Mihaela Zavolan Computational and Systems Biology, Biozentrum University of Basel Biography Publications Institution JoVE Articles Mihaela Zavolan has not added a biography. If you are Mihaela Zavolan and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications The Gcn4 Transcription Factor Reduces Protein Synthesis Capacity and Extends Yeast Lifespan Nature Communications. Sep, 2017 | Pubmed ID: 28878244 Automated Incorporation of Pairwise Dependency in Transcription Factor Binding Site Prediction Using Dinucleotide Weight Tensors PLoS Computational Biology. Jul, 2017 | Pubmed ID: 28753602 TFAP2A is a Component of the ZEB1/2 Network That Regulates TGFB1-induced Epithelial to Mesenchymal Transition Biology Direct. Apr, 2017 | Pubmed ID: 28412966 Explicit Modeling of SiRNA-Dependent On- and Off-Target Repression Improves the Interpretation of Screening Results Cell Systems. Feb, 2017 | Pubmed ID: 28215525 High-throughput Identification of C/D Box SnoRNA Targets with CLIP and RiboMeth-seq Nucleic Acids Research. Mar, 2017 | Pubmed ID: 28031372 Patterns of Ribosomal Protein Expression Specify Normal and Malignant Human Cells Genome Biology. Nov, 2016 | Pubmed ID: 27884178 TUT-DIS3L2 is a Mammalian Surveillance Pathway for Aberrant Structured Non-coding RNAs The EMBO Journal. Oct, 2016 | Pubmed ID: 27647875 A Comprehensive Analysis of 3' End Sequencing Data Sets Reveals Novel Polyadenylation Signals and the Repressive Role of Heterogeneous Ribonucleoprotein C on Cleavage and Polyadenylation Genome Research. 08, 2016 | Pubmed ID: 27382025 Corrigendum to "Quantifying the Strength of MiRNA-target Interactions" [Methods (2015) 90-99] Methods (San Diego, Calif.). Jul, 2016 | Pubmed ID: 27372217 Redesigning CLIP for Efficiency, Accuracy and Speed Nature Methods. May, 2016 | Pubmed ID: 27243472 An Updated Human SnoRNAome Nucleic Acids Research. Jun, 2016 | Pubmed ID: 27174936 Roquin Recognizes a Non-canonical Hexaloop Structure in the 3'-UTR of Ox40 Nature Communications. Mar, 2016 | Pubmed ID: 27010430 Accurate Transcriptome-wide Prediction of MicroRNA Targets and Small Interfering RNA Off-targets with MIRZA-G Nucleic Acids Research. Oct, 2015 | Pubmed ID: 26365243 Cooperative Target MRNA Destabilization and Translation Inhibition by MiR-58 MicroRNA Family in C. Elegans Genome Research. Nov, 2015 | Pubmed ID: 26232411 Comparative Assessment of Methods for the Computational Inference of Transcript Isoform Abundance from RNA-seq Data Genome Biology. Jul, 2015 | Pubmed ID: 26201343 Inferring Gene Expression Regulatory Networks from High-throughput Measurements Methods (San Diego, Calif.). Sep, 2015 | Pubmed ID: 26188125 MiR-184 Regulates Pancreatic β-Cell Function According to Glucose Metabolism The Journal of Biological Chemistry. Aug, 2015 | Pubmed ID: 26152724 Quantifying the Strength of MiRNA-target Interactions Methods (San Diego, Calif.). Sep, 2015 | Pubmed ID: 25892562 Reflections on the RNA World RNA (New York, N.Y.). Apr, 2015 | Pubmed ID: 25780126 Accurate Transcriptome-wide Prediction of MicroRNA Targets and Small Interfering RNA Off-targets with MIRZA-G Nucleic Acids Research. Feb, 2015 | Pubmed ID: 25628353 MiR-CLIP Capture of a MiRNA Targetome Uncovers a LincRNA H19-miR-106a Interaction Nature Chemical Biology. Feb, 2015 | Pubmed ID: 25531890 Global 3' UTR Shortening Has a Limited Effect on Protein Abundance in Proliferating T Cells Nature Communications. 