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DOI: 10.3791/60582-v
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This protocol describes a method to screen arrayed lentiviral or retroviral RNAi libraries for novel regulators of transcription factors in cancer cells. It is a rapid, medium throughput, and cost-effective technique utilizing commonly available equipment and reagents.
Pour identifier de nouveaux régulateurs des facteurs de transcription, nous avons développé une approche pour dépister les bibliothèques de RNAi lentiviral ou rétroviral à l’écran à l’aide d’un essai de reporter transcriptionnel à double base de luciferase. Cette approche offre un moyen rapide et relativement peu coûteux de filtrer des centaines de candidats dans une seule expérience.
Ce protocole peut être utilisé pour filtrer les bibliothèques d’analyse lentiviral ou rétroviral rangées afin d’identifier de nouveaux régulateurs des facteurs de transcription dans les cellules cancéreuses. Les principaux avantages de cette technique sont qu’elle est rapide, à débit moyen et peu coûteuse, et qu’elle utilise de l’équipement et des reagents couramment accessibles à la plupart des chercheurs. Pour agrandir et purifier chaque vecteur lentiviral de la bibliothèque, ajoutez d’abord 1,3 millilitres de bouillon Luria complétés par 100 microgrammes par millilitre d’ampicilline à chaque puits d’une plaque de puits profonde de 96 puits.
Inoculer chaque puits avec deux microlitres de stock de glycérol pour une incubation d’une nuit à 37 degrés Celsius et 225 révolutions par minute. Le lendemain, transférez chaque culture bactérienne dans des tubes individuels de microcentrifugeuse de 1,5 millilitre pour centrifugation. Purifiez chaque vecteur avec un kit de miniprep bactérien approprié selon les instructions du fabricant.
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