Thomas Dandekar Department of Bioinformatics University Wuerzburg Biography Publications Institution JoVE Articles Thomas Dandekar has not added a biography. If you are Thomas Dandekar and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications 全身理解のリステリア菌に対する感染時の代謝。 Frontiers in Microbiology. 2012 | Pubmed ID: 22347216 PlateletWeb: シグナル伝達ネットワークにおけるひと血小板のシステム生物学的分析。 Blood. Jan, 2012 | Pubmed ID: 22123846 時間分解における血小板シグナリング微調整のキャンプの in Silico モデルに: フィードバック、滴定されたリン酸化および薬理学的変調。 BMC Systems Biology. 2011 | Pubmed ID: 22034949 肝細胞シグナル伝達に代表されるブール型のモデルの統合。 Briefings in Bioinformatics. Oct, 2011 | Pubmed ID: 22016404 黄色ブドウ球菌生理の成長制限: プロテオミクスと外部代謝物データに基づいて構築フラックスの計算からの洞察力。 Proteomics. May, 2011 | Pubmed ID: 21472852 Ant クロオオアリ オオクチバスフロリダ病原体とその %30 の相利共生共生細菌に対する免疫応答。 Insect Biochemistry and Molecular Biology. Aug, 2011 | Pubmed ID: 21440063 二量体イソキノリン IQ 143 の代謝とその制御黄色ブドウ球菌, 表皮ブドウ球菌とひと細胞での抗生物質および細胞毒性効果のモデリング。 Genome Biology. 2011 | Pubmed ID: 21418624 メタボロミクスとプロテオミクスのグルコース飢餓に黄色ブドウ球菌の適応の研究します。 Molecular BioSystems. Apr, 2011 | Pubmed ID: 21327190 2 つの核局在 CDK 様キナーゼ マラリア原虫の赤血球レプリケーションの重要な役割を持つスプライシング因子のリン酸化の関与しています。 Journal of Cellular Biochemistry. May, 2011 | Pubmed ID: 21312235 単一細胞ゲノム Poribacteria、共生海洋スポンジと関連付けられた候補門のライフ スタイルを明らかにします。 The ISME Journal. Jan, 2011 | Pubmed ID: 20613790 拡張と Pharmacophoric - 形状類似度算出関数を使用してインジナビル導出 Hiv 感染 1 型プロテアーゼ阻害剤のバーチャルス クリーニングをリードします。 Bioinformation. 2010 | Pubmed ID: 20978602 腸内細菌ゲノム プローブの選択と回帰分析に基づく診断で高スループット マイクロ アレイの技術。 BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20964857 細胞内代謝のリステリア菌のスクリーニングとモデリングの変異によって解読します。 BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20955543 微生物の抵抗に対する薬理ゲノミクス戦略: 荒涼とした革新的に明るいから。 Pharmacogenomics. Sep, 2010 | Pubmed ID: 20860457 Protecs、包括的かつ強力なストレージおよびオミックス データ解析システム適用黄色ブドウ球菌大佐の嫌気応答プロファイリング用 Proteomics. Aug, 2010 | Pubmed ID: 20662099 ラット神経系におけるリン脂質を含む Phosphocholine の質量分析法による発達的プロファイリング時間空間的勾配を明らかにします。 Journal of Neurochemistry. Aug, 2010 | Pubmed ID: 20524967 炭素代謝細胞内細菌病原体と病原性に可能なリンク。 Nature Reviews. Microbiology. Jun, 2010 | Pubmed ID: 20453875 Anhydrobiotic Tardigrade Milnesium Tardigradum Hypsibius Dujardini および Richtersius Coronifer との比較のトランスクリプトームの調査。 BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20226016 クマムシのプロテオーム解析: に向けての分子機構 Anhydrobiotic 生物によって理解を深める。 PloS One. 2010 | Pubmed ID: 20224743 IronChip 評価パッケージ: カスタムのマイクロ アレイのロバスト性解析のための Perl モジュールのパッケージ。 BMC Bioinformatics. 2010 | Pubmed ID: 20193060 BioNet: 生物学的ネットワークの機能解析をさせる R パッケージ。 Bioinformatics (Oxford, England). Apr, 2010 | Pubmed ID: 20189939 リン蛋白質の血管拡張を刺激とアベルソン Interactor 1 でひと血小板の小説の相互作用のキャラクタリゼーション: 協調計算と実験的アプローチ。 Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20110575 RNA二次構造を含むことは系統樹の再構築の精度とロバスト性を向上 Biology Direct. 2010 | Pubmed ID: 20078867 ストレス応答 Tardigrades で: 分子シャペロンの差動遺伝子発現。 Cell Stress & Chaperones. Jul, 2010 | Pubmed ID: 19943197 系統のDNAマイクロアレイ上でのモデリングのクロスハイブリダイゼーションは、近縁種の検出力を増加させる Molecular Ecology Resources. Jan, 2009 | Pubmed ID: 21564570 ジェーン: 関連テンプレートはゲノム上の原核生物の Est と可変長シーケンスの効率的なマッピングを読み取ります。 