., et al. Occurrence of Eimeria species parasites on small-scale commercial chicken farms in Africa and indication of economic profitability. PLoS ONE. 8, (12), e84254 (2013).
  4. Schwarz, R. S., Jenkins, M. C., Klopp, S., Miska, K. B. Genomic analysis of Eimeria spp. populations in relation to performance levels of broiler chicken farms in Arkansas and North Carolina. J Parasitol. 95, (4), 871-880 (2009).
  5. Peek, H. W., Landman, W. J. Coccidiosis in poultry: anticoccidial products, vaccines and other prevention strategies. Vet Q. 31, (3), 143-161 (2011).
  6. Johnson, J., Reid, W. M. Anticoccidial drugs: lesion scoring techniques in battery and floor-pen experiments with chickens. Exp Parasitol. 28, (1), 30-36 (1970).
  7. Haug, A., Gjevre, A. G., Skjerve, E., Kaldhusdal, M. A survey of the economic impact of subclinical Eimeria infections in broiler chickens in Norway. Avian Pathol. 37, (3), 333-341 (2008).
  8. Procunier, J., Fernando, M., Barta, J. Species and strain differentiation of Eimeria spp. of the domestic fowl using DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers. Parasitology Research. 79, (2), 98-102 (1993).
  9. Schnitzler, B. E., Thebo, P. L., Mattsson, J. G., Tomley, F. M., Shirley, M. W. Development of a diagnostic PCR assay for the detection and discrimination of four pathogenic Eimeria species of the chicken. Avian Pathol. 27, (5), 490-497 (1998).
  10. Vrba, V., Blake, D. P., Poplstein, M. Quantitative real-time PCR assays for detection and quantification of all seven Eimeria species that infect the chicken. Vet Parasitol. 174, (3-4), 183-190 (2010).
  11. Morris, G. M., Gasser, R. B. Biotechnological advances in the diagnosis of avian coccidiosis and the analysis of genetic variation in Eimeria. Biotechnol Adv. 24, (6), 590-603 (2006).
  12. Perry, B., Randolph, T., McDermott, J., Sones, K., Thornton, P. Investing in animal health research to alleviate poverty. ILRI (International Livestock Research Institute). Nairobi, Kenya. (2002).
  13. Nagamine, K., Hase, T., Notomi, T. Accelerated reaction by loop-mediated isothermal amplification using loop primers). Mol Cell Probes. 16, (3), 223-229 (2002).
  14. Notomi, T., et al. Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Res. 28, (12), E63 (2000).
  15. Kaneko, I., et al. Detection of enterotoxigenic Clostridium perfringens in meat samples by using molecular methods. Appl Environ Microbiol. 77, (21), 7526-7532 (2011).
  16. Karanis, P., et al. Development and preliminary evaluation of a loop-mediated isothermal amplification procedure for sensitive detection of cryptosporidium oocysts in fecal and water samples. Appl Environ Microbiol. 73, (17), 5660-5662 (2007).
  17. Xue, C., et al. Rapid detection of Infectious bursal disease virus by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay. J Vet Diagn Invest. 21, (6), 841-843 (2009).
  18. Barkway, C. P., Pocock, R. L., Vrba, V., Blake, D. P. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assays for the species-specific detection of Eimeria that infect chickens. BMC Vet Res. 7, (1), 67 (2011).
  19. Long, P., Joyner, L., Millard, B., Norton, C. A guide to laboratory techniques used in the study and diagnosis of avian coccidiosis. Folia Veterinaria Latina. 6, (3), 201-217 (1976).
  20. Goto, M., Honda, E., Ogura, A., Nomoto, A., Hanaki, K. Colorimetric detection of loop-mediated isothermal amplification reaction by using hydroxy naphthol blue. BioTechniques. 46, (3), 167-172 (2009).
  21. Arakawa, A., Baba, E., Fukata, T. Eimeria tenella infection enhances Salmonella typhimurium infection in chickens. Poult Sci. 60, (10), 2203-2209 (1981).
  22. Blake, D. P., Smith, A. L., Shirley, M. W. Amplified fragment length polymorphism analyses of Eimeria spp.: an improved process for genetic studies of recombinant parasites. Parasitol Res. 90, (6), 473-475 (2003).
  23. Lund, M., Nordentoft, S., Pedersen, K., Madsen, M. Detection of Campylobacter spp. in chicken fecal samples by real-time PCR. J Clin Microbiol. 42, (11), 5125-5132 (2004).
  24. Raj, G. D., et al. Real-time PCR-based quantification of Eimeria genomes: a method to outweigh underestimation of genome numbers due to PCR inhibition. Avian Pathol. 42, (4), 304-308 (2013).
  25. Blake, D. P., Hesketh, P., Archer, A., Shirley, M. W., Smith, A. L. Eimeria maxima: the influence of host genotype on parasite reproduction as revealed by quantitative real-time PCR. Int J Parasitol. 36, (1), 97-105 (2006).
  26. Beck, H. P., et al. Molecular approaches to diversity of populations of apicomplexan parasites. Int J Parasitol. 39, (2), 175-189 (2009).

Comments

0 Comments


    Post a Question / Comment / Request

    You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

    Usage Statistics