Name: Imágenes 3D de alta resolución y análisis de aprendizaje automático sin etiquetas de organoides intestinales mediante holotomografía de baja coherencia (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-12T13:15:00.000+00:00
Duration: 10 min 40 s
Description: Aprende a realizar imágenes 3D sin etiquetas de organoides intestinales mediante holotomografía de baja coherencia. Este método computacional con análisis de aprendizaje automático permite visualizar cambios biofísicos en tiempo real para estudios de respuesta a fármacos.

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<ol><li>Kim, J., Koo, B. K., Knoblich, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+organoids%3A+model+systems+for+human+biology+and+medicine%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Human organoids: model systems for human biology and medicine.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 21 (10), 571-584 (2020).</li>
<li>Schwank, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+repair+of+CFTR+by+CRISPR%2FCas9+in+intestinal+stem+cell+organoids+of+cystic+fibrosis+patients%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+stem+cell%22%5BJournal%5D)">Functional repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in intestinal stem cell organoids of cystic fibrosis patients.</a> Cell stem cell. 13 (6), 653-658 (2013).</li>
<li>Arjmand, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advancement+of+organoid+technology+in+regenerative+medicine%5BTitle%5D)+AND+%22Regen+Eng+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Advancement of organoid technology in regenerative medicine.</a> Regen Eng Transl Med. 9 (1), 83-96 (2023).</li>
<li>Zhang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Patch+grafting+of+organoids+of+stem%2Fprogenitors+into+solid+organs+can+correct+genetic-based+disease+states%5BTitle%5D)+AND+%22Biomaterials%22%5BJournal%5D)">Patch grafting of organoids of stem/progenitors into solid organs can correct genetic-based disease states.</a> Biomaterials. 288, 121647(2022).</li>
<li>Hofer, M., Lutolf, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Engineering+organoids%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mater%22%5BJournal%5D)">Engineering organoids.</a> Nat Rev Mater. 6 (5), 402-420 (2021).</li>
<li>Park, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Artificial+intelligence-enabled+quantitative+phase+imaging+methods+for+life+sciences%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">Artificial intelligence-enabled quantitative phase imaging methods for life sciences.</a> Nat Meth. 20 (11), 1645-1660 (2023).</li>
<li>Fei, K., Zhang, J., Yuan, J., Xiao, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Present+application+and+perspectives+of+organoid+imaging+technology%5BTitle%5D)+AND+%22Bioengineering%22%5BJournal%5D)">Present application and perspectives of organoid imaging technology.</a> Bioengineering. 9 (3), 121(2022).</li>
<li>Fujii, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+method+for+histopathological+evaluation+of+organoids%5BTitle%5D)+AND+%22J+Toxicol+Pathol%22%5BJournal%5D)">A simple method for histopathological evaluation of organoids.</a> J Toxicol Pathol. 31 (1), 81-85 (2018).</li>
<li>Yoshimoto, S., Taguchi, M., Sumi, S., Oka, K., Okamura, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+of+a+novel+protocol+for+formalin-fixed+paraffin-embedded+organoids+and+spheroids%5BTitle%5D)+AND+%22Biol+Open%22%5BJournal%5D)">Establishment of a novel protocol for formalin-fixed paraffin-embedded organoids and spheroids.</a> Biol Open. 12 (5), bio059882(2023).</li>
<li>Badder, L. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D+imaging+of+colorectal+cancer+organoids+identifies+responses+to+Tankyrase+inhibitors%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">3D imaging of colorectal cancer organoids identifies responses to Tankyrase inhibitors.</a> PLoS One. 15 (8), e0235319(2020).</li>
<li>Lacin, M. E., Yildirim, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applications+of+multiphoton+microscopy+in+imaging+cerebral+and+retinal+organoids%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Applications of multiphoton microscopy in imaging cerebral and retinal organoids.</a> Front Neurosci. 18, 1360482(2024).</li>
<li>Brémond Martin, C., Simon Chane, C., Clouchoux, C., Histace, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+trends+and+perspectives+in+cerebral+organoids+imaging+and+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Fronti+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Recent trends and perspectives in cerebral organoids imaging and analysis.</a> Fronti Neurosci. 15, 629067(2021).</li>
<li>Smits, L. M., Schwamborn, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Midbrain+organoids%3A+a+new+tool+to+investigate+Parkinson%27s+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Midbrain organoids: a new tool to investigate Parkinson's disease.</a> Front Cell Dev Biol. 8, 359(2020).</li>
<li>Huisken, J., Swoger, J., Del Bene, F., Wittbrodt, J., Stelzer, E. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optical+sectioning+deep+inside+live+embryos+by+selective+plane+illumination+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Optical sectioning deep inside live embryos by selective plane illumination microscopy.</a> Science. 305 (5686), 1007-1009 (2004).</li>
<li>Delgado-Rodriguez, P., Brooks, C. J., Vaquero, J. J., Munoz-Barrutia, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innovations+in+ex+vivo+light+sheet+fluorescence+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Prog+Biophys+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Innovations in ex vivo light sheet fluorescence microscopy.</a> Prog Biophys Mol Biol. 168, 37-51 (2022).</li>
<li>Masson, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-resolution+in-depth+imaging+of+optically+cleared+thick+samples+using+an+adaptive+SPIM%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">High-resolution in-depth imaging of optically cleared thick samples using an adaptive SPIM.</a> Sci Rep. 5 (1), 16898(2015).</li>
