Name: איתור של שינוי מספר העתקה באמצעות רצף תא יחיד (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-02-17T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 45 s
Description: למדו איך לזהות שינויים במספר עותקי DNA ברזולוציית תא יחיד באמצעות ריצוף תא יחיד. הפרוטוקול משפר רגישות וספציפיות בהשוואה לשיטות ציטולוגיות מסורתיות לניתוח הטרוגניות גנומית.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

אנו מודים סטיוארט לוין להערות על כתב היד הזה. עבודה זו נתמכה על ידי המכונים הלאומיים לבריאות גרנט GM056800 ואת קאתי קורט אריחים Cancer Research הקרן אנג&#39;ליקה עמון בחלקו על ידי P30-CA14051 גרנט תמיכה קוך המכון. אנג&#39;ליקה עמון הוא גם חוקר של הווארד יוז רפואי במכון ואת קרן גלן Biomedical Research. קאק נתמך על ידי T32GM007753 גרנט הדרכת NIGMS.

<ol><li>Kahlem, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcript+Level+Alterations+Reflect+Gene+Dosage+Effects+Across+Multiple+Tissues+in+a+Mouse+Model+of+Down+Syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Transcript Level Alterations Reflect Gene Dosage Effects Across Multiple Tissues in a Mouse Model of Down Syndrome.</a> Genome Res. 14 (7), 1258-1267 (2004).</li>
<li>Torres, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+Aneuploidy+on+Cellular+Physiology+and+Cell+Division+in+Haploid+Yeast%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Effects of Aneuploidy on Cellular Physiology and Cell Division in Haploid Yeast.</a> Science. 317 (5840), 916-924 (2007).</li>
<li>Itsara, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Population+Analysis+of+Large+Copy+Number+Variants+and+Hotspots+of+Human+Genetic+Disease%5BTitle%5D)+AND+%22Am.+J.+Human+Gen%22%5BJournal%5D)">Population Analysis of Large Copy Number Variants and Hotspots of Human Genetic Disease.</a> Am. J. Human Gen. 84 (2), 148-161 (2009).</li>
<li>Sudmant, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+diversity%2C+population+stratification%2C+and+selection+of+human+copy-number+variation%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Global diversity, population stratification, and selection of human copy-number variation.</a> Science. 349 (6253), aab3761(2015).</li>
<li>Navin, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inferring+tumor+progression+from+genomic+heterogeneity%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Inferring tumor progression from genomic heterogeneity.</a> Genome Res. 20 (1), 68-80 (2010).</li>
<li>Torres, L., Ribeiro, F. R., Pandis, N., Andersen, J. A., Heim, S., Teixeira, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intratumor+genomic+heterogeneity+in+breast+cancer+with+clonal+divergence+between+primary+carcinomas+and+lymph+node+metastases%5BTitle%5D)+AND+%22Breast+cancer+res+and+treat%22%5BJournal%5D)">Intratumor genomic heterogeneity in breast cancer with clonal divergence between primary carcinomas and lymph node metastases.</a> Breast cancer res and treat. 102 (2), 143-155 (2007).</li>
<li>Yates, L. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Subclonal+diversification+of+primary+breast+cancer+revealed+by+multiregion+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Med%22%5BJournal%5D)">Subclonal diversification of primary breast cancer revealed by multiregion sequencing.</a> Nat. Med. 21 (7), 751-759 (2015).</li>
<li>Forsberg, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Age-related+somatic+structural+changes+in+the+nuclear+genome+of+human+blood+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Am.+J.+Human+Gen%22%5BJournal%5D)">Age-related somatic structural changes in the nuclear genome of human blood cells.</a> Am. J. Human Gen. 90 (2), 217-228 (2012).</li>
<li>Laurie, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detectable+clonal+mosaicism+from+birth+to+old+age+and+its+relationship+to+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Gen%22%5BJournal%5D)">Detectable clonal mosaicism from birth to old age and its relationship to cancer.</a> Nat. Gen. 44 (6), 642-650 (2012).</li>
<li>Jacobs, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detectable+clonal+mosaicism+and+its+relationship+to+aging+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Gen%22%5BJournal%5D)">Detectable clonal mosaicism and its relationship to aging and cancer.</a> Nat. Gen. 44 (6), 651-658 (2012).</li>
<li>Knouse, K. A., Wu, J., Whittaker, C. A., Amon, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single+cell+sequencing+reveals+low+levels+of+aneuploidy+across+mammalian+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci%22%5BJournal%5D)">Single cell sequencing reveals low levels of aneuploidy across mammalian tissues.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. 111 (37), 13409-13414 (2014).</li>
<li>Knouse, K. A., Wu, J., Amon, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+megabase-scale+somatic+copy+number+variation+using+single-cell+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Assessment of megabase-scale somatic copy number variation using single-cell sequencing.</a> Genome Res. 26 (3), 376-384 (2016).</li>
<li>Nextera XT DNA Library Preparation Kit. at. , at: 
