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— 微小RNA(miRNA)是一类小型非编码RNA,可通过降解mRNA或阻断其翻译成功能蛋白来调控基因表达。循环miRNA具有作为癌症生物标志物的潜力,可从血浆等体液中提取。首先,将血浆与变性液混合,该溶液可同时实现样本的均质化并抑制降解RNA的核糖核酸酶活性。
用酸性酚-氯仿处理样品,离心以分离成两相:下层有机相含有DNA和蛋白质,上层水相含有RNA。收集上层水相。加入无水乙醇使RNA从溶液中沉淀出来。
将样品的乙醇浓度调整至25%,以创造有利于大分子RNA分离的初始条件。将混合物转移至预先组装好的滤芯中并进行离心。大分子RNA会特异性地固定在滤膜上,而较小的miRNA则收集于滤液中。
随后,将乙醇浓度提高至55%,以利于miRNA的分离。将滤液转移至新的滤芯中,离心以捕获miRNA。将滤芯置于收集管上,加入适量的洗脱缓冲液。离心,使miRNA洗脱至收集管中。在接下来的实验方案中,我们将展示从结直肠癌患者血浆中分离循环miRNA的方法。
首先,将400微升血浆样本转移至一个无RNase的2毫升离心管中。然后,向管中加入400微升变性溶液。再加入4微升1纳摩尔的外源添加物(spike-in)。
混合溶液后,加入800微升酸性酚-氯仿溶液。涡旋振荡溶液60秒,然后以最大速度离心15分钟。随后,小心转移上层水相中的裂解液至新的洁净离心管中,注意不要扰动中间相。
测量所回收水相的体积,并向裂解液中加入其体积1/3的乙醇。然后,将过滤柱放入新的收集管中。将最多700 µL的含乙醇裂解液混合物转移至过滤柱中。在10,000 × g条件下离心30秒。
接着,测量流穿液的总体积。然后,向滤液中加入其体积2/3的乙醇,并充分混匀。将第二个滤过柱放入一个新的收集管中。随后,转移最多700 µL样品至滤过柱中,在10,000 ×g条件下离心30秒,弃去流穿液。
向过滤柱中加入700微升microRNA洗涤液,与收集管一起在10,000 × g离心15秒。弃去穿滤液,将过滤柱放回同一收集管中。
此后,将滤芯转移至新的收集管中。然后,向滤芯中加入100 µL预热的洗脱液。在10,000 × g离心30秒,以回收microRNA。