Name: Split-et-piscine Synthèse et caractérisation de peptides tertiaire Amide Bibliothèque (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-06-20T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 37 s
Description: Découvrez la synthèse de bibliothèques combinatoires de peptides amides tertiaires (PTA) par stratégie split-and-pool sur support solide. Cette méthode utilise des acides aminés naturels pour créer des sous-monomères PTA et permet le criblage à haut débit pour la découverte de nouveaux ligands protéiques et médicaments.

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Les auteurs tiennent à remercier le Dr Jumpei Morimoto et le Dr Todd Doran pour une aide précieuse. Ce travail a été soutenu par un contrat du NHLBI (NO1-HV-00242).

<ol><li>Xiao, X., Yu, P., Lim, H. -S., Sikder, D., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+Synthesis+of+a+Cell-Permeable+Synthetic+Transcription+Factor+Mimic%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Combinatorial+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Design and Synthesis of a Cell-Permeable Synthetic Transcription Factor Mimic.</a> Journal of Combinatorial Chemistry. 9, 592-600 (2007).</li>
<li>Miller, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteolytic+Studies+of+Homologous+Peptide+and+N-Substituted+Glycine+Peptoid+Oligomers%5BTitle%5D)+AND+%22Bioorganic+%26+Medicinal+Chemistry+Letters%22%5BJournal%5D)">Proteolytic Studies of Homologous Peptide and N-Substituted Glycine Peptoid Oligomers.</a> Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 4, 2657-2662 (1994).</li>
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<li>Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+of+N-substituted+glycine+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Enzymology%22%5BJournal%5D)">Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries.</a> Methods in Enzymology. 267, 437-447 (1996).</li>
<li>Seebach, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((beta-peptides%3A+Synthesis+by+Arndt-Eistert+homologation+with+concomitant+peptide+coupling.+Structure+determination+by+NMR+and+CD+spectroscopy+and+by+X-ray+crystallography.+Helical+secondary+structure+of+a+beta-hexapeptide+in+solution+and+its+stability+towards+pepsin%5BTitle%5D)+AND+%22Helv+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">beta-peptides: Synthesis by Arndt-Eistert homologation with concomitant peptide coupling. Structure determination by NMR and CD spectroscopy and by X-ray crystallography. Helical secondary structure of a beta-hexapeptide in solution and its stability towards pepsin.</a> Helv Chim Acta. 79, 913-941 (1996).</li>
<li>Lam, K. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+New+Type+of+Synthetic+Peptide+Library+for+Identifying+Ligand-Binding+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A New Type of Synthetic Peptide Library for Identifying Ligand-Binding Activity.</a> Nature. 354, 82-84 (1991).</li>
<li>Simon, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+-+a+Modular+Approach+to+Drug+Discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids - a Modular Approach to Drug Discovery.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89, 9367-9371 (1992).</li>
<li>Burkoth, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+the+synthesis+of+artificial+proteins%3A+the+discovery+of+an+amphiphilic+helical+peptoid+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Toward the synthesis of artificial proteins: the discovery of an amphiphilic helical peptoid assembly.</a> Chem Biol. 9, 647-654 (2002).</li>
