Robert A. Edwards Department of Biology San Diego State University Biography Publications Institution JoVE Articles Robert A. Edwards has not added a biography. If you are Robert A. Edwards and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications Genomic Comparison of the Closely-Related Salmonella Enterica Serovars Enteritidis, Dublin and Gallinarum PloS One. 2015 | Pubmed ID: 26039056 Multidimensional Metrics for Estimating Phage Abundance, Distribution, Gene Density, and Sequence Coverage in Metagenomes Frontiers in Microbiology. 2015 | Pubmed ID: 26005436 RASTtk: a Modular and Extensible Implementation of the RAST Algorithm for Building Custom Annotation Pipelines and Annotating Batches of Genomes Scientific Reports. 2015 | Pubmed ID: 25666585 Microbial Taxonomy in the Post-genomic Era: Rebuilding from Scratch? Archives of Microbiology. Apr, 2015 | Pubmed ID: 25533848 Sequencing at Sea: Challenges and Experiences in Ion Torrent PGM Sequencing During the 2013 Southern Line Islands Research Expedition PeerJ. 2014 | Pubmed ID: 25177534 Comparative Genomics of 274 Vibrio Cholerae Genomes Reveals Mobile Functions Structuring Three Niche Dimensions BMC Genomics. 2014 | Pubmed ID: 25096633 A Highly Abundant Bacteriophage Discovered in the Unknown Sequences of Human Faecal Metagenomes Nature Communications. 2014 | Pubmed ID: 25058116 Local Genomic Adaptation of Coral Reef-associated Microbiomes to Gradients of Natural Variability and Anthropogenic Stressors Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24982156 FOCUS: an Alignment-free Model to Identify Organisms in Metagenomes Using Non-negative Least Squares PeerJ. 2014 | Pubmed ID: 24949242 Wnt Signaling Directs a Metabolic Program of Glycolysis and Angiogenesis in Colon Cancer The EMBO Journal. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24825347 Excited State Photoreaction Between the Indole Side Chain of Tryptophan and Halocompounds Generates New Fluorophores and Unique Modifications Photochemistry and Photobiology. Sep-Oct, 2014 | Pubmed ID: 24738707 Angiogenic Sprouting is Regulated by Endothelial Cell Expression of Slug Journal of Cell Science. May, 2014 | Pubmed ID: 24554431 The Cytokine IL-22 Promotes Pathogen Colonization by Suppressing Related Commensal Bacteria Immunity. Feb, 2014 | Pubmed ID: 24508234 The SEED and the Rapid Annotation of Microbial Genomes Using Subsystems Technology (RAST) Nucleic Acids Research. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24293654 Microbial Genomic Taxonomy BMC Genomics. 2013 | Pubmed ID: 24365132 Combining De Novo and Reference-guided Assembly with Scaffold_builder Source Code for Biology and Medicine. 2013 | Pubmed ID: 24267787 Draft Genome Sequence of the Fish Pathogen Piscirickettsia Salmonis Genome Announcements. 2013 | Pubmed ID: 24201203 Probiotic Bacteria Reduce Salmonella Typhimurium Intestinal Colonization by Competing for Iron Cell Host & Microbe. Jul, 2013 | Pubmed ID: 23870311 Circadian Clock Regulates the Host Response to Salmonella Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jun, 2013 | Pubmed ID: 23716692 Explaining Microbial Phenotypes on a Genomic Scale: GWAS for Microbes Briefings in Functional Genomics. Jul, 2013 | Pubmed ID: 23625995 Multivariate Analysis of Functional Metagenomes Frontiers in Genetics. 2013 | Pubmed ID: 23579547 Structure and Function of a Cyanophage-encoded Peptide Deformylase The ISME Journal. Jun, 2013 | Pubmed ID: 23407310 A Bioinformatic Analysis of Ribonucleotide Reductase Genes in Phage Genomes and Metagenomes BMC Evolutionary Biology. 