<li>Kopper, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+organoid+platform+for+ovarian+cancer+captures+intra-and+interpatient+heterogeneity%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Med%22%5BJournal%5D)">An organoid platform for ovarian cancer captures intra-and interpatient heterogeneity.</a> Nat Med. 25 (5), 838-849 (2019).</li>
<li>Renner, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+fully+automated+high-throughput+workflow+for+3D-based+chemical+screening+in+human+midbrain+organoids%5BTitle%5D)+AND+%22elife%22%5BJournal%5D)">A fully automated high-throughput workflow for 3D-based chemical screening in human midbrain organoids.</a> elife. 9, e52904(2020).</li>
<li>Laperrousaz, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+transfection+of+clonal+organoids+in+Matrigel+microbeads%3A+a+promising+approach+toward+organoid-based+genetic+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Nucl+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Direct transfection of clonal organoids in Matrigel microbeads: a promising approach toward organoid-based genetic screens.</a> Nucl Acids Res. 46 (12), e70-e70 (2018).</li>
<li>Susaki, E., Takasato, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Perspective%3A+Extending+the+Utility+of+Three-Dimensional+Organoids+by+Tissue+Clearing+Technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Perspective: Extending the Utility of Three-Dimensional Organoids by Tissue Clearing Technologies.</a> Front Cell Dev Biol. 9, 1-12 (2021).</li>
<li>Park, Y., Depeursinge, C., Popescu, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+phase+imaging+in+biomedicine%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Photon%22%5BJournal%5D)">Quantitative phase imaging in biomedicine.</a> Nat Photon. 12 (10), 578-589 (2018).</li>
<li>Kim, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Holotomography%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Meth+Primers%22%5BJournal%5D)">Holotomography.</a> Nat Rev Meth Primers. 4 (1), 51(2024).</li>
<li>Wolf, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-dimensional+structure+determination+of+semi-transparent+objects+from+holographic+data%5BTitle%5D)+AND+%22Optics+Comm%22%5BJournal%5D)">Three-dimensional structure determination of semi-transparent objects from holographic data.</a> Optics Comm. 1 (4), 153-156 (1969).</li>
<li>Kim, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+holotomography+and+deep+learning+for+rapid+detection+of+NPM1+mutations+in+AML%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Integrating holotomography and deep learning for rapid detection of NPM1 mutations in AML.</a> Sci Rep. 14 (1), 23780(2024).</li>
<li>Kim, S. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Label-free+imaging+and+evaluation+of+characteristic+properties+of+asthma-derived+eosinophils+using+optical+diffraction+tomography%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+BiophysRes+Comm%22%5BJournal%5D)">Label-free imaging and evaluation of characteristic properties of asthma-derived eosinophils using optical diffraction tomography.</a> Biochem BiophysRes Comm. 587, 42-48 (2022).</li>
<li>Kim, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA-mediated+demixing+transition+of+low-density+condensates%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">RNA-mediated demixing transition of low-density condensates.</a> Nat Comm. 14 (1), 2425(2023).</li>
<li>Kim, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+species+identification+of+pathogenic+bacteria+from+a+minute+quantity+exploiting+three-dimensional+quantitative+phase+imaging+and+artificial+neural+network%5BTitle%5D)+AND+%22Light+Sci+Appl%22%5BJournal%5D)">Rapid species identification of pathogenic bacteria from a minute quantity exploiting three-dimensional quantitative phase imaging and artificial neural network.</a> Light Sci Appl. 11 (1), 190(2022).</li>
<li>Hugonnet, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiscale+label-free+volumetric+holographic+histopathology+of+thick-tissue+slides+with+subcellular+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Photon%22%5BJournal%5D)">Multiscale label-free volumetric holographic histopathology of thick-tissue slides with subcellular resolution.</a> Adv Photon. 3 (2), 026004-026004 (2021).</li>
<li>Lee, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-term+three-dimensional+high-resolution+imaging+of+live+unlabeled+small+intestinal+organoids+via+low-coherence+holotomography%5BTitle%5D)+AND+%22Exp+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Long-term three-dimensional high-resolution imaging of live unlabeled small intestinal organoids via low-coherence holotomography.</a> Exp Mol Med. 56 (10), 2162-2170 (2024).</li>
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<li>Berg, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ilastik%3A+interactive+machine+learning+for+%28bio%29+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">Ilastik: interactive machine learning for (bio) image analysis.</a> Nat Meth. 16 (12), 1226-1232 (2019).</li>
<li>Sbrana, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Label-free+three-dimensional+imaging+and+quantitative+analysis+of+living+fibroblasts+and+myofibroblasts+by+holotomographic+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Microscopy+Res+Tech%22%5BJournal%5D)">Label-free three-dimensional imaging and quantitative analysis of living fibroblasts and myofibroblasts by holotomographic microscopy.</a> Microscopy Res Tech. 87 (11), 2757-2773 (2024).</li>
<li>Zhao, H., Brown, P. H., Schuck, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+the+distribution+of+protein+refractive+index+increments%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys+J%22%5BJournal%5D)">On the distribution of protein refractive index increments.</a> Biophys J. 100 (9), 2309-2317 (2011).</li>
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<li>Dicarlo, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quercetin+exposure+suppresses+the+inflammatory+pathway+in+intestinal+organoids+from+winnie+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Quercetin exposure suppresses the inflammatory pathway in intestinal organoids from winnie mice.</a> Int J Mol Sci. 20 (22), 5771(2019).</li>