 <a target="_blank" href="http://www.illumina.com/products/nextera_xt_dna_library_prep_kit.html">http://www.illumina.com/products/nextera_xt_dna_library_prep_kit.html</a> (2016).</li>
<li>Advanced Analytical Fragment Analyzer. , at: 
 <a target="_blank" href="http://aati-us.com/product/fragment-analyzer">http://aati-us.com/product/fragment-analyzer</a> (2016).</li>
<li>KAPA Library Quantification Kit. , at: 
 <a target="_blank" href="https://www.kapabiosystems.com/product-applications/products/next-generation-sequencing-2/library-quantification/">https://www.kapabiosystems.com/product-applications/products/next-generation-sequencing-2/library-quantification/</a> (2016).</li>
<li>Illumina HiSeq 2000. , at: 
 <a target="_blank" href="http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_instruments/hiseq_2000.html">http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_instruments/hiseq_2000.html</a> (2016).</li>
<li>FASTX-Toolkit. , at: 
 <a target="_blank" href="http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/">http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/</a> (2016).</li>
<li>Burrows-Wheeler Aligner. , at: 
 <a target="_blank" href="http://bio-bwa.sourceforge.net/">http://bio-bwa.sourceforge.net/</a> (2016).</li>
<li>SAMTools. , at: 
 <a target="_blank" href="http://samtools.sourceforge.net/">http://samtools.sourceforge.net/</a> (2016).</li>
<li>HMMcopy. , at: 
 <a target="_blank" href="http://compbio.bccrc.ca/software/hmmcopy/">http://compbio.bccrc.ca/software/hmmcopy/</a> (2016).</li>
<li>DNAcopy. , at: 
 <a target="_blank" href="https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DNAcopy.html">https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DNAcopy.html</a> (2016).</li>
<li>Picard. , at: 
 <a target="_blank" href="http://broadinstitute.github.io/picard/">http://broadinstitute.github.io/picard/</a> (2016).</li>
<li>bedtools. , at: 
 <a target="_blank" href="http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/">http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/</a> (2016).</li>
<li>Lichti, U., Anders, J., Yuspa, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+short-term+culture+of+primary+keratinocytes%2C+hair+follicle+populations+and+dermal+cells+from+newborn+mice+and+keratinocytes+from+adult+mice+for+in+vitro+analysis+and+for+grafting+to+immunodeficient+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">Isolation and short-term culture of primary keratinocytes, hair follicle populations and dermal cells from newborn mice and keratinocytes from adult mice for in vitro analysis and for grafting to immunodeficient mice.</a> Nat. Protoc. 3 (5), 799-810 (2008).</li>
<li>Brewer, G. J., Torricelli, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+culture+of+adult+neurons+and+neurospheres%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">Isolation and culture of adult neurons and neurospheres.</a> Nat. Protoc. 2 (6), 1490-1498 (2007).</li>
<li>Navin, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumour+evolution+inferred+by+single-cell+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Tumour evolution inferred by single-cell sequencing.</a> Nature. 472 (7341), 90-94 (2011).</li>
<li>Szulwach, K. E., Chen, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-Cell+Genetic+Analysis+Using+Automated+Microfluidics+to+Resolve+Somatic+Mosaicism%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Single-Cell Genetic Analysis Using Automated Microfluidics to Resolve Somatic Mosaicism.</a> PLoS ONE. 10 (8), e0135007(2015).</li>
<li>Zong, C., Lu, S., Chapman, A. R., Xie, X. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-Wide+Detection+of+Single-Nucleotide+and+Copy-Number+Variations+of+a+Single+Human+Cell%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Genome-Wide Detection of Single-Nucleotide and Copy-Number Variations of a Single Human Cell.</a> Science. 338 (6114), 1622-1626 (2012).</li>
<li>Wang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clonal+evolution+in+breast+cancer+revealed+by+single+nucleus+genome+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Clonal evolution in breast cancer revealed by single nucleus genome sequencing.</a> Nature. 512 (7513), 155-160 (2014).</li>
<li>Zhang, C. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromothripsis+from+DNA+damage+in+micronuclei%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Chromothripsis from DNA damage in micronuclei.</a> Nature. 522 (7555), 179-184 (2015).</li>
<li>Macaulay, I. C., Voet, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single+Cell+Genomics%3A+Advances+and+Future+Perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genetics%22%5BJournal%5D)">Single Cell Genomics: Advances and Future Perspectives.</a> PLoS Genetics. 10 (1), e1004126(2014).</li>
<li>Gawad, C., Koh, W., Quake, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+genome+sequencing%3A+current+state+of+the+science%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Gen%22%5BJournal%5D)">Single-cell genome sequencing: current state of the science.</a> Nat. Rev. Gen. , 1-14 (2016).</li>
</ol>