<li>Alluri, P. G., Reddy, M. M., Bachhawat-Sikder, K., Olivos, H. J., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+protein+ligands+from+large+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Isolation of protein ligands from large peptoid libraries.</a> Journal of the American Chemical Society. 125, 13995-14004 (2003).</li>
<li>Lim, H. S., Archer, C. T., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+peptoid+inhibitor+of+the+proteasome+19S+regulatory+particle%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Identification of a peptoid inhibitor of the proteasome 19S regulatory particle.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 7750-7751 (2007).</li>
<li>Wrenn, S. J., Weisinger, R. M., Halpin, D. R., Harbury, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthetic+ligands+discovered+by+in+vitro+selection%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Synthetic ligands discovered by in vitro selection.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 13137-13143 (2007).</li>
<li>Aina, O. H., Marik, J., Liu, R. W., Lau, D. H., Lam, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+novel+targeting+peptides+for+human+ovarian+cancer+cells+using+%26%2334%3Bone-bead+one-compound%26%2334%3B+combinatorial+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cancer+Ther%22%5BJournal%5D)">Identification of novel targeting peptides for human ovarian cancer cells using &#34;one-bead one-compound&#34; combinatorial libraries.</a> Mol Cancer Ther. 4, 806-813 (2005).</li>
<li>Udugamasooriya, D. G., Dineen, S. P., Brekken, R. A., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Peptoid+%E2%80%9CAntibody+Surrogate%E2%80%9D+That+Antagonizes+VEGF+Receptor+2+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">A Peptoid “Antibody Surrogate” That Antagonizes VEGF Receptor 2 Activity.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 5744-5752 (2008).</li>
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<li>Chongsiriwatana, N. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+that+mimic+the+structure%2C+function%2C+and+mechanism+of+helical+antimicrobial+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105, 2794-2799 (2008).</li>
<li>Paul, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((N-Naphthyl+Peptoid+Foldamers+Exhibiting+Atropisomerism%5BTitle%5D)+AND+%22Organic+Letters%22%5BJournal%5D)">N-Naphthyl Peptoid Foldamers Exhibiting Atropisomerism.</a> Organic Letters. 14, 926-929 (2012).</li>
<li>Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+peptoid+ribbon+secondary+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie%22%5BJournal%5D)">A peptoid ribbon secondary structure.</a> Angewandte Chemie. 52, 5079-5084 (2013).</li>
<li>Gorske, B. C., Stringer, J. R., Bastian, B. L., Fowler, S. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+strategies+for+the+design+of+folded+peptoids+revealed+by+a+survey+of+noncovalent+interactions+in+model+systems%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">New strategies for the design of folded peptoids revealed by a survey of noncovalent interactions in model systems.</a> J Am Chem Soc. 131, 16555-16567 (2009).</li>
<li>Stringer, J. R., Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraordinarily+robust+polyproline+type+I+peptoid+helices+generated+via+the+incorporation+of+alpha-chiral+aromatic+N-1-naphthylethyl+side+chains%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">Extraordinarily robust polyproline type I peptoid helices generated via the incorporation of alpha-chiral aromatic N-1-naphthylethyl side chains.</a> J Am Chem Soc. 133, 15559-15567 (2011).</li>