BMC Bioinformatics. 2009 | Pubmed ID: 19943962 Tardigrade ワークベンチ: ストレス関連タンパク質の比較、シーケンスと同様、機能蛋白質 Tardigrades 内の RNA の要素だけでなく、クラスターします。 BMC Genomics. 2009 | Pubmed ID: 19821996 肝細胞でのシステム状態のモデル化: 生存、アポトーシスおよびウイルス感染に応答して修正します。 BMC Systems Biology. 2009 | Pubmed ID: 19772631 高度弱毒化増殖型遺伝子組換えワクシニア ウイルス GLV 1 H 68: 比較ゲノム機能と F14.5L の不活性化の貢献。 Molecular Genetics and Genomics : MGG. Oct, 2009 | Pubmed ID: 19701652 CA/C1 ペプチダーゼのマラリア寄生虫原虫、マラリアと哺乳類のホスト--基づく分析。 Biological Chemistry. Nov, 2009 | Pubmed ID: 19663681 種サイト依存関係で大きい多重配列アライメントを検出します。 Nucleic Acids Research. Oct, 2009 | Pubmed ID: 19661281 基づくアプローチを検出し、蛋白質の相互作用を分析します。 Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2009 | Pubmed ID: 19544036 クマムシにおける耐性の分子機構: 保全と生物学的材料の安定化のための新たな視点。 Biotechnology Advances. Jul-Aug, 2009 | Pubmed ID: 19472511 5.8S-28S RRNAの相互作用とHMMベースのITS2アノテーション Gene. Feb, 2009 | Pubmed ID: 19026726 教師なしメタ分析による多様な遺伝子発現データセット遺伝子機能と規制洞察できます。 Bioinformatics and Biology Insights. 2008 | Pubmed ID: 19812781 アクチン集合を調節する Phagosomal 脂質ネットワークをモデリングします。 BMC Systems Biology. 2008 | Pubmed ID: 19061496 抵抗性発現における微生物感染に対する薬理ゲノミクス戦略の新潮流。 Pharmacogenomics. Nov, 2008 | Pubmed ID: 19018725 4SALEを使用したRNA配列と二次構造アラインメントの同期視覚的な分析と編集 BMC Research Notes. 2008 | Pubmed ID: 18854023 ProfDistS:シーケンス上で(プロファイル)の距離に基づく系統解析 - 構造アライメント Bioinformatics (Oxford, England). Oct, 2008 | Pubmed ID: 18723521 ITS2データが単系統Chlorophycean DO-グループ(Sphaeropleales)を裏付ける BMC Evolutionary Biology. 2008 | Pubmed ID: 18655698 タンパク質-タンパク質相互作用ネットワークにおける機能モジュールを識別する: 統合された正確なアプローチ。 Bioinformatics (Oxford, England). Jul, 2008 | Pubmed ID: 18586718 線形染色体植物病原性マイコ プラズマ 'カンキツグリーニング病ファイトプラズマ マリ'。 BMC Genomics. 2008 | Pubmed ID: 18582369 血小板蛋白質の相互作用: 地図、コンポーネント、およびリン酸化 Groundstate シグナリングします。 Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology. Jul, 2008 | Pubmed ID: 18451328 MCL の探索的データ解析では生存率と予後せた CGH 解析によってサポートされての関与遺伝子発現ネットワークを明らかにします。 BMC Cancer. 2008 | Pubmed ID: 18416826 メチレン ブルーの相互作用人間ジスルフィド還元酵素とその第オーソロガス マラリア原虫から。 Antimicrobial Agents and Chemotherapy. Jan, 2008 | Pubmed ID: 17967916 ITS2データベースII:分子系統ためのホモロジーモデリングRNAの構造 Nucleic Acids Research. Jan, 2008 | Pubmed ID: 17933769 新しい蛋白質のシグナル伝達経路 (r) IPP の同定機能の高度に精製されたひと血小板の使用。 Thrombosis Research. 2008 | Pubmed ID: 17931695 Exonization アクティブ マウス L1 の: トランスクリプトーム進化のドライバー? BMC Genomics. 2007 | Pubmed ID: 17963496 統合ネットワーク再構成、可視化と YANAsquare を用いた解析。 BMC Bioinformatics. 2007 | Pubmed ID: 17725829 深い後生動物の系統 In Silico Biology. 2007 | Pubmed ID: 17688440 特徴的な種 RNA (New York, N.Y.). Sep, 2007 | Pubmed ID: 17652131 マイコ プラズマ肺炎ヌクレオチド代謝の機能ゲノミクスのための経路解析とゲノム コンテキストのメソッドの使用します。 Gene. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17467928 シロイヌナズナの腫瘍の遺伝子発現と溶質プロファイルの統合ビュー: ゲノムワイドなアプローチ。 The Plant Cell. Dec, 2006 | Pubmed ID: 17172353 4SALE - 同期のRNA配列と二次構造の配置と編集のためのツール BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 17101042 一般的なバイオ情報データ型およびワークフロー システムでの応用の XML スキーマです。 BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 17087823 InGeno--統合ゲノムとオルソログ ビューアーの改良されたゲノムにゲノム比較。 BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 17054788 モデリングの相互作用部位のタンパク質ドメイン相互作用を持つ隠れマルコフ モデルをプロファイルします。 Bioinformatics (Oxford, England). Dec, 2006 | Pubmed ID: 17000753 原生生物の分類学に重点をおいて真核生物の新しい高レベルの分類を検索するためのJavaアプレット The Journal of Eukaryotic Microbiology. Sep-Oct, 2006 | Pubmed ID: 16968448 全ゲノム シーケンス リステリア菌 Welshimeri のゲノムが縮とリステリア菌とリステリア菌比べてで一般的な手順を明らかにします。 Journal of Bacteriology. Nov, 2006 | Pubmed ID: 16936040 内部転写スペーサ2データベース - のためのWebサーバー(だけではなく)低レベルの系統解析 Nucleic Acids Research. Jul, 2006 | Pubmed ID: 16845103 鉄の規制と細胞周期: 3' の鉄応答性の高い要素の識別-非翻訳領域の人間の細胞分裂サイクル 14A MRNA による洗練されたマイクロ アレイ ベースのスクリーニング戦略。 The Journal of Biological Chemistry. Aug, 2006 | Pubmed ID: 16760464 カテプシン L ノックアウト マウスの心筋症でのライソゾーム、細胞骨格、および代謝変化。 FASEB Journal : Official Publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology. Jun, 2006 | Pubmed ID: 16636100 フォーミー ウイルス ベクトル統合ひと細胞ラインのゲノム マッピング。 The Journal of General Virology. May, 2006 | Pubmed ID: 16603537 ひと血小板におけるセージ データの解析: Anucleate 細胞のトランスクリプトームの特徴。 Thrombosis and Haemostasis. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16601835 TNF を介した増殖と生存に関与する死ドメイン構造相互作用をリッピングです。 Proteins. May, 2006 | Pubmed ID: 16470584 13 C Isotopologue 摂動実験のリステリア菌の炭素代謝とその病原性レギュレータ PrfA による変調。 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2006 | Pubmed ID: 16461909 解析と Blochmannia オオクチバスフロリダ以前保存された架空のまたは推定されるタンパク質機能予測。 BMC Microbiology. 2006 | Pubmed ID: 16401340 理解血小板。プロテオミクス、ゲノミクスおよびネットワーク分析からの約束からの教訓。 Thrombosis and Haemostasis. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16363231 B Raf と C Raf シグナリング癌キナーゼカスケードの簡略化モデルの検討 Biological Chemistry. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16307482 ホモロジーモデリングは、20,000人以上のリボソーム内部転写スペーサー2(ITS2)二次構造が明らかになった RNA (New York, N.Y.). Nov, 2005 | Pubmed ID: 16244129 CBCAnalyzer:RNA二次構造の代償塩基の変化に基づいて系統樹の推定 In Silico Biology. 2005 | Pubmed ID: 15996120 代謝物と経路の柔軟性。 In Silico Biology. 2005 | Pubmed ID: 15972010 トップレスヤナグプタ - フラックス モードを分析するためのソフトウェア ツール遺伝子発現と酵素の活動。 BMC Bioinformatics. 2005 | Pubmed ID: 15929789 ITS-2とAplysinidaeの18S RRNA遺伝子系統(Verongida、尋常海綿綱) Journal of Molecular Evolution. Mar, 2005 | Pubmed ID: 15871043 RNAi と RNAi の分析の現在の努力の遺伝子をターゲットします。 Briefings in Bioinformatics. Mar, 2005 | Pubmed ID: 15826358 ProfDist:プロフィールの距離に基づいて大規模な系統樹の構築のためのツール Bioinformatics (Oxford, England). May, 2005 | Pubmed ID: 15677706 L1Base: アクティブ ライン 1 要素の予測する機能アノテーションから。 Nucleic Acids Research. Jan, 2005 | Pubmed ID: 15608246 代謝相互依存の %30 細胞内細菌と昆虫のホスト。 Microbiology and Molecular Biology Reviews : MMBR. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15590782 共有コンポーネント タンパク質複合体 ― ― ブロックまたは生化学的工芸品の建物用途のですか? BioEssays : News and Reviews in Molecular, Cellular and Developmental Biology. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15551274 プロフィールの距離に基づいて、正確で堅牢な系統推定:緑藻の研究(緑藻) BMC Evolutionary Biology. Jun, 2004 | Pubmed ID: 15222898 リボスイッチ ファインダー--リボスイッチ Rna の同定のためのツール。 Nucleic Acids Research. Jul, 2004 | Pubmed ID: 15215370 抵抗性発現における微生物感染に対する薬理ゲノミクス戦略。 