החוקרים אין לי מה לחשוף.

באופן מסורתי, זיהוי CNVs ו aneuploidy ברמה של תאים בודדים נדרשים שיטות ציטולוגיה כגון דגי SKY. עכשיו, רצף תא בודד התפתח גישה חלופית עבור שאלות כאלה. יש רצף תא יחיד יתרונות על פני דגי SKY כפי שהוא הוא הגנום כולו ברזולוציה גבוהה. יתר על כן, כאשר שיטות בקרה איכות מתאימות מוחלות, רצף תא בודד יכול לספק הערכה אמינה יותר של CNVs ו aneuploidy כפי שהוא לא רגיש וממצאי הכלאה והפצת הטבועות דגי SKY. עם זאת, רבים של היישומים האחרונים של רצף תא בודד לא אושש על ידי הערכה יסודית של הרגישות וסגולית של השיטות ומנתח. ואכן, חלק מן הגישות אנליטית שמוצג מחקרים אחרים המשויכים תדרים גבוהים (&gt; 50%) של שקר חיובית CNV מכנה 12. הגישה נתאר נבדקה בקפדנות באמצעות תאים של KNנטל CNV עצמו כדי לקבוע שיעורי גילוי אמת ושקר לייעל את הרגישות והסגוליות של זיהוי CNV 12. באמצעות בקרת איכות גישות אנליטיות מתוארת בפרוטוקול זה, כ 20% של 5 רווחים Mb, 75% עליה של 5 הפסדים Mb, וכל CNVs עולה על 10 Mb ניתן לאתר. למרות קביעת שיעור גילוי השווא של רצף תא בודד קשה, אנחנו מעריכים שזה יהיה פחות מ -25%. פרוטוקול זה יכול להיות מיושם על תאים ממגוון מקורות, סקריפטים יכול להיות שונה כדי להתאים את הרזולוציה של זיהוי CNV, ואת הפרוטוקול ניתן להתאים לזהות וצורות אחרות של שינויי הגנומי. יש מגוון של אמצעי מתנער רקמות טריות לתוך תאים בודדים, ורבי פרסומים לתאר הליכים מותאמים במיוחד ברקמות ספציפיות, כגון 24 עור 25 מוח. אנחנו מעדיפים לבודד תאים בודדים על ידי מיקרו אספירציות שכן היא מאפשרת FO<html> r הערכה חזותית של כל תא כדי להיות רצף. עם זאת, אפשר גם לבודד תאים בודדים ידי מיון תא מופעל פלואורסצנטי (FACS) 26 והתקני microfluidic 27. אם בידוד תא יחיד הגברה הגנום כולו מתבצע באופן ידני, סביר לבודד להגביר עד תאים ארבעים אחד יושב. על מנת לקבל נתוני רצף תא בודד באיכות גבוהה, חשוב כי ההגברה של הגנום תא בודד היא אחידה ושלמה. אנו מוצאים כי איכות יחיד תאים המבודדות כמו גם את היעילות של תמוגה יש הגברת השפעה משמעותית על איכות נתוני רצף. ככזה, יש לקצור את התאים מן סביבת מולדתם רק לפני הבידוד והגברת הגנום כולו צריך להתחיל מייד לאחר תאים מבודדים. יתר על כן, צעד תמוגה והפיצול יש לפעול בדיוק כפי שמתואר בשלבי 2.3-2.6. &quot;&gt; האלגוריתמים יכול להיות מותאם כדי לשנות את הרזולוציה של זיהוי CNV, עם השפעות מנוגדות על הרגישות והסגוליות 12. כמו כן, ניתן להתאים את הספים כדי לזהות aneuploidy כל כרומוזום בסביבה של 11 tetraploidy. עם זאת, אנו מוצאים כי הגישה שלנו מוגבלת לגילוי CNVs יותר מ -5 Mb, כרעש הציג במהלך הגברת הגנום כולו מסבך זיהוי של וריאנטים קטן 12. שיפורים עתידיים בגישות הגברת הגנום כולו צריכים בסופו של דבר לשפר את הרזולוציה של זיהוי CNV באמצעות רצף תא בודד. רצף תא בודד מאפשר לחקירה של שינויים במספר העותק יחידים לא אבל גם וריאציות נוקלאוטיד בודדות 28, 29 ו וריאציה מבנית 30. הפרוטוקול שלנו עבור בידוד תא בודד יכול להיות מיושם לענות que אלה אחריםstions. עם זאת, הבחירה של שיטת הגברת הגנום כולו תלויה ביישום המסוים. השיטה המתוארת פרוטוקול זה, המתבסס על תגובת שרשרת פולימראז, הוא מתאים ביותר לאיתור שינויי מספר העותק כי היא מזוהה עם רמות נמוכות יותר של הטית הגברת 32. על חקירה וצורות אחרות של שינויי הגנומי, כגון פולימורפיזם נוקלאוטיד בודד, שיטות אחרות של הגברת הגנום כולו הם האמינו להיות יותר מתאימים 31, 32.

שינויים במספר עותק דנ&quot;א יכול טווח בגודל מכמה זוגות בסיסים (מספר עותק וריאנטים) (CNVs) לכרומוזומים כולו (aneuploidy). שינויים במספר ההעתק המשפיעים אזורים גדולים של הגנום יכולים להיות השלכות פנוטיפי משמעותיות על ידי שינוי הביטוי של עד אלף גנים 1, 2. CNVs שנמצא בכל התאים של אוכלוסייה יכולה להיות מזוהה על ידי רצף בתפזורת או בשיטות מבוססות microarray 3, 4. עם זאת, אוכלוסיות גם יכולות להיות גנטי הטרוגנית, עם CNVs קיים קבוצת משנה של האוכלוסייה או אפילו תאים בודדים. מגוון גנטי שכיח סרטן, נהיגת התפתחות גידול, וגם נוכח ברקמות נורמליות, עם תוצאה לא ידועה 5, 6, 7, 8, 9 <sup&gt;, 10. באופן מסורתי, מגוון גנטי הוערך באמצעות גישות ציטולוגיה או רצף בתפזורת. גישות ציטולוגיה, כגון קרינת כלאה באתרו (FISH), ממרחים כרומוזום, ואת karyotyping ספקטרלי (SKY), יש את היתרון של שינויים בזיהוי נוכחיים בתאים בודדים אבל יש שיעורי לטעות גבוהים עקב ממצאים של כלאה והפצת 11. גישות אלה מוגבלות גם מספר חושף ההעתק בלבד פתרונם משתנות פורשות כמה megabases. רצף או microarrays של DNA בתפזורת, אם כי גבוה דיוק ורזולוציה, הוא פחות רגיש. כדי לזהות מגוון גנטי על ידי גישות מבוססות אוכלוסייה, הגירסות חייבות להיות נוכחות חלק ניכר של תאים באוכלוסייה. הופעה של שיטות כדי להגביר את הדנ&quot;א הגנומי של תאים בודדים הפך אותו ניתן לרצף את הגנום של תאים בודדים. seque תא יחידיש ncing היתרונות של רזולוציה גבוהה, רגישות גבוהה, וכאשר שיטות בקרה איכות מתאימות מוחלות, גבוה דיוק 12. כאן אנו מתארים שיטה לגילוי שינויים במספר עותק בקנה מידה megabase ב תאים בודדים. אנו לבודד תאים בודדים על ידי מיקרו אספירציות, להגביר הדנ&quot;א הגנומי באמצעות מתאם מקשר PCR, להכין ספריות עבור סידור הדור הבא, וכדי לזהות מספר עותק וריאנטים הן על ידי מודל מרקוב חבוי ופילוח בינארי מעגלית.