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<li>Urban, J., Vaisar, T., Shen, R., Lee, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lability+of+N-alkylated+peptides+towards+TFA+cleavage%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Pept+Protein+Res%22%5BJournal%5D)">Lability of N-alkylated peptides towards TFA cleavage.</a> Int J Pept Protein Res. 47, 182-189 (1996).</li>
<li>Rzuczek, S. G., Gao, Y., Tang, Z., Thornton, C. A., Kodadek, T., Disney, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Features+of+Modularly+Assembled+Compounds+That+Impart+Bioactivity+Against+an+RNA+Target%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Features of Modularly Assembled Compounds That Impart Bioactivity Against an RNA Target.</a> ACS Chemical Biology. 8 (10), 2312-2321 (2013).</li>
<li>Thern, B., Rudolph, J., Jung, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Triphosgene+as+highly+efficient+reagent+for+the+solid-phase+coupling+of+N-alkylated+amino+acids%E2%80%94total+synthesis+of+cyclosporin+O%5BTitle%5D)+AND+%22Tetrahedron+Letters%22%5BJournal%5D)">Triphosgene as highly efficient reagent for the solid-phase coupling of N-alkylated amino acids—total synthesis of cyclosporin O.</a> Tetrahedron Letters. 43, 5013-5016 (2002).</li>
<li>Sleebs, M. M., Scanlon, D., Karas, J., Maharani, R., Hughes, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Total+Synthesis+of+the+Antifungal+Depsipeptide+Petriellin+A%5BTitle%5D)+AND+%22J+Org+Chem%22%5BJournal%5D)">Total Synthesis of the Antifungal Depsipeptide Petriellin A.</a> J Org Chem. 76, 6686-6693 (2011).</li>
<li>Vaisar, T., Urban, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gas-phase+fragmentation+of+protonated+mono-N-methylated+peptides.+Analogy+with+solution-phase+acid-catalyzed+hydrolysis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Gas-phase fragmentation of protonated mono-N-methylated peptides. Analogy with solution-phase acid-catalyzed hydrolysis.</a> Journal of Mass Spectrometry. 33, 505-524 (1998).</li>
<li>Creighton, C. J., Romoff, T. T., Bu, J. H., Goodman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanistic+studies+of+an+unusual+amide+bond+scission%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Mechanistic studies of an unusual amide bond scission.</a> Journal of the American Chemical Society. 121, 6786-6791 (1999).</li>
<li>Sewald, N., Sewald, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient%2C+racemization-free+peptide+coupling+of+N-alkyl+amino+acids+by+using+amino+acid+chlorides+generated+in+situ--total+syntheses+of+the+cyclopeptides+cyclosporin+O+and+omphalotin+A%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+%28International+ed.+in+English%29%22%5BJournal%5D)">Efficient, racemization-free peptide coupling of N-alkyl amino acids by using amino acid chlorides generated in situ--total syntheses of the cyclopeptides cyclosporin O and omphalotin A.</a> Angewandte Chemie (International ed. in English). 41, 4661-4663 (2002).</li>
<li>Astle, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seamless+Bead+to+Microarray+Screening%3A+Rapid+Identification+of+the+Highest+Affinity+Protein+Ligands+from+Large+Combinatorial+Libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Seamless Bead to Microarray Screening: Rapid Identification of the Highest Affinity Protein Ligands from Large Combinatorial Libraries.</a> Chem Biol. 17, 38-45 (2010).</li>
<li>Strohalm, M., Kavan, D., Novak, P., Volny, M., Havlicek, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mMass+3%3A+a+cross-platform+software+environment+for+precise+analysis+of+mass+spectrometric+data%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">mMass 3: a cross-platform software environment for precise analysis of mass spectrometric data.</a> Anal Chem. 82, 4648-4651 (2010).</li>
</ol>