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<li>Barer, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+dry+mass%2C+thickness%2C+solid+and+water+concentration+in+living+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Determination of dry mass, thickness, solid and water concentration in living cells.</a> Nature. 172 (4389), 1097-1098 (1953).</li>
<li>Popescu, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optical+imaging+of+cell+mass+and+growth+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Optical imaging of cell mass and growth dynamics.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 295 (2), C538-C544 (2008).</li>
<li>Shin, S., Kim, D., Kim, K., Park, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-resolution+three-dimensional+fluorescence+and+optical+diffraction+tomography+of+live+cells+using+structured+illumination+generated+by+a+digital+micromirror+device%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Super-resolution three-dimensional fluorescence and optical diffraction tomography of live cells using structured illumination generated by a digital micromirror device.</a> Sci Rep. 8 (1), 9183(2018).</li>
<li>Kim, Y. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combining+three-dimensional+quantitative+phase+imaging+and+fluorescence+microscopy+for+the+study+of+cell+pathophysiology%5BTitle%5D)+AND+%22Yale+Biol+Med%22%5BJournal%5D)">Combining three-dimensional quantitative phase imaging and fluorescence microscopy for the study of cell pathophysiology.</a> Yale Biol Med. 91 (3), 267(2018).</li>
<li>Liu, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+dual-contrast+three-dimensional+imaging+in+live+cells+via+optical+diffraction+tomography+and+fluorescence%5BTitle%5D)+AND+%22Photonics+Res%22%5BJournal%5D)">Simultaneous dual-contrast three-dimensional imaging in live cells via optical diffraction tomography and fluorescence.</a> Photonics Res. 7 (9), 1042-1050 (2019).</li>
<li>Schlüßler, R., et al. Combined fluorescence, optical diffraction tomography and Brillouin microscopy. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSchl%C3%BC%C3%9Fler%2C+R+%22bioRvix%22">bioRvix</a>. , (2020).</li>
<li>Chowdhury, S., Eldridge, W. J., Wax, A., Izatt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structured+illumination+multimodal+3D-resolved+quantitative+phase+and+fluorescence+sub-diffraction+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Biomed+Optics+Exp%22%5BJournal%5D)">Structured illumination multimodal 3D-resolved quantitative phase and fluorescence sub-diffraction microscopy.</a> Biomed Optics Exp. 8 (5), 2496-2518 (2017).</li>
<li>Jo, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Label-free+multiplexed+microtomography+of+endogenous+subcellular+dynamics+using+generalizable+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Label-free multiplexed microtomography of endogenous subcellular dynamics using generalizable deep learning.</a> Nat Cell Biol. 23 (12), 1329-1337 (2021).</li>
<li>Oh, C., Hugonnet, H., Lee, M., Park, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Digital+aberration+correction+for+enhanced+thick+tissue+imaging+exploiting+aberration+matrix+and+tilt-tilt+correlation+from+the+optical+memory+effect%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">Digital aberration correction for enhanced thick tissue imaging exploiting aberration matrix and tilt-tilt correlation from the optical memory effect.</a> Nat Comm. 16 (1), 1685(2025).</li>
<li>Yasuhiko, O., Takeuchi, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In-silico+clearing+approach+for+deep+refractive+index+tomography+by+partial+reconstruction+and+wave-backpropagation%5BTitle%5D)+AND+%22Light+Sci+Appl%22%5BJournal%5D)">In-silico clearing approach for deep refractive index tomography by partial reconstruction and wave-backpropagation.</a> Light Sci Appl. 12 (1), 101(2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Placa de 48 pocillos</td><td>Corning</td><td>3548</td><td>Plato de cultivo</td></tr><tr><td>Solución de recuperación celular&nbsp;</td><td>Corning</td><td>354253</td><td>Degradación del matrigel&nbsp;</td></tr><tr><td>Cisplatino</td><td>Supelco</td><td>PHR1624</td><td>N/A</td></tr><tr><td>Dimetilsulfóxido (DMSO)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D2650</td><td>Vehículo</td></tr><tr><td>Tubo Eppendorf</td><td>Corning</td><td>MCT-175-C-S</td><td>N/A</td></tr><tr><td>Servidor de procesamiento HTX</td><td>Tomocube Inc., Corea</td><td>N/A</td><td>Servidor de procesamiento de datos</td></tr><tr><td>HT-X1</td><td>Tomocube Inc., Corea</td><td>N/A</td><td>Software operativo</td></tr><tr><td>Ilastik</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>Kit de herramientas de segmentación basado en aprendizaje automático</td></tr><tr><td>Soporte de vaso de plato de imagen</td><td>Tomocube Inc., Corea</td><td>N/A</td><td>Soporte para platos de imágenes</td></tr><tr><td>IntestiCult Medio de crecimiento de organoides (ratón)</td><td>Tecnologías STEMCELL</td><td>#06005</td><td>Medio de cultivo prefabricado disponible comercialmente</td></tr><tr><td>Matlab</td><td>MathWorks</td><td>Matlab 2024a</td><td>Software para el procesamiento de imágenes</td></tr><tr><td>Matrigel</td><td>Corning</td><td>356231</td><td>ECM para organoides 3D</td></tr><tr><td>Millipore&nbsp; Steritop&nbsp; Filtro superior de botella de vacío</td><td>Merck</td><td>S2GPT05RE</td><td>0.22 &mu; M Unidad de filtro para esterilización media</td></tr><tr><td>Organoides intestinales de ratón</td><td>Tecnologías STEMCELL</td><td>#70931</td><td>N/A</td></tr><tr><td>Refractómetro</td><td>ATAGO</td><td>R-5000</td><td>Calculadora de índice de refracción</td></tr><tr><td>TomoDish</td><td>Tomocube Inc., Corea</td><td>901002-02</td><td>#1.5 Plato de imágenes con fondo de cubreobjetos</td></tr><tr><td>TomoStudio X</td><td>Tomocube Inc., Corea</td><td>N/A</td><td>Software de imágenes</td></tr><tr><td>Tripulante</td><td>Gibco</td><td>12604</td><td>Disociación unicelular</td></tr></tbody></table>