<table><tbody><tr><td>מכלולי צינורות שואב לפיפטות מיקרו-נימיות מכוילות</td> צינורות PVC <td>Sigma</td><td>A5177</td><td></td></tr><tr><td>(מזהה 3/16 אינץ', OD 5/16 אינץ', ~1 רגל)</td> <td>צינורות PVC VWR</td><td>89068-500</td><td></td></tr><tr><td>(מזהה 5/16 אינץ', OD 7/16 אינץ', ~6 אינץ')</td> <td>VWR</td><td>89068-508</td><td></td></tr><tr><td>מסנן מזרק Acrodisc עם קרום HT Tuffryn (קוטר 25 מ"מ, גודל נקבוביות 0.2 ומיקרו; m)</td> <td>VWR</td><td>28144-040</td><td></td></tr><tr><td>פיפטה סרולוגית (5 מ"ל)</td> <td>BioExpress</td><td>P-2837-5</td><td>כל פיפטה מפלסטיק 5 מ"ל אמורה להספיק</td></tr><tr><td>מלכודת מים מקוונת לשימוש בחמצן</td><td>Amazon.com</td><td>צינורות</td> נקודת התכה נימית 700220210813 <td></td></tr><tr><td>(מזהה 0.8-1.1 מ"מ, אורך 100 מ"מ)</td> <td>VWR</td><td>34502-99</td><td></td></tr><tr><td>חימר דוגמנות</td><td>VWR</td><td>470156-850</td><td></td></tr><tr><td>צלחת פטרי (קוטר 150 מ"מ)VWR</td><td></td> <td>25384-326</td><td>המשטח צריך להיות לא דביק כדי להקל על שאיבת תאים</td></tr><tr><td>בודדים מעטפת קשה&nbsp; PCR חצי חצאית בגובה מלא 96 בארות&nbsp; צלחות</td><td>Bio-Rad</td><td>HSS9601</td><td>כל צלחת PCR של 96 בארות אמורה להספיק</td></tr><tr><td>לצלחת תרבית רקמות של 96 בארות</td><td>VWR</td><td>62406-081</td><td>כל צלחת תרבית רקמות של 96 בארות אמורה להספיק ערכת</td></tr><tr><td>הגברת גנום שלם של תא יחיד GenomePlex</td><td>Sigma</td><td>WGA4</td><td></td></tr><tr><td>Microseal 'A' Film</td><td>Bio-Rad</td><td>MSA5001</td><td></td></tr><tr><td>Mini Plate</td><td>Spinner Thomas Scientific</td><td>1225Z37</td><td></td></tr><tr><td>Thermal Cycler</td><td>Bio-Rad</td><td>1861096&nbsp;</td><td>כל מחזורי תרמי אמור להספיק כל עוד הוא יכול להכיל צלחת PCR עם 96 בארות</td></tr><tr><td>Agencourt Ampure חרוזים</td><td>בקמן קולטר</td><td>A63880</td><td></td></tr><tr><td>Dynamag-2 מגנט</td><td>תרמו פישר מדעי</td><td>12321D</td><td>כל רצועת צינור מגנטית דומה אמורה להספיק</td></tr><tr><td>Nextera XT ערכת הכנת ספריית DNA</td><td>Illumina</td><td>FC-131-1096</td><td></td></tr><tr><td>Nextera XT ערכת אינדקס</td><td>Illumina</td><td>FC-121-1012</td><td></td></tr><tr><td>ערכה שלמה (מותאמת ל-Roche LightCycler 480)</td><td>קאפה ביוסיסטמס</td><td>KK4845&nbsp;</td><td>ערכה זו מותאמת למכונת PCR בזמן אמת Roche LightCycler 480. אם אתה משתמש במכונה אחרת, החלף ערכה המותאמת למכונה שלך.</td></tr></tbody></table>

איתור של שינוי מספר העתקה באמצעות רצף תא יחיד

Detection of Copy Number Alterations Using Single Cell Sequencing

איתור של שינויים גנומיים ברזולוצית תא בודדת חשוב לאפיון מגוון גנטי ואבולוציה ברקמות נורמליות, סרטן, ואוכלוסיות מיקרוביאלי. שיטות מסורתיות להערכת הטרוגניות גנטית היו מוגבלות על ידי ברזולוציה נמוכה, רגישות נמוכה, ו / או סגולי נמוך. רצף תא יחיד התפתח ככלי רב עצמה לאיתור הטרוגניות גנטית עם רזולוציה גבוהה, רגישות גבוהה, כאשר נותחו כראוי, סגולי גבוה. כאן אנו מספקים פרוטוקול עבור הבידוד, הגברת הגנום כולו, רצף, וניתוח של תאים בודדים. הגישה שלנו מאפשרת זיהוי האמין של וריאנטים מספר עותק megabase מידת תאים בודדים. עם זאת, היבטים של פרוטוקול זה יכול להיות מיושמים גם לחקור סוגים אחרים של שינויים גנטיים בתאים יחידים.