Les auteurs déclarent qu&#39;ils n&#39;ont aucun intérêt financier concurrents.

Peptides amides tertiaires (APE) sont une superfamille d&#39;oligomères peptidomimétiques. Outre les peptides bien étudiés, peptoids et les peptides N-méthylés, une grande partie des composés de cette famille reste peu étudié, majorly raison d&#39;un manque de méthode de synthèse pour accéder générales peptides N-alkylés. Ici, nous décrivons une méthode efficace pour synthétiser PTA avec des blocs de construction chiraux dérivés d&#39;acides aminés. Auparavant, nous avons signalé à utiliser un nouveau sous-monomère rout...

Sont des composés peptidomimétiques qui imitent la structure des peptides naturels. Ils sont conçus pour conserver l&#39;activité biologique, tout en surmontant certains des problèmes associés aux peptides naturels, y compris la perméabilité cellulaire et la stabilité contre la protéolyse 1-3. En raison de la nature oligomère de ces composés, de grandes bibliothèques de synthèse peuvent être facilement accessibles par des voies de synthèse de sous-monomères ou monomères 4-7. Une des classes les plus étudiées de peptidomimétiques est peptoids. Les peptoïdes sont des oligomères de glycines N-alkylés qui peuvent être facilement synthétisés en utilisant une stratégie de sous-monomère 8, 9. Beaucoup de ligands de protéines utiles ont été identifiés avec succès de criblage de grandes banques de peptoïdes synthétique contre des cibles de protéines 1, 10-14. Néanmoins, &quot;hits&quot; identifiés dans les bibliothèques peptoïdes archives rarement très haute affinité vers des cibles protéiques 1,10-14,22. Une major différence entre les peptoïdes et les peptides naturels est que la plupart des peptoïdes n&#39;ont généralement pas la capacité de former une structure secondaire en raison de l&#39;absence de centres chiraux et des contraintes conformationnelles. Pour résoudre ce problème, plusieurs stratégies ont été développées au cours de la dernière décennie, en grande partie en se concentrant sur ​​la modification des chaînes latérales contenues sur les principaux atomes d&#39;azote de la chaîne 15-22. Récemment, nous avons développé une nouvelle voie de synthèse d&#39;introduire des chaînes naturelles latérales d&#39;acides aminés sur un squelette peptoïde pour créer peptides amides tertiaires 23. Peptides amides tertiaires (APE) sont une famille de peptidomimétiques qui incluent, mais ne sont pas limités à des peptides (R 2 = H), les peptoïdes (R 1 = H) et les peptides N-méthylés super (R 1 ≠ H, R 2 = Me) . (Voir Figure 1) Notre voie de synthèse emploie des acides aminés naturels comme source de chiralité et des chaînes latérales sur le45; carbone, et les amines primaires disponibles dans le commerce pour fournir les N-substitutions. Par conséquent, un espace chimique plus grande que celle des peptides simples, des peptoïdes ou des peptides N-méthylés peuvent être explorées. Spectres de dichroïsme circulaire ont montré que les molécules d&#39;ATP sont très structurés en solution. Caractérisation de l&#39;un des complexes protéiques PTA-montre bien que les contraintes de conformation de PTA sont nécessaires pour la liaison. Récemment, nous avons également découvert que certaines des molécules d&#39;ATP possèdent une meilleure perméabilité cellulaire que leurs homologues de peptoïdes et de peptides. Nous croyons que ces bibliothèques de PTA peuvent être une bonne source de ligands de haute affinité pour les protéines cibles. Dans cet article, nous allons discuter de la synthèse d&#39;un échantillon d&#39;une bille un composé (OBOC) bibliothèque de PTA dans les détails avec quelques meilleures conditions pour le couplage et le clivage de ces composés.