Pharmacogenomics. Jun, 2004 | Pubmed ID: 15165173 ホスホグリセリン酸キナーゼアミノ酸配列データからの推定マイコプラズマ(Mollicutes)とくにFirmicutesの系統 International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. May, 2004 | Pubmed ID: 15143038 一酸化窒素合成酵素の新規保存ファミリー? Trends in Biochemical Sciences. May, 2004 | Pubmed ID: 15130557 いいえバインド ミオグロビン: 構造多様性と NO 配位子のダイナミクス。 Journal of the American Chemical Society. Feb, 2004 | Pubmed ID: 14971914 オープン ソース蛋白質ゲルのドキュメンテーション システム プロテオーム解析のため。 Journal of Chemical Information and Computer Sciences. Jan-Feb, 2004 | Pubmed ID: 14741024 一酸化窒素合成酵素のプロトタイプを求めて。 FEBS Letters. Nov, 2003 | Pubmed ID: 14596904 代謝経路数の最小化に基づくトポロジカル経路解析における分類法。 Bio Systems. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12941488 に向けてのシステインのエンドペプチグーゼの卵割コンピューター ベース サイトの予測。 Biological Chemistry. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12887057 代謝産物: 経路の進化のために救いの手? Trends in Biochemical Sciences. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12826406 ソフトウェア ツール ボックス規制 RNA 要素の解析。 Nucleic Acids Research. Jul, 2003 | Pubmed ID: 12824342 ユーティリティの複数のアクティビティに小さなゲノム マイコ プラズマ種の酵素の疑いがある: 不足している""世帯ヌクレオシド二リン酸キナーゼ遺伝子と解糖系キナーゼによる活動の交換。 Omics : a Journal of Integrative Biology. 2002 | Pubmed ID: 12427276 比較ゲノム解析と経路再建。 Pharmacogenomics. Mar, 2002 | Pubmed ID: 11972445 プロファイルの重み行列を使用して汎用の構造ドメイン分析サーバー。 Journal of Chemical Information and Computer Sciences. Mar-Apr, 2002 | Pubmed ID: 11911710 操作された複合三次元組織 Claudia Göttlich*1, Lena C. Müller*1, Meik Kunz*3, Franziska Schmitt1, Heike Walles1,4, Thorsten Walles2, Thomas Dandekar3, Gudrun Dandekar1,4, Sarah L. Nietzer1 1Department of Tissue Engineering and Regenerative Medicine (TERM), University Hospital Wuerzburg, 2Department of Cardiothoracic Surgery, University Hospital Wuerzburg, 3Department of Bioinformatics, University Wuerzburg, 4Translational Center Wuerzburg, Fraunhofer Institute Interfacial Engineering and Biotechnology IGB Bioengineering ITS2データベース Benjamin Merget1,2, Christian Koetschan1, Thomas Hackl1, Frank Förster1, Thomas Dandekar1, Tobias Müller1, Jörg Schultz1, Matthias Wolf1 1Department of Bioinformatics, Biocenter, University of Würzburg, 2Institute of Pharmacy and Food Chemistry, University of Würzburg JoVE 3806 Biology
操作された複合三次元組織 Claudia Göttlich*1, Lena C. Müller*1, Meik Kunz*3, Franziska Schmitt1, Heike Walles1,4, Thorsten Walles2, Thomas Dandekar3, Gudrun Dandekar1,4, Sarah L. Nietzer1 1Department of Tissue Engineering and Regenerative Medicine (TERM), University Hospital Wuerzburg, 2Department of Cardiothoracic Surgery, University Hospital Wuerzburg, 3Department of Bioinformatics, University Wuerzburg, 4Translational Center Wuerzburg, Fraunhofer Institute Interfacial Engineering and Biotechnology IGB Bioengineering
ITS2データベース Benjamin Merget1,2, Christian Koetschan1, Thomas Hackl1, Frank Förster1, Thomas Dandekar1, Tobias Müller1, Jörg Schultz1, Matthias Wolf1 1Department of Bioinformatics, Biocenter, University of Würzburg, 2Institute of Pharmacy and Food Chemistry, University of Würzburg JoVE 3806 Biology