Aspirator התאספו אמור להופיע דומה לזו באיור 1 א. המחט צריכה להיגרר כאלה שזה רחב מספיק כדי להכיל תא בודד אבל לא כל כך רחב כי נפח גדול נערך עם התא הבודד. Aspirating תאים בודדים היא הקלה כאשר יש בין אחת לחמש תאים בשדה 10X (איור 1B). אם הגברת הגנום כולו היא מוצלחת, המדגם יופיע ככתם על ג&#39;ל agarose (איור 2, מסלולי 1, 2, 4, 5, 6, ו -7). מבחין בכתם קלוש או נעדר מצביע על תגובת הגברה נכשלה ואת המדגם לא צריך להיות רצף (איור 2, נתיבי 3 ו -8). בעקבות הכנת ספרייה, חלוקת גודל שבר של הדגימות צריכה להיות מוערכת על ידי אלקטרופורזה נימים על נתח שבר.בהצלחת ספריות מוכנות תהיינה חלוקות למדי אפילו בגדלים שברים 150 כדי 900 נ&quot;ב (איור 3, A, B). נכשלתי כנת ספרייה תגרום התפלגות גודל שבר סוטה וספריות כזה לא צריכות להיות רצף (איור 3 ג). עיבוד הנתונים רצף באמצעות מודל מרקוב נסתר (HMMcopy) ופילוח בינארי עגול (DNAcopy) יהיה לנתח את הגנום של כל תא למקטעים של מספר עותק מוערך. מגזרים אלה לאחר מכן ניתן מסוננים לזהות את אלה עם מספר עותק מוערך בקנה אחד עם רווח או הפסד בתא בודד (טבלה 1). מגזרים מסוננים אלה מן HMMcopy ו DNAcopy יש חפיפה ואז לזהות CNVs ברמת ודאות גבוהה. <img alt="איור 1" src="/files/ftp_upload/55143/55143fig1.jpg" /> איור 1. בידוד תא יחיד. (<html> א) התאסף microaspirator. (B) מראה השדה 10X ניתק תאים (חיצים) ומחט microaspirator (בפינה הימנית התחתונה). Aspirating תאים בודדים הוא הקלה כאשר יש בין אחת לחמישה תאים בשדה 10X. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55143/55143fig1large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.</a> <img alt="איור 2" src="/files/ftp_upload/55143/55143fig2.jpg" /> איור 2. הגברת הגנום כולו. ג&#39;ל אלקטרופורזה agarose של 5 μl של מוצרי הגברה הגנום כולו. דוגמאות כי בהצלחה להגביר יופיע לכתמים בהירים החל מיום 100 נ&quot;ב ל -1 kb (מסלולים 1, 2, 4, 5, 6, ו -7) והוא יכול להיות רצף. דוגמאות שאינו להגביר בהצלחה תפקנה מריחות קלושות או לא למרוח (נתיבים 3 ו -8) ואסור להיות רצף.large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו. <img alt="איור 3" src="/files/ftp_upload/55143/55143fig3.jpg" /> איור 3. הכנת הספרייה. תוצאות נציגת מנתח שבר. הגרפים מראים גודל שבר (ב BP) על ציר X ו- יחידות הקרינה היחסית (RFU) על ציר Y. מימין כל גרף הוא שביל ג&#39;ל מדומה. (א) תוצאות עבור מדגם אידיאלי, עם חלוקה שווה בין 150 ל 900 נ&quot;ב וללא פסגות חדות או הטיה כלפי צד אחד. מדגם זה מקובל על רצף. תוצאות (B) מדגימה בסדר, עם התפלגות גודל מוטה כלפי בגדלים שבר נמוכים. אמנם זה לא אופטימלי, המדגם יכול עדיין להיות רצף. (ג) תוצאות ממדגם נכשל, עם גדלים שבר קטן בעיקרה. זו נגרמת ככל הנראה על ידי דגירה ממושכת במהלך שלב tagmentationהכנה הספרייה. מדגם זה לא אמור להיות רצף. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55143/55143fig3large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.</a> <table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td colspan="7"> HMMcopy </td></tr><tr><td> לִטעוֹם </td><td> מִגזָר </td><td> Chr </td><td> הַתחָלָה </td><td> סוֹף </td><td> מדינה </td><td> חֲצִיוֹן </td></tr><tr><td> D15-4998 </td><td> 23 </td><td> chr8 </td><td> 144,500,001 </td><td> 146,500,000 </td><td> 6 </td><td> 0.5008794 </td></tr><tr><td> D15-4998 </td><td> 29 </td><td> chr10 </td><td> 67,000,001 </td><td> 134,500,000 </td><td> 6 </td><td> 0.4031945 </td></tr><tr><td> D15-4998 </td><td> 52 </td><td> גhr19 </td><td> 1 </td><td> 20,000,000 </td><td> 6 </td><td> 0.4616884 </td></tr><tr><td> D15-4998 </td><td> 57 </td><td> chrY </td><td> 1 </td><td> 59,500,000 </td><td> 2 </td><td> -1.506532 </td></tr><tr><td colspan="8"> DNAcopy </td></tr><tr><td> לִטעוֹם </td><td> Chrom </td><td> התחל סל </td><td> סוף bin </td><td> הַתחָלָה </td><td> סוֹף </td><td> ממוצע Seg </td><td> med Seg </td></tr><tr><td> D15-4998 </td><td> chr10 </td><td> 88 </td><td> 197 </td><td> 62,612,945 </td><td> 129,971,511 </td><td> 1.4688 </td><td> 0.157 </td></tr><tr><td> D15-4998 </td><td> chr19 </td><td> 0 </td><td> 31 </td><td> 0 </td><td> 28,416,392 </td><td> 1.4141 </td><td> .1674 </td></tr><tr><td> D15-4998 </td><td> chrX </td><td> 77 </td><td> 126 </td&gt; <td> 51,659,160 </td><td> 95,343,369 </td><td> 1.3548 </td><td> .1874 </td></tr><tr><td> D15-4998 </td><td> chrY </td><td> 0 </td><td> 14 </td><td> 0 </td><td> 23,805,358 </td><td> -2.7004 </td><td> .3591 </td></tr></tbody></table> ניתוח נתונים מהטבלה 1.. מגזרים מסוננים שנוצרו על ידי HMMcopy ו DNAcopy מתא בודד. חופפים שתי תוצאות אלו מגלה רווח על כרומוזום 10 מ 67 130 MB כמו גם רווח על כרומוזום 19 מן 0 כדי 20 MB. מצאנו כי רווחי על החלק הפרוקסימלי של כרומוזום 19 הם תוצר של רצף תא בודד 12.

רצף תא בודד הוא כלי פופולרי ונגיש יותר ויותר לטיפול שינויים הגנומי ברזולוציה גבוהה. אנו מספקים פרוטוקול המשתמש רצף תא בודד לזהות שינויי מספר עותק תאים בודדים.

