Robert A. Edwards Department of Biology San Diego State University Biography Publications Institution JoVE Articles Robert A. Edwards has not added a biography. If you are Robert A. Edwards and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications Genomic Comparison of the Closely-Related Salmonella Enterica Serovars Enteritidis, Dublin and Gallinarum PloS One. 2015 | Pubmed ID: 26039056 Multidimensional Metrics for Estimating Phage Abundance, Distribution, Gene Density, and Sequence Coverage in Metagenomes Frontiers in Microbiology. 2015 | Pubmed ID: 26005436 RASTtk: a Modular and Extensible Implementation of the RAST Algorithm for Building Custom Annotation Pipelines and Annotating Batches of Genomes Scientific Reports. 2015 | Pubmed ID: 25666585 Microbial Taxonomy in the Post-genomic Era: Rebuilding from Scratch? Archives of Microbiology. Apr, 2015 | Pubmed ID: 25533848 Sequencing at Sea: Challenges and Experiences in Ion Torrent PGM Sequencing During the 2013 Southern Line Islands Research Expedition PeerJ. 2014 | Pubmed ID: 25177534 Comparative Genomics of 274 Vibrio Cholerae Genomes Reveals Mobile Functions Structuring Three Niche Dimensions BMC Genomics. 2014 | Pubmed ID: 25096633 A Highly Abundant Bacteriophage Discovered in the Unknown Sequences of Human Faecal Metagenomes Nature Communications. 2014 | Pubmed ID: 25058116 Local Genomic Adaptation of Coral Reef-associated Microbiomes to Gradients of Natural Variability and Anthropogenic Stressors Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24982156 FOCUS: an Alignment-free Model to Identify Organisms in Metagenomes Using Non-negative Least Squares PeerJ. 2014 | Pubmed ID: 24949242 Wnt Signaling Directs a Metabolic Program of Glycolysis and Angiogenesis in Colon Cancer The EMBO Journal. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24825347 Excited State Photoreaction Between the Indole Side Chain of Tryptophan and Halocompounds Generates New Fluorophores and Unique Modifications Photochemistry and Photobiology. Sep-Oct, 2014 | Pubmed ID: 24738707 Angiogenic Sprouting is Regulated by Endothelial Cell Expression of Slug Journal of Cell Science. May, 2014 | Pubmed ID: 24554431 The Cytokine IL-22 Promotes Pathogen Colonization by Suppressing Related Commensal Bacteria Immunity. Feb, 2014 | Pubmed ID: 24508234 The SEED and the Rapid Annotation of Microbial Genomes Using Subsystems Technology (RAST) Nucleic Acids Research. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24293654 Microbial Genomic Taxonomy BMC Genomics. 2013 | Pubmed ID: 24365132 Combining De Novo and Reference-guided Assembly with Scaffold_builder Source Code for Biology and Medicine. 2013 | Pubmed ID: 24267787 Draft Genome Sequence of the Fish Pathogen Piscirickettsia Salmonis Genome Announcements. 2013 | Pubmed ID: 24201203 Probiotic Bacteria Reduce Salmonella Typhimurium Intestinal Colonization by Competing for Iron Cell Host & Microbe. Jul, 2013 | Pubmed ID: 23870311 Circadian Clock Regulates the Host Response to Salmonella Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jun, 2013 | Pubmed ID: 23716692 Explaining Microbial Phenotypes on a Genomic Scale: GWAS for Microbes Briefings in Functional Genomics. Jul, 2013 | Pubmed ID: 23625995 Multivariate Analysis of Functional Metagenomes Frontiers in Genetics. 2013 | Pubmed ID: 23579547 Structure and Function of a Cyanophage-encoded Peptide Deformylase The ISME Journal. Jun, 2013 | Pubmed ID: 23407310 A Bioinformatic Analysis of Ribonucleotide Reductase Genes in Phage Genomes and Metagenomes BMC Evolutionary Biology. 2013 | Pubmed ID: 23391036 Applying Shannon's Information Theory to Bacterial and Phage Genomes and Metagenomes Scientific Reports. 2013 | Pubmed ID: 23301154 Intracellular Trafficking of the KV1.3 Potassium Channel is Regulated by the Prodomain of a Matrix Metalloprotease The Journal of Biological Chemistry. Mar, 2013 | Pubmed ID: 23300077 SEED Servers: High-performance Access to the SEED Genomes, Annotations, and Metabolic Models PloS One. 2012 | Pubmed ID: 23110173 Reference-independent Comparative Metagenomics Using Cross-assembly: CrAss Bioinformatics (Oxford, England). Dec, 2012 | Pubmed ID: 23074261 Real Time Metagenomics: Using K-mers to Annotate Metagenomes Bioinformatics (Oxford, England). Dec, 2012 | Pubmed ID: 23047562 Metabolic Trajectory of Cellular Differentiation in Small Intestine by Phasor Fluorescence Lifetime Microscopy of NADH Scientific Reports. 