בחירה בסיוע של סמנים ביולוגיים לפי גודל אפקט ניתוח מפלה ליניארי (LEfSe) בנתוני מיקרוביום

היישום של גודל אפקט ניתוח מפלה ליניארי יכול לפתור את הבעיה של מציאת סמנים ביולוגיים טובים עם הבדלים סטטיסטיים בין קבוצות ביולוגיות. גודל אפקט ניתוח מפלה ליניארי מספק שיטה נוחה לזיהוי סמנים ביולוגיים גנומיים כדי לאפיין הבדלים סטטיסטיים בין קבוצות ביולוגיות. הקפד לטפל בכל שלב של ההליך, מכיוון שהתוצאה של כל שלב קודם עשויה להשפיע על השלב הבא.

לאחר יצירת קובץ קלט בגודל אפקט ניתוח מפלה ליניארי, הפעל את הפקודות כמצוין כדי לא לכלול את האפשרות של התנגשות יחסי תלות וליצור סביבת קונדה עבור גודל אפקט ניתוח מפלה ליניארי. השתמש בפקודות כפי שצוין כדי להפעיל את הסביבה שנוצרה וכדי להתקין גודל אפקט ניתוח מפלה ליניארי עם bioBakery ערוץ. כדי לעצב נתונים עבור גודל אפקט ניתוח מפלה ליניארי, הפעל את הפקודה כדי לעצב את הקובץ המקורי לתבנית הגודל הפנימית של אפקט ניתוח מפלה ליניארי.

כדי לחשב את גודל אפקט הניתוח המפלה הליניארי, הפעל את הפקודה כדי לבצע ניתוח מפלה ליניארי וכדי ליצור את קובץ הנתונים המתקבל. לאחר הניתוח, השתמש בפקודות כפי שצוין כדי להתוות את גודל ההשפעה של סמנים ביולוגיים בקובץ PDF וכדי לצייר את עץ המין כדי להציג את סמנים ביולוגיים בקלדוגרמה. כדי להתוות את ההבדלים של סמן ביולוגי יחיד בין קבוצות שונות, השתמש בפקודה כפי שצוין.

ניתן גם לצייר את כל התכונות באמצעות הפקודה אם תרצה בכך. לניתוח מקוון של LEfSe באמצעות שרת Galaxy, נווט אל השרת. כדי להעלות את הקבצים הרלוונטיים, לחץ על למעלה ובחר קובץ מקומי כדי לבחור את הקבצים.

לאחר מכן, בחר תבנית טבלאית ולחץ על התחל. כדי לעצב את הנתונים עבור גודל אפקט ניתוח מפלה ליניארי, לחץ על LEfSe ועיצוב נתונים עבור LEfSe, בחר את השורות הספציפיות עבור מחלקה ולחץ על בצע. כדי לחשב את גודל אפקט הניתוח המפלה הליניארי, לחץ על גודל אפקט LEfSe ו- LDA.

בחר את ערכי הפרמטר בהתאם לדרישות הניתוח ולחץ על בצע. כדי להתוות את תוצאות גודל אפקט הניתוח המפלה הליניארי, לחץ על תוצאות LEfSe והתווה LEfSe ולחץ על בצע. כדי להתוות את הקלאודוגרמה, בחר את ערכי הפרמטר המתאימים ולחץ על התוויית קלאודוגרמה והפעלה.

כדי להתוות תכונה אחת, בחר את ערכי הפרמטר המתאימים ולחץ על התווה תכונה אחת ובצע. כדי להתוות תכונות דיפרנציאליות, בחר בערכי הפרמטרים המתאימים ולחץ על התווה תכונות דיפרנציאליות ולחצן הפעל. כאן, ניתוח האפליה הליניארית עשרות קהילות מיקרוביות עם הבדלים משמעותיים בכל קבוצה, נקבע על ידי ניתוח 16 רצפי הגנים S-ribosomal RNA של שלוש דגימות, מוצג.

בנתון זה, ניתן לראות את סמנים ביולוגיים עם הבדלים משמעותיים בעצי מינים בין רמות סיווג שונות. המעגלים המקרין מבפנים אל החוץ מייצגים את רמות הסיווג מפילום לסוג, כאשר הקוטר של כל מעגל מין מייצג את רמת השפע של כל סיווג. המינים ללא הבדלים משמעותיים מופיעים בצהוב, וסמנים ביולוגיים של מינים שונים באופן משמעותי צבועים כדי להתאים לקבוצות המתאימות.

שמות המינים המתאימים של הסמנים הביולוגיים המוצגים בעלילה מפורטים כאן. כאן, נציג של עלילת סרגל שפע עבור סמן ביולוגי אחד המציג הבדלים בין הקבוצות השונות על פי תוצאות גודל אפקט ניתוח מפלה ליניארי מוצג. הקו המוצק מייצג את השפע היחסי הממוצע, הקו המקווקו מייצג את השפע היחסי החציוני, וכל עמודה מייצגת את השפע היחסי של כל דגימה בקבוצות שונות.

ניתן לבצע גם ניתוח רכיבים עיקרי, שכן החינוך למימדיות קשור ישירות לממד הנתונים, ומערכת הקואורדינטות המוקרנת היא אורתוגונלית. ככל שהביקוש לניתוח נתונים ממדי גבוה גדל, שיטה זו תסייע בחקר תכונות סמנים ביולוגיים של עניין.