imágenes 3d de alta resolución y análisis de aprendizaje automático sin etiquetas de organoides intestinales mediante holotomografía de baja coherencia

Label-free, High-Resolution 3D Imaging and Machine Learning Analysis of Intestinal Organoids via Low-Coherence Holotomography

La Figura 1 ilustra el flujo de trabajo esquemático para imágenes 4D y análisis cuantitativo de sIO. Este protocolo permite obtener imágenes en vivo continuas y una evaluación integral de los sIO a través de un proceso de cuatro pasos: cultivo, imágenes 4D, procesamiento de imágenes y análisis cuantitativo (Figura 1D).
Después de un período de incubación de 5 días, los sIO maduros se transfirieron a placas de imágenes con fondo de cub...

Imágenes 3D de alta resolución y análisis de aprendizaje automático sin etiquetas de organoides intestinales mediante holotomografía de baja coherencia

Accurate, label-free imaging of intestinal organoids is crucial for studying their morphology, growth dynamics, and responses to environmental stimuli. ...

label-free-high-resolution-3d-imaging-machine-learning-analysis

Research

Investigación

JoVE Journal

Biology

Biología

Lensfree tomografía óptica es una técnica de microscopía tridimensional que ofrece una resolución espacial de &lt;1 m × m &lt;1 × menos de 3 micras x, y y z dimensiones, respectivamente, más una gran imagen-volumen de 15-100...

