Summary
Denne protokol isolerer total RNA af høj kvalitet fra fækale prøver af dyr og mennesker. Et kommercielt miRNA-isolationssæt bruges med betydelig tilpasning til at isolere rent RNA med optimeret mængde og kvalitet. RNA-isolaterne er gode til de fleste downstream RNA-assays såsom sekventering, mikroarray og RT-PCR.
Abstract
Det bliver klart, at RNA findes i tarmens lumen og afføring hos dyr og mennesker. Protokollen beskrevet nedenfor isolerer total RNA inklusive mikroRNA'er fra fækale prøver af dyr og mennesker. Målet er at isolere total RNA med høj renhed og mængde til downstream-analyser såsom RNA-sekventering, RT-PCR og mikroarray. Fordelene ved denne optimerede protokol i miRNA-isoleringen er muligheder for at isolere højt oprensede RNA-produkter med yderligere vasketrin beskrevet, øget mængde RNA opnået med en forbedret metode til resuspension af prøve og vigtige tip til dekontaminering. En begrænsning er manglende evne til at behandle og rense større prøve på mere end 200 mg, da disse prøvestørrelser ville forårsage vanskeligheder med den klare dannelse af interfasen. Følgelig kan den store prøvestørrelse forurene den vandige fase, der skal ekstraheres som beskrevet i protokollen med organiske stoffer, der påvirker kvaliteten af RNA isoleret i sidste ende. RNA-isolater fra en prøve på op til 200 mg er imidlertid tilstrækkelige til de fleste downstream-analyser.
Introduction
Ekstracellulært RNA bliver anerkendt som en væsentlig faktor, der formidler mange biologiske processer1. Ekstracellulært RNA i afføring blev først rapporteret i 2008 som en markør for tyktarmskræft og aktiv ulcerøs colitis2, og det blev for nylig afsløret som en normal komponent i tarmens lumen og afføring og medierer værtsmikrobekommunikation 3,4,5. Formålet med denne RNA-isolationsprotokol er at ekstracellulære RNA af høj kvalitet fra fækale prøver indsamlet fra dyr og mennesker. Protokollen blev tilpasset fra et kommercielt miRNA-isolationssæt. Det erhvervede RNA bruges til downstream-analyser såsom RNA-sekventering, RT-PCR og mikroarray. Protokollen indeholder flere vigtige og nyttige tips til at maksimere mængden og kvaliteten af RNA, der findes i afføring fra dyr og mennesker. Årsagen til at udvikle og optimere denne metode til RNA (herunder microRNA) isolering er at reducere mikrobielt RNA i afføringen, begrænse variablerne i forskningsundersøgelserne og analysere RNA-sammensætningen i tarmen uden at redegøre for forskellige forvirrende faktorer og forureningskilder. Bemærk, at denne RNA-isolering minimerer frigivelsen af RNA fra levende celler og levende mikrober (cellulært RNA). Det fokuserer på ekstracellulære RNA'er, der er blevet frigivet af tarmceller eller er blevet erhvervet via fødeindtagelse. Principielt er denne metode ikke egnet til undersøgelser, hvor det mikrobielle transkriptom undersøges.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
Alle metoder, der involverer forsøgsdyr, der er beskrevet her, er blevet godkendt af Institutional Animal Care and Use Committee (IACUC) på Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School.
Alle metoder, der involverer menneskelige forskningsemner, der er beskrevet her, er i overensstemmelse med de retningslinjer, der er fastsat af Partners Human Research Committee.
1. Indsamling af fækal prøve
- Autoklave eller tilbered et sterilt og nukleasefrit 2 ml mikrocentrifugerør med et skruelåg til hvert dyreemne i et forsøg.
- For mennesker skal du sørge for en passende, nukleasefri og steril afføringsprøveopsamlingsenhed til hvert emne.
- Saml 25-100 mg (ca. 1-4 fækale pellets til musefækale prøver) fækale prøver fra hvert dyr, der er genstand for et sterilt miljø.
BEMÆRK: To eller flere fækale pellets (~ 50 mg eller tungere) foretrækkes for at opnå RNA af højeste renhed.- Brug alt nødvendigt personligt beskyttelsesudstyr (PPE) og materialer, for eksempel: et par laboratoriehandsker, en desinfektionsspray og et sterilt papirhåndklæde til at sterilisere arbejdsområdet, hvor dyreforsøgspersonen er placeret på, for at undgå fækal prøveforurening.
