Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

Fang Chang; Shishi He; Chenyuan Dang

doi:10.3791/61715

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Selección asistida de biomarcadores mediante análisis discriminante lineal del tamaño del efecto (LEfSe) en datos de microbioma

Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

JoVE Revista
Genética

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Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

Selección asistida de biomarcadores mediante análisis discriminante lineal del tamaño del efecto (LEfSe) en datos de microbioma

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04:57 min

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May 16, 2022

DOI:

10.3791/61715-v

DOI:

10.3791/61715-v

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04:57 min

May 16, 2022

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Fang Chang*¹, Shishi He*², Chenyuan Dang³

¹Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T.²Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University ³School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Summary

LEfSe (LDA Effect Size) es una herramienta para la minería de biomarcadores de alta dimensión para identificar características genómicas (como genes, vías y taxonomías) que caracterizan significativamente dos o más grupos en datos de microbiomas.