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Identification des régulateurs des facteurs de transcription à l’aide du dépistage à débit moyen ...
Identification des régulateurs des facteurs de transcription à l’aide du dépistage à débit moyen ...
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Cancer Research
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JoVE Journal Cancer Research
Identification of Transcription Factor Regulators using Medium-Throughput Screening of Arrayed Libraries and a Dual-Luciferase-Based Reporter

Identification des régulateurs des facteurs de transcription à l’aide du dépistage à débit moyen des bibliothèques à débit moyen et d’un reporter à double luciferase

Full Text
7,499 Views
11:32 min
March 27, 2020

DOI: 10.3791/60582-v

Yuxuan Xiao1, John M. Lamar1

1Department of Molecular & Cellular Physiology,Albany Medical College

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Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Overview

This protocol describes a method to screen arrayed lentiviral or retroviral RNAi libraries for novel regulators of transcription factors in cancer cells. It is a rapid, medium throughput, and cost-effective technique utilizing commonly available equipment and reagents.

Key Study Components

Area of Science

  • Neuroscience
  • Cell Biology
  • Transcription Regulation

Background

  • Transcription factors play a crucial role in gene expression.
  • Identifying their regulators can provide insights into cancer biology.
  • RNA interference (RNAi) is a powerful tool for gene silencing.
  • Screening large libraries can accelerate the discovery of novel regulators.

Purpose of Study

  • To develop a screening method for identifying transcription factor regulators.
  • To utilize a dual-luciferase-based transcriptional reporter assay.
  • To provide a cost-effective solution for researchers.

Methods Used

  • Preparation of lentiviral or retroviral RNAi libraries.
  • Use of a dual-luciferase reporter assay for screening.
  • Inoculation of bacterial cultures for vector purification.
  • Application of a bacterial miniprep kit for vector extraction.

Main Results

  • Successful identification of novel regulators of transcription factors.
  • Demonstration of the method's efficiency and cost-effectiveness.
  • Validation of the dual-luciferase assay for screening purposes.
  • Accessibility of the technique for most investigators.

Conclusions

  • The developed method is a valuable tool for transcription factor research.
  • It allows for rapid screening of multiple candidates.
  • This approach can facilitate further studies in cancer biology.

Frequently Asked Questions

What is the main advantage of this screening method?
The main advantage is its rapid, medium throughput, and inexpensive nature, making it accessible to most researchers.
What type of cells can this protocol be used on?
This protocol is designed for use in cancer cells.
What equipment is required for this method?
Common laboratory equipment such as a dual-luciferase assay system and a bacterial miniprep kit are required.
How are the lentiviral vectors purified?
Lentiviral vectors are purified using a bacterial miniprep kit according to the manufacturer's instructions.
Can this method be adapted for other types of libraries?
Yes, the method can potentially be adapted for other RNAi libraries beyond lentiviral or retroviral.
Is prior experience with RNAi necessary?
While helpful, prior experience with RNAi is not strictly necessary as the protocol provides detailed instructions.

Pour identifier de nouveaux régulateurs des facteurs de transcription, nous avons développé une approche pour dépister les bibliothèques de RNAi lentiviral ou rétroviral à l’écran à l’aide d’un essai de reporter transcriptionnel à double base de luciferase. Cette approche offre un moyen rapide et relativement peu coûteux de filtrer des centaines de candidats dans une seule expérience.

Ce protocole peut être utilisé pour filtrer les bibliothèques d’analyse lentiviral ou rétroviral rangées afin d’identifier de nouveaux régulateurs des facteurs de transcription dans les cellules cancéreuses. Les principaux avantages de cette technique sont qu’elle est rapide, à débit moyen et peu coûteuse, et qu’elle utilise de l’équipement et des reagents couramment accessibles à la plupart des chercheurs. Pour agrandir et purifier chaque vecteur lentiviral de la bibliothèque, ajoutez d’abord 1,3 millilitres de bouillon Luria complétés par 100 microgrammes par millilitre d’ampicilline à chaque puits d’une plaque de puits profonde de 96 puits.

Inoculer chaque puits avec deux microlitres de stock de glycérol pour une incubation d’une nuit à 37 degrés Celsius et 225 révolutions par minute. Le lendemain, transférez chaque culture bactérienne dans des tubes individuels de microcentrifugeuse de 1,5 millilitre pour centrifugation. Purifiez chaque vecteur avec un kit de miniprep bactérien approprié selon les instructions du fabricant.

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