"Cell Surface Capture" Workflow for Label-Free Quantification of the Cell Surface Proteome

Akul Naik; Sanjeeva Srivastava; Arun P. Wiita

doi:10.3791/64952

Flux de travail « Cell Surface Capture » pour la quantification sans marquage du protéome de surf...

JoVE Journal
Biochemistry

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Biochemistry

“Cell Surface Capture” Workflow for Label-Free Quantification of the Cell Surface Proteome

Flux de travail « Cell Surface Capture » pour la quantification sans marquage du protéome de surface cellulaire

Full Text

3,259 Views

06:31 min

March 24, 2023

DOI: 10.3791/64952-v

Akul Naik¹, Sanjeeva Srivastava^1,2, Arun P. Wiita^1,3,4

¹Department of Laboratory Medicine,University of California, San Francisco, ²Department of Biosciences and Bioengineering,Indian Institute of Technology Bombay, ³Deptartment of Bioengineering and Therapeutic Sciences,University of California, San Francisco, ⁴Chan Zuckerberg Biohub

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Overview

This protocol describes a workflow for characterizing the cell surface proteome of various cell types, focusing on antigen identification. It includes steps for protein enrichment, sample preparation, and mass spectrometry analysis.

Key Study Components

Area of Science

Proteomics
Cell Biology
Cancer Research

Background

Understanding cell surface proteins is crucial for identifying specific antigens.
Cell membrane proteins can serve as targets for immunotherapies.
Optimizing sample input is essential for accurate results.
This protocol can be applied to various cell types, including tumor cells.

Purpose of Study

To enrich and analyze cell surface proteins from whole cell lysates.
To identify antigens specific to different cell types.
To explore potential targets for cancer immunotherapy.

Methods Used

Cell surface protein enrichment techniques.
Sample preparation for mass spectrometry.
LC-MS/MS analysis for protein identification.
Data processing with specialized software.

Main Results

Successful enrichment of cell membrane proteins.
Identification of unique antigens on tumor cells.
Demonstration of the protocol's effectiveness through iterative optimization.
Potential for discovering novel cancer immunotherapy targets.

Conclusions

The protocol provides a reliable method for studying cell surface proteomes.
It highlights the importance of optimizing experimental conditions.
Findings could lead to advancements in cancer treatment strategies.

Frequently Asked Questions

What is the main goal of this protocol?

The main goal is to characterize the cell surface proteome and identify specific antigens on various cell types.

How can this protocol be applied in cancer research?

It can be used to identify antigens on tumor cells that may serve as targets for immunotherapies.

What techniques are used in this workflow?

The workflow includes cell surface protein enrichment, mass spectrometry analysis, and data processing.

Why is sample optimization important?

Optimizing sample input is crucial for achieving accurate and reliable results in proteomic analysis.

Who demonstrates the procedure in the video?

The procedure is demonstrated by Akul Naik, a junior specialist from the laboratory.

Ici, nous décrivons un flux de travail protéomique pour la caractérisation du protéome de surface cellulaire de différents types de cellules. Ce flux de travail comprend l’enrichissement en protéines de surface cellulaire, la préparation ultérieure des échantillons, l’analyse à l’aide d’une plate-forme LC-MS/MS et le traitement des données avec un logiciel spécialisé.

Ce protocole nous permet d’étudier les antigènes présents à la surface des cellules de différents types de cellules afin de trouver des antigènes spécifiques à ce type de cellule ou de tissu. La technique que nous présentons ici permet d’enrichir des protéines membranaires cellulaires à partir d’un lysat de cellule entière, finalement pour une analyse par protéomique basée sur la spectrométrie de masse. Ainsi, une application spécifique de ce protocole est de l’appliquer aux cellules tumorales pour rechercher des antigènes présents à la surface de ces cellules cancéreuses et non des cellules normales qui pourraient servir de nouvelles cibles pour les immunothérapies anticancéreuses.

Une chose à noter à propos de ce protocole est qu’il peut être important d’optimiser votre entrée d’échantillon pour l’expérience qui vous intéresse. Il peut donc falloir plusieurs itérations ou titrages pour trouver les conditions optimales. Akul Naik, un spécialiste junior de notre laboratoire, fera la démonstration de la procédure.

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos

Explore More Videos

Capture de surface cellulaire quantification sans marquage protéome de surface cellulaire spectrométrie de masse protéomique cellules tumorales immunothérapies anticancéreuses pastille cellulaire marquée à la biotine tampon de lyse résine d’agarose neutravidine collecteur sous vide tampon de lavage incubation de lysat tube de microcentrifugation de liaison aux protéines