2014 | Pubmed ID: 25413384 Reconstitution of CPSF Active in Polyadenylation: Recognition of the Polyadenylation Signal by WDR33 Genes & Development. Nov, 2014 | Pubmed ID: 25301781 Embryonic Stem Cell-specific MicroRNAs Contribute to Pluripotency by Inhibiting Regulators of Multiple Differentiation Pathways Nucleic Acids Research. Aug, 2014 | Pubmed ID: 25030899 Identification and Consequences of MiRNA-target Interactions--beyond Repression of Gene Expression Nature Reviews. Genetics. Sep, 2014 | Pubmed ID: 25022902 Structural and Functional Implications of the QUA2 Domain on RNA Recognition by GLD-1 Nucleic Acids Research. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24838563 Fifteen Years SIB Swiss Institute of Bioinformatics: Life Science Databases, Tools and Support Nucleic Acids Research. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24792157 MicroRNA-7a Regulates Pancreatic β Cell Function The Journal of Clinical Investigation. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24789908 Widespread Context Dependency of MicroRNA-mediated Regulation Genome Research. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24668909 PAR-CLIP (Photoactivatable Ribonucleoside-Enhanced Crosslinking and Immunoprecipitation): a Step-by-step Protocol to the Transcriptome-wide Identification of Binding Sites of RNA-binding Proteins Methods in Enzymology. 2014 | Pubmed ID: 24581442 ISMARA: Automated Modeling of Genomic Signals As a Democracy of Regulatory Motifs Genome Research. May, 2014 | Pubmed ID: 24515121 Seq and CLIP Through the MiRNA World Genome Biology. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24460822 TSSer: an Automated Method to Identify Transcription Start Sites in Prokaryotic Genomes from Differential RNA Sequencing Data Bioinformatics (Oxford, England). Apr, 2014 | Pubmed ID: 24371151 Argonaute2 Mediates Compensatory Expansion of the Pancreatic β Cell Cell Metabolism. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24361012 Means to an End: Mechanisms of Alternative Polyadenylation of Messenger RNA Precursors Wiley Interdisciplinary Reviews. RNA. Mar-Apr, 2014 | Pubmed ID: 24243805 3'-UTR Poly(T/U) Tract Deletions and Altered Expression of EWSR1 Are a Hallmark of Mismatch Repair-deficient Cancers Cancer Research. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24158095 Timescales and Bottlenecks in MiRNA-dependent Gene Regulation Molecular Systems Biology. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24301800 Modulation of Epigenetic Regulators and Cell Fate Decisions by MiRNAs Epigenomics. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24283881 Modeling the Binding Specificity of the RNA-binding Protein GLD-1 Suggests a Function of Coding Region-located Sites in Translational Repression RNA (New York, N.Y.). Oct, 2013 | Pubmed ID: 23974436 Translation-dependent Displacement of UPF1 from Coding Sequences Causes Its Enrichment in 3' UTRs Nature Structural & Molecular Biology. Aug, 2013 | Pubmed ID: 23832275 Insights into SnoRNA Biogenesis and Processing from PAR-CLIP of SnoRNA Core Proteins and Small RNA Sequencing Genome Biology. May, 2013 | Pubmed ID: 23706177 Analysis of CDS-located MiRNA Target Sites Suggests That They Can Effectively Inhibit Translation Genome Research. Apr, 2013 | Pubmed ID: 23335364 A Biophysical MiRNA-mRNA Interaction Model Infers Canonical and Noncanonical Targets Nature Methods. Mar, 2013 | Pubmed ID: 23334102 Dicer Partners Expand the Repertoire of MiRNA Targets Genome Biology. Nov, 2012 | Pubmed ID: 23194401 Argonaute CLIP--a Method to Identify in Vivo Targets of MiRNAs Methods (San Diego, Calif.). Oct, 2012 | Pubmed ID: 23022257 Genome-wide Analysis of Pre-mRNA 3' End Processing Reveals a Decisive Role of Human Cleavage Factor I in the Regulation of 3' UTR Length Cell Reports. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22813749 マイクロ Rna 194 転写因子 1 のターゲット (Tcf1, HNF1α) でジリジリ 6 の成人の肝臓およびコントロールの式です。 Hepatology (Baltimore, Md.). Jan, 2012 | Pubmed ID: 21887698 カポジ肉腫ヘルペス ウイルスのマイクロ Rna は、カスパーゼ 3 のターゲットし、アポトーシスを調節します。 PLoS Pathogens. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22174674 PAPD5 カノニカル Pap 珍しい RNA 結合モチーフ。 RNA (New York, N.Y.). Sep, 2011 | Pubmed ID: 21788334 マイクロ Rna 103 と 107 はインスリン感受性を調節します。 Nature. Jun, 2011 | Pubmed ID: 21654750 RNA 結合蛋白質の結合サイトを識別するためのクリップ方法の定量分析 Nature Methods. Jul, 2011 | Pubmed ID: 21572407 保存された世代ピルナ遺伝子座での短い製品の。 BMC Genomics. 2011 | Pubmed ID: 21247452 CLIPZ: データベースと分析の環境実験結合部位の RNA 結合蛋白質の。 Nucleic Acids Research. Jan, 2011 | Pubmed ID: 21087992 ひと選択的スプライシング因子 SF1 in Situ MRNA ターゲットの解析ではスプライシングで関数を明らかにします。 Nucleic Acids Research. Mar, 2011 | Pubmed ID: 21062807 RNA 結合タンパク質の遺伝子発現の転写後のコントロールの役割を解読します。 Briefings in Functional Genomics. Dec, 2010 | Pubmed ID: 21127008 UPF1 ノックダウン HeLa 細胞での発現プロテオミクスによる結果として代替スプライシング ナンセンス変異を介した Mrna の A2/B1 を介した HnRNP の自己調節を明らかにします。 BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20946641 PAR-CLIPによるRNA結合タンパク質とmicroRNAのターゲットサイトのトランスクリプトーム全体の識別 Cell. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20371350 マイクロ Rna アクティビティ マウス卵母細胞で抑制されます。 Current Biology : CB. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20116252 SnoRNA MBII-52 (SNORD 115) は小さい RNAs に処理され、スプライシングを調節します。 Human Molecular Genetics. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20053671 配列および構造の機能からアルゴノート/EIF2C-マイクロ Rna 複合体の MRNA バインディングと MiRNA ターゲットの劣化の相対的寄与。 Genome Research. Nov, 2009 | Pubmed ID: 19767416 式とエプスタイン ‐ バーウイルス ゲノムからの小さな核小体 RNA の処理。 PLoS Pathogens. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19680535 MirZ: 統合マイクロ Rna 発現アトラスとターゲット予測リソース。 Nucleic Acids Research. Jul, 2009 | Pubmed ID: 19468042 成長の逮捕とひと骨髄性白血病細胞における分化制御転写ネットワーク。 Nature Genetics. May, 2009 | Pubmed ID: 19377474 ミール 375 正常膵アルファとベータ細胞塊を保持します。 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Apr, 2009 | Pubmed ID: 19289822 ホルムアルデヒドとEDC固定組織in SituハイブリダイゼーションにおけるmiRNA Nature Methods. Feb, 2009 | Pubmed ID: 19137005 人間のアルゴノートを含むリボ核タンパク質複合体とその結合した標的mRNAの分子キャラクタリゼーション RNA (New York, N.Y.). Dec, 2008 | Pubmed ID: 18978028 PUF 家族の人間蛋白質の MRNA ターゲットの比較分析では MiRNA の規制システムと豊富な相互作用を示唆しています。 PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18776931 ヘパドナウイルス関連肝細胞癌におけるmiR-17-92 PolycistronとmiR-21の発現上昇は、悪性の表現型に貢献 The American Journal of Pathology. Sep, 2008 | Pubmed ID: 18688024 マイクロ Rna は De Novo DNA のメチル化マウス胚性幹細胞での転写リプレッサーの規制を通じて制御します。 Nature Structural & Molecular Biology. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18311153 完全長 Cdna の計算解析転写とスプライシングのプログラム間の頻繁なカップリングを明らかにします。 DNA Research : an International Journal for Rapid Publication of Reports on Genes and Genomes. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18276623 データのクローン作成小さな RNA の計算解析。 Methods (San Diego, Calif.). Jan, 2008 | Pubmed ID: 18158128 SiRNA二本鎖の鎖特異的5'-O-メチル化は、ガイド鎖の選択とターゲット特異性を制御します RNA (New York, N.Y.). Feb, 2008 | Pubmed ID: 18094121 ひと肝 δ-アミノレブリン酸合成酵素による胆汁酸の規制。 Hepatology (Baltimore, Md.). Dec, 2007 | Pubmed ID: 17975826 C型肝炎ウイルス感染およびレプリケーションに影響を及ぼす細胞の補 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17616579 スモールRNAライブラリシーケンスに基づいて、哺乳類microRNA発現アトラス Cell. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17604727 マレック病ウイルス 2 (MDV-2) 型-エンコードされた MicroRNAs 示さないシーケンス保全それら MDV-1 によってエンコードされました。 Journal of Virology. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17459919 進化の保全と経路の解析を用いた MiRNA 目標の推論。 BMC Bioinformatics. 