Tre Recombinase Moleküler Evrim

Biology

Your institution must subscribe to JoVE's Biology section to access this content.

Fill out the form below to receive a free trial or learn more about access:

 

Summary

Burada yönettiği, moleküler evrim yoluyla Tre recombinase nesil raporu. Tre recombinase enfekte insan hücreleri provirus eksizyon ve eradikasyon, HIV-1 provirus LTR dizileri içinde önceden tanımlanmış bir hedef sırası tanır. Hala emekleme döneminde olsa da, yönlendirilmiş moleküler evrim moleküler cerrahi ve moleküler tıp araçları olarak hizmet verecek özel enzimlerin yaratılmasına izin verecek.

Cite this Article

Copy Citation | Download Citations

Buchholz, F. Molecular Evolution of the Tre Recombinase. J. Vis. Exp. (15), e791, doi:10.3791/791 (2008).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

Burada yönettiği, moleküler evrim yoluyla Tre recombinase nesil raporu. Tre recombinase enfekte insan hücreleri provirus eksizyon ve eradikasyon, HIV-1 provirus LTR dizileri içinde önceden tanımlanmış bir hedef sırası tanır.

Biz Cre loxP olarak bilinen 34 bp çift iplikli DNA dizisi tanıyan bir 38-kDa recombinase ile başladı. Cre etkili genomik dizileri ortadan kaldırmak, çünkü biz terzi dizisi arasında entegre bir HIV-1 provirus 5'-LTR ve 3'-LTR kaldırmak bir recombinase yola. Bir ilk adım olarak biz loxP için benzer ve rekombinasyon aktivite için test LTR siteleri içinde dizileri belirledi. Başlangıçta Cre ve mutagenized Cre kütüphaneler, HIV-1 provirus seçilen loxLTR siteleri rekombinasyona başarısız oldu. Herhangi bir yönlendirilmiş moleküler evrim sürecinin başlamasından en az rezidüel aktivitesi gerektirdiği gibi, orijinal asimetrik loxLTR dizileri alt kümelerini içine bölünmüş ve rekombinasyon aktivite için tekrar test edildi. Ara ürün olarak hareket ederek, rekombinasyon faaliyet alt grupları ile gösterilmiştir. Sonra, recombinase kütüphaneler reiterative evrim döngüleri ile zenginleştirildi. Daha sonra, zenginleştirilmiş kütüphaneler karıştırılır ve recombined edildi. Farklı mutasyonlar kombinasyonu sinerjik kanıtladı ve recombinases loxLTR1 ve loxLTR2 rekombinasyona başardık oluşturuldu. Bu ara yoluyla evrimsel bir strateji başarılı olabilir dair kanıt oldu. Toplam 126 tekamül döngüsünde sonra bireysel recombinases, işlevsel ve yapısal analiz edildi. En aktif recombinase - Tre - Cre ile karşılaştırıldığında 19 amino asit değişiklikleri vardı. Tre recombinase tüketim genom HIV-1 ile enfekte HeLa hücreleri (bkz. "Evolved Recombinase kullanarak HIV-1 Proviral DNA eksizyonu" Hauber J. Deneysel Viroloji ve İmmünoloji Heinrich-Pette Enstitüsü, HIV-1 provirus başardı Hamburg, Almanya). Hala emekleme döneminde olsa da, yönlendirilmiş moleküler evrim "moleküler cerrahi" ve moleküler tıp araçları olarak hizmet verecek özel enzimlerin yaratılmasına izin verecek.

Comments

3 Comments

  1. Dr. Frank Buchholz,

    Its nice to listen to the talk. I have some queries about Tre recombinase.,
     
    1, to excise a fragment using cre or tre i guess, there should be two loxp sites if you are targeting HIV LTR region it should be very specific region rather conserved region. So what happens if the LTR regions tend to mutate ?
    ², Isn't molecular evolution a long process to create such an recombinase ?

    3, There are "zinc finger nuclease" which are custom made enzyme which make specific cuts at DNA. It has the ability to bind to any piece of DNA. So will this technique be useful  for making "Zinc Finger Recombinase", which has the ability to bind LTR region and excise the whole or part of HIV genome.

    Hoping for your comments

    Roshan Padmanabhan
    India  

    Reply
    Posted by: Anonymous
    June 26, 2008 - 12:40 PM
  2. TRE can eradiction Lentiviral Vector from transducted cell fully? if Yes you can find different beatween Tat-Dependent and Tat-Independent LV as target for eradiction 5LTR-LTR3 from genome integrated sit? Sincerely

    Reply
    Posted by: Anonymous
    September 22, 2008 - 7:24 AM
  3. Hello Dr. Frank Bucholz,
    Have you sequenced the host cell genome in the wild type control vs. the HIV-1 infected vs Tre recombinase cells to
    definitively show where the HIV-1 genome is inserting, and that it is removed? Much evidence points to nonrandom insertion
    of the HIV-1 genome.
    Doug Cork
    MHRP/HJF (dcork@hivresearch.org)

    Reply
    Posted by: Anonymous
    October 21, 2009 - 10:06 AM

Post a Question / Comment / Request

You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

Usage Statistics