<table><tbody><tr><td>2,4,6 triméthylpyridine</td><td>ACROS</td><td>161950010</td><td>CAS :108-75-8</td></tr><tr><td>2-morpholinoethanamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>06680</td><td>CAS :2038-03-1&nbsp ; &nbsp ;</td></tr><tr><td>Solution aqueuse à 48 % HBr</td><td>ALFA AESAR</td><td>AA14036AT</td><td>CAS :10035-10-6</td></tr><tr><td>Acétaldéhyde</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>402788</td><td>CAS :75-07-0&nbsp ; &nbsp ;</td></tr><tr><td>Acétonitrile</td><td>Fisher</td><td>SR015AA-19PS</td><td>CAS :75-05-8</td></tr><tr><td>Tétrahydrofurane anhydre (THF)</td><td>EMD</td><td>EM-TX0277-6</td><td>CAS :109-99-9</td></tr><tr><td>Benzylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>185701</td><td>CAS :100-46-9</td></tr><tr><td>Carbonate de bis(Trichlorométhyle) (BTC)</td><td>ACROS</td><td>258950050</td><td>CAS :32315-10-9</td></tr><tr><td>Acide bromoacétique</td><td>ACROS</td><td>106570010</td><td>CAS:79-08-3</td></tr><tr><td>Chloranil</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>23290</td><td>CAS :118-75-2</td></tr><tr><td>Cyclohexanemethylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>101842</td><td>CAS :3218-02-8</td></tr><tr><td>D2O</td><td>Cambridge Isotope</td><td>DLM-4-99.8-1000</td><td>CAS :7789-20-0</td></tr><tr><td>D-Alanine</td><td>Anaspec</td><td>61387-100</td><td>CAS :338-69-2</td></tr><tr><td>Dichlorométhane (DCM)</td><td>Fisher</td><td>BJ-NS300-20</td><td>CAS :75-09-2</td></tr><tr><td>Diméthylformamide (DMF)</td><td>Fisher</td><td>BJ-076-4</td><td>CAS :68-12-2</td></tr><tr><td>Ethylène glycol</td><td>Oakwood</td><td>44710</td><td>CAS :107-21-1</td></tr><tr><td>Isopentylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>W321907</td><td>CAS :107-85-7</td></tr><tr><td>KBr</td><td>ACROS</td><td>424070025</td><td>CAS :7758-02-3</td></tr><tr><td>L-Alanine</td><td>Anaspec</td><td>61385-100</td><td>CAS:56-41-7</td></tr><tr><td>3-Méthoxypropylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M25007</td><td>CAS :5332-73-0</td></tr><tr><td>2-Méthoxyéthylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>143693</td><td>CAS :109-85-3</td></tr><tr><td>N-(3-Aminopropyl)-2-pyrrolidinone</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>136565</td><td>CAS :7663-77-6&nbsp ;</td></tr><tr><td>N,N'-Diisopropylcarbodiimide (DIC)</td><td>ACROS</td><td>115211000</td><td>CAS :693-13-0</td></tr><tr><td>N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D125806</td><td>CAS :7087-68-5</td></tr><tr><td>NaNO2</td><td>ACROS</td><td>424340010</td><td>CAS :7631-99-4</td></tr><tr><td>NAOD solution à 40 % dans l’eau</td><td>ACROS</td><td>200058-506</td><td>CAS :7732-18-5</td></tr><tr><td>Pipéridine</td><td>ALFA AESAR</td><td>A12442-AE</td><td>CAS :110-89-4</td></tr><tr><td>Piperonylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P49503</td><td>CAS :2620-50-0</td></tr><tr><td>Propylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>240958</td><td>CAS :107-10-8</td></tr><tr><td>Acide trifluoroacétique</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>299537</td><td>CAS :76-05-1</td></tr><tr><td>&alpha ;-Acide cyano-4-hydroxycinnamique</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>39468</td><td>CAS :28166-41-8&nbsp ; &nbsp ;</td></tr><tr><td>&alpha ;-Ketoglutarate</td><td>ALFA AESAR</td><td>AAA10256-22</td><td>CAS :328-50-7</td></tr><tr><td>Résine Tentagel avec linker RINK</td><td>Rapp-Polymere</td><td>S30023</td><td></td></tr><tr><td>Alanine transaminase</td><td>Roche</td><td>10105589001</td><td>AKA : Glutamate-Pyruvate Transaminase (GPT)</td></tr><tr><td>Incubateur</td><td>New Brunswick</td><td>Scientific Innova44</td><td></td></tr><tr><td>NMR</td><td>Bruker</td><td>400 MHz</td><td></td></tr><tr><td>Spectromètre de masse MALDI</td><td>Applied Biosystems</td><td>4800 MALDI-TOF/TOF</td><td></td></tr><tr><td>Lyophiliseur</td><td>SP Scientific</td> VirTis Réacteur à seringue K <td></td>de <td>paillasse</td></tr><tr><td></td><td>INTAVIS</td><td>Colonne de réaction</td><td>3 ml, 5 ml, 10 ml, 20 ml</td></tr><tr><td>Collecteur à vide</td><td>Promega</td><td>A7231</td><td>Vac-Man</td></tr></tbody></table>

split-et-piscine synthèse et caractérisation de peptides tertiaire amide bibliothèque

Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

Peptidomimetics sont d&#39;excellentes sources de ligands protéiques. La nature oligomères de ces composés nous permet d&#39;accéder à de grandes bibliothèques de synthèse sur phase solide en utilisant la chimie combinatoire. Une des classes les plus étudiés de peptidomimétiques est peptoids. Les peptoïdes sont faciles à synthétiser et ont été montrés pour être résistant à la protéolyse et de la cellule-perméable. Au cours de la dernière décennie, de nombreux ligands de protéines utiles ont été identifiés par criblage de banques de peptoïdes. Cependant, la plupart des ligands identifiés dans les bibliothèques peptoïdes ne s&#39;affichent pas une affinité élevée, à de rares exceptions. Cela peut être dû, en partie, à l&#39;absence de centres chiraux et des contraintes conformationnelles des molécules peptoïdes. Récemment, nous avons décrit une nouvelle voie de synthèse pour accéder peptides amides tertiaires (APE). PTA sont une superfamille de peptidomimétiques qui incluent, mais ne sont pas limités à des peptides, des peptoïdes et les peptides N-méthylés. Avec des chaînes latérales sur les deux α-carbone et des atomes d&#39;azote principaux de la chaîne,la conformation de ces molécules sont grandement limitée par encombrement stérique et 1,3 allylique souche. (Figure 1) Notre étude suggère que ces molécules d&#39;ATP sont très structurés en solution et peuvent être utilisés pour identifier des ligands protéiques. Nous croyons que ces molécules peuvent être une source future de ligands protéiques de haute affinité. Ici, nous décrivons la méthode de synthèse combinant la puissance de deux split-et-piscine et stratégies sous-monomères pour synthétiser un échantillon d&#39;un cordon d&#39;un composé (OBOC) bibliothèque de PTA.

Ici, nous montrons trois spectres MALDI représentatifs d&#39;un trimère de PTA de liaison. Comme le montre la figure 6A, lorsqu&#39;il est clivé à température ambiante en utilisant 50% de solution de TFA / DCM, une dégradation significative est observée. Sur la figure 6A, un sommet 593 et 484 correspondent au segment de liaison et le trimère de PTA, respectivement, montrent que la molécule entière a été synthétisé avec succès le bourrelet mais dégradée lors du clivage. Lorsque clivé dan...

Peptides amides tertiaires (APE) sont une superfamille de peptidomimétiques qui incluent, mais ne sont pas limités à des peptides, des peptoïdes et les peptides N-méthylés. Nous décrivons ici une méthode synthétique qui combine à la fois divisée et-piscine et stratégies sous-monomères pour synthétiser un une bille bibliothèque d&#39;un composé de PTA.

Split-et-piscine Synthèse et caractérisation de peptides tertiaire Amide Bibliothèque

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid ...

L'objectif général de cette procédure est de démontrer comment synthétiser des bibliothèques combinatoires contenant des unités de peptide amide tertiaire ou unités PTA. Cela est réalisé en premier lieu en préparant un sous-monomère PTA à partir d'acides aminés naturels. La deuxième étape consiste à synthétiser une région d'ancrage peptidique sur un support solide.Ensuite, une biblioth&egrave;que combinatoire contenant des sous-unit&eacute;s de PTA et de peptides est synth&eacute;tis&eacute;e. La derni&egrave;re &eacute;tape consiste &agrave; caract&eacute;riser la biblioth&egrave;que synth&eacute;tis&eacute;e afin de garantir la qualit&eacute; de la synth&egrave;se. En fin de compte, une biblioth&egrave;que combinatoire contenant des sous-unit&eacute;s de PTA &agrave; conformation restreinte est obtenue, et une telle biblioth&egrave;que peut &ecirc;tre utilis&eacute;e pour un criblage &agrave; haut d&eacute;bit afin d'obtenir des ligands prot&eacute;iques et de favoriser la d&eacute;couverte de nouveaux m&eacute;dicaments.Ainsi, la chimie qui est l'objet de cet article a été développée dans le but de trouver des molécules nettement plus rigides que certains peptides et autres composés avec lesquels nous avions travaillé auparavant. L'idée est que, si l'on identifie des bibliothèques de molécules plus rigides, celles-ci se lieront à des cibles p

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Un simple et générale méthode manuelle synthèse peptoïde impliquant l'équipement de base et de réactifs disponibles dans le commerce est présenté, permettant peptoïdes pour être facilement synthétisée dans la plupart des laboratoires. La synthèse, la purification et la caractérisation d'une 36mer peptoïde amphiphile est décrite, ainsi que son auto-assemblage en très ordonnée nanofeuillets.

Synthèse Submonomer en phase solide de polymères et de leurs peptoïde auto-assemblage dans le hautement ordonné nanofeuillets

La synthèse peptidique en phase solide efficace d'un peptide bis-fonctionnalisé trimère utilisant un "cran de sûreté" procédure de clivage de la résine HMBA est décrite.