- For mennesker skal du instruere hvert forskningsemne / samler om at indsamle 100-200 mg afføringsprøver i et miljø så sterilt som muligt. Brug standard steril drift og undgå forurening af afføringsprøver.
- Brug alt nødvendigt personligt beskyttelsesudstyr (PPE) og materialer, for eksempel: et par laboratoriehandsker, en desinfektionsspray og et sterilt papirhåndklæde til at sterilisere arbejdsområdet, hvor dyreforsøgspersonen er placeret på, for at undgå fækal prøveforurening.
- Saml fækale prøver fra hvert dyr, der er genstand for emne, direkte i et 2 ml mikrocentrifugerør med skruelåg uden at røre ved andre overflader for at undgå forurening.
- For mennesker skal du instruere hvert emne om at afføring direkte i en relevant indsamlingsanordning, der leveres (f.eks. Et sterilt afføringsprøveindsamlingssæt) for at undgå forurening.
BEMÆRK: Instruer forsøgspersonen for at undgå forurening med toiletoverflader, vand, urin eller andre ikke-sterile overflader / genstande.
- For mennesker skal du instruere hvert emne om at afføring direkte i en relevant indsamlingsanordning, der leveres (f.eks. Et sterilt afføringsprøveindsamlingssæt) for at undgå forurening.
- Frys fækale prøver indsamlet i 2 ml mikrocentrifugerør straks ved -80 ° C eller læg i en spand tøris for bedre mængde og kvalitet af RNA før afføring resuspension som beskrevet i nedenstående trin.
- For humane afføringsprøver aliquot hver frisk prøve på 200 mg i 2 ml mikrocentrifugerør med skruelåg og fryser dem ved -80 °C, før afføringen resuspension som beskrevet nedenfor.
- Til opbevaring af afføringsprøver, der ikke er i 2 ml mikrocentrifugerør med skruelåg, vejes og overføres 100-200 mg hver af de frosne prøver til separate 2 ml mikrocentrifugerør med skruelåg før gensuspension af afføring som beskrevet nedenfor.
BEMÆRK: For humane afføringsprøver skal du undgå at tage mere end 200 mg afføringsprøver til RNA-isolering, da det kan forårsage vanskeligheder i følgende trin. Med en overbelastet prøve i et 2 ml mikrocentrifugerør kan den vandige fase, organiske fase og interfase muligvis ikke dannes og adskilles tydeligt. Proceduren kan sættes på pause her.
- Til opbevaring af afføringsprøver, der ikke er i 2 ml mikrocentrifugerør med skruelåg, vejes og overføres 100-200 mg hver af de frosne prøver til separate 2 ml mikrocentrifugerør med skruelåg før gensuspension af afføring som beskrevet nedenfor.
- For humane afføringsprøver aliquot hver frisk prøve på 200 mg i 2 ml mikrocentrifugerør med skruelåg og fryser dem ved -80 °C, før afføringen resuspension som beskrevet nedenfor.
2. Forberedelse af vaskeopløsninger
- Tilsæt 21 ml 100% ethanol af American Chemical Society (ACS) kvalitet til vaskeopløsning 1 i miRNA-isolationssættet (se Materialetabel) for at nå det endelige volumen på 30 ml, som vist på flasken. Vortex, indtil alt opløses i flasken.
- Der tilsættes 40 ml 100 % ethanol af ACS-kvalitet til den medfølgende vaskeopløsning 2/3 for at nå det endelige volumen på 50 ml som vist på flasken. Vortex i 5 s eller indtil den endelige blanding er godt blandet.
3. Forberedelse af udstyr og materialer
- Sprøjt arbejdsområdet og udstyret, for eksempel: laboratoriebænken, arbejdsområdet i den kemiske røghætte og mikrocentrifugerørstativerne med en Ribonuklease (RNase) dekontamineringsopløsning (f.eks. kommercielt tilgængelig RNase-dekontamineringsopløsning). For at undgå kontaminering påføres med RNase-dekontamineringsopløsningen på overfladerne, hvor og når det skønnes nødvendigt.
- Tag en ren laboratoriefrakke på, tag en ansigtsmaske på, og brug passende laboratoriehandsker for at beskytte RNA'et i fækalprøverne mod nukleaser, der findes på menneskets hud. Sprayhandsker med en RNase-dekontamineringsopløsning, og skift handsker ofte for at undgå forurening.