Detection of genomic changes at single cell resolution is important for characterizing genetic heterogeneity and evolution in normal tissues, cancers, and ...

המטרה הכללית של פרוצדורה זו היא לזהות שינויים במספר העותקים של ה-DNA בקנה מידה של מגה-בסיסים בתאים בודדים. כדי לסווג הגטרוגניות גנומית באוכלוסיות תאים, יש צורך לזהות שינויים גנומיים ברזולוציה של תא בודד. באופן מסורתי, הדבר הושג באמצעות גישות ציטולוגיות, אך שיטות אלו היו מוגבלות ברגישותן ובסגוליותן.ריצוף של תא בודד יכול לזהות מגוון שינויים גנומיים, עם רגישות וספציפיות משופרות בהשוואה לגישות קודמות, אך זאת רק כאשר הוא מבוצע בקפידה. כאן, אנו מתארים כיצד להשתמש בריצוף של תא בודד כדי לזהות באופן מהימן שינויים במספר העותקים (copy number alterations) בקנה מידה של מגה-בסיסים בתאים בודדים. כדי להרכיב את השואב המיקרוסקופי (micro-aspirator), התחילו בהסרת קצה הפלסטיק השקוף מהרכבת צינור השואב והכניסו את הקצה הצר לתוך קצה אחד של צינור PVC באורך של רגל אחת עם קוטר פנימי של 3/16 אינץ'.הכנס את פתח היציאה של מסנן מזרקה בעל נקבים של 0.2 מיקרומטר לקצה השני של צינור PVC באורך של רגל אחת וקוטר פנימי של 3/16 אינץ'. לאחר מכן, הכנס את פתח הכניסה של מסנן המזרקה בעל נקבים של 0.2 מיקרומטר לקצה אחד של צינור PVC באורך של שישה אינץ' וקוטר פנימי של 5/16 אינץ'. שבּר פיפטה סרולוגית מפלסטיק של חמישה מיליליטר בסימון של מיליליטר אחד, והכנס את הקצה השבור אל הקצה הפתוח של צינור ה-PVC בעל קוטר פנימי של 5/16 אינץ'.בשלב הבא, הכניסו את פיית הפקת של פיפטה סרולוגית מפלסטיק בנפח 5 מיליליטר לקצה הגמיש של מכלול צינור שאיבה, ולאחר מכן השתמשו בצינור פלסטיק סטרילי כדי לכסות את פיית הפה האדומה של מכלול הצינור לצורך אחסון. משכו צינור נימי מזכוכית לקוטר פנימי של 10-30 מיקרומטר על ידי מיקום מרכז הצינור סמוך ללהבה והפעלת מתיחה משני קציו של הצינור. שברו את הצינור שנמשך לשני חצאים כדי ליצור שתי מחטי שאיבה פוטנציאליות.חזור על שלב זה עם מספר מבחנות כדי להבטיח שהוכן מספר מספיק של מחטים בעלות קוטר פנימי מתאים לבחירה של תאים בודדים. כדי להכין תאים דבקים, כגון שורות תאי פיברובלסט אנושיים, קצור את התאים באמצעות טריפסינציה (trypsinization), והעבר את התאים למבחנה קונית המכילה את המדיום המתאים. הכן מנקה תאים (hood) עבור הגברה של הגנום השלם על ידי התזת 10% bleach על פני השטח של המנקה, על קופסאות קצות הפפיטות ועל קצות הפפיטות עצמן.לאחר מכן, השתמשו בנייר סופג כדי לנגב את כולם לפני חזרה על השטיפה עם 70% ethanol. הוסיפו שמונה מיקרוליטרים של מים מערכת להגברה של הגנום השלם, או WGA, לבארים בודדות בלוח PCR בעל 96 בארות. לאחר מכן, כסו את לוח ה-PCR בעל 96 הבארות עם מכסה של לוח תרבית רקמה בעל 96 בארות, והניחו את הלוח על קרח.בשלב הבא, הוסיפו 1,000 תאים ל-10 milliliters של מצע או PBS בתוך צלחת פטרי בנפח 15 סנטימטר והניחו את הצלחת על קרח כדי למנוע מהתאים להיצמד אליה. לאחר מכן, בעודם על קרח, העבירו את התאים שבצלחת הפטרי ואת פלטת ה-PCR בעלת 96 הבארים למיקרוסקופ אור עם עדשה של 10X. הגדילו את פתח מחט השאיבה על ידי הקשה עדינה של קצה המחט המוארך על משטח קשיח, כך שהחוד יישבר.לאחר מכן, הכניסו את הקצה הרחב של המחט אל הקצה השקוף של המיקרו-שואב (micro-aspirator). בשלב הבא, הניחו את פטרי הפטרייה המכילה תאים על משטח המיקרוסקופ. הכניסו את פיית השאיבה האדומה של השואב אל הפה.לאחר מכן, תוך כדי שימוש ביד אחת להזזת מחט השאיבה וביד השנייה להזזת צלחת הפטרי, זהו תאים בודדים המיועדים לריצוף. באמצעות שאיבה מהפה, משוך תא בודד אל תוך מחט השאיבה יחד עם כ-1 עד 2 µL של מצע או PBS. העבר את התא אל תוך 8 µL של מים בבאר בודדת בלוח PCR בעל 96 בארות.האיכות והתועלת של נתוני רצף של תא בודד תלויות במצבם של כל תא ושל הגנום שלו, לכן יש לנקוט משנה זהירות במהלך הכנת התאים והשאיבה המיקרוסקופית כדי לבודד תאים חיים שאינם תהליכי אפופטוזה. לאחר שאיבת כל תא והעברתו לבאר בלוח ה-PCR, סמנו את הבאר שקיבלה תא. חזרו על פעולה זו עבור מספר התאים הרצוי.בינתיים, הפשיר את ה-10X Single Cell Lysis Fragmentation Buffer מהערכה להגברת גנום שלם (Whole Genome Amplification kit). כדי למנוע זיהום במהלך הגברת הגנום השלם, הוסף את כל הרכיבים בתוך מבת תרבית רקמות (tissue culture hood). השתמש בקצות פיפט עם מסננים, והחלף את קצה הפיפט בין הבארות.