Synthèse en phase solide d&#39;un bis-fonctionnalisé peptide en utilisant &quot;Sécurité Catch&quot; Méthodologie

Un protocole de synthèse de peptoïdes à fonctionnalité cationique mixte dans la même séquence est présenté (monomères de type lysine et arginine). Des essais ultérieurs de ces composés contre Leishmania mexicana, les parasites protozoaires qui causent la leishmaniose cutanée, sont également décrits.

Une méthode efficace pour la synthèse de Peptoïdes avec Monomères / Arginine type de type Lysine mixte et de l&#39;évaluation de leur activité anti-leishmaniose

Cet article présente une méthode impliquant la synthèse et la caractérisation de monocyte-ciblage des micelles peptide amphiphile et le correspondant d’essais pour tester la biocompatibilité et la capacité de la micelle de liaison aux monocytes.

Synthèse de ciblage de Monocyte Peptide Amphiphile Micelles pour l’imagerie de l’athérosclérose

Un protocole est décrit pour la synthèse manuelle des oligo-peptoids suivie par le séquençage par spectrométrie de masse.

Synthèse et analyse de spectrométrie de masse des Oligo-peptoids

Nous présentons un protocole pour la construction des thioéthers/vinyle sulfure-tethered hélicoïdales peptides utilisant photoinduit thiol-ene/thiol-yne hydrothiolation.

Construction de Thiol-ene/yne hélicoïdale Peptides Via photoinduit thioéther/sulfure de vinyle-attaché Hydrothiolation

La synthèse de peptide axée sur les polyamines amphiphiles (AAE) est un défi significatif en raison de la présence de plusieurs atomes d’azote aminé, qui nécessite une utilisation judicieuse de la protection des groupes afin de masquer ces fonctionnalités réactives. Dans cet article, nous décrivons une méthode facile pour la préparation de ces nouvelle classe de molécules d’auto-assemblage.

Protocole facile pour la synthèse d’auto-assemblage axée sur les polyamines peptides Amphiphiles (AAE) et des biomatériaux

Un protocole pour la synthèse d’un 1, 2-dithiolane modifiée peptide et la caractérisation des structures supramoléculaires résultant de la peptide auto-assemblage.

Synthèse et caractérisation de 1, 2-Dithiolane modifiée Peptides auto-assemblage

Peptides riches en cystéine incorporer des structures en trois dimensions distinctes selon leur connectivité disulfure. Synthèse ciblée des isomères individuels disulfure est nécessaire lors de l’oxydation de la mémoire tampon ne conduit pas à la connectivité de disulfure désiré. Le protocole porte sur la synthèse sélective des peptides 3-disulfure-collé et leur analyse structurale à l’aide d’études RMN et SM/SM.

Synthèse et détermination de Structure des isomères PIIIA µ-conotoxine avec disulfure différentes connectivités

Un protocole est présenté pour la synthèse d’oligomères peptoïdes codés par l’information et pour l’auto-assemblage séquencé de ces peptoïdes en échelles moléculaires utilisant des amines et des aldéhydes comme paires de réactifs covalentes dynamiques et Lewis acidité de la terre rare les trigoles métalliques en tant que réactifs multirôles.

Synthèse de Peptoïdes porteurs d’informations et de leur auto-assemblage dynamique covalent dirigé par séquence

Ce protocole présente la synthèse de peptides cycliques via la bisalkylation entre la cystéine et la méthionine et la réaction thiol-yne facile déclenchée par le centre propargylsulfonium.

Construction de peptides cycliques à l’aide d’un centre de sulfonium sur attache

Découvrez la synthèse de bibliothèques combinatoires de peptides amides tertiaires (PTA) par stratégie split-and-pool sur support solide. Cette méthode utilise des acides aminés naturels pour créer des sous-monomères PTA et permet le criblage à haut débit pour la découverte de nouveaux ligands protéiques et médicaments.

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