- Forbered en spand tøris til fækale prøver opbevaret ved -80 ° C for at forhindre optøning før afføring resuspension og en spand is til materialer, for eksempel: Acid-Phenol: Chloroform, for at forlænge holdbarheden.
BEMÆRK: Sørg for, at materialer, herunder de medier, der anvendes i protokollen, er sterile uden forurening af nukleaser.
4. Afføring resuspension
- Resuspender 25-100 mg fækale prøver i 600 μL steril 1x Dulbeccos fosfatbufferede saltvand (DPBS).
FORSIGTIG: Fækale prøver skal behandles straks, når de optøes fra -80 ° C uden endda delvis optøning for at minimere frigivelsen af RNaser og cellulært RNA, da iskrystaller brister både indvendige og udvendige cellulære rum, når celler i prøvetøning.- Der tilsættes 600 μL 1x DPBS til 2 ml mikrocentrifugerøret med et skruelåg indeholdende fækale prøver ved stuetemperatur (RT).
- Inkubere blandingen af fækale prøver nedsænket i 600 μL 1x DPBS i 2 ml mikrocentrifugerøret, der er dækket i 30 minutter ved RT.
- Blandingen gensuspenderes ved at mose med 1 ml pipettespids og hvirvelbrønd med 2 ml mikrocentrifugerøret lukket. For at optimere og øge mængden og kvaliteten af RNA skal blandingen resuspenderes med en homogenisator med indstillingen for en cyklus ved S4000 (eller 4000 o / min) og 45 s.
5. Organisk udvinding
FORSIGTIG: Brug den farlige kemiske røghætte til følgende trin indtil trin 6 ved brug af syre-phenol: chloroform og ACS grade 100% ethanol på grund af deres toksicitet og brandbarhed. Skift PPE efter behov, og følg de rette standardforholdsregler, når du håndterer farligt materiale.
- Ekstraher RNA med 600 μL syre-phenol: chloroform (volumenet af syre-phenol: chloroform kræves svarer til det oprindelige volumen af tilsat 1x DPBS i trin 4.1).
- Der tilsættes 600 μL syrephenol: chloroform til suspensionen fra trin 4.1.
BEMÆRK: Træk syrephenol: chloroform ud af den nedre fase i flasken, da den øvre fase blandes med en vandig buffer. Hvis interfasen mellem disse to faser forstyrres, skal du vente og trække syrephenol ud: chloroform kun, når interfasen genopretter sig selv for at undgå forurening.
- Der tilsættes 600 μL syrephenol: chloroform til suspensionen fra trin 4.1.
- Vortex blandingen i 60 s for at blande grundigt. Alternativt, for at optimere og øge mængden af RNA i udbyttet, blandes ved hjælp af en homogenisator med indstillingen for en cyklus ved S4000 og 45 s.
- Centrifuge i 15 minutter ved 10.000 x g ved RT for at adskille de vandige og organiske faser med en mikrocentrifuge. Efter centrifugering skal interfasen være kompakt. Hvis ikke, gentag centrifugeringen.
BEMÆRK: Hvis interfasen ikke kunne være så kompakt som ønsket muligvis på grund af ujævnt forhold mellem det oprindelige volumen og volumenet af tilsat syre-phenol: chloroform efter flere gentagelser af centrifugering, fortsæt med at genvinde den vandige fase med større omhu for at undgå forurening. - Gendan den vandige fase og overfør den til et nyt 2 ml mikrocentrifugerør med en hængselhætte (ikke leveret af miRNA-isolationssættet).
- Fjern den vandige (eller øvre) fase forsigtigt uden at forstyrre den nedre fase, og overfør den til et nyt 2 ml mikrocentrifugerør med en hængselhætte. Bemærk den overførte diskenhed (f.eks. ~ 500 μL).
BEMÆRK: Når interfasen er kompakt, og den øverste fase er tydeligt adskilt, er der muligvis et par små resterende partikler, der flyder på toppen af den vandige fase. Pipetter omhyggeligt for at undgå disse rester og kun genvinde synligt og tydeligt adskilt vandig fase for at sikre et RNA-udbytte af høj kvalitet, selvom du kun kunne opnå et lille volumen af den vandige fase.
