Uso de listas de genes expresados diferencialmente en humanos para realizar análisis de enriquecimiento de vías posteriores y priorización de objetivos

El trabajo actual describe un protocolo para ejecutar el algoritmo Pathway2Targets, un script R que predice y prioriza objetivos terapéuticos basados en el perfil de las vías de señalización intracelular generadas al comparar muestras de casos versus muestras de control de un experimento de secuenciación de ARN a granel.

El objetivo de nuestra investigación es caracterizar la respuesta transcripcional intracelular a diversas afecciones y predecir la terapéutica y los marcadores mecanicistas o diagnósticos para esas afecciones. La predicción computacional da candidatos de fármacos. La validación de los efectos de los medicamentos requiere recursos y tiempo.

Sin embargo, el método incidental solo podría mejorar con datos experimentales de alta calidad. La ventaja de este trabajo es su capacidad para identificar posibles dianas farmacológicas para su reutilización dentro de una vía de señalización en lugar de limitarse a hacer coincidir los genes expresados diferencialmente con las dianas conocidas. Para ejecutar el algoritmo de enriquecimiento de rutas SPIA, primero descargue el código en el sistema informático desde GitHub.

Abra el SPIA_Code. Script R MD en RStudio. Seleccione todas las líneas de código y, a continuación, haga clic en el botón Ejecutar o Ejecutar líneas seleccionadas para ejecutar el script.

Espere a que se complete la ejecución y compruebe que aparece un archivo csv con un nombre similar en el directorio Download. Abra el archivo como una hoja de cálculo para revisar e interpretar manualmente los resultados. Para ejecutar el algoritmo de priorización de destinos, abra Pathway2Targets.

R script en RStudio seleccionando el menú Archivo y haciendo clic en Abrir archivo, luego elija el nombre del script en el directorio. En la ventana de código RStudio, vaya a la línea 22 y reemplace el marcador de posición por el nombre real del archivo de resultados de SPIA. Seleccione todas las líneas de código y haga clic en el botón Ejecutar para ejecutar el algoritmo.

Observe los mensajes de progreso en tiempo real que aparecen en el panel inferior izquierdo de la pantalla. Una vez completado, compruebe el directorio Download para ver si hay un archivo tsv con un nombre similar, que contiene los destinos priorizados. Después de generar el archivo con los objetivos priorizados y sus métricas, ábralo en una aplicación de hoja de cálculo para revisarlo.

El algoritmo SPIA identificó 10 vías de señalización estadísticamente significativas con un valor p no ajustado inferior a 0,05. El algoritmo Pathway2Targets identificó varios objetivos predichos. Los objetivos terapéuticos previstos fueron consistentes tanto en los objetivos clasificados como en los resultados de los tratamientos clasificados, incluidos los genes conocidos relacionados con el cáncer colorrectal, como EGFR, TP53 y AKT1.