2012 | Pubmed ID: 22891156 Microfluidic PCR Combined with Pyrosequencing for Identification of Allelic Variants with Phenotypic Associations Among Targeted Salmonella Genes Applied and Environmental Microbiology. Oct, 2012 | Pubmed ID: 22885744 Sequencing of Seven Haloarchaeal Genomes Reveals Patterns of Genomic Flux PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22848480 Taxonomic and Functional Microbial Signatures of the Endemic Marine Sponge Arenosclera Brasiliensis PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22768320 Diversification of the Salmonella Fimbriae: a Model of Macro- and Microevolution PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22701679 Genome-wide Study of the Defective Sucrose Fermenter Strain of Vibrio Cholerae from the Latin American Cholera Epidemic PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22662140 MiR-23a Promotes the Transition from Indolent to Invasive Colorectal Cancer Cancer Discovery. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22628407 PhiSpy: a Novel Algorithm for Finding Prophages in Bacterial Genomes That Combines Similarity- and Composition-based Strategies Nucleic Acids Research. Sep, 2012 | Pubmed ID: 22584627 Genome Sequences of the Ethanol-tolerant Lactobacillus Vini Strains LMG 23202T and JP7.8.9 Journal of Bacteriology. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22582376 Genome Sequence of the Bacterioplanktonic, Mixotrophic Vibrio Campbellii Strain PEL22A, Isolated in the Abrolhos Bank Journal of Bacteriology. May, 2012 | Pubmed ID: 22535939 Muscle Sarcomas and Alopecia in A/J Mice Chronically Treated with Nicotine Life Sciences. Nov, 2012 | Pubmed ID: 22521759 Progetto Di Sequenza Del Genoma Del Gamberetto Agente Patogeno Vibrio Harveyi CAIM 1792 Journal of Bacteriology. Apr, 2012 | Pubmed ID: 22461546 Il Sequestro Dello Zinco Dalla Calprotectina Proteina Dei Neutrofili Aumenta La Crescita Di Salmonella Nell'intestino Infiammato Cell Host & Microbe. Mar, 2012 | Pubmed ID: 22423963 PhiSiGns: an Online Tool to Identify Signature Genes in Phages and Design PCR Primers for Examining Phage Diversity BMC Bioinformatics. 2012 | Pubmed ID: 22385976 TNF-α Induce Up-regolazione Di Espressione Di EGFR E Segnalazione in Miofibroblasti Del Colon Umano American Journal of Physiology. Gastrointestinal and Liver Physiology. Feb, 2012 | Pubmed ID: 22301110 Caratterizzazione Del Profago ELPhiS Da Salmonella Enterica Sierotipo Enteritidis Ceppo LK5 Applied and Environmental Microbiology. Jan, 2012 | Pubmed ID: 22247173 PHACTS, Un Approccio Computazionale Per Classificare Lo Stile Di Vita Dei Fagi Bioinformatics (Oxford, England). Jan, 2012 | Pubmed ID: 22238260 Relazioni Dei Fagi-batteri Ed Elementi CRISPR Ha Rivelati Un'indagine Metagenomica Del Microbioma Del Rumine Environmental Microbiology. Jan, 2012 | Pubmed ID: 22004549 Sequenza Del Genoma Del Patogeno Umano Vibrio Cholerae Amazonia Journal of Bacteriology. Oct, 2011 | Pubmed ID: 21952545 Cytokine-induced Alterazioni Del Recettore Nicotinico α7 Nelle Cellule T CD4 Colica Mediano Risposta Dicotomica Alla Nicotina in Modelli Murini Di Th1/Th17-contro La Colite Th2-mediata Journal of Immunology (Baltimore, Md. : 1950). Sep, 2011 | Pubmed ID: 21784975 Metabolismo Dei Lipidi Che Collega Per La Risposta Immunitaria Innata Nei Macrofagi Attraverso Sterol Regulatory Element Associazione Proteina-1a Cell Metabolism. May, 2011 | Pubmed ID: 21531336 Mutazione Di NIMA Relativi Chinasi 1 (NEK1) Porta Ad Instabilità Cromosomica Molecular Cancer. 2011 | Pubmed ID: 21214959 L'accesso Ai Database Di Genoma I Seme Tramite Web Services API: Strumenti Per Programmatori BMC Bioinformatics. 2010 | Pubmed ID: 20546611 Transposases Sono I Geni Più Abbondanti, Più Onnipresenti in Natura Nucleic Acids Research. Jul, 2010 | Pubmed ID: 20215432 Cancer Research. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20145124 Albumina Di Siero Bovino Glutaraldeide Per Completamente Sutureless Heminephrectomy Laparoscopica in Un Modello Di Sopravvivenza Dei Suini Journal of Endourology / Endourological Society. Mar, 2010 | Pubmed ID: 20059350 Lysogeny E Sporulazione in Bacillus Isolati Dal Golfo Del Messico Applied and Environmental Microbiology. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20008174 Lo Strumento Della Metagenomica GAAS E Le Stime Di Virale E Microbica Media Grandezza Del Genoma in Quattro Principali Biomi PLoS Computational Biology. Dec, 2009 | Pubmed ID: 20011103 Repressione Epigenetica Del Disadattamento Del DNA Di Riparazione Da Infiammazione E Da Ipossia Nel Cancro Colorettale Associato a Malattia Infiammatoria Intestinale Cancer Research. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19638594 Analisi Metagenomica Stressato Holobionts Corallo Environmental Microbiology. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19397678 Valutazione Dei Risultati Di Elettrochirurgia Indotta Da Lesioni Intestinali Trattati Con Tessuto Colla/sigillante Versus Riparazione Suturata in Un Modello Di Coniglio Journal of Endourology / Endourological Society. Mar, 2009 | Pubmed ID: 19275489 Lo Stent 'boa': Valutazione Di Un Prototipo Inabitazione Dello Stent Ureterale in Un Modello Dei Suini BJU International. Jul, 2009 | Pubmed ID: 19154469 Studio Comparativo Di in Vivo Linfatico Capacità Del Dotto Toracico Suino Utilizzando Dissezione Laparoscopica Dispositivi Di Tenuta The Journal of Urology. Jan, 2009 | Pubmed ID: 19010491 Analisi Metagenomica Indicano Che Fattori Di Stress Inducono La Produzione Di Virus Herpes-come Nella Compressa Porites Corallo Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2008 | Pubmed ID: 19017800 Metagenomica Comparativa Rivela Host Specifico Metavirulomes E Gli Elementi Di Trasferimento Genico Orizzontale Nel Pollo Cieco Microbioma PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18698407 Cellule Staminali Di Midollo Osseo Per Ingegneria Tissutale Urologica World Journal of Urology. Aug, 2008 | Pubmed ID: 18654786 Contenuto Gene E Composizione Tassonomico Di Una Comunità Microbica Producendo Metano Isolato Da Un Reattore Di Biogas Journal of Biotechnology. Aug, 2008 | Pubmed ID: 18611419 Diversità Virale E Dinamica in Un Budello Infantile Research in Microbiology. Jun, 2008 | Pubmed ID: 18541415 Comunità Virale Associato a Coralli Sani E Sbiancanti Environmental Microbiology. Sep, 2008 | Pubmed ID: 18479440 Ruolo Per Disregolazione Epiteliali Nel Cancro Al Colon Colite Associate Ad Esordio Precoce in Gi2-alfa-/-mice Inflammatory Bowel Diseases. Jul, 2008 | Pubmed ID: 18340649 Metagenomica Funzionale Profilatura Di Nove Biomi Nature. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18337718 Confronto Di Guarigione Dopo Cystotomy E Riparazione Con Fibrina Colla E Suturata Chiusura Nel Modello Dei Suini Journal of Endourology / Endourological Society. Jan, 2008 | Pubmed ID: 18315486 Biodiversità E Biogeografia Dei Fagi Nel Moderne Stromatoliti E Thrombolites Nature. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18311127 Ecologia Microbica Di Quattro Atolli Corallini in Linea Isole Settentrionali PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18301735 Classificazione Filogenetica Del DNA Ambientale Breve Frammenti Nucleic Acids Research. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18285365 Il Server RAST: Annotazioni Rapide Utilizzando La Tecnologia Di Sottosistemi BMC Genomics. 2008 | Pubmed ID: 18261238 Carbonio Batterica Trattamento Da Parte Di Specie Generalista Nell'oceano Costiera Nature. Feb, 2008 | Pubmed ID: 18223640 Prove Per Ruoli Differenziale Per Il Recettore NKG2D Segnalazione Nella Difesa Ospite Innata Contro Le Malattie Neurologiche E Fegata Indotta Da Coronavirus Journal of Virology. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18094157 Metagenomica E Piccole Subunità RRNA Analisi Rivelano La Diversità Genetica Dei Batteri, Archaea, Funghi E Virus Nel Suolo Applied and Environmental Microbiology. 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Segall1, Forest Rohwer1 1Department of Biology, San Diego State University, 2Computational Science Research Center, San Diego State University, 3Bioinformatics and Medical Informatics Research Center, San Diego State University, 4Department of Mathematics and Statistics, San Diego State University, 5Department of Computer Science, San Diego State University, 6Mathematics and Computer Science Division, Argonne National Laboratory, 7SPARC Committee, Broad Institute Immunology and Infection
Fenomica fagi: Approcci fisiologici per caratterizzare Novel virali Proteine Savannah E. Sanchez1, Daniel A. Cuevas2, Jason E. Rostron1, Tiffany Y. Liang3, Cullen G. Pivaroff1, Matthew R. Haynes1, Jim Nulton4, Ben Felts4, Barbara A. Bailey4, Peter Salamon4, Robert A. Edwards1,5,6, Alex B. Burgin7, Anca M. Segall1, Forest Rohwer1 1Department of Biology, San Diego State University, 2Computational Science Research Center, San Diego State University, 3Bioinformatics and Medical Informatics Research Center, San Diego State University, 4Department of Mathematics and Statistics, San Diego State University, 5Department of Computer Science, San Diego State University, 6Mathematics and Computer Science Division, Argonne National Laboratory, 7SPARC Committee, Broad Institute Immunology and Infection