- Fjern den vandige (eller øvre) fase forsigtigt uden at forstyrre den nedre fase, og overfør den til et nyt 2 ml mikrocentrifugerør med en hængselhætte. Bemærk den overførte diskenhed (f.eks. ~ 500 μL).
6. Endelig RNA-isolering
- Der tilsættes 1,25 volumener RT ACS 100 % ethanol til den vandige fase i 2 ml mikrocentrifugerøret (tilsættes f.eks. 625 μL 100 % ethanol, hvis 500 μL vandig fase genvindes fra trin 5.4.). Hvirvel 3 s.
- Ilæg den vandige fase/ethanolblanding gennem filterpatronen, der leveres i miRNA-isolationssættet.
- For hver prøve anbringes filterpatronen i et af de opsamlingsrør, der leveres af sættet.
- Pipetter og læg 600 μL af den vandige fase/ethanolblanding i filterpatronen.
BEMÆRK: Hvirvel blandingen kort for grundigt at blande ethanolen med vandig fase inden pipettering. Der må ikke fyldes mere end 700 μL af den vandige fase/ethanolblanding ad gangen.
- Pipetter og læg 600 μL af den vandige fase/ethanolblanding i filterpatronen.
- Der centrifugeres ved 10.000 x g i 90 s for at filtrere gennem blandingen. Centrifugering ved en højere hastighed kan beskadige filteret.
- Filtratet kasseres, og trin 6.2.1 til 6.2.2 gentages, indtil hele blandingen filtreres gennem den samme filtermembran i successive anvendelser. Opbevar og genbrug det samme opsamlingsrør til vasketrin nedenfor.
- Filteret vaskes med 700 μL miRNA-vaskeopløsning 1.
FORSIGTIG: miRNA Wash Solution 1 indeholder guanidinthiocyanat, der kan forårsage hudirritation og alvorlig øjenskade. Brug nødvendige personlige værnemidler, for eksempel: handsker, ansigtsskærm, beskyttende laboratoriefrakke. Skift handsker ofte efter behov.- Påfør 700 μL miRNA Wash Solution 1, arbejdsløsningen fremstillet med ACS grade 100% ethanol, i filterpatronen.
- Centrifuge i 60 s for at filtrere miRNA-vaskeopløsningen 1 gennem filterpatronen.
- Kassér filtratet fra opsamlingsrøret, og anbring den samme filterpatron i det samme opsamlingsrør.
- Vask filteret med Wash Solution 2/3 én gang hver med volumener på 700 μL, 500 μL og 250 μL fortløbende.
- Påfør 700 μL vaskeopløsning 2/3, arbejdsløsningen fremstillet med ACS grade 100% ethanol, i filterpatronen.
- Centrifuge ved 10.000 x g i 1 min.
- Kassér filtratet fra opsamlingsrøret, og anbring den samme filterpatron i det samme opsamlingsrør.
- Påfør 500 μL vaskeopløsning 2/3 i filterpatronen.
- Centrifuge ved 10.000 x g i 1 min.
- Kassér filtratet fra opsamlingsrøret, og anbring den samme filterpatron i det samme opsamlingsrør.
- Påfør 250 μL vaskeopløsning 2/3 i filterpatronen.
- Centrifuge ved 10.000 x g i 1 min.
- Kassér filtratet fra opsamlingsrøret.
- Overfør filterpatronen til et nyt opsamlingsrør, og drej enheden i 5 minutter for at fjerne resterende væske fra filteret.
- Påfør 700 μL vaskeopløsning 2/3, arbejdsløsningen fremstillet med ACS grade 100% ethanol, i filterpatronen.
- For hver prøve anbringes filterpatronen i et af de opsamlingsrør, der leveres af sættet.
7. Elute RNA med 50 μL nukleasefrit vand
- Overfør filterpatronen til et nyt opsamlingsrør. Pipetter 50 μL nukleasefrit vand til midten af filteret og dæk opsamlingsrøret.
- Inkuberes ved RT i 10 min.
- Spin i 5 minutter ved 8.000 x g for at genvinde RNA i det nye opsamlingsrør.