עבור כל קבוצה של עד 32 תאים, ערבבו 32 µL של 10X Single Cell Lysis and Fragmentation Buffer ושני µL של תמיסת Proteinase K בתוך מבחנת מיקרוצנטריפוגה, ולאחר מכן ערבבו את התוכן באמצעות וורטקס (vortex). הוסיפו מיקרוליטר אחד מהתמיסה לכל באר ושאיפו והניחו את הנוזל למעלה ולמטה בעזרת פיפט לצורך ערבוב. כסו את הפלטה והשתמשו בסרט פלסטיק כדי לאטום את כל הבארות.לאחר מכן, סבבו את הפלטה לזמן קצר בצנטריפוגה מסוג mini plate-spinner. לאחר מכן, העבירו את הפלטה דרך התרמוסייקלר (thermocycler) באמצעות התוכנית הבאה. לאחר מכן, קררו את הפלטה על קרח, וסבבו אותה לזמן קצר בצנטריפוגה.להכנת תמיסת באפר להכנת ספריה עובדת מתוך ערכת הגברת גנום מלא (Whole Genome Amplification), שלבו עבור כל תא 2 µL של 1X Single Cell Library Preparation Buffer ו-1 µL של Library Stabilization Solution. ליזיס תאים הולם ופרגמנטציה מלאה של הגנום הם קריטיים כדי למזער הטיות במהלך הגברת הגנום המלא ולהבטיח הכנה של ספריות רצף באיכות גבוהה. לפיכך, יש להקפיד לבצע שלבים אלו בדיוק כפי שהם כתובים.הסיר את סרט הפלסטיק מהצלחת והוסף שלושה מיקרוליטרים מהתמיסה לכל באר. שאיף והזרק את תכולת הבאר באמצעות פפט מספר פעמים כדי לערבב, ולאחר מכן החזר את סרט הפלסטיק. לאחר סבב קצר של הצלחת בצנטריפוגה, דגרי את התאים בטמפרטורה של 95 °C למשך שתי דקות, קראר את הצלחת על קרח, וצנטריפוג את הצלחת שוב לזמן קצר.כעת, הסירו את כיסוי הפלסטיק, הוסיפו מיקרוליטר אחד של Library Preparation Enzyme לכל באער, ושאבו את תכולת הבאר מעלה ומטה בעזרת פיפט כדי לערבב, ולאחר מכן החזירו את כיסוי הפלסטיק. לאחר סבב קצר של הפלטה בצנטריפוגה, הניחו אותה בטרמוסייקולר והפעילו את התוכנית הבאה. לאחר קירור הפלטה וסבב קצר נוסף, הכינו תערובת הגברה לעבודה מתוך ערכת the Whole Genome Amplification על ידי שילוב של 48.5 µL מים, 7.5 µL של 10X amplification master mix ו-5 µL של WGA DNA polymerase, עבור כל תא.שמרו את תערובת העבודה על קרח. הסירו את סרט הפלסטיק מהפלטה. הוסיפו 61 µL של תערובת הגברה לעבודה לכל באר, ושאבו את תכולת כל באר מעלה ומטה כדי לערבב, ולאחר מכן החזירו את סרט הפלסטיק.סבבו את הפלטה במרכזפוגה לזמן קצר ובצעו מחזור תרמי כדלקמן. רצפו את הדגימות ובצעו ניתוח נתונים בהתאם לפרוטוקול הכתוב. כפי שמוצג בדמות זו, אם הגברת הגנום השלם הצליחה, הדגימה תופיע כמריחה על ג'ל אגרוזה.מריחה חלשה או חסרה מעידה על תגובת הגברה שנכשלה ויש להימנע מרצף של הדגימה. כפי שמוצג כאן, ניתוח גדלי הפסקמנטים בוצע באמצעות אלקטרופורזה קפילרית במנתח פסקמנטים. לספריות שהוכנו בהצלחה תהיה התפלגות די אחידה של גדלי פסקמנטים בין 150 ל-900 base pairs.הכנה כושלת של הספריה תביא להתפלגות מוטה של גודל הפרגמנטים, וספריות כאלו לא צריכות לעבור ריצוף. באמצעות מודל מרקוב נסתר (hidden Markov model) וסגמנטציה בינארית מעגלית (circular binary segmentation), הגנום של כל תא חולק לסגמנטים של מספר עותקים מוערך. טבלה זו מציגה את התוצאות החופפות מתא בודד ומגלה הגברה בכרומוזומ 10 מהבסיס 67 עד 130 מגה-בסיס (megabase), והגברה בכרומוזומ 19 מהבסיס 0 עד 20 מגה-בסיס (megabase).ניתן ויש לבצע את הבידוד ואת הגברת הגנום השלם של תאים בודדים ביום אחד. את הכנת ספריות הרצף, רצף הגנום השלם ואת ניתוח הנתונים ניתן לבצע לאחר מכן בלוח זמנים גמיש. כאשר בידוד התאים והגברת הגנום השלם מבוצעים כהלכה, וניתוח הנתונים מבוצע באופן קפדני כמתואר, ניתן לזהות שינויים במספר העותקים העולים על חמישה megabases ברגישות ובסגוליות גבוהות.בעוד שהפרוטוקול שלנו מתאר ספציפית את השימוש בריצף תאים בודדים (single cell sequencing) לזיהוי שינויים במספר העתקים, היבטים של פרוטוקול זה, כגון בידוד תאים בודדים והכנת ספריות, יכולים להיות מיושמים לזיהוי שינויים גנומיים אחרים.

detection-of-copy-number-alterations-using-single-cell-sequencing

Research

JoVE Journal

Genetics

גנטיקה

אנו מתארים את ההכנה של ספריות ה-DNA המינימרקטים ולכידת אקסון הבא המבוסס על הכלאה לזיהוי של מוטציות סרטן קשור מפתח בדגימות גידול קליניים על ידי רצף "הדור הבא" מקביל מסיבי. רצף אקסון ממוקד מציע יתרונות של תפוקה גבוהה, עלות נמוכה, וכן כיסוי רצף עמוק, ובכך מניב רגישות גבוהה לאיתור מוטציות בתדירות נמוכה.