2013 | Pubmed ID: 23391036 Applying Shannon's Information Theory to Bacterial and Phage Genomes and Metagenomes Scientific Reports. 2013 | Pubmed ID: 23301154 Intracellular Trafficking of the KV1.3 Potassium Channel is Regulated by the Prodomain of a Matrix Metalloprotease The Journal of Biological Chemistry. Mar, 2013 | Pubmed ID: 23300077 SEED Servers: High-performance Access to the SEED Genomes, Annotations, and Metabolic Models PloS One. 2012 | Pubmed ID: 23110173 Reference-independent Comparative Metagenomics Using Cross-assembly: CrAss Bioinformatics (Oxford, England). Dec, 2012 | Pubmed ID: 23074261 Real Time Metagenomics: Using K-mers to Annotate Metagenomes Bioinformatics (Oxford, England). Dec, 2012 | Pubmed ID: 23047562 Metabolic Trajectory of Cellular Differentiation in Small Intestine by Phasor Fluorescence Lifetime Microscopy of NADH Scientific Reports. 2012 | Pubmed ID: 22891156 Microfluidic PCR Combined with Pyrosequencing for Identification of Allelic Variants with Phenotypic Associations Among Targeted Salmonella Genes Applied and Environmental Microbiology. Oct, 2012 | Pubmed ID: 22885744 Sequencing of Seven Haloarchaeal Genomes Reveals Patterns of Genomic Flux PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22848480 Taxonomic and Functional Microbial Signatures of the Endemic Marine Sponge Arenosclera Brasiliensis PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22768320 Diversification of the Salmonella Fimbriae: a Model of Macro- and Microevolution PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22701679 Genome-wide Study of the Defective Sucrose Fermenter Strain of Vibrio Cholerae from the Latin American Cholera Epidemic PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22662140 MiR-23a Promotes the Transition from Indolent to Invasive Colorectal Cancer Cancer Discovery. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22628407 PhiSpy: a Novel Algorithm for Finding Prophages in Bacterial Genomes That Combines Similarity- and Composition-based Strategies Nucleic Acids Research. Sep, 2012 | Pubmed ID: 22584627 Genome Sequences of the Ethanol-tolerant Lactobacillus Vini Strains LMG 23202T and JP7.8.9 Journal of Bacteriology. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22582376 Genome Sequence of the Bacterioplanktonic, Mixotrophic Vibrio Campbellii Strain PEL22A, Isolated in the Abrolhos Bank Journal of Bacteriology. May, 2012 | Pubmed ID: 22535939 Muscle Sarcomas and Alopecia in A/J Mice Chronically Treated with Nicotine Life Sciences. Nov, 2012 | Pubmed ID: 22521759 エビ病原ビブリオ Harveyi カイム 1792年の全ゲノムをドラフトします。 Journal of Bacteriology. Apr, 2012 | Pubmed ID: 22461546 亜鉛隔離好中球タンパク質カルプロテクチンで炎症性の腸内のサルモネラの成長が向上します。 Cell Host & Microbe. Mar, 2012 | Pubmed ID: 22423963 PhiSiGns: an Online Tool to Identify Signature Genes in Phages and Design PCR Primers for Examining Phage Diversity BMC Bioinformatics. 2012 | Pubmed ID: 22385976 TNF-αは、EGFR発現のアップレギュレーションを誘導し、ヒト大腸筋線維芽細胞のシグナル伝達 American Journal of Physiology. Gastrointestinal and Liver Physiology. Feb, 2012 | Pubmed ID: 22301110 LK5サルモネラ菌血清型EnteritidisのひずみからELPhiSプロファージのキャラクタリゼーション Applied and Environmental Microbiology. Jan, 2012 | Pubmed ID: 22247173 PHACTS、ファージのライフスタイルを分類する計算論的アプローチ Bioinformatics (Oxford, England). Jan, 2012 | Pubmed ID: 22238260 ルーメンMicrobiomeのメタゲノム調査によって明らかにされたファージ細菌の関係とCRISPR要素 Environmental Microbiology. Jan, 2012 | Pubmed ID: 22004549 ヒト病原体コレラ菌アマゾニアのゲノム配列 Journal of Bacteriology. Oct, 2011 | Pubmed ID: 21952545 大腸CD4 T細胞におけるα7ニコチン受容体のサイトカイン誘導変化は、Th1/Th17-対Th2の媒介性大腸炎のマウスモデルにおけるニコチンに二値応答を媒介する Journal of Immunology (Baltimore, Md. : 1950). Sep, 2011 | Pubmed ID: 21784975 ステロール調節エレメント結合タンパク質1Aを介してマクロファージの自然免疫応答に脂質代謝を結びつける Cell Metabolism. May, 2011 | Pubmed ID: 21531336 NIMA関連キナーゼ1(NEK1)の変異は染色体不安定性につながります Molecular Cancer. 