- Bestem koncentrationen og renheden af genvundet fækalt RNA ved hjælp af et fluorometer. Genvundet fækalt RNA kan opbevares ved -80 °C.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
Repræsentative RNA'er blev isoleret fra henholdsvis 50 mg musefækale prøver (2 musefækale pellets) og 100 mg humane afføringsprøver og elueret i 50 μL nukleasefrit vand. Spektrofotometeranalyse af koncentrationen antyder, at en samlet mængde på henholdsvis 49 μg og 16 μg RNA blev isoleret (tabel 1). RNA-renheden var høj som angivet ved et A260/A280-forhold på ~2,0 og et A260/A230-forhold på ~1,8 (tabel 1). Som rapporteret3 er størstedelen af RNA'erne i afføringen mikroRNA, og disse mikroRNA'er kan eksistere i exosomet. I overensstemmelse med dette antyder et chipbaseret elektroforeseassay af RNA, at repræsentative RNA-isolater fra mus og human afføring er lave i eller mangel på 18S og 28S rRNA-sammensætninger, og størrelsen af RNA-isolater falder i den lille RNA-region (figur 1A). En yderligere lille RNA-elektroforese med den chipbaserede elektroforese afslører, at en stor del af RNA'erne er af mikroRNA-størrelse (figur 1B). Dette er i overensstemmelse med observationen om, at kvantificeringen afsluttet ved hjælp af en lille RNA-bioanalysator er sammenlignelig med den, der opnås med tidligere assays6.
| Eksempel på ID | Elueringsvolumen (μL) | RNA-koncentration (ng/μL) | A260/A280 | A260/A230 | Udbytte (ng) |
| Mus | 50 | 978.333 | 2.036 | 1.897 | 48916.65 |
| Menneskelig | 50 | 330.759 | 1.981 | 1.849 | 16537.95 |
Tabel 1: Repræsentativ nanodrop-analyse af RNA isoleret med denne protokol. Repræsentative RNA'er blev isoleret fra 2 musefækale pellets eller 100 mg humane afføringsprøver, elueret i 50 μL nukleasefrit vand. RNA-koncentration, forhold mellem A260 / A280 og forhold mellem A260 / A230 blev målt med nanodrop.
Figur 1: Repræsentative chipbaserede elektroforeseanalyser af størrelsesfordelingen af fækale RNA-isolater. (A) Repræsentative RNA'er isoleret fra 2 musefækale pellets (venstre panel) og 100 mg humane afføringsprøver (højre panel) ved hjælp af protokollen beskrevet her blev karakteriseret ved anvendelse af den chipbaserede elektroforeseassay. Dette assay antyder, at størstedelen af RNA-isolater var små RNA. (B) Isolaterne blev derefter udsat for den lille RNA-elektroforese med det chipbaserede elektroforesesystem for at analysere isolaternes størrelsesfordeling. Klik her for at se en større version af denne figur.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
Det er vigtigt at bruge RNase-fri teknik for at forhindre RNase-forurening under isoleringen7. Efter centrifugering og dannelsen af en kompakt interfase er det nøglen til at undgå, at interfasen, den nedre fase og partikelforureningen flyder på toppen af den vandige fase, når man genvinder den vandige fase. Derudover tilføjes to vasketrin med 500 μL og 250 μL vaskeopløsning 2/3 for at eliminere forurenende stoffer i filtermembranen for optimeret kvalitet. Desuden anbefales et startprøvemateriale på mere end 200 mg ikke, da det kan skabe vanskeligheder med klar dannelse af en interfase. Tilsvarende anbefales et prøvemateriale på mindre end 25 mg ikke, da det muligvis ikke er tilstrækkeligt til at ekstrahere nok RNA-prøver til downstream-analyse.
Den utrolige vækst i mikrobiomstudiet har drevet målingerne af mikrobielle arter, gener til metatranskriptionelle undersøgelser af den mikrobielle profil8. MicroRNA'er i afføringen er blevet undersøgt som markører for sygdomme 9,10,11. Siden den første rapport om fækale mikroRNA-medierende værtsmikrobeinteraktioner3, begynder stigende undersøgelser at undersøge bidragene fra vært og diæt i tarmøkosystemet12,13,14. På grund af rigdommen af mikrober i tarmlumen og afføringen kræver undersøgelser med fokus på værtsarmen af værtsmikrobeinteraktionen minimal RNA-forurening fra mikrober. Således er en RNA-ekstraktionsprotokol, der inkluderer trin af cellelysning15, ikke ideel til undersøgelse af RNA'er frigivet fra vært og diæt. Som sådan tilpassede vi denne protokol for at eliminere lysistrin for at minimere forureninger af RNA fra levende bakterier og levende værtsceller i afføring.