זיהוי שינויים גנטיים סומטי בדגימות גידול על ידי לכידת אקסון וריצוף מקביל מסיבי

מערך CGH לצורך זיהוי של גרסאות עותק מספר הגנומי החליף ניתוח קריוטיפ התאגדו-G. מאמר זה מתאר את הטכנולוגיה והיישום שלה במעבדת שירות לאבחון.

מערך השוואתי הגנום הכלאה (Array CGH) לאיתור של הגנום גרסאות מספר עותק

כאן אנו מציגים מיקרו droplet למיעון-מערכים (עיוותים), שיטה מערך מבוסס droplet מסוגל לקבוע חלבון מוחלטת שפע תאים בודדים. נדגים את היכולת של ארכיון דיגיטלי כדי לאפיין את הטרוגניות בביטוי של p53 חלבון משתיק קול גידול בקו תאים סרטניים אנושיים.

ספירת חלבונים בתאים יחיד עם Droplet למיעון מיקרו-מערכים

כתב יד זה מתאר שיטה לזיהוי מוטציות בתדר נמוך ב- ctDNA, אר-תת סעיף. בשיטה זו הוא הבדיל על ידי השימוש הייחודי של תיקון שגיאות דו כיווני, רקע מיוחד המסנן, וכן הקניית מולקולרית יעיל.

זיהוי של מוטציות נדירות CtDNA באמצעות רצף הדור הבא

כתב יד זה מתאר את עותק מספר וריאציה ניתוח שבוצעה ב- DNA סרום או פלסמה, באמצעות גישה PCR בזמן אמת. שיטה זו מתאימה נבואתו של עמידות לתרופות בחולי סרטן הערמונית עמיד סירוס, אבל זה יכול להיות אינפורמטיבי גם למחלות אחרות.

סרום ו פלזמה עותק מספר זיהוי באמצעות PCR בזמן אמת

כתב היד מתאר מבוססי שבב דיגיטלי PCR assay לזהות נדיר CDH1 התעתיק variant (CDH1a) רגילה מוקפאות ורקמות הגידול המתקבל בחולים עם סרטן קיבה.

זיהוי של Variant התעתיק נדיר CDH1 ברקמות מוקפאות סרטן קיבה על ידי מבוססי שבב דיגיטלי PCR

הדור הבא רצפי (הגדרות) הוא כלי רב עוצמה עבור אפיון גנומית זה מוגבל על ידי שיעור שגיאה גבוהה של פלטפורמת (~0.5–2.0%). אנו מתארים את השיטות שלנו של רצף שגיאות המאפשרים לנו במחלקותיכם שיעור שגיאה המיתרים, לזהות מוטציות ב- variant אלל שברים כמו שנדיר למצוא 0.0001.

אירוע נדיר איתור שגיאות DNA ו RNA רצף

מאמר זה מתאר שיטה לזהות שינויים של שבטים ושבטים תת-שבטיים בין דגימות שונות ממטופל נתון. למרות שהניסויים המתוארים כאן מתמקדים בסוג גידול מסוים, הגישה ישימה באופן כללי לגידולים מוצקים אחרים.

ניתוח נגעים השוואתית באמצעות גישה ממוקדת רצף

הפרוטוקול מציג את ההליכים הכוללים במעבדה הנדרשים בבדיקות גנטיות טרום השרשה לאנופלואידיה על פלטפורמת ריצוף מבוססת מוליכים למחצה מהדור הבא. כאן אנו מציגים את השלבים המפורטים של הגברה גנומית שלמה, בחירת מקטעי DNA, בניית ספרייה, הכנת תבניות וזרימת עבודה של ריצוף עם תוצאות מייצגות.

בדיקות גנטיות טרום השרשה לאנופלואידיה על פלטפורמת ריצוף מבוססת מוליכים למחצה מהדור הבא

כאן אנו מציגים פרוטוקול למדידת מספר עותק דנ"א מיטוכונדריאלי מוחלט (mt)DNA ורמות הטרופלזמה של מחיקת mtDNA בתאים בודדים.

מדידת מספר עותק דנ"א מיטוכונדריאלי חד-תאי והטרופלזמה באמצעות תגובת שרשרת דיגיטלית של טיפות פולימראז

פרוטוקול זה מתאר זרימת עבודה ISO15189 אוטומטית ומוסמכת של הדור הבא לאיתור שינויים גנומיים ממוקדים ברקמות משובצות פרפין קבועות בפורמלין של סרטן תאים לא קטנים (NSCLC).

זיהוי שינויים ממוקדים בסרטן ריאות של תאים לא קטנים באמצעות ריצוף מהדור הבא

למדו איך לזהות שינויים במספר עותקי DNA ברזולוציית תא יחיד באמצעות ריצוף תא יחיד. הפרוטוקול משפר רגישות וספציפיות בהשוואה לשיטות ציטולוגיות מסורתיות לניתוח הטרוגניות גנומית.

איתור של שינוי מספר העתקה באמצעות רצף תא יחיד

גלה סרטונים נוספים