Lensfree en el chip tomográfica Microscopía empleo de multi-ángulo de iluminación y píxeles de super-resolución

Tomografía de coherencia óptica (OCT), una tecnología de imagen tridimensional, fue utilizada para monitorear y caracterizar la cinética de crecimiento de esferoides multicelulares tumor. Cuantificación volumétrica precisa de esferoides tumorales usando un voxel contando el enfoque y la detección de tejido libre de etiqueta muerto en esferoides basado en contraste intrínseco atenuación óptica, fueron demostrados.

Longitudinal control morfológico y fisiológico de esferoides tumorales tridimensional mediante tomografía de coherencia óptica

Toda la estructura 3D y el contenido celular de los organoides, así como su parecido fenotípico con el tejido original se pueden capturar utilizando el protocolo de imágenes 3D de resolución de una sola célula descrito aquí. Este protocolo se puede aplicar a una amplia gama de organoides que varían en origen, tamaño y forma.

Imagen tridimensional de resolución de una sola célula de organoides intactos

Describimos la preparación de cintas de secciones seriadas y su recolección en soporte de transferencia grande para su uso como muestras de tomografía de matriz, junto con procedimientos de imágenes automatizados en un microscopio electrónico de barrido. El protocolo permite la detección, la recuperación y la obtención de imágenes dirigidas de eventos locales y raros, y la adquisición de grandes volúmenes de datos.

Flujo de trabajo de tomografía de matriz para la adquisición dirigida de información de volumen mediante microscopía electrónica de barrido

Aquí, proporcionamos protocolos detallados, robustos y complementarios para realizar imágenes de tinción y resolución subcelular de modelos de cultivo celular tridimensionales fijos que van desde 100 μm hasta varios milímetros, lo que permite la visualización de su morfología, composición de tipo celular e interacciones.

Tinción e imágenes de alta resolución de modelos organoides y esferoides tridimensionales

Este artículo presenta un protocolo de fabricación para un nuevo tipo de sustrato de cultivo con cientos de microcontenedores por mm2, en el que los organoides pueden ser cultivados y observados utilizando microscopía de alta resolución. También se detallan los protocolos de siembra celular e inmunotinción.

Una plataforma de alto rendimiento para el cultivo y la obtención de imágenes 3D de organoides

Este protocolo describe un método semiautomatizado para exámenes de detección de fármacos con organoides de rendimiento medio a alto y software de análisis de imágenes automatizado e independiente del microscopio para cuantificar y visualizar las respuestas multiparamétricas a fármacos de un solo organoide para capturar la heterogeneidad intratumoral.

Detección multiparamétrica de fármacos organoides tumorales mediante imágenes de células vivas de campo amplio para análisis a granel y de un solo organoide

Aquí, describimos un procedimiento que permite la detección de bacterias patógenas en todo el órgano durante la infección y la cuantificación de las actividades de los reporteros fluorescentes.

Tomografía tridimensional de órgano entero de alta resolución de infecciones microbianas

Este protocolo combina el aclaramiento óptico y el inmunomarcaje para obtener imágenes confocales de volumen completo de organoides de retina de montaje completo. Preserva la estructura 3D, lo que permite una visualización detallada de las vías neuronales clave, mejorando el estudio de la maduración de la retina, la organización espacial y sus posibles aplicaciones en el modelado de enfermedades y la medicina personalizada.

Visualización de organoides retinianos de montaje completo con resolución celular

Un método basado en la microscopía confocal de Raman que se presenta ofrece sin etiquetas de visualización de la lignina en las paredes celulares vegetales y comparación de lignificación en los diferentes tejidos, muestras o especies.

Sin etiquetas In situ Imágenes de lignificación de las paredes celulares vegetales

Aprende a realizar imágenes 3D sin etiquetas de organoides intestinales mediante holotomografía de baja coherencia. Este método computacional con análisis de aprendizaje automático permite visualizar cambios biofísicos en tiempo real para estudios de respuesta a fármacos.

Imágenes 3D de alta resolución y análisis de aprendizaje automático sin etiquetas de organoides intestinales mediante holotomografía de baja coherencia (Video) | JoVE Journal

Imágenes 3D de alta resolución y análisis de aprendizaje automático sin etiquetas de organoides intestinales mediante holotomografía de baja coherencia

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