Denne protokol fungerer til undersøgelser, hvor ekstracellulært RNA i fækal eller tarmlumenindhold er et mål af interesse. RNA isoleret ved hjælp af denne protokol er total RNA, herunder mikroRNA som hovedkomponent. Denne protokol skelner ikke mellem, om RNA'et er i exosom, mikrovesikler eller i en vesikelfri form.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Forfatterne erklærer ingen relevante eller materielle økonomiske interesser, der er relateret til den forskningsmetode, der er beskrevet i dette protokolpapir.
Acknowledgments
Vi modtog teknisk assistance fra Biopolymers Facility på Harvard Medical School til bioanalysator. Dette arbejde blev støttet af National Multiple Sclerosis Society forskningsbevilling RG-1707-28516 (H.L.W. og S.L.).
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Acid-Phenol: Chloroform, pH 4.5 (with IAA, 125:24:1) | Thermo Fischer Scientific | AM9720 | |
| DPBS, no calcium, no magnesium | Thermo Fischer Scientific | 14190-144 | |
| Gloves | |||
| Microcentrifuge | |||
| mirVana miRNA Isolation Kit | Thermo Fischer Scientific | AM1561 | |
| Nuclease-Free microcentrifuge tubes (1.5 mL, 2 mL) | |||
| Nuclease-Free Water (Not DEPC-treated) | Thermo Fischer Scientific | AM9937 | |
| Pipettor and Nuclease-Free Pipette tips (with filter) | |||
| PowerLyzer 24 Homogenizer | QIAGEN | 13155 | |
| RNaseZap RNase Decontamination Solution | Thermo Fischer Scientific | AM9780 | |
| Vortex Shaker |
References
- Das, S., et al. The extracellular RNA communication consortium: Establishing foundational knowledge and technologies for extracellular RNA research. Cell. 177 (2), 231-242 (2019).
- Ahmed, F. E., et al. Diagnostic microRNA markers for screening sporadic human colon cancer and active ulcerative colitis in stool and tissue. Cancer Genomics & Proteomics. 6 (5), 281-295 (2009).
- Liu, S., et al. The host shapes the gut microbiota via fecal microRNA. Cell Host & Microbe. 19 (1), 32-43 (2016).
- Viennois, E., et al. Host-derived fecal microRNAs can indicate gut microbiota healthiness and ability to induce inflammation. Theranostics. 9 (15), 4542-4557 (2019).
- Liu, S., et al. Oral administration of miR-30d from feces of MS patients suppresses MS-like symptoms in mice by expanding Akkermansia muciniphila. Cell Host & Microbe. 26 (6), 779-794 (2019).
- Masotti, A., et al. Quantification of small non-coding RNAs allows an accurate comparison of miRNA expression profiles. Journal of Biomedicine & Biotechnology. 2009, 659028 (2009).
- Green, M. R., Sambrook, J. How to win the battle with RNase. Cold Spring Harbor Protocols. 2019 (2), 101857 (2019).
- Franzosa, E. A., et al. Relating the metatranscriptome and metagenome of the human gut. Proceedings of the National Academy of Sciences. 111 (22), 2329-2338 (2014).
- Wohnhaas, C. T., et al. Fecal microRNAs show promise as noninvasive Crohn's disease biomarkers. Crohn's & Colitis. 2 (1), 003 (2020).
- Tomkovich, S., et al. Human colon mucosal biofilms and murine host communicate via altered mRNA and microRNA expression during cancer. mSystems. 5 (1), (2020).
- Tarallo, S., et al. Altered fecal small RNA profiles in colorectal cancer reflect gut microbiome composition in stool samples. mSystems. 4 (5), 70 (2019).
- Xing, S., et al. Breed differences in the expression levels of gga-miR-222a in laying hens influenced H2S production by regulating methionine synthase genes in gut bacteria. Research Square. , (2020).
- Teng, Y., et al. Plant-derived exosomal microRNAs shape the gut microbiota. Cell Host & Microbe. 24 (5), 637-652 (2018).
- Moloney, G. M., Viola, M. F., Hoban, A. E., Dinan, T. G., Cryan, J. F. Faecal microRNAs: indicators of imbalance at the host-microbe interface. Beneficial Microbes. , 1-10 (2017).
- Giannoukos, G., et al. Efficient and robust RNA-seq process for cultured bacteria and complex community transcriptomes. Genome Biology. 13 (3), 23 (2012).