2007 | Pubmed ID: 17331257 定量的な技術は、慢性リンパ性白血病の新規マイクロRNAプロファイルを確立 Blood. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17327404 ひと HEK293 細胞内の MRNA のレベル ダイサーと依のアルゴノート ダウン規制の影響 Nucleic Acids Research. 2006 | Pubmed ID: 16971455 小さなRNAの新しいクラスは、マウスの精巣にMILIタンパク質に結合する Nature. Jul, 2006 | Pubmed ID: 16751777 スプライス フォームの種類と代替の有病率。 Current Opinion in Structural Biology. Jun, 2006 | Pubmed ID: 16713247 単純な物理モデル小さなエクソンの長さの変化を予測します。 PLoS Genetics. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16683028 スパ: スプライシング アライメントのための確率的アルゴリズム。 PLoS Genetics. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16683023 マイクロ Rna ウイルス エンコード: 遺伝子発現の新しい調節。 Trends in Microbiology. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16531046 ターゲット MRNA 発現のマイクロ Rna の細胞型特異署名。 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2006 | Pubmed ID: 16477010 第一原理予測法を用いたクラスタ化されたマイクロRNAの同定 BMC Bioinformatics. 2005 | Pubmed ID: 16274478 Small RNAのクローニングにより決定されるゼブラフィッシュの発生miRNAプロファイル Genes & Development. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15937218 ヘルペスウイルスファミリーのマイクロRNAの同定 Nature Methods. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15782219 細胞培養におけるウイルスのダイナミクスを量的に表わすために新しいメソッドを使用してひと免疫不全ウイルスの Cytopathicity の分析。 Journal of Virology. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15767404 ウイルスでエンコードされたマイクロRNAの同定 Science (New York, N.Y.). Apr, 2004 | Pubmed ID: 15118162 マウスの人間シーケンスの比較によって DNA の規制サイトをスマッシング。 Proceedings / IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. 2003 | Pubmed ID: 16452803 キイロショウジョウバエの開発中のsmall RNAのプロフィール Developmental Cell. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12919683 崩壊人間 Mrna の率: 相関機能特性とシーケンス属性。 Genome Research. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12902380 マウス トランスクリプトームにおける亜鉛指を含むタンパク質の体系的性格描写。 Genome Research. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12819142 代替開始、スプライシング、および終端マウス トランスクリプトームによってエンコードされた Mrna の多様性の影響。 Genome Research. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12819126 スプライス変異マウス完全長 Cdna のマウスゲノムへのマッピングによって識別されます。 Genome Research. Sep, 2002 | Pubmed ID: 12213775 シーケンスの確率的クラスタ リング: 新しい細菌 Regulons 比較ゲノム解析により推定します。 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. May, 2002 | Pubmed ID: 12032281 3' 末端配列 A seq2 とライブラリの準備 Georges Martin1, Ralf Schmidt1, Andreas J. Gruber1, Souvik Ghosh1, Walter Keller1, Mihaela Zavolan1,2 1Computational and Systems Biology, Biozentrum, University of Basel, 2Swiss Institute of Bioinformatics, Biozentrum, University of Basel JoVE 56129 Biology PAR -クリップ - RNA結合タンパク質のトランスクリプトーム全体の結合部位を同定する方法 Markus Hafner1, Markus Landthaler2, Lukas Burger3, Mohsen Khorshid3, Jean Hausser4, Philipp Berninger4, Andrea Rothballer1, Manuel Ascano1, Anna-Carina Jungkamp2, Mathias Munschauer2, Alexander Ulrich1, Greg S. Wardle1, Scott Dewell5, Mihaela Zavolan3, Thomas Tuschl1 1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University JoVE 2034 Biology
3' 末端配列 A seq2 とライブラリの準備 Georges Martin1, Ralf Schmidt1, Andreas J. Gruber1, Souvik Ghosh1, Walter Keller1, Mihaela Zavolan1,2 1Computational and Systems Biology, Biozentrum, University of Basel, 2Swiss Institute of Bioinformatics, Biozentrum, University of Basel JoVE 56129 Biology
PAR -クリップ - RNA結合タンパク質のトランスクリプトーム全体の結合部位を同定する方法 Markus Hafner1, Markus Landthaler2, Lukas Burger3, Mohsen Khorshid3, Jean Hausser4, Philipp Berninger4, Andrea Rothballer1, Manuel Ascano1, Anna-Carina Jungkamp2, Mathias Munschauer2, Alexander Ulrich1, Greg S. Wardle1, Scott Dewell5, Mihaela Zavolan3, Thomas Tuschl1 1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University JoVE 2034 Biology