2011 | Pubmed ID: 21214959 プログラマのためのツール:WebサービスAPIを介して種子ゲノムデータベースへのアクセス BMC Bioinformatics. 2010 | Pubmed ID: 20546611 トランスポザーゼは、自然の中で最も豊富な、最も普遍的遺伝子である Nucleic Acids Research. Jul, 2010 | Pubmed ID: 20215432 Cancer Research. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20145124 サバイバルブタモデルで完全に縫合腹腔鏡下半腎切除のためにウシ血清アルブミングルタルアルデヒド Journal of Endourology / Endourological Society. Mar, 2010 | Pubmed ID: 20059350 メキシコ湾からのバチルス分離株における溶原性と胞子形成 Applied and Environmental Microbiology. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20008174 GAASメタゲノムツール、4つの主要な生物群のウイルスと微生物の平均ゲノムサイズのその推定 PLoS Computational Biology. Dec, 2009 | Pubmed ID: 20011103 炎症性腸疾患に関連した大腸癌における炎症と低酸素によるDNAミスマッチ修復のエピジェネティックな弾圧 Cancer Research. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19638594 ストレスコーラルHolobiontsのメタゲノム解析 Environmental Microbiology. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19397678 ウサギモデルにおける縫合修復対組織接着剤/シーラントで処理した電気外科誘発性腸損傷のアウトカムの評価 Journal of Endourology / Endourological Society. Mar, 2009 | Pubmed ID: 19275489 'ブイ'ステント:ブタモデルで尿管ステントを留置プロトタイプの評価 BJU International. Jul, 2009 | Pubmed ID: 19154469 腹腔鏡下解剖デバイスを使用したブタ胸管のin Vivoリンパシール能力の比較研究 The Journal of Urology. Jan, 2009 | Pubmed ID: 19010491 メタゲノム解析は、ストレッサーがコーラルハマサンゴCompressaのヘルペス様ウイルスの産生を誘導することを示します。 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2008 | Pubmed ID: 19017800 比較メタゲノムは、鶏盲腸Microbiomeのホスト固有のMetavirulomesと水平遺伝子伝達の要素を明らかに PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18698407 泌尿器組織工学のための骨髄幹細胞 World Journal of Urology. Aug, 2008 | Pubmed ID: 18654786 バイオリアクターから分離したメタンガスを作り出す微生物コミュニティの分類学的組成と遺伝子含量 Journal of Biotechnology. Aug, 2008 | Pubmed ID: 18611419 幼児の腸内ウイルスの多様性とダイナミクス Research in Microbiology. Jun, 2008 | Pubmed ID: 18541415 健康と漂白サンゴに関連付けられているウイルスのコミュニティ Environmental Microbiology. Sep, 2008 | Pubmed ID: 18479440 Gi2-α-/の早期発症性大腸炎関連大腸癌における上皮調節不全の役割 - マウス Inflammatory Bowel Diseases. Jul, 2008 | Pubmed ID: 18340649 ナインバイオームの機能メタゲノムプロファイリング Nature. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18337718 フィブリン糊による膀胱切開と修復後のヒーリングとの比較ブタモデルにおける縫合閉鎖 Journal of Endourology / Endourological Society. Jan, 2008 | Pubmed ID: 18315486 現代のストロマトライトとThrombolitesでファージの生物多様性と生物地理 Nature. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18311127 北ライン諸島の四サンゴ環礁の微生物生態 PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18301735 ショート環境DNA断片の系統分類 Nucleic Acids Research. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18285365 RASTサーバー:サブシステムテクノロジを使用した迅速な注釈 BMC Genomics. 2008 | Pubmed ID: 18261238 沿岸海洋におけるジェネラリスト種による細菌の炭素処理 Nature. Feb, 2008 | Pubmed ID: 18223640 コロナウイルスによって誘発される神経学的および肝疾患に対する自然宿主防御にシグナリングNKG2D受容体の差動の役割の証拠 Journal of Virology. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18094157 メタゲノムと小サブユニットrRNAの解析は、土壌中の細菌、古細菌、真菌、ウイルスの遺伝的多様性を明らかに Applied and Environmental Microbiology. Nov, 2007 | Pubmed ID: 17827313 ウイルスによって誘発される神経学的および肝疾患からの保護のマウス肝炎ウイルスゲノムの結果からのCXCケモカインリガンド10の発現 Journal of Immunology (Baltimore, Md. : 1950). Jul, 2007 | Pubmed ID: 17617609 トリプトファン表面アクセシビリティの決定のためのタンパク質のトリプトファン残基を標識するインドール化学の開発 Protein Science : a Publication of the Protein Society. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17525468 大腸筋線維芽細胞 - MAPK及びPGE2に依存するIL-11 Gialpha2-/の生産を減少させ American Journal of Physiology. Gastrointestinal and Liver Physiology. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17332478 国立微生物病原体データベースリソース(NMPDR):サブアノテーションに基づくゲノムプラットフォーム Nucleic Acids Research. Jan, 2007 | Pubmed ID: 17145713 四海域の海洋Viromes PLoS Biology. Nov, 2006 | Pubmed ID: 17090214 環境から分離された細菌群集における新規遺伝子を発見 Bioinformatics (Oxford, England). Jul, 2006 | Pubmed ID: 16873483 質量分析法による二次元ポリアクリルアミドゲルからエタノール可視化タンパク質の同定 Analytical Chemistry. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16579625 ディープ鉱山微生物の生態に光を当てるためにパイロシークエンシングを使用して、 BMC Genomics. 2006 | Pubmed ID: 16549033 比較メタゲノムに統計手法の応用 BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 16549025 中枢神経系のウイルス感染後、CD4のCXCR3 +およびCD8 + T細胞の人身売買の差動の役割 European Journal of Immunology. Mar, 2006 | Pubmed ID: 16479546 枯草菌の低分子量タンパク質チロシンホスファターゼ Journal of Bacteriology. Jul, 2005 | Pubmed ID: 15995210 ウイルスのメタゲノム Nature Reviews. Microbiology. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15886693 マウス - I2-/ Gアルファの末梢T細胞における障害のあるTGF-β応答 Journal of Immunology (Baltimore, Md. : 1950). May, 2005 | Pubmed ID: 15879107 枯草菌蛋白質チロシンホスファターゼYwqEのインビトロ特性に Journal of Bacteriology. May, 2005 | Pubmed ID: 15866923 水平取得遺伝子のモザイクプロファージは、化膿連鎖球菌のグローバル播種M1T1クローンの出現と多様化を考慮し Journal of Bacteriology. May, 2005 | Pubmed ID: 15866915 ロボットの根治的前立腺全摘除術:PT2正のマージンを削減するためのテクニック Urology. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15596205 汚れがないポリアクリルアミドゲル中のタンパク質の可視蛍光検出 Analytical Biochemistry. Mar, 2004 | Pubmed ID: 14769330 β-ガラクトシダーゼのTRP-999(大腸菌)のキーバインド、触媒のために残留し、アロラクトースの合成、天然lacオペロンの誘導物質である Biochemistry. Feb, 2003 | Pubmed ID: 12578395 Halocompoundsとトリプトファンの光誘起反応 Photochemistry and Photobiology. Apr, 2002 | Pubmed ID: 12003125 密接に関連してサルモネラ菌の比較ゲノミクス Trends in Microbiology. Feb, 2002 | Pubmed ID: 11827811 紫外線照明を用いたアクリルアミドゲル中のタンパク質の可視化 Analytical Biochemistry. Feb, 2002 | Pubmed ID: 11811971 ファージフェノミクス:小説のウイルスタンパク質を特徴づけるために、生理的アプローチ Savannah E. Sanchez1, Daniel A. Cuevas2, Jason E. Rostron1, Tiffany Y. Liang3, Cullen G. Pivaroff1, Matthew R. Haynes1, Jim Nulton4, Ben Felts4, Barbara A. Bailey4, Peter Salamon4, Robert A. Edwards1,5,6, Alex B. Burgin7, Anca M. Segall1, Forest Rohwer1 1Department of Biology, San Diego State University, 2Computational Science Research Center, San Diego State University, 3Bioinformatics and Medical Informatics Research Center, San Diego State University, 4Department of Mathematics and Statistics, San Diego State University, 5Department of Computer Science, San Diego State University, 6Mathematics and Computer Science Division, Argonne National Laboratory, 7SPARC Committee, Broad Institute Immunology and Infection
ファージフェノミクス:小説のウイルスタンパク質を特徴づけるために、生理的アプローチ Savannah E. Sanchez1, Daniel A. Cuevas2, Jason E. Rostron1, Tiffany Y. Liang3, Cullen G. Pivaroff1, Matthew R. Haynes1, Jim Nulton4, Ben Felts4, Barbara A. Bailey4, Peter Salamon4, Robert A. Edwards1,5,6, Alex B. Burgin7, Anca M. Segall1, Forest Rohwer1 1Department of Biology, San Diego State University, 2Computational Science Research Center, San Diego State University, 3Bioinformatics and Medical Informatics Research Center, San Diego State University, 4Department of Mathematics and Statistics, San Diego State University, 5Department of Computer Science, San Diego State University, 6Mathematics and Computer Science Division, Argonne National Laboratory, 7SPARC Committee, Broad Institute Immunology and Infection