Name: Einbeziehung der Flexibilität und Dynamik der Zielproteinstruktur in die computergestützte Wirkstoffforschung mithilfe der ensemblebasierten Docking-Analyse (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-20T13:10:00.000+00:00
Duration: 8 min 49 s
Description: Erfahren Sie ensemblebasiertes Docking mit molekulardynamischen Simulationen zur Einbeziehung von Proteinflexibilität in die computergestützte Wirkstoffforschung. Diese Methode verbessert die Vorhersagegenauigkeit von Bindungsaffinitäten erheblich.

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<table><tbody><tr><td>AutoDock</td><td>The Scripps Research Institute, US</td><td>Version 4.2.6</td><td></td></tr><tr><td>AutoDock Tools</td><td>The Scripps Research Institute, US</td><td>Version 1.5.6</td><td></td></tr><tr><td>Avogadro</td><td>Geoffrey R Hutchison, Department of Chemistry, University of Pittsburgh, Pittsburgh, USA</td><td>Version 1.95</td><td></td></tr><tr><td>Discovery Studio</td><td>Dassault Syst&egrave; mes, Massachusetts, USA</td><td>Version 2021</td><td></td></tr><tr><td>GROMACs</td><td>Universität Groningen Royal Institute of Technology Universität Uppsala, Schweden</td><td>Version 2023</td><td></td></tr><tr><td>UCSF Chimera</td><td>Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics University of California</td><td>Version 1.16</td><td></td></tr></tbody></table>

einbeziehung der flexibilität und dynamik der zielproteinstruktur in die computergestützte wirkstoffforschung mithilfe der ensemblebasierten docking-analyse

Incorporating Target Protein Structure Flexibility and Dynamics in Computational Drug Discovery Using Ensemble-Based Docking Analysis

Die chemische Struktur und die 3D-Strukturdarstellung von FB nach der Optimierung sind in Abbildung 8A dargestellt. Abbildung 8B zeigt die 3D-Struktur des Lysozyms mit dem pdb-Code 1LYZ im Anfangszustand vor der MD-Simulation. Um die Dynamik und Flexibilität der Lysozym-3D-Struktur zu untersuchen, wurde eine MD-Simulation für 100 ns durchgeführt. Die Gesamtenergie der Proteinstruktur war während der Simulation stabil, wie in <str...

Einbeziehung der Flexibilität und Dynamik der Zielproteinstruktur in die computergestützte Wirkstoffforschung mithilfe der ensemblebasierten Docking-Analyse

The drug discovery process is a rigorous, time-consuming, and expensive operation. The computational approach in drug discovery allows researchers to ...

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Research

Forschung

JoVE Journal

Biology

Biologie

Wir haben computergestützte de novo Proteindesignmethoden entwickelt, die in der Lage sind, mehrere wichtige Bereiche des Proteindesigns anzugehen. Um diese Methoden zu verbreiten, stellen wir Protein WISDOM vor, ein Online-Tool für Proteindesign (http://www.proteinwisdom.org). Ausgehend von einem strukturellen Template kann das Design von monomeren Proteinen für erhöhte Stabilität und Komplexen für eine erhöhte Bindungsaffinität durchgeführt werden.

Protein WISDOM: A Workbench für<em&gt; In silico</em&gt;<em&gt; De novo</em&gt; Aufbau von Biomolekülen

Wir beschreiben die Implementierung der REPLACE-Strategie, um Protein-Protein-Wechselwirkungen zu fördern. REPLACE ist eine iterative Strategie, die synthetische und rechnerische Ansätze für die Umwandlung von optimierten peptidischen Inhibitoren in wirkstoffähnliche Moleküle umfasst.

Entwicklung von Inhibitoren von Protein-Protein-Wechselwirkungen durch REPLACE: Anwendung auf die Konzeption und Entwicklung Nicht ATP Competitive CDK-Inhibitoren

Massenspektrometrie (MS) hat als ein wichtiges Instrument für die Untersuchung der Struktur und Dynamik der makromolekularen Versammlungen entstanden. Hier integrieren wir MS-basierte Ansätze, um komplexe Proteinbildung und Liganden Bindung zu befragen.

Analyse von Protein-Architekturen und Protein-Ligand-komplexen durch Integrative strukturelle Massenspektrometrie

Diese Studie zielte darauf ab, eine Strategie zur Identifizierung von Wechselwirkungen zwischen Medikamenten und Peptid zu präsentieren. Die Strategie umfasst die Biopanierung von medikamentenerkennenden kurzinomischen Kurzpeptiden auf der Grundlage eines Mikrobilanzsensors (QCM) in Quarzkristall, gefolgt von einer Bioinformatik-Analyse zur quantitativen Bewertung der für die Arzneimittelerkennung und Anmerkung der Arzneimittelbindungsstellen auf Proteinen erhaltenen Informationen.

Biosensor-basierte Hochdurchsatz-Biopanning- und Bioinformatik-Analysestrategie zur globalen Validierung von Wechselwirkungen zwischen Arzneimittel und Proteinen

Das hier verwendete Experiment zeigt eine Methode des molekularen Andockens in Kombination mit einem zellulären thermischen Shift-Assay, um die Interaktion zwischen kleinen Molekülen und Proteinzielen vorherzusagen und zu validieren.

Vorhersage und Validierung von Proteinzielen für niedermolekulare Verbindungen

Hier stellen wir ein Protokoll für das strukturgesteuerte Design der Protein-Ligand-Bindungsinteraktion zwischen Sanglifehrin A und Cyclophilin A/Ganoderiol-F vor, das für die Entdeckung neuer Medikamente unerlässlich ist. Die Stabilität des Ligandenrezeptorkomplexes wurde mittels molekularer Dynamiksimulation bewertet.

Strukturgesteuertes Design und Entwicklung neuartiger Cyclophilin-A-Inhibitoren und Ganoderiol-F-Derivate: Ein In-Silico-Ansatz

In dieser Studie wurden In-silico-Strategien verwendet, um das aufgezählte Etravirin als vielversprechendes Therapeutikum für HIV zu identifizieren. Unsere Erkenntnisse über molekulare Wechselwirkungen und Dynamiken unterstützen das rationale Design neuartiger NNRTIs als mögliche HIV-Behandlungsalternativen.

Quantitative Struktur-Wirkungs-Beziehung, Aktivitätsvorhersage und Molekulardynamik von Nicht-Nukleotid-Reverse-Transkriptase-Inhibitoren

Dieses zweisprachige Protokoll bietet einen computergestützten Workflow zur Wirkstoffentdeckung, der die Protein-Ligand-Interaktionen von Polo-ähnlichen Kinasen 1 bis 3 (PLK1–3) sowie die Eigenschaften Absorption, Distribution, Metabolism, Exkretion, Toxicity and Stability (ADMET-S) von datenbankbezogenen natürlichen Molekülen bewertet.

Ein zweisprachiger computergestützter Workflow zur Identifizierung potenzieller PLK1-Inhibitoren in der amerikanischen Gebärdensprache und im Englischen

Proteindesign beinhaltet die Konstruktion von Aminosäuresequenzen und die Einbeziehung spezifischer Motive, um funktionelle Varianten zu erzeugen. Dieser Ansatz ist entscheidend für die Entwicklung von antimikrobiellen Peptiden (AMPs) zur Bekämpfung antibiotikaresistenter Erreger. In dieser Arbeit wird ein Verfahren zur Proteinkonstruktion mit verschiedenen bioinformatischen Werkzeugen vorgestellt.

Anwendung von I TASSER, trRosetta, UCSF Chimera, HADDOCK Server und HEX loria für das De Novo und In Silico Design von Proteinen

Wir wenden label-free-Protein-Interaktion Analyse mittels Biacore X100 für Struktur-Funktions-Analyse der Bindung von mehreren Cystatin B-Mutanten durch kinetische Charakterisierung Papain. Calibration-free-Konzentration Analyse (EUFA) misst die Konzentration des Proteins mit behielt bindende Aktivität, ohne die Notwendigkeit für eine Standard-Kurve. Wir zeigen, dass die Bestätigung der Konzentrationen mit EUFA erhöht die Zuverlässigkeit der kinetischen Analyse und die kinetischen Konstanten...

Die Bedeutung der richtigen Protein-Konzentration für Kinetik und Affinity Bestimmung in Struktur-Funktions-Analyse

Erfahren Sie ensemblebasiertes Docking mit molekulardynamischen Simulationen zur Einbeziehung von Proteinflexibilität in die computergestützte Wirkstoffforschung. Diese Methode verbessert die Vorhersagegenauigkeit von Bindungsaffinitäten erheblich.

Einbeziehung der Flexibilität und Dynamik der Zielproteinstruktur in die computergestützte Wirkstoffforschung mithilfe der ensemblebasierten Docking-Analyse